www/biomaterials/samples/edit_sample.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
919 12 Jul 05 nicklas 1 <%-- $Id$
919 12 Jul 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
919 12 Jul 05 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
919 12 Jul 05 nicklas 8
919 12 Jul 05 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
919 12 Jul 05 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
919 12 Jul 05 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
919 12 Jul 05 nicklas 13
919 12 Jul 05 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
919 12 Jul 05 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
919 12 Jul 05 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
919 12 Jul 05 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
919 12 Jul 05 nicklas 18
919 12 Jul 05 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
919 12 Jul 05 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
919 12 Jul 05 nicklas 22
919 12 Jul 05 nicklas 23
919 12 Jul 05 nicklas 24   @author Nicklas
919 12 Jul 05 nicklas 25   @version 2.0
919 12 Jul 05 nicklas 26 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
919 12 Jul 05 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
919 12 Jul 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
919 12 Jul 05 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Item"
5663 22 Jun 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Type"
1872 31 Jan 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
927 13 Jul 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
919 12 Jul 05 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Permission"
919 12 Jul 05 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Sample"
928 13 Jul 05 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.BioSource"
5645 27 May 11 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
921 12 Jul 05 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
4729 14 Jan 09 martin 39   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
4729 14 Jan 09 martin 40   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
6993 03 Nov 15 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.Kit"
921 12 Jul 05 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
2949 24 Nov 06 martin 43   import="net.sf.basedb.core.Project"
1872 31 Jan 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
1872 31 Jan 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
1418 07 Oct 05 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1872 31 Jan 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
1872 31 Jan 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.Include"
928 13 Jul 05 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
1418 07 Oct 05 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
5663 22 Jun 11 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
5663 22 Jun 11 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
919 12 Jul 05 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
919 12 Jul 05 nicklas 54   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.util.Values"
5686 05 Aug 11 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.ListUtil"
4869 31 Mar 09 martin 57   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
2942 22 Nov 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterSettings"
5482 10 Nov 10 nicklas 61   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5482 10 Nov 10 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5482 10 Nov 10 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5490 15 Nov 10 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.tabcontrol.TabAction"
5482 10 Nov 10 nicklas 66   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
6312 28 Aug 13 nicklas 67   import="net.sf.basedb.util.json.JsonUtil"
6312 28 Aug 13 nicklas 68   import="net.sf.basedb.util.json.JsonConverter"
6312 28 Aug 13 nicklas 69   import="net.sf.basedb.util.json.NameableConverter"
6312 28 Aug 13 nicklas 70   import="org.json.simple.JSONObject"
