www/biomaterials/extracts/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
951 18 Jul 05 nicklas 1 <%-- $Id$
951 18 Jul 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
951 18 Jul 05 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
951 18 Jul 05 nicklas 8
951 18 Jul 05 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
951 18 Jul 05 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
951 18 Jul 05 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
951 18 Jul 05 nicklas 13
951 18 Jul 05 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
951 18 Jul 05 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
951 18 Jul 05 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
951 18 Jul 05 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
951 18 Jul 05 nicklas 18
951 18 Jul 05 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
951 18 Jul 05 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
951 18 Jul 05 nicklas 22
951 18 Jul 05 nicklas 23   @author Nicklas
951 18 Jul 05 nicklas 24   @version 2.0
951 18 Jul 05 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
951 18 Jul 05 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
951 18 Jul 05 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
951 18 Jul 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
1872 31 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Include"
1872 31 Jan 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Sample"
951 18 Jul 05 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Extract"
951 18 Jul 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
5664 23 Jun 11 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
5536 21 Dec 10 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.BioPlateEventType"
4730 15 Jan 09 martin 36   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
6992 03 Nov 15 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Kit"
1872 31 Jan 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
5648 30 May 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Tag"
5642 26 May 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
7587 06 Feb 19 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
5994 05 Mar 12 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
5648 30 May 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
1418 07 Oct 05 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1418 07 Oct 05 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
951 18 Jul 05 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1872 31 Jan 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1872 31 Jan 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
4587 15 Oct 08 martin 49   import="net.sf.basedb.core.OwnedItem"
6695 28 Jan 15 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.AnnotatedItem"
1872 31 Jan 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
1872 31 Jan 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
4899 21 Apr 09 martin 53   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4899 21 Apr 09 martin 54   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4899 21 Apr 09 martin 55   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
4899 21 Apr 09 martin 56   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1872 31 Jan 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
1872 31 Jan 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2917 15 Nov 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.util.OwnableUtil"
951 18 Jul 05 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1872 31 Jan 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.Values"
951 18 Jul 05 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2942 22 Nov 06 nicklas 64   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
4899 21 Apr 09 martin 65   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
4869 31 Mar 09 martin 66   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
5664 23 Jun 11 nicklas 67   import="net.sf.basedb.util.formatter.ItemTypeFormatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4899 21 Apr 09 martin 69   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ItemQueryLoader"
4900 21 Apr 09 martin 70   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ParentBioMaterialLoader"
5963 15 Feb 12 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.BioMaterialEventSourceFormatter"
5963 15 Feb 12 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ParentBioMaterialEventSourceLoader"
5492 16 Nov 10 nicklas 73   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 74   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5492 16 Nov 10 nicklas 75   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5492 16 Nov 10 nicklas 76   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5492 16 Nov 10 nicklas 77   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 78   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5492 16 Nov 10 nicklas 79   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6038 29 Mar 12 nicklas 80   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 81   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6038 29 Mar 12 nicklas 82   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1872 31 Jan 06 nicklas 83   import="java.util.Enumeration"
1872 31 Jan 06 nicklas 84   import="java.util.Set"
1872 31 Jan 06 nicklas 85   import="java.util.HashSet"
951 18 Jul 05 nicklas 86   import="java.util.List"
1872 31 Jan 06 nicklas 87   import="java.util.ArrayList"
1872 31 Jan 06 nicklas 88   import="java.util.Collections"
2942 22 Nov 06 nicklas 89   import="java.util.Date"
951 18 Jul 05 nicklas 90 %>
951 18 Jul 05 nicklas 91 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
951 18 Jul 05 nicklas 92 <%!
