doc/src/docbook/faq/faqs.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3372 24 May 07 philippe 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
3386 25 May 07 martin 2 <!DOCTYPE part PUBLIC 
3372 24 May 07 philippe 3     "-//Dawid Weiss//DTD DocBook V3.1-Based Extension for XML and graphics inclusion//EN" 
3372 24 May 07 philippe 4     "../../../../lib/docbook/preprocess/dweiss-docbook-extensions.dtd">
3386 25 May 07 martin 5 <!--
3386 25 May 07 martin 6   $Id: faqs.xml 3246 2007-04-16 14:12:23Z martin $
3386 25 May 07 martin 7   
3675 16 Aug 07 jari 8   Copyright (C) 2007 Peter Johansson, Nicklas Nordborg, Philippe Rocca-Serra, Martin Svensson
4889 06 Apr 09 nicklas 9   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3386 25 May 07 martin 10   
3386 25 May 07 martin 11   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
3386 25 May 07 martin 12   Available at http://base.thep.lu.se/
3386 25 May 07 martin 13   
3386 25 May 07 martin 14   BASE is free software; you can redistribute it and/or
3386 25 May 07 martin 15   modify it under the terms of the GNU General Public License
4477 05 Sep 08 jari 16   as published by the Free Software Foundation; either version 3
3386 25 May 07 martin 17   of the License, or (at your option) any later version.
3386 25 May 07 martin 18   
3386 25 May 07 martin 19   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
3386 25 May 07 martin 20   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3386 25 May 07 martin 21   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
3386 25 May 07 martin 22   GNU General Public License for more details.
3386 25 May 07 martin 23   
3386 25 May 07 martin 24   You should have received a copy of the GNU General Public License
4509 11 Sep 08 jari 25   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3386 25 May 07 martin 26 -->
3372 24 May 07 philippe 27
4416 26 Aug 08 jari 28 <part id="faqsdoc">
5782 04 Oct 11 nicklas 29   <?dbhtml dir="faq" filename="index.html" ?>
4416 26 Aug 08 jari 30   <title>FAQ</title>
3402 29 May 07 nicklas 31
4416 26 Aug 08 jari 32   <chapter id="faqs" chunked="0">
5782 04 Oct 11 nicklas 33     <?dbhtml filename="faq.html" ?>
4416 26 Aug 08 jari 34     <title>Frequently Asked Questions with answers</title>
4416 26 Aug 08 jari 35
4416 26 Aug 08 jari 36     <para>
4416 26 Aug 08 jari 37       This chapter presents a list of solutions to common problems and
4416 26 Aug 08 jari 38       tasks in BASE. The information is is collected from the mailing
4416 26 Aug 08 jari 39       lists, private communication, and from issues frequently
4416 26 Aug 08 jari 40       encountered in BASE introduction courses. If you have BASE
4416 26 Aug 08 jari 41       solutions that should be added to this chapter please contact us
4416 26 Aug 08 jari 42       through the usual communication channels, see
4416 26 Aug 08 jari 43       <xref linkend="resources" /> for contact information.
4416 26 Aug 08 jari 44     </para>
4416 26 Aug 08 jari 45
4416 26 Aug 08 jari 46     <sect1 id="faqs.reporter">
4416 26 Aug 08 jari 47       <title>Reporter related questions with answers</title>
3386 25 May 07 martin 48       <qandaset defaultlabel='qanda'>
3402 29 May 07 nicklas 49         <?dbhtml cellspacing="0px" cellpadding="0px" ?>
4403 21 Aug 08 jari 50
3386 25 May 07 martin 51         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 52           <question>
3386 25 May 07 martin 53             <simpara>
4402 21 Aug 08 jari 54               My favourite database is not used for annotating reporters. Can I add
4402 21 Aug 08 jari 55               my database to BASE and if so, how should it proceed?
3386 25 May 07 martin 56             </simpara>
3386 25 May 07 martin 57           </question>
3386 25 May 07 martin 58           <answer>
3386 25 May 07 martin 59             <simpara>
3402 29 May 07 nicklas 60               Yes, you can add resources to annotate reporters. You will need to
4402 21 Aug 08 jari 61               upgrade BASE and you may have to contact your system administrator for
3386 25 May 07 martin 62               doing so.
