src/core/net/sf/basedb/util/overview/loader/ExperimentalFactorLoader.java

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4740 05 Feb 09 nicklas 1 /**
4740 05 Feb 09 nicklas 2   $Id$
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4740 05 Feb 09 nicklas 4   Copyright (C) 2008 Nicklas Nordborg
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4740 05 Feb 09 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4740 05 Feb 09 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
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4740 05 Feb 09 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4740 05 Feb 09 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4740 05 Feb 09 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4740 05 Feb 09 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
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4740 05 Feb 09 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4740 05 Feb 09 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4740 05 Feb 09 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4740 05 Feb 09 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
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4740 05 Feb 09 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4740 05 Feb 09 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4740 05 Feb 09 nicklas 21 */
4740 05 Feb 09 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.overview.loader;
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4740 05 Feb 09 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.AnnotationType;
4740 05 Feb 09 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4740 05 Feb 09 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Experiment;
4740 05 Feb 09 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
4740 05 Feb 09 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.ItemResultIterator;
4740 05 Feb 09 nicklas 29 import net.sf.basedb.util.overview.OverviewContext;
4740 05 Feb 09 nicklas 30 import net.sf.basedb.util.overview.node.ChildNodeDirection;
4740 05 Feb 09 nicklas 31 import net.sf.basedb.util.overview.node.NameableNameGenerator;
4740 05 Feb 09 nicklas 32 import net.sf.basedb.util.overview.Node;
4740 05 Feb 09 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.overview.node.NodeFactory;
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4740 05 Feb 09 nicklas 35 /**
4740 05 Feb 09 nicklas 36   Node loader implementation for experimental factors. The 
4740 05 Feb 09 nicklas 37   annotation types used as experimental factors are loaded
4740 05 Feb 09 nicklas 38   as property-type child nodes of an experiment.
4740 05 Feb 09 nicklas 39   
4740 05 Feb 09 nicklas 40   @author Nicklas
4740 05 Feb 09 nicklas 41   @version 2.10
4740 05 Feb 09 nicklas 42   @base.modified $Date$
4740 05 Feb 09 nicklas 43 */
4740 05 Feb 09 nicklas 44 public class ExperimentalFactorLoader
4740 05 Feb 09 nicklas 45   extends BasicItemNodeLoader<AnnotationType>
4740 05 Feb 09 nicklas 46 {
4740 05 Feb 09 nicklas 47
4740 05 Feb 09 nicklas 48   public ExperimentalFactorLoader()
4740 05 Feb 09 nicklas 49   {
4740 05 Feb 09 nicklas 50     super("EXPERIMENTAL.FACTOR", DENY_ROOT_NODE, 
4740 05 Feb 09 nicklas 51         new NameableNameGenerator<AnnotationType>("factor", "Experimental factor"));
4740 05 Feb 09 nicklas 52   }
4740 05 Feb 09 nicklas 53   
4740 05 Feb 09 nicklas 54   /*
4740 05 Feb 09 nicklas 55     From the NodeLoader interface
4740 05 Feb 09 nicklas 56     ------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 57   */
4740 05 Feb 09 nicklas 58   @Override
4740 05 Feb 09 nicklas 59   public Node createPropertyNode(DbControl dc, OverviewContext context, Node experimentNode)
4740 05 Feb 09 nicklas 60   {
4740 05 Feb 09 nicklas 61     NodeFactory<AnnotationType> nf = getNodeFactory(dc, context);
4740 05 Feb 09 nicklas 62     Node folderNode = null;
4740 05 Feb 09 nicklas 63     
4740 05 Feb 09 nicklas 64     // Load all experimental factors for the given experiment
4740 05 Feb 09 nicklas 65     Experiment experiment = (Experiment)experimentNode.getItem(dc);
4740 05 Feb 09 nicklas 66     ItemQuery<AnnotationType> query = context.initQuery(experiment.getExperimentalFactors(), "name");
4740 05 Feb 09 nicklas 67     ItemResultIterator<AnnotationType> it = query.iterate(dc);
4740 05 Feb 09 nicklas 68     while (it.hasNext())
4740 05 Feb 09 nicklas 69     {
4740 05 Feb 09 nicklas 70       AnnotationType factor = it.next();
4740 05 Feb 09 nicklas 71       if (folderNode == null)
4740 05 Feb 09 nicklas 72       {
4740 05 Feb 09 nicklas 73         folderNode = new Node("factors", "Experimental factors", experimentNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 74       }
4740 05 Feb 09 nicklas 75       createItemNode(nf, factor, null, false, folderNode, ChildNodeDirection.NONE);
4740 05 Feb 09 nicklas 76     }
4740 05 Feb 09 nicklas 77     postValidateFolder(nf, folderNode, experimentNode, false);
4740 05 Feb 09 nicklas 78     return folderNode;
4740 05 Feb 09 nicklas 79   }
4740 05 Feb 09 nicklas 80   // -----------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 81 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)