doc/src/docbook/overview/features.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4421 27 Aug 08 jari 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
4421 27 Aug 08 jari 2 <!DOCTYPE chapter PUBLIC 
4421 27 Aug 08 jari 3     "-//Dawid Weiss//DTD DocBook V3.1-Based Extension for XML and graphics inclusion//EN" 
4421 27 Aug 08 jari 4     "../../../../lib/docbook/preprocess/dweiss-docbook-extensions.dtd">
4421 27 Aug 08 jari 5
4421 27 Aug 08 jari 6 <!--
4421 27 Aug 08 jari 7   $Id$
4421 27 Aug 08 jari 8
5845 01 Nov 11 jari 9   Copyright (C) 2008, 2011 Jari Häkkinen
4421 27 Aug 08 jari 10
4421 27 Aug 08 jari 11   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4421 27 Aug 08 jari 12   Available at http://base.thep.lu.se/
4421 27 Aug 08 jari 13
4421 27 Aug 08 jari 14   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4421 27 Aug 08 jari 15   modify it under the terms of the GNU General Public License
4477 05 Sep 08 jari 16   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4421 27 Aug 08 jari 17   of the License, or (at your option) any later version.
4421 27 Aug 08 jari 18
4421 27 Aug 08 jari 19   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4421 27 Aug 08 jari 20   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4421 27 Aug 08 jari 21   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4421 27 Aug 08 jari 22   GNU General Public License for more details.
4421 27 Aug 08 jari 23
4421 27 Aug 08 jari 24   You should have received a copy of the GNU General Public License
4509 11 Sep 08 jari 25   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4421 27 Aug 08 jari 26 -->
4421 27 Aug 08 jari 27
4421 27 Aug 08 jari 28 <chapter id="features" chunked="0">
5782 04 Oct 11 nicklas 29   <?dbhtml filename="features.html"?>
4421 27 Aug 08 jari 30   <title>BASE features</title>
4421 27 Aug 08 jari 31
4421 27 Aug 08 jari 32   <para>
5845 01 Nov 11 jari 33     The BASE application features many components; MIAME compliance,
5845 01 Nov 11 jari 34     multi-user, data sharing, data access management, array and
5845 01 Nov 11 jari 35     biomaterial LIMS, multiple array platforms, RNAseq sequencing
5845 01 Nov 11 jari 36     support, extensibility, configurable plug-ins, annotation
5845 01 Nov 11 jari 37     customisation, streamlined access to analysis tools, integration
5845 01 Nov 11 jari 38     of <ulink url='http://www.tm4.org/mev/'>MultiExperiment Viewer
6465 04 Jun 14 nicklas 39     (MeV)</ulink>, and more. To support all
5845 01 Nov 11 jari 40     components the underlying relational database has grown to become
5845 01 Nov 11 jari 41     very large and complex, especially since BASE itself works with
5845 01 Nov 11 jari 42     objects posing additional database tables to keep track of objects
5846 01 Nov 11 jari 43     stored in a relational database. Thus, rather than trying to
5846 01 Nov 11 jari 44     describe every feature in detail here, we highlight some of the
5845 01 Nov 11 jari 45     more important features.
4421 27 Aug 08 jari 46   </para>
4421 27 Aug 08 jari 47
5845 01 Nov 11 jari 48   <sect1 id="features.webinterface">
5845 01 Nov 11 jari 49     <title>Web interface</title>
5845 01 Nov 11 jari 50
5845 01 Nov 11 jari 51     <para>
5845 01 Nov 11 jari 52       The entire system is accessed through a web-interface over the
5845 01 Nov 11 jari 53       Internet using a standard web browser, such as Firefox, Safari,
5845 01 Nov 11 jari 54       Opera, or Internet Explorer. Access privileges to a particular
5845 01 Nov 11 jari 55       BASE installation are managed by personal accounts through the
5845 01 Nov 11 jari 56       web-interface. A local administrator creates new user accounts
5845 01 Nov 11 jari 57       with specific roles and access privileges and has an overall
5845 01 Nov 11 jari 58       managerial responsibility for an individual BASE
5845 01 Nov 11 jari 59       installation. With exception for the administrator with global
5845 01 Nov 11 jari 60       data access, individual users have sole access to and control
5845 01 Nov 11 jari 61       their inputted data. Users have the possibility to share data
5845 01 Nov 11 jari 62       they own (or have share credentials for) to other users of the
5845 01 Nov 11 jari 63       same BASE installation.