3386 25 May 07 martin 63             </simpara>
3372 24 May 07 philippe 64
3386 25 May 07 martin 65             <simpara>
3402 29 May 07 nicklas 66               In order to change, remove or add annotation fields attached to
3402 29 May 07 nicklas 67               reporters, you will need modify the <filename>extended-properties.xml</filename>
3402 29 May 07 nicklas 68               file and run a BASE update. Please refer to section
5738 15 Sep 11 nicklas 69               <xref linkend="installation.main" />
3386 25 May 07 martin 70               for information about both processes. Once done with the upgrade, you'll
4137 11 Feb 08 nicklas 71               have to define a new reporter import plug-in. Instructions can be found
3402 29 May 07 nicklas 72               in <xref linkend="plugins" />.
3386 25 May 07 martin 73             </simpara>
3386 25 May 07 martin 74           </answer>
3386 25 May 07 martin 75         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 76
3386 25 May 07 martin 77         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 78           <question>
3386 25 May 07 martin 79             <simpara>
3386 25 May 07 martin 80               I have made a mistake while loading my reporters. How can I delete them
3386 25 May 07 martin 81               all in one go ?
3386 25 May 07 martin 82             </simpara>
3386 25 May 07 martin 83           </question>
3386 25 May 07 martin 84           <answer>
3386 25 May 07 martin 85             <simpara>
4137 11 Feb 08 nicklas 86               The reporter import plug-in can be executed in <emphasis>delete</emphasis>
5682 02 Aug 11 nicklas 87               mode. Run the plug-in again and select the same file you used for the import.
4137 11 Feb 08 nicklas 88               Select the <guilabel>Mode=delete</guilabel> option.
4137 11 Feb 08 nicklas 89               In the <guilabel>Error handling</guilabel> section select the
4137 11 Feb 08 nicklas 90               <guilabel>Reporter is used=skip</guilabel> option. This will delete all 
4137 11 Feb 08 nicklas 91               reporters that was created in the previous import.
3386 25 May 07 martin 92             </simpara>
3386 25 May 07 martin 93           </answer>
3386 25 May 07 martin 94         </qandaentry>
4403 21 Aug 08 jari 95
4403 21 Aug 08 jari 96         <qandaentry>
4403 21 Aug 08 jari 97           <question>
4403 21 Aug 08 jari 98             <simpara>
4403 21 Aug 08 jari 99               I get a message "Error: Unable to import root
4403 21 Aug 08 jari 100               bioassay. Item not found:
5110 29 Sep 09 jari 101               Reporter[externalId=AFFX-2315060]" when I try to create
4403 21 Aug 08 jari 102               a root bioassayset.
4403 21 Aug 08 jari 103             </simpara>
4403 21 Aug 08 jari 104           </question>
4403 21 Aug 08 jari 105           <answer>
4403 21 Aug 08 jari 106             <simpara>
4403 21 Aug 08 jari 107               BASE requires all reporters (probesets in Affymetrix
4403 21 Aug 08 jari 108               speak) to be stored in the database before they can be
4403 21 Aug 08 jari 109               used. The reporter information is typically imported
4403 21 Aug 08 jari 110               from a reporter annotation file but in some cases the
4403 21 Aug 08 jari 111               reporter annotation file supplied by Affymetrix fails to
4403 21 Aug 08 jari 112               describe all reporters (probesets) on a chip. BASE will
4403 21 Aug 08 jari 113               refuse to store data related to such chips until the
4403 21 Aug 08 jari 114               missing reporters are added to the database. Hence the
4403 21 Aug 08 jari 115               rejection of the new root bioassayset.
4403 21 Aug 08 jari 116             </simpara>
4403 21 Aug 08 jari 117
4403 21 Aug 08 jari 118             <simpara>
4403 21 Aug 08 jari 119               The resolution is straightforward, simply import the
4403 21 Aug 08 jari 120               probeset information from the CDF file associated with
4403 21 Aug 08 jari 121               the array design. The catch is that normal BASE user
4403 21 Aug 08 jari 122               credential is not enough to perform the import therefore
4403 21 Aug 08 jari 123               someone with proper credential (the BASE server
4403 21 Aug 08 jari 124               administrator is one of them) must perform the
4403 21 Aug 08 jari 125               import. Follow the instructions at
4403 21 Aug 08 jari 126               <xref linkend="reporters.import" /> to import
4403 21 Aug 08 jari 127               reporters. Make sure to select plug-in option to ignore
4403 21 Aug 08 jari 128               already existing reporters when starting the import
4403 21 Aug 08 jari 129               otherwise the existing reporter annotations will be
4403 21 Aug 08 jari 130               changed. The goal here is to add missing reporters to
4403 21 Aug 08 jari 131               allow BASE work with your data. The CDF file does not
4403 21 Aug 08 jari 132               contain any annotation information and cannot be used to
4403 21 Aug 08 jari 133               annotate reporters.
