src/test/TestExternalProgramExecutor.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5270 15 Mar 10 nicklas 1 /*
5270 15 Mar 10 nicklas 2  $Id$
5270 15 Mar 10 nicklas 3
5270 15 Mar 10 nicklas 4  Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5270 15 Mar 10 nicklas 5
5270 15 Mar 10 nicklas 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5270 15 Mar 10 nicklas 7  Available at http://base.thep.lu.se/
5270 15 Mar 10 nicklas 8
5270 15 Mar 10 nicklas 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
5270 15 Mar 10 nicklas 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
5270 15 Mar 10 nicklas 11  the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
5270 15 Mar 10 nicklas 12  (at your option) any later version.
5270 15 Mar 10 nicklas 13
5270 15 Mar 10 nicklas 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
5270 15 Mar 10 nicklas 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5270 15 Mar 10 nicklas 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
5270 15 Mar 10 nicklas 17  General Public License for more details.
5270 15 Mar 10 nicklas 18
5270 15 Mar 10 nicklas 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
5270 15 Mar 10 nicklas 20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5270 15 Mar 10 nicklas 21 */
5270 15 Mar 10 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5270 15 Mar 10 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.BioAssaySet;
5270 15 Mar 10 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5270 15 Mar 10 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.Experiment;
5270 15 Mar 10 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Item;
5270 15 Mar 10 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Job;
5270 15 Mar 10 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Permission;
5270 15 Mar 10 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.PluginConfiguration;
5270 15 Mar 10 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
5270 15 Mar 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
5270 15 Mar 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
5270 15 Mar 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
5270 15 Mar 10 nicklas 34 import net.sf.basedb.plugins.executor.ExternalProgramExecutor;
5271 15 Mar 10 nicklas 35 import net.sf.basedb.plugins.util.Parameters;
5270 15 Mar 10 nicklas 36
5270 15 Mar 10 nicklas 37
5270 15 Mar 10 nicklas 38 public class TestExternalProgramExecutor
5270 15 Mar 10 nicklas 39 {
5270 15 Mar 10 nicklas 40   static boolean ok = true;
5270 15 Mar 10 nicklas 41   public static void main(String[] args)
5270 15 Mar 10 nicklas 42   {
5270 15 Mar 10 nicklas 43     TestUtil.checkArgs(args);
5270 15 Mar 10 nicklas 44     TestUtil.begin();
5270 15 Mar 10 nicklas 45     ok = test_all();
5270 15 Mar 10 nicklas 46     TestUtil.stop();
5270 15 Mar 10 nicklas 47   }
5270 15 Mar 10 nicklas 48
5270 15 Mar 10 nicklas 49   static boolean test_all()
5270 15 Mar 10 nicklas 50   {
5270 15 Mar 10 nicklas 51     boolean wasSetup = TestAnalyzeUtil.setupExperiment();
5270 15 Mar 10 nicklas 52     write("++Testing External program executor");
5270 15 Mar 10 nicklas 53     
5270 15 Mar 10 nicklas 54     try
5270 15 Mar 10 nicklas 55     {
5270 15 Mar 10 nicklas 56       int experimentId = TestAnalyzeUtil.getItemId("experiment.genepix");
5270 15 Mar 10 nicklas 57       int rootBasId = TestAnalyzeUtil.getItemId("bioassayset.root");
5384 13 Aug 10 nicklas 58       int cloneId = TestAnalyzeUtil.clone_bioassay_set(rootBasId, "External executor clone");
5384 13 Aug 10 nicklas 59       if (experimentId == 0 || rootBasId == 0 || cloneId == 0)
