src/core/net/sf/basedb/util/listable/ExtractToSampleTransformer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6775 17 Mar 15 nicklas 1 /**
6775 17 Mar 15 nicklas 2   $Id$
6775 17 Mar 15 nicklas 3
6775 17 Mar 15 nicklas 4   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6775 17 Mar 15 nicklas 5
6775 17 Mar 15 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6775 17 Mar 15 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
6775 17 Mar 15 nicklas 8
6775 17 Mar 15 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6775 17 Mar 15 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
6775 17 Mar 15 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6775 17 Mar 15 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
6775 17 Mar 15 nicklas 13
6775 17 Mar 15 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6775 17 Mar 15 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6775 17 Mar 15 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6775 17 Mar 15 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
6775 17 Mar 15 nicklas 18
6775 17 Mar 15 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
6775 17 Mar 15 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6775 17 Mar 15 nicklas 21 */
6775 17 Mar 15 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.listable;
6775 17 Mar 15 nicklas 23
6775 17 Mar 15 nicklas 24 import java.util.Set;
6775 17 Mar 15 nicklas 25
6775 17 Mar 15 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Item;
6775 17 Mar 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6775 17 Mar 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Sample;
6775 17 Mar 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6775 17 Mar 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6775 17 Mar 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6775 17 Mar 15 nicklas 32
6775 17 Mar 15 nicklas 33 /**
6775 17 Mar 15 nicklas 34   Source item transformer that transform extract items to their parent
6775 17 Mar 15 nicklas 35   samples. This implementation will only transform to the extract:s immediate
6775 17 Mar 15 nicklas 36   parent samples. Grandparents are not included (neither on the extract or
6775 17 Mar 15 nicklas 37   sample side).
6775 17 Mar 15 nicklas 38   
6775 17 Mar 15 nicklas 39   To include all grandparents, combine this transformer with 
6775 17 Mar 15 nicklas 40   {@link SampleToParentSampleTransformer} and {@link ExtractToParentExtractTransformer}.
6775 17 Mar 15 nicklas 41   
6775 17 Mar 15 nicklas 42   @author Nicklas
6775 17 Mar 15 nicklas 43   @since 3.5
6775 17 Mar 15 nicklas 44 */
6775 17 Mar 15 nicklas 45 public class ExtractToSampleTransformer 
6775 17 Mar 15 nicklas 46   extends AbstractSourceItemTransformer 
6775 17 Mar 15 nicklas 47 {
6775 17 Mar 15 nicklas 48
7772 17 Feb 20 nicklas 49   private boolean pushOnly;
7772 17 Feb 20 nicklas 50   
6775 17 Mar 15 nicklas 51   public ExtractToSampleTransformer()
6775 17 Mar 15 nicklas 52   {
6775 17 Mar 15 nicklas 53     super(Item.EXTRACT, Item.SAMPLE);
6775 17 Mar 15 nicklas 54   }
6775 17 Mar 15 nicklas 55   
6775 17 Mar 15 nicklas 56   /**
7772 17 Feb 20 nicklas 57     Create a new extract to sample transformer that only load parent samples
7772 17 Feb 20 nicklas 58     to extracts that has a subtype with "push annotations" set. This functionality
7772 17 Feb 20 nicklas 59     should only be used in the first transformation step.
7772 17 Feb 20 nicklas 60     @see PushToParentsTransformer
7772 17 Feb 20 nicklas 61     @since 3.16
7772 17 Feb 20 nicklas 62   */
7772 17 Feb 20 nicklas 63   public ExtractToSampleTransformer(boolean childrensThatPushOnly)
7772 17 Feb 20 nicklas 64   {
7772 17 Feb 20 nicklas 65     this();
7772 17 Feb 20 nicklas 66     this.pushOnly = childrensThatPushOnly;
7772 17 Feb 20 nicklas 67   }
7772 17 Feb 20 nicklas 68   
7772 17 Feb 20 nicklas 69   /**
6775 17 Mar 15 nicklas 70     Load the ID of all samples that are immediate parents to the
6775 17 Mar 15 nicklas 71     given set of extracts.
6775 17 Mar 15 nicklas 72   */
6775 17 Mar 15 nicklas 73   @Override
6775 17 Mar 15 nicklas 74   public Set<Integer> transform(TransformContext context, Set<Integer> source) 
6775 17 Mar 15 nicklas 75   {
8094 04 Nov 22 nicklas 76     context.collect(getSourceItemType(), source);
6775 17 Mar 15 nicklas 77     ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
6848 13 Apr 15 nicklas 78     query.setIncludes(context.getInclude());
6775 17 Mar 15 nicklas 79     query.join(Hql.innerJoin("children", "ch"));
6775 17 Mar 15 nicklas 80     query.restrict(
6775 17 Mar 15 nicklas 81       Restrictions.in(
6775 17 Mar 15 nicklas 82         Hql.alias("ch"), 
6775 17 Mar 15 nicklas 83         Expressions.parameter("extracts")
6775 17 Mar 15 nicklas 84       )
6775 17 Mar 15 nicklas 85     );
7772 17 Feb 20 nicklas 86     if (pushOnly)
7772 17 Feb 20 nicklas 87     {
7772 17 Feb 20 nicklas 88       query.join(Hql.innerJoin("ch", "itemSubtype", "st"));
7772 17 Feb 20 nicklas 89       query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("st", "pushAnnotations"), Expressions.bool(true)));
7772 17 Feb 20 nicklas 90     }
8094 04 Nov 22 nicklas 91     return context.avoid(getTargetItemType(), safeIdList(context.getDbControl(), query, "extracts", source));
6775 17 Mar 15 nicklas 92   }
6775 17 Mar 15 nicklas 93
6775 17 Mar 15 nicklas 94
6775 17 Mar 15 nicklas 95 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)