src/test/TestExperiment.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1470 14 Oct 05 nicklas 1 /*
1470 14 Oct 05 nicklas 2   $Id$
1470 14 Oct 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Gregory Vincic
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
1470 14 Oct 05 nicklas 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
1470 14 Oct 05 nicklas 10
1470 14 Oct 05 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1470 14 Oct 05 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1470 14 Oct 05 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
1470 14 Oct 05 nicklas 15
1470 14 Oct 05 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1470 14 Oct 05 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1470 14 Oct 05 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1470 14 Oct 05 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
1470 14 Oct 05 nicklas 20
1470 14 Oct 05 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1470 14 Oct 05 nicklas 23 */
1470 14 Oct 05 nicklas 24
1575 07 Nov 05 nicklas 25
5228 03 Feb 10 nicklas 26
1470 14 Oct 05 nicklas 27 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 28 import java.util.Set;
1470 14 Oct 05 nicklas 29
5228 03 Feb 10 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.AnnotationType;
5228 03 Feb 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5228 03 Feb 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5228 03 Feb 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.Experiment;
5228 03 Feb 10 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.Item;
5340 10 May 10 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
5228 03 Feb 10 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
5228 03 Feb 10 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Permission;
5228 03 Feb 10 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.Platform;
5228 03 Feb 10 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
5228 03 Feb 10 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.RawDataTypes;
5228 03 Feb 10 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.Type;
1767 13 Jan 06 gregory 42
1470 14 Oct 05 nicklas 43 public class TestExperiment
1470 14 Oct 05 nicklas 44 {
1470 14 Oct 05 nicklas 45
1470 14 Oct 05 nicklas 46   static boolean ok = true;
1470 14 Oct 05 nicklas 47   public static void main(String[] args)
1470 14 Oct 05 nicklas 48   {
1470 14 Oct 05 nicklas 49     TestUtil.checkArgs(args);
1470 14 Oct 05 nicklas 50     TestUtil.begin();
1470 14 Oct 05 nicklas 51     ok = test_all();
1470 14 Oct 05 nicklas 52     TestUtil.stop();
1470 14 Oct 05 nicklas 53   }
1470 14 Oct 05 nicklas 54
1470 14 Oct 05 nicklas 55   static boolean test_all()
1470 14 Oct 05 nicklas 56   {
1470 14 Oct 05 nicklas 57     write("++Testing experiments");
1470 14 Oct 05 nicklas 58     write_header();
1470 14 Oct 05 nicklas 59
1470 14 Oct 05 nicklas 60     // Standard tests: create, load, list
1690 05 Dec 05 nicklas 61     int id = test_create("genepix", true);
1690 05 Dec 05 nicklas 62     int id2 = test_create("genepix", false);
1470 14 Oct 05 nicklas 63     
1470 14 Oct 05 nicklas 64     test_load(id);
1470 14 Oct 05 nicklas 65     test_list(-1);
1479 19 Oct 05 nicklas 66     
3973 16 Nov 07 nicklas 67     // Experimental factors
4544 25 Sep 08 nicklas 68     int factorId1 = TestAnnotationType.test_create("Drug resistance", Type.STRING, 0, null, null, Item.RAWBIOASSAY, 1, new String[] { "high", "medium", "low" }, false);