5648 30 May 11 nicklas 93   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,itemSubtype,originalQuantity,remainingQuantity,physicalBioAssays,description");
1872 31 Jan 06 nicklas 94   private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
4869 31 Mar 09 martin 95   
4869 31 Mar 09 martin 96   private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
4869 31 Mar 09 martin 97   {
4869 31 Mar 09 martin 98     cc.setObject("export.formatter.bioWell.row", new WellCoordinateFormatter(true));
4869 31 Mar 09 martin 99     cc.setObject("export.formatter.bioWell.column", new WellCoordinateFormatter(false));
4899 21 Apr 09 martin 100     cc.setObject("export.formatter.&children(name)", new NameableFormatter());
5963 15 Feb 12 nicklas 101     cc.setObject("export.formatter.&creationEvent.sources(bioMaterial.name)", new BioMaterialEventSourceFormatter());
5664 23 Jun 11 nicklas 102     cc.setObject("export.formatter.&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)", new NameableFormatter());
5664 23 Jun 11 nicklas 103     cc.setObject("export.formatter.&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)", new NameableFormatter());
7587 06 Feb 19 nicklas 104     cc.setObject("export.formatter.&derivedBioAssays(name)", new NameableFormatter());
5994 05 Mar 12 nicklas 105     cc.setObject("export.formatter.&rawBioAssays(name)", new NameableFormatter());
5664 23 Jun 11 nicklas 106     cc.setObject("export.formatter.parentType", new ItemTypeFormatter());
4899 21 Apr 09 martin 107     
5567 10 Feb 11 nicklas 108     String restrictionParameter = "extract";
5567 10 Feb 11 nicklas 109
5642 26 May 11 nicklas 110     // Physical bioassays
5642 26 May 11 nicklas 111     ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
5642 26 May 11 nicklas 112     bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
5642 26 May 11 nicklas 113     bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
5664 23 Jun 11 nicklas 114     bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Expressions.parameter(restrictionParameter)));
5642 26 May 11 nicklas 115     bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5642 26 May 11 nicklas 116     bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
7604 25 Feb 19 nicklas 117     cc.setObject("export.dataloader.&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)", new ItemQueryLoader<Extract>(bioAssayQuery, restrictionParameter));
5567 10 Feb 11 nicklas 118
5567 10 Feb 11 nicklas 119     // Child extracts
5567 10 Feb 11 nicklas 120     ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
5567 10 Feb 11 nicklas 121     childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
5567 10 Feb 11 nicklas 122     childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
5664 23 Jun 11 nicklas 123     childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Expressions.parameter(restrictionParameter)));
5567 10 Feb 11 nicklas 124     childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5567 10 Feb 11 nicklas 125     childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
7604 25 Feb 19 nicklas 126     cc.setObject("export.dataloader.&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)", new ItemQueryLoader<Extract>(childExtractsQuery, restrictionParameter));
4900 21 Apr 09 martin 127     
5664 23 Jun 11 nicklas 128     // Parent items
5963 15 Feb 12 nicklas 129     cc.setObject("export.dataloader.&creationEvent.sources(bioMaterial.name)", new ParentBioMaterialEventSourceLoader());
5994 05 Mar 12 nicklas 130     
7587 06 Feb 19 nicklas 131     // Child derived bioassays
7587 06 Feb 19 nicklas 132     final ItemQuery<DerivedBioAssay> derivedBioAssayQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
7587 06 Feb 19 nicklas 133     derivedBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("extract"), Expressions.parameter(restrictionParameter)));
7587 06 Feb 19 nicklas 134     derivedBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7587 06 Feb 19 nicklas 135     derivedBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
7604 25 Feb 19 nicklas 136     cc.setObject("export.dataloader.&derivedBioAssays(name)", new ItemQueryLoader<Extract>(derivedBioAssayQuery, restrictionParameter));
7587 06 Feb 19 nicklas 137
5994 05 Mar 12 nicklas 138     // Child raw bioassays
5994 05 Mar 12 nicklas 139     final ItemQuery<RawBioAssay> rawBioAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
5994 05 Mar 12 nicklas 140     rawBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Expressions.parameter(restrictionParameter)));
5994 05 Mar 12 nicklas 141     rawBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5994 05 Mar 12 nicklas 142     rawBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
