www/biomaterials/bioplates/wells/edit_biowell.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4731 20 Jan 09 martin 1 <%-- $Id$
4731 20 Jan 09 martin 2   ------------------------------------------------------------------
4731 20 Jan 09 martin 3   Copyright (C) 2009 Martin Svensson
4731 20 Jan 09 martin 4
4731 20 Jan 09 martin 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4731 20 Jan 09 martin 6   Available at http://base.thep.lu.se/
4731 20 Jan 09 martin 7
4731 20 Jan 09 martin 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4731 20 Jan 09 martin 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4731 20 Jan 09 martin 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4731 20 Jan 09 martin 11   of the License, or (at your option) any later version.
4731 20 Jan 09 martin 12
4731 20 Jan 09 martin 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4731 20 Jan 09 martin 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4731 20 Jan 09 martin 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4731 20 Jan 09 martin 16   GNU General Public License for more details.
4731 20 Jan 09 martin 17
4731 20 Jan 09 martin 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4731 20 Jan 09 martin 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4731 20 Jan 09 martin 20   ------------------------------------------------------------------
4731 20 Jan 09 martin 21   @author Martin
4731 20 Jan 09 martin 22   @version 2.10
4731 20 Jan 09 martin 23 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
4731 20 Jan 09 martin 25   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4731 20 Jan 09 martin 26   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4731 20 Jan 09 martin 27   import="net.sf.basedb.core.Item"
4731 20 Jan 09 martin 28   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
4731 20 Jan 09 martin 29   import="net.sf.basedb.core.Permission"
4731 20 Jan 09 martin 30   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
5262 08 Mar 10 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BioPlateType"
4731 20 Jan 09 martin 32   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
5709 26 Aug 11 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
4731 20 Jan 09 martin 34   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
4731 20 Jan 09 martin 35   import="net.sf.basedb.core.Sample"
4731 20 Jan 09 martin 36   import="net.sf.basedb.core.Extract"
4731 20 Jan 09 martin 37   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
4731 20 Jan 09 martin 38   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
4731 20 Jan 09 martin 39   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4731 20 Jan 09 martin 40   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4731 20 Jan 09 martin 41   import="net.sf.basedb.util.Values"
4869 31 Mar 09 martin 42   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
5492 16 Nov 10 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 44   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5492 16 Nov 10 nicklas 45   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 46   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 47   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.tabcontrol.TabAction"
5492 16 Nov 10 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
4731 20 Jan 09 martin 49   import="java.util.List"
4731 20 Jan 09 martin 50 %>
4731 20 Jan 09 martin 51 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6145 21 Sep 12 nicklas 52 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
4731 20 Jan 09 martin 53 <%
4731 20 Jan 09 martin 54 final Item itemType = Item.BIOWELL;
4731 20 Jan 09 martin 55 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4731 20 Jan 09 martin 56 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
4731 20 Jan 09 martin 57 final int itemId = cc.getId();
4731 20 Jan 09 martin 58 final String ID = sc.getId();
4731 20 Jan 09 martin 59 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 60 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
