data/illumina.configurations.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3626 03 Aug 07 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
3626 03 Aug 07 nicklas 2 <!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd"><configfile>
3626 03 Aug 07 nicklas 3   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
3626 03 Aug 07 nicklas 4     <configname>Reporters from Illumina raw data file</configname>
3626 03 Aug 07 nicklas 5     <description>This configuration can import reporters from an Illumina raw data file. No annotation information can be imported since only the reporter ID is available in the file.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 6     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 7       <name>extendedColumnMapping.accession</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 8       <label>Accession</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 9       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 10       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 11       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 12     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 13     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 14       <name>minDataColumns</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 15       <label>Min data columns</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 16       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 17       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 18       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 19     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 20     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 21       <name>dataFooterRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 22       <label>Data footer</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 23       <description>A regular expression that matches the first line of non-data after the data lines. For example: __END_OF_DATA__</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 24       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 25       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 26     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 27     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 28       <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 29       <label>Cytoband</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 30       <description>The cytoband from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 31       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 32       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 33     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 34     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 35       <name>extendedColumnMapping.markers</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 36       <label>Markers</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 37       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 38       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 39       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 40     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 41     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 42       <name>extendedColumnMapping.omim</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 43       <label>OMIM</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 44       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 45       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 46       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 47     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 48     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 49       <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 50       <label>Tissue</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 51       <description>The tissue from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 52       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 53       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 54     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 55     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 56       <name>ignoreRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 57       <label>Ignore</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 58       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 59       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 60       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 61     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 62     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 63       <name>descriptionColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 64       <label>Description</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 65       <description>Mapping that picks the reporter's description from the data columns. For example: \Description\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 66       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 67       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 68     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 69     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 70       <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 71       <label>Cluster ID</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 72       <description>A unique identifier for a Unigene entry</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 73       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 74       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 75     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 76     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 77       <name>decimalSeparator</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 78       <label>Decimal separator</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 79       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 80       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 81       <value>dot</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 82     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 83     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 84       <name>trimQuotes</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 85       <label>Remove quotes</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 86       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 87       <class>java.lang.Boolean</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 88       <value>true</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 89     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 90     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 91       <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 92       <label>LocusLink</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 93       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 94       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 95       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 96     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 97     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 98       <name>extendedColumnMapping.library</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 99       <label>Library</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 100       <description>The library from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 101       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 102       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 103     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 104     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 105       <name>maxDataColumns</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 106       <label>Max data columns</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 107       <description>The maximum number of columns for a line to be counted as a data line, or 0 to allow any number of columns.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 108       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 109       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 110     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 111     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 112       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 113       <label>Chromosome</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 114       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 115       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 116       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 117     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 118     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 119       <name>symbolColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 120       <label>Gene symbol</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 121       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 122       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 123       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 124     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 125     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 126       <name>scoreColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 127       <label>Score</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 128       <description>Mapping that picks the reporter's score in some context. This mapping is only used when importing to a reporter list.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 129       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 130       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 131     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 132     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 133       <name>headerRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 134       <label>Header</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 135       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 136       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 137       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 138     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 139     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 140       <name>dataHeaderRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 141       <label>Data header</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 142       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 143       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 144       <value>TargetID,.*</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 145     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 146     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 147       <name>reporterType</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 148       <label>Reporter type</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 149       <description>The reporter type assigned to the imported reporters</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 150       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 151       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 152     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 153     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 154       <name>extendedColumnMapping.length</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 155       <label>Length</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 156       <description>The length of the sequence</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 157       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 158       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 159     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 160     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 161       <name>complexExpressions</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 162       <label>Complex column mappings</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 163       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
3626 03 Aug 07 nicklas 164 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 165       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 166       <value>disallow</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 167     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 168     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 169       <name>reporterTypeColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 170       <label>Reporter type</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 171       <description>Mapping that pick the reporter's type from the data columns. This will overide the reporter type parameter. For example: \Reporter type\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 172       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 173       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 174     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 175     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 176       <name>charset</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 177       <label>Character set</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 178       <description>The character set used in the file, if not specified the default character set is used (ISO-8859-1).