src/core/net/sf/basedb/util/listable/SampleToBioSourceTransformer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6775 17 Mar 15 nicklas 1 /**
6775 17 Mar 15 nicklas 2   $Id$
6775 17 Mar 15 nicklas 3
6775 17 Mar 15 nicklas 4   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6775 17 Mar 15 nicklas 5
6775 17 Mar 15 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6775 17 Mar 15 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
6775 17 Mar 15 nicklas 8
6775 17 Mar 15 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6775 17 Mar 15 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
6775 17 Mar 15 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6775 17 Mar 15 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
6775 17 Mar 15 nicklas 13
6775 17 Mar 15 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6775 17 Mar 15 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6775 17 Mar 15 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6775 17 Mar 15 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
6775 17 Mar 15 nicklas 18
6775 17 Mar 15 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
6775 17 Mar 15 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6775 17 Mar 15 nicklas 21 */
6775 17 Mar 15 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.listable;
6775 17 Mar 15 nicklas 23
6775 17 Mar 15 nicklas 24 import java.util.Set;
6775 17 Mar 15 nicklas 25
6775 17 Mar 15 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.BioSource;
6775 17 Mar 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Item;
6775 17 Mar 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6775 17 Mar 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6775 17 Mar 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6775 17 Mar 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6775 17 Mar 15 nicklas 32
6775 17 Mar 15 nicklas 33 /**
6775 17 Mar 15 nicklas 34   Source item transformer that transform sample items to their parent
6775 17 Mar 15 nicklas 35   biosources. This implementation will only transform to the sample:s
6775 17 Mar 15 nicklas 36   immediate parent biosources. Grandparents are not included. To do this, 
6775 17 Mar 15 nicklas 37   combine this transformer with a {@link SampleToParentSampleTransformer}.
6775 17 Mar 15 nicklas 38   
6775 17 Mar 15 nicklas 39   @author Nicklas
6775 17 Mar 15 nicklas 40   @since 3.5
6775 17 Mar 15 nicklas 41 */
6775 17 Mar 15 nicklas 42 public class SampleToBioSourceTransformer 
6775 17 Mar 15 nicklas 43   extends AbstractSourceItemTransformer 
6775 17 Mar 15 nicklas 44 {
6775 17 Mar 15 nicklas 45
7772 17 Feb 20 nicklas 46   private boolean pushOnly;
7772 17 Feb 20 nicklas 47   
6775 17 Mar 15 nicklas 48   public SampleToBioSourceTransformer()
6775 17 Mar 15 nicklas 49   {
6775 17 Mar 15 nicklas 50     super(Item.SAMPLE, Item.BIOSOURCE);
6775 17 Mar 15 nicklas 51   }
6775 17 Mar 15 nicklas 52   
6775 17 Mar 15 nicklas 53   /**
7772 17 Feb 20 nicklas 54     Create a new sample to biosource transformer that only load parent biosources
7772 17 Feb 20 nicklas 55     to sample that has a subtype with "push annotations" set. This functionality
7772 17 Feb 20 nicklas 56     should only be used in the first transformation step.
7772 17 Feb 20 nicklas 57     @see PushToParentsTransformer
7772 17 Feb 20 nicklas 58     @since 3.16
7772 17 Feb 20 nicklas 59   */
7772 17 Feb 20 nicklas 60   public SampleToBioSourceTransformer(boolean childrensThatPushOnly)
7772 17 Feb 20 nicklas 61   {
7772 17 Feb 20 nicklas 62     this();
7772 17 Feb 20 nicklas 63     this.pushOnly = childrensThatPushOnly;
7772 17 Feb 20 nicklas 64   }
7772 17 Feb 20 nicklas 65   
7772 17 Feb 20 nicklas 66   /**
6775 17 Mar 15 nicklas 67     Load the ID of all biosources that are immediate parents to the
6775 17 Mar 15 nicklas 68     given set of samples.
6775 17 Mar 15 nicklas 69   */
6775 17 Mar 15 nicklas 70   @Override
6775 17 Mar 15 nicklas 71   public Set<Integer> transform(TransformContext context, Set<Integer> source) 
6775 17 Mar 15 nicklas 72   {
8094 04 Nov 22 nicklas 73     context.collect(getSourceItemType(), source);
6775 17 Mar 15 nicklas 74     ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
6848 13 Apr 15 nicklas 75     query.setIncludes(context.getInclude());
6775 17 Mar 15 nicklas 76     query.join(Hql.innerJoin("children", "ch"));
6775 17 Mar 15 nicklas 77     query.restrict(
6775 17 Mar 15 nicklas 78       Restrictions.in(
6775 17 Mar 15 nicklas 79         Hql.alias("ch"), 
6775 17 Mar 15 nicklas 80         Expressions.parameter("samples")
6775 17 Mar 15 nicklas 81       )
6775 17 Mar 15 nicklas 82     );
7772 17 Feb 20 nicklas 83     if (pushOnly)
7772 17 Feb 20 nicklas 84     {
7772 17 Feb 20 nicklas 85       query.join(Hql.innerJoin("ch", "itemSubtype", "st"));
7772 17 Feb 20 nicklas 86       query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("st", "pushAnnotations"), Expressions.bool(true)));
7772 17 Feb 20 nicklas 87     }
8094 04 Nov 22 nicklas 88     return context.avoid(getTargetItemType(), safeIdList(context.getDbControl(), query, "samples", source));
6775 17 Mar 15 nicklas 89   }
6775 17 Mar 15 nicklas 90
6775 17 Mar 15 nicklas 91 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:16 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)