src/core/net/sf/basedb/util/listable/RawBioAssayToDerivedBioAssayTransformer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6791 23 Mar 15 nicklas 1 /**
6791 23 Mar 15 nicklas 2   $Id$
6791 23 Mar 15 nicklas 3
6791 23 Mar 15 nicklas 4   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6791 23 Mar 15 nicklas 5
6791 23 Mar 15 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6791 23 Mar 15 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
6791 23 Mar 15 nicklas 8
6791 23 Mar 15 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6791 23 Mar 15 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
6791 23 Mar 15 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6791 23 Mar 15 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
6791 23 Mar 15 nicklas 13
6791 23 Mar 15 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6791 23 Mar 15 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6791 23 Mar 15 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6791 23 Mar 15 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
6791 23 Mar 15 nicklas 18
6791 23 Mar 15 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
6791 23 Mar 15 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6791 23 Mar 15 nicklas 21 */
6791 23 Mar 15 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.listable;
6791 23 Mar 15 nicklas 23
6791 23 Mar 15 nicklas 24 import java.util.Set;
6791 23 Mar 15 nicklas 25
6791 23 Mar 15 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
6791 23 Mar 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Item;
6791 23 Mar 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6791 23 Mar 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6791 23 Mar 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6791 23 Mar 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6791 23 Mar 15 nicklas 32
6791 23 Mar 15 nicklas 33 /**
6791 23 Mar 15 nicklas 34   Source item transformer implementation that transform raw bioassay items 
6791 23 Mar 15 nicklas 35   to derived bioassays.
6791 23 Mar 15 nicklas 36   
6791 23 Mar 15 nicklas 37   @author Nicklas
6791 23 Mar 15 nicklas 38   @since 3.5
6791 23 Mar 15 nicklas 39 */
6791 23 Mar 15 nicklas 40 public class RawBioAssayToDerivedBioAssayTransformer 
6791 23 Mar 15 nicklas 41   extends AbstractSourceItemTransformer
6791 23 Mar 15 nicklas 42 {
6791 23 Mar 15 nicklas 43
6791 23 Mar 15 nicklas 44   /**
6791 23 Mar 15 nicklas 45     Create a new raw bioassay to derived bioassay transformer.
6791 23 Mar 15 nicklas 46   */
6791 23 Mar 15 nicklas 47   public RawBioAssayToDerivedBioAssayTransformer() 
6791 23 Mar 15 nicklas 48   {
6791 23 Mar 15 nicklas 49     super(Item.RAWBIOASSAY, Item.DERIVEDBIOASSAY);
6791 23 Mar 15 nicklas 50   }
6792 23 Mar 15 nicklas 51
6791 23 Mar 15 nicklas 52   
6791 23 Mar 15 nicklas 53   @Override
6791 23 Mar 15 nicklas 54   public Set<Integer> transform(TransformContext context, Set<Integer> source) 
6791 23 Mar 15 nicklas 55   {
8094 04 Nov 22 nicklas 56     context.collect(getSourceItemType(), source);
6791 23 Mar 15 nicklas 57     ItemQuery<DerivedBioAssay> query = DerivedBioAssay.getQuery();
6848 13 Apr 15 nicklas 58     query.setIncludes(context.getInclude());
6791 23 Mar 15 nicklas 59     query.join(Hql.innerJoin("rawBioAssays", "rba"));
6791 23 Mar 15 nicklas 60     query.restrict(
6791 23 Mar 15 nicklas 61       Restrictions.in(
6791 23 Mar 15 nicklas 62         Hql.alias("rba"), 
6791 23 Mar 15 nicklas 63         Expressions.parameter("rawBioAssays")
6791 23 Mar 15 nicklas 64       )
6791 23 Mar 15 nicklas 65     );
8094 04 Nov 22 nicklas 66     return context.avoid(getTargetItemType(), safeIdList(context.getDbControl(), query, "rawBioAssays", source));
6791 23 Mar 15 nicklas 67   }
6791 23 Mar 15 nicklas 68
6791 23 Mar 15 nicklas 69 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:16 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)