5845 01 Nov 11 jari 64     </para>
5845 01 Nov 11 jari 65
5845 01 Nov 11 jari 66   </sect1>
5845 01 Nov 11 jari 67
5845 01 Nov 11 jari 68   <sect1 id="features.datamangement">
5845 01 Nov 11 jari 69     <title>Information and annotation management</title>
5845 01 Nov 11 jari 70
5845 01 Nov 11 jari 71     <para>
5845 01 Nov 11 jari 72       BASE features a biomaterial LIMS tracking biological material
5845 01 Nov 11 jari 73       from its source to hybridisation/sequencing and ultimately to
5845 01 Nov 11 jari 74       raw data and analysis. All events throughout sample handling are
5845 01 Nov 11 jari 75       tracked and information on used and remaining quantities,
5845 01 Nov 11 jari 76       physical sample locations, quality control information, and
5846 01 Nov 11 jari 77       sample relations is stored in BASE. Racks or boxes holding
5845 01 Nov 11 jari 78       biomaterials can be created as BioPlates and plate events are
5846 01 Nov 11 jari 79       easily performed for extraction or labelling events. Although
5846 01 Nov 11 jari 80       becoming less commonly used, the array production LIMS of
5846 01 Nov 11 jari 81       previous BASE versions is retained to support researchers with
5846 01 Nov 11 jari 82       spotting facilities, e.g., protein array production and BAC
5846 01 Nov 11 jari 83       array printing that may not be commercially available.
5845 01 Nov 11 jari 84     </para>
5845 01 Nov 11 jari 85
5845 01 Nov 11 jari 86     <para>
5845 01 Nov 11 jari 87       Events in biomaterial and array LIMS are annotable with
5845 01 Nov 11 jari 88       protocols and event dates, and most items can be annotated with
5845 01 Nov 11 jari 89       customisable annotation types such as floats, integers, dates,
5846 01 Nov 11 jari 90       and Boolean flags. Change history for biomaterial items is
5846 01 Nov 11 jari 91       available if configured and can be used to track modifications
5846 01 Nov 11 jari 92       in the database.  Annotations are either free form or from a
5846 01 Nov 11 jari 93       preset list of values, and can be marked as required for MIAME
5846 01 Nov 11 jari 94       compliance. The annotation system is searchable and the user can
5846 01 Nov 11 jari 95       select any annotations to be an experimental factors in analysis
5846 01 Nov 11 jari 96       whereby it becomes available to analysis plugins and plot-tools.
5845 01 Nov 11 jari 97     </para>
5845 01 Nov 11 jari 98
5845 01 Nov 11 jari 99   </sect1>
5845 01 Nov 11 jari 100
5845 01 Nov 11 jari 101   <sect1 id="features.sharingandprivacy">
5845 01 Nov 11 jari 102     <title>Data sharing and privacy</title>
5845 01 Nov 11 jari 103
5845 01 Nov 11 jari 104     <para>
5845 01 Nov 11 jari 105       One of the important features of BASE is its capabilities as a
5845 01 Nov 11 jari 106       local data repository. The repository functionality is amended
5845 01 Nov 11 jari 107       with data grouping, sharing, and privacy policies. A BASE
5845 01 Nov 11 jari 108       project is used to group items (biomaterial, raw data, and
5845 01 Nov 11 jari 109       experiments) into a logical entity, and a BASE experiment is a
5846 01 Nov 11 jari 110       collection of bioassays, e.g., array data, grouped logically
5846 01 Nov 11 jari 111       together for further analysis. All items can co-exist in several
5846 01 Nov 11 jari 112       projects and experiments without any unnecessary copying of
5846 01 Nov 11 jari 113       information.
5845 01 Nov 11 jari 114     </para>
5845 01 Nov 11 jari 115
5845 01 Nov 11 jari 116     <para>
5845 01 Nov 11 jari 117       Data privacy is guarded by the data owner and BASE allows the
5845 01 Nov 11 jari 118       owner to set data access rules. To this end, each item in BASE
5845 01 Nov 11 jari 119       is owned by a user enabling him to share data with
5845 01 Nov 11 jari 120       colleagues. The grouping of data in projects allows the data
5845 01 Nov 11 jari 121       owner to simply include other users in a project in order to
5845 01 Nov 11 jari 122       share data. Each item can have different access levels even
5845 01 Nov 11 jari 123       within a project, and project members can have different
5845 01 Nov 11 jari 124       privileges. The data access rules are very flexible and can be
5845 01 Nov 11 jari 125       overwhelming since access levels on almost any item can be
5845 01 Nov 11 jari 126       individually set. However, using projects, the proper access
5845 01 Nov 11 jari 127       levels can be set at a single point of interaction.