4403 21 Aug 08 jari 134             </simpara>
4403 21 Aug 08 jari 135           </answer>
4403 21 Aug 08 jari 136         </qandaentry>
4403 21 Aug 08 jari 137
3386 25 May 07 martin 138       </qandaset>
4416 26 Aug 08 jari 139     </sect1>
3372 24 May 07 philippe 140
4416 26 Aug 08 jari 141     <sect1 id="faqs.arraydesign">
4416 26 Aug 08 jari 142       <title>Array design related questions with answers</title>
3386 25 May 07 martin 143       <qandaset defaultlabel='qanda'>
3402 29 May 07 nicklas 144         <?dbhtml cellspacing="0px" cellpadding="0px" ?>
3386 25 May 07 martin 145         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 146           <question>
3386 25 May 07 martin 147             <para>
4487 08 Sep 08 jari 148               What it the best way to create an array design in BASE when starting
3402 29 May 07 nicklas 149               from a GAL file?
3386 25 May 07 martin 150             </para>
3386 25 May 07 martin 151           </question>
3386 25 May 07 martin 152           <answer>
3386 25 May 07 martin 153             <para>
3402 29 May 07 nicklas 154               This requires some work but here is the
3386 25 May 07 martin 155               procedure to remember:
3386 25 May 07 martin 156             </para>
3386 25 May 07 martin 157             <para>
3402 29 May 07 nicklas 158               A gal file tells where <guilabel>Reporters</guilabel>
3402 29 May 07 nicklas 159               have been spotted on an array. So a GAL file can be used to do 2 things
3386 25 May 07 martin 160             </para>
3386 25 May 07 martin 161             <orderedlist>
3386 25 May 07 martin 162               <listitem>
3386 25 May 07 martin 163                 <para>
4402 21 Aug 08 jari 164                   Define the features of an array design for a non-Affymetrix platform
3402 29 May 07 nicklas 165                   using the <guilabel>Reporter Map importer plug-in</guilabel>.
3386 25 May 07 martin 166                 </para>
3386 25 May 07 martin 167                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 168                   To do so, after having created an new array design, go to the
3402 29 May 07 nicklas 169                   single-item view by of the newly created array design.
3402 29 May 07 nicklas 170                   Click on the &gbImport;
3487 13 Jun 07 peter 171                   the button. If you do not see it, it means that you have not
3402 29 May 07 nicklas 172                   enough privileges (contact the administrator).
3386 25 May 07 martin 173                 </para>
3386 25 May 07 martin 174                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 175                   This starts the plug-in configuration wizard. Select
3402 29 May 07 nicklas 176                   the <guilabel>auto detect</guilabel> option and in the
3402 29 May 07 nicklas 177                   next step your GAL file.
3386 25 May 07 martin 178                 </para>
3386 25 May 07 martin 179                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 180                   Now, there is the risk that no file format has been defined
3402 29 May 07 nicklas 181                   for GAL files. This must be done by an administrator or other user
3402 29 May 07 nicklas 182                   with proper privileges. See <xref linkend="plugins.configuration" /> 
4402 21 Aug 08 jari 183                   for information about this.
3386 25 May 07 martin 184                 </para>
3386 25 May 07 martin 185                 <para>
3386 25 May 07 martin 186                   Once done (and if everything went fine), you can see from the
3402 29 May 07 nicklas 187                   Array Design list view that the
3386 25 May 07 martin 188                   <guilabel>Has features</guilabel>
3386 25 May 07 martin 189                   entry has been modified and is set to 'Yes (n)' where n
3402 29 May 07 nicklas 190                   indicates the number of spots (features) for this array.
3386 25 May 07 martin 191                 </para>
3386 25 May 07 martin 192                 <note>
3386 25 May 07 martin 193                   <para>
3402 29 May 07 nicklas 194                     Features can also be loaded from a Genepix GPR file
3402 29 May 07 nicklas 195                     with the same procedure. 