5270 15 Mar 10 nicklas 60       {
5270 15 Mar 10 nicklas 61         ok = false;
5270 15 Mar 10 nicklas 62         write("Test experiment was not setup correctly.");
5270 15 Mar 10 nicklas 63         return ok;
5270 15 Mar 10 nicklas 64       }
5270 15 Mar 10 nicklas 65       
5285 24 Mar 10 nicklas 66       int directoryId = TestDirectory.test_create(true, "External program executor");
5270 15 Mar 10 nicklas 67       int pluginDefinitionId = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.executor.ExternalProgramExecutor");
5270 15 Mar 10 nicklas 68       int bfsExporter = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.executor.BfsExporterSupport");
5270 15 Mar 10 nicklas 69       int bfsImporter = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.executor.BfsImporterSupport");
5375 03 Aug 10 nicklas 70       int baseFileExporter = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.executor.BaseFileExporterSupport");
5375 03 Aug 10 nicklas 71       int baseFileImporter = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.executor.BaseFileImporterSupport");
5378 03 Aug 10 nicklas 72       int fileOnlyImporter = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.executor.FileOnlyImporterSupport");
5375 03 Aug 10 nicklas 73
5285 24 Mar 10 nicklas 74       String program = TestUtil.isWindows() ? "executeclass.bat" : "executeclass.sh";
5375 03 Aug 10 nicklas 75       // If this parameter is TRUE temporary files are not deleted by the test program
5375 03 Aug 10 nicklas 76       TestJob.Parameter debugMode = 
5378 03 Aug 10 nicklas 77         new TestJob.Parameter(ExternalProgramExecutor.PARAMETER_DEBUG_MODE, false);
5375 03 Aug 10 nicklas 78
5375 03 Aug 10 nicklas 79       // ********* BFS tests ************
5277 22 Mar 10 nicklas 80       TestJob.Parameter reporterFields = new TestJob.Parameter(
5381 05 Aug 10 nicklas 81         ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_EXPORTER + ".reporterFields", "=property(\"Name\")");
5277 22 Mar 10 nicklas 82       TestJob.Parameter assayFields = new TestJob.Parameter(
5381 05 Aug 10 nicklas 83         ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_EXPORTER + ".assayFields", "=property(\"Name\")");
5277 22 Mar 10 nicklas 84       TestJob.Parameter spotFields = new TestJob.Parameter(
5381 05 Aug 10 nicklas 85         ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_EXPORTER + ".spotFields", "=jep(\"ch(1)\", \"Ch 1\", \"int\")\n=jep(\"ch(2)\", \"Ch 2\", \"int\")");
5285 24 Mar 10 nicklas 86       TestJob.Parameter enableExtraFiles = new TestJob.Parameter(
5285 24 Mar 10 nicklas 87         ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_IMPORTER + ".extraFiles", true);
5285 24 Mar 10 nicklas 88
5270 15 Mar 10 nicklas 89       int cloneBFS = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "BFS copy", 
5375 03 Aug 10 nicklas 90         program, "CopyStdin2Stdout", bfsExporter, bfsImporter, 
5375 03 Aug 10 nicklas 91         debugMode, reporterFields, spotFields, assayFields);
5270 15 Mar 10 nicklas 92       int errorBFS = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "BFS error", 
5375 03 Aug 10 nicklas 93         program, "CopyStdin2Stdout error", bfsExporter, bfsImporter, 
5375 03 Aug 10 nicklas 94         debugMode, reporterFields, spotFields, assayFields);
5285 24 Mar 10 nicklas 95       int extraFileBFS = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "BFS extra", 
5285 24 Mar 10 nicklas 96         program, "BfsExtraFileGenerator", bfsExporter, bfsImporter, 