5845 01 Nov 11 jari 128     </para>
5845 01 Nov 11 jari 129
5845 01 Nov 11 jari 130   </sect1>
5845 01 Nov 11 jari 131
5845 01 Nov 11 jari 132   <sect1 id="features.directorystructure">
5845 01 Nov 11 jari 133     <title>File and directory structure</title>
5845 01 Nov 11 jari 134
5845 01 Nov 11 jari 135     <para>
5846 01 Nov 11 jari 136       BASE has an integrated file system to provide the possibility
5846 01 Nov 11 jari 137       for researchers to collect all data files related to a project
5846 01 Nov 11 jari 138       in one single storage location. Data files are uploaded using a
5846 01 Nov 11 jari 139       web browser or an ftp client. The file storage is an integral
5846 01 Nov 11 jari 140       part of a strategy to store all experiment relevant data in
5846 01 Nov 11 jari 141       BASE, even data types not already supported in
5846 01 Nov 11 jari 142       analysis. Collecting all data allows future reuse of the data as
5846 01 Nov 11 jari 143       more data are produced, and new analysis tools becomes
5846 01 Nov 11 jari 144       available.
5845 01 Nov 11 jari 145     </para>
5845 01 Nov 11 jari 146
5845 01 Nov 11 jari 147   </sect1>
5845 01 Nov 11 jari 148
5845 01 Nov 11 jari 149   <sect1 id="features.plugininfrastructure">
5845 01 Nov 11 jari 150     <title>Plugin and extension infrastructure</title>
5845 01 Nov 11 jari 151
5845 01 Nov 11 jari 152     <para>
5845 01 Nov 11 jari 153       BASE features a hierarchically organised analysis interface that
5845 01 Nov 11 jari 154       allows data filtering, normalisation, transformation, and other
5845 01 Nov 11 jari 155       analyses. Parameters and settings are automatically stored for
5845 01 Nov 11 jari 156       each step in the analysis. The selection of analysis tools
5845 01 Nov 11 jari 157       depends on array type and available plug-ins where a wide range
5845 01 Nov 11 jari 158       of tools are pre-installed with BASE, and optional plug-ins can
5845 01 Nov 11 jari 159       be downloaded from the <ulink
7982 14 Jun 21 nicklas 160       url="https://baseplugins.thep.lu.se">BASE plug-in site
5845 01 Nov 11 jari 161       </ulink>. BASE capitalise from other software tools, such as
5845 01 Nov 11 jari 162       MEV, by integrating them into the user interface. Such
5845 01 Nov 11 jari 163       integration provide streamlined access to analysis modules in
5845 01 Nov 11 jari 164       external tools. BASE even features a rudimentary manual
5845 01 Nov 11 jari 165       transform creator that enables researchers to add analysis steps
5845 01 Nov 11 jari 166       within the hierarchical overview of analysis performed
5845 01 Nov 11 jari 167       independently of BASE. The transform creator enables storage of
5845 01 Nov 11 jari 168       result files and parameter information for archival, tracking,
5845 01 Nov 11 jari 169       and sharing purposes.
5845 01 Nov 11 jari 170     </para>
5845 01 Nov 11 jari 171
5845 01 Nov 11 jari 172     <para>
5845 01 Nov 11 jari 173       The analysis of genomics data is continuously evolving with new
5845 01 Nov 11 jari 174       methods and techniques. To this end BASE provides extensions and
5845 01 Nov 11 jari 175       plug-in programming interfaces (APIs) to enable straightforward
5845 01 Nov 11 jari 176       additions of new analysis tools. The use of the APIs is well
5845 01 Nov 11 jari 177       documented and there are numerous examples on how to create
5846 01 Nov 11 jari 178       extensions. The MEV and ftp-server integration all utilise the
5845 01 Nov 11 jari 179       extension mechanism, and the automatically generated overview
5845 01 Nov 11 jari 180       plots available in the experimental analysis view are also
5845 01 Nov 11 jari 181       extensions. The plug-in API is used for all data imports and
5845 01 Nov 11 jari 182       exports, and most analysis tools, providing new developers a lot
5845 01 Nov 11 jari 183       of example code to examine when they create BASE plug-ins.
