data/plugin_configfile.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2828 31 Oct 06 martin 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2992 01 Dec 06 enell 2 <!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd">
2992 01 Dec 06 enell 3 <!-- 
3675 16 Aug 07 jari 4   $Id$
2992 01 Dec 06 enell 5
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 7   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 8
2992 01 Dec 06 enell 9   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2992 01 Dec 06 enell 10   Available at http://base.thep.lu.se/
2992 01 Dec 06 enell 11
2992 01 Dec 06 enell 12   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2992 01 Dec 06 enell 13   modify it under the terms of the GNU General Public License
4475 05 Sep 08 jari 14   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2992 01 Dec 06 enell 15   of the License, or (at your option) any later version.
2992 01 Dec 06 enell 16
2992 01 Dec 06 enell 17   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2992 01 Dec 06 enell 18   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2992 01 Dec 06 enell 19   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2992 01 Dec 06 enell 20   GNU General Public License for more details.
2992 01 Dec 06 enell 21
2992 01 Dec 06 enell 22   You should have received a copy of the GNU General Public License
4509 11 Sep 08 jari 23   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2992 01 Dec 06 enell 24 -->
3091 31 Jan 07 martin 25 <configfile>
3091 31 Jan 07 martin 26   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 27     <configname>384_wells plate import</configname>
3091 31 Jan 07 martin 28     <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 384-well plates.</description>
3091 31 Jan 07 martin 29     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 30       <name>nameColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 31       <label>nameColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 32       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 33       <value>\384_number\</value>
3091 31 Jan 07 martin 34     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 35     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 36       <name>reporterColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 37       <label>reporterColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 38       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 39       <value>\oligo_id\</value>
3091 31 Jan 07 martin 40     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 41     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 42       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 43       <label>dataHeaderRegexp</label>
3091 31 Jan 07 martin 44       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 45       <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
3091 31 Jan 07 martin 46     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 47     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 48       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 49       <label>dataSplitterRegexp</label>
3091 31 Jan 07 martin 50       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 51       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 52     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 53     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 54       <name>columnColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 55       <label>columnColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 56       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 57       <value>\384_column\</value>
3091 31 Jan 07 martin 58     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 59     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 60       <name>rowColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 61       <label>rowColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 62       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 63       <value>\384_row\</value>
3091 31 Jan 07 martin 64     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 65   </configuration>
3091 31 Jan 07 martin 66   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 67     <configname>Reporters from 384well plates file</configname>
3091 31 Jan 07 martin 68     <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 384well plates are imported from.</description>
3091 31 Jan 07 martin 69     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 70       <name>nameColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 71       <label>nameColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 72       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 73       <value>\oligo_id\</value>
3091 31 Jan 07 martin 74     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 75     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 76       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 77       <label>dataHeaderRegexp</label>
3091 31 Jan 07 martin 78       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 79       <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
3091 31 Jan 07 martin 80     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 81     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 82       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 83       <label>dataSplitterRegexp</label>
3091 31 Jan 07 martin 84       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 85       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 86     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 87     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 88       <name>descriptionColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 89       <label>descriptionColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 90       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 91       <value>\description_Ensembl*\</value>
3091 31 Jan 07 martin 92     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 93     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 94       <name>symbolColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 95       <label>symbolColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 96       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 97       <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
3091 31 Jan 07 martin 98     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 99     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 100       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 101       <label>reporterIdColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 102       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 103       <value>\oligo_id\</value>
3091 31 Jan 07 martin 104     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 105     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 106       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
3091 31 Jan 07 martin 107       <label>extendedColumnMapping.sequence</label>
3091 31 Jan 07 martin 108       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 109       <value>\oligo_sequence\</value>
3091 31 Jan 07 martin 110     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 111   </configuration>
3091 31 Jan 07 martin 112   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 113     <configname>Reporters from GenePix file</configname>
3091 31 Jan 07 martin 114     <description>This  configuration is for importing reporters from a GenePix file (*.gpr)</description>
3091 31 Jan 07 martin 115     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 116       <name>maxDataColumns</name>
3091 31 Jan 07 martin 117       <label>Max data columns</label>
3091 31 Jan 07 martin 118       <class />
3091 31 Jan 07 martin 119       <value />
3091 31 Jan 07 martin 120     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 121     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 122       <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
3091 31 Jan 07 martin 123       <label>LocusLink</label>
3091 31 Jan 07 martin 124       <class />
3091 31 Jan 07 martin 125       <value />
3091 31 Jan 07 martin 126     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 127     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 128       <name>trimQuotes</name>
3091 31 Jan 07 martin 129       <label>Remove quotes</label>
3091 31 Jan 07 martin 130       <class>java.lang.Boolean</class>
3091 31 Jan 07 martin 131       <value>true</value>
3091 31 Jan 07 martin 132     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 133     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 134       <name>scoreColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 135       <label>Score</label>
3091 31 Jan 07 martin 136       <class />
3091 31 Jan 07 martin 137       <value />
3091 31 Jan 07 martin 138     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 139     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 140       <name>nameColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 141       <label>Name</label>
3091 31 Jan 07 martin 142       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 143       <value>\Name\</value>
3091 31 Jan 07 martin 144     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 145     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 146       <name>extendedColumnMapping.markers</name>
3091 31 Jan 07 martin 147       <label>Markers</label>
3091 31 Jan 07 martin 148       <class />
3091 31 Jan 07 martin 149       <value />
3091 31 Jan 07 martin 150     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 151     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 152       <name>extendedColumnMapping.vector</name>
3091 31 Jan 07 martin 153       <label>Vector</label>
3091 31 Jan 07 martin 154       <class />
3091 31 Jan 07 martin 155       <value />
3091 31 Jan 07 martin 156     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 157     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 158       <name>extendedColumnMapping.nid</name>
3091 31 Jan 07 martin 159       <label>NID</label>
3091 31 Jan 07 martin 160       <class />
3091 31 Jan 07 martin 161       <value />
3091 31 Jan 07 martin 162     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 163     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 164       <name>descriptionColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 165       <label>Description</label>
3091 31 Jan 07 martin 166       <class />
3091 31 Jan 07 martin 167       <value />
3091 31 Jan 07 martin 168     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 169     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 170       <name>headerRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 171       <label>Header</label>
3091 31 Jan 07 martin 172       <class />
3091 31 Jan 07 martin 173       <value />
3091 31 Jan 07 martin 174     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 175     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 176       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 177       <label>Reporter ID</label>
3091 31 Jan 07 martin 178       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 179       <value>\ID\</value>
3091 31 Jan 07 martin 180     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 181     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 182       <name>symbolColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 183       <label>Gene symbol</label>
3091 31 Jan 07 martin 184       <class />
3091 31 Jan 07 martin 185       <value />
3091 31 Jan 07 martin 186     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 187     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 188       <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
3091 31 Jan 07 martin 189       <label>Antibiotics</label>
3091 31 Jan 07 martin 190       <class />
3091 31 Jan 07 martin 191       <value />
3091 31 Jan 07 martin 192     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 193     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 194       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
3091 31 Jan 07 martin 195       <label>Chromosome</label>
3091 31 Jan 07 martin 196       <class />
3091 31 Jan 07 martin 197       <value />
3091 31 Jan 07 martin 198     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 199     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 200       <name>reporterType</name>
3091 31 Jan 07 martin 201       <label>Reporter type</label>
3091 31 Jan 07 martin 202       <class />
3091 31 Jan 07 martin 203       <value />
3091 31 Jan 07 martin 204     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 205     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 206       <name>extendedColumnMapping.omim</name>