5375 03 Aug 10 nicklas 97         debugMode, reporterFields, spotFields, assayFields, enableExtraFiles);
5285 24 Mar 10 nicklas 98       int extraFileNoSdataBFS = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "BFS extra (no sdata)", 
5285 24 Mar 10 nicklas 99         program, "BfsExtraFileGenerator nosdata", bfsExporter, bfsImporter, 
5375 03 Aug 10 nicklas 100         debugMode, reporterFields, spotFields, assayFields, enableExtraFiles);
5270 15 Mar 10 nicklas 101       
5270 15 Mar 10 nicklas 102       // Clone bioassay set
5375 03 Aug 10 nicklas 103       int copyBfsJob = test_create_job(cloneBFS, experimentId, cloneId, debugMode,
5375 03 Aug 10 nicklas 104         new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "Cloned from parent (BFS)"));
5285 24 Mar 10 nicklas 105       // Simulate an error
5375 03 Aug 10 nicklas 106       int errorBfsJob = test_create_job(errorBFS, experimentId, cloneId, debugMode,
5375 03 Aug 10 nicklas 107         new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "Should really not be created (BFS)"));
5285 24 Mar 10 nicklas 108       // Add extra files to the result
5375 03 Aug 10 nicklas 109       int extraFilesBfsJob = test_create_job(extraFileBFS, experimentId, cloneId, debugMode,
5375 03 Aug 10 nicklas 110         new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "Extra files+sdata (BFS)"),
5285 24 Mar 10 nicklas 111         new TestJob.Parameter(ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_IMPORTER + ".extraFilesDirectory", 
5375 03 Aug 10 nicklas 112           "/External program executor/bfs-1"));
5285 24 Mar 10 nicklas 113       // Result with only extra files
5375 03 Aug 10 nicklas 114       int extraFilesNoSdataBfsJob = test_create_job(extraFileNoSdataBFS, experimentId, cloneId, debugMode,
5375 03 Aug 10 nicklas 115         new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "Extra files (no sdata) (BFS)"),
5285 24 Mar 10 nicklas 116         new TestJob.Parameter(ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_IMPORTER + ".extraFilesDirectory", 
5375 03 Aug 10 nicklas 117         "/External program executor/bfs-2"));
5270 15 Mar 10 nicklas 118       
5375 03 Aug 10 nicklas 119       ok &= TestJob.test_execute(copyBfsJob, false);
5375 03 Aug 10 nicklas 120       ok &= TestJob.test_execute(errorBfsJob, true);
5375 03 Aug 10 nicklas 121       ok &= TestJob.test_execute(extraFilesBfsJob, false);
5375 03 Aug 10 nicklas 122       ok &= TestJob.test_execute(extraFilesNoSdataBfsJob, false);
5375 03 Aug 10 nicklas 123       
5375 03 Aug 10 nicklas 124       // ********* BASEFile tests ************
5375 03 Aug 10 nicklas 125       reporterFields = new TestJob.Parameter(
5375 03 Aug 10 nicklas 126           ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_EXPORTER + ".reporterFields", "Position\nInternal id\nName");
5381 05 Aug 10 nicklas 127       int cloneBaseFile = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "BASEfile copy", 
5375 03 Aug 10 nicklas 128         program, "CopyStdin2Stdout", baseFileExporter, baseFileImporter, 
5375 03 Aug 10 nicklas 129         debugMode, reporterFields, spotFields);
5381 05 Aug 10 nicklas 130       int errorBaseFile = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "BASEfile error", 
5375 03 Aug 10 nicklas 131         program, "CopyStdin2Stdout error", baseFileExporter, baseFileImporter, 
5375 03 Aug 10 nicklas 132         debugMode, reporterFields, spotFields);
5381 05 Aug 10 nicklas 133       int extraBaseFile = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "BASEfile extra-files", 