4544 25 Sep 08 nicklas 69     int factorId2 = TestAnnotationType.test_create("Temperature", Type.FLOAT, 0, null, null, Item.RAWBIOASSAY, 1, null, false);
3973 16 Nov 07 nicklas 70     test_add_experimental_factors(id, factorId1, factorId2);
3973 16 Nov 07 nicklas 71     test_list_experimental_factors(id, 2);
1791 18 Jan 06 gregory 72     
1479 19 Oct 05 nicklas 73     // Import reporters
2959 27 Nov 06 nicklas 74     TestReporter.test_import_from_file("data/test.rawdata.import.txt", 
3626 03 Aug 07 nicklas 75       "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", "\\t", 4, 3);
1479 19 Oct 05 nicklas 76     
3820 12 Oct 07 nicklas 77     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
2959 27 Nov 06 nicklas 78     TestArrayDesign.test_import_from_file(arrayDesignId, "data/test.rawdata.import.txt", 
4246 24 Apr 08 nicklas 79       "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", null, 0, 2, 1, 4);
1479 19 Oct 05 nicklas 80     
5748 19 Sep 11 nicklas 81     int rbaId1 = TestRawBioAssay.test_create(Platform.GENERIC, "genepix", null, 0, 0, 0, 0, arrayDesignId, false);
5748 19 Sep 11 nicklas 82     int rbaId2 = TestRawBioAssay.test_create(Platform.GENERIC, "genepix", null, 0, 0, 0, 0, arrayDesignId, false);
2959 27 Nov 06 nicklas 83     TestRawBioAssay.test_import_from_file(rbaId1, "data/test.rawdata.import.txt");
2959 27 Nov 06 nicklas 84     TestRawBioAssay.test_import_from_file(rbaId2, "data/test.rawdata.import.txt");
1470 14 Oct 05 nicklas 85
1479 19 Oct 05 nicklas 86     test_add_rawbioassay(id, rbaId1);
1479 19 Oct 05 nicklas 87     test_add_rawbioassay(id, rbaId2);
1479 19 Oct 05 nicklas 88     test_list_rawbioassays(id, 2);
1767 13 Jan 06 gregory 89
1529 27 Oct 05 nicklas 90     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
1529 27 Oct 05 nicklas 91     
1479 19 Oct 05 nicklas 92     test_remove_rawbioassay(id, rbaId1);
1479 19 Oct 05 nicklas 93     test_remove_rawbioassay(id, rbaId2);
1529 27 Oct 05 nicklas 94
1499 20 Oct 05 nicklas 95     // Standard test: Delete
1499 20 Oct 05 nicklas 96     test_delete(id);
1499 20 Oct 05 nicklas 97     test_delete(id2);
1499 20 Oct 05 nicklas 98
3973 16 Nov 07 nicklas 99     TestAnnotationType.test_delete(factorId1);
3973 16 Nov 07 nicklas 100     TestAnnotationType.test_delete(factorId2);
1479 19 Oct 05 nicklas 101     TestRawBioAssay.test_delete(rbaId1);
1479 19 Oct 05 nicklas 102     TestRawBioAssay.test_delete(rbaId2);
1479 19 Oct 05 nicklas 103     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
1782 18 Jan 06 nicklas 104     TestReporter.test_delete();
1470 14 Oct 05 nicklas 105     write("++Testing experiments "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
1470 14 Oct 05 nicklas 106     return ok;
1470 14 Oct 05 nicklas 107   }
1470 14 Oct 05 nicklas 108
1470 14 Oct 05 nicklas 109   static int test_create(String rawDataType, boolean setAll)
1470 14 Oct 05 nicklas 110   {
1470 14 Oct 05 nicklas 111     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXPERIMENT)) return 0;
1470 14 Oct 05 nicklas 112     int id = 0;
1470 14 Oct 05 nicklas 113     DbControl dc = null;
1470 14 Oct 05 nicklas 114     try
1470 14 Oct 05 nicklas 115     {
1470 14 Oct 05 nicklas 116       dc = TestUtil.getDbControl();
4124 04 Feb 08 nicklas 117       Experiment e = Experiment.getNew(dc, RawDataTypes.getSafeRawDataType(rawDataType));
1470 14 Oct 05 nicklas 118       if (setAll)