3091 31 Jan 07 martin 207       <label>OMIM</label>
3091 31 Jan 07 martin 208       <class />
3091 31 Jan 07 martin 209       <value />
3091 31 Jan 07 martin 210     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 211     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 212       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 213       <label>Data header</label>
3091 31 Jan 07 martin 214       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 215       <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
3091 31 Jan 07 martin 216     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 217     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 218       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 219       <label>Data splitter</label>
3091 31 Jan 07 martin 220       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 221       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 222     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 223     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 224       <name>extendedColumnMapping.length</name>
3091 31 Jan 07 martin 225       <label>Length</label>
3091 31 Jan 07 martin 226       <class />
3091 31 Jan 07 martin 227       <value />
3091 31 Jan 07 martin 228     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 229     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 230       <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
3091 31 Jan 07 martin 231       <label>Tissue</label>
3091 31 Jan 07 martin 232       <class />
3091 31 Jan 07 martin 233       <value />
3091 31 Jan 07 martin 234     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 235     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 236       <name>extendedColumnMapping.accession</name>
3091 31 Jan 07 martin 237       <label>Accession</label>
3091 31 Jan 07 martin 238       <class />
3091 31 Jan 07 martin 239       <value />
3091 31 Jan 07 martin 240     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 241     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 242       <name>minDataColumns</name>
3091 31 Jan 07 martin 243       <label>Min data columns</label>
3091 31 Jan 07 martin 244       <class />
3091 31 Jan 07 martin 245       <value />
3091 31 Jan 07 martin 246     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 247     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 248       <name>ignoreRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 249       <label>Ignore</label>
3091 31 Jan 07 martin 250       <class />
3091 31 Jan 07 martin 251       <value />
3091 31 Jan 07 martin 252     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 253     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 254       <name>extendedColumnMapping.library</name>
3091 31 Jan 07 martin 255       <label>Library</label>
3091 31 Jan 07 martin 256       <class />
3091 31 Jan 07 martin 257       <value />
3091 31 Jan 07 martin 258     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 259     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 260       <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
3091 31 Jan 07 martin 261       <label>Cluster ID</label>
3091 31 Jan 07 martin 262       <class />
3091 31 Jan 07 martin 263       <value />
3091 31 Jan 07 martin 264     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 265     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 266       <name>dataFooterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 267       <label>Data footer</label>
3091 31 Jan 07 martin 268       <class />
3091 31 Jan 07 martin 269       <value />
3091 31 Jan 07 martin 270     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 271     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 272       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
3091 31 Jan 07 martin 273       <label>Sequence</label>
3091 31 Jan 07 martin 274       <class />
3091 31 Jan 07 martin 275       <value />
3091 31 Jan 07 martin 276     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 277     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 278       <name>extendedColumnMapping.species</name>
3091 31 Jan 07 martin 279       <label>Species</label>
3091 31 Jan 07 martin 280       <class />
3091 31 Jan 07 martin 281       <value />
3091 31 Jan 07 martin 282     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 283     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 284       <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
3091 31 Jan 07 martin 285       <label>Cytoband</label>
3091 31 Jan 07 martin 286       <class />
3091 31 Jan 07 martin 287       <value />
3091 31 Jan 07 martin 288     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 289   </configuration>
3091 31 Jan 07 martin 290   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterMapFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 291     <configname>Features from Genepix file</configname>
3091 31 Jan 07 martin 292     <description>This configuration is for import features from a GenePix file.&#xD;
3091 31 Jan 07 martin 293 Block mapping is used in this configuration.</description>
3091 31 Jan 07 martin 294     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 295       <name>platforms</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 296       <label>Platforms/variants</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 297       <description>Select all platforms/variants where this configuration can be used. If not selected, the configuration can be used on all except file-only platforms.</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 298       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 299       <value>P:generic</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 300     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 301     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 302       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 303       <label>dataHeaderRegexp</label>
3091 31 Jan 07 martin 304       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 305       <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
3091 31 Jan 07 martin 306     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 307     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 308       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 309       <label>dataSplitterRegexp</label>
3091 31 Jan 07 martin 310       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 311       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 312     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 313     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 314       <name>columnColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 315       <label>columnColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 316       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 317       <value>\Column\</value>
3091 31 Jan 07 martin 318     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 319     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 320       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 321       <label>reporterIdColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 322       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 323       <value>\ID\</value>
3091 31 Jan 07 martin 324     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 325     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 326       <name>blockColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 327       <label>blockColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 328       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 329       <value>\Block\</value>
3091 31 Jan 07 martin 330     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 331     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 332       <name>rowColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 333       <label>rowColumnMapping</label>
3091 31 Jan 07 martin 334       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 335       <value>\Row\</value>
3091 31 Jan 07 martin 336     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 337   </configuration>
3091 31 Jan 07 martin 338   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 339     <configname>GenePix raw data import (cy5/cy3)</configname>
3091 31 Jan 07 martin 340     <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
3091 31 Jan 07 martin 341 The wavelengths should be 635nm for channel_1 and 532nm for channel_2.</description>
3091 31 Jan 07 martin 342     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 343       <name>yColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 344       <label>Y</label>
3091 31 Jan 07 martin 345       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 346       <value>\Y\</value>
3091 31 Jan 07 martin 347     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 348     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 349       <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 350       <label>Channel 2 background mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 351       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 352       <value>\B532 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 353     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 354     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 355       <name>propertyMapping.flags</name>
3091 31 Jan 07 martin 356       <label>Flags</label>
3091 31 Jan 07 martin 357       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 358       <value>\Flags\</value>
3091 31 Jan 07 martin 359     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 360     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 361       <name>propertyMapping.mValue</name>
3091 31 Jan 07 martin 362       <label>M value</label>
3091 31 Jan 07 martin 363       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 364       <value>\Log Ratio (635/532)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 365     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 366     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 367       <name>trimQuotes</name>
3091 31 Jan 07 martin 368       <label>Remove quotes</label>
3091 31 Jan 07 martin 369       <class>java.lang.Boolean</class>
3091 31 Jan 07 martin 370       <value>true</value>
3091 31 Jan 07 martin 371     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 372     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 373       <name>propertyMapping.diameter</name>
3091 31 Jan 07 martin 374       <label>Spot diameter</label>
3091 31 Jan 07 martin 375       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 376       <value>\Dia.\</value>
3091 31 Jan 07 martin 377     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 378     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 379       <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
3091 31 Jan 07 martin 380       <label>Percent saturated pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 381       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 382       <value>\F532 % Sat.\</value>
3091 31 Jan 07 martin 383     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 384     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 385       <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 386       <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 387       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 388       <value>\F635 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 389     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 390     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 391       <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
3091 31 Jan 07 martin 392       <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 393       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 394       <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 395     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 396     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 397       <name>propertyMapping.fgPixels</name>
3091 31 Jan 07 martin 398       <label>Foreground pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 399       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 400       <value>\F Pixels\</value>
