www/biomaterials/bioplates/ajax.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5527 13 Dec 10 nicklas 1 <%-- $Id$
5527 13 Dec 10 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5527 13 Dec 10 nicklas 3   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5527 13 Dec 10 nicklas 4
5527 13 Dec 10 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5527 13 Dec 10 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5527 13 Dec 10 nicklas 7
5527 13 Dec 10 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5527 13 Dec 10 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5527 13 Dec 10 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5527 13 Dec 10 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5527 13 Dec 10 nicklas 12
5527 13 Dec 10 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5527 13 Dec 10 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5527 13 Dec 10 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5527 13 Dec 10 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5527 13 Dec 10 nicklas 17
5527 13 Dec 10 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5527 13 Dec 10 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5527 13 Dec 10 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5527 13 Dec 10 nicklas 21
5527 13 Dec 10 nicklas 22   @author Nicklas
5527 13 Dec 10 nicklas 23 --%>
5557 28 Jan 11 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" contentType="application/json"
5527 13 Dec 10 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
5527 13 Dec 10 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
5527 13 Dec 10 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5527 13 Dec 10 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
5527 13 Dec 10 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
5527 13 Dec 10 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5527 13 Dec 10 nicklas 31   import="net.sf.basedb.util.Values"
5527 13 Dec 10 nicklas 32   import="net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil"
5527 13 Dec 10 nicklas 33   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5527 13 Dec 10 nicklas 34   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5557 28 Jan 11 nicklas 35   import="org.json.simple.JSONObject"
5557 28 Jan 11 nicklas 36   import="org.json.simple.JSONArray"
5527 13 Dec 10 nicklas 37 %>
5527 13 Dec 10 nicklas 38 <%
6124 13 Sep 12 nicklas 39 response.setHeader("Cache-Control", "no-cache, max-age=0");
5527 13 Dec 10 nicklas 40 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5527 13 Dec 10 nicklas 41 final String ID = sc.getId();
5527 13 Dec 10 nicklas 42 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5527 13 Dec 10 nicklas 43 final String root = request.getContextPath()+"/";
5527 13 Dec 10 nicklas 44 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
5527 13 Dec 10 nicklas 45 DbControl dc = null;
5527 13 Dec 10 nicklas 46 out.clear();
5557 28 Jan 11 nicklas 47 JSONObject json = new JSONObject();
5557 28 Jan 11 nicklas 48 json.put("status", "ok");
5527 13 Dec 10 nicklas 49 try
5527 13 Dec 10 nicklas 50 {
5527 13 Dec 10 nicklas 51   if ("GetFullPlateInfo".equals(cmd))
5527 13 Dec 10 nicklas 52   {
5549 26 Jan 11 nicklas 53     boolean countChildren = Values.getBoolean(request.getParameter("countChildren"));
5549 26 Jan 11 nicklas 54     boolean countPooled = countChildren && "pooled".equals(request.getParameter("countChildren"));
7954 12 May 21 nicklas 55     dc = sc.newDbControl(":Get plate information");
5527 13 Dec 10 nicklas 56     
5527 13 Dec 10 nicklas 57     BioPlate plate = BioPlate.getById(dc, itemId);
5527 13 Dec 10 nicklas 58     PlateGeometry geometry = plate.getPlateGeometry();
5527 13 Dec 10 nicklas 59     
5557 28 Jan 11 nicklas 60     json.put("id", plate.getId());
5557 28 Jan 11 nicklas 61     json.put("name", plate.getName());
5557 28 Jan 11 nicklas 62     json.put("barcode", plate.getBarcode());
5557 28 Jan 11 nicklas 63     json.put("rows", geometry.getRows());
5557 28 Jan 11 nicklas 64     json.put("columns", geometry.getColumns());
5527 13 Dec 10 nicklas 65     
5557 28 Jan 11 nicklas 66     JSONArray jsonWells = new JSONArray();
5527 13 Dec 10 nicklas 67     for (BioWell well : plate.getBioWells().list(dc))
5527 13 Dec 10 nicklas 68     {
5557 28 Jan 11 nicklas 69       JSONObject jsonWell = new JSONObject();
5557 28 Jan 11 nicklas 70       jsonWell.put("id", well.getId());
5557 28 Jan 11 nicklas 71       jsonWell.put("row", well.getRow());
5557 28 Jan 11 nicklas 72       jsonWell.put("column", well.getColumn());
5557 28 Jan 11 nicklas 73       jsonWell.put("canAdd", well.canAddBioMaterial());
5557 28 Jan 11 nicklas 74       jsonWell.put("canClear", well.canClearBioMaterial());
5557 28 Jan 11 nicklas 75       jsonWell.put("isEmpty", well.isEmpty());
5527 13 Dec 10 nicklas 76       if (!well.isEmpty())
5527 13 Dec 10 nicklas 77       {
5557 28 Jan 11 nicklas 78         JSONObject jsonBioMaterial = new JSONObject();
5527 13 Dec 10 nicklas 79         MeasuredBioMaterial bm = well.getBioMaterial();
5557 28 Jan 11 nicklas 80         jsonBioMaterial.put("id", bm.getId());
5557 28 Jan 11 nicklas 81         jsonBioMaterial.put("type", bm.getType().name());
5557 28 Jan 11 nicklas 82         jsonBioMaterial.put("name", bm.getName());
5549 26 Jan 11 nicklas 83         if (countChildren)
5549 26 Jan 11 nicklas 84         {
5557 28 Jan 11 nicklas 85           jsonBioMaterial.put("childCount", bm.countChildren(countPooled));
5549 26 Jan 11 nicklas 86         }
5557 28 Jan 11 nicklas 87         jsonWell.put("bioMaterial", jsonBioMaterial);
5527 13 Dec 10 nicklas 88       }
5557 28 Jan 11 nicklas 89       jsonWells.add(jsonWell);
5527 13 Dec 10 nicklas 90     }
5557 28 Jan 11 nicklas 91     json.put("wells", jsonWells);
5527 13 Dec 10 nicklas 92     dc.close();
5527 13 Dec 10 nicklas 93   }
5527 13 Dec 10 nicklas 94   else
5527 13 Dec 10 nicklas 95   {
5527 13 Dec 10 nicklas 96     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5527 13 Dec 10 nicklas 97   }
5527 13 Dec 10 nicklas 98 }
5527 13 Dec 10 nicklas 99 catch (Throwable t)
5527 13 Dec 10 nicklas 100 {
5527 13 Dec 10 nicklas 101   t.printStackTrace();
5557 28 Jan 11 nicklas 102   json.clear();
5557 28 Jan 11 nicklas 103   json.put("status", "error");
5557 28 Jan 11 nicklas 104   json.put("message", t.getMessage());
5557 28 Jan 11 nicklas 105   json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
5527 13 Dec 10 nicklas 106 }
5527 13 Dec 10 nicklas 107 finally
5527 13 Dec 10 nicklas 108 {
5557 28 Jan 11 nicklas 109   json.writeJSONString(out);
5557 28 Jan 11 nicklas 110   out.flush();
5527 13 Dec 10 nicklas 111   if (dc != null) dc.close();
5527 13 Dec 10 nicklas 112 }
5527 13 Dec 10 nicklas 113 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)