www/biomaterials/biosources/index.jsp

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3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
852 30 Jun 05 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
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852 30 Jun 05 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BioSource"
5643 26 May 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
1418 07 Oct 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1418 07 Oct 05 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
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1866 30 Jan 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
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4901 23 Apr 09 martin 45   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
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1866 30 Jan 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2916 15 Nov 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.OwnableUtil"
4901 23 Apr 09 martin 49   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
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2753 20 Oct 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.util.Values"
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4901 23 Apr 09 martin 54   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
5492 16 Nov 10 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
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6038 29 Mar 12 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
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1866 30 Jan 06 nicklas 66   import="java.util.Set"
1866 30 Jan 06 nicklas 67   import="java.util.HashSet"
933 14 Jul 05 nicklas 68   import="java.util.List"
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852 30 Jun 05 nicklas 71 %>
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852 30 Jun 05 nicklas 73 <%!
5643 26 May 11 nicklas 74   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,itemSubtype,samples,description");
1866 30 Jan 06 nicklas 75   private static final Item itemType = Item.BIOSOURCE;
4901 23 Apr 09 martin 76   
4901 23 Apr 09 martin 77   private static void registerExportUtils(ItemContext cc)
4901 23 Apr 09 martin 78   {
4901 23 Apr 09 martin 79     // Register formatters
4901 23 Apr 09 martin 80     cc.setObject("export.formatter.&children(name)", new NameableFormatter());
4901 23 Apr 09 martin 81         
4901 23 Apr 09 martin 82     // Register dataloaders
4901 23 Apr 09 martin 83     String bioSourceParameter = "bioSource";
4901 23 Apr 09 martin 84     final ItemQuery<Sample> sampleQuery = Sample.getQuery();
4901 23 Apr 09 martin 85     sampleQuery.include(cc.getInclude());
4901 23 Apr 09 martin 86     sampleQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter(bioSourceParameter)));
4901 23 Apr 09 martin 87     sampleQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 88     cc.setObject("export.dataloader.&children(name)", new ItemQueryLoader<BioSource>(sampleQuery, bioSourceParameter));
4901 23 Apr 09 martin 89   }
852 30 Jun 05 nicklas 90 %>
852 30 Jun 05 nicklas 91 <%
1866 30 Jan 06 nicklas 92 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
852 30 Jun 05 nicklas 93 final String ID = sc.getId();
1866 30 Jan 06 nicklas 94 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1866 30 Jan 06 nicklas 95 final String root = request.getContextPath()+"/";
1866 30 Jan 06 nicklas 96 final String mode = request.getParameter("mode");
1866 30 Jan 06 nicklas 97 final String callback = request.getParameter("callback");
1866 30 Jan 06 nicklas 98 final String itemId = request.getParameter("item_id");
1866 30 Jan 06 nicklas 99 final String listPage = "list_biosources.jsp?ID="+ID
1866 30 Jan 06 nicklas 100   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1866 30 Jan 06 nicklas 101   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1866 30 Jan 06 nicklas 102   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
1866 30 Jan 06 nicklas 103 final String viewPage = "view_biosource.jsp?ID="+ID;
1866 30 Jan 06 nicklas 104 final String editPage = "edit_biosource.jsp?ID="+ID;
852 30 Jun 05 nicklas 105
1866 30 Jan 06 nicklas 106 String forward = null;
1866 30 Jan 06 nicklas 107 String redirect = null;
1866 30 Jan 06 nicklas 108 String message = null;
1866 30 Jan 06 nicklas 109 DbControl dc = null;
1866 30 Jan 06 nicklas 110
852 30 Jun 05 nicklas 111 try
852 30 Jun 05 nicklas 112 {
1866 30 Jan 06 nicklas 113   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 114   {
1866 30 Jan 06 nicklas 115     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 116     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1866 30 Jan 06 nicklas 117     redirect = listPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 118   }
1866 30 Jan 06 nicklas 119   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 120   {
1866 30 Jan 06 nicklas 121     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1866 30 Jan 06 nicklas 122     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 123     redirect = listPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 124   }
1866 30 Jan 06 nicklas 125   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 126   {
1866 30 Jan 06 nicklas 127     // Display the list page after loading a saved context
1866 30 Jan 06 nicklas 128     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1866 30 Jan 06 nicklas 129     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 130     redirect = listPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 131   }
