src/core/net/sf/basedb/util/affymetrix/CelValidationFactory.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5623 06 May 11 nicklas 1 /**
5623 06 May 11 nicklas 2   $Id$
5623 06 May 11 nicklas 3
5623 06 May 11 nicklas 4   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5623 06 May 11 nicklas 5
5623 06 May 11 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5623 06 May 11 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
5623 06 May 11 nicklas 8
5623 06 May 11 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5623 06 May 11 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
5623 06 May 11 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5623 06 May 11 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
5623 06 May 11 nicklas 13
5623 06 May 11 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5623 06 May 11 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5623 06 May 11 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5623 06 May 11 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
5623 06 May 11 nicklas 18
5623 06 May 11 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
5623 06 May 11 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5623 06 May 11 nicklas 21 */
5623 06 May 11 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.affymetrix;
5623 06 May 11 nicklas 23
5623 06 May 11 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.DataFileType;
5623 06 May 11 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5623 06 May 11 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
5623 06 May 11 nicklas 27 import net.sf.basedb.util.extensions.ActionFactory;
5623 06 May 11 nicklas 28 import net.sf.basedb.util.extensions.InvokationContext;
5623 06 May 11 nicklas 29
5623 06 May 11 nicklas 30 /**
5623 06 May 11 nicklas 31   Action factory for creating CEL file validators.
5623 06 May 11 nicklas 32   
5623 06 May 11 nicklas 33   @author Nicklas
5623 06 May 11 nicklas 34   @since 3.0
5623 06 May 11 nicklas 35   @base.modified $Date$
5623 06 May 11 nicklas 36 */
5623 06 May 11 nicklas 37 public class CelValidationFactory
5623 06 May 11 nicklas 38   implements ActionFactory<CelValidationAction>
5623 06 May 11 nicklas 39 {
5623 06 May 11 nicklas 40
5623 06 May 11 nicklas 41   public CelValidationFactory()
5623 06 May 11 nicklas 42   {}
5623 06 May 11 nicklas 43   
5623 06 May 11 nicklas 44   /*
5623 06 May 11 nicklas 45     From the ActionFactory interface
5623 06 May 11 nicklas 46     --------------------------------
5623 06 May 11 nicklas 47   */
5623 06 May 11 nicklas 48   @Override
5623 06 May 11 nicklas 49   public boolean prepareContext(InvokationContext<? super CelValidationAction> context)
5623 06 May 11 nicklas 50   {
5623 06 May 11 nicklas 51     Object item = context.getClientContext().getCurrentItem();
5623 06 May 11 nicklas 52     boolean isInContext = false;
5623 06 May 11 nicklas 53     if (item instanceof RawBioAssay)
5623 06 May 11 nicklas 54     {
5623 06 May 11 nicklas 55       // Validation context
5623 06 May 11 nicklas 56       RawBioAssay rba = (RawBioAssay)item;
5623 06 May 11 nicklas 57       isInContext = AffymetrixUtil.isAffymetrix(rba);
5623 06 May 11 nicklas 58     }
5623 06 May 11 nicklas 59     else if (item instanceof DataFileType)
5623 06 May 11 nicklas 60     {
5623 06 May 11 nicklas 61       // Do we support validating the given file type?
5623 06 May 11 nicklas 62       DataFileType fileType = (DataFileType)item;
5623 06 May 11 nicklas 63       isInContext = DataFileType.AFFYMETRIX_CEL.equals(fileType.getExternalId());
5623 06 May 11 nicklas 64     }
5623 06 May 11 nicklas 65     return isInContext;
5623 06 May 11 nicklas 66   }
5623 06 May 11 nicklas 67
5623 06 May 11 nicklas 68
5623 06 May 11 nicklas 69   @Override
5623 06 May 11 nicklas 70   public CelValidationAction[] getActions(InvokationContext<? super CelValidationAction> context)
5623 06 May 11 nicklas 71   {
5623 06 May 11 nicklas 72     Object item = context.getClientContext().getCurrentItem();
5623 06 May 11 nicklas 73     RawBioAssay ownerItem = null;
5623 06 May 11 nicklas 74     if (item instanceof RawBioAssay)
5623 06 May 11 nicklas 75     {
5623 06 May 11 nicklas 76       ownerItem = (RawBioAssay)item;
5623 06 May 11 nicklas 77     }
5623 06 May 11 nicklas 78     
5623 06 May 11 nicklas 79     CelValidationAction[] actions = null;
5623 06 May 11 nicklas 80     if (ownerItem != null)
5623 06 May 11 nicklas 81     {
5623 06 May 11 nicklas 82       DbControl dc = context.getClientContext().getDbControl();
5623 06 May 11 nicklas 83       actions = new CelValidationAction[] { new CelValidationAction(dc, ownerItem) };
5623 06 May 11 nicklas 84     }
5623 06 May 11 nicklas 85     return actions;
5623 06 May 11 nicklas 86   }
5623 06 May 11 nicklas 87   // -----------------------------------
5623 06 May 11 nicklas 88
5623 06 May 11 nicklas 89 }

Generated on Sat Oct  7 02:36:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)