5845 01 Nov 11 jari 184     </para>
5845 01 Nov 11 jari 185
5845 01 Nov 11 jari 186   </sect1>
5845 01 Nov 11 jari 187
5845 01 Nov 11 jari 188   <sect1 id="features.batchdata">
5845 01 Nov 11 jari 189     <title>Batch upload and download of data</title>
5845 01 Nov 11 jari 190
5845 01 Nov 11 jari 191     <para>
5845 01 Nov 11 jari 192       File, annotation, and item upload can be done asynchronously as
5845 01 Nov 11 jari 193       data are generated or information becomes available. To relieve
5845 01 Nov 11 jari 194       researchers from the tedious task of entering data one by one a
5845 01 Nov 11 jari 195       set of batch import were created; the information generated
5845 01 Nov 11 jari 196       throughout the experimental work is uploaded to BASE in plain
5845 01 Nov 11 jari 197       tab-separated files. These files are supplied to batch importer
5845 01 Nov 11 jari 198       plug-ins that parse the files and create items and associations
5845 01 Nov 11 jari 199       according to the information in the files. The same plug-ins can
5845 01 Nov 11 jari 200       be used to batch update many items. Similarly, annotating items
5845 01 Nov 11 jari 201       is done by creating tab-separated files with annotation
5845 01 Nov 11 jari 202       information, uploading these to BASE, and loading the file
5845 01 Nov 11 jari 203       content into the database using annotation importers. If needed,
5845 01 Nov 11 jari 204       annotations are easily updated with the same mechanism.
5845 01 Nov 11 jari 205     </para>
5845 01 Nov 11 jari 206
5845 01 Nov 11 jari 207     <para>
5845 01 Nov 11 jari 208       Files uploaded to BASE are stored in the directory structure
5845 01 Nov 11 jari 209       within BASE and multiple files are easily transferred to BASE
5845 01 Nov 11 jari 210       either packaged in compressed files with a single upload action,
5845 01 Nov 11 jari 211       or by using an ftp client supporting transfer of file
5845 01 Nov 11 jari 212       structures. Similarly, downloading multiple files is
5845 01 Nov 11 jari 213       straightforward either using an ftp client or by a single click
5845 01 Nov 11 jari 214       in the BASE web interface. Download of items is done through
5845 01 Nov 11 jari 215       item listing views enabling users to filter and select what
5845 01 Nov 11 jari 216       information should be downloaded.
5845 01 Nov 11 jari 217     </para>
5845 01 Nov 11 jari 218
5845 01 Nov 11 jari 219   </sect1>
5845 01 Nov 11 jari 220
4421 27 Aug 08 jari 221   <sect1 id="features.supportedarrays">
4421 27 Aug 08 jari 222     <title>Supported array platforms and raw data formats</title>
4421 27 Aug 08 jari 223
4421 27 Aug 08 jari 224     <para>
5845 01 Nov 11 jari 225       There are many types of microarrays, techniques, and brands
5845 01 Nov 11 jari 226       available for researchers; one- or two-channel hybridizations,
5845 01 Nov 11 jari 227       spotted cDNA/oligo arrays, Affymetrix (GeneChip), Illumina (SNP,
5845 01 Nov 11 jari 228       DASL, WGEX, microRNA), aCGH, SNP, tiling arrays, and many
5846 01 Nov 11 jari 229       more. In addition expression data can be derived from sequencing
5846 01 Nov 11 jari 230       data, i.e., RNASeq. Data is produced in different file formats
5846 01 Nov 11 jari 231       that must be treated differently depending on type.
4421 27 Aug 08 jari 232     </para>
4421 27 Aug 08 jari 233
4421 27 Aug 08 jari 234     <para>
5845 01 Nov 11 jari 235       Many platforms and experimental setups are supported in
5845 01 Nov 11 jari 236       downstream analysis but some microarray techniques cannot
5845 01 Nov 11 jari 237       currently be analysed within BASE simply because lack of support
5845 01 Nov 11 jari 238       in available plug-ins. The problem is resolved by creating new,
5845 01 Nov 11 jari 239       or extending available, plug-ins that add analysis capabilities
5845 01 Nov 11 jari 240       of platforms and techniques not readily supported in
5845 01 Nov 11 jari 241       analysis. Extending analysis capabilities to new technologies is
5845 01 Nov 11 jari 242       only a matter of local needs and resources. We add support for
5845 01 Nov 11 jari 243       platforms in use at the Lund University microarray facility and
5845 01 Nov 11 jari 244       make our tools freely available to the community.