1470 14 Oct 05 nicklas 119       {
1470 14 Oct 05 nicklas 120         e.setName("Test experiment");
1470 14 Oct 05 nicklas 121         e.setDescription("Added at "+new Date());
1470 14 Oct 05 nicklas 122         e.setAbstract("An abstract");
1470 14 Oct 05 nicklas 123         e.setAffiliations("The affiliations");
1470 14 Oct 05 nicklas 124         e.setAuthors("The authors");
1470 14 Oct 05 nicklas 125         e.setExperimentDesign("A cool design");
1470 14 Oct 05 nicklas 126         e.setExperimentType("The type");
1470 14 Oct 05 nicklas 127         e.setPublication("Here is the publication");
1470 14 Oct 05 nicklas 128         e.setPublicationDate(new Date());
1470 14 Oct 05 nicklas 129         e.setPubMedId("PUBMED-123ABC");
1470 14 Oct 05 nicklas 130       }
1470 14 Oct 05 nicklas 131       dc.saveItem(e);
1470 14 Oct 05 nicklas 132       dc.commit();
1470 14 Oct 05 nicklas 133       id = e.getId();
1470 14 Oct 05 nicklas 134       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 135       dc.reattachItem(e, false);
1470 14 Oct 05 nicklas 136       write_item(0, e);
1470 14 Oct 05 nicklas 137       write("--Create experiment OK");
1470 14 Oct 05 nicklas 138     }
1470 14 Oct 05 nicklas 139     catch (Throwable ex)
1470 14 Oct 05 nicklas 140     {
1470 14 Oct 05 nicklas 141       write("--Create experiment FAILED");
1470 14 Oct 05 nicklas 142       ex.printStackTrace();
1470 14 Oct 05 nicklas 143       ok = false;
1470 14 Oct 05 nicklas 144     }
1470 14 Oct 05 nicklas 145     finally
1470 14 Oct 05 nicklas 146     {
1470 14 Oct 05 nicklas 147       if (dc != null) dc.close();
1470 14 Oct 05 nicklas 148     }
1470 14 Oct 05 nicklas 149     return id;
1470 14 Oct 05 nicklas 150   }
1470 14 Oct 05 nicklas 151
1470 14 Oct 05 nicklas 152   static void test_load(int id)
1470 14 Oct 05 nicklas 153   {
1470 14 Oct 05 nicklas 154     if (id == 0) return;
1470 14 Oct 05 nicklas 155     DbControl dc = null;
1470 14 Oct 05 nicklas 156     try
1470 14 Oct 05 nicklas 157     {
1470 14 Oct 05 nicklas 158       dc = TestUtil.getDbControl();
1470 14 Oct 05 nicklas 159       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
1470 14 Oct 05 nicklas 160       write_item(0, e);
1470 14 Oct 05 nicklas 161       write("--Load experiment OK");
1470 14 Oct 05 nicklas 162     }
1470 14 Oct 05 nicklas 163     catch (Throwable ex)
1470 14 Oct 05 nicklas 164     {
1470 14 Oct 05 nicklas 165       write("--Load experiment FAILED");
1470 14 Oct 05 nicklas 166       ex.printStackTrace();
1470 14 Oct 05 nicklas 167       ok = false;
1470 14 Oct 05 nicklas 168     }
1470 14 Oct 05 nicklas 169     finally
1470 14 Oct 05 nicklas 170     {
1470 14 Oct 05 nicklas 171       if (dc != null) dc.close();
1470 14 Oct 05 nicklas 172     }
1470 14 Oct 05 nicklas 173   }
1470 14 Oct 05 nicklas 174
1470 14 Oct 05 nicklas 175   static void test_list(int expectedResults)
1470 14 Oct 05 nicklas 176   {
1470 14 Oct 05 nicklas 177     DbControl dc = null;
1470 14 Oct 05 nicklas 178     try
1470 14 Oct 05 nicklas 179     {
1470 14 Oct 05 nicklas 180       dc = TestUtil.getDbControl();
1470 14 Oct 05 nicklas 181       ItemResultList<Experiment> l = Experiment.getQuery().list(dc);
1470 14 Oct 05 nicklas 182       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
1470 14 Oct 05 nicklas 183       {
1470 14 Oct 05 nicklas 184         write_item(i, l.get(i));
1470 14 Oct 05 nicklas 185       }
