www/biomaterials/bioplates/wells/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4704 11 Dec 08 martin 1 <%-- $Id$
4704 11 Dec 08 martin 2   ------------------------------------------------------------------
4704 11 Dec 08 martin 3   
4704 11 Dec 08 martin 4   Copyright (C) 2008 Martin Svensson
4704 11 Dec 08 martin 5
4704 11 Dec 08 martin 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4704 11 Dec 08 martin 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4704 11 Dec 08 martin 8
4704 11 Dec 08 martin 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4704 11 Dec 08 martin 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4704 11 Dec 08 martin 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4704 11 Dec 08 martin 12   of the License, or (at your option) any later version.
4704 11 Dec 08 martin 13
4704 11 Dec 08 martin 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4704 11 Dec 08 martin 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4704 11 Dec 08 martin 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4704 11 Dec 08 martin 17   GNU General Public License for more details.
4704 11 Dec 08 martin 18
4704 11 Dec 08 martin 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4704 11 Dec 08 martin 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4704 11 Dec 08 martin 21   ------------------------------------------------------------------
4704 11 Dec 08 martin 22
4704 11 Dec 08 martin 23   @author Martin
4704 11 Dec 08 martin 24   @version 2.10
4704 11 Dec 08 martin 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
4704 11 Dec 08 martin 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4704 11 Dec 08 martin 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4704 11 Dec 08 martin 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
4704 11 Dec 08 martin 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
4704 11 Dec 08 martin 31   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
4704 11 Dec 08 martin 32   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
4704 11 Dec 08 martin 33   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
4704 11 Dec 08 martin 34   import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
4731 20 Jan 09 martin 35   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
4704 11 Dec 08 martin 36   import="net.sf.basedb.core.Permission"
4704 11 Dec 08 martin 37   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
4704 11 Dec 08 martin 38   import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
4856 27 Mar 09 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4856 27 Mar 09 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4704 11 Dec 08 martin 41   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
4704 11 Dec 08 martin 42   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4704 11 Dec 08 martin 43   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
4704 11 Dec 08 martin 44   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4704 11 Dec 08 martin 45   import="net.sf.basedb.util.Values"
4856 27 Mar 09 nicklas 46   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
5492 16 Nov 10 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5492 16 Nov 10 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5492 16 Nov 10 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5492 16 Nov 10 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6038 29 Mar 12 nicklas 54   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 55   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6038 29 Mar 12 nicklas 56   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
4704 11 Dec 08 martin 57   import="java.util.List"
4704 11 Dec 08 martin 58   import="java.util.Collections"
4704 11 Dec 08 martin 59 %>
4704 11 Dec 08 martin 60 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 61 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 62 <%!
7982 14 Jun 21 nicklas 63   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("row", "row,column,bioMaterial.name", null);
4704 11 Dec 08 martin 64   private static final Item itemType = Item.BIOWELL;
4856 27 Mar 09 nicklas 65   
4856 27 Mar 09 nicklas 66   private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
4856 27 Mar 09 nicklas 67   {
4856 27 Mar 09 nicklas 68     cc.setObject("export.formatter.row", new WellCoordinateFormatter(true));
4856 27 Mar 09 nicklas 69     cc.setObject("export.formatter.column", new WellCoordinateFormatter(false));
4856 27 Mar 09 nicklas 70   }
4704 11 Dec 08 martin 71 %>
4704 11 Dec 08 martin 72 <%
4704 11 Dec 08 martin 73 final int bioplateId = Values.getInt(request.getParameter("bioplate_id"));
4704 11 Dec 08 martin 74
4704 11 Dec 08 martin 75 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4704 11 Dec 08 martin 76 final String ID = sc.getId();
4704 11 Dec 08 martin 77 final String cmd = request.getParameter("cmd");
4704 11 Dec 08 martin 78 final String root = request.getContextPath()+"/";
4704 11 Dec 08 martin 79 final String mode = request.getParameter("mode");
4704 11 Dec 08 martin 80 final String callback = request.getParameter("callback");
4704 11 Dec 08 martin 81 final String itemId = request.getParameter("item_id");
4704 11 Dec 08 martin 82 final String listPage = "list_biowells.jsp?ID="+ID
4704 11 Dec 08 martin 83   +"&bioplate_id="+bioplateId
4704 11 Dec 08 martin 84   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
4704 11 Dec 08 martin 85   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
4704 11 Dec 08 martin 86   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
4704 11 Dec 08 martin 87 final String viewPage = "view_biowell.jsp?ID="+ID+"&bioplate_id="+bioplateId;
4704 11 Dec 08 martin 88 final String editPage = "edit_biowell.jsp?ID="+ID+"&bioplate_id="+bioplateId;