3386 25 May 07 martin 196                   </para>
3386 25 May 07 martin 197                 </note>
3386 25 May 07 martin 198               </listitem>
3386 25 May 07 martin 199               <listitem>
3386 25 May 07 martin 200                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 201                   Define the
3386 25 May 07 martin 202                   <guilabel>Reporters</guilabel>
3402 29 May 07 nicklas 203                   present on the array design using the
3402 29 May 07 nicklas 204                   <guilabel>Reporter importer plug-in</guilabel>.
3386 25 May 07 martin 205                 </para>
3386 25 May 07 martin 206                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 207                   To do so, Go to 
3402 29 May 07 nicklas 208                   <menuchoice>
3402 29 May 07 nicklas 209                     <guimenu>View</guimenu>
3402 29 May 07 nicklas 210                     <guimenuitem>Reporters</guimenuitem>
3402 29 May 07 nicklas 211                   </menuchoice>
3402 29 May 07 nicklas 212                   and click on
3402 29 May 07 nicklas 213                   &gbImport;. This starts a
3402 29 May 07 nicklas 214                   <guilabel>Reporter Importer plug-in</guilabel>
3386 25 May 07 martin 215                 </para>
3386 25 May 07 martin 216                 <para>
3386 25 May 07 martin 217                   More information about importing Reporters can be found in
3386 25 May 07 martin 218                   <xref linkend="reporters" />
3386 25 May 07 martin 219                 </para>
3386 25 May 07 martin 220               </listitem>
3386 25 May 07 martin 221             </orderedlist>
3386 25 May 07 martin 222           </answer>
3386 25 May 07 martin 223         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 224
3386 25 May 07 martin 225         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 226           <question>
3386 25 May 07 martin 227             <para>
3386 25 May 07 martin 228               I am confused. What is the difference between
3402 29 May 07 nicklas 229               <guilabel>Reporter map importer</guilabel>,
3402 29 May 07 nicklas 230               <guilabel>Print map importer</guilabel> and
3402 29 May 07 nicklas 231               <guilabel>Reporter importer</guilabel>?
3386 25 May 07 martin 232             </para>
3386 25 May 07 martin 233           </question>
3386 25 May 07 martin 234           <answer>
3386 25 May 07 martin 235             <para>
3402 29 May 07 nicklas 236               The reporter map and print map importer are used to
3402 29 May 07 nicklas 237               import features to an array design. 
3402 29 May 07 nicklas 238               The latter one must be used when your array design is connected to PCR
3402 29 May 07 nicklas 239               plates and supports two file formats: Biorobotics TAM 
3402 29 May 07 nicklas 240               and Molecularware MWBR. See
3402 29 May 07 nicklas 241               <ulink url="http://www.flychip.org.uk/protocols/robotic_spotting/fileformats.php"
3402 29 May 07 nicklas 242                 >http://www.flychip.org.uk/protocols/robotic_spotting/fileformats.php</ulink>
3402 29 May 07 nicklas 243               for more information about those file formats.
4402 21 Aug 08 jari 244               If you are only using commercial platforms or if you do not use plates in the array LIMS, you
3402 29 May 07 nicklas 245               have no need for the print map importer and should use the reporter 
3402 29 May 07 nicklas 246               map importer instead.
3386 25 May 07 martin 247             </para>
3372 24 May 07 philippe 248
3386 25 May 07 martin 249             <para>
3402 29 May 07 nicklas 250               The reporter importer is used to load reporter annotations into BASE.
3386 25 May 07 martin 251             </para>
3386 25 May 07 martin 252           </answer>
3386 25 May 07 martin 253         </qandaentry>
3386 25 May 07 martin 254       </qandaset>
4416 26 Aug 08 jari 255     </sect1>
3372 24 May 07 philippe 256
4416 26 Aug 08 jari 257     <sect1 id="faqs.biomaterial">
4416 26 Aug 08 jari 258       <title>Biomaterial, Protocol, Hardware, Software related questions with answers</title>
3386 25 May 07 martin 259       <qandaset defaultlabel='qanda'>
3402 29 May 07 nicklas 260         <?dbhtml cellspacing="0px" cellpadding="0px" ?>
3386 25 May 07 martin 261         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 262           <question>
3386 25 May 07 martin 263             <para>
3402 29 May 07 nicklas 264               I have just created a new item but I can not see
3402 29 May 07 nicklas 265               it. Am I doing something wrong?