1470 14 Oct 05 nicklas 186       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
1470 14 Oct 05 nicklas 187       {
1470 14 Oct 05 nicklas 188         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
1470 14 Oct 05 nicklas 189       }
1470 14 Oct 05 nicklas 190       write("--List experiments OK ("+l.size()+")");
1470 14 Oct 05 nicklas 191     }
1470 14 Oct 05 nicklas 192     catch (Throwable ex)
1470 14 Oct 05 nicklas 193     {
1470 14 Oct 05 nicklas 194       write("--List experiments FAILED");
1470 14 Oct 05 nicklas 195       ex.printStackTrace();
1470 14 Oct 05 nicklas 196       ok = false;
1470 14 Oct 05 nicklas 197     }
1470 14 Oct 05 nicklas 198     finally
1470 14 Oct 05 nicklas 199     {
1470 14 Oct 05 nicklas 200       if (dc != null) dc.close();
1470 14 Oct 05 nicklas 201     }
1470 14 Oct 05 nicklas 202   }
1470 14 Oct 05 nicklas 203
1470 14 Oct 05 nicklas 204   static void test_delete(int id)
1470 14 Oct 05 nicklas 205   {
1470 14 Oct 05 nicklas 206     if (id == 0) return;
1470 14 Oct 05 nicklas 207     DbControl dc = null;
1470 14 Oct 05 nicklas 208     try
1470 14 Oct 05 nicklas 209     {
1470 14 Oct 05 nicklas 210       dc = TestUtil.getDbControl();
1470 14 Oct 05 nicklas 211       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
1470 14 Oct 05 nicklas 212       dc.deleteItem(e);
5340 10 May 10 nicklas 213       Set<ItemProxy> using = e.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 214       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 215       {
5340 10 May 10 nicklas 216          throw new BaseException(e + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 217       }
1470 14 Oct 05 nicklas 218       dc.commit();
1470 14 Oct 05 nicklas 219       write("--Delete experiment OK");
1470 14 Oct 05 nicklas 220     }
1470 14 Oct 05 nicklas 221     catch (Throwable ex)
1470 14 Oct 05 nicklas 222     {
1470 14 Oct 05 nicklas 223       write("--Delete experiment FAILED");
1470 14 Oct 05 nicklas 224       ex.printStackTrace();
1470 14 Oct 05 nicklas 225       ok = false;
1470 14 Oct 05 nicklas 226     }
1470 14 Oct 05 nicklas 227     finally
1470 14 Oct 05 nicklas 228     {
1470 14 Oct 05 nicklas 229       if (dc != null) dc.close();
1470 14 Oct 05 nicklas 230     }
1470 14 Oct 05 nicklas 231   }
1470 14 Oct 05 nicklas 232
1470 14 Oct 05 nicklas 233   static void write_header()
1470 14 Oct 05 nicklas 234   {
1470 14 Oct 05 nicklas 235     if (!TestUtil.getSilent())
1470 14 Oct 05 nicklas 236     {
1470 14 Oct 05 nicklas 237       write("   \tID \tName      \tRaw data type\tDescription\tAbstract\tAffiliations\tAuthors\tDesign\tType\tPublication\tDate\tPubMed ID");
1470 14 Oct 05 nicklas 238       write("-- \t-- \t--------- \t-------------\t-----------\t--------\t------------\t-------\t------\t----\t-----------\t----\t---------");
1470 14 Oct 05 nicklas 239     }
1470 14 Oct 05 nicklas 240   }
1470 14 Oct 05 nicklas 241   static void write_item(int i, Experiment e)
1470 14 Oct 05 nicklas 242     throws BaseException
1470 14 Oct 05 nicklas 243   {
1470 14 Oct 05 nicklas 244     if (!TestUtil.getSilent()) 
1470 14 Oct 05 nicklas 245     {
1470 14 Oct 05 nicklas 246       System.out.println(i+":\t"+e.getId()+"\t"+e.getName()+"\t"+e.getRawDataType().getName()+"\t"+e.getDescription()+
1470 14 Oct 05 nicklas 247         "\t"+e.getAbstract()+"\t"+e.getAffiliations()+"\t"+e.getAuthors()+
1470 14 Oct 05 nicklas 248         "\t"+e.getExperimentDesign()+"\t"+e.getExperimentType()+"\t"+e.getPublication()+