7604 25 Feb 19 nicklas 143     cc.setObject("export.dataloader.&rawBioAssays(name)", new ItemQueryLoader<Extract>(rawBioAssayQuery, restrictionParameter));
4869 31 Mar 09 martin 144   }
951 18 Jul 05 nicklas 145 %>
951 18 Jul 05 nicklas 146 <%
1872 31 Jan 06 nicklas 147 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
951 18 Jul 05 nicklas 148 final String ID = sc.getId();
1872 31 Jan 06 nicklas 149 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1872 31 Jan 06 nicklas 150 final String root = request.getContextPath()+"/";
1872 31 Jan 06 nicklas 151 final String mode = request.getParameter("mode");
1872 31 Jan 06 nicklas 152 final String callback = request.getParameter("callback");
1872 31 Jan 06 nicklas 153 final String itemId = request.getParameter("item_id");
1872 31 Jan 06 nicklas 154 final String listPage = "list_extracts.jsp?ID="+ID
1872 31 Jan 06 nicklas 155   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1872 31 Jan 06 nicklas 156   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1872 31 Jan 06 nicklas 157   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
1872 31 Jan 06 nicklas 158 final String viewPage = "view_extract.jsp?ID="+ID;
1872 31 Jan 06 nicklas 159 final String editPage = "edit_extract.jsp?ID="+ID;
951 18 Jul 05 nicklas 160
1872 31 Jan 06 nicklas 161 String forward = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 162 String redirect = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 163 String message = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 164 DbControl dc = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 165
951 18 Jul 05 nicklas 166 try
951 18 Jul 05 nicklas 167 {
1872 31 Jan 06 nicklas 168   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
951 18 Jul 05 nicklas 169   {
1872 31 Jan 06 nicklas 170     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 171     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1872 31 Jan 06 nicklas 172     redirect = listPage;
951 18 Jul 05 nicklas 173   }
1872 31 Jan 06 nicklas 174   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 175   {
1872 31 Jan 06 nicklas 176     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1872 31 Jan 06 nicklas 177     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 178     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 179   }
1872 31 Jan 06 nicklas 180   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 181   {
1872 31 Jan 06 nicklas 182     // Display the list page after loading a saved context
1872 31 Jan 06 nicklas 183     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1872 31 Jan 06 nicklas 184     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 185     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 186   }
951 18 Jul 05 nicklas 187
1872 31 Jan 06 nicklas 188   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 189   {
1872 31 Jan 06 nicklas 190     // Display the view page for a single item 
1872 31 Jan 06 nicklas 191     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 192     forward = viewPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 193   }
1872 31 Jan 06 nicklas 194   else if ("EditItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 195   {
1872 31 Jan 06 nicklas 196     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1872 31 Jan 06 nicklas 197     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 198     redirect = editPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 199   }
1872 31 Jan 06 nicklas 200   else if ("NewItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 201   {
1872 31 Jan 06 nicklas 202     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
1872 31 Jan 06 nicklas 203     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
951 18 Jul 05 nicklas 204     {
1872 31 Jan 06 nicklas 205       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
951 18 Jul 05 nicklas 206     }
1872 31 Jan 06 nicklas 207     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 208     cc.setId(0);
2421 22 Jun 06 martin 209     forward = editPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 210   }
2472 31 Jul 06 martin 211   else if ("NewPooledItem".equals(cmd))
2472 31 Jul 06 martin 212   {
2472 31 Jul 06 martin 213     // Display the edit page for a new pooled item (should be opened in a popup)
2472 31 Jul 06 martin 214     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
2472 31 Jul 06 martin 215     {
2472 31 Jul 06 martin 216       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
2472 31 Jul 06 martin 217     }