5845 01 Nov 11 jari 245     </para>
5845 01 Nov 11 jari 246
5845 01 Nov 11 jari 247     <para>
5845 01 Nov 11 jari 248       For two channel array platforms it is straightforward to
5846 01 Nov 11 jari 249       customise BASE for a specific array platform, the platform
5845 01 Nov 11 jari 250       simply needs to be adapted to the (BASE) Generic platform. The
5845 01 Nov 11 jari 251       adaptation is to create a raw data format definition and to
5845 01 Nov 11 jari 252       configure raw data importers, or make use of already available
5845 01 Nov 11 jari 253       raw data formats. However, it is not always possible to make an
5845 01 Nov 11 jari 254       natural mapping of a platform to the Generic platform. Platforms
5845 01 Nov 11 jari 255       such as Affymetrix and Illumina platforms cannot naturally be
5845 01 Nov 11 jari 256       mapped on to the Generic two channel platform. For Affymetrix,
5845 01 Nov 11 jari 257       BASE comes with a specific Affymetrix platform and Illumina can
5846 01 Nov 11 jari 258       be supported by customising BASE (go to the <ulink
7982 14 Jun 21 nicklas 259       url="https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.illumina">
5845 01 Nov 11 jari 260       Illumina package</ulink> web site for more information on adding
5845 01 Nov 11 jari 261       Illumina support to BASE).
5845 01 Nov 11 jari 262     </para>
5845 01 Nov 11 jari 263
5845 01 Nov 11 jari 264     <para>
4421 27 Aug 08 jari 265       How to adapt new array platforms to the Generic platform format
4421 27 Aug 08 jari 266       or how to create a new platform type in BASE can be read
4421 27 Aug 08 jari 267       elsewhere in this document. Here we list different array
5846 01 Nov 11 jari 268       platforms used in BASE and also list raw data types supported by
5846 01 Nov 11 jari 269       BASE. However, not all platforms nor raw data types listed below
5846 01 Nov 11 jari 270       are available out-of-the box and a BASE administrator must
5846 01 Nov 11 jari 271       customise his local BASE installation for their specific
4421 27 Aug 08 jari 272       need. What comes pre-configured when BASE is installed is
4421 27 Aug 08 jari 273       indicated in the lists below.
4421 27 Aug 08 jari 274     </para>
4421 27 Aug 08 jari 275
4421 27 Aug 08 jari 276     <sect2 id="features.supportedarrays.platforms">
4421 27 Aug 08 jari 277       <title>Vendor specific and custom printing array
4421 27 Aug 08 jari 278       platforms</title>
4421 27 Aug 08 jari 279
4421 27 Aug 08 jari 280       <para>
4421 27 Aug 08 jari 281         Not all array platforms listed below are available by
4421 27 Aug 08 jari 282         default. The comments to specific platforms explain how to
4421 27 Aug 08 jari 283         enable the use of the array platform in BASE. In some cases
4421 27 Aug 08 jari 284         there is no confirmed usage of a platform but we believe it
4421 27 Aug 08 jari 285         has been tested by anonymous users.
4421 27 Aug 08 jari 286       </para>
4421 27 Aug 08 jari 287
4421 27 Aug 08 jari 288       <variablelist>
4421 27 Aug 08 jari 289         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 290           <term>Affymetrix</term>
4421 27 Aug 08 jari 291           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 292             <para>
5846 01 Nov 11 jari 293               The Affymetrix platform comes pre-configured with a new
5846 01 Nov 11 jari 294               BASE installation. Affymetrix platform in this context
5846 01 Nov 11 jari 295               are the Affymetrix expression arrays. So far there has
5846 01 Nov 11 jari 296               been no reason for expanding the Array platform to other
5846 01 Nov 11 jari 297               chip-types. In principle any Affymetrix chip type can be
5846 01 Nov 11 jari 298               stored in BASE but current plug-ins will always assume
5846 01 Nov 11 jari 299               that expression data is stored and analysed. This can be
5846 01 Nov 11 jari 300               resolved by adding variants of the Affymetrix platform
5846 01 Nov 11 jari 301               but the Lund BASE team currently has no plans to create
5846 01 Nov 11 jari 302               Affymetrix variants.