1470 14 Oct 05 nicklas 249         "\t"+e.getPublicationDate()+"\t"+e.getPubMedId());
1470 14 Oct 05 nicklas 250     }
1470 14 Oct 05 nicklas 251   }
1479 19 Oct 05 nicklas 252   static void write_item(int i, RawBioAssay rba)
1479 19 Oct 05 nicklas 253     throws BaseException
1479 19 Oct 05 nicklas 254   {
1479 19 Oct 05 nicklas 255     if (!TestUtil.getSilent()) 
1479 19 Oct 05 nicklas 256     {
1479 19 Oct 05 nicklas 257       System.out.println(i+":\t"+rba.getId()+"\t"+rba.getName()+"\t"+rba.getDescription()+
3820 12 Oct 07 nicklas 258         "\t"+rba.getRawDataType().getName()+"\t"+rba.getNumDbSpots()+"\t"+rba.getBytes()+"\t"+rba.getArrayDesign()+
1479 19 Oct 05 nicklas 259         "\t"+rba.getSoftware()+"\t"+rba.getProtocol());
1479 19 Oct 05 nicklas 260     }
1479 19 Oct 05 nicklas 261   }
1567 04 Nov 05 nicklas 262   
1470 14 Oct 05 nicklas 263   static void write(String message)
1470 14 Oct 05 nicklas 264   {
1470 14 Oct 05 nicklas 265     System.out.println(message);
1470 14 Oct 05 nicklas 266   }
1470 14 Oct 05 nicklas 267   
4740 05 Feb 09 nicklas 268   static void test_add_rawbioassay(int id, int... rawBioAssayId)
1479 19 Oct 05 nicklas 269   {
4740 05 Feb 09 nicklas 270     if (id == 0) return;
1479 19 Oct 05 nicklas 271     DbControl dc = null;
1479 19 Oct 05 nicklas 272     try
1479 19 Oct 05 nicklas 273     {
1479 19 Oct 05 nicklas 274       dc = TestUtil.getDbControl();
1479 19 Oct 05 nicklas 275       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
4740 05 Feb 09 nicklas 276       for (int rbaId : rawBioAssayId)
4740 05 Feb 09 nicklas 277       {
4740 05 Feb 09 nicklas 278         RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rbaId);
4740 05 Feb 09 nicklas 279         e.addRawBioAssay(rba);
4740 05 Feb 09 nicklas 280       }
1479 19 Oct 05 nicklas 281       dc.commit();
4740 05 Feb 09 nicklas 282       write("--Add raw bioassays OK");
1479 19 Oct 05 nicklas 283     }
1479 19 Oct 05 nicklas 284     catch (Throwable ex)
1479 19 Oct 05 nicklas 285     {
4740 05 Feb 09 nicklas 286       write("--Add raw bioassays FAILED");
1479 19 Oct 05 nicklas 287       ex.printStackTrace();
1479 19 Oct 05 nicklas 288       ok = false;
1479 19 Oct 05 nicklas 289     }
1479 19 Oct 05 nicklas 290     finally
1479 19 Oct 05 nicklas 291     {
1479 19 Oct 05 nicklas 292       if (dc != null) dc.close();
1479 19 Oct 05 nicklas 293     }
1479 19 Oct 05 nicklas 294   }
1479 19 Oct 05 nicklas 295
1479 19 Oct 05 nicklas 296   static void test_remove_rawbioassay(int id, int rawBioAssayId)
1479 19 Oct 05 nicklas 297   {
1479 19 Oct 05 nicklas 298     if (id == 0 || rawBioAssayId == 0) return;
1479 19 Oct 05 nicklas 299     DbControl dc = null;
1479 19 Oct 05 nicklas 300     try
1479 19 Oct 05 nicklas 301     {
1479 19 Oct 05 nicklas 302       dc = TestUtil.getDbControl();
1479 19 Oct 05 nicklas 303       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
1479 19 Oct 05 nicklas 304       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
1479 19 Oct 05 nicklas 305       e.removeRawBioAssay(rba);
1479 19 Oct 05 nicklas 306       dc.commit();
1479 19 Oct 05 nicklas 307       write("--Remove raw bioassay OK");
1479 19 Oct 05 nicklas 308     }
1479 19 Oct 05 nicklas 309     catch (Throwable ex)
1479 19 Oct 05 nicklas 310     {
1479 19 Oct 05 nicklas 311       write("--Remove raw bioassay FAILED");
1479 19 Oct 05 nicklas 312       ex.printStackTrace();