2472 31 Jul 06 martin 218     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2472 31 Jul 06 martin 219     cc.setId(0);
2472 31 Jul 06 martin 220     forward = editPage+"&pooled="+true;
2472 31 Jul 06 martin 221   }
5642 26 May 11 nicklas 222   else if ("NewPhysicalBioAssay".equals(cmd))
5641 25 May 11 nicklas 223   {
5641 25 May 11 nicklas 224     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5642 26 May 11 nicklas 225     redirect = "../../views/physicalbioassays/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&useParents=true";
5641 25 May 11 nicklas 226   }
1872 31 Jan 06 nicklas 227   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 228   {
1872 31 Jan 06 nicklas 229     // Update the properties on an item (will close the popup)
1872 31 Jan 06 nicklas 230     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
2597 25 Aug 06 nicklas 231     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 232     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 233     Extract extract = cc.getObject("item");
1872 31 Jan 06 nicklas 234     if (extract == null)
951 18 Jul 05 nicklas 235     {
1872 31 Jan 06 nicklas 236       extract = Extract.getNew(dc);
1872 31 Jan 06 nicklas 237       message = "Extract created";
1872 31 Jan 06 nicklas 238       dc.saveItem(extract);
951 18 Jul 05 nicklas 239     }
1872 31 Jan 06 nicklas 240     else
951 18 Jul 05 nicklas 241     {
5060 19 Aug 09 nicklas 242       dc.reattachItem(extract, false);
5060 19 Aug 09 nicklas 243       dc.reattachItem(extract.getCreationEvent(), false);
1872 31 Jan 06 nicklas 244       message = "Extract updated";
951 18 Jul 05 nicklas 245     }
5492 16 Nov 10 nicklas 246     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.EXTRACT), extract);
7604 25 Feb 19 nicklas 247     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5492 16 Nov 10 nicklas 248     try
951 18 Jul 05 nicklas 249     {
5492 16 Nov 10 nicklas 250       extract.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5492 16 Nov 10 nicklas 251       extract.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5492 16 Nov 10 nicklas 252       extract.setExternalId(Values.getStringOrNull(request.getParameter("external_id")));
5492 16 Nov 10 nicklas 253       extract.setOriginalQuantity(Values.getFloat(request.getParameter("original_quantity"), null));
5492 16 Nov 10 nicklas 254       
5687 09 Aug 11 nicklas 255       int subtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"), -1);
5687 09 Aug 11 nicklas 256       ItemSubtype subtype = null;
5687 09 Aug 11 nicklas 257       if (subtypeId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5687 09 Aug 11 nicklas 258       {
5687 09 Aug 11 nicklas 259         if (subtypeId > 0) subtype = ItemSubtype.getById(dc, subtypeId);
5687 09 Aug 11 nicklas 260         extract.setItemSubtype(subtype);
7703 11 Apr 19 nicklas 261         cc.setRecent(Item.ITEMSUBTYPE, subtype, maxRecent);
5687 09 Aug 11 nicklas 262       }
5687 09 Aug 11 nicklas 263       
5492 16 Nov 10 nicklas 264       BioMaterialEvent creationEvent = extract.getCreationEvent();
5492 16 Nov 10 nicklas 265       if (creationEvent.hasPermission(Permission.WRITE))
5383 10 Aug 10 nicklas 266       {
5492 16 Nov 10 nicklas 267         Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5492 16 Nov 10 nicklas 268         creationEvent.setEventDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_date"))));
5492 16 Nov 10 nicklas 269         int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"), -1);
5492 16 Nov 10 nicklas 270         if (protocolId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5492 16 Nov 10 nicklas 271         {
5492 16 Nov 10 nicklas 272           Protocol pt = protocolId == 0 ? null : Protocol.getById(dc, protocolId);
5492 16 Nov 10 nicklas 273           creationEvent.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 274           cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, subtype, maxRecent);
5492 16 Nov 10 nicklas 275         }
6992 03 Nov 15 nicklas 276         int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"), -1);
6992 03 Nov 15 nicklas 277         if (kitId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
6992 03 Nov 15 nicklas 278         {
6992 03 Nov 15 nicklas 279           Kit kit = kitId == 0 ? null : Kit.getById(dc, kitId);
6992 03 Nov 15 nicklas 280           creationEvent.setKit(kit);
7703 11 Apr 19 nicklas 281           cc.setRecent(Item.KIT, kit, subtype, maxRecent);
6992 03 Nov 15 nicklas 282         }
5383 10 Aug 10 nicklas 283       }
5492 16 Nov 10 nicklas 284       
5648 30 May 11 nicklas 285       int tagId = Values.getInt(request.getParameter("tag_id"), -1);
