src/core/net/sf/basedb/util/overview/loader/ProtocolParameterLoader.java

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4740 05 Feb 09 nicklas 1 /**
4740 05 Feb 09 nicklas 2   $Id$
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4740 05 Feb 09 nicklas 4   Copyright (C) 2008 Nicklas Nordborg
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4740 05 Feb 09 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4740 05 Feb 09 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
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4740 05 Feb 09 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4740 05 Feb 09 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4740 05 Feb 09 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4740 05 Feb 09 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
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4740 05 Feb 09 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4740 05 Feb 09 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4740 05 Feb 09 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4740 05 Feb 09 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
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4740 05 Feb 09 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4740 05 Feb 09 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4740 05 Feb 09 nicklas 21 */
4740 05 Feb 09 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.overview.loader;
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4740 05 Feb 09 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.Annotatable;
4740 05 Feb 09 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.AnnotationType;
4740 05 Feb 09 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4740 05 Feb 09 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
4740 05 Feb 09 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.ItemResultIterator;
4740 05 Feb 09 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Protocol;
4740 05 Feb 09 nicklas 30 import net.sf.basedb.util.overview.Node;
4740 05 Feb 09 nicklas 31 import net.sf.basedb.util.overview.OverviewContext;
4740 05 Feb 09 nicklas 32 import net.sf.basedb.util.overview.node.ChildNodeDirection;
4740 05 Feb 09 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.overview.node.NameableNameGenerator;
4740 05 Feb 09 nicklas 34 import net.sf.basedb.util.overview.node.NodeFactory;
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4740 05 Feb 09 nicklas 36 /**
4740 05 Feb 09 nicklas 37   Node loader implementation for protocol parameters. Protocol
4740 05 Feb 09 nicklas 38   parameters are loaded as property-type child nodes of
4740 05 Feb 09 nicklas 39   a protocol. The protocol must have a parent node with
4740 05 Feb 09 nicklas 40   an item that is {@link Annotatable} since this is were the
4740 05 Feb 09 nicklas 41   parameter values are stored.
4740 05 Feb 09 nicklas 42   
4740 05 Feb 09 nicklas 43   @author Nicklas
4740 05 Feb 09 nicklas 44   @version 2.10
4740 05 Feb 09 nicklas 45   @base.modified $Date$
4740 05 Feb 09 nicklas 46 */
4740 05 Feb 09 nicklas 47 public class ProtocolParameterLoader
4740 05 Feb 09 nicklas 48   extends BasicItemNodeLoader<AnnotationType>
4740 05 Feb 09 nicklas 49 {
4740 05 Feb 09 nicklas 50
4740 05 Feb 09 nicklas 51   public ProtocolParameterLoader()
4740 05 Feb 09 nicklas 52   {
4740 05 Feb 09 nicklas 53     super("PROTOCOL.PARAMETER", DENY_ROOT_NODE, 
4749 11 Feb 09 nicklas 54         new NameableNameGenerator<AnnotationType>("parameter", null));
4740 05 Feb 09 nicklas 55   }
4740 05 Feb 09 nicklas 56   
4740 05 Feb 09 nicklas 57   /*
4740 05 Feb 09 nicklas 58     From the NodeLoader interface
4740 05 Feb 09 nicklas 59     ------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 60   */
4740 05 Feb 09 nicklas 61   @Override
4740 05 Feb 09 nicklas 62   public Node createPropertyNode(DbControl dc, OverviewContext context, Node protocolNode)
4740 05 Feb 09 nicklas 63   {
4740 05 Feb 09 nicklas 64     NodeFactory<AnnotationType> nf = getNodeFactory(dc, context);
4749 11 Feb 09 nicklas 65     Node returnNode = null;
4740 05 Feb 09 nicklas 66     
4740 05 Feb 09 nicklas 67     // Load all protocol parameters for the given protocol
4740 05 Feb 09 nicklas 68     Protocol protocol = (Protocol)protocolNode.getItem(dc);
4740 05 Feb 09 nicklas 69     ItemQuery<AnnotationType> query = context.initQuery(protocol.getParameters(), "name");
4740 05 Feb 09 nicklas 70     ItemResultIterator<AnnotationType> it = query.iterate(dc);
4740 05 Feb 09 nicklas 71     while (it.hasNext())
4740 05 Feb 09 nicklas 72     {
4740 05 Feb 09 nicklas 73       AnnotationType parameter = it.next();
4749 11 Feb 09 nicklas 74       returnNode = createItemNode(nf, parameter, null, false, protocolNode, ChildNodeDirection.NONE);
4740 05 Feb 09 nicklas 75     }
4749 11 Feb 09 nicklas 76     postValidateFolder(nf, null, protocolNode, false);
4749 11 Feb 09 nicklas 77     return protocolNode.numChildren() > 1 ? null : returnNode;
4740 05 Feb 09 nicklas 78   }
4740 05 Feb 09 nicklas 79   // -----------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 80 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)