4704 11 Dec 08 martin 89
4704 11 Dec 08 martin 90 String forward = null;
4704 11 Dec 08 martin 91 String redirect = null;
4704 11 Dec 08 martin 92 String message = null;
4704 11 Dec 08 martin 93 DbControl dc = null;
4704 11 Dec 08 martin 94
4704 11 Dec 08 martin 95 try
4704 11 Dec 08 martin 96 {
4704 11 Dec 08 martin 97   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 98   {
4704 11 Dec 08 martin 99     // Display the list page without updatinging the current context
4704 11 Dec 08 martin 100     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
4704 11 Dec 08 martin 101     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 102   }
4704 11 Dec 08 martin 103   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 104   {
4704 11 Dec 08 martin 105     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
4704 11 Dec 08 martin 106     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 107     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 108   }
4704 11 Dec 08 martin 109   else if ("LoadContext".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 110   {
4704 11 Dec 08 martin 111     // Display the list page after loading a saved context
4704 11 Dec 08 martin 112     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
4704 11 Dec 08 martin 113     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 114     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 115   }
4704 11 Dec 08 martin 116   else if ("ViewItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 117   {
4704 11 Dec 08 martin 118     // Display the view page for a single item 
4704 11 Dec 08 martin 119     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 120     forward = viewPage;
4704 11 Dec 08 martin 121   }
4704 11 Dec 08 martin 122   else if ("EditItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 123   {
4704 11 Dec 08 martin 124     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
4704 11 Dec 08 martin 125     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 126     redirect = editPage;
4704 11 Dec 08 martin 127   }
4704 11 Dec 08 martin 128   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 129   {
4704 11 Dec 08 martin 130     // Update the properties on an item (will close the popup)
4704 11 Dec 08 martin 131     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
4731 20 Jan 09 martin 132     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);    
5348 20 May 10 nicklas 133     message = "Well updated";    
5492 16 Nov 10 nicklas 134
7954 12 May 21 nicklas 135     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 136     BioWell biowell = cc.getObject("item");
5492 16 Nov 10 nicklas 137     dc.reattachItem(biowell, false);
5492 16 Nov 10 nicklas 138
5492 16 Nov 10 nicklas 139     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.BIOWELL), biowell);
7604 25 Feb 19 nicklas 140     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5492 16 Nov 10 nicklas 141     try
5459 29 Oct 10 nicklas 142     {
5492 16 Nov 10 nicklas 143       int biomaterialId = Values.getInt(request.getParameter("biomaterial_id"));
5492 16 Nov 10 nicklas 144       if (biomaterialId >= 0)
4731 20 Jan 09 martin 145       {
5492 16 Nov 10 nicklas 146         MeasuredBioMaterial oldMbm = biowell.getBioMaterial();
5492 16 Nov 10 nicklas 147         if (oldMbm != null)
5459 29 Oct 10 nicklas 148         {
5492 16 Nov 10 nicklas 149           dc.reattachItem(oldMbm, false);
5492 16 Nov 10 nicklas 150           if (oldMbm.isLockedInWell())
5492 16 Nov 10 nicklas 151           {
5492 16 Nov 10 nicklas 152             throw new PermissionDeniedException("The current biomaterial can't be removed from this well.");
5492 16 Nov 10 nicklas 153           }
5492 16 Nov 10 nicklas 154           oldMbm.setBioWell(null);        
5459 29 Oct 10 nicklas 155         }
5492 16 Nov 10 nicklas 156         if (biomaterialId > 0)
5459 29 Oct 10 nicklas 157         {
5492 16 Nov 10 nicklas 158           Item biomaterialType = Item.valueOf(request.getParameter("biomaterial_type"));
5492 16 Nov 10 nicklas 159           MeasuredBioMaterial newMbm = (MeasuredBioMaterial)biomaterialType.getById(dc, biomaterialId);
5492 16 Nov 10 nicklas 160           if (newMbm.isLockedInWell())
5492 16 Nov 10 nicklas 161           {
5492 16 Nov 10 nicklas 162             throw new PermissionDeniedException("The biomaterial '" + newMbm.getName() + "' is locked in a well.");
5492 16 Nov 10 nicklas 163           }
5492 16 Nov 10 nicklas 164           newMbm.setBioWell(biowell);
5459 29 Oct 10 nicklas 165         }
4731 20 Jan 09 martin 166       }
5492 16 Nov 10 nicklas 167       
5492 16 Nov 10 nicklas 168       // OnSave extensions
5492 16 Nov 10 nicklas 169       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5459 29 Oct 10 nicklas 170       dc.commit();
5492 16 Nov 10 nicklas 171       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5492 16 Nov 10 nicklas 172     }
5492 16 Nov 10 nicklas 173     catch (Exception ex)
5492 16 Nov 10 nicklas 174     {
5492 16 Nov 10 nicklas 175       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5492 16 Nov 10 nicklas 176       throw ex;
5492 16 Nov 10 nicklas 177     }
5492 16 Nov 10 nicklas 178     finally
5492 16 Nov 10 nicklas 179     {
5492 16 Nov 10 nicklas 180       cc.removeObject("item");
5492 16 Nov 10 nicklas 181     }
4704 11 Dec 08 martin 182   }
4704 11 Dec 08 martin 183   else if ("ExportItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 184   {
4704 11 Dec 08 martin 185     // Run an export plugin in a list context
4704 11 Dec 08 martin 186     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 187     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 188     final BioPlate bioplate = BioPlate.getById(dc, bioplateId);