3091 31 Jan 07 martin 401     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 402     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 403       <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 404       <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 405       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 406       <value>\F532 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 407     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 408     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 409       <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 410       <label>Channel 2 background standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 411       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 412       <value>\B532 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 413     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 414     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 415       <name>headerRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 416       <label>Header</label>
3091 31 Jan 07 martin 417       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 418       <value>"(.+)=(.*)"</value>
3091 31 Jan 07 martin 419     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 420     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 421       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 422       <label>Reporter ID</label>
3091 31 Jan 07 martin 423       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 424       <value>\ID\</value>
3091 31 Jan 07 martin 425     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 426     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 427       <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 428       <label>Channel 1 foreground median</label>
3091 31 Jan 07 martin 429       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 430       <value>\F635 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 431     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 432     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 433       <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 434       <label>Channel 1 background mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 435       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 436       <value>\B635 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 437     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 438     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 439       <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 440       <label>Channel 2 background median</label>
3091 31 Jan 07 martin 441       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 442       <value>\B532 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 443     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 444     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 445       <name>rowColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 446       <label>Row</label>
3091 31 Jan 07 martin 447       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 448       <value>\Row\</value>
3091 31 Jan 07 martin 449     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 450     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 451       <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 452       <label>Channel 1 background median</label>
3091 31 Jan 07 martin 453       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 454       <value>\B635 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 455     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 456     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 457       <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 458       <label>Channel 2 foreground mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 459       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 460       <value>\F532 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 461     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 462     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 463       <name>propertyMapping.rgnR2</name>
3091 31 Jan 07 martin 464       <label>Rgn R2</label>
3091 31 Jan 07 martin 465       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 466       <value>\Rgn R² (635/532)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 467     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 468     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 469       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 470       <label>Data header</label>
3091 31 Jan 07 martin 471       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 472       <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(635\/532\)".*</value>
3091 31 Jan 07 martin 473     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 474     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 475       <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 476       <label>Standard deviation of ratios</label>
3091 31 Jan 07 martin 477       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 478       <value>\Ratios SD (635/532)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 479     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 480     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 481       <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 482       <label>Channel 2 foreground median</label>
3091 31 Jan 07 martin 483       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 484       <value>\F532 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 485     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 486     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 487       <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
3091 31 Jan 07 martin 488       <label>Percent saturated pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 489       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 490       <value>\F635 % Sat.\</value>
3091 31 Jan 07 martin 491     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 492     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 493       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 494       <label>Data splitter</label>
3091 31 Jan 07 martin 495       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 496       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 497     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 498     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 499       <name>columnColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 500       <label>Column</label>
3091 31 Jan 07 martin 501       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 502       <value>\Column\</value>
3091 31 Jan 07 martin 503     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 504     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 505       <name>propertyMapping.bgPixels</name>
3091 31 Jan 07 martin 506       <label>Background pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 507       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 508       <value>\B Pixels\</value>
3091 31 Jan 07 martin 509     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 510     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 511       <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
3091 31 Jan 07 martin 512       <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
3091 31 Jan 07 martin 513       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 514       <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 515     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 516     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 517       <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 518       <label>Channel 1 foreground mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 519       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 520       <value>\F635 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 521     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 522     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 523       <name>xColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 524       <label>X</label>
3091 31 Jan 07 martin 525       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 526       <value>\X\</value>
3091 31 Jan 07 martin 527     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 528     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 529       <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 530       <label>Channel 1 background standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 531       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 532       <value>\B635 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 533     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 534     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 535       <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
3091 31 Jan 07 martin 536       <label>Rgn ratio</label>
3091 31 Jan 07 martin 537       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 538       <value>\Rgn Ratio (635/532)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 539     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 540     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 541       <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
3091 31 Jan 07 martin 542       <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 543       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 544       <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 545     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 546     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 547       <name>rawDataType</name>
3091 31 Jan 07 martin 548       <label>Raw data type</label>
3091 31 Jan 07 martin 549       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 550       <value>genepix</value>
3091 31 Jan 07 martin 551     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 552     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 553       <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
3091 31 Jan 07 martin 554       <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
3091 31 Jan 07 martin 555       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 556       <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 557     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 558     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 559       <name>blockColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 560       <label>Block</label>
3091 31 Jan 07 martin 561       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 562       <value>\Block\</value>
3091 31 Jan 07 martin 563     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 564   </configuration>
3091 31 Jan 07 martin 565   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 566     <configname>GenePix raw data import (cy3/cy5)</configname>
3091 31 Jan 07 martin 567     <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
3091 31 Jan 07 martin 568 The wavelengths should be 532nm for channel_1 and 635nm for channel_2.</description>
3091 31 Jan 07 martin 569     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 570       <name>yColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 571       <label>Y</label>
3091 31 Jan 07 martin 572       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 573       <value>\Y\</value>
3091 31 Jan 07 martin 574     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 575     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 576       <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 577       <label>Channel 2 background mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 578       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 579       <value>\B635 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 580     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 581     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 582       <name>propertyMapping.flags</name>
3091 31 Jan 07 martin 583       <label>Flags</label>
3091 31 Jan 07 martin 584       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 585       <value>\Flags\</value>
3091 31 Jan 07 martin 586     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 587     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 588       <name>propertyMapping.mValue</name>
3091 31 Jan 07 martin 589       <label>M value</label>
3091 31 Jan 07 martin 590       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 591       <value>\Log Ratio (532/635)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 592     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 593     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 594       <name>trimQuotes</name>
3091 31 Jan 07 martin 595       <label>Remove quotes</label>
3091 31 Jan 07 martin 596       <class>java.lang.Boolean</class>
3091 31 Jan 07 martin 597       <value>true</value>
3091 31 Jan 07 martin 598     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 599     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 600       <name>propertyMapping.diameter</name>