1479 19 Oct 05 nicklas 313       ok = false;
1479 19 Oct 05 nicklas 314     }
1479 19 Oct 05 nicklas 315     finally
1479 19 Oct 05 nicklas 316     {
1479 19 Oct 05 nicklas 317       if (dc != null) dc.close();
1479 19 Oct 05 nicklas 318     }
1479 19 Oct 05 nicklas 319   }
1479 19 Oct 05 nicklas 320
4232 17 Apr 08 nicklas 321   static int[] test_list_rawbioassays(int id, int expectedResults)
1479 19 Oct 05 nicklas 322   {
4232 17 Apr 08 nicklas 323     if (id == 0) return null;
1479 19 Oct 05 nicklas 324     DbControl dc = null;
4232 17 Apr 08 nicklas 325     int[] rawBioAssays = null;
1479 19 Oct 05 nicklas 326     try
1479 19 Oct 05 nicklas 327     {
1479 19 Oct 05 nicklas 328       dc = TestUtil.getDbControl();
1479 19 Oct 05 nicklas 329       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
1479 19 Oct 05 nicklas 330
1479 19 Oct 05 nicklas 331       ItemResultList<RawBioAssay> l = e.getRawBioAssays().list(dc);
4232 17 Apr 08 nicklas 332       rawBioAssays = new int[l.size()];
1479 19 Oct 05 nicklas 333       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
1479 19 Oct 05 nicklas 334       {
4232 17 Apr 08 nicklas 335         rawBioAssays[i] = l.get(i).getId();
1479 19 Oct 05 nicklas 336         write_item(i, l.get(i));
1479 19 Oct 05 nicklas 337       }
1479 19 Oct 05 nicklas 338       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
1479 19 Oct 05 nicklas 339       {
1479 19 Oct 05 nicklas 340         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
1479 19 Oct 05 nicklas 341       }
1479 19 Oct 05 nicklas 342       write("--List raw bioassays OK ("+l.size()+")");
1479 19 Oct 05 nicklas 343     }
1479 19 Oct 05 nicklas 344     catch (Throwable ex)
1479 19 Oct 05 nicklas 345     {
1479 19 Oct 05 nicklas 346       write("--List raw bioassays FAILED");
1479 19 Oct 05 nicklas 347       ex.printStackTrace();
1479 19 Oct 05 nicklas 348       ok = false;
1479 19 Oct 05 nicklas 349     }
1479 19 Oct 05 nicklas 350     finally
1479 19 Oct 05 nicklas 351     {
1479 19 Oct 05 nicklas 352       if (dc != null) dc.close();
1479 19 Oct 05 nicklas 353     }
4232 17 Apr 08 nicklas 354     return rawBioAssays;
1479 19 Oct 05 nicklas 355   }
1499 20 Oct 05 nicklas 356   
3973 16 Nov 07 nicklas 357   static void test_add_experimental_factors(int id, int... annotationTypes)
3973 16 Nov 07 nicklas 358   {
3973 16 Nov 07 nicklas 359     if (id == 0) return;
3973 16 Nov 07 nicklas 360     DbControl dc = null;
3973 16 Nov 07 nicklas 361     try
3973 16 Nov 07 nicklas 362     {
3973 16 Nov 07 nicklas 363       dc = TestUtil.getDbControl();
3973 16 Nov 07 nicklas 364       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
3973 16 Nov 07 nicklas 365       for (int atId : annotationTypes)
3973 16 Nov 07 nicklas 366       {
3973 16 Nov 07 nicklas 367         AnnotationType at = AnnotationType.getById(dc, atId);
3973 16 Nov 07 nicklas 368         e.addExperimentalFactor(at);
3973 16 Nov 07 nicklas 369       }
3973 16 Nov 07 nicklas 370       dc.commit();
3973 16 Nov 07 nicklas 371       write("--Add experimental factors OK");
3973 16 Nov 07 nicklas 372     }
3973 16 Nov 07 nicklas 373     catch (Throwable ex)
3973 16 Nov 07 nicklas 374     {
3973 16 Nov 07 nicklas 375       write("--Add experimental factors FAILED");
3973 16 Nov 07 nicklas 376       ex.printStackTrace();
3973 16 Nov 07 nicklas 377       ok = false;
3973 16 Nov 07 nicklas 378     }