6312 28 Aug 13 nicklas 71   import="org.json.simple.JSONArray"
1872 31 Jan 06 nicklas 72   import="java.util.List"
1872 31 Jan 06 nicklas 73   import="java.util.Set"
1872 31 Jan 06 nicklas 74   import="java.util.HashSet"
1872 31 Jan 06 nicklas 75   import="java.util.Date"
5686 05 Aug 11 nicklas 76   import="java.util.Collections"
919 12 Jul 05 nicklas 77 %>
919 12 Jul 05 nicklas 78 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
919 12 Jul 05 nicklas 79 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
5482 10 Nov 10 nicklas 80 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
919 12 Jul 05 nicklas 81 <%
919 12 Jul 05 nicklas 82 final Item itemType = Item.SAMPLE;
1872 31 Jan 06 nicklas 83 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1872 31 Jan 06 nicklas 84 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
1872 31 Jan 06 nicklas 85 final int itemId = cc.getId();
919 12 Jul 05 nicklas 86 final String ID = sc.getId();
919 12 Jul 05 nicklas 87 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 88 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
919 12 Jul 05 nicklas 89 try
919 12 Jul 05 nicklas 90 {
919 12 Jul 05 nicklas 91   String title = null;
919 12 Jul 05 nicklas 92   Sample sample = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 93   BioMaterialEvent creationEvent = null;
2942 22 Nov 06 nicklas 94   Date eventDate = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 95   Item parentType = null;
2404 21 Jun 06 nicklas 96   String name = null;
5383 10 Aug 10 nicklas 97   boolean lockEventProperties = false;
1872 31 Jan 06 nicklas 98
5645 27 May 11 nicklas 99   boolean readCurrentSubtype = true;
5686 05 Aug 11 nicklas 100   ItemSubtype currentSubtype = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 101   boolean readCurrentProtocol = true;
1872 31 Jan 06 nicklas 102   Protocol currentProtocol = null;
6993 03 Nov 15 nicklas 103   boolean readCurrentKit = true;
6993 03 Nov 15 nicklas 104   Kit currentKit = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 105   boolean readCurrentBioSource = true;
1872 31 Jan 06 nicklas 106   BioSource currentBioSource = null;
4730 15 Jan 09 martin 107   ItemQuery<Sample> samplesQuery = null;  
4729 14 Jan 09 martin 108   boolean readCurrentBioWell = true;
5262 08 Mar 10 nicklas 109   BioWell currentBioWell = null;
5262 08 Mar 10 nicklas 110   boolean lockedWell = false;
4729 14 Jan 09 martin 111   boolean readCurrentBioPlate = true;
4729 14 Jan 09 martin 112   BioPlate currentBioPlate = null;
4729 14 Jan 09 martin 113   
4869 31 Mar 09 martin 114   WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
4869 31 Mar 09 martin 115   WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
4869 31 Mar 09 martin 116   
1872 31 Jan 06 nicklas 117   if (itemId == 0)
919 12 Jul 05 nicklas 118   {
919 12 Jul 05 nicklas 119     title = "Create sample";
1872 31 Jan 06 nicklas 120     cc.removeObject("item");
1872 31 Jan 06 nicklas 121     if (cc.getPropertyFilter("creationEvent.protocol.name") != null)
1872 31 Jan 06 nicklas 122     {
1872 31 Jan 06 nicklas 123       currentProtocol = Base.getFirstMatching(dc, Protocol.getQuery(), "name", cc.getPropertyFilter("creationEvent.protocol.name"));
1872 31 Jan 06 nicklas 124     }
6993 03 Nov 15 nicklas 125     if (cc.getPropertyFilter("creationEvent.kit.name") != null)
6993 03 Nov 15 nicklas 126     {
6993 03 Nov 15 nicklas 127       currentKit = Base.getFirstMatching(dc, Kit.getQuery(), "name", cc.getPropertyFilter("creationEvent.kit.name"));
6993 03 Nov 15 nicklas 128     }
2404 21 Jun 06 nicklas 129     int bioSourceId = Values.getInt(request.getParameter("biosource_id"));
5663 22 Jun 11 nicklas 130     int sampleId = Values.getInt(request.getParameter("sample_id"));
5686 05 Aug 11 nicklas 131     int currentSubtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"));
5686 05 Aug 11 nicklas 132     List<ItemSubtype> relatedToParent = Collections.emptyList();
2404 21 Jun 06 nicklas 133     if (bioSourceId != 0)
