src/core/net/sf/basedb/util/gtf/GtfInputStream.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5759 26 Sep 11 nicklas 1 /**
5759 26 Sep 11 nicklas 2   $Id$
5759 26 Sep 11 nicklas 3
5759 26 Sep 11 nicklas 4   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5759 26 Sep 11 nicklas 5
5759 26 Sep 11 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5759 26 Sep 11 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
5759 26 Sep 11 nicklas 8
5759 26 Sep 11 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5759 26 Sep 11 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
5759 26 Sep 11 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5759 26 Sep 11 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
5759 26 Sep 11 nicklas 13
5759 26 Sep 11 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5759 26 Sep 11 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5759 26 Sep 11 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5759 26 Sep 11 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
5759 26 Sep 11 nicklas 18
5759 26 Sep 11 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
5759 26 Sep 11 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5759 26 Sep 11 nicklas 21 */
5759 26 Sep 11 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.gtf;
5759 26 Sep 11 nicklas 23
5759 26 Sep 11 nicklas 24 import java.io.BufferedReader;
5759 26 Sep 11 nicklas 25 import java.io.IOException;
5759 26 Sep 11 nicklas 26 import java.io.InputStream;
5759 26 Sep 11 nicklas 27 import java.io.InputStreamReader;
5759 26 Sep 11 nicklas 28 import java.nio.charset.Charset;
5759 26 Sep 11 nicklas 29 import java.util.ArrayList;
5759 26 Sep 11 nicklas 30 import java.util.HashSet;
5759 26 Sep 11 nicklas 31 import java.util.List;
5759 26 Sep 11 nicklas 32 import java.util.Set;
5759 26 Sep 11 nicklas 33 import java.util.regex.Matcher;
5759 26 Sep 11 nicklas 34 import java.util.regex.Pattern;
5759 26 Sep 11 nicklas 35
5759 26 Sep 11 nicklas 36 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser;
5759 26 Sep 11 nicklas 37
5759 26 Sep 11 nicklas 38 /**
5759 26 Sep 11 nicklas 39   Input stream implementation that reads from a GTF file and converts it to
5759 26 Sep 11 nicklas 40   a simple tab-separated file with a single line of column headers. This is
5759 26 Sep 11 nicklas 41   useful since it means that we can use the regular {@link FlatFileParser} 
5759 26 Sep 11 nicklas 42   and other tools for parsing the resulting stream. The first line in the
5759 26 Sep 11 nicklas 43   file is used a template line. The first 8 columns are fixed. The 9th column
5759 26 Sep 11 nicklas 44   contains attributes as key/value pairs, which are converted to additional
5759 26 Sep 11 nicklas 45   columns in the output. The GTF specification require that <code>gene_id</code>
5759 26 Sep 11 nicklas 46   and <code>transcript_id</code> are present, which means that the output will
5759 26 Sep 11 nicklas 47   contain at least 10 columns. Subsequent lines are parsed in the same way and
5759 26 Sep 11 nicklas 48   attributes are lined up with the first line. Note that any attributes
5759 26 Sep 11 nicklas 49   that are not present in the first line are skipped. The parser also has an
5770 29 Sep 11 nicklas 50   option to skip lines with a <code>transcript_id+seqname</code> that is not unique.
5759 26 Sep 11 nicklas 51   Normally, a GTF file will contain multiple entries with the same id:s, but
5759 26 Sep 11 nicklas 52   in most cases we are not interested in this when importing data to BASE. 
5759 26 Sep 11 nicklas 53   This option also remove the feature, start, end, score, strand and frame
6459 27 May 14 nicklas 54   columns from the output. Lines that can't be split into at least 9 columns 
6459 27 May 14 nicklas 55   (eg. comment lines starting with #) are ignored and forwarded without modification.