945 15 Jul 05 nicklas 132
1866 30 Jan 06 nicklas 133   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 134   {
1866 30 Jan 06 nicklas 135     // Display the view page for a single item 
1866 30 Jan 06 nicklas 136     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 137     forward = viewPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 138   }
1866 30 Jan 06 nicklas 139   else if ("EditItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 140   {
1866 30 Jan 06 nicklas 141     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1866 30 Jan 06 nicklas 142     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 143     redirect = editPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 144   }
1866 30 Jan 06 nicklas 145   else if ("NewItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 146   {
1866 30 Jan 06 nicklas 147     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
1866 30 Jan 06 nicklas 148     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
852 30 Jun 05 nicklas 149     {
1866 30 Jan 06 nicklas 150       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
852 30 Jun 05 nicklas 151     }
1866 30 Jan 06 nicklas 152     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 153     cc.setId(0);
1866 30 Jan 06 nicklas 154     redirect = editPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 155   }
1866 30 Jan 06 nicklas 156   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 157   {
1866 30 Jan 06 nicklas 158     // Update the properties on an item (will close the popup)
1866 30 Jan 06 nicklas 159     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
5643 26 May 11 nicklas 160     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 161     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 162     BioSource bioSource = cc.getObject("item");
1866 30 Jan 06 nicklas 163     if (bioSource == null)
852 30 Jun 05 nicklas 164     {
1866 30 Jan 06 nicklas 165       bioSource = BioSource.getNew(dc);
1866 30 Jan 06 nicklas 166       message = "Biosource created";
1866 30 Jan 06 nicklas 167       dc.saveItem(bioSource);
852 30 Jun 05 nicklas 168     }
1866 30 Jan 06 nicklas 169     else
852 30 Jun 05 nicklas 170     {
5060 19 Aug 09 nicklas 171       dc.reattachItem(bioSource, false);
1866 30 Jan 06 nicklas 172       message = "Biosource updated";
852 30 Jun 05 nicklas 173     }
5492 16 Nov 10 nicklas 174     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.BIOSOURCE), bioSource);
7604 25 Feb 19 nicklas 175     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5492 16 Nov 10 nicklas 176     try
5492 16 Nov 10 nicklas 177     {
5492 16 Nov 10 nicklas 178       bioSource.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5492 16 Nov 10 nicklas 179       bioSource.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5492 16 Nov 10 nicklas 180       bioSource.setExternalId(Values.getStringOrNull(request.getParameter("external_id")));
5492 16 Nov 10 nicklas 181       
5643 26 May 11 nicklas 182       int subtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"), -1);
5643 26 May 11 nicklas 183       if (subtypeId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5643 26 May 11 nicklas 184       {
5643 26 May 11 nicklas 185         ItemSubtype subtype = subtypeId == 0 ? null : ItemSubtype.getById(dc, subtypeId);
5643 26 May 11 nicklas 186         bioSource.setItemSubtype(subtype);
7703 11 Apr 19 nicklas 187         cc.setRecent(Item.ITEMSUBTYPE, subtype, maxRecent);
5643 26 May 11 nicklas 188       }
5643 26 May 11 nicklas 189       
5492 16 Nov 10 nicklas 190       // Annotations tab
5492 16 Nov 10 nicklas 191       Base.updateAnnotations(dc, bioSource, bioSource, request);
5492 16 Nov 10 nicklas 192       
5492 16 Nov 10 nicklas 193       // OnSave extensions
5492 16 Nov 10 nicklas 194       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5492 16 Nov 10 nicklas 195       dc.commit();
5492 16 Nov 10 nicklas 196       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5492 16 Nov 10 nicklas 197     }
5492 16 Nov 10 nicklas 198     catch (Exception ex)
5492 16 Nov 10 nicklas 199     {
5492 16 Nov 10 nicklas 200       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5492 16 Nov 10 nicklas 201       throw ex;
5492 16 Nov 10 nicklas 202     }
5492 16 Nov 10 nicklas 203     finally
5492 16 Nov 10 nicklas 204     {
5492 16 Nov 10 nicklas 205       cc.removeObject("item");
5492 16 Nov 10 nicklas 206     }
1866 30 Jan 06 nicklas 207   }
1866 30 Jan 06 nicklas 208   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 209   {
1866 30 Jan 06 nicklas 210     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 211     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 212     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 213     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
1866 30 Jan 06 nicklas 214     dc.commit();
1866 30 Jan 06 nicklas 215     redirect = viewPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 216   }
1866 30 Jan 06 nicklas 217   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 218   {
1866 30 Jan 06 nicklas 219     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 220     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 221     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 222     int numTotal = cc.getSelected().size();