5648 30 May 11 nicklas 286       if (tagId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5648 30 May 11 nicklas 287       {
5648 30 May 11 nicklas 288         Tag tag = tagId == 0 ? null : Tag.getById(dc, tagId);
5648 30 May 11 nicklas 289         extract.setTag(tag);
7703 11 Apr 19 nicklas 290         cc.setRecent(Item.TAG, tag, subtype, maxRecent);
5648 30 May 11 nicklas 291       }
5648 30 May 11 nicklas 292
5492 16 Nov 10 nicklas 293       int biowellId = Values.getInt(request.getParameter("biowell_id"), -1);
5492 16 Nov 10 nicklas 294       if (biowellId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
4730 15 Jan 09 martin 295       {
5492 16 Nov 10 nicklas 296         BioWell bw = biowellId == 0 ? null : BioWell.getById(dc, biowellId);
5492 16 Nov 10 nicklas 297         if (bw != null && bw.getBioMaterial() != null)
5492 16 Nov 10 nicklas 298         {
5492 16 Nov 10 nicklas 299           throw new WebException("popup", "Biowell can not be used",
5492 16 Nov 10 nicklas 300               "The biowell [{1}] on bioplate {2} is already connected to another biomaterial", 
5492 16 Nov 10 nicklas 301               HTML.encodeTags(bw.getRow()+"," + bw.getColumn()), HTML.encodeTags(bw.getPlate().getName()));
5492 16 Nov 10 nicklas 302         }
5492 16 Nov 10 nicklas 303         extract.setBioWell(bw);
7703 11 Apr 19 nicklas 304         cc.setRecent(Item.BIOPLATE, bw == null ? null : bw.getPlate(), subtype, maxRecent);
4730 15 Jan 09 martin 305       }
5492 16 Nov 10 nicklas 306   
5492 16 Nov 10 nicklas 307       // Parents tab
5664 23 Jun 11 nicklas 308       Item parentType = Item.valueOf(request.getParameter("parentType"));
5664 23 Jun 11 nicklas 309       if (parentType == Item.SAMPLE)
951 18 Jul 05 nicklas 310       {
5492 16 Nov 10 nicklas 311         int sampleId = Values.getInt(request.getParameter("sample_id"), -1);
5492 16 Nov 10 nicklas 312         if (sampleId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5492 16 Nov 10 nicklas 313         {
5492 16 Nov 10 nicklas 314           Sample s = sampleId == 0 ? null : Sample.getById(dc, sampleId);
5664 23 Jun 11 nicklas 315           BioMaterialEventSource evtSrc = creationEvent.setSource(s);
5662 20 Jun 11 nicklas 316           if (evtSrc != null)
5662 20 Jun 11 nicklas 317           {
5662 20 Jun 11 nicklas 318             evtSrc.setUsedQuantity(Values.getFloat(request.getParameter("used_from_sample"), null));
5662 20 Jun 11 nicklas 319           }
7703 11 Apr 19 nicklas 320           cc.setRecent(Item.SAMPLE, s, maxRecent);
5492 16 Nov 10 nicklas 321         }
951 18 Jul 05 nicklas 322       }
5492 16 Nov 10 nicklas 323       else
951 18 Jul 05 nicklas 324       {
5664 23 Jun 11 nicklas 325         if (extract.getParentType() != Item.EXTRACT)
5664 23 Jun 11 nicklas 326         {
5664 23 Jun 11 nicklas 327           creationEvent.clearSources();
5664 23 Jun 11 nicklas 328         }
6312 28 Aug 13 nicklas 329         String[] modifiedExtracts = Values.getString(request.getParameter("+EXTRACT")).split(",");
5492 16 Nov 10 nicklas 330         for (int i = 0; i < modifiedExtracts.length; ++i)
951 18 Jul 05 nicklas 331         {
5492 16 Nov 10 nicklas 332           int eId = Values.getInt(modifiedExtracts[i], -1);
5492 16 Nov 10 nicklas 333           if (eId != -1) 
5492 16 Nov 10 nicklas 334           {
5492 16 Nov 10 nicklas 335             Extract e = Extract.getById(dc, eId);
6312 28 Aug 13 nicklas 336             creationEvent.addSource(e).setUsedQuantity(Values.getFloat(request.getParameter("EXTRACT."+eId), null));
5492 16 Nov 10 nicklas 337           }
951 18 Jul 05 nicklas 338         }
6312 28 Aug 13 nicklas 339         String[] removedExtracts = Values.getString(request.getParameter("-EXTRACT")).split(",");
5492 16 Nov 10 nicklas 340         for (int i = 0; i < removedExtracts.length; ++i)
5492 16 Nov 10 nicklas 341         {
5492 16 Nov 10 nicklas 342           int eId = Values.getInt(removedExtracts[i], -1);
5492 16 Nov 10 nicklas 343           if (eId != -1) creationEvent.removeSource(Extract.getById(dc, eId));
5492 16 Nov 10 nicklas 344         }
951 18 Jul 05 nicklas 345       }
5492 16 Nov 10 nicklas 346   
5492 16 Nov 10 nicklas 347       // Annotations tab
5492 16 Nov 10 nicklas 348       Base.updateAnnotations(dc, extract, extract, request);
5492 16 Nov 10 nicklas 349       // OnSave extensions
5492 16 Nov 10 nicklas 350       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5492 16 Nov 10 nicklas 351       dc.commit();
5492 16 Nov 10 nicklas 352       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
1872 31 Jan 06 nicklas 353     }
5492 16 Nov 10 nicklas 354     catch (Exception ex)
5492 16 Nov 10 nicklas 355     {