3386 25 May 07 martin 266             </para>
3386 25 May 07 martin 267           </question>
3386 25 May 07 martin 268           <answer>
3386 25 May 07 martin 269             <para>
3386 25 May 07 martin 270               Try clearing the filter. To do so: use the
3386 25 May 07 martin 271               <guilabel>view / presets</guilabel>
3386 25 May 07 martin 272               dropdown and select the
3386 25 May 07 martin 273               <guilabel>clear filter</guilabel>
3386 25 May 07 martin 274               entry. This will remove all characters in the search boxes and all
3386 25 May 07 martin 275               preselection of item in the drop down lists. If this does not solve your
3402 29 May 07 nicklas 276               problem, then check if the <guilabel>view / presets</guilabel>
3402 29 May 07 nicklas 277               has the <guilabel>owned by me</guilabel> entry selected.
3386 25 May 07 martin 278             </para>
3386 25 May 07 martin 279           </answer>
3386 25 May 07 martin 280         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 281
3386 25 May 07 martin 282         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 283           <question>
3386 25 May 07 martin 284             <para>
3402 29 May 07 nicklas 285               I can only see XX columns in the list view but I know I have
4402 21 Aug 08 jari 286               a lot more information. Is there a way I can customise the column
3386 25 May 07 martin 287               display?
3386 25 May 07 martin 288             </para>
3386 25 May 07 martin 289           </question>
3386 25 May 07 martin 290           <answer>
3386 25 May 07 martin 291             <para>
3402 29 May 07 nicklas 292               Yes, you can display many more columns. See <xref 
3402 29 May 07 nicklas 293               linkend="webclient.itemlist.columns" />.
3386 25 May 07 martin 294             </para>
3386 25 May 07 martin 295           </answer>
3386 25 May 07 martin 296         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 297
3386 25 May 07 martin 298         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 299           <question>
3386 25 May 07 martin 300             <para>
3402 29 May 07 nicklas 301               Is it possible to sort the values in a column in the list view?
3386 25 May 07 martin 302             </para>
3386 25 May 07 martin 303           </question>
3386 25 May 07 martin 304           <answer>
3386 25 May 07 martin 305             <para>
3402 29 May 07 nicklas 306               Of course it is. See <xref linkend="webclient.itemlist.order" />.
3386 25 May 07 martin 307             </para>
3386 25 May 07 martin 308           </answer>
3386 25 May 07 martin 309         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 310
3386 25 May 07 martin 311         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 312           <question>
3386 25 May 07 martin 313             <para>
3402 29 May 07 nicklas 314               Is it possible to sort the annotation types from 
3402 29 May 07 nicklas 315               <guilabel>Annotation &amp; parameters</guilabel> tab in the
3402 29 May 07 nicklas 316               single-item view?
3386 25 May 07 martin 317             </para>
3386 25 May 07 martin 318           </question>
3386 25 May 07 martin 319           <answer>
3402 29 May 07 nicklas 320             <para>
3402 29 May 07 nicklas 321             No. This is not possible at the moment. The annotations are always sorted 
3402 29 May 07 nicklas 322             by the name of the annotation type.
3402 29 May 07 nicklas 323             </para>
3386 25 May 07 martin 324           </answer>
3386 25 May 07 martin 325         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 326
3386 25 May 07 martin 327         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 328           <question>
3386 25 May 07 martin 329             <para>
3386 25 May 07 martin 330               I have to create pools of samples in my experiment due to scarcity of
4487 08 Sep 08 jari 331               the biological material. Can I represent those pooled samples is BASE?
3386 25 May 07 martin 332             </para>
3386 25 May 07 martin 333           </question>
3386 25 May 07 martin 334           <answer>
3386 25 May 07 martin 335             <para>
3402 29 May 07 nicklas 336               Yes, you can. From the sample list select a number of samples
3402 29 May 07 nicklas 337               by marking their checkboxes. Then click on the <guibutton>Pool</guibutton>
3402 29 May 07 nicklas 338               button. For more information see
5738 15 Sep 11 nicklas 339               <xref linkend="biomaterial.samples.create" />.
5682 02 Aug 11 nicklas 340               Pooling can also be applied to extracts.
3386 25 May 07 martin 341             </para>
3386 25 May 07 martin 342           </answer>
3386 25 May 07 martin 343         </qandaentry>
3386 25 May 07 martin 344         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 345           <question>
3386 25 May 07 martin 346             <para>
5682 02 Aug 11 nicklas 347               I need to create a new item subtype but the
3394 28 May 07 martin 348               &gbNew;
3386 25 May 07 martin 349               button is grey and does not work. Why?