1866 30 Jan 06 nicklas 223     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
1866 30 Jan 06 nicklas 224     dc.commit();
1866 30 Jan 06 nicklas 225     if (numTotal != numRemoved)
852 30 Jun 05 nicklas 226     {
1866 30 Jan 06 nicklas 227       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
852 30 Jun 05 nicklas 228     }
6192 31 Oct 12 nicklas 229     redirect = listPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 230   }
1866 30 Jan 06 nicklas 231   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 232   {
1866 30 Jan 06 nicklas 233     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 234     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 235     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 236     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
1866 30 Jan 06 nicklas 237     dc.commit();
1866 30 Jan 06 nicklas 238     redirect = viewPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 239   }
1866 30 Jan 06 nicklas 240   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 241   {
1866 30 Jan 06 nicklas 242     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 243     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 244     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 245     int numTotal = cc.getSelected().size();
1866 30 Jan 06 nicklas 246     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
1866 30 Jan 06 nicklas 247     dc.commit();
1866 30 Jan 06 nicklas 248     if (numTotal != numRemoved)
852 30 Jun 05 nicklas 249     {
2528 15 Aug 06 martin 250       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
852 30 Jun 05 nicklas 251     }
6192 31 Oct 12 nicklas 252     redirect = listPage;
1866 30 Jan 06 nicklas 253   }
1866 30 Jan 06 nicklas 254   else if ("ShareItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 255   {
1866 30 Jan 06 nicklas 256     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 257     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 258     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 259     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
1866 30 Jan 06 nicklas 260     dc.close();
1866 30 Jan 06 nicklas 261     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1866 30 Jan 06 nicklas 262     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1866 30 Jan 06 nicklas 263   }
1866 30 Jan 06 nicklas 264   else if ("ShareItems".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 265   {
1866 30 Jan 06 nicklas 266     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 267     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 268     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 269     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
1866 30 Jan 06 nicklas 270     dc.close();
1866 30 Jan 06 nicklas 271     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1866 30 Jan 06 nicklas 272     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1866 30 Jan 06 nicklas 273   }
4578 13 Oct 08 martin 274   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
2916 15 Nov 06 nicklas 275   {
4578 13 Oct 08 martin 276     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 277     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2916 15 Nov 06 nicklas 278     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 279     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4587 15 Oct 08 martin 280     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4578 13 Oct 08 martin 281     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2916 15 Nov 06 nicklas 282   }
4578 13 Oct 08 martin 283   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
2916 15 Nov 06 nicklas 284   {
4578 13 Oct 08 martin 285     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 286     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2916 15 Nov 06 nicklas 287     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 288     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4587 15 Oct 08 martin 289     for (Integer id : cc.getSelected())
4587 15 Oct 08 martin 290     {
4587 15 Oct 08 martin 291       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4587 15 Oct 08 martin 292     }
4587 15 Oct 08 martin 293     dc.close();
4587 15 Oct 08 martin 294     cc.setObject("OwnedItems", items);
4578 13 Oct 08 martin 295     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2916 15 Nov 06 nicklas 296   }
1866 30 Jan 06 nicklas 297   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 298   {
1866 30 Jan 06 nicklas 299     // Run an export plugin in a list context
1866 30 Jan 06 nicklas 300     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4901 23 Apr 09 martin 301     registerExportUtils(cc);
1866 30 Jan 06 nicklas 302     final ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 303     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 304     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 305     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6038 29 Mar 12 nicklas 306     cc.setQuery(query);
7604 25 Feb 19 nicklas 307     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioSource,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 308     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<BioSource>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 309     dc.close();
1866 30 Jan 06 nicklas 310     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+biosources";