3091 31 Jan 07 martin 601       <label>Spot diameter</label>
3091 31 Jan 07 martin 602       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 603       <value>\Dia.\</value>
3091 31 Jan 07 martin 604     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 605     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 606       <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
3091 31 Jan 07 martin 607       <label>Percent saturated pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 608       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 609       <value>\F635 % Sat.\</value>
3091 31 Jan 07 martin 610     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 611     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 612       <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 613       <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 614       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 615       <value>\F532 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 616     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 617     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 618       <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
3091 31 Jan 07 martin 619       <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 620       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 621       <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 622     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 623     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 624       <name>propertyMapping.fgPixels</name>
3091 31 Jan 07 martin 625       <label>Foreground pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 626       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 627       <value>\F Pixels\</value>
3091 31 Jan 07 martin 628     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 629     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 630       <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 631       <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 632       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 633       <value>\F635 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 634     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 635     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 636       <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 637       <label>Channel 2 background standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 638       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 639       <value>\B635 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 640     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 641     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 642       <name>headerRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 643       <label>Header</label>
3091 31 Jan 07 martin 644       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 645       <value>"(.+)=(.*)"</value>
3091 31 Jan 07 martin 646     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 647     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 648       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 649       <label>Reporter ID</label>
3091 31 Jan 07 martin 650       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 651       <value>\ID\</value>
3091 31 Jan 07 martin 652     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 653     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 654       <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 655       <label>Channel 1 foreground median</label>
3091 31 Jan 07 martin 656       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 657       <value>\F532 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 658     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 659     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 660       <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 661       <label>Channel 1 background mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 662       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 663       <value>\B532 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 664     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 665     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 666       <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 667       <label>Channel 2 background median</label>
3091 31 Jan 07 martin 668       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 669       <value>\B635 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 670     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 671     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 672       <name>rowColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 673       <label>Row</label>
3091 31 Jan 07 martin 674       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 675       <value>\Row\</value>
3091 31 Jan 07 martin 676     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 677     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 678       <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 679       <label>Channel 1 background median</label>
3091 31 Jan 07 martin 680       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 681       <value>\B532 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 682     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 683     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 684       <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 685       <label>Channel 2 foreground mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 686       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 687       <value>\F635 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 688     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 689     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 690       <name>propertyMapping.rgnR2</name>
3091 31 Jan 07 martin 691       <label>Rgn R2</label>
3091 31 Jan 07 martin 692       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 693       <value>\Rgn R² (532/635)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 694     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 695     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 696       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 697       <label>Data header</label>
3091 31 Jan 07 martin 698       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 699       <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(532\/635\)".*</value>
3091 31 Jan 07 martin 700     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 701     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 702       <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 703       <label>Standard deviation of ratios</label>
3091 31 Jan 07 martin 704       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 705       <value>\Ratios SD (532/635)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 706     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 707     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 708       <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
3091 31 Jan 07 martin 709       <label>Channel 2 foreground median</label>
3091 31 Jan 07 martin 710       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 711       <value>\F635 Median\</value>
3091 31 Jan 07 martin 712     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 713     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 714       <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
3091 31 Jan 07 martin 715       <label>Percent saturated pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 716       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 717       <value>\F532 % Sat.\</value>
3091 31 Jan 07 martin 718     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 719     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 720       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 721       <label>Data splitter</label>
3091 31 Jan 07 martin 722       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 723       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 724     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 725     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 726       <name>columnColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 727       <label>Column</label>
3091 31 Jan 07 martin 728       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 729       <value>\Column\</value>
3091 31 Jan 07 martin 730     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 731     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 732       <name>propertyMapping.bgPixels</name>
3091 31 Jan 07 martin 733       <label>Background pixels</label>
3091 31 Jan 07 martin 734       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 735       <value>\B Pixels\</value>
3091 31 Jan 07 martin 736     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 737     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 738       <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
3091 31 Jan 07 martin 739       <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
3091 31 Jan 07 martin 740       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 741       <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 742     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 743     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 744       <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
3091 31 Jan 07 martin 745       <label>Channel 1 foreground mean</label>
3091 31 Jan 07 martin 746       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 747       <value>\F532 Mean\</value>
3091 31 Jan 07 martin 748     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 749     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 750       <name>xColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 751       <label>X</label>
3091 31 Jan 07 martin 752       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 753       <value>\X\</value>
3091 31 Jan 07 martin 754     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 755     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 756       <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
3091 31 Jan 07 martin 757       <label>Channel 1 background standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 758       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 759       <value>\B532 SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 760     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 761     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 762       <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
3091 31 Jan 07 martin 763       <label>Rgn ratio</label>
3091 31 Jan 07 martin 764       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 765       <value>\Rgn Ratio (532/635)\</value>
3091 31 Jan 07 martin 766     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 767     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 768       <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
3091 31 Jan 07 martin 769       <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
3091 31 Jan 07 martin 770       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 771       <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 772     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 773     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 774       <name>rawDataType</name>
3091 31 Jan 07 martin 775       <label>Raw data type</label>
3091 31 Jan 07 martin 776       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 777       <value>genepix</value>
3091 31 Jan 07 martin 778     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 779     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 780       <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
3091 31 Jan 07 martin 781       <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
3091 31 Jan 07 martin 782       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 783       <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
3091 31 Jan 07 martin 784     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 785     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 786       <name>blockColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 787       <label>Block</label>
3091 31 Jan 07 martin 788       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 789       <value>\Block\</value>
3091 31 Jan 07 martin 790     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 791   </configuration>