5375 03 Aug 10 nicklas 134           program, "CopyStdin2Stdout extra", baseFileExporter, baseFileImporter, 
5375 03 Aug 10 nicklas 135           debugMode, reporterFields, spotFields, enableExtraFiles);
5270 15 Mar 10 nicklas 136
5375 03 Aug 10 nicklas 137       // Clone bioassay set
5375 03 Aug 10 nicklas 138       int copyBaseFileJob = test_create_job(cloneBaseFile, experimentId, cloneId, debugMode,
5381 05 Aug 10 nicklas 139           new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "Cloned from parent (BASEfile)"));
5375 03 Aug 10 nicklas 140       // Simulate an error
5375 03 Aug 10 nicklas 141       int errorBaseFileJob = test_create_job(errorBaseFile, experimentId, cloneId, debugMode,
5381 05 Aug 10 nicklas 142         new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "Should really not be created (BASEfile)"));
5375 03 Aug 10 nicklas 143       // Add extra files to the result
5375 03 Aug 10 nicklas 144       int extraBaseFileJob = test_create_job(extraBaseFile, experimentId, cloneId, debugMode,
5375 03 Aug 10 nicklas 145         new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "Extra files (BASEFile)"),
5375 03 Aug 10 nicklas 146         new TestJob.Parameter(ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_IMPORTER + ".extraFilesDirectory", 
5375 03 Aug 10 nicklas 147             "/External program executor/basefile-1"));
5375 03 Aug 10 nicklas 148
5375 03 Aug 10 nicklas 149       ok &= TestJob.test_execute(copyBaseFileJob, false);
5375 03 Aug 10 nicklas 150       ok &= TestJob.test_execute(errorBaseFileJob, true);
5375 03 Aug 10 nicklas 151       ok &= TestJob.test_execute(extraBaseFileJob, false);
5375 03 Aug 10 nicklas 152
5378 03 Aug 10 nicklas 153       // ********* File-only tests ************
5378 03 Aug 10 nicklas 154       int cloneFileOnly = test_create_configuration(pluginDefinitionId, "File-only importer", 
5378 03 Aug 10 nicklas 155           program, "BfsExtraFileGenerator", bfsExporter, fileOnlyImporter, 
5378 03 Aug 10 nicklas 156           debugMode, reporterFields, spotFields, assayFields);
5378 03 Aug 10 nicklas 157       int cloneFileOnlyJob = test_create_job(cloneFileOnly, experimentId, cloneId, debugMode,
5378 03 Aug 10 nicklas 158           new TestJob.Parameter(Parameters.CHILD_NAME, "File-only importer"),
5378 03 Aug 10 nicklas 159           new TestJob.Parameter(ExternalProgramExecutor.NAMESPACE_IMPORTER + ".extraFilesDirectory", 
5378 03 Aug 10 nicklas 160           "/External program executor/fileonly-1"));
5378 03 Aug 10 nicklas 161       ok &= TestJob.test_execute(cloneFileOnlyJob, false);
5378 03 Aug 10 nicklas 162       
5270 15 Mar 10 nicklas 163       if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
5270 15 Mar 10 nicklas 164       
5270 15 Mar 10 nicklas 165       // Cleanup
5270 15 Mar 10 nicklas 166       TestAnalyzeUtil.test_delete_bioassayset(cloneId);
5375 03 Aug 10 nicklas 167       TestJob.test_delete(copyBfsJob);
5375 03 Aug 10 nicklas 168       TestJob.test_delete(errorBfsJob);
5375 03 Aug 10 nicklas 169       TestJob.test_delete(extraFilesBfsJob);
5375 03 Aug 10 nicklas 170       TestJob.test_delete(extraFilesNoSdataBfsJob);
5375 03 Aug 10 nicklas 171       TestJob.test_delete(copyBaseFileJob);
5375 03 Aug 10 nicklas 172       TestJob.test_delete(errorBaseFileJob);
5375 03 Aug 10 nicklas 173       TestJob.test_delete(extraBaseFileJob);
5378 03 Aug 10 nicklas 174       TestJob.test_delete(cloneFileOnlyJob);
5285 24 Mar 10 nicklas 175
5270 15 Mar 10 nicklas 176       TestPluginConfiguration.test_delete(cloneBFS);
5270 15 Mar 10 nicklas 177       TestPluginConfiguration.test_delete(errorBFS);