5759 26 Sep 11 nicklas 56
5759 26 Sep 11 nicklas 57   @author Nicklas
5759 26 Sep 11 nicklas 58   @since 3.0
5759 26 Sep 11 nicklas 59   @base.modified $Date$
5759 26 Sep 11 nicklas 60 */
5759 26 Sep 11 nicklas 61 public class GtfInputStream
5759 26 Sep 11 nicklas 62   extends InputStream
5759 26 Sep 11 nicklas 63 {
5759 26 Sep 11 nicklas 64   
5759 26 Sep 11 nicklas 65   private final InputStream master;
5759 26 Sep 11 nicklas 66   private final BufferedReader reader;
5759 26 Sep 11 nicklas 67   private final Charset charset;
5759 26 Sep 11 nicklas 68   private final Pattern ATTRIBUTE_PATTERN;
5759 26 Sep 11 nicklas 69   
5759 26 Sep 11 nicklas 70   // Buffer each line that we read from the GTF file
5759 26 Sep 11 nicklas 71   private byte[] buffer;
5759 26 Sep 11 nicklas 72   // The index of the next byte to return from the buffer
5759 26 Sep 11 nicklas 73   private int index;
5759 26 Sep 11 nicklas 74
5759 26 Sep 11 nicklas 75   // Number of lines that we have read from the GTF file
5759 26 Sep 11 nicklas 76   private int lineNum;
5759 26 Sep 11 nicklas 77   
5759 26 Sep 11 nicklas 78   // List of attributes in the GTF file in the order they appear
5759 26 Sep 11 nicklas 79   // on the first line. gene_id and transcript_id are required
5759 26 Sep 11 nicklas 80   // so we remember the index they have
5759 26 Sep 11 nicklas 81   private Attribute[] attributes;
5759 26 Sep 11 nicklas 82   private int geneIdIndex;
5759 26 Sep 11 nicklas 83   private int transcriptIdIndex;
5759 26 Sep 11 nicklas 84   
5759 26 Sep 11 nicklas 85   // For storing id:s that we have seen and may be skipped
5759 26 Sep 11 nicklas 86   private final boolean skipRepeatedTranscriptIds;
5759 26 Sep 11 nicklas 87   private final Set<String> transcriptIds;
5759 26 Sep 11 nicklas 88   
5759 26 Sep 11 nicklas 89   /**
5759 26 Sep 11 nicklas 90     Create a new input stream reading from the master.
5759 26 Sep 11 nicklas 91     @param master The master input stream
5759 26 Sep 11 nicklas 92     @param charset The character set used in the file
5759 26 Sep 11 nicklas 93     @param skipRepeatedTranscriptIds TRUE to skip lines with non-unique
5770 29 Sep 11 nicklas 94       values for transcript_id+seqname
5759 26 Sep 11 nicklas 95    */
5759 26 Sep 11 nicklas 96   public GtfInputStream(InputStream master, String charset, boolean skipRepeatedTranscriptIds)
5759 26 Sep 11 nicklas 97     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 98   {
5759 26 Sep 11 nicklas 99     this.master = master;
5759 26 Sep 11 nicklas 100     this.charset = Charset.forName(charset == null ? "ISO-8859-1" : charset);
5759 26 Sep 11 nicklas 101     this.skipRepeatedTranscriptIds = skipRepeatedTranscriptIds;
5764 27 Sep 11 nicklas 102     this.transcriptIds = new HashSet<String>();
5764 27 Sep 11 nicklas 103     this.reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(master, this.charset));
5759 26 Sep 11 nicklas 104     this.ATTRIBUTE_PATTERN = Pattern.compile("([^ ]+) (([^\";]*)|(\"[^\"]*\"));");
6459 27 May 14 nicklas 105     this.buffer = readMore();
5759 26 Sep 11 nicklas 106   }
5759 26 Sep 11 nicklas 107
5759 26 Sep 11 nicklas 108   /*
5759 26 Sep 11 nicklas 109     From the InputStream class
5759 26 Sep 11 nicklas 110     --------------------------
5759 26 Sep 11 nicklas 111   */
5759 26 Sep 11 nicklas 112   @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 113   public int read() 
5759 26 Sep 11 nicklas 114     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 115   {
