src/core/net/sf/basedb/util/listable/DerivedBioAssayToChildDerivedBioAssayTransformer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6792 23 Mar 15 nicklas 1 /**
6792 23 Mar 15 nicklas 2   $Id$
6792 23 Mar 15 nicklas 3
6792 23 Mar 15 nicklas 4   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6792 23 Mar 15 nicklas 5
6792 23 Mar 15 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6792 23 Mar 15 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
6792 23 Mar 15 nicklas 8
6792 23 Mar 15 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6792 23 Mar 15 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
6792 23 Mar 15 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6792 23 Mar 15 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
6792 23 Mar 15 nicklas 13
6792 23 Mar 15 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6792 23 Mar 15 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6792 23 Mar 15 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6792 23 Mar 15 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
6792 23 Mar 15 nicklas 18
6792 23 Mar 15 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
6792 23 Mar 15 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6792 23 Mar 15 nicklas 21 */
6792 23 Mar 15 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.listable;
6792 23 Mar 15 nicklas 23
6792 23 Mar 15 nicklas 24 import java.util.HashSet;
6792 23 Mar 15 nicklas 25 import java.util.Set;
6792 23 Mar 15 nicklas 26
6792 23 Mar 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6792 23 Mar 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
6792 23 Mar 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Item;
6792 23 Mar 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6792 23 Mar 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6792 23 Mar 15 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6792 23 Mar 15 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6792 23 Mar 15 nicklas 34
6792 23 Mar 15 nicklas 35 /**
6792 23 Mar 15 nicklas 36   Source item transformer implementation that transform derived bioassay items 
6792 23 Mar 15 nicklas 37   to child derived bioassays.
6792 23 Mar 15 nicklas 38   
6792 23 Mar 15 nicklas 39   @author Nicklas
6792 23 Mar 15 nicklas 40   @since 3.5
6792 23 Mar 15 nicklas 41 */
6792 23 Mar 15 nicklas 42 public class DerivedBioAssayToChildDerivedBioAssayTransformer 
6792 23 Mar 15 nicklas 43   extends AbstractSourceItemTransformer
6792 23 Mar 15 nicklas 44 {
6792 23 Mar 15 nicklas 45   
6792 23 Mar 15 nicklas 46   private final boolean includeSourcesInTarget;
6792 23 Mar 15 nicklas 47
6792 23 Mar 15 nicklas 48   /**
6792 23 Mar 15 nicklas 49     Create a new derived bioassay to child derived bioassay transformer.
6792 23 Mar 15 nicklas 50   */
6792 23 Mar 15 nicklas 51   public DerivedBioAssayToChildDerivedBioAssayTransformer(boolean includeSourcesInTarget) 
6792 23 Mar 15 nicklas 52   {
6792 23 Mar 15 nicklas 53     super(Item.DERIVEDBIOASSAY, Item.DERIVEDBIOASSAY);
6792 23 Mar 15 nicklas 54     this.includeSourcesInTarget = includeSourcesInTarget;
6792 23 Mar 15 nicklas 55   }
6792 23 Mar 15 nicklas 56   
6792 23 Mar 15 nicklas 57   @Override
6792 23 Mar 15 nicklas 58   public Set<Integer> transform(TransformContext context, Set<Integer> source) 
6792 23 Mar 15 nicklas 59   {
6792 23 Mar 15 nicklas 60     DbControl dc = context.getDbControl();
6792 23 Mar 15 nicklas 61     
6792 23 Mar 15 nicklas 62     ItemQuery<DerivedBioAssay> query = DerivedBioAssay.getQuery();
6848 13 Apr 15 nicklas 63     query.setIncludes(context.getInclude());
6792 23 Mar 15 nicklas 64     query.joinPermanent(Hql.innerJoin("parents", "p"));
6792 23 Mar 15 nicklas 65     query.restrictPermanent(
6792 23 Mar 15 nicklas 66       Restrictions.in(
6792 23 Mar 15 nicklas 67         Hql.alias("p"),
6792 23 Mar 15 nicklas 68         Expressions.parameter("parents")
6792 23 Mar 15 nicklas 69       )
6792 23 Mar 15 nicklas 70     );
6792 23 Mar 15 nicklas 71     
6792 23 Mar 15 nicklas 72     // Keep track of all seen children and parents
6792 23 Mar 15 nicklas 73     Set<Integer> allParents = new HashSet<Integer>();
6792 23 Mar 15 nicklas 74     Set<Integer> allChildren = new HashSet<Integer>();
6792 23 Mar 15 nicklas 75     if (includeSourcesInTarget) allChildren.addAll(source);
6792 23 Mar 15 nicklas 76
6792 23 Mar 15 nicklas 77     // Parents that we have not yet checked
6792 23 Mar 15 nicklas 78     Set<Integer> parents = source;
6792 23 Mar 15 nicklas 79     while (parents.size() > 0)
6792 23 Mar 15 nicklas 80     {
8094 04 Nov 22 nicklas 81       context.collect(getSourceItemType(), parents);
8094 04 Nov 22 nicklas 82       Set<Integer> children = context.avoid(getTargetItemType(), safeIdList(dc, query, "parents", parents));
6792 23 Mar 15 nicklas 83       
6792 23 Mar 15 nicklas 84       // Store new children and "used" parents
6792 23 Mar 15 nicklas 85       allChildren.addAll(children);
6792 23 Mar 15 nicklas 86       allParents.addAll(parents);
6792 23 Mar 15 nicklas 87       
6792 23 Mar 15 nicklas 88       // Remove parents that we have already seen...
6792 23 Mar 15 nicklas 89       // ...the remaining children become our new parents
6792 23 Mar 15 nicklas 90       children.removeAll(allParents);
6792 23 Mar 15 nicklas 91       parents = children;
6792 23 Mar 15 nicklas 92     }
6792 23 Mar 15 nicklas 93     
6792 23 Mar 15 nicklas 94     return allChildren;
6792 23 Mar 15 nicklas 95   }
6792 23 Mar 15 nicklas 96
6792 23 Mar 15 nicklas 97 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)