src/test/TestExcelFunctions.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7677 27 Mar 19 nicklas 1 import java.io.BufferedReader;
7677 27 Mar 19 nicklas 2 import java.io.InputStream;
7677 27 Mar 19 nicklas 3 import java.io.InputStreamReader;
7677 27 Mar 19 nicklas 4 import java.io.OutputStream;
7677 27 Mar 19 nicklas 5 import java.time.LocalDate;
7677 27 Mar 19 nicklas 6 import java.time.ZoneId;
7677 27 Mar 19 nicklas 7 import java.util.Date;
7677 27 Mar 19 nicklas 8 import java.util.regex.Pattern;
7677 27 Mar 19 nicklas 9
7677 27 Mar 19 nicklas 10 import org.apache.poi.ss.usermodel.CellStyle;
7677 27 Mar 19 nicklas 11 import org.apache.poi.ss.usermodel.Font;
7677 27 Mar 19 nicklas 12 import org.apache.poi.ss.usermodel.IndexedColors;
7677 27 Mar 19 nicklas 13 import org.apache.poi.ss.usermodel.Workbook;
7677 27 Mar 19 nicklas 14 import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFWorkbook;
7677 27 Mar 19 nicklas 15
7677 27 Mar 19 nicklas 16 import net.sf.basedb.util.FileUtil;
7677 27 Mar 19 nicklas 17 import net.sf.basedb.util.excel.CellStyleCreator;
7677 27 Mar 19 nicklas 18 import net.sf.basedb.util.excel.XlsxTableWriter;
7677 27 Mar 19 nicklas 19 import net.sf.basedb.util.excel.XlsxToCsvUtil;
7677 27 Mar 19 nicklas 20 import net.sf.basedb.util.excel.XlsxToCsvUtil.SheetInfo;
7677 27 Mar 19 nicklas 21 import net.sf.basedb.util.formatter.DateFormatter;
7677 27 Mar 19 nicklas 22 import net.sf.basedb.util.formatter.NumberFormatter;
7677 27 Mar 19 nicklas 23 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser;
7677 27 Mar 19 nicklas 24 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser.Data;
7677 27 Mar 19 nicklas 25 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser.Line;
7677 27 Mar 19 nicklas 26
7677 27 Mar 19 nicklas 27 /*
7677 27 Mar 19 nicklas 28  $Id$
7677 27 Mar 19 nicklas 29
7677 27 Mar 19 nicklas 30  Copyright (C) 2019 Nicklas Nordborg
7677 27 Mar 19 nicklas 31
7677 27 Mar 19 nicklas 32  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7677 27 Mar 19 nicklas 33  Available at http://base.thep.lu.se/
7677 27 Mar 19 nicklas 34
7677 27 Mar 19 nicklas 35  BASE is free software; you can redistribute it and/or
7677 27 Mar 19 nicklas 36  modify it under the terms of the GNU General Public License
7677 27 Mar 19 nicklas 37  as published by the Free Software Foundation; either version 3
7677 27 Mar 19 nicklas 38  of the License, or (at your option) any later version.
7677 27 Mar 19 nicklas 39
7677 27 Mar 19 nicklas 40  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7677 27 Mar 19 nicklas 41  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7677 27 Mar 19 nicklas 42  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7677 27 Mar 19 nicklas 43  GNU General Public License for more details.