3386 25 May 07 martin 350             </para>
3386 25 May 07 martin 351           </question>
3386 25 May 07 martin 352           <answer>
3386 25 May 07 martin 353             <para>
3402 29 May 07 nicklas 354               Your privileges are not high enough and you have not been granted
5682 02 Aug 11 nicklas 355               permission to create subtypes. Contact your BASE administrator.
3402 29 May 07 nicklas 356               For more information about permissions, please refer to 
5738 15 Sep 11 nicklas 357               <xref linkend="accounts" />.
3386 25 May 07 martin 358             </para>
3386 25 May 07 martin 359           </answer>
3386 25 May 07 martin 360         </qandaentry>
3386 25 May 07 martin 361         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 362           <question>
3386 25 May 07 martin 363             <para>
3402 29 May 07 nicklas 364               I have created an Annotation Type <userinput>Temperature</userinput>
3402 29 May 07 nicklas 365               and shared it to everyone but when I want to use it for annotating a 
3402 29 May 07 nicklas 366               sample, I can not find it! How is that?
3386 25 May 07 martin 367             </para>
3386 25 May 07 martin 368           </question>
3386 25 May 07 martin 369           <answer>
3386 25 May 07 martin 370             <para>
3402 29 May 07 nicklas 371               The most likely explanation is that this particular annotation
3402 29 May 07 nicklas 372               type has been declared as a protocol parameter. This means that it will 
4487 08 Sep 08 jari 373               only be displayed in BASE if you have used a sample creation protocol 
3402 29 May 07 nicklas 374               which uses that parameter.
3386 25 May 07 martin 375             </para>
3386 25 May 07 martin 376           </answer>
3386 25 May 07 martin 377         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 378
3386 25 May 07 martin 379         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 380           <question>
3386 25 May 07 martin 381             <para>
3386 25 May 07 martin 382               I have carried out an experiment using both Affymetrix and Agilent
4487 08 Sep 08 jari 383               arrays but I can not select more than one raw data type in BASE. What
3402 29 May 07 nicklas 384               should I do?
3386 25 May 07 martin 385             </para>
3386 25 May 07 martin 386           </question>
3386 25 May 07 martin 387           <answer>
3386 25 May 07 martin 388             <para>
3386 25 May 07 martin 389               In this particular case and because you are using 2 different raw data
3386 25 May 07 martin 390               file formats, you will have to split your experiment in 2. One
3386 25 May 07 martin 391               experiment for those samples processed using Affymetrix platform and
3487 13 Jun 07 peter 392               another one using Agilent platform. You do not necessarily have to
3386 25 May 07 martin 393               provide all information about the samples again but simply create new
3386 25 May 07 martin 394               raw bioassay data which can be grouped in a new experiment.
3386 25 May 07 martin 395             </para>
3386 25 May 07 martin 396           </answer>
3386 25 May 07 martin 397         </qandaentry>
3386 25 May 07 martin 398       </qandaset>
4416 26 Aug 08 jari 399     </sect1>
3372 24 May 07 philippe 400
4416 26 Aug 08 jari 401     <sect1 id="faqs.datafiles_rawdata">
4416 26 Aug 08 jari 402       <title>Data Files and Raw Data related questions with answers</title>
3386 25 May 07 martin 403       <qandaset defaultlabel='qanda'>
3402 29 May 07 nicklas 404         <?dbhtml cellspacing="0px" cellpadding="0px" ?>
3386 25 May 07 martin 405         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 406           <question>
3386 25 May 07 martin 407             <para>
4487 08 Sep 08 jari 408               It seems that BASE does not support the data files generated by my brand
4487 08 Sep 08 jari 409               new scanner. Is it possible to add it to BASE?
3386 25 May 07 martin 410             </para>
3386 25 May 07 martin 411           </question>
3386 25 May 07 martin 412           <answer>
3386 25 May 07 martin 413             <para>
4487 08 Sep 08 jari 414               Yes it is possible to extend BASE so that it can support your system.
4487 08 Sep 08 jari 415               You will need to define a new raw data type for BASE by modifying
3402 29 May 07 nicklas 416               the <filename>raw-datatypes.xml</filename> configuration file.
3386 25 May 07 martin 417             </para>
3386 25 May 07 martin 418             <para>
3402 29 May 07 nicklas 419               Then, you will have to run the <filename>updatedb.sh</filename>
3402 29 May 07 nicklas 420               to make the new raw data type available to the system. See 
5738 15 Sep 11 nicklas 421               <xref linkend="installation.upgrade" />.