2404 21 Jun 06 nicklas 134     {
2404 21 Jun 06 nicklas 135       currentBioSource = BioSource.getById(dc, bioSourceId);
5663 22 Jun 11 nicklas 136       parentType = Item.BIOSOURCE;
2404 21 Jun 06 nicklas 137       name = currentBioSource.getName() + ".s" + (currentBioSource.countSamples() + 1);
5686 05 Aug 11 nicklas 138       if (currentSubtypeId == 0)
5686 05 Aug 11 nicklas 139       {
5686 05 Aug 11 nicklas 140         relatedToParent = ItemSubtype.getParentSubtypes(dc, currentBioSource, Item.SAMPLE);
5686 05 Aug 11 nicklas 141       }
2404 21 Jun 06 nicklas 142     }
5663 22 Jun 11 nicklas 143     else if (sampleId != 0)
5663 22 Jun 11 nicklas 144     {
5663 22 Jun 11 nicklas 145       parentType = Item.SAMPLE;
5663 22 Jun 11 nicklas 146       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
5663 22 Jun 11 nicklas 147       name = s.getName() + ".s" + (s.countSamples()+1);
5663 22 Jun 11 nicklas 148       samplesQuery = Sample.getQuery();
5663 22 Jun 11 nicklas 149       samplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("id"), Expressions.integer(sampleId)));
5686 05 Aug 11 nicklas 150       if (currentSubtypeId == 0)
5686 05 Aug 11 nicklas 151       {
5686 05 Aug 11 nicklas 152         relatedToParent = ItemSubtype.getParentSubtypes(dc, s, Item.SAMPLE);
5686 05 Aug 11 nicklas 153       }
5663 22 Jun 11 nicklas 154     }
2472 31 Jul 06 martin 155     else if (Values.getBoolean(request.getParameter("pooled")))
2472 31 Jul 06 martin 156     {    
5663 22 Jun 11 nicklas 157       parentType = Item.SAMPLE;
5663 22 Jun 11 nicklas 158       name = Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New pooled sample");
5663 22 Jun 11 nicklas 159       samplesQuery = Sample.getQuery();
5663 22 Jun 11 nicklas 160       samplesQuery.restrict(Restrictions.in(Hql.property("id"), Expressions.parameter("selected")));
5663 22 Jun 11 nicklas 161       samplesQuery.setParameter("selected", cc.getSelected(), Type.INT);
2472 31 Jul 06 martin 162     }
2404 21 Jun 06 nicklas 163     else
2404 21 Jun 06 nicklas 164     {
2404 21 Jun 06 nicklas 165       name = Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New sample");
2404 21 Jun 06 nicklas 166     }
5686 05 Aug 11 nicklas 167     if (currentSubtypeId == 0) 
5686 05 Aug 11 nicklas 168     {
5686 05 Aug 11 nicklas 169       if (relatedToParent.size() > 0)
5686 05 Aug 11 nicklas 170       {
5686 05 Aug 11 nicklas 171         // Find most recently used related subtype
7605 26 Feb 19 nicklas 172         List<ItemSubtype> recentSubtypes = cc.getRecent(dc, Item.ITEMSUBTYPE);
5686 05 Aug 11 nicklas 173         currentSubtype = ListUtil.findFirstCommon(recentSubtypes, relatedToParent, relatedToParent.get(0));
5686 05 Aug 11 nicklas 174       }
5686 05 Aug 11 nicklas 175       else
5686 05 Aug 11 nicklas 176       {
5686 05 Aug 11 nicklas 177         int recentSubtypeId = Values.getInt(cc.getRecent(Item.ITEMSUBTYPE.name(), 0));
5686 05 Aug 11 nicklas 178         currentSubtypeId = Values.getInt(cc.getPropertyValue("itemSubtype"), recentSubtypeId);
5686 05 Aug 11 nicklas 179         if (currentSubtypeId > 0) currentSubtype = ItemSubtype.getById(dc, currentSubtypeId);
5686 05 Aug 11 nicklas 180       }
5686 05 Aug 11 nicklas 181     }
7605 26 Feb 19 nicklas 182     eventDate = cc.getPropertyObject("creationEvent.eventDate");
919 12 Jul 05 nicklas 183   }
919 12 Jul 05 nicklas 184   else
919 12 Jul 05 nicklas 185   {
1872 31 Jan 06 nicklas 186     sample = Sample.getById(dc, itemId);
5645 27 May 11 nicklas 187     sample.checkPermission(Permission.WRITE);
1872 31 Jan 06 nicklas 188     cc.setObject("item", sample);
919 12 Jul 05 nicklas 189     title = "Edit sample -- " + HTML.encodeTags(sample.getName());
919 12 Jul 05 nicklas 190   
1872 31 Jan 06 nicklas 191     creationEvent = sample.getCreationEvent();
2942 22 Nov 06 nicklas 192     eventDate = creationEvent.getEventDate();
5663 22 Jun 11 nicklas 193     parentType = sample.getParentType();
2404 21 Jun 06 nicklas 194     name = sample.getName();