</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 179       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 180       <value>ISO-8859-1</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 181     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 182     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 183       <name>dataSplitterRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 184       <label>Data splitter</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 185       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 186       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 187       <value>,</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 188     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 189     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 190       <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 191       <label>Antibiotics</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 192       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 193       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 194       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 195     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 196     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 197       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 198       <label>Reporter ID</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 199       <description>Mapping that picks the reporter's ID from the data columns. For example: \ID\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 200       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 201       <value>\TargetID\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 202     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 203     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 204       <name>extendedColumnMapping.species</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 205       <label>Species</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 206       <description>The organism from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 207       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 208       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 209     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 210     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 211       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 212       <label>Sequence</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 213       <description>The nucleotide sequence of the reporter</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 214       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 215       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 216     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 217     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 218       <name>nameColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 219       <label>Name</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 220       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 221       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 222       <value>\TargetID\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 223     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 224     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 225       <name>extendedColumnMapping.vector</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 226       <label>Vector</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 227       <description>The vector from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 228       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 229       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 230     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 231     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 232       <name>extendedColumnMapping.nid</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 233       <label>NID</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 234       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 235       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 236       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 237     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 238   </configuration>
3626 03 Aug 07 nicklas 239   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
3626 03 Aug 07 nicklas 240     <configname>Reporters from Illumina annotation file</configname>
3626 03 Aug 07 nicklas 241     <description>Import reporter annotations from an Illumina annotation file. This configurations matches as many annotations as possible to the standard BASE reporter annotations. Some annotations can't be mapped and it is recommended that a server admin extends the reporter table and re-configure this plug-in to also include the other annotations.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 242     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 243       <name>extendedColumnMapping.accession</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 244       <label>Accession</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 245       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 246       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 247       <value>\Accession\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 248     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 249     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 250       <name>minDataColumns</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 251       <label>Min data columns</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 252       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 253       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 254       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 255     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 256     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 257       <name>dataFooterRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 258       <label>Data footer</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 259       <description>A regular expression that matches the first line of non-data after the data lines. For example: __END_OF_DATA__</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 260       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 261       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 262     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 263     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 264       <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 265       <label>Cytoband</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 266       <description>The cytoband from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 267       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 268       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 269     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 270     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 271       <name>extendedColumnMapping.omim</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 272       <label>OMIM</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 273       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 274       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 275       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 276     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 277     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 278       <name>extendedColumnMapping.markers</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 279       <label>Markers</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 280       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 281       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 282       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 283     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 284     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 285       <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 286       <label>Tissue</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 287       <description>The tissue from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 288       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 289       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 290     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 291     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 292       <name>ignoreRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 293       <label>Ignore</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 294       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 295       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 296       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 297     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 298     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 299       <name>descriptionColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 300       <label>Description</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 301       <description>Mapping that picks the reporter's description from the data columns. For example: \Description\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 302       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 303       <value>\Definition\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 304     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 305     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 306       <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 307       <label>Cluster ID</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 308       <description>A unique identifier for a Unigene entry</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 309       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 310       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 311     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 312     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 313       <name>decimalSeparator</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 314       <label>Decimal separator</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 315       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 316       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 317       <value>dot</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 318     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 319     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 320       <name>trimQuotes</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 321       <label>Remove quotes</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 322       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 323       <class>java.lang.Boolean</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 324       <value>true</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 325     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 326     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 327       <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 328       <label>LocusLink</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 329       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 330       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 331       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 332     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 333     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 334       <name>extendedColumnMapping.library</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 335       <label>Library</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 336       <description>The library from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 337       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 338       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 339     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 340     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 341       <name>maxDataColumns</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 342       <label>Max data columns</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 343       <description>The maximum number of columns for a line to be counted as a data line, or 0 to allow any number of columns.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 344       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 345       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 346     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 347     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 348       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 349       <label>Chromosome</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 350       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 351       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 352       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 353     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 354     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 355       <name>symbolColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 356       <label>Gene symbol</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 357       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 358       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 359       <value>\Symbol\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 360     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 361     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 362       <name>headerRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 363       <label>Header</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 364       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 365       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 366       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 367     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 368     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 369       <name>scoreColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 370       <label>Score</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 371       <description>Mapping that picks the reporter's score in some context. This mapping is only used when importing to a reporter list.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 372       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 373       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 374     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 375     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 376       <name>dataHeaderRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 377       <label>Data header</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 378       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 379       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 380       <value>Search_key,Target,.*</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 381     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 382     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 383       <name>reporterType</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 384       <label>Reporter type</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 385       <description>The reporter type assigned to the imported reporters</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 386       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 387       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 388     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 389     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 390       <name>extendedColumnMapping.length</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 391       <label>Length</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 392       <description>The length of the sequence</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 393       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 394       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 395     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 396     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 397       <name>complexExpressions</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 398       <label>Complex column mappings</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 399       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