4421 27 Aug 08 jari 303             </para>
4421 27 Aug 08 jari 304           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 305         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 306
4421 27 Aug 08 jari 307         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 308           <term>Agilent</term>
4421 27 Aug 08 jari 309           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 310             <para>
4421 27 Aug 08 jari 311             </para>
4421 27 Aug 08 jari 312           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 313         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 314
4421 27 Aug 08 jari 315         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 316           <term>Custom printing</term>
4421 27 Aug 08 jari 317           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 318             <para>
4421 27 Aug 08 jari 319               The array layout options are endless and imagination is
4421 27 Aug 08 jari 320               the only limitation ... almost. BASE can import many
4421 27 Aug 08 jari 321               in-house array designs and platforms. The custom arrays
4421 27 Aug 08 jari 322               usually fall back on one of the raw data types already
4421 27 Aug 08 jari 323               available such as GenePix.
4421 27 Aug 08 jari 324             </para>
4421 27 Aug 08 jari 325           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 326         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 327
4421 27 Aug 08 jari 328         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 329           <term>Illumina</term>
4421 27 Aug 08 jari 330           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 331             <para>
5846 01 Nov 11 jari 332               There are several variants of the Illumina
5846 01 Nov 11 jari 333               platform. Using several variants allows BASE to adapt
5846 01 Nov 11 jari 334               its handling of different Illumina chip types. Illumina
5846 01 Nov 11 jari 335               platform support is not included in a standard BASE
5846 01 Nov 11 jari 336               installation but there is a <ulink
7982 14 Jun 21 nicklas 337               url="https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.illumina">
5846 01 Nov 11 jari 338               Illumina package</ulink> available for seamless
4421 27 Aug 08 jari 339               integration of the Illumina array platform to BASE.
4421 27 Aug 08 jari 340             </para>
4421 27 Aug 08 jari 341           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 342         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 343
4421 27 Aug 08 jari 344         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 345           <term>ImaGene</term>
4421 27 Aug 08 jari 346           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 347             <para>
4421 27 Aug 08 jari 348               No successful use confirmed but ImaGene raw data is
4421 27 Aug 08 jari 349               available in BASE.
4421 27 Aug 08 jari 350             </para>
4421 27 Aug 08 jari 351           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 352         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 353
4421 27 Aug 08 jari 354         <varlistentry>
5846 01 Nov 11 jari 355           <term>Sequencing</term>
5846 01 Nov 11 jari 356           <listitem>
5846 01 Nov 11 jari 357             <para>
5846 01 Nov 11 jari 358               Expression data from sequencing experiments. Cufflinks
5846 01 Nov 11 jari 359               raw-data type is available for expression values from
5846 01 Nov 11 jari 360               sequencing experiments.
5846 01 Nov 11 jari 361             </para>
5846 01 Nov 11 jari 362           </listitem>
5846 01 Nov 11 jari 363         </varlistentry>
5846 01 Nov 11 jari 364
5846 01 Nov 11 jari 365         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 366           <term>Unlisted</term>
4421 27 Aug 08 jari 367           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 368             <para>
5846 01 Nov 11 jari 369               In principle any platform generating a matrix of data
5846 01 Nov 11 jari 370               can be imported into BASE. Simply utilise the available
5846 01 Nov 11 jari 371               raw data formats and data importers.
4421 27 Aug 08 jari 372             </para>
4421 27 Aug 08 jari 373           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 374         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 375       </variablelist>
4421 27 Aug 08 jari 376
4421 27 Aug 08 jari 377     </sect2>
4421 27 Aug 08 jari 378
4421 27 Aug 08 jari 379     <sect2 id="features.supportedarrays.rawdatatypes">
4421 27 Aug 08 jari 380       <title>Available raw data types</title>
4421 27 Aug 08 jari 381
4421 27 Aug 08 jari 382       <para>
4421 27 Aug 08 jari 383         Raw data comes in many different formats. These formats are
4421 27 Aug 08 jari 384         usually defined by scanner software vendors and BASE must keep
4421 27 Aug 08 jari 385         track of the different formats for analysis and plotting. BASE
5846 01 Nov 11 jari 386         supports many formats out the box, but some formats need to be
5846 01 Nov 11 jari 387         added manually by the BASE administrator (indicated in the
4421 27 Aug 08 jari 388         list below).