3091 31 Jan 07 martin 792   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 793     <configname>96_well plate import</configname>
3091 31 Jan 07 martin 794     <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 96-well plates.</description>
3091 31 Jan 07 martin 795     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 796       <name>nameColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 797       <label>Plate number/name</label>
3091 31 Jan 07 martin 798       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 799       <value>\96_number\</value>
3091 31 Jan 07 martin 800     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 801     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 802       <name>reporterColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 803       <label>Reporter ID</label>
3091 31 Jan 07 martin 804       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 805       <value>\oligo_id\</value>
3091 31 Jan 07 martin 806     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 807     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 808       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 809       <label>Data header</label>
3091 31 Jan 07 martin 810       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 811       <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
3091 31 Jan 07 martin 812     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 813     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 814       <name>trimQuotes</name>
3091 31 Jan 07 martin 815       <label>Remove quotes</label>
3091 31 Jan 07 martin 816       <class>java.lang.Boolean</class>
3091 31 Jan 07 martin 817       <value>true</value>
3091 31 Jan 07 martin 818     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 819     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 820       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 821       <label>Data splitter</label>
3091 31 Jan 07 martin 822       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 823       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 824     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 825     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 826       <name>columnColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 827       <label>Column</label>
3091 31 Jan 07 martin 828       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 829       <value>\96_column\</value>
3091 31 Jan 07 martin 830     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 831     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 832       <name>rowColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 833       <label>Row</label>
3091 31 Jan 07 martin 834       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 835       <value>\96_row\</value>
3091 31 Jan 07 martin 836     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 837   </configuration>
3091 31 Jan 07 martin 838   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
3091 31 Jan 07 martin 839     <configname>Reporters from 96well plates file</configname>
3091 31 Jan 07 martin 840     <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 96well plates are imported from.</description>
3091 31 Jan 07 martin 841     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 842       <name>nameColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 843       <label>Name</label>
3091 31 Jan 07 martin 844       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 845       <value>\oligo_id\</value>
3091 31 Jan 07 martin 846     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 847     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 848       <name>dataHeaderRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 849       <label>Data header</label>
3091 31 Jan 07 martin 850       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 851       <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
3091 31 Jan 07 martin 852     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 853     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 854       <name>trimQuotes</name>
3091 31 Jan 07 martin 855       <label>Remove quotes</label>
3091 31 Jan 07 martin 856       <class>java.lang.Boolean</class>
3091 31 Jan 07 martin 857       <value>true</value>
3091 31 Jan 07 martin 858     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 859     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 860       <name>dataSplitterRegexp</name>
3091 31 Jan 07 martin 861       <label>Data splitter</label>
3091 31 Jan 07 martin 862       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 863       <value>\t</value>
3091 31 Jan 07 martin 864     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 865     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 866       <name>descriptionColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 867       <label>Description</label>
3091 31 Jan 07 martin 868       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 869       <value>\description_Ensembl*\</value>
3091 31 Jan 07 martin 870     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 871     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 872       <name>symbolColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 873       <label>Gene symbol</label>
3091 31 Jan 07 martin 874       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 875       <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
3091 31 Jan 07 martin 876     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 877     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 878       <name>reporterIdColumnMapping</name>
3091 31 Jan 07 martin 879       <label>Reporter ID</label>
3091 31 Jan 07 martin 880       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 881       <value>\oligo_id\</value>
3091 31 Jan 07 martin 882     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 883     <parameter>
3091 31 Jan 07 martin 884       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
3091 31 Jan 07 martin 885       <label>Sequence</label>
3091 31 Jan 07 martin 886       <class>java.lang.String</class>
3091 31 Jan 07 martin 887       <value>\oligo_sequence\</value>
3091 31 Jan 07 martin 888     </parameter>
3091 31 Jan 07 martin 889   </configuration>
3641 08 Aug 07 nicklas 890   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
3641 08 Aug 07 nicklas 891     <configname>Zip archive (.zip)</configname>
3641 08 Aug 07 nicklas 892     <description>Compress the selected files/directories and put them in a ZIP file.</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 893     <parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 894       <name>packer</name>
3641 08 Aug 07 nicklas 895       <label>Packer class</label>
3641 08 Aug 07 nicklas 896       <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 897       <class>java.lang.String</class>
3641 08 Aug 07 nicklas 898       <value>net.sf.basedb.util.zip.ZipFilePacker</value>
3641 08 Aug 07 nicklas 899     </parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 900   </configuration>
3641 08 Aug 07 nicklas 901   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
3641 08 Aug 07 nicklas 902     <configname>TAR archive (.tar)</configname>
3641 08 Aug 07 nicklas 903     <description>Collect the selected files/directories into a TAR file (not compressed).</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 904     <parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 905       <name>packer</name>
3641 08 Aug 07 nicklas 906       <label>Packer class</label>
3641 08 Aug 07 nicklas 907       <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 908       <class>java.lang.String</class>
3641 08 Aug 07 nicklas 909       <value>net.sf.basedb.util.zip.TarFilePacker</value>
3641 08 Aug 07 nicklas 910     </parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 911   </configuration>
3641 08 Aug 07 nicklas 912   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
3641 08 Aug 07 nicklas 913     <configname>GZipped TAR archive (.tar.gz)</configname>
3641 08 Aug 07 nicklas 914     <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with GZIP.</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 915     <parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 916       <name>packer</name>
3641 08 Aug 07 nicklas 917       <label>Packer class</label>
3641 08 Aug 07 nicklas 918       <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 919       <class>java.lang.String</class>
3641 08 Aug 07 nicklas 920       <value>net.sf.basedb.util.zip.GzipFilePacker</value>
3641 08 Aug 07 nicklas 921     </parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 922   </configuration>
3641 08 Aug 07 nicklas 923   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
3641 08 Aug 07 nicklas 924     <configname>BZipped TAR archive (.tar.bz2)</configname>
3641 08 Aug 07 nicklas 925     <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with BZIP2.</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 926     <parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 927       <name>packer</name>
3641 08 Aug 07 nicklas 928       <label>Packer class</label>
3641 08 Aug 07 nicklas 929       <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
3641 08 Aug 07 nicklas 930       <class>java.lang.String</class>
3641 08 Aug 07 nicklas 931       <value>net.sf.basedb.util.zip.Bzip2FilePacker</value>
3641 08 Aug 07 nicklas 932     </parameter>
3641 08 Aug 07 nicklas 933   </configuration>
5759 26 Sep 11 nicklas 934   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterImporter">
5759 26 Sep 11 nicklas 935     <configname>gene_id (no prefix)</configname>
5771 29 Sep 11 nicklas 936     <description>A configuration that uses the &lt;gene_id&gt; as reporter id.</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 937     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 938       <name>reporterIdColumnMapping</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 939       <label>External ID</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 940       <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
5771 29 Sep 11 nicklas 941       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 942       <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
5771 29 Sep 11 nicklas 943     </parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 944     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 945       <name>trimQuotes</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 946       <label>Remove quotes</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 947       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 948       <class>java.lang.Boolean</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 949       <value>true</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 950     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 951     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 952       <name>dataHeaderRegexp</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 953       <label>Data header</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 954       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 955       <class>java.lang.String</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 956       <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;gene_id&gt;.*</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 957     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 958     <parameter>
6459 27 May 14 nicklas 959       <name>ignoreRegexp</name>
6459 27 May 14 nicklas 960       <label>Ignore</label>
6459 27 May 14 nicklas 961       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
6459 27 May 14 nicklas 962       <class>java.lang.String</class>
6459 27 May 14 nicklas 963       <value>^#.*</value>
6459 27 May 14 nicklas 964     </parameter>
6459 27 May 14 nicklas 965     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 966       <name>minDataColumns</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 967       <label>Min data columns</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 968       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 969       <class>java.lang.Integer</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 970       <value>4</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 971     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 972     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 973       <name>complexExpressions</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 974       <label>Complex column mappings</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 975       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