4704 11 Dec 08 martin 189     final ItemQuery<BioWell> query = bioplate.getBioWells();
7914 23 Feb 21 nicklas 190     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 191     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6590 05 Nov 14 nicklas 192     query.join(Hql.leftJoin(null, "bioMaterial", "mbm", null, true));
6590 05 Nov 14 nicklas 193     query.join(Hql.leftJoin("mbm", "creationEvent", "evt", null, true));
6590 05 Nov 14 nicklas 194     query.join(Hql.leftJoin("mbm", "owner", "usr", null, false));
6590 05 Nov 14 nicklas 195     query.join(Hql.leftJoin("evt", "protocol", "pcl", null, false));
4856 27 Mar 09 nicklas 196     if (!"row".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
4856 27 Mar 09 nicklas 197     if (!"column".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
4704 11 Dec 08 martin 198     cc.setQuery(query);
4856 27 Mar 09 nicklas 199     registerExportFormatters(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 200     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioWell,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 201     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<BioWell>(cc));
4864 30 Mar 09 nicklas 202     redirect = root + "/common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+biowells";
4704 11 Dec 08 martin 203   }
4704 11 Dec 08 martin 204   else if ("ExportItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 205   {
4704 11 Dec 08 martin 206     // Run an export plugin in single-item context
4704 11 Dec 08 martin 207     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4856 27 Mar 09 nicklas 208     registerExportFormatters(cc);
4864 30 Mar 09 nicklas 209     redirect = root + "/common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+biowell";
4704 11 Dec 08 martin 210   }
4704 11 Dec 08 martin 211   else if ("ImportItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 212   {
4704 11 Dec 08 martin 213     // Run an import plugin in a list context
4704 11 Dec 08 martin 214     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 215     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 216     final BioPlate bioplate = BioPlate.getById(dc, bioplateId);
5590 16 Mar 11 nicklas 217     final ItemQuery<BioWell> query = bioplate.getBioWells();
7914 23 Feb 21 nicklas 218     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 219     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
4704 11 Dec 08 martin 220     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 221     cc.setQuery(query);
4864 30 Mar 09 nicklas 222     redirect = root + "/common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+biowells";
4704 11 Dec 08 martin 223   }
4704 11 Dec 08 martin 224   else if ("ImportItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 225   {
4704 11 Dec 08 martin 226     // Run an import plugin in single-item context
4704 11 Dec 08 martin 227     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4864 30 Mar 09 nicklas 228     redirect = root + "/common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+biowell";
4704 11 Dec 08 martin 229   }
4704 11 Dec 08 martin 230   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 231   {
4704 11 Dec 08 martin 232     // Run another plugin in a list context
4704 11 Dec 08 martin 233     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 234     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 235     final BioPlate bioplate = BioPlate.getById(dc, bioplateId);
5590 16 Mar 11 nicklas 236     final ItemQuery<BioWell> query = bioplate.getBioWells();
7914 23 Feb 21 nicklas 237     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 238     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
4704 11 Dec 08 martin 239     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 240     cc.setQuery(query);
4864 30 Mar 09 nicklas 241     redirect = root + "/common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
4704 11 Dec 08 martin 242   }
4704 11 Dec 08 martin 243   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 244   {
4704 11 Dec 08 martin 245     // Run another plugin in single-item context
4704 11 Dec 08 martin 246     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4864 30 Mar 09 nicklas 247     redirect = root + "/common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
4704 11 Dec 08 martin 248   }
4704 11 Dec 08 martin 249   else
4704 11 Dec 08 martin 250   {
4704 11 Dec 08 martin 251     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
4704 11 Dec 08 martin 252   }
4704 11 Dec 08 martin 253
4704 11 Dec 08 martin 254 }
4704 11 Dec 08 martin 255 finally
4704 11 Dec 08 martin 256 {
4704 11 Dec 08 martin 257   if (dc != null) dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 258 }
4704 11 Dec 08 martin 259 if (forward != null)
4704 11 Dec 08 martin 260 {
6192 31 Oct 12 nicklas 261   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
4704 11 Dec 08 martin 262   pageContext.forward(forward);
4704 11 Dec 08 martin 263 }
4704 11 Dec 08 martin 264 else if (redirect != null)
4704 11 Dec 08 martin 265 {
6192 31 Oct 12 nicklas 266   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
4704 11 Dec 08 martin 267   response.sendRedirect(redirect);
4704 11 Dec 08 martin 268 }
4704 11 Dec 08 martin 269 else if (message == null)
4704 11 Dec 08 martin 270 {
4704 11 Dec 08 martin 271   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
4704 11 Dec 08 martin 272 }
4704 11 Dec 08 martin 273 else
4704 11 Dec 08 martin 274 {
4704 11 Dec 08 martin 275   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
4704 11 Dec 08 martin 276 }
4704 11 Dec 08 martin 277 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)