5492 16 Nov 10 nicklas 356       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5492 16 Nov 10 nicklas 357       throw ex;
5492 16 Nov 10 nicklas 358     }
5492 16 Nov 10 nicklas 359     finally
5492 16 Nov 10 nicklas 360     {
5492 16 Nov 10 nicklas 361       cc.removeObject("item");
5492 16 Nov 10 nicklas 362     }
1872 31 Jan 06 nicklas 363   }
1872 31 Jan 06 nicklas 364   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 365   {
1872 31 Jan 06 nicklas 366     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 367     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 368     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 369     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
1872 31 Jan 06 nicklas 370     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 371     redirect = viewPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 372   }
1872 31 Jan 06 nicklas 373   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 374   {
1872 31 Jan 06 nicklas 375     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 376     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 377     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 378     int numTotal = cc.getSelected().size();
1872 31 Jan 06 nicklas 379     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
1872 31 Jan 06 nicklas 380     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 381     if (numTotal != numRemoved)
1872 31 Jan 06 nicklas 382     {
1872 31 Jan 06 nicklas 383       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
1872 31 Jan 06 nicklas 384     }
6192 31 Oct 12 nicklas 385     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 386   }
1872 31 Jan 06 nicklas 387   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 388   {
1872 31 Jan 06 nicklas 389     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 390     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 391     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 392     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
1872 31 Jan 06 nicklas 393     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 394     redirect = viewPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 395   }
1872 31 Jan 06 nicklas 396   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 397   {
1872 31 Jan 06 nicklas 398     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 399     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 400     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 401     int numTotal = cc.getSelected().size();
1872 31 Jan 06 nicklas 402     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
1872 31 Jan 06 nicklas 403     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 404     if (numTotal != numRemoved)
1872 31 Jan 06 nicklas 405     {
2528 15 Aug 06 martin 406       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
1872 31 Jan 06 nicklas 407     }
6192 31 Oct 12 nicklas 408     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 409   }
1872 31 Jan 06 nicklas 410   else if ("ShareItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 411   {
1872 31 Jan 06 nicklas 412     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 413     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 414     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 415     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
1872 31 Jan 06 nicklas 416     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 417     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1872 31 Jan 06 nicklas 418     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1872 31 Jan 06 nicklas 419   }
1872 31 Jan 06 nicklas 420   else if ("ShareItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 421   {
1872 31 Jan 06 nicklas 422     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 423     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 424     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 425     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
1872 31 Jan 06 nicklas 426     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 427     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1872 31 Jan 06 nicklas 428     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1872 31 Jan 06 nicklas 429   }
4578 13 Oct 08 martin 430   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
2917 15 Nov 06 nicklas 431   {
4578 13 Oct 08 martin 432     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 433     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2917 15 Nov 06 nicklas 434     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 435     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4587 15 Oct 08 martin 436     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4578 13 Oct 08 martin 437     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2917 15 Nov 06 nicklas 438   }