3386 25 May 07 martin 422             </para>
3386 25 May 07 martin 423             <para>
3402 29 May 07 nicklas 424               Finally, you will have to configure a raw data import plug-in in order to
3402 29 May 07 nicklas 425               be able to create rawbioassays. See
3386 25 May 07 martin 426               <xref linkend="plugins.configuration" />
3386 25 May 07 martin 427               and
3402 29 May 07 nicklas 428               <xref linkend="experiments_analysis.rawbioassay.rawdata" />
3386 25 May 07 martin 429               for further information.
3386 25 May 07 martin 430             </para>
3386 25 May 07 martin 431           </answer>
3386 25 May 07 martin 432         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 433
3386 25 May 07 martin 434         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 435           <question>
4487 08 Sep 08 jari 436             <para>Are Affymetrix CDT and CAB files supported by BASE?</para>
3386 25 May 07 martin 437           </question>
3386 25 May 07 martin 438           <answer>
3386 25 May 07 martin 439             <para>
3402 29 May 07 nicklas 440               There is no support for CDT or CAB. Currently only CDF and CEL files are
3386 25 May 07 martin 441               supported by the Affymetrix plug-ins. Annotation files (.csv) are used
3386 25 May 07 martin 442               for uploading probeset (reporter in BASE language) information. The
3402 29 May 07 nicklas 443               issue of supporting CDT and CAB files is an import and a plug-in issue.
3402 29 May 07 nicklas 444               There are two ways to solve this: 
3402 29 May 07 nicklas 445               <orderedlist>
3402 29 May 07 nicklas 446               <listitem>
3402 29 May 07 nicklas 447                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 448                 Write code that treats the files in a proper way and submit 
3402 29 May 07 nicklas 449                 the solution to the developer team (preferred route).
3402 29 May 07 nicklas 450                 </para>
3402 29 May 07 nicklas 451               </listitem>
3402 29 May 07 nicklas 452               <listitem>
3402 29 May 07 nicklas 453                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 454                 Submit a ticket through
7982 14 Jun 21 nicklas 455                 <ulink url="https://base.thep.lu.se">https://base.thep.lu.se</ulink>
3402 29 May 07 nicklas 456                 explaining what you'd like to see with respect to to CDT and CAB files.
3402 29 May 07 nicklas 457                 </para>
3402 29 May 07 nicklas 458               </listitem>
3402 29 May 07 nicklas 459               </orderedlist>
3402 29 May 07 nicklas 460               
3402 29 May 07 nicklas 461               <note>
3402 29 May 07 nicklas 462                 <para>
3402 29 May 07 nicklas 463                 To include CDT and CAB support to BASE, the file formats must be 
3402 29 May 07 nicklas 464                 open, that is we must be able to read them without proprietary 
3402 29 May 07 nicklas 465                 non-distributable code.
3402 29 May 07 nicklas 466                 </para>
3402 29 May 07 nicklas 467               </note>
3386 25 May 07 martin 468             </para>
3386 25 May 07 martin 469           </answer>
3386 25 May 07 martin 470         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 471
3386 25 May 07 martin 472         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 473           <question>
4487 08 Sep 08 jari 474             <para>Are Illumina data files supported by BASE?</para>
3386 25 May 07 martin 475           </question>
3386 25 May 07 martin 476           <answer>
3386 25 May 07 martin 477             <para>
4452 05 Sep 08 jari 478               Yes, but not by default. There is
7982 14 Jun 21 nicklas 479               an <ulink url="https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.illumina">Illumina
4452 05 Sep 08 jari 480               package</ulink> that provides Illumina support to
4452 05 Sep 08 jari 481               BASE. The package is straightforward to install, visit
4452 05 Sep 08 jari 482               the package site for more information.
3386 25 May 07 martin 483             </para>
3386 25 May 07 martin 484           </answer>
3386 25 May 07 martin 485         </qandaentry>
4452 05 Sep 08 jari 486
3386 25 May 07 martin 487       </qandaset>
4452 05 Sep 08 jari 488
4416 26 Aug 08 jari 489     </sect1>
3372 24 May 07 philippe 490
3372 24 May 07 philippe 491
4416 26 Aug 08 jari 492     <sect1 id="faqs.analysis">
4416 26 Aug 08 jari 493       <title>Analysis related questions with answers</title>
3386 25 May 07 martin 494       <qandaset defaultlabel='qanda'>
3402 29 May 07 nicklas 495         <?dbhtml cellspacing="0px" cellpadding="0px" ?>
3386 25 May 07 martin 496         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 497           <question>
3386 25 May 07 martin 498             <para>
3402 29 May 07 nicklas 499               Is it possible to use the formula filter to filter for 
3402 29 May 07 nicklas 500               <constant>null</constant> 
3402 29 May 07 nicklas 501               values (or non-<constant>null</constant> values)?