5759 26 Sep 11 nicklas 116     if (buffer == null) return -1;
5759 26 Sep 11 nicklas 117     if (index >= buffer.length)
5759 26 Sep 11 nicklas 118     {
5759 26 Sep 11 nicklas 119       // read next data line
5759 26 Sep 11 nicklas 120       readMore();
5759 26 Sep 11 nicklas 121       index = 0;
5759 26 Sep 11 nicklas 122       if (buffer == null) return -1;
5759 26 Sep 11 nicklas 123     }
5759 26 Sep 11 nicklas 124     
5759 26 Sep 11 nicklas 125     // Important! Mask with 0xff to get values in range (0,255), NOT (-128,127)
5759 26 Sep 11 nicklas 126     return buffer[index] & 0xff;
5759 26 Sep 11 nicklas 127   }
5759 26 Sep 11 nicklas 128
5759 26 Sep 11 nicklas 129   @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 130   public int read(byte[] b)
5759 26 Sep 11 nicklas 131     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 132   {
5759 26 Sep 11 nicklas 133     return read(b, 0, b.length);
5759 26 Sep 11 nicklas 134   }
5759 26 Sep 11 nicklas 135
5759 26 Sep 11 nicklas 136   @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 137   public int read(byte[] b, int off, int len) 
5759 26 Sep 11 nicklas 138     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 139   {
5759 26 Sep 11 nicklas 140     if (buffer == null) return -1;
5759 26 Sep 11 nicklas 141     if (index >= buffer.length)
5759 26 Sep 11 nicklas 142     {
5759 26 Sep 11 nicklas 143       // read next data line
5770 29 Sep 11 nicklas 144       buffer = readMore();
5759 26 Sep 11 nicklas 145       index = 0;
5759 26 Sep 11 nicklas 146       if (buffer == null) return -1;
5759 26 Sep 11 nicklas 147     }
5759 26 Sep 11 nicklas 148     if (len > buffer.length - index)
5759 26 Sep 11 nicklas 149     {
5759 26 Sep 11 nicklas 150       len = buffer.length - index;
5759 26 Sep 11 nicklas 151     }
5759 26 Sep 11 nicklas 152     System.arraycopy(buffer, index, b, off, len);
5759 26 Sep 11 nicklas 153     index += len;
5759 26 Sep 11 nicklas 154     return len;
5759 26 Sep 11 nicklas 155   }
5759 26 Sep 11 nicklas 156
5759 26 Sep 11 nicklas 157   @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 158   public int available() 
5759 26 Sep 11 nicklas 159     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 160   {
5759 26 Sep 11 nicklas 161     return buffer == null ? 0 : buffer.length - index;
5759 26 Sep 11 nicklas 162   }
5759 26 Sep 11 nicklas 163
5759 26 Sep 11 nicklas 164   @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 165   public void close()
5759 26 Sep 11 nicklas 166     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 167   {
5759 26 Sep 11 nicklas 168     master.close();
5759 26 Sep 11 nicklas 169   }
5759 26 Sep 11 nicklas 170
5759 26 Sep 11 nicklas 171   @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 172   public boolean markSupported()
5759 26 Sep 11 nicklas 173   {
5759 26 Sep 11 nicklas 174     return false;
5759 26 Sep 11 nicklas 175   }
5759 26 Sep 11 nicklas 176
5759 26 Sep 11 nicklas 177   @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 178   public synchronized void reset() 
5759 26 Sep 11 nicklas 179     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 180   {
5759 26 Sep 11 nicklas 181     throw new IOException("reset() is not supported");
5759 26 Sep 11 nicklas 182   }
5759 26 Sep 11 nicklas 183   // -----------------------------------------
5759 26 Sep 11 nicklas 184
5759 26 Sep 11 nicklas 185   /**
5764 27 Sep 11 nicklas 186     Get the number of lines parsed so far.