4578 13 Oct 08 martin 439   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
2917 15 Nov 06 nicklas 440   {
4578 13 Oct 08 martin 441     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 442     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2917 15 Nov 06 nicklas 443     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 444     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4587 15 Oct 08 martin 445     for (Integer id : cc.getSelected())
4587 15 Oct 08 martin 446     {
4587 15 Oct 08 martin 447       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4587 15 Oct 08 martin 448     }
4587 15 Oct 08 martin 449     dc.close();
4587 15 Oct 08 martin 450     cc.setObject("OwnedItems", items);
4578 13 Oct 08 martin 451     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2917 15 Nov 06 nicklas 452   }
1872 31 Jan 06 nicklas 453   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 454   {
1872 31 Jan 06 nicklas 455     // Run an export plugin in a list context
1872 31 Jan 06 nicklas 456     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 457     final ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 458     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 459     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 460     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6038 29 Mar 12 nicklas 461     cc.setQuery(query);
6038 29 Mar 12 nicklas 462     registerExportFormatters(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 463     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Extract,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 464     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<Extract>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 465     dc.close();
4896 20 Apr 09 martin 466     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+extracts";
1872 31 Jan 06 nicklas 467   }
6695 28 Jan 15 nicklas 468   else if ("InheritAnnotations".equals(cmd))
6695 28 Jan 15 nicklas 469   {
6695 28 Jan 15 nicklas 470     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 471     dc = sc.newDbControl(":Inherit annotations");
6695 28 Jan 15 nicklas 472     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6695 28 Jan 15 nicklas 473     Set<AnnotatedItem> items = new HashSet<AnnotatedItem>();
6695 28 Jan 15 nicklas 474     for (Integer id : cc.getSelected())
6695 28 Jan 15 nicklas 475     {
6695 28 Jan 15 nicklas 476       if (id != null) items.add((AnnotatedItem)itemType.getById(dc, id));
6695 28 Jan 15 nicklas 477     }
6695 28 Jan 15 nicklas 478     dc.close();
6695 28 Jan 15 nicklas 479     cc.setObject("AnnotatedItems", items);
6695 28 Jan 15 nicklas 480     redirect = "../../common/annotations/batch_inherit.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
6695 28 Jan 15 nicklas 481   }
1872 31 Jan 06 nicklas 482   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 483   {
1872 31 Jan 06 nicklas 484     // Run an export plugin in single-item context
1872 31 Jan 06 nicklas 485     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4869 31 Mar 09 martin 486     registerExportFormatters(cc);
1872 31 Jan 06 nicklas 487     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+extract";
1872 31 Jan 06 nicklas 488   }
1872 31 Jan 06 nicklas 489   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 490   {
1872 31 Jan 06 nicklas 491     // Run an import plugin in a list context
1872 31 Jan 06 nicklas 492     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 493     final ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 494     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 495     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 496     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 497     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 498     cc.setQuery(query);
1872 31 Jan 06 nicklas 499     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+extracts";
1872 31 Jan 06 nicklas 500   }
1872 31 Jan 06 nicklas 501   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 502   {
1872 31 Jan 06 nicklas 503     // Run an import plugin in single-item context
1872 31 Jan 06 nicklas 504     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 505     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+extract";
1872 31 Jan 06 nicklas 506   }
1872 31 Jan 06 nicklas 507   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 508   {