4421 27 Aug 08 jari 389       </para>
4421 27 Aug 08 jari 390
4421 27 Aug 08 jari 391       <variablelist>
4421 27 Aug 08 jari 392
4421 27 Aug 08 jari 393         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 394           <term>Affymetrix</term>
4421 27 Aug 08 jari 395           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 396             <para>
4421 27 Aug 08 jari 397             </para>
4421 27 Aug 08 jari 398           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 399         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 400
4421 27 Aug 08 jari 401         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 402           <term>AIDA</term>
4421 27 Aug 08 jari 403           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 404             <para>
4421 27 Aug 08 jari 405             </para>
4421 27 Aug 08 jari 406           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 407         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 408
4421 27 Aug 08 jari 409         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 410           <term>Agilent</term>
4421 27 Aug 08 jari 411           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 412             <para>
4421 27 Aug 08 jari 413             </para>
4421 27 Aug 08 jari 414           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 415         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 416
4421 27 Aug 08 jari 417         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 418           <term>BZScan</term>
4421 27 Aug 08 jari 419           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 420             <para>
4421 27 Aug 08 jari 421             </para>
4421 27 Aug 08 jari 422           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 423         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 424
4421 27 Aug 08 jari 425         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 426           <term>ChipSkipper</term>
4421 27 Aug 08 jari 427           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 428             <para>
4421 27 Aug 08 jari 429             </para>
4421 27 Aug 08 jari 430           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 431         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 432
4421 27 Aug 08 jari 433         <varlistentry>
5846 01 Nov 11 jari 434           <term>Cufflinks</term>
5846 01 Nov 11 jari 435           <listitem>
5846 01 Nov 11 jari 436             <para>
5846 01 Nov 11 jari 437             </para>
5846 01 Nov 11 jari 438           </listitem>
5846 01 Nov 11 jari 439         </varlistentry>
5846 01 Nov 11 jari 440
5846 01 Nov 11 jari 441         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 442           <term>GenePix</term>
4421 27 Aug 08 jari 443           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 444             <para>
4421 27 Aug 08 jari 445             </para>
4421 27 Aug 08 jari 446           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 447         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 448
4421 27 Aug 08 jari 449         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 450           <term>GeneTAC</term>
4421 27 Aug 08 jari 451           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 452             <para>
4421 27 Aug 08 jari 453             </para>
4421 27 Aug 08 jari 454           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 455         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 456
4421 27 Aug 08 jari 457         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 458           <term>Illumina</term>
4421 27 Aug 08 jari 459           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 460             <para>
4421 27 Aug 08 jari 461               The Illumina array platform usage is recommended to be
4421 27 Aug 08 jari 462               based on the <emphasis>Illumina Bead Summary
4421 27 Aug 08 jari 463               (IBS)</emphasis> raw data format below.
4421 27 Aug 08 jari 464             </para>
4421 27 Aug 08 jari 465           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 466         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 467
4421 27 Aug 08 jari 468         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 469           <term>Illumina Bead Summary (IBS)</term>
4421 27 Aug 08 jari 470           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 471             <para>
5846 01 Nov 11 jari 472               Not available in BASE directly but it is added with the
5846 01 Nov 11 jari 473               <ulink
7982 14 Jun 21 nicklas 474               url="https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.illumina">
4421 27 Aug 08 jari 475               Illumina plug-in</ulink> that adds Illumina array
4421 27 Aug 08 jari 476               platform support to BASE.