5285 24 Mar 10 nicklas 178       TestPluginConfiguration.test_delete(extraFileBFS);
5285 24 Mar 10 nicklas 179       TestPluginConfiguration.test_delete(extraFileNoSdataBFS);
5375 03 Aug 10 nicklas 180       TestPluginConfiguration.test_delete(cloneBaseFile);
5375 03 Aug 10 nicklas 181       TestPluginConfiguration.test_delete(errorBaseFile);
5375 03 Aug 10 nicklas 182       TestPluginConfiguration.test_delete(extraBaseFile);
5378 03 Aug 10 nicklas 183       TestPluginConfiguration.test_delete(cloneFileOnly);
5285 24 Mar 10 nicklas 184       
5285 24 Mar 10 nicklas 185       TestDirectory.test_delete(directoryId, true);
5270 15 Mar 10 nicklas 186     }
5270 15 Mar 10 nicklas 187     finally
5270 15 Mar 10 nicklas 188     {
5270 15 Mar 10 nicklas 189       if (wasSetup) TestAnalyzeUtil.cleanupExperiment();
5270 15 Mar 10 nicklas 190       write("++Testing External program executor "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5270 15 Mar 10 nicklas 191     }
5270 15 Mar 10 nicklas 192     return ok;
5270 15 Mar 10 nicklas 193   }
5270 15 Mar 10 nicklas 194   
5270 15 Mar 10 nicklas 195
5270 15 Mar 10 nicklas 196   static void write(String message)
5270 15 Mar 10 nicklas 197   {
5270 15 Mar 10 nicklas 198     System.out.println(message);
5270 15 Mar 10 nicklas 199   }
5270 15 Mar 10 nicklas 200   
5270 15 Mar 10 nicklas 201   
5270 15 Mar 10 nicklas 202   static int test_create_configuration(int pluginDefinitionId, String name, 
5283 24 Mar 10 nicklas 203     String program, String cmdLine,
5270 15 Mar 10 nicklas 204     int exporterPlugin, int importerPlugin, TestJob.Parameter... parameters)
5270 15 Mar 10 nicklas 205   {
5270 15 Mar 10 nicklas 206     if (pluginDefinitionId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PLUGINCONFIGURATION)) return 0;
5270 15 Mar 10 nicklas 207     int id = 0;
5270 15 Mar 10 nicklas 208     DbControl dc = null;
5270 15 Mar 10 nicklas 209     try
5270 15 Mar 10 nicklas 210     {
5270 15 Mar 10 nicklas 211       dc = TestUtil.getDbControl();
5270 15 Mar 10 nicklas 212
5270 15 Mar 10 nicklas 213       PluginDefinition plugin = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
5270 15 Mar 10 nicklas 214       PluginDefinition exporter = PluginDefinition.getById(dc, exporterPlugin);
5270 15 Mar 10 nicklas 215       PluginDefinition importer = PluginDefinition.getById(dc, importerPlugin);
5270 15 Mar 10 nicklas 216       
5270 15 Mar 10 nicklas 217       PluginConfiguration config = plugin.newPluginConfiguration();
5270 15 Mar 10 nicklas 218       config.setName(name);
5270 15 Mar 10 nicklas 219
5270 15 Mar 10 nicklas 220       PluginConfigurationRequest request = config.configure();
5270 15 Mar 10 nicklas 221       TestJob.write_request_information(request.getRequestInformation());
5270 15 Mar 10 nicklas 222       TestJob.setRequestParameterValues(request, parameters);
5270 15 Mar 10 nicklas 223       request.setParameterValue(ExternalProgramExecutor.PARAMETER_EXTERNAL_PATH, 
5270 15 Mar 10 nicklas 224         new java.io.File("").getAbsolutePath()+java.io.File.separator + program);
5283 24 Mar 10 nicklas 225       request.setParameterValue(ExternalProgramExecutor.PARAMETER_EXTERNAL_CMDLINE,
5283 24 Mar 10 nicklas 226         cmdLine);
5270 15 Mar 10 nicklas 227       request.setParameterValue(ExternalProgramExecutor.PARAMETER_EXPORTER_CLASS, 
5270 15 Mar 10 nicklas 228         exporter.getClassName());
5270 15 Mar 10 nicklas 229       request.setParameterValue(ExternalProgramExecutor.PARAMETER_IMPORTER_CLASS, 
5270 15 Mar 10 nicklas 230         importer.getClassName());