5759 26 Sep 11 nicklas 976 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 977       <class>java.lang.String</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 978       <value>disallow</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 979     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 980     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 981       <name>charset</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 982       <label>Character set</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 983       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 984       <class>java.lang.String</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 985       <value>ISO-8859-1</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 986     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 987     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 988       <name>nameColumnMapping</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 989       <label>Name</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 990       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 991       <class>java.lang.String</class>
5761 26 Sep 11 nicklas 992       <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 993     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 994     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 995       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 996       <label>Chromosome</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 997       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 998       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 999       <value>\&lt;seqname&gt;\</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1000     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1001     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1002       <name>decimalSeparator</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 1003       <label>Decimal separator</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 1004       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1005       <class>java.lang.String</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 1006       <value>dot</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1007     </parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1008     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1009       <name>dataSplitterRegexp</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1010       <label>Data splitter</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1011       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
5771 29 Sep 11 nicklas 1012       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1013       <value>\t</value>
5771 29 Sep 11 nicklas 1014     </parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1015     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1016       <name>symbolColumnMapping</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1017       <label>Gene symbol</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1018       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
5771 29 Sep 11 nicklas 1019       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1020       <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
5771 29 Sep 11 nicklas 1021     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1022   </configuration>
5759 26 Sep 11 nicklas 1023   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterImporter">
5771 29 Sep 11 nicklas 1024     <configname>transcript_id@seqname (no prefix)</configname>
5770 29 Sep 11 nicklas 1025     <description>A configuration that uses the &lt;transcript_id&gt;@&lt;seqname&gt; as reporter id. &lt;seqname&gt; is usually the chromosome ID (eg. chr1).</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1026     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1027       <name>reporterIdColumnMapping</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1028       <label>External ID</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1029       <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
5770 29 Sep 11 nicklas 1030       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1031       <value>\&lt;transcript_id&gt;\@\&lt;seqname&gt;\</value>
5770 29 Sep 11 nicklas 1032     </parameter>
5770 29 Sep 11 nicklas 1033     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1034       <name>trimQuotes</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 1035       <label>Remove quotes</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 1036       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1037       <class>java.lang.Boolean</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 1038       <value>true</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1039     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1040     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1041       <name>dataHeaderRegexp</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1042       <label>Data header</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1043       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1044       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1045       <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;transcript_id&gt;.*</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1046     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1047     <parameter>
6459 27 May 14 nicklas 1048       <name>ignoreRegexp</name>
6459 27 May 14 nicklas 1049       <label>Ignore</label>
6459 27 May 14 nicklas 1050       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
6459 27 May 14 nicklas 1051       <class>java.lang.String</class>
6459 27 May 14 nicklas 1052       <value>^#.*</value>
6459 27 May 14 nicklas 1053     </parameter>
6459 27 May 14 nicklas 1054     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1055       <name>minDataColumns</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 1056       <label>Min data columns</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 1057       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1058       <class>java.lang.Integer</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 1059       <value>4</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1060     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1061     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1062       <name>complexExpressions</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 1063       <label>Complex column mappings</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 1064       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
5759 26 Sep 11 nicklas 1065 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1066       <class>java.lang.String</class>
5770 29 Sep 11 nicklas 1067       <value>allow</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1068     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1069     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1070       <name>charset</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 1071       <label>Character set</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 1072       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1073       <class>java.lang.String</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 1074       <value>ISO-8859-1</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1075     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1076     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1077       <name>nameColumnMapping</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 1078       <label>Name</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 1079       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1080       <class>java.lang.String</class>
5770 29 Sep 11 nicklas 1081       <value>\&lt;transcript_id&gt;\@\&lt;seqname&gt;\</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1082     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1083     <parameter>
5770 29 Sep 11 nicklas 1084       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
5770 29 Sep 11 nicklas 1085       <label>Chromosome</label>
5770 29 Sep 11 nicklas 1086       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
5770 29 Sep 11 nicklas 1087       <class>java.lang.String</class>
5770 29 Sep 11 nicklas 1088       <value>\&lt;seqname&gt;\</value>
5770 29 Sep 11 nicklas 1089     </parameter>
5770 29 Sep 11 nicklas 1090     <parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1091       <name>decimalSeparator</name>
5759 26 Sep 11 nicklas 1092       <label>Decimal separator</label>
5759 26 Sep 11 nicklas 1093       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
5759 26 Sep 11 nicklas 1094       <class>java.lang.String</class>
5759 26 Sep 11 nicklas 1095       <value>dot</value>
5759 26 Sep 11 nicklas 1096     </parameter>
5770 29 Sep 11 nicklas 1097     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1098       <name>dataSplitterRegexp</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1099       <label>Data splitter</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1100       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
5771 29 Sep 11 nicklas 1101       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1102       <value>\t</value>
5771 29 Sep 11 nicklas 1103     </parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1104     <parameter>
5770 29 Sep 11 nicklas 1105       <name>symbolColumnMapping</name>
5770 29 Sep 11 nicklas 1106       <label>Gene symbol</label>
5770 29 Sep 11 nicklas 1107       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
5770 29 Sep 11 nicklas 1108       <class>java.lang.String</class>
5770 29 Sep 11 nicklas 1109       <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
5770 29 Sep 11 nicklas 1110     </parameter>
5759 26 Sep 11 nicklas 1111   </configuration>
5764 27 Sep 11 nicklas 1112   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterMapImporter">
5771 29 Sep 11 nicklas 1113     <configname>transcript_id@seqname (no prefix)</configname>
5771 29 Sep 11 nicklas 1114     <description>A configuration that uses &lt;transcript_id&gt;@&lt;seqname&gt; as reporter and feature id. &lt;seqname&gt; is usually the chromosome ID (eg. chr1).</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1115     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1116       <name>reporterIdColumnMapping</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1117       <label>Reporter ID</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1118       <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1119       <class>java.lang.String</class>
5772 29 Sep 11 nicklas 1120       <value>\&lt;transcript_id&gt;\@\&lt;seqname&gt;\</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1121     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1122     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1123       <name>trimQuotes</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1124       <label>Remove quotes</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1125       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1126       <class>java.lang.Boolean</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1127       <value>true</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1128     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1129     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1130       <name>dataHeaderRegexp</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1131       <label>Data header</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1132       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1133       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1134       <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;transcript_id&gt;.*</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1135     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1136     <parameter>
6459 27 May 14 nicklas 1137       <name>ignoreRegexp</name>
6459 27 May 14 nicklas 1138       <label>Ignore</label>
6459 27 May 14 nicklas 1139       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
6459 27 May 14 nicklas 1140       <class>java.lang.String</class>
6459 27 May 14 nicklas 1141       <value>^#.*</value>
6459 27 May 14 nicklas 1142     </parameter>
6459 27 May 14 nicklas 1143     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1144       <name>minDataColumns</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1145       <label>Min data columns</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1146       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
5771 29 Sep 11 nicklas 1147       <class>java.lang.Integer</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1148       <value>4</value>