5383 10 Aug 10 nicklas 195     lockEventProperties = !creationEvent.hasPermission(Permission.WRITE);
1872 31 Jan 06 nicklas 196     
1872 31 Jan 06 nicklas 197     try
1872 31 Jan 06 nicklas 198     {
5686 05 Aug 11 nicklas 199       currentSubtype = sample.getItemSubtype();
5645 27 May 11 nicklas 200     }
5645 27 May 11 nicklas 201     catch (PermissionDeniedException ex)
5645 27 May 11 nicklas 202     {
5645 27 May 11 nicklas 203       readCurrentSubtype = false;
5645 27 May 11 nicklas 204     }
5645 27 May 11 nicklas 205
5645 27 May 11 nicklas 206     try
5645 27 May 11 nicklas 207     {
1872 31 Jan 06 nicklas 208       currentProtocol = creationEvent.getProtocol();
1872 31 Jan 06 nicklas 209     }
1872 31 Jan 06 nicklas 210     catch (PermissionDeniedException ex)
1872 31 Jan 06 nicklas 211     {
1872 31 Jan 06 nicklas 212       readCurrentProtocol = false;
1872 31 Jan 06 nicklas 213     }
6993 03 Nov 15 nicklas 214     
6993 03 Nov 15 nicklas 215     try
6993 03 Nov 15 nicklas 216     {
6993 03 Nov 15 nicklas 217       currentKit = creationEvent.getKit();
6993 03 Nov 15 nicklas 218     }
6993 03 Nov 15 nicklas 219     catch (PermissionDeniedException ex)
6993 03 Nov 15 nicklas 220     {
6993 03 Nov 15 nicklas 221       readCurrentKit = false;
6993 03 Nov 15 nicklas 222     }
921 12 Jul 05 nicklas 223   
1872 31 Jan 06 nicklas 224     try
1872 31 Jan 06 nicklas 225     {
5663 22 Jun 11 nicklas 226       if (parentType == Item.BIOSOURCE)
5663 22 Jun 11 nicklas 227       {
5663 22 Jun 11 nicklas 228         currentBioSource = (BioSource)sample.getParent();
5663 22 Jun 11 nicklas 229       }
1872 31 Jan 06 nicklas 230     }
1872 31 Jan 06 nicklas 231     catch (PermissionDeniedException ex)
1872 31 Jan 06 nicklas 232     {
1872 31 Jan 06 nicklas 233       readCurrentBioSource = false;
1872 31 Jan 06 nicklas 234     }
4729 14 Jan 09 martin 235     
4729 14 Jan 09 martin 236     try
4729 14 Jan 09 martin 237     {
4729 14 Jan 09 martin 238       currentBioWell = sample.getBioWell();
5459 29 Oct 10 nicklas 239       lockedWell = sample.isLockedInWell();
5262 08 Mar 10 nicklas 240       if (currentBioWell != null)
5262 08 Mar 10 nicklas 241       {
5262 08 Mar 10 nicklas 242         currentBioPlate = currentBioWell.getPlate();
5262 08 Mar 10 nicklas 243       }
4729 14 Jan 09 martin 244     }
4729 14 Jan 09 martin 245     catch (PermissionDeniedException ex)
4729 14 Jan 09 martin 246     {
4729 14 Jan 09 martin 247       readCurrentBioWell = false;
4729 14 Jan 09 martin 248       readCurrentBioPlate = false;
4729 14 Jan 09 martin 249     }
1872 31 Jan 06 nicklas 250   
5663 22 Jun 11 nicklas 251     // Query to retrieve parent samples
5663 22 Jun 11 nicklas 252     if (parentType == Item.SAMPLE)
5663 22 Jun 11 nicklas 253     {
7605 26 Feb 19 nicklas 254       samplesQuery = creationEvent.getSources();
5663 22 Jun 11 nicklas 255     }
5645 27 May 11 nicklas 256   }
1872 31 Jan 06 nicklas 257   
5687 09 Aug 11 nicklas 258   // Default items 
5687 09 Aug 11 nicklas 259   int activeProjectId = sc.getActiveProjectId();
5687 09 Aug 11 nicklas 260   List<Protocol> defaultProtocols = null;
5687 09 Aug 11 nicklas 261   if (activeProjectId > 0)
5687 09 Aug 11 nicklas 262   {
5687 09 Aug 11 nicklas 263     Project activeProject = Project.getById(dc, activeProjectId);
5687 09 Aug 11 nicklas 264     ItemSubtype protocolSubtype = currentSubtype == null ? null : currentSubtype.getRelatedSubtype(Item.PROTOCOL);
5687 09 Aug 11 nicklas 265     if (protocolSubtype == null) protocolSubtype = ItemSubtype.getById(dc, SystemItems.getId(Protocol.SAMPLING));
7605 26 Feb 19 nicklas 266     defaultProtocols = activeProject.findDefaultItems(dc, protocolSubtype, false);
5687 09 Aug 11 nicklas 267   }
5687 09 Aug 11 nicklas 268   
5686 05 Aug 11 nicklas 269   // Load recently used items
7605 26 Feb 19 nicklas 270   List<Protocol> recentProtocols = cc.getRecent(dc, Item.PROTOCOL, currentSubtype);