4421 27 Aug 08 jari 477             </para>
4421 27 Aug 08 jari 478           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 479         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 480
4421 27 Aug 08 jari 481         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 482           <term>ImaGene</term>
4421 27 Aug 08 jari 483           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 484             <para>
4421 27 Aug 08 jari 485             </para>
4421 27 Aug 08 jari 486           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 487         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 488
4421 27 Aug 08 jari 489         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 490           <term>QuantArray Biotin</term>
4421 27 Aug 08 jari 491           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 492             <para>
4421 27 Aug 08 jari 493             </para>
4421 27 Aug 08 jari 494           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 495         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 496
4421 27 Aug 08 jari 497         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 498           <term>QuantArray Cy</term>
4421 27 Aug 08 jari 499           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 500           <para>
4421 27 Aug 08 jari 501           </para>
4421 27 Aug 08 jari 502           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 503         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 504
4421 27 Aug 08 jari 505         <varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 506           <term>SpotFinder</term>
4421 27 Aug 08 jari 507           <listitem>
4421 27 Aug 08 jari 508             <para>
4421 27 Aug 08 jari 509             </para>
4421 27 Aug 08 jari 510           </listitem>
4421 27 Aug 08 jari 511         </varlistentry>
4421 27 Aug 08 jari 512
4421 27 Aug 08 jari 513       </variablelist>
4421 27 Aug 08 jari 514
4421 27 Aug 08 jari 515     </sect2>
4421 27 Aug 08 jari 516
4421 27 Aug 08 jari 517   </sect1>
4421 27 Aug 08 jari 518
5846 01 Nov 11 jari 519   <sect1 id="features.supportedsequencing">
5846 01 Nov 11 jari 520     <title>Supported sequencing applications</title>
5846 01 Nov 11 jari 521
5846 01 Nov 11 jari 522     <para>
5846 01 Nov 11 jari 523       BASE was originally developed for management and analysis of
5846 01 Nov 11 jari 524       array based data. Recent version, starting at version 3, have
5846 01 Nov 11 jari 525       been adopted to support sequencing based data. Being a newly
5846 01 Nov 11 jari 526       developed feature it is not as mature as the array part of BASE.
5846 01 Nov 11 jari 527     </para>
5846 01 Nov 11 jari 528
5846 01 Nov 11 jari 529     <para>
5846 01 Nov 11 jari 530       For sequencing data in general, BASE can be used for data
5846 01 Nov 11 jari 531       management and sharing. BASE currently has extended support for
5846 01 Nov 11 jari 532       sequencing applications such as RNAseq where data is transformed
5846 01 Nov 11 jari 533       to gene expression measurements. For such applications array
5846 01 Nov 11 jari 534       designs can be created based on gene structure defined in <ulink
5846 01 Nov 11 jari 535       url='http://en.wikipedia.org/wiki/Gene_transfer_format'>GTF
5846 01 Nov 11 jari 536       formatted files</ulink>. For example, GTF files for all RefSeqs
5846 01 Nov 11 jari 537       or known genes.
5846 01 Nov 11 jari 538     </para>
5846 01 Nov 11 jari 539
5846 01 Nov 11 jari 540   </sect1>
5846 01 Nov 11 jari 541
5845 01 Nov 11 jari 542   <sect1 id="features.repositoryandstandards">
5845 01 Nov 11 jari 543     <title>Repository and standards</title>
5845 01 Nov 11 jari 544
5845 01 Nov 11 jari 545     <para>
5845 01 Nov 11 jari 546       The Microarray Gene Expression Data Society (MGED) develops and
5845 01 Nov 11 jari 547       maintains standards for data acquisition, representation, and
5845 01 Nov 11 jari 548       interchange such as the MIAME guidelines, the MAGE-TAB
5845 01 Nov 11 jari 549       interchange format, and the MGED Ontology for microarray
5845 01 Nov 11 jari 550       experiments. BASE does not enforce the use of the MGED standards
5845 01 Nov 11 jari 551       but support storage of information required by MIAME. BASE has
5845 01 Nov 11 jari 552       an experiment item overview functionality useful for validating
5845 01 Nov 11 jari 553       information related to experiments. The validation level is user
5845 01 Nov 11 jari 554       selectable of which the option regarding MIAME compliance is
5845 01 Nov 11 jari 555       most relevant here. When users or server administrators create
5845 01 Nov 11 jari 556       annotation types in BASE these annotation values can be marked
5845 01 Nov 11 jari 557       as required by MIAME and optionally defined to be a list of
5845 01 Nov 11 jari 558       pre-defined values from a controlled vocabulary. Validation will
5845 01 Nov 11 jari 559       check for inconsistencies and report errors, and give the user
5845 01 Nov 11 jari 560       an opportunity to fix issues immediately or later. After
5845 01 Nov 11 jari 561       resolving the issues raised by the validation, data can be
5845 01 Nov 11 jari 562       exported for submission to public repositories such as
5845 01 Nov 11 jari 563       ArrayExpress, Gene Expression Omnibus (GEO), and CIBEX.
5845 01 Nov 11 jari 564     </para>
5845 01 Nov 11 jari 565
5845 01 Nov 11 jari 566   </sect1>
5845 01 Nov 11 jari 567
4421 27 Aug 08 jari 568 </chapter>

Generated on Sat Oct  7 02:27:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)