www/biomaterials/biosources/edit_biosource.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
852 30 Jun 05 nicklas 1 <%-- $Id$
852 30 Jun 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
852 30 Jun 05 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
852 30 Jun 05 nicklas 8
852 30 Jun 05 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
852 30 Jun 05 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
852 30 Jun 05 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
852 30 Jun 05 nicklas 13
852 30 Jun 05 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
852 30 Jun 05 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
852 30 Jun 05 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
852 30 Jun 05 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
852 30 Jun 05 nicklas 18
852 30 Jun 05 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
852 30 Jun 05 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
852 30 Jun 05 nicklas 22
852 30 Jun 05 nicklas 23
852 30 Jun 05 nicklas 24   @author Nicklas
852 30 Jun 05 nicklas 25   @version 2.0
852 30 Jun 05 nicklas 26 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
852 30 Jun 05 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
852 30 Jun 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
852 30 Jun 05 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Item"
1866 30 Jan 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1866 30 Jan 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
852 30 Jun 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Permission"
852 30 Jun 05 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioSource"
5643 26 May 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
5643 26 May 11 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
5643 26 May 11 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Include"
1866 30 Jan 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
852 30 Jun 05 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
852 30 Jun 05 nicklas 40   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
852 30 Jun 05 nicklas 41   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.util.Values"
5492 16 Nov 10 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 44   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5492 16 Nov 10 nicklas 45   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 46   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 47   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.tabcontrol.TabAction"
5492 16 Nov 10 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
1866 30 Jan 06 nicklas 49   import="java.util.List"
1866 30 Jan 06 nicklas 50   import="java.util.Set"
1866 30 Jan 06 nicklas 51   import="java.util.HashSet"
852 30 Jun 05 nicklas 52 %>
852 30 Jun 05 nicklas 53 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
852 30 Jun 05 nicklas 54 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
6139 19 Sep 12 nicklas 55 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
852 30 Jun 05 nicklas 56 <%
903 08 Jul 05 nicklas 57 final Item itemType = Item.BIOSOURCE;
1866 30 Jan 06 nicklas 58 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1866 30 Jan 06 nicklas 59 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
1866 30 Jan 06 nicklas 60 final int itemId = cc.getId();
852 30 Jun 05 nicklas 61 final String ID = sc.getId();
852 30 Jun 05 nicklas 62 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 63 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
852 30 Jun 05 nicklas 64 try
852 30 Jun 05 nicklas 65 {
852 30 Jun 05 nicklas 66   String title = null;
852 30 Jun 05 nicklas 67   BioSource bioSource = null;
5643 26 May 11 nicklas 68   boolean readCurrentSubtype = true;
5643 26 May 11 nicklas 69   int currentSubtypeId = 0;
1866 30 Jan 06 nicklas 70
1866 30 Jan 06 nicklas 71   if (itemId == 0)
852 30 Jun 05 nicklas 72   {
903 08 Jul 05 nicklas 73     title = "Create biosource";
1866 30 Jan 06 nicklas 74     cc.removeObject("item");
5643 26 May 11 nicklas 75     
5643 26 May 11 nicklas 76     currentSubtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"));
5643 26 May 11 nicklas 77     if (currentSubtypeId == 0) 
5643 26 May 11 nicklas 78     {