4731 20 Jan 09 martin 61 try
4731 20 Jan 09 martin 62 {
4731 20 Jan 09 martin 63   String title = null;
4731 20 Jan 09 martin 64   BioWell bioWell = BioWell.getById(dc, itemId);
4731 20 Jan 09 martin 65   BioPlate bioPlate = bioWell.getPlate();
5262 08 Mar 10 nicklas 66   BioPlateType bioPlateType = bioPlate.getBioPlateType();
5262 08 Mar 10 nicklas 67   Item bioMaterialType = bioPlateType.getBioMaterialType();
5709 26 Aug 11 nicklas 68   ItemSubtype bioMaterialSubType = bioPlateType.getItemSubtype();
4731 20 Jan 09 martin 69   
6540 26 Sep 14 nicklas 70   bioWell.checkPermission(Permission.USE);
4869 31 Mar 09 martin 71   WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
4869 31 Mar 09 martin 72   WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
4731 20 Jan 09 martin 73   
5708 25 Aug 11 nicklas 74   title = "Edit biowell -- " + rowFormatter.format(bioWell.getRow()) + columnFormatter.format(bioWell.getColumn()) + " on " + HTML.encodeTags(bioPlate.getName());
4731 20 Jan 09 martin 75
4731 20 Jan 09 martin 76   boolean readCurrentBioMaterial = true;
4731 20 Jan 09 martin 77   MeasuredBioMaterial currentBioMaterial = null;
4731 20 Jan 09 martin 78   try
4731 20 Jan 09 martin 79   {
4731 20 Jan 09 martin 80     currentBioMaterial = bioWell.getBioMaterial();
4731 20 Jan 09 martin 81   }
4731 20 Jan 09 martin 82   catch (PermissionDeniedException ex)
4731 20 Jan 09 martin 83   {
4731 20 Jan 09 martin 84     readCurrentBioMaterial = false;
4731 20 Jan 09 martin 85   }
5459 29 Oct 10 nicklas 86   boolean canAddBioMaterial = bioWell.canAddBioMaterial();
4731 20 Jan 09 martin 87
4731 20 Jan 09 martin 88   cc.setObject("item", bioWell);
5492 16 Nov 10 nicklas 89   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), bioWell);
7604 25 Feb 19 nicklas 90   ExtensionsInvoker<TabAction> invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
4731 20 Jan 09 martin 91   %>
6306 13 Aug 13 nicklas 92   <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
6306 13 Aug 13 nicklas 93   <base:head scripts="~biowells.js" styles="tabcontrol.css">
5492 16 Nov 10 nicklas 94     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
5492 16 Nov 10 nicklas 95     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
4731 20 Jan 09 martin 96   </base:head>
4731 20 Jan 09 martin 97   <base:body>
5913 15 Dec 11 nicklas 98     <h1><%=title%> <base:help helpid="biowell.edit" /></h1>
6162 10 Oct 12 nicklas 99     <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="biowell">
4731 20 Jan 09 martin 100     <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
4731 20 Jan 09 martin 101
5913 15 Dec 11 nicklas 102     <div class="content bottomborder">
5913 15 Dec 11 nicklas 103
5913 15 Dec 11 nicklas 104       <table class="fullform input100">
4731 20 Jan 09 martin 105       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 106         <th>Bioplate</th>
4731 20 Jan 09 martin 107         <td><%=HTML.encodeTags(bioPlate.getName())%></td>
4731 20 Jan 09 martin 108       </tr>
4731 20 Jan 09 martin 109       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 110         <th>Well location</th>
5708 25 Aug 11 nicklas 111         <td><%=rowFormatter.format(bioWell.getRow())%><%=columnFormatter.format(bioWell.getColumn())%></td>
4731 20 Jan 09 martin 112       </tr>
4731 20 Jan 09 martin 113       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 114         <th>Biomaterial type</th>
4731 20 Jan 09 martin 115         <td>          
6306 13 Aug 13 nicklas 116           <select name="biomaterial_type" <%=bioMaterialType != null ? "disabled": ""%>>
4731 20 Jan 09 martin 117             <%
4731 20 Jan 09 martin 118             if (!readCurrentBioMaterial)
4731 20 Jan 09 martin 119             {
4731 20 Jan 09 martin 120               %>
4731 20 Jan 09 martin 121               <option value="-1">- denied -
4731 20 Jan 09 martin 122               <%