5270 15 Mar 10 nicklas 231
5270 15 Mar 10 nicklas 232       PluginResponse response = request.invoke();
5270 15 Mar 10 nicklas 233       if (response.getStatus() == Response.Status.ERROR)
5270 15 Mar 10 nicklas 234       {
5270 15 Mar 10 nicklas 235         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
5270 15 Mar 10 nicklas 236       }
5270 15 Mar 10 nicklas 237       else if (response.getStatus() != Response.Status.CONTINUE)
5270 15 Mar 10 nicklas 238       {
5270 15 Mar 10 nicklas 239         throw new BaseException(response.getStatus() + ": " + response.getMessage());
5270 15 Mar 10 nicklas 240       }
5270 15 Mar 10 nicklas 241       
5270 15 Mar 10 nicklas 242       // Second step: configure exporter/importer
5270 15 Mar 10 nicklas 243       request = response.getNextRequest();
5270 15 Mar 10 nicklas 244       TestJob.write_request_information(request.getRequestInformation());
5270 15 Mar 10 nicklas 245       TestJob.setRequestParameterValues(request, parameters);
5270 15 Mar 10 nicklas 246       response = request.invoke();
5270 15 Mar 10 nicklas 247       
5270 15 Mar 10 nicklas 248       if (response.getStatus() == Response.Status.ERROR)
5270 15 Mar 10 nicklas 249       {
5270 15 Mar 10 nicklas 250         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
5270 15 Mar 10 nicklas 251       }
5270 15 Mar 10 nicklas 252       else if (response.getStatus() != Response.Status.CONTINUE)
5270 15 Mar 10 nicklas 253       {
5270 15 Mar 10 nicklas 254         throw new BaseException(response.getStatus() + ": " + response.getMessage());
5270 15 Mar 10 nicklas 255       }
5270 15 Mar 10 nicklas 256     
5270 15 Mar 10 nicklas 257       // Third step: program parameters
5270 15 Mar 10 nicklas 258       request = response.getNextRequest();
5270 15 Mar 10 nicklas 259       TestJob.write_request_information(request.getRequestInformation());
5270 15 Mar 10 nicklas 260       TestJob.setRequestParameterValues(request);
5270 15 Mar 10 nicklas 261       response = request.invoke();
5270 15 Mar 10 nicklas 262       
5270 15 Mar 10 nicklas 263       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
5270 15 Mar 10 nicklas 264       {
5270 15 Mar 10 nicklas 265         response.saveParameters(dc);
5270 15 Mar 10 nicklas 266         dc.saveItem(config);
5270 15 Mar 10 nicklas 267         dc.commit();
5270 15 Mar 10 nicklas 268       }
5270 15 Mar 10 nicklas 269       else
5270 15 Mar 10 nicklas 270       {
5270 15 Mar 10 nicklas 271         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
5270 15 Mar 10 nicklas 272       }
5270 15 Mar 10 nicklas 273       id = config.getId();
5270 15 Mar 10 nicklas 274       write("--Create configuration for External program executor OK");
5270 15 Mar 10 nicklas 275     }
5270 15 Mar 10 nicklas 276     catch (Throwable ex)
5270 15 Mar 10 nicklas 277     {
5270 15 Mar 10 nicklas 278       write("--Create configuration for External program executor FAILED");
5270 15 Mar 10 nicklas 279       ex.printStackTrace();
5270 15 Mar 10 nicklas 280       ok = false;
5270 15 Mar 10 nicklas 281     }
5270 15 Mar 10 nicklas 282     finally
5270 15 Mar 10 nicklas 283     {
5270 15 Mar 10 nicklas 284       if (dc != null) dc.close();
5270 15 Mar 10 nicklas 285     }
5270 15 Mar 10 nicklas 286     return id;
5270 15 Mar 10 nicklas 287   }
5270 15 Mar 10 nicklas 288   
5270 15 Mar 10 nicklas 289   static int test_create_job(int pluginConfigurationId, int experimentId, int bioAssaySetId, 
5270 15 Mar 10 nicklas 290       TestJob.Parameter... parameters)
5270 15 Mar 10 nicklas 291   {