3626 03 Aug 07 nicklas 400 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 401       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 402       <value>disallow</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 403     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 404     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 405       <name>reporterTypeColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 406       <label>Reporter type</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 407       <description>Mapping that pick the reporter's type from the data columns. This will overide the reporter type parameter. For example: \Reporter type\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 408       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 409       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 410     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 411     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 412       <name>charset</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 413       <label>Character set</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 414       <description>The character set used in the file, if not specified the default character set is used (ISO-8859-1).</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 415       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 416       <value>ISO-8859-1</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 417     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 418     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 419       <name>dataSplitterRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 420       <label>Data splitter</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 421       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 422       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 423       <value>,(?=(?:[^"]*"[^"]*")*(?![^"]*"))</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 424     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 425     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 426       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 427       <label>Reporter ID</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 428       <description>Mapping that picks the reporter's ID from the data columns. For example: \ID\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 429       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 430       <value>\Target\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 431     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 432     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 433       <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 434       <label>Antibiotics</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 435       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 436       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 437       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 438     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 439     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 440       <name>extendedColumnMapping.species</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 441       <label>Species</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 442       <description>The organism from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 443       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 444       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 445     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 446     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 447       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 448       <label>Sequence</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 449       <description>The nucleotide sequence of the reporter</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 450       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 451       <value>\Probe_Sequence\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 452     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 453     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 454       <name>nameColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 455       <label>Name</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 456       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 457       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 458       <value>\Target\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 459     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 460     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 461       <name>extendedColumnMapping.vector</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 462       <label>Vector</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 463       <description>The vector from which the reporter is derived</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 464       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 465       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 466     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 467     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 468       <name>extendedColumnMapping.nid</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 469       <label>NID</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 470       <description />
3626 03 Aug 07 nicklas 471       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 472       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 473     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 474   </configuration>
3626 03 Aug 07 nicklas 475   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterMapFlatFileImporter">
3626 03 Aug 07 nicklas 476     <configname>Features from Illumina raw data file</configname>
3626 03 Aug 07 nicklas 477     <description>Import array design feature from an Illumina raw data file. Since the raw data file doesn't contain any coordinate information we fake it like this: block=1, column=1, row=line number in file&#xD;
3626 03 Aug 07 nicklas 478 &#xD;
3626 03 Aug 07 nicklas 479 The line number starts at 1 for the first data line (headers are ignored). This is the same as the IlluminaRawDataImporter plug-in does so it should be possible to connect the raw bioassays with an array design if needed.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 480     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 481       <name>platforms</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 482       <label>Platforms/variants</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 483       <description>Select all platforms/variants where this configuration can be used. If not selected, the configuration can be used on all except file-only platforms.</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 484       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 485       <value>P:generic</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 486     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 487     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 488       <name>dataHeaderRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 489       <label>Data header</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 490       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 491       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 492       <value>TargetID,.*</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 493     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 494     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 495       <name>minDataColumns</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 496       <label>Min data columns</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 497       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 498       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 499       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 500     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 501     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 502       <name>dataFooterRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 503       <label>Data footer</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 504       <description>A regular expression that matches the first line of non-data after the data lines. For example: __END_OF_DATA__</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 505       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 506       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 507     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 508     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 509       <name>complexExpressions</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 510       <label>Complex column mappings</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 511       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
3626 03 Aug 07 nicklas 512 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 513       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 514       <value>allow</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 515     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 516     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 517       <name>charset</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 518       <label>Character set</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 519       <description>The character set used in the file, if not specified the default character set is used (ISO-8859-1).</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 520       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 521       <value>ISO-8859-1</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 522     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 523     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 524       <name>ignoreRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 525       <label>Ignore</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 526       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 527       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 528       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 529     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 530     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 531       <name>columnColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 532       <label>Column</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 533       <description>Mapping that picks the feature's column position in a block from the data columns. For example: \Column\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 534       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 535       <value>1</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 536     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 537     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 538       <name>dataSplitterRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 539       <label>Data splitter</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 540       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 541       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 542       <value>,</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 543     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 544     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 545       <name>blockColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 546       <label>Block</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 547       <description>Mapping that picks the feature's block number from the data columns. You must specify either this mapping or mappings for the meta coordinates. Example: \Block\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 548       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 549       <value>1</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 550     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 551     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 552       <name>metaGridXColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 553       <label>Meta grid X</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 554       <description>Mapping that picks the feature's meta grid X coordinate from the data columns. Required if you don't specify a block mapping. Example: \Meta grid X\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 555       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 556       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 557     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 558     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 559       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 560       <label>Reporter ID</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 561       <description>Mapping that picks the reporter's ID from the data columns. For example: \ID\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 562       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 563       <value>\TargetID\</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 564     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 565     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 566       <name>trimQuotes</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 567       <label>Remove quotes</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 568       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 569       <class>java.lang.Boolean</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 570       <value>true</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 571     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 572     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 573       <name>maxDataColumns</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 574       <label>Max data columns</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 575       <description>The maximum number of columns for a line to be counted as a data line, or 0 to allow any number of columns.</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 576       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 577       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 578     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 579     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 580       <name>rowColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 581       <label>Row</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 582       <description>Mapping that picks the feature's row position in a block from the data columns. For example: \Row\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 583       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 584       <value>=dataNo()</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 585     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 586     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 587       <name>metaGridYColumnMapping</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 588       <label>Meta grid Y</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 589       <description>Mapping that picks the feature's meta grid Y coordinate from the data columns. Required if you don't specify a block mapping. Example: \Meta grid Y\</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 590       <class />
3626 03 Aug 07 nicklas 591       <value />
3626 03 Aug 07 nicklas 592     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 593     <parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 594       <name>headerRegexp</name>
3626 03 Aug 07 nicklas 595       <label>Header</label>
3626 03 Aug 07 nicklas 596       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
3626 03 Aug 07 nicklas 597       <class>java.lang.String</class>
3626 03 Aug 07 nicklas 598       <value>(.+)=(.*?),*</value>
3626 03 Aug 07 nicklas 599     </parameter>
3626 03 Aug 07 nicklas 600   </configuration>
3626 03 Aug 07 nicklas 601 </configfile>

Generated on Sat Oct  7 02:27:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)