5643 26 May 11 nicklas 79       int recentSubtypeId = Values.getInt(cc.getRecent(Item.ITEMSUBTYPE.name(), 0));
5643 26 May 11 nicklas 80       currentSubtypeId = Values.getInt(cc.getPropertyValue("itemSubtype"), recentSubtypeId);
5643 26 May 11 nicklas 81     }
852 30 Jun 05 nicklas 82   }
852 30 Jun 05 nicklas 83   else
852 30 Jun 05 nicklas 84   {
1866 30 Jan 06 nicklas 85     bioSource = BioSource.getById(dc, itemId);
5643 26 May 11 nicklas 86     bioSource.checkPermission(Permission.WRITE);
5643 26 May 11 nicklas 87     
1866 30 Jan 06 nicklas 88     cc.setObject("item", bioSource);
903 08 Jul 05 nicklas 89     title = "Edit biosource -- " + HTML.encodeTags(bioSource.getName());
5643 26 May 11 nicklas 90
5643 26 May 11 nicklas 91     try
5643 26 May 11 nicklas 92     {
5643 26 May 11 nicklas 93       ItemSubtype subtype = bioSource.getItemSubtype();
5643 26 May 11 nicklas 94       if (subtype != null) currentSubtypeId = subtype.getId();
5643 26 May 11 nicklas 95     }
5643 26 May 11 nicklas 96     catch (PermissionDeniedException ex)
5643 26 May 11 nicklas 97     {
5643 26 May 11 nicklas 98       readCurrentSubtype = false;
5643 26 May 11 nicklas 99     }
5643 26 May 11 nicklas 100
852 30 Jun 05 nicklas 101   }
5643 26 May 11 nicklas 102   
5643 26 May 11 nicklas 103   // Query to retrieve item types
5643 26 May 11 nicklas 104   final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
5643 26 May 11 nicklas 105   subtypesQuery.include(Include.ALL);
5492 16 Nov 10 nicklas 106   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), bioSource);
7604 25 Feb 19 nicklas 107   ExtensionsInvoker<TabAction> invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
852 30 Jun 05 nicklas 108   %>
6245 25 Feb 13 nicklas 109   <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
6246 25 Feb 13 nicklas 110   <base:head scripts="tabcontrol-2.js,subtypes.js,~biosources.js" styles="tabcontrol.css">
5492 16 Nov 10 nicklas 111     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
5492 16 Nov 10 nicklas 112     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
6245 25 Feb 13 nicklas 113   </base:head>
6245 25 Feb 13 nicklas 114   <base:body>
6245 25 Feb 13 nicklas 115     <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
6246 25 Feb 13 nicklas 116       
6162 10 Oct 12 nicklas 117     <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="biosource">
1866 30 Jan 06 nicklas 118     <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
916 12 Jul 05 nicklas 119
5913 15 Dec 11 nicklas 120     <t:tabcontrol id="settings"
5913 15 Dec 11 nicklas 121       subclass="content dialogtabcontrol"
6245 25 Feb 13 nicklas 122       position="bottom"  remember="<%=bioSource != null%>"
5492 16 Nov 10 nicklas 123       extensions="<%=invoker%>">
6245 25 Feb 13 nicklas 124     <t:tab id="info" title="Biosource" helpid="biosource.edit">
5913 15 Dec 11 nicklas 125       <table class="fullform input100">
852 30 Jun 05 nicklas 126       <tr>
6139 19 Sep 12 nicklas 127         <th>Name</th>
6245 25 Feb 13 nicklas 128         <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="<%=bioSource == null ? "focus-select" : "focus" %>"
6245 25 Feb 13 nicklas 129           type="text" name="name" 
1866 30 Jan 06 nicklas 130           value="<%=HTML.encodeTags(bioSource == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New biosource") : bioSource.getName())%>" 
5913 15 Dec 11 nicklas 131           maxlength="<%=BioSource.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
5913 15 Dec 11 nicklas 132         <td></td>
852 30 Jun 05 nicklas 133       </tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 134       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 135         <th>Type</th>
5913 15 Dec 11 nicklas 136         <td>
5643 26 May 11 nicklas 137           <select name="subtype_id"
5643 26 May 11 nicklas 138             <%=!readCurrentSubtype ? "disabled readonly class=\"disabled selectionlist\"" : "class=\"selectionlist\""%>>
5643 26 May 11 nicklas 139           <%
5643 26 May 11 nicklas 140           if (!readCurrentSubtype)
5643 26 May 11 nicklas 141           {
5643 26 May 11 nicklas 142             %>
5643 26 May 11 nicklas 143             <option value="-1">- denied -
5643 26 May 11 nicklas 144             <%
5643 26 May 11 nicklas 145           }