5384 13 Aug 10 nicklas 292     if (pluginConfigurationId == 0 || experimentId == 0 || bioAssaySetId == 0 
5384 13 Aug 10 nicklas 293         || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) return 0;
5270 15 Mar 10 nicklas 294     int id = 0;
5270 15 Mar 10 nicklas 295     DbControl dc = null;
5270 15 Mar 10 nicklas 296     try
5270 15 Mar 10 nicklas 297     {
5270 15 Mar 10 nicklas 298       dc = TestUtil.getDbControl();
5270 15 Mar 10 nicklas 299
5270 15 Mar 10 nicklas 300       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5270 15 Mar 10 nicklas 301       BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5270 15 Mar 10 nicklas 302       dc.getSessionControl().getCurrentContext(Item.EXPERIMENT).setId(experimentId);
5270 15 Mar 10 nicklas 303       dc.getSessionControl().getCurrentContext(Item.BIOASSAYSET).setId(bioAssaySetId);
5270 15 Mar 10 nicklas 304       PluginConfiguration pc = PluginConfiguration.getById(dc, pluginConfigurationId);
5270 15 Mar 10 nicklas 305       Job j = pc.newJob(e);
5270 15 Mar 10 nicklas 306       j.setName(pc.getName());
5270 15 Mar 10 nicklas 307       
5270 15 Mar 10 nicklas 308       PluginConfigurationRequest request = j.configure(null);
5270 15 Mar 10 nicklas 309       
5270 15 Mar 10 nicklas 310       // First, set default values
5270 15 Mar 10 nicklas 311       TestJob.setRequestParameterValues(request);
5270 15 Mar 10 nicklas 312       
5270 15 Mar 10 nicklas 313       // Then, set values from method call
5270 15 Mar 10 nicklas 314       if (parameters != null)
5270 15 Mar 10 nicklas 315       {
5270 15 Mar 10 nicklas 316         for (TestJob.Parameter p : parameters)
5270 15 Mar 10 nicklas 317         {
5270 15 Mar 10 nicklas 318           request.setParameterValue(p.name, p.value);
5270 15 Mar 10 nicklas 319         }
5270 15 Mar 10 nicklas 320       }
5270 15 Mar 10 nicklas 321       
5270 15 Mar 10 nicklas 322       // At last, some well-known parameters
5270 15 Mar 10 nicklas 323       request.setParameterValue("source", bioAssaySet);
5270 15 Mar 10 nicklas 324       TestJob.write_request_information(request.getRequestInformation());
5270 15 Mar 10 nicklas 325       
5270 15 Mar 10 nicklas 326       PluginResponse response = request.invoke();
5270 15 Mar 10 nicklas 327       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
5270 15 Mar 10 nicklas 328       {
5270 15 Mar 10 nicklas 329         response.saveParameters(dc);
5270 15 Mar 10 nicklas 330         dc.saveItem(j);
5270 15 Mar 10 nicklas 331         dc.commit();
5270 15 Mar 10 nicklas 332       }
5270 15 Mar 10 nicklas 333       else
5270 15 Mar 10 nicklas 334       {
5270 15 Mar 10 nicklas 335         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
5270 15 Mar 10 nicklas 336       }
5270 15 Mar 10 nicklas 337       id = j.getId();
5270 15 Mar 10 nicklas 338       write("--Create job for External program executor OK");
5270 15 Mar 10 nicklas 339     }
5270 15 Mar 10 nicklas 340     catch (Throwable ex)
5270 15 Mar 10 nicklas 341     {
5270 15 Mar 10 nicklas 342       write("--Create job for External program executor FAILED");
5270 15 Mar 10 nicklas 343       ex.printStackTrace();
5270 15 Mar 10 nicklas 344       ok = false;
5270 15 Mar 10 nicklas 345     }
5270 15 Mar 10 nicklas 346     finally
5270 15 Mar 10 nicklas 347     {
5270 15 Mar 10 nicklas 348       if (dc != null) dc.close();
5270 15 Mar 10 nicklas 349     }
5270 15 Mar 10 nicklas 350     return id;
5270 15 Mar 10 nicklas 351   }
5270 15 Mar 10 nicklas 352
5270 15 Mar 10 nicklas 353   
5270 15 Mar 10 nicklas 354 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)