5764 27 Sep 11 nicklas 187   */
5764 27 Sep 11 nicklas 188   public int getNumLines()
5764 27 Sep 11 nicklas 189   {
5764 27 Sep 11 nicklas 190     return lineNum;
5764 27 Sep 11 nicklas 191   }
5764 27 Sep 11 nicklas 192   
5764 27 Sep 11 nicklas 193   /**
5764 27 Sep 11 nicklas 194     Get the number of unique transcript ids found so far.
5764 27 Sep 11 nicklas 195   */
5764 27 Sep 11 nicklas 196   public int getNumUniqueTranscriptIds()
5764 27 Sep 11 nicklas 197   {
5764 27 Sep 11 nicklas 198     return transcriptIds.size();
5764 27 Sep 11 nicklas 199   }
5764 27 Sep 11 nicklas 200   
5764 27 Sep 11 nicklas 201   /**
5759 26 Sep 11 nicklas 202     Read more data from the GTF file. Typically one additional
5759 26 Sep 11 nicklas 203     line is read and stored in the buffer. Do not call this method
5759 26 Sep 11 nicklas 204     unless it is certain that the existing buffer has been completely
5759 26 Sep 11 nicklas 205     read by the reader of this input stream.
5759 26 Sep 11 nicklas 206   */
5770 29 Sep 11 nicklas 207   private byte[] readMore()
5759 26 Sep 11 nicklas 208     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 209   {
5759 26 Sep 11 nicklas 210     String[] line;
6459 27 May 14 nicklas 211     StringBuffer sb = new StringBuffer();
5759 26 Sep 11 nicklas 212     do
5759 26 Sep 11 nicklas 213     {
5759 26 Sep 11 nicklas 214       line = getNextLine();
5759 26 Sep 11 nicklas 215       if (line == null) 
5759 26 Sep 11 nicklas 216       {
5759 26 Sep 11 nicklas 217         buffer = null;
5770 29 Sep 11 nicklas 218         return null;
5759 26 Sep 11 nicklas 219       }
5759 26 Sep 11 nicklas 220       
5759 26 Sep 11 nicklas 221       // Parse attributes in 9th column
6459 27 May 14 nicklas 222       if (line.length >= 9)
5759 26 Sep 11 nicklas 223       {
6459 27 May 14 nicklas 224         // Generate headers if this is the first line with data
6459 27 May 14 nicklas 225         boolean generateHeaders = attributes == null;
6459 27 May 14 nicklas 226         parseAttributes(line[8]);
6459 27 May 14 nicklas 227         if (generateHeaders)
6459 27 May 14 nicklas 228         {
6459 27 May 14 nicklas 229           if (skipRepeatedTranscriptIds)
6459 27 May 14 nicklas 230           {
6459 27 May 14 nicklas 231             sb.append("<seqname>\t<source>");
6459 27 May 14 nicklas 232           }
6459 27 May 14 nicklas 233           else
6459 27 May 14 nicklas 234           {
6459 27 May 14 nicklas 235             sb.append("<seqname>\t<source>\t<feature>\t<start>\t<end>\t<score>\t<strand>\t<frame>");
6459 27 May 14 nicklas 236           }
6459 27 May 14 nicklas 237           for (Attribute attribute : attributes)
6459 27 May 14 nicklas 238           {
6459 27 May 14 nicklas 239             sb.append("\t<").append(attribute.key).append(">");
6459 27 May 14 nicklas 240           }
6459 27 May 14 nicklas 241           sb.append("\n");
6459 27 May 14 nicklas 242         }
6459 27 May 14 nicklas 243         