7677 27 Mar 19 nicklas 44
7677 27 Mar 19 nicklas 45  You should have received a copy of the GNU General Public License
7677 27 Mar 19 nicklas 46  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7677 27 Mar 19 nicklas 47  */
7677 27 Mar 19 nicklas 48
7677 27 Mar 19 nicklas 49 public class TestExcelFunctions
7677 27 Mar 19 nicklas 50 {
7677 27 Mar 19 nicklas 51   static boolean ok = true;
7677 27 Mar 19 nicklas 52
7677 27 Mar 19 nicklas 53   public static void main(String[] args)
7677 27 Mar 19 nicklas 54   {
7677 27 Mar 19 nicklas 55     TestUtil.checkArgs(args);
7677 27 Mar 19 nicklas 56     TestUtil.begin();
7677 27 Mar 19 nicklas 57     ok = test_all();
7677 27 Mar 19 nicklas 58     TestUtil.stop();
7677 27 Mar 19 nicklas 59   }
7677 27 Mar 19 nicklas 60
7677 27 Mar 19 nicklas 61   static boolean test_all()
7677 27 Mar 19 nicklas 62   {
7677 27 Mar 19 nicklas 63     write("++Testing Excel functions");
7677 27 Mar 19 nicklas 64
7677 27 Mar 19 nicklas 65     test_create_xlsx(null, "data/test.xlsx", "Test"); // Creates a new workbook
7677 27 Mar 19 nicklas 66     test_read_xlsx("data/test.xlsx", "Test");
7677 27 Mar 19 nicklas 67     test_read_xlsx_via_ffp("data/test.xlsx", "Test");
7677 27 Mar 19 nicklas 68
7677 27 Mar 19 nicklas 69     test_create_xlsx("data/test.xlsx", "data/test2.xlsx", "Test2"); // Adds a sheet to an existing workbook
7677 27 Mar 19 nicklas 70     test_read_xlsx("data/test2.xlsx", null);
7677 27 Mar 19 nicklas 71     test_read_xlsx_via_ffp("data/test2.xlsx", null);
7677 27 Mar 19 nicklas 72
7677 27 Mar 19 nicklas 73     write("++Testing Excel functions " + (ok ? "OK" : "Failed") + "\n");
7677 27 Mar 19 nicklas 74     return ok;
7677 27 Mar 19 nicklas 75   }
7677 27 Mar 19 nicklas 76
7677 27 Mar 19 nicklas 77
7677 27 Mar 19 nicklas 78   public static void test_create_xlsx(String inFile, String outFile, String name)
7677 27 Mar 19 nicklas 79   {
7677 27 Mar 19 nicklas 80     OutputStream out = null;
7728 14 Jun 19 nicklas 81     Workbook workbook = null;
7677 27 Mar 19 nicklas 82     try
7677 27 Mar 19 nicklas 83     {
7677 27 Mar 19 nicklas 84       if (inFile != null)
7677 27 Mar 19 nicklas 85       {
7677 27 Mar 19 nicklas 86         workbook = new XSSFWorkbook(new java.io.File(inFile));
7677 27 Mar 19 nicklas 87       }
7677 27 Mar 19 nicklas 88       
7677 27 Mar 19 nicklas 89       XlsxTableWriter tw = new XlsxTableWriter(workbook, name);
7677 27 Mar 19 nicklas 90       CellStyleCreator styleCreator = tw.getCellStyleCreator();
7677 27 Mar 19 nicklas 91
7677 27 Mar 19 nicklas 92       CellStyle headerStyle = styleCreator.createStyle();
7677 27 Mar 19 nicklas 93       Font bold = styleCreator.createFont();
7677 27 Mar 19 nicklas 94       bold.setBold(true);
7677 27 Mar 19 nicklas 95       headerStyle.setFont(bold);
7677 27 Mar 19 nicklas 96
7678 27 Mar 19 nicklas 97       CellStyle commentStyle = styleCreator.createStyle();
7677 27 Mar 19 nicklas 98       Font greyItalic = styleCreator.createFont();
7677 27 Mar 19 nicklas 99       greyItalic.setItalic(true);
7677 27 Mar 19 nicklas 100       greyItalic.setColor(IndexedColors.GREY_50_PERCENT.getIndex());
7678 27 Mar 19 nicklas 101       commentStyle.setFont(greyItalic);