3386 25 May 07 martin 502             </para>
3386 25 May 07 martin 503           </question>
3386 25 May 07 martin 504           <answer>
3402 29 May 07 nicklas 505             <para>
5682 02 Aug 11 nicklas 506               Yes, use an expression like:
5682 02 Aug 11 nicklas 507               <userinput>ch(0) != null</userinput>. This will match
4402 21 Aug 08 jari 508               all values, except <constant>null</constant> values.
3402 29 May 07 nicklas 509             </para>
3386 25 May 07 martin 510           </answer>
3386 25 May 07 martin 511         </qandaentry>
3372 24 May 07 philippe 512
3386 25 May 07 martin 513         <qandaentry>
3386 25 May 07 martin 514           <question>
3386 25 May 07 martin 515             <para>
4487 08 Sep 08 jari 516               OK, I have uploaded 40 CEL files in BASE but are there any tool to
4402 21 Aug 08 jari 517               perform normalisation on Affymetrix raw data?
3386 25 May 07 martin 518             </para>
3386 25 May 07 martin 519           </question>
3386 25 May 07 martin 520           <answer>
3386 25 May 07 martin 521             <para>
4487 08 Sep 08 jari 522               Yes, there is. BASE team has created a plug-in based on
3402 29 May 07 nicklas 523               <ulink url="http://rmaexpress.bmbolstad.com/">
4402 21 Aug 08 jari 524               RMAExpress methods from Bolstad and Irizarry</ulink> so you can normalise
4402 21 Aug 08 jari 525               Affymetrix data sets of reasonable size (not 1000 CEL files at a time
3386 25 May 07 martin 526               though even though this might depend on your set-up...)
3402 29 May 07 nicklas 527               The plug-in is not included in a standard BASE installation, but
7982 14 Jun 21 nicklas 528               can be downloaded from the <ulink url="https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.affymetrix"
3402 29 May 07 nicklas 529                 >BASE plug-ins web site</ulink>.
3386 25 May 07 martin 530             </para>
3386 25 May 07 martin 531           </answer>
3386 25 May 07 martin 532         </qandaentry>
5110 29 Sep 09 jari 533
5110 29 Sep 09 jari 534         <qandaentry>
5110 29 Sep 09 jari 535           <question>
5110 29 Sep 09 jari 536             <para>
5110 29 Sep 09 jari 537               I am trying to import raw bioassays using the import
5110 29 Sep 09 jari 538               button in the experiment properties view but BASE claims
5110 29 Sep 09 jari 539               that <emphasis>Could not find any plugins that you have
5110 29 Sep 09 jari 540               permission to use</emphasis>. I know there are import
5110 29 Sep 09 jari 541               plug-ins available to me since I have successfully
5110 29 Sep 09 jari 542               imported data before, why does the import fail?
5110 29 Sep 09 jari 543             </para>
5110 29 Sep 09 jari 544           </question>
5110 29 Sep 09 jari 545           <answer>
5110 29 Sep 09 jari 546             <para>
5110 29 Sep 09 jari 547               All raw bioassays in the experiment are already
5110 29 Sep 09 jari 548               imported. In this case the BASE server cannot detect
5110 29 Sep 09 jari 549               anything to import and returns the somewhat confusing
5110 29 Sep 09 jari 550               message. Simply add the non-imported raw bioassays to
5110 29 Sep 09 jari 551               the experiment and try again.
5110 29 Sep 09 jari 552             </para>
5110 29 Sep 09 jari 553           </answer>
5110 29 Sep 09 jari 554         </qandaentry>
3386 25 May 07 martin 555       </qandaset>
4416 26 Aug 08 jari 556     </sect1>
4416 26 Aug 08 jari 557
4416 26 Aug 08 jari 558   </chapter>
4416 26 Aug 08 jari 559
3386 25 May 07 martin 560 </part>

Generated on Sat Oct  7 02:27:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)