6459 27 May 14 nicklas 244         // Break out of the loop as soon as we see a new transcript id or if we are including repeated ids
6459 27 May 14 nicklas 245         String id = attributes[transcriptIdIndex].value + '@' + line[0];
6459 27 May 14 nicklas 246         if (transcriptIds.add(id) || !skipRepeatedTranscriptIds)
6459 27 May 14 nicklas 247         {
6459 27 May 14 nicklas 248           appendLine(sb, line, attributes);
6459 27 May 14 nicklas 249           break;
6459 27 May 14 nicklas 250         }
6459 27 May 14 nicklas 251       }
6459 27 May 14 nicklas 252       else
6459 27 May 14 nicklas 253       {
6459 27 May 14 nicklas 254         // Append line as it is
6459 27 May 14 nicklas 255         appendLine(sb, line, null);
5764 27 Sep 11 nicklas 256         break;
5759 26 Sep 11 nicklas 257       }
5759 26 Sep 11 nicklas 258     } while (skipRepeatedTranscriptIds);
5759 26 Sep 11 nicklas 259     
5759 26 Sep 11 nicklas 260     // Convert to byte[]
6459 27 May 14 nicklas 261     return sb.toString().getBytes(charset);
5759 26 Sep 11 nicklas 262   }
5759 26 Sep 11 nicklas 263   
5759 26 Sep 11 nicklas 264   /**
6459 27 May 14 nicklas 265     Read the next line from the GTF file and split on tab character.
5759 26 Sep 11 nicklas 266   */
5759 26 Sep 11 nicklas 267   private String[] getNextLine()
5759 26 Sep 11 nicklas 268     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 269   {
5759 26 Sep 11 nicklas 270     String line = reader.readLine();
5759 26 Sep 11 nicklas 271     if (line == null) return null;
5759 26 Sep 11 nicklas 272     lineNum++;
5759 26 Sep 11 nicklas 273     String[] columns = line.split("\\t", 10);
5759 26 Sep 11 nicklas 274     return columns;
5759 26 Sep 11 nicklas 275   }
5759 26 Sep 11 nicklas 276   
5759 26 Sep 11 nicklas 277   /**
5759 26 Sep 11 nicklas 278     Parse attributes from the given template string. The first time
5759 26 Sep 11 nicklas 279     this method is called all attributes are accepted and their order
5759 26 Sep 11 nicklas 280     is remembered. Subsequent calls accept only values for the remembered
5759 26 Sep 11 nicklas 281     attributes.
5759 26 Sep 11 nicklas 282   */
5759 26 Sep 11 nicklas 283   private void parseAttributes(String template)
5759 26 Sep 11 nicklas 284     throws IOException
5759 26 Sep 11 nicklas 285   {
5759 26 Sep 11 nicklas 286     Matcher m = ATTRIBUTE_PATTERN.matcher(template);
5759 26 Sep 11 nicklas 287     
5759 26 Sep 11 nicklas 288     if (attributes == null)
5759 26 Sep 11 nicklas 289     {
5759 26 Sep 11 nicklas 290       // First time
5759 26 Sep 11 nicklas 291       List<Attribute> tmp = new ArrayList<Attribute>();
5759 26 Sep 11 nicklas 292       while (m.find())
5759 26 Sep 11 nicklas 293       {
5759 26 Sep 11 nicklas 294         String key = m.group(1);
5759 26 Sep 11 nicklas 295         String value = m.group(2);
5759 26 Sep 11 nicklas 296         tmp.add(new Attribute(key, value));
5759 26 Sep 11 nicklas 297       }