7677 27 Mar 19 nicklas 102       
7677 27 Mar 19 nicklas 103       Object[] data = new Object[7];
7677 27 Mar 19 nicklas 104       // Headers
7677 27 Mar 19 nicklas 105       data[0] = "Name";
7677 27 Mar 19 nicklas 106       data[1] = "Line";
7677 27 Mar 19 nicklas 107       data[2] = "Age";
7677 27 Mar 19 nicklas 108       data[3] = "Pi";
7677 27 Mar 19 nicklas 109       data[4] = "Birthdate";
7677 27 Mar 19 nicklas 110       data[5] = "Now";
7677 27 Mar 19 nicklas 111       data[6] = "Comment";
7677 27 Mar 19 nicklas 112       
7677 27 Mar 19 nicklas 113       styleCreator.setBaseStyle(headerStyle);
7677 27 Mar 19 nicklas 114       tw.tablePrintHeaders(data);
7677 27 Mar 19 nicklas 115       
7677 27 Mar 19 nicklas 116       Date today = Date.from(LocalDate.now().atStartOfDay(ZoneId.systemDefault()).toInstant());
7677 27 Mar 19 nicklas 117       Date now = new Date();
7677 27 Mar 19 nicklas 118       
7677 27 Mar 19 nicklas 119       data[0] = "Foo source";
7677 27 Mar 19 nicklas 120       data[1] = 1;
7677 27 Mar 19 nicklas 121       data[2] = 25;
7677 27 Mar 19 nicklas 122       data[3] = Math.PI;
7677 27 Mar 19 nicklas 123       data[4] = today;
7677 27 Mar 19 nicklas 124       data[5] = now;
7677 27 Mar 19 nicklas 125       data[6] = "Auto-formatted data line";
7677 27 Mar 19 nicklas 126       styleCreator.setBaseStyle(null);
7677 27 Mar 19 nicklas 127       tw.tablePrintData(data);
7677 27 Mar 19 nicklas 128       
7677 27 Mar 19 nicklas 129       tw.setColumnFormatter(3, new NumberFormatter(2, true));
7677 27 Mar 19 nicklas 130       tw.setColumnFormatter(4, new DateFormatter("yyyy-MMM-dd"));
7832 24 Jun 20 nicklas 131       tw.setColumnFormatter(5, new DateFormatter("yyyy-MMM-dd HH:mm"));
7677 27 Mar 19 nicklas 132       
7677 27 Mar 19 nicklas 133       data[0] = "Bar code";
7677 27 Mar 19 nicklas 134       data[1] = 2;
7677 27 Mar 19 nicklas 135       data[2] = 50;
7677 27 Mar 19 nicklas 136       data[3] = Math.E;
7677 27 Mar 19 nicklas 137       data[4] = today;
7677 27 Mar 19 nicklas 138       data[5] = now;
7677 27 Mar 19 nicklas 139       data[6] = "Column formatter line";
7677 27 Mar 19 nicklas 140
7677 27 Mar 19 nicklas 141       tw.tablePrintData(data);
7677 27 Mar 19 nicklas 142       
7678 27 Mar 19 nicklas 143       tw.println();
7678 27 Mar 19 nicklas 144       tw.print("Printed");
7678 27 Mar 19 nicklas 145       tw.print(3);
7678 27 Mar 19 nicklas 146       tw.print(555);
7678 27 Mar 19 nicklas 147       tw.print(532.678f);
7678 27 Mar 19 nicklas 148       tw.print(today);
7678 27 Mar 19 nicklas 149       tw.print(now);
7678 27 Mar 19 nicklas 150       tw.println("Printed line");
7678 27 Mar 19 nicklas 151       styleCreator.setBaseStyle(commentStyle);
7678 27 Mar 19 nicklas 152       tw.print("#End-of-file");
7678 27 Mar 19 nicklas 153       tw.print((Object)null);
7678 27 Mar 19 nicklas 154       tw.print("<-There should be an empty cell here");
7678 27 Mar 19 nicklas 155       
7677 27 Mar 19 nicklas 156       out = FileUtil.getOutputStream(new java.io.File(outFile));
7677 27 Mar 19 nicklas 157       tw.saveTo(out);
7677 27 Mar 19 nicklas 158       out.close();
7677 27 Mar 19 nicklas 159       tw.close();
7677 27 Mar 19 nicklas 160