1872 31 Jan 06 nicklas 509     // Run another plugin in a list context
1872 31 Jan 06 nicklas 510     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 511     final ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 512     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 513     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 514     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 515     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 516     cc.setQuery(query);
1872 31 Jan 06 nicklas 517     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1872 31 Jan 06 nicklas 518   }
1872 31 Jan 06 nicklas 519   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 520   {
1872 31 Jan 06 nicklas 521     // Run another plugin in single-item context
1872 31 Jan 06 nicklas 522     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 523     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1872 31 Jan 06 nicklas 524   }
6756 20 Feb 15 nicklas 525   else if ("CreateItemList".equals(cmd))
4712 19 Dec 08 nicklas 526   {
4712 19 Dec 08 nicklas 527     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4712 19 Dec 08 nicklas 528     final ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 529     dc = sc.newDbControl(":Create "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 530     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 531     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 532     dc.close();
4712 19 Dec 08 nicklas 533     cc.setQuery(query);
6756 20 Feb 15 nicklas 534     redirect = "../../views/itemlists/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&addItems=1&memberType=EXTRACT&formId=extracts";
4712 19 Dec 08 nicklas 535   }
7813 19 May 20 nicklas 536   else if ("AddItemsToList".equals(cmd))
7813 19 May 20 nicklas 537   {
7813 19 May 20 nicklas 538     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7813 19 May 20 nicklas 539     final ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 540     dc = sc.newDbControl(":Add to "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 541     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 542     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
7813 19 May 20 nicklas 543     dc.close();
7813 19 May 20 nicklas 544     cc.setQuery(query);
7813 19 May 20 nicklas 545     redirect = "../../views/itemlists/add_items.jsp?ID="+ID+"&memberType=EXTRACT&formId=extracts";
7813 19 May 20 nicklas 546   }
5527 13 Dec 10 nicklas 547   else if ("PlaceOnPlate".equals(cmd))
5527 13 Dec 10 nicklas 548   {
5527 13 Dec 10 nicklas 549     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5527 13 Dec 10 nicklas 550     final ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 551     dc = sc.newDbControl(":Plate on plate");
7914 23 Feb 21 nicklas 552     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 553     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 554     dc.close();
5536 21 Dec 10 nicklas 555     cc.filterOnSelectedItems(query);
5536 21 Dec 10 nicklas 556     sc.getCurrentContext(Item.BIOPLATEEVENT, BioPlateEventType.PLACE_ON_PLATE).setQuery(query);
5527 13 Dec 10 nicklas 557     redirect = "../wizards/place_on_plate.jsp?ID="+ID+"&itemType=EXTRACT";
5527 13 Dec 10 nicklas 558   }
1872 31 Jan 06 nicklas 559   else
1872 31 Jan 06 nicklas 560   {
1872 31 Jan 06 nicklas 561     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1872 31 Jan 06 nicklas 562   }
951 18 Jul 05 nicklas 563 }
951 18 Jul 05 nicklas 564 finally
951 18 Jul 05 nicklas 565 {
951 18 Jul 05 nicklas 566   if (dc != null) dc.close();
951 18 Jul 05 nicklas 567 }
1872 31 Jan 06 nicklas 568
1872 31 Jan 06 nicklas 569 if (forward != null)
1872 31 Jan 06 nicklas 570 {
6192 31 Oct 12 nicklas 571   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1872 31 Jan 06 nicklas 572   pageContext.forward(forward);
1872 31 Jan 06 nicklas 573 }
1872 31 Jan 06 nicklas 574 else if (redirect != null)
1872 31 Jan 06 nicklas 575 {
6192 31 Oct 12 nicklas 576   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1872 31 Jan 06 nicklas 577   response.sendRedirect(redirect);
1872 31 Jan 06 nicklas 578 }
1872 31 Jan 06 nicklas 579 else if (message == null)
1872 31 Jan 06 nicklas 580 {
1872 31 Jan 06 nicklas 581   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1872 31 Jan 06 nicklas 582 }
1872 31 Jan 06 nicklas 583 else
1872 31 Jan 06 nicklas 584 {
1872 31 Jan 06 nicklas 585   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1872 31 Jan 06 nicklas 586 }
1872 31 Jan 06 nicklas 587 %>
1872 31 Jan 06 nicklas 588

Generated on Sat Oct  7 02:44:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)