5771 29 Sep 11 nicklas 1149     </parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1150     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1151       <name>featureIdentification</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1152       <label />
5764 27 Sep 11 nicklas 1153       <description />
5764 27 Sep 11 nicklas 1154       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1155       <value>FEATURE_ID</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1156     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1157     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1158       <name>complexExpressions</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1159       <label>Complex column mappings</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1160       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
5764 27 Sep 11 nicklas 1161 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1162       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1163       <value>allow</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1164     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1165     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1166       <name>charset</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1167       <label>Character set</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1168       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1169       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1170       <value>ISO-8859-1</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1171     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1172     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1173       <name>featureIdColumnMapping</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1174       <label>Feature ID</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1175       <description>Mapping that picks the feature's ID from the data columns. For example: \&lt;transcript_id&gt;\</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1176       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1177       <value>\&lt;transcript_id&gt;\@\&lt;seqname&gt;\</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1178     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1179     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1180       <name>dataSplitterRegexp</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1181       <label>Data splitter</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1182       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1183       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1184       <value>\t</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1185     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1186   </configuration>
5764 27 Sep 11 nicklas 1187   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterMapImporter">
5764 27 Sep 11 nicklas 1188     <configname>gene_id (no prefix)</configname>
5771 29 Sep 11 nicklas 1189     <description>A configuration that uses the &lt;gene_id&gt; as reporter id and &lt;transcript_id&gt;@&lt;seqname&gt; as feature id. Note that &lt;gene_id&gt; may not be unique so it is not recommended to use that as feature id.</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1190     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1191       <name>reporterIdColumnMapping</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1192       <label>Reporter ID</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1193       <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1194       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1195       <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1196     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1197     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1198       <name>dataHeaderRegexp</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1199       <label>Data header</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1200       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
5771 29 Sep 11 nicklas 1201       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1202       <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;gene_id&gt;.*</value>
5771 29 Sep 11 nicklas 1203     </parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1204     <parameter>
6459 27 May 14 nicklas 1205       <name>ignoreRegexp</name>
6459 27 May 14 nicklas 1206       <label>Ignore</label>
6459 27 May 14 nicklas 1207       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
6459 27 May 14 nicklas 1208       <class>java.lang.String</class>
6459 27 May 14 nicklas 1209       <value>^#.*</value>
6459 27 May 14 nicklas 1210     </parameter>
6459 27 May 14 nicklas 1211     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1212       <name>trimQuotes</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1213       <label>Remove quotes</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1214       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1215       <class>java.lang.Boolean</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1216       <value>true</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1217     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1218     <parameter>
5771 29 Sep 11 nicklas 1219       <name>minDataColumns</name>
5771 29 Sep 11 nicklas 1220       <label>Min data columns</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1221       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
5771 29 Sep 11 nicklas 1222       <class>java.lang.Integer</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1223       <value>4</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1224     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1225     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1226       <name>featureIdentification</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1227       <label />
5764 27 Sep 11 nicklas 1228       <description />
5764 27 Sep 11 nicklas 1229       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1230       <value>FEATURE_ID</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1231     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1232     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1233       <name>complexExpressions</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1234       <label>Complex column mappings</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1235       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
5764 27 Sep 11 nicklas 1236 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1237       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1238       <value>allow</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1239     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1240     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1241       <name>charset</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1242       <label>Character set</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1243       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1244       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1245       <value>ISO-8859-1</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1246     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1247     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1248       <name>featureIdColumnMapping</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1249       <label>Feature ID</label>
5771 29 Sep 11 nicklas 1250       <description>Mapping that picks the feature's ID from the data columns. For example: \&lt;transcript_id&gt;\</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1251       <class>java.lang.String</class>
5771 29 Sep 11 nicklas 1252       <value>\&lt;transcript_id&gt;\@\&lt;seqname&gt;\</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1253     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1254     <parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1255       <name>dataSplitterRegexp</name>
5764 27 Sep 11 nicklas 1256       <label>Data splitter</label>
5764 27 Sep 11 nicklas 1257       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
5764 27 Sep 11 nicklas 1258       <class>java.lang.String</class>
5764 27 Sep 11 nicklas 1259       <value>\t</value>
5764 27 Sep 11 nicklas 1260     </parameter>
5764 27 Sep 11 nicklas 1261   </configuration>
5773 29 Sep 11 nicklas 1262   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
5773 29 Sep 11 nicklas 1263     <configname>Cufflinks isoform FPKM (transcript_id@seqname; no prefix)</configname>
5773 29 Sep 11 nicklas 1264     <description>A configuration that import isoforms.fpkm_tracking files and uses &lt;transcript_id&gt;@&lt;seqname&gt; as reporter and feature id.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1265     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1266       <name>dataHeaderRegexp</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1267       <label>Data header</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1268       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1269       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1270       <value>tracking_id\t.*FPKM.*</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1271     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1272     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1273       <name>complexExpressions</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1274       <label>Complex column mappings</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1275       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
5773 29 Sep 11 nicklas 1276 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1277       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1278       <value>allow</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1279     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1280     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1281       <name>propertyMapping.status</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1282       <label>Status</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1283       <description>Quantification status. Can be one of OK (deconvolution successful), LOWDATA (too complex or shallowly sequenced), HIDATA (too many fragments in locus), or FAIL, when an ill-conditioned covariance matrix or other numerical exception prevents deconvolution.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1284       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1285       <value>\status\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1286     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1287     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1288       <name>charset</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1289       <label>Character set</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1290       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1291       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1292       <value>ISO-8859-1</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1293     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1294     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1295       <name>featureIdColumnMapping</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1296       <label>Feature ID</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1297       <description>Mapping that picks the spot's feature ID from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the FEATURE_ID method for identifying features. The value is not saved to the database.For example: \Feature ID\</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1298       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1299       <value>=col('tracking_id')+'@'+left(col('locus'), ':')</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1300     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1301     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1302       <name>propertyMapping.fpkm_lo</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1303       <label>FPKM lo</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1304       <description>The lower bound of the 95% confidence interval on the FPKM.