4731 20 Jan 09 martin 123             }
4731 20 Jan 09 martin 124             else
4731 20 Jan 09 martin 125             {
4731 20 Jan 09 martin 126               Item currentBmType = currentBioMaterial == null ? null : currentBioMaterial.getType();
5709 26 Aug 11 nicklas 127               String subtype = bioMaterialSubType != null ? " ("+HTML.encodeTags(bioMaterialSubType.getName()) + ")" : "";
4731 20 Jan 09 martin 128               %>
4731 20 Jan 09 martin 129               <option value="0">- none -
5348 20 May 10 nicklas 130               <option value="<%=Item.SAMPLE.name()%>" 
5709 26 Aug 11 nicklas 131                 <%=currentBmType == Item.SAMPLE || bioMaterialType == Item.SAMPLE ? "selected" : ""%>>Sample<%=subtype %>
5348 20 May 10 nicklas 132               <option value="<%=Item.EXTRACT.name()%>" 
5709 26 Aug 11 nicklas 133                 <%=currentBmType == Item.EXTRACT || bioMaterialType == Item.EXTRACT ? "selected" : ""%>>Extract<%=subtype %>
4731 20 Jan 09 martin 134               <%
4731 20 Jan 09 martin 135             }
4731 20 Jan 09 martin 136             %>
4731 20 Jan 09 martin 137           </select>
4731 20 Jan 09 martin 138         </td>
4731 20 Jan 09 martin 139       </tr>
4731 20 Jan 09 martin 140       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 141         <th>Biomaterial</th>
4731 20 Jan 09 martin 142         <td>
4731 20 Jan 09 martin 143           <base:select 
4731 20 Jan 09 martin 144             id="biomaterial_id"
4731 20 Jan 09 martin 145             clazz="selectionlist"
4731 20 Jan 09 martin 146             required="false"
4731 20 Jan 09 martin 147             current="<%=currentBioMaterial%>"
4731 20 Jan 09 martin 148             denied="<%=!readCurrentBioMaterial%>"
4731 20 Jan 09 martin 149             recent="<%=null%>"
5459 29 Oct 10 nicklas 150             newitem="<%=false%>"
6306 13 Aug 13 nicklas 151             data-biomaterial-subtype="<%=bioMaterialSubType == null ? "" : bioMaterialSubType.getId() %>"
4731 20 Jan 09 martin 152           />
4731 20 Jan 09 martin 153         </td>
4731 20 Jan 09 martin 154       </tr>
5459 29 Oct 10 nicklas 155       <%
5459 29 Oct 10 nicklas 156       if (!canAddBioMaterial && currentBioMaterial != null)
5459 29 Oct 10 nicklas 157       {
5459 29 Oct 10 nicklas 158         %>
5459 29 Oct 10 nicklas 159         <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 160           <th></th>
5459 29 Oct 10 nicklas 161           <td>
5977 20 Feb 12 nicklas 162             <div class="messagecontainer note">
5459 29 Oct 10 nicklas 163               New biomaterial can't be added to this well if 
5459 29 Oct 10 nicklas 164               '<%=HTML.encodeTags(currentBioMaterial.getName())%>' is removed.
5977 20 Feb 12 nicklas 165             </div>
5459 29 Oct 10 nicklas 166           </td>
5459 29 Oct 10 nicklas 167         </tr>
5459 29 Oct 10 nicklas 168         <%
5459 29 Oct 10 nicklas 169       }
5459 29 Oct 10 nicklas 170       %>
5913 15 Dec 11 nicklas 171       <tr class="dynamic">
5913 15 Dec 11 nicklas 172         <th></th>
5913 15 Dec 11 nicklas 173         <td></td>
5913 15 Dec 11 nicklas 174       </tr>
4731 20 Jan 09 martin 175       </table>
6145 21 Sep 12 nicklas 176     </div>
4731 20 Jan 09 martin 177     </form>
5913 15 Dec 11 nicklas 178     
5913 15 Dec 11 nicklas 179     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6306 13 Aug 13 nicklas 180       <base:button id="btnSave" title="Save" />
6306 13 Aug 13 nicklas 181       <base:button id="close" title="Cancel" />
5913 15 Dec 11 nicklas 182     </base:buttongroup>
4731 20 Jan 09 martin 183   </base:body>
4731 20 Jan 09 martin 184   </base:page>
4731 20 Jan 09 martin 185   <%
4731 20 Jan 09 martin 186 }
4731 20 Jan 09 martin 187 finally
4731 20 Jan 09 martin 188 {
4731 20 Jan 09 martin 189   if (dc != null) dc.close();
4731 20 Jan 09 martin 190 }
4731 20 Jan 09 martin 191 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)