doc/src/docbook/user/wares.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3157 05 Mar 07 martin 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
3159 05 Mar 07 martin 2 <!DOCTYPE chapter PUBLIC 
3159 05 Mar 07 martin 3     "-//Dawid Weiss//DTD DocBook V3.1-Based Extension for XML and graphics inclusion//EN" 
3192 13 Mar 07 martin 4     "../../../../lib/docbook/preprocess/dweiss-docbook-extensions.dtd">
3388 28 May 07 nicklas 5 <!--
3388 28 May 07 nicklas 6   $Id$
3388 28 May 07 nicklas 7   
3675 16 Aug 07 jari 8   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Philippe Rocca-Serra, Martin Svensson
3388 28 May 07 nicklas 9   
3388 28 May 07 nicklas 10   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
3388 28 May 07 nicklas 11   Available at http://base.thep.lu.se/
3388 28 May 07 nicklas 12   
3388 28 May 07 nicklas 13   BASE is free software; you can redistribute it and/or
3388 28 May 07 nicklas 14   modify it under the terms of the GNU General Public License
4477 05 Sep 08 jari 15   as published by the Free Software Foundation; either version 3
3388 28 May 07 nicklas 16   of the License, or (at your option) any later version.
3388 28 May 07 nicklas 17   
3388 28 May 07 nicklas 18   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
3388 28 May 07 nicklas 19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3388 28 May 07 nicklas 20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
3388 28 May 07 nicklas 21   GNU General Public License for more details.
3388 28 May 07 nicklas 22   
3388 28 May 07 nicklas 23   You should have received a copy of the GNU General Public License
4509 11 Sep 08 jari 24   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3388 28 May 07 nicklas 25 -->
5706 23 Aug 11 nicklas 26 <chapter id="wares" chunked="0">
5706 23 Aug 11 nicklas 27   <title>Hardware and software</title>
3157 05 Mar 07 martin 28
5706 23 Aug 11 nicklas 29   <sect1 id="wares.hardware">
5706 23 Aug 11 nicklas 30     <title>Hardware</title>
5706 23 Aug 11 nicklas 31     
3388 28 May 07 nicklas 32     <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 33       A hardware is used in BASE to represent a piece of equipment in the lab
5706 23 Aug 11 nicklas 34       that is used in the experiments.
5706 23 Aug 11 nicklas 35       Information about hardware is typically added to a BASE server by an administrator
5706 23 Aug 11 nicklas 36       and can be managed from <menuchoice>
3388 28 May 07 nicklas 37         <guimenu>Administrate</guimenu>
5706 23 Aug 11 nicklas 38         <guimenuitem>Hardware</guimenuitem>
3388 28 May 07 nicklas 39       </menuchoice>.
3388 28 May 07 nicklas 40     </para>
3388 28 May 07 nicklas 41     
3388 28 May 07 nicklas 42     <figure
5706 23 Aug 11 nicklas 43       id="hardware.figures.edit_hardware">
5706 23 Aug 11 nicklas 44       <title>Hardware properties</title>
3388 28 May 07 nicklas 45       <screenshot>
3388 28 May 07 nicklas 46         <mediaobject>
3388 28 May 07 nicklas 47           <imageobject>
3388 28 May 07 nicklas 48             <imagedata
5706 23 Aug 11 nicklas 49               fileref="figures/edit_hardware.png" format="PNG" />
3388 28 May 07 nicklas 50           </imageobject>
3388 28 May 07 nicklas 51         </mediaobject>
3388 28 May 07 nicklas 52       </screenshot>
3388 28 May 07 nicklas 53     </figure>
3388 28 May 07 nicklas 54     
5706 23 Aug 11 nicklas 55     <helptext external_id="hardware.edit" 
5706 23 Aug 11 nicklas 56       title="Edit hardware">
3388 28 May 07 nicklas 57       <variablelist>
3388 28 May 07 nicklas 58       <varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 59         <term><guilabel>Name</guilabel></term>
3388 28 May 07 nicklas 60         <listitem>
3388 28 May 07 nicklas 61           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 62           The name of the hardware.
3388 28 May 07 nicklas 63           </para>
3388 28 May 07 nicklas 64         </listitem>
3388 28 May 07 nicklas 65       </varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 66       <varlistentry>
5706 23 Aug 11 nicklas 67         <term><guilabel>Type</guilabel></term>
5706 23 Aug 11 nicklas 68         <listitem>
5706 23 Aug 11 nicklas 69           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 70           The hardware type of the hardware. The list
5706 23 Aug 11 nicklas 71           may evolve depending on additions by the server
5706 23 Aug 11 nicklas 72           administrator. Selecting the proper hardware type
5706 23 Aug 11 nicklas 73           is important and enables BASE to automatically guess 
5706 23 Aug 11 nicklas 74           the most likely hardware when creating new items.
5706 23 Aug 11 nicklas 75           <nohelp>
5706 23 Aug 11 nicklas 76             See <xref linkend="subtypes" /> for more information.
5706 23 Aug 11 nicklas 77           </nohelp>
5706 23 Aug 11 nicklas 78           </para>
5706 23 Aug 11 nicklas 79         </listitem>
5706 23 Aug 11 nicklas 80       </varlistentry>
5706 23 Aug 11 nicklas 81       <varlistentry>
5706 23 Aug 11 nicklas 82         <term><guilabel>Version</guilabel></term>
5706 23 Aug 11 nicklas 83         <listitem>
5706 23 Aug 11 nicklas 84           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 85           The version number or model of the hardware.