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1305       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1306       <value>\FPKM_conf_lo\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1307     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1308     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1309       <name>dataSplitterRegexp</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1310       <label>Data splitter</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1311       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1312       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1313       <value>\t</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1314     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1315     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1316       <name>decimalSeparator</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1317       <label>Decimal separator</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1318       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1319       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1320       <value>dot</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1321     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1322     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1323       <name>rawDataType</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1324       <label>Raw data type</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1325       <description>The type of raw data that this importer will import.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1326       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1327       <value>cufflinks</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1328     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1329     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1330       <name>propertyMapping.coverage</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1331       <label>Coverage</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1332       <description>Estimate for the absolute depth of read coverage across the object.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1333       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1334       <value>\coverage\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1335     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1336     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1337       <name>propertyMapping.fpkm_hi</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1338       <label>FPKM hi</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1339       <description>The upper bound of the 95% confidence interval on the FPKM.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1340       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1341       <value>\FPKM_conf_hi\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1342     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1343     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1344       <name>reporterIdColumnMapping</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1345       <label>Reporter ID</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1346       <description>Mapping that picks the 'External ID' of the spot's reporter from the data columns. For example: \ID\</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1347       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1348       <value>=col('tracking_id')+'@'+left(col('locus'), ':')</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1349     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1350     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1351       <name>trimQuotes</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1352       <label>Remove quotes</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1353       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1354       <class>java.lang.Boolean</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1355       <value>true</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1356     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1357     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1358       <name>propertyMapping.fpkm</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1359       <label>FPKM</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1360       <description>Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1361       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1362       <value>\FPKM\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1363     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1364   </configuration>
5773 29 Sep 11 nicklas 1365   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
5773 29 Sep 11 nicklas 1366     <configname>Cufflinks isoform FPKM (gene_id; no prefix)</configname>
5773 29 Sep 11 nicklas 1367     <description>A configuration that import isoforms.fpkm_tracking files and uses &lt;gene_id&gt; as reporter id and &lt;transcript_id&gt;@&lt;seqname&gt; as feature id.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1368     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1369       <name>dataHeaderRegexp</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1370       <label>Data header</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1371       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1372       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1373       <value>tracking_id\t.*FPKM.*</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1374     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1375     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1376       <name>complexExpressions</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1377       <label>Complex column mappings</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1378       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
5773 29 Sep 11 nicklas 1379 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1380       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1381       <value>allow</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1382     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1383     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1384       <name>propertyMapping.status</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1385       <label>Status</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1386       <description>Quantification status. Can be one of OK (deconvolution successful), LOWDATA (too complex or shallowly sequenced), HIDATA (too many fragments in locus), or FAIL, when an ill-conditioned covariance matrix or other numerical exception prevents deconvolution.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1387       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1388       <value>\status\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1389     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1390     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1391       <name>charset</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1392       <label>Character set</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1393       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1394       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1395       <value>ISO-8859-1</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1396     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1397     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1398       <name>propertyMapping.fpkm_lo</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1399       <label>FPKM lo</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1400       <description>The lower bound of the 95% confidence interval on the FPKM.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1401       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1402       <value>\FPKM_conf_lo\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1403     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1404     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1405       <name>featureIdColumnMapping</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1406       <label>Feature ID</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1407       <description>Mapping that picks the spot's feature ID from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the FEATURE_ID method for identifying features. The value is not saved to the database.For example: \Feature ID\</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1408       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1409       <value>=col('tracking_id')+'@'+left(col('locus'), ':')</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1410     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1411     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1412       <name>decimalSeparator</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1413       <label>Decimal separator</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1414       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1415       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1416       <value>dot</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1417     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1418     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1419       <name>propertyMapping.coverage</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1420       <label>Coverage</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1421       <description>Estimate for the absolute depth of read coverage across the object.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1422       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1423       <value>\coverage\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1424     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1425     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1426       <name>dataSplitterRegexp</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1427       <label>Data splitter</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1428       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1429       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1430       <value>\t</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1431     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1432     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1433       <name>rawDataType</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1434       <label>Raw data type</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1435       <description>The type of raw data that this importer will import.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1436       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1437       <value>cufflinks</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1438     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1439     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1440       <name>propertyMapping.fpkm_hi</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1441       <label>FPKM hi</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1442       <description>The upper bound of the 95% confidence interval on the FPKM.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1443       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1444       <value>\FPKM_conf_hi\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1445     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1446     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1447       <name>reporterIdColumnMapping</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1448       <label>Reporter ID</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1449       <description>Mapping that picks the 'External ID' of the spot's reporter from the data columns. For example: \ID\</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1450       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1451       <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1452     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1453     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1454       <name>trimQuotes</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1455       <label>Remove quotes</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1456       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1457       <class>java.lang.Boolean</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1458       <value>true</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1459     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1460     <parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1461       <name>propertyMapping.fpkm</name>
5773 29 Sep 11 nicklas 1462       <label>FPKM</label>
5773 29 Sep 11 nicklas 1463       <description>Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped.</description>
5773 29 Sep 11 nicklas 1464       <class>java.lang.String</class>
5773 29 Sep 11 nicklas 1465       <value>\FPKM\</value>
5773 29 Sep 11 nicklas 1466     </parameter>
5773 29 Sep 11 nicklas 1467   </configuration>
3675 16 Aug 07 jari 1468 </configfile>

Generated on Sat Oct  7 02:27:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)