doc/src/docbook/user/analysis.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3487 13 Jun 07 peter 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
3487 13 Jun 07 peter 2 <!DOCTYPE sect1 PUBLIC 
3487 13 Jun 07 peter 3     "-//Dawid Weiss//DTD DocBook V3.1-Based Extension for XML and graphics inclusion//EN" 
3487 13 Jun 07 peter 4     "../../../../lib/docbook/preprocess/dweiss-docbook-extensions.dtd">
3487 13 Jun 07 peter 5 <!--
3651 10 Aug 07 jari 6   $Id$
3487 13 Jun 07 peter 7
4889 06 Apr 09 nicklas 8   Copyright (C) 2007 Jari Häkkinen, Peter Johansson, Nicklas Nordborg
3487 13 Jun 07 peter 9
3487 13 Jun 07 peter 10   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
3487 13 Jun 07 peter 11   Available at http://base.thep.lu.se/
3487 13 Jun 07 peter 12
3487 13 Jun 07 peter 13   BASE is free software; you can redistribute it and/or
3487 13 Jun 07 peter 14   modify it under the terms of the GNU General Public License
4477 05 Sep 08 jari 15   as published by the Free Software Foundation; either version 3
3487 13 Jun 07 peter 16   of the License, or (at your option) any later version.
3487 13 Jun 07 peter 17
3487 13 Jun 07 peter 18   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
3487 13 Jun 07 peter 19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3487 13 Jun 07 peter 20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
3487 13 Jun 07 peter 21   GNU General Public License for more details.
3487 13 Jun 07 peter 22
3487 13 Jun 07 peter 23   You should have received a copy of the GNU General Public License
4509 11 Sep 08 jari 24   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3487 13 Jun 07 peter 25 -->
3487 13 Jun 07 peter 26
3487 13 Jun 07 peter 27 <sect1 id="experiments_analysis.analysis">
5783 05 Oct 11 nicklas 28   <?dbhtml filename="analysis.html" ?>
3487 13 Jun 07 peter 29   <title>Analysing data within BASE</title>
3487 13 Jun 07 peter 30   <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 31   
3487 13 Jun 07 peter 32   <sect2 id="experiments_analysis.bioassaysets">
3487 13 Jun 07 peter 33     <title>Transformations and bioassay sets</title>
3487 13 Jun 07 peter 34     <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 35   
3487 13 Jun 07 peter 36     <sect3 id="experiments_analysis.rootbioassayset">
3487 13 Jun 07 peter 37       <title>The root bioassay set</title>
3487 13 Jun 07 peter 38       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 39     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 40     
3487 13 Jun 07 peter 41     <sect3 id="experiments_analysis.overviewplots">
3487 13 Jun 07 peter 42       <title>Overview plots</title>
3487 13 Jun 07 peter 43       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 44     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 45     
3487 13 Jun 07 peter 46   </sect2>
3487 13 Jun 07 peter 47   
3487 13 Jun 07 peter 48   <sect2 id="experiments_analysis.filtering">
3487 13 Jun 07 peter 49     <title>Filtering data</title>
3487 13 Jun 07 peter 50     <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 51     
3487 13 Jun 07 peter 52     <sect3 id="experiments_analysis.formulas">
3487 13 Jun 07 peter 53       <title>Formulas</title>
3487 13 Jun 07 peter 54       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 55       
3487 13 Jun 07 peter 56     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 57   </sect2>
3487 13 Jun 07 peter 58   
3487 13 Jun 07 peter 59   <sect2 id="experiments_analysis.normalization">
3487 13 Jun 07 peter 60     <title>Normalizing data</title>
3487 13 Jun 07 peter 61     <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 62     
3487 13 Jun 07 peter 63   </sect2>
3487 13 Jun 07 peter 64   
3487 13 Jun 07 peter 65   <sect2 id="experiments_analysis.plugins">
3487 13 Jun 07 peter 66     <title>Other analysis plug-ins</title>
3487 13 Jun 07 peter 67     <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 68     
3487 13 Jun 07 peter 69   </sect2>
3487 13 Jun 07 peter 70   
3487 13 Jun 07 peter 71   
3487 13 Jun 07 peter 72   <sect2 id="experiments_analysis.plotter">
3487 13 Jun 07 peter 73     <title>The plot tool</title>
3487 13 Jun 07 peter 74     <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 75     
3487 13 Jun 07 peter 76     <sect3 id="experiments_analysis.scatterplot">
3487 13 Jun 07 peter 77       <title>Scatter plots</title>
3487 13 Jun 07 peter 78       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 79     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 80     
3487 13 Jun 07 peter 81     <sect3 id="experiments_analysis.histogramplot">
3487 13 Jun 07 peter 82       <title>Histogram plots</title>
3487 13 Jun 07 peter 83       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 84     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 85     
3487 13 Jun 07 peter 86     <sect3 id="experiments_analysis.filterplot">
3487 13 Jun 07 peter 87       <title>Filtering plots</title>
3487 13 Jun 07 peter 88       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 89     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 90     
3487 13 Jun 07 peter 91     <sect3 id="experiments_analysis.saveplot">
3487 13 Jun 07 peter 92       <title>Save plots</title>
3487 13 Jun 07 peter 93       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 94     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 95     
3487 13 Jun 07 peter 96   </sect2>
3487 13 Jun 07 peter 97   
3487 13 Jun 07 peter 98   <sect2 id="experiments_analysis.explorer">
3487 13 Jun 07 peter 99     <title>Experiment explorer</title>
3487 13 Jun 07 peter 100     <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 101     
3487 13 Jun 07 peter 102     <sect3 id="experiments_analysis.explorer.reporterview">
3487 13 Jun 07 peter 103       <title>Reporter view</title>
3487 13 Jun 07 peter 104       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 105     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 106     
3487 13 Jun 07 peter 107     <sect3 id="experiments_analysis.explorer.reportersearch">
3487 13 Jun 07 peter 108       <title>Reporter search</title>
3487 13 Jun 07 peter 109       <para>TODO</para>
3487 13 Jun 07 peter 110     </sect3>
3487 13 Jun 07 peter 111     
3487 13 Jun 07 peter 112   </sect2>
3487 13 Jun 07 peter 113   
3487 13 Jun 07 peter 114 </sect1>

Generated on Sat Oct  7 02:27:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)