5643 26 May 11 nicklas 146           else
5643 26 May 11 nicklas 147           {
5643 26 May 11 nicklas 148             %>
5643 26 May 11 nicklas 149             <option value="0">-none-
5643 26 May 11 nicklas 150             <%
5643 26 May 11 nicklas 151             for (ItemSubtype subtype : subtypesQuery.list(dc))
5643 26 May 11 nicklas 152             {
5643 26 May 11 nicklas 153               int id = subtype.getId();
5643 26 May 11 nicklas 154               if (id != currentSubtypeId && subtype.isRemoved()) continue;
5643 26 May 11 nicklas 155               %>
5643 26 May 11 nicklas 156               <option value="<%=id == currentSubtypeId && bioSource != null ? -id : id%>" 
5643 26 May 11 nicklas 157                 <%=id == currentSubtypeId ? "selected" : ""%>
5643 26 May 11 nicklas 158                 title="<%=HTML.encodeTags(subtype.getDescription()) %>"
5643 26 May 11 nicklas 159                 ><%=HTML.encodeTags(subtype.getName())%>
5643 26 May 11 nicklas 160               <%
5643 26 May 11 nicklas 161             }
5643 26 May 11 nicklas 162           }
5643 26 May 11 nicklas 163           %>
5643 26 May 11 nicklas 164           </select>
5643 26 May 11 nicklas 165         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 166         <td></td>
5643 26 May 11 nicklas 167       </tr>
852 30 Jun 05 nicklas 168       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 169         <th>External ID</th>
6217 14 Dec 12 nicklas 170         <td><input class="text" type="text" name="external_id" 
1866 30 Jan 06 nicklas 171           value="<%=HTML.encodeTags(bioSource == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("externalId"), "") : bioSource.getExternalId())%>" 
5913 15 Dec 11 nicklas 172           maxlength="<%=BioSource.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
5913 15 Dec 11 nicklas 173         <td></td>
852 30 Jun 05 nicklas 174       </tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 175       <tr class="dynamic">
5913 15 Dec 11 nicklas 176         <th>Description</th>
5913 15 Dec 11 nicklas 177         <td>
6217 14 Dec 12 nicklas 178           <textarea class="text" rows="6"  name="description" id="description"
1866 30 Jan 06 nicklas 179             ><%=HTML.encodeTags(bioSource == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioSource.getDescription())%></textarea>
852 30 Jun 05 nicklas 180         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 181         <td style="width: 20px;">
6215 13 Dec 12 nicklas 182           <base:zoom textarea="description" title="Description" />
5913 15 Dec 11 nicklas 183         </td>
852 30 Jun 05 nicklas 184       </tr>
852 30 Jun 05 nicklas 185       </table>
852 30 Jun 05 nicklas 186     </t:tab>
1866 30 Jan 06 nicklas 187
6246 25 Feb 13 nicklas 188     <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit">
6246 25 Feb 13 nicklas 189       <jsp:include page="../../common/annotations/annotate_frameset.jsp">
6246 25 Feb 13 nicklas 190         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6246 25 Feb 13 nicklas 191         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6246 25 Feb 13 nicklas 192         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6246 25 Feb 13 nicklas 193       </jsp:include>
6246 25 Feb 13 nicklas 194     </t:tab>
852 30 Jun 05 nicklas 195     </t:tabcontrol>
5913 15 Dec 11 nicklas 196     </form>
852 30 Jun 05 nicklas 197
5913 15 Dec 11 nicklas 198     <div class="legend">
5946 03 Feb 12 nicklas 199       <base:icon image="required.png" />= required information
5913 15 Dec 11 nicklas 200     </div>
5913 15 Dec 11 nicklas 201
5913 15 Dec 11 nicklas 202     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6245 25 Feb 13 nicklas 203       <base:button id="btnSave" title="Save" />
6245 25 Feb 13 nicklas 204       <base:button id="close" title="Cancel" />
5913 15 Dec 11 nicklas 205     </base:buttongroup>
852 30 Jun 05 nicklas 206   </base:body>
852 30 Jun 05 nicklas 207   </base:page>
852 30 Jun 05 nicklas 208   <%
852 30 Jun 05 nicklas 209 }
852 30 Jun 05 nicklas 210 finally
852 30 Jun 05 nicklas 211 {
852 30 Jun 05 nicklas 212   if (dc != null) dc.close();
852 30 Jun 05 nicklas 213 }
852 30 Jun 05 nicklas 214 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)