1866 30 Jan 06 nicklas 311   }
1866 30 Jan 06 nicklas 312   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 313   {
1866 30 Jan 06 nicklas 314     // Run an export plugin in single-item context
1866 30 Jan 06 nicklas 315     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4901 23 Apr 09 martin 316     registerExportUtils(cc);
1866 30 Jan 06 nicklas 317     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+biosource";
1866 30 Jan 06 nicklas 318   }
1866 30 Jan 06 nicklas 319   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 320   {
1866 30 Jan 06 nicklas 321     // Run an import plugin in a list context
1866 30 Jan 06 nicklas 322     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 323     final ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 324     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 325     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 326     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 327     dc.close();
1866 30 Jan 06 nicklas 328     cc.setQuery(query);
1866 30 Jan 06 nicklas 329     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+biosources";
1866 30 Jan 06 nicklas 330   }
1866 30 Jan 06 nicklas 331   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 332   {
1866 30 Jan 06 nicklas 333     // Run an import plugin in single-item context
1866 30 Jan 06 nicklas 334     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 335     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+biosource";
1866 30 Jan 06 nicklas 336   }
1866 30 Jan 06 nicklas 337   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 338   {
1866 30 Jan 06 nicklas 339     // Run another plugin in a list context
1866 30 Jan 06 nicklas 340     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 341     final ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 342     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 343     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 344     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 345     dc.close();
1866 30 Jan 06 nicklas 346     cc.setQuery(query);
1866 30 Jan 06 nicklas 347     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1866 30 Jan 06 nicklas 348   }
1866 30 Jan 06 nicklas 349   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1866 30 Jan 06 nicklas 350   {
1866 30 Jan 06 nicklas 351     // Run another plugin in single-item context
1866 30 Jan 06 nicklas 352     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 353     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1866 30 Jan 06 nicklas 354   }
6756 20 Feb 15 nicklas 355   else if ("CreateItemList".equals(cmd))
4712 19 Dec 08 nicklas 356   {
4712 19 Dec 08 nicklas 357     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4712 19 Dec 08 nicklas 358     final ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 359     dc = sc.newDbControl(":Create "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 360     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 361     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 362     dc.close();
4712 19 Dec 08 nicklas 363     cc.setQuery(query);
6756 20 Feb 15 nicklas 364     redirect = "../../views/itemlists/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&addItems=1&memberType=BIOSOURCE&formId=biosources";
4712 19 Dec 08 nicklas 365   }
7813 19 May 20 nicklas 366   else if ("AddItemsToList".equals(cmd))
7813 19 May 20 nicklas 367   {
7813 19 May 20 nicklas 368     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7813 19 May 20 nicklas 369     final ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 370     dc = sc.newDbControl(":Add to "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 371     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 372     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
7813 19 May 20 nicklas 373     dc.close();
7813 19 May 20 nicklas 374     cc.setQuery(query);
7813 19 May 20 nicklas 375     redirect = "../../views/itemlists/add_items.jsp?ID="+ID+"&memberType=BIOSOURCE&formId=biosources";
7813 19 May 20 nicklas 376   }
1866 30 Jan 06 nicklas 377   else
1866 30 Jan 06 nicklas 378   {
1866 30 Jan 06 nicklas 379     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1866 30 Jan 06 nicklas 380   }
852 30 Jun 05 nicklas 381 }
852 30 Jun 05 nicklas 382 finally
852 30 Jun 05 nicklas 383 {
852 30 Jun 05 nicklas 384   if (dc != null) dc.close();
852 30 Jun 05 nicklas 385 }
1866 30 Jan 06 nicklas 386
1866 30 Jan 06 nicklas 387 if (forward != null)
1866 30 Jan 06 nicklas 388 {
6192 31 Oct 12 nicklas 389   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1866 30 Jan 06 nicklas 390   pageContext.forward(forward);
1866 30 Jan 06 nicklas 391 }
1866 30 Jan 06 nicklas 392 else if (redirect != null)
1866 30 Jan 06 nicklas 393 {
6192 31 Oct 12 nicklas 394   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1866 30 Jan 06 nicklas 395   response.sendRedirect(redirect);
1866 30 Jan 06 nicklas 396 }
1866 30 Jan 06 nicklas 397 else if (message == null)
1866 30 Jan 06 nicklas 398 {
1866 30 Jan 06 nicklas 399   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1866 30 Jan 06 nicklas 400 }
1866 30 Jan 06 nicklas 401 else
1866 30 Jan 06 nicklas 402 {
1866 30 Jan 06 nicklas 403   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1866 30 Jan 06 nicklas 404 }
1866 30 Jan 06 nicklas 405 %>
1866 30 Jan 06 nicklas 406

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