5759 26 Sep 11 nicklas 298       geneIdIndex = tmp.indexOf(Attribute.GENE_ID);
5759 26 Sep 11 nicklas 299       if (geneIdIndex == -1)
5759 26 Sep 11 nicklas 300       {
5759 26 Sep 11 nicklas 301         throw new IOException("Required attribute 'gene_id' not found, at line: " + lineNum);
5759 26 Sep 11 nicklas 302       }
5759 26 Sep 11 nicklas 303       transcriptIdIndex = tmp.indexOf(Attribute.TRANSCRIPT_ID);
5759 26 Sep 11 nicklas 304       if (transcriptIdIndex == -1)
5759 26 Sep 11 nicklas 305       {
5759 26 Sep 11 nicklas 306         throw new IOException("Required attribute 'transcript_id' not found, at line: " + lineNum);
5759 26 Sep 11 nicklas 307       }
5759 26 Sep 11 nicklas 308       attributes = tmp.toArray(new Attribute[tmp.size()]);
5759 26 Sep 11 nicklas 309     }
5759 26 Sep 11 nicklas 310     else
5759 26 Sep 11 nicklas 311     {
5759 26 Sep 11 nicklas 312       // Subsequent times
5759 26 Sep 11 nicklas 313       int startAt = 0;
5759 26 Sep 11 nicklas 314       while (m.find())
5759 26 Sep 11 nicklas 315       {
5759 26 Sep 11 nicklas 316         String key = m.group(1);
5759 26 Sep 11 nicklas 317         String value = m.group(2);
5759 26 Sep 11 nicklas 318         for (int i = startAt; i < attributes.length; ++i)
5759 26 Sep 11 nicklas 319         {
5759 26 Sep 11 nicklas 320           if (attributes[i].key.equals(key))
5759 26 Sep 11 nicklas 321           {
5759 26 Sep 11 nicklas 322             attributes[i].value = value;
5759 26 Sep 11 nicklas 323             // If the order of the attributes is the same on all lines
5759 26 Sep 11 nicklas 324             // we don't have to look from [0] to [length-1] for all attributes
5759 26 Sep 11 nicklas 325             if (i == startAt) startAt++;
5759 26 Sep 11 nicklas 326             break;
5759 26 Sep 11 nicklas 327           }
5759 26 Sep 11 nicklas 328         }
5759 26 Sep 11 nicklas 329       }
5759 26 Sep 11 nicklas 330       if (attributes[geneIdIndex].value == null)
5759 26 Sep 11 nicklas 331       {
5759 26 Sep 11 nicklas 332         throw new IOException("Required attribute 'gene_id' not found, at line: " + lineNum);
5759 26 Sep 11 nicklas 333       }
5759 26 Sep 11 nicklas 334       if (attributes[transcriptIdIndex].value == null)
5759 26 Sep 11 nicklas 335       {
5759 26 Sep 11 nicklas 336         throw new IOException("Required attribute 'transcript_id' not found, at line: " + lineNum);
5759 26 Sep 11 nicklas 337       }
5759 26 Sep 11 nicklas 338     }
5759 26 Sep 11 nicklas 339   }
5759 26 Sep 11 nicklas 340   
5759 26 Sep 11 nicklas 341   /**
6459 27 May 14 nicklas 342     Append columns to the buffer and separate each with a tab.
6459 27 May 14 nicklas 343     If attributes are given, the first 8 (or 2 if skipRepeatedTranscriptIds=true)
6459 27 May 14 nicklas 344     columns are appended, then each of the attributes are appended.
6459 27 May 14 nicklas 345     If no attributes are given, all columns are copied as they are.