7677 27 Mar 19 nicklas 161       write("--Create Excel file OK (" + outFile + ")");
7677 27 Mar 19 nicklas 162     }
7677 27 Mar 19 nicklas 163     catch (Throwable ex)
7677 27 Mar 19 nicklas 164     {
7677 27 Mar 19 nicklas 165       write("--Create Excel file FAILED (" + outFile + ")");
7677 27 Mar 19 nicklas 166       ex.printStackTrace();
7677 27 Mar 19 nicklas 167       ok = false;
7677 27 Mar 19 nicklas 168     }
7677 27 Mar 19 nicklas 169     finally
7677 27 Mar 19 nicklas 170     {
7728 14 Jun 19 nicklas 171       FileUtil.close(workbook);
7677 27 Mar 19 nicklas 172       FileUtil.close(out);
7677 27 Mar 19 nicklas 173     }
7677 27 Mar 19 nicklas 174   }
7677 27 Mar 19 nicklas 175   
7677 27 Mar 19 nicklas 176   public static void test_read_xlsx(String inFile, String name)
7677 27 Mar 19 nicklas 177   {
7677 27 Mar 19 nicklas 178     InputStream in = null;
7677 27 Mar 19 nicklas 179     try
7677 27 Mar 19 nicklas 180     {
7677 27 Mar 19 nicklas 181       in = FileUtil.getInputStream(new java.io.File(inFile));
7677 27 Mar 19 nicklas 182       
7677 27 Mar 19 nicklas 183       XlsxToCsvUtil xlsx = new XlsxToCsvUtil();      
7677 27 Mar 19 nicklas 184       xlsx.readWorkbook(in);
7677 27 Mar 19 nicklas 185       in.close();
7677 27 Mar 19 nicklas 186       
7677 27 Mar 19 nicklas 187       if (name != null)
7677 27 Mar 19 nicklas 188       {
7677 27 Mar 19 nicklas 189         SheetInfo sheet = xlsx.getSheetAsCsv(name);
7677 27 Mar 19 nicklas 190         in = sheet.parseToCsv();
7677 27 Mar 19 nicklas 191       }
7677 27 Mar 19 nicklas 192       else
7677 27 Mar 19 nicklas 193       {
7677 27 Mar 19 nicklas 194         in = xlsx.getWorkbookAsCsv();
7677 27 Mar 19 nicklas 195       }
7677 27 Mar 19 nicklas 196       
7677 27 Mar 19 nicklas 197       BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(in, xlsx.getCharset()));
7677 27 Mar 19 nicklas 198       String line = null;
7677 27 Mar 19 nicklas 199       while ((line = reader.readLine()) != null)
7677 27 Mar 19 nicklas 200       {
7677 27 Mar 19 nicklas 201         if (!TestUtil.getSilent()) write("  " + line);
7677 27 Mar 19 nicklas 202       }
7677 27 Mar 19 nicklas 203       
7677 27 Mar 19 nicklas 204       write("--Read Excel file via XlsxToCsvUtil OK (" + inFile + ")");
7677 27 Mar 19 nicklas 205     }
7677 27 Mar 19 nicklas 206     catch (Throwable ex)
7677 27 Mar 19 nicklas 207     {
7677 27 Mar 19 nicklas 208       write("--Read Excel file via XlsxToCsvUtil FAILED (" + inFile + ")");
7677 27 Mar 19 nicklas 209       ex.printStackTrace();
7677 27 Mar 19 nicklas 210       ok = false;
7677 27 Mar 19 nicklas 211     }
7677 27 Mar 19 nicklas 212     finally
7677 27 Mar 19 nicklas 213     {
7677 27 Mar 19 nicklas 214       FileUtil.close(in);
7677 27 Mar 19 nicklas 215     }
7677 27 Mar 19 nicklas 216   }
7677 27 Mar 19 nicklas 217
7677 27 Mar 19 nicklas 218   public static void test_read_xlsx_via_ffp(String inFile, String name)
7677 27 Mar 19 nicklas 219   {
7677 27 Mar 19 nicklas 220     InputStream in = null;
7677 27 Mar 19 nicklas 221     try
7677 27 Mar 19 nicklas 222     {
7677 27 Mar 19 nicklas 223       in = FileUtil.getInputStream(new java.io.File(inFile));
