www/biomaterials/bioplates/wells/ajax.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5348 20 May 10 nicklas 1 <%-- $Id $
5348 20 May 10 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5348 20 May 10 nicklas 3   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5348 20 May 10 nicklas 4
5348 20 May 10 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5348 20 May 10 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5348 20 May 10 nicklas 7
5348 20 May 10 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5348 20 May 10 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5348 20 May 10 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5348 20 May 10 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5348 20 May 10 nicklas 12
5348 20 May 10 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5348 20 May 10 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5348 20 May 10 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5348 20 May 10 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5348 20 May 10 nicklas 17
5348 20 May 10 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5348 20 May 10 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5348 20 May 10 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5348 20 May 10 nicklas 21
5348 20 May 10 nicklas 22   @author Nicklas
5348 20 May 10 nicklas 23 --%>
5557 28 Jan 11 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" contentType="application/json"
5348 20 May 10 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5348 20 May 10 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5348 20 May 10 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.Permission"
5348 20 May 10 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
5348 20 May 10 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
5722 07 Sep 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
5348 20 May 10 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.InvalidDataException"
5348 20 May 10 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
5348 20 May 10 nicklas 33   import="net.sf.basedb.util.Values"
5348 20 May 10 nicklas 34   import="net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil"
5348 20 May 10 nicklas 35   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5348 20 May 10 nicklas 36   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5348 20 May 10 nicklas 37   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5557 28 Jan 11 nicklas 38   import="org.json.simple.JSONObject"
5557 28 Jan 11 nicklas 39   import="org.json.simple.JSONArray"
5348 20 May 10 nicklas 40 %>
5348 20 May 10 nicklas 41 <%
6124 13 Sep 12 nicklas 42 response.setHeader("Cache-Control", "no-cache, max-age=0");
5348 20 May 10 nicklas 43 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5348 20 May 10 nicklas 44 final String ID = sc.getId();
5348 20 May 10 nicklas 45 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5348 20 May 10 nicklas 46 final String root = request.getContextPath()+"/";
5348 20 May 10 nicklas 47 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
5348 20 May 10 nicklas 48 DbControl dc = null;
5348 20 May 10 nicklas 49 out.clear();
5557 28 Jan 11 nicklas 50 JSONObject json = new JSONObject();
5557 28 Jan 11 nicklas 51 json.put("status", "ok");
5348 20 May 10 nicklas 52 try
5348 20 May 10 nicklas 53 {
5348 20 May 10 nicklas 54   if ("WellInfo".equals(cmd))
5348 20 May 10 nicklas 55   {
7954 12 May 21 nicklas 56     dc = sc.newDbControl(":Get well information");
5348 20 May 10 nicklas 57     boolean encodeStrings = Values.getBoolean(request.getParameter("encodeStrings"));
5557 28 Jan 11 nicklas 58     BioWell well = BioWell.getById(dc, itemId);
5557 28 Jan 11 nicklas 59     boolean isEmpty = well.isEmpty();
5557 28 Jan 11 nicklas 60     boolean hasBeenUsed = well.hasBeenUsed();
5557 28 Jan 11 nicklas 61     
5557 28 Jan 11 nicklas 62     json.put("id", well.getId());
5557 28 Jan 11 nicklas 63     json.put("isEmpty", isEmpty);
5557 28 Jan 11 nicklas 64     
5557 28 Jan 11 nicklas 65     if (!isEmpty || hasBeenUsed)
5557 28 Jan 11 nicklas 66     {
5557 28 Jan 11 nicklas 67       JSONObject jsonBioMaterial = new JSONObject();
5557 28 Jan 11 nicklas 68       try
5557 28 Jan 11 nicklas 69       {
5557 28 Jan 11 nicklas 70         MeasuredBioMaterial bioMaterial = isEmpty ? well.getOriginalBioMaterial() : well.getBioMaterial();
5557 28 Jan 11 nicklas 71         jsonBioMaterial.put("id", bioMaterial.getId());
5557 28 Jan 11 nicklas 72         jsonBioMaterial.put("type", bioMaterial.getType().name());
5557 28 Jan 11 nicklas 73         jsonBioMaterial.put("name", encodeStrings ? HTML.encodeTags(bioMaterial.getName()) : bioMaterial.getName());
5557 28 Jan 11 nicklas 74         jsonBioMaterial.put("description", encodeStrings ? HTML.niceFormat(bioMaterial.getDescription()) : bioMaterial.getDescription());
5557 28 Jan 11 nicklas 75         jsonBioMaterial.put("editable", bioMaterial.hasPermission(Permission.WRITE));
5722 07 Sep 11 nicklas 76         ItemSubtype subtype = bioMaterial.getItemSubtype();
5722 07 Sep 11 nicklas 77         if (subtype != null)
5722 07 Sep 11 nicklas 78         {
5722 07 Sep 11 nicklas 79           JSONObject jsonSubtype = new JSONObject();
5722 07 Sep 11 nicklas 80           jsonSubtype.put("id", subtype.getId());
5722 07 Sep 11 nicklas 81           jsonSubtype.put("name", HTML.encodeTags(subtype.getName()));
5722 07 Sep 11 nicklas 82           jsonBioMaterial.put("subtype", jsonSubtype);
5722 07 Sep 11 nicklas 83         }
5557 28 Jan 11 nicklas 84       }
5557 28 Jan 11 nicklas 85       catch (PermissionDeniedException ex)
5557 28 Jan 11 nicklas 86       {
5557 28 Jan 11 nicklas 87         jsonBioMaterial.put("denied", true);
5557 28 Jan 11 nicklas 88       }
5557 28 Jan 11 nicklas 89       json.put("bioMaterial", jsonBioMaterial);
5557 28 Jan 11 nicklas 90     }
5348 20 May 10 nicklas 91     dc.close();
5348 20 May 10 nicklas 92   }
5348 20 May 10 nicklas 93   else
5348 20 May 10 nicklas 94   {
5348 20 May 10 nicklas 95     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5348 20 May 10 nicklas 96   }
5348 20 May 10 nicklas 97 }
5348 20 May 10 nicklas 98 catch (Throwable t)
5348 20 May 10 nicklas 99 {
5348 20 May 10 nicklas 100   t.printStackTrace();
5557 28 Jan 11 nicklas 101   json.clear();
5557 28 Jan 11 nicklas 102   json.put("status", "error");
5557 28 Jan 11 nicklas 103   json.put("message", t.getMessage());
5557 28 Jan 11 nicklas 104   json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
5348 20 May 10 nicklas 105 }
5348 20 May 10 nicklas 106 finally
5348 20 May 10 nicklas 107 {
5557 28 Jan 11 nicklas 108   json.writeJSONString(out);
5557 28 Jan 11 nicklas 109   out.flush();
5348 20 May 10 nicklas 110   if (dc != null) dc.close();
5348 20 May 10 nicklas 111 }
5348 20 May 10 nicklas 112 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)