3973 16 Nov 07 nicklas 379     finally
3973 16 Nov 07 nicklas 380     {
3973 16 Nov 07 nicklas 381       if (dc != null) dc.close();
3973 16 Nov 07 nicklas 382     }
3973 16 Nov 07 nicklas 383   }
3973 16 Nov 07 nicklas 384   
3973 16 Nov 07 nicklas 385   static void test_remove_experimental_factors(int id, int... annotationTypes)
3973 16 Nov 07 nicklas 386   {
3973 16 Nov 07 nicklas 387     if (id == 0) return;
3973 16 Nov 07 nicklas 388     DbControl dc = null;
3973 16 Nov 07 nicklas 389     try
3973 16 Nov 07 nicklas 390     {
3973 16 Nov 07 nicklas 391       dc = TestUtil.getDbControl();
3973 16 Nov 07 nicklas 392       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
3973 16 Nov 07 nicklas 393       for (int atId : annotationTypes)
3973 16 Nov 07 nicklas 394       {
3973 16 Nov 07 nicklas 395         AnnotationType at = AnnotationType.getById(dc, atId);
3973 16 Nov 07 nicklas 396         e.removeExperimentalFactor(at);
3973 16 Nov 07 nicklas 397       }
3973 16 Nov 07 nicklas 398       dc.commit();
3973 16 Nov 07 nicklas 399       write("--Remove experimental factors OK");
3973 16 Nov 07 nicklas 400     }
3973 16 Nov 07 nicklas 401     catch (Throwable ex)
3973 16 Nov 07 nicklas 402     {
3973 16 Nov 07 nicklas 403       write("--Remove experimental factors FAILED");
3973 16 Nov 07 nicklas 404       ex.printStackTrace();
3973 16 Nov 07 nicklas 405       ok = false;
3973 16 Nov 07 nicklas 406     }
3973 16 Nov 07 nicklas 407     finally
3973 16 Nov 07 nicklas 408     {
3973 16 Nov 07 nicklas 409       if (dc != null) dc.close();
3973 16 Nov 07 nicklas 410     }
3973 16 Nov 07 nicklas 411   }
3973 16 Nov 07 nicklas 412   
3973 16 Nov 07 nicklas 413   static void test_list_experimental_factors(int id, int expectedResults)
3973 16 Nov 07 nicklas 414   {
3973 16 Nov 07 nicklas 415     if (id == 0) return;
3973 16 Nov 07 nicklas 416     DbControl dc = null;
3973 16 Nov 07 nicklas 417     try
3973 16 Nov 07 nicklas 418     {
3973 16 Nov 07 nicklas 419       dc = TestUtil.getDbControl();
3973 16 Nov 07 nicklas 420       Experiment e = Experiment.getById(dc, id);
3973 16 Nov 07 nicklas 421
3973 16 Nov 07 nicklas 422       ItemResultList<AnnotationType> l = e.getExperimentalFactors().list(dc);
3973 16 Nov 07 nicklas 423       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
3973 16 Nov 07 nicklas 424       {
3973 16 Nov 07 nicklas 425         TestAnnotationType.write_item(i, l.get(i));
3973 16 Nov 07 nicklas 426       }
3973 16 Nov 07 nicklas 427       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
3973 16 Nov 07 nicklas 428       {
3973 16 Nov 07 nicklas 429         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
3973 16 Nov 07 nicklas 430       }
3973 16 Nov 07 nicklas 431       write("--List experimental factors OK ("+l.size()+")");
3973 16 Nov 07 nicklas 432     }
3973 16 Nov 07 nicklas 433     catch (Throwable ex)
3973 16 Nov 07 nicklas 434     {
3973 16 Nov 07 nicklas 435       write("--List experimental factors FAILED");
3973 16 Nov 07 nicklas 436       ex.printStackTrace();
3973 16 Nov 07 nicklas 437       ok = false;
3973 16 Nov 07 nicklas 438     }
3973 16 Nov 07 nicklas 439     finally
3973 16 Nov 07 nicklas 440     {
3973 16 Nov 07 nicklas 441       if (dc != null) dc.close();
3973 16 Nov 07 nicklas 442     }
3973 16 Nov 07 nicklas 443   }  
1767 13 Jan 06 gregory 444
1470 14 Oct 05 nicklas 445 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)