7677 27 Mar 19 nicklas 224       
7677 27 Mar 19 nicklas 225       boolean parseSections = name == null;
7677 27 Mar 19 nicklas 226       
7677 27 Mar 19 nicklas 227       FlatFileParser ffp = new FlatFileParser();
7677 27 Mar 19 nicklas 228       ffp.setParseAllExcelSheets(parseSections);
7677 27 Mar 19 nicklas 229       ffp.setDataHeaderRegexp(Pattern.compile("Name\\t.*"));
7677 27 Mar 19 nicklas 230       ffp.setInputStream(in, name);
7677 27 Mar 19 nicklas 231       
7677 27 Mar 19 nicklas 232       while (true)
7677 27 Mar 19 nicklas 233       {
7677 27 Mar 19 nicklas 234         if (parseSections)
7677 27 Mar 19 nicklas 235         {
7677 27 Mar 19 nicklas 236           if (!ffp.hasMoreSections()) break;
7677 27 Mar 19 nicklas 237           Line s = ffp.nextSection();
7677 27 Mar 19 nicklas 238           if (!TestUtil.getSilent()) write("  SECTION: " + s.line());
7677 27 Mar 19 nicklas 239         }
7677 27 Mar 19 nicklas 240         ffp.parseHeaders();
7677 27 Mar 19 nicklas 241         if (!TestUtil.getSilent()) 
7677 27 Mar 19 nicklas 242         {
7677 27 Mar 19 nicklas 243           write("  WORKSHEET: " + ffp.getExcelSheet());
7677 27 Mar 19 nicklas 244           write("  HEADER:" + ffp.getLine(ffp.getLineCount()-1).line());
7677 27 Mar 19 nicklas 245         }
7677 27 Mar 19 nicklas 246         
7677 27 Mar 19 nicklas 247         while (ffp.hasMoreData())
7677 27 Mar 19 nicklas 248         {
7677 27 Mar 19 nicklas 249           Data d = ffp.nextData();
7677 27 Mar 19 nicklas 250           write(d);
7677 27 Mar 19 nicklas 251         }
7677 27 Mar 19 nicklas 252         if (!parseSections) break;
7677 27 Mar 19 nicklas 253       }
7677 27 Mar 19 nicklas 254       
7677 27 Mar 19 nicklas 255       write("--Read Excel file via FlatFileParser OK (" + inFile + ")");
7677 27 Mar 19 nicklas 256     }
7677 27 Mar 19 nicklas 257     catch (Throwable ex)
7677 27 Mar 19 nicklas 258     {
7677 27 Mar 19 nicklas 259       write("--Read Excel file via FlatFileParser FAILED (" + inFile + ")");
7677 27 Mar 19 nicklas 260       ex.printStackTrace();
7677 27 Mar 19 nicklas 261       ok = false;
7677 27 Mar 19 nicklas 262     }
7677 27 Mar 19 nicklas 263     finally
7677 27 Mar 19 nicklas 264     {
7677 27 Mar 19 nicklas 265       FileUtil.close(in);
7677 27 Mar 19 nicklas 266     }
7677 27 Mar 19 nicklas 267   }
7677 27 Mar 19 nicklas 268
7677 27 Mar 19 nicklas 269   
7677 27 Mar 19 nicklas 270   static void write(String message)
7677 27 Mar 19 nicklas 271   {
7677 27 Mar 19 nicklas 272     System.out.println(message);
7677 27 Mar 19 nicklas 273   }
7677 27 Mar 19 nicklas 274
7677 27 Mar 19 nicklas 275   static void write(Data d)
7677 27 Mar 19 nicklas 276   {
7677 27 Mar 19 nicklas 277     StringBuilder sb = new StringBuilder();
7677 27 Mar 19 nicklas 278     for (int i = 0; i < d.columns(); i++)
7677 27 Mar 19 nicklas 279     {
7677 27 Mar 19 nicklas 280       sb.append("\t").append(d.getString(i));
7677 27 Mar 19 nicklas 281     }
7677 27 Mar 19 nicklas 282     if (!TestUtil.getSilent()) write("  DATA: " + sb);
7677 27 Mar 19 nicklas 283   }
7677 27 Mar 19 nicklas 284   
7677 27 Mar 19 nicklas 285 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)