6459 27 May 14 nicklas 346     
5759 26 Sep 11 nicklas 347     @param sb The buffer to append to
5759 26 Sep 11 nicklas 348     @param columns The regular columns (must be at least 8)
5759 26 Sep 11 nicklas 349     @param attr The attributes to add
5759 26 Sep 11 nicklas 350   */
5759 26 Sep 11 nicklas 351   private StringBuffer appendLine(StringBuffer sb, String[] columns, Attribute[] attr)
5759 26 Sep 11 nicklas 352   {
5759 26 Sep 11 nicklas 353     // First 8 columns are copied with tab separator
5759 26 Sep 11 nicklas 354     sb.append(columns[0]);
6459 27 May 14 nicklas 355     int end = attr == null ? columns.length : (skipRepeatedTranscriptIds ? 2 : 8);
5759 26 Sep 11 nicklas 356     for (int i = 1; i < end; ++i)
5759 26 Sep 11 nicklas 357     {
5759 26 Sep 11 nicklas 358       sb.append("\t").append(columns[i]);
5759 26 Sep 11 nicklas 359     }
6459 27 May 14 nicklas 360     if (attr != null)
5759 26 Sep 11 nicklas 361     {
6459 27 May 14 nicklas 362       // Then follows the attributes
6459 27 May 14 nicklas 363       for (Attribute attribute : attr)
6459 27 May 14 nicklas 364       {
6459 27 May 14 nicklas 365         sb.append("\t").append(attribute.value);
6459 27 May 14 nicklas 366         attribute.value = null;
6459 27 May 14 nicklas 367       }
6459 27 May 14 nicklas 368       if (columns.length == 10)
6459 27 May 14 nicklas 369       {
6459 27 May 14 nicklas 370         sb.append("\t").append(columns[9]);
6459 27 May 14 nicklas 371       }
5759 26 Sep 11 nicklas 372     }
5759 26 Sep 11 nicklas 373     sb.append("\n");
5759 26 Sep 11 nicklas 374     return sb;
5759 26 Sep 11 nicklas 375   }
5759 26 Sep 11 nicklas 376   
5759 26 Sep 11 nicklas 377   
5759 26 Sep 11 nicklas 378   static class Attribute
5759 26 Sep 11 nicklas 379   {
5759 26 Sep 11 nicklas 380     static final Attribute GENE_ID = new Attribute("gene_id", null);
5759 26 Sep 11 nicklas 381     static final Attribute TRANSCRIPT_ID = new Attribute("transcript_id", null);
5759 26 Sep 11 nicklas 382     
5759 26 Sep 11 nicklas 383     final String key;
5759 26 Sep 11 nicklas 384     String value;
5759 26 Sep 11 nicklas 385   
5759 26 Sep 11 nicklas 386     Attribute(String key, String value)
5759 26 Sep 11 nicklas 387     {
5759 26 Sep 11 nicklas 388       this.key = key;
5759 26 Sep 11 nicklas 389       this.value = value;
5759 26 Sep 11 nicklas 390     }
5759 26 Sep 11 nicklas 391     
5759 26 Sep 11 nicklas 392     @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 393     public int hashCode()
5759 26 Sep 11 nicklas 394     {
5759 26 Sep 11 nicklas 395       return key.hashCode();
5759 26 Sep 11 nicklas 396     }
5759 26 Sep 11 nicklas 397     @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 398     public boolean equals(Object obj)
5759 26 Sep 11 nicklas 399     {
5759 26 Sep 11 nicklas 400       if (this == obj) return true;
5759 26 Sep 11 nicklas 401       if (obj == null) return false;
5759 26 Sep 11 nicklas 402       if (obj.getClass() != Attribute.class) return false;
5759 26 Sep 11 nicklas 403       Attribute o = (Attribute)obj;
5759 26 Sep 11 nicklas 404       return this.key.equals(o.key);
5759 26 Sep 11 nicklas 405     }
5759 26 Sep 11 nicklas 406     @Override
5759 26 Sep 11 nicklas 407     public String toString()
5759 26 Sep 11 nicklas 408     {
5759 26 Sep 11 nicklas 409       return key + "=" + value;
5759 26 Sep 11 nicklas 410     }
5759 26 Sep 11 nicklas 411     
5759 26 Sep 11 nicklas 412     
5759 26 Sep 11 nicklas 413   }
5759 26 Sep 11 nicklas 414   
5759 26 Sep 11 nicklas 415 }

Generated on Sat Oct  7 02:37:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)