5706 23 Aug 11 nicklas 86           </para>
5706 23 Aug 11 nicklas 87         </listitem>
5706 23 Aug 11 nicklas 88       </varlistentry>
5706 23 Aug 11 nicklas 89       <varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 90         <term><guilabel>Description</guilabel></term>
3388 28 May 07 nicklas 91         <listitem>
3388 28 May 07 nicklas 92           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 93           A description of the hardware.
3388 28 May 07 nicklas 94           </para>
3388 28 May 07 nicklas 95         </listitem>
3388 28 May 07 nicklas 96       </varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 97       </variablelist>
3388 28 May 07 nicklas 98     </helptext>
5706 23 Aug 11 nicklas 99     
3388 28 May 07 nicklas 100   </sect1>
3388 28 May 07 nicklas 101   
5706 23 Aug 11 nicklas 102   <sect1 id="wares.software">
5706 23 Aug 11 nicklas 103     <title>Software</title>
3388 28 May 07 nicklas 104     
3388 28 May 07 nicklas 105     <para>
5795 10 Oct 11 nicklas 106       A software item is used in BASE to represent the software that is used to
5706 23 Aug 11 nicklas 107       process and analyze data outside of BASE. Analysis that is done inside
5706 23 Aug 11 nicklas 108       BASE is usually represented as plug-ins.
5706 23 Aug 11 nicklas 109       Information about software is typically added to a BASE server by an administrator
5706 23 Aug 11 nicklas 110       and can be managed from <menuchoice>
5706 23 Aug 11 nicklas 111         <guimenu>Administrate</guimenu>
5706 23 Aug 11 nicklas 112         <guimenuitem>Software</guimenuitem>
5706 23 Aug 11 nicklas 113       </menuchoice>.
3388 28 May 07 nicklas 114     </para>
3388 28 May 07 nicklas 115     
3388 28 May 07 nicklas 116     <figure
5706 23 Aug 11 nicklas 117       id="software.figures.edit_softwware">
5706 23 Aug 11 nicklas 118       <title>Software properties</title>
3388 28 May 07 nicklas 119       <screenshot>
3388 28 May 07 nicklas 120         <mediaobject>
3388 28 May 07 nicklas 121           <imageobject>
3388 28 May 07 nicklas 122             <imagedata
5706 23 Aug 11 nicklas 123               fileref="figures/edit_software.png" format="PNG" />
3388 28 May 07 nicklas 124           </imageobject>
3388 28 May 07 nicklas 125         </mediaobject>
3388 28 May 07 nicklas 126       </screenshot>
3388 28 May 07 nicklas 127     </figure>
5706 23 Aug 11 nicklas 128           
5706 23 Aug 11 nicklas 129     <helptext external_id="software.edit" 
5706 23 Aug 11 nicklas 130       title="Edit software">
3388 28 May 07 nicklas 131       <variablelist>
3388 28 May 07 nicklas 132       <varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 133         <term><guilabel>Name</guilabel></term>
3388 28 May 07 nicklas 134         <listitem>
3388 28 May 07 nicklas 135           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 136           The name of the software.
3388 28 May 07 nicklas 137           </para>
3388 28 May 07 nicklas 138         </listitem>
3388 28 May 07 nicklas 139       </varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 140       <varlistentry>
5706 23 Aug 11 nicklas 141         <term><guilabel>Type</guilabel></term>
3388 28 May 07 nicklas 142         <listitem>
3388 28 May 07 nicklas 143           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 144           The software type of the software. The list
5706 23 Aug 11 nicklas 145           may evolve depending on additions by the server
5706 23 Aug 11 nicklas 146           administrator. Selecting the proper software type
5706 23 Aug 11 nicklas 147           is important and enables BASE to automatically guess 
5706 23 Aug 11 nicklas 148           the most likely software when creating new items.
5706 23 Aug 11 nicklas 149           <nohelp>
5706 23 Aug 11 nicklas 150             See <xref linkend="subtypes" /> for more information.
5706 23 Aug 11 nicklas 151           </nohelp>
3388 28 May 07 nicklas 152           </para>
3388 28 May 07 nicklas 153         </listitem>
3388 28 May 07 nicklas 154       </varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 155       <varlistentry>
5706 23 Aug 11 nicklas 156         <term><guilabel>Version</guilabel></term>
3388 28 May 07 nicklas 157         <listitem>
3388 28 May 07 nicklas 158           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 159           The version number of the software.
3388 28 May 07 nicklas 160           </para>
3388 28 May 07 nicklas 161         </listitem>
3388 28 May 07 nicklas 162       </varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 163       <varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 164         <term><guilabel>Description</guilabel></term>
3388 28 May 07 nicklas 165         <listitem>
3388 28 May 07 nicklas 166           <para>
5706 23 Aug 11 nicklas 167           A description of the software.
3388 28 May 07 nicklas 168           </para>
3388 28 May 07 nicklas 169         </listitem>
3388 28 May 07 nicklas 170       </varlistentry>
3388 28 May 07 nicklas 171       </variablelist>
3388 28 May 07 nicklas 172     </helptext>
5706 23 Aug 11 nicklas 173   
3388 28 May 07 nicklas 174   </sect1>
5706 23 Aug 11 nicklas 175   
3372 24 May 07 philippe 176 </chapter>