7605 26 Feb 19 nicklas 271   List<Kit> recentKits = cc.getRecent(dc, Item.KIT, currentSubtype);
7605 26 Feb 19 nicklas 272   List<BioSource> recentBioSources = cc.getRecent(dc, Item.BIOSOURCE);
7605 26 Feb 19 nicklas 273   List<BioPlate> recentBioPlates = cc.getRecent(dc, Item.BIOPLATE, currentSubtype);
5686 05 Aug 11 nicklas 274   
5645 27 May 11 nicklas 275   // Query to retrieve item types
5645 27 May 11 nicklas 276   final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
5645 27 May 11 nicklas 277   subtypesQuery.include(Include.ALL);
5645 27 May 11 nicklas 278   
6312 28 Aug 13 nicklas 279   JSONObject jsonBioWell = null;
6312 28 Aug 13 nicklas 280   if (currentBioWell != null)
6312 28 Aug 13 nicklas 281   {
6312 28 Aug 13 nicklas 282     jsonBioWell = new JSONObject();
6312 28 Aug 13 nicklas 283     jsonBioWell.put("id", currentBioWell.getId());
6312 28 Aug 13 nicklas 284     jsonBioWell.put("location", currentBioWell.getCoordinate());
6312 28 Aug 13 nicklas 285   }
6217 14 Dec 12 nicklas 286   
6312 28 Aug 13 nicklas 287   JSONObject jsonSamples = new JSONObject();
6312 28 Aug 13 nicklas 288   jsonSamples.put("itemType", "SAMPLE");
6312 28 Aug 13 nicklas 289   if (samplesQuery != null)
6312 28 Aug 13 nicklas 290   {
7096 07 Mar 16 nicklas 291     samplesQuery.setIncludes(Include.ALL);
7096 07 Mar 16 nicklas 292     samplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
6312 28 Aug 13 nicklas 293     final BioMaterialEvent event = creationEvent;
6312 28 Aug 13 nicklas 294     jsonSamples.put("items", JsonUtil.toArray(samplesQuery.iterate(dc), new NameableConverter<Sample>()
6312 28 Aug 13 nicklas 295     {
6312 28 Aug 13 nicklas 296       protected void setMore(JSONObject json, Sample s)
6312 28 Aug 13 nicklas 297       {
6312 28 Aug 13 nicklas 298         Float usedQuantity = event == null ? null : event.getUsedQuantity(s);
6312 28 Aug 13 nicklas 299         json.put("name", s.getName() + (usedQuantity == null ? " [-]" : " [" +  usedQuantity + " µg]"));
6312 28 Aug 13 nicklas 300         json.put("value", usedQuantity);
6312 28 Aug 13 nicklas 301       }
6312 28 Aug 13 nicklas 302     }));
6312 28 Aug 13 nicklas 303   }
6312 28 Aug 13 nicklas 304
6217 14 Dec 12 nicklas 305   
2942 22 Nov 06 nicklas 306   Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
2942 22 Nov 06 nicklas 307   String dateFormat = FormatterSettings.getDateFormat(sc);
2942 22 Nov 06 nicklas 308   String jsDateFormat = HTML.javaScriptEncode(dateFormat);
2942 22 Nov 06 nicklas 309   String htmlDateFormat = HTML.encodeTags(dateFormat);
5482 10 Nov 10 nicklas 310   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), sample);
7604 25 Feb 19 nicklas 311   ExtensionsInvoker<TabAction> invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
919 12 Jul 05 nicklas 312   %>
6260 27 Mar 13 nicklas 313   <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
6312 28 Aug 13 nicklas 314   <base:head scripts="tabcontrol-2.js,linkitems-2.js,subtypes.js,~samples.js" styles="tabcontrol.css">
5482 10 Nov 10 nicklas 315     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
5482 10 Nov 10 nicklas 316     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
6312 28 Aug 13 nicklas 317   </base:head>
6312 28 Aug 13 nicklas 318   <base:body>
6312 28 Aug 13 nicklas 319     <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
6312 28 Aug 13 nicklas 320     <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="sample">
6312 28 Aug 13 nicklas 321     <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
4729 14 Jan 09 martin 322
6312 28 Aug 13 nicklas 323     <div id="page-data" class="datacontainer"
6312 28 Aug 13 nicklas 324       data-sampling-protocoltype-id="<%=SystemItems.getId(Protocol.SAMPLING)%>"
6993 03 Nov 15 nicklas 325       data-sampling-kittype-id="<%=SystemItems.getId(Kit.SAMPLING)%>"
6312 28 Aug 13 nicklas 326       data-sample-type="<%=Item.SAMPLE.getValue()%>"
4729 14 Jan 09 martin 327       <%
6312 28 Aug 13 nicklas 328       if (jsonBioWell != null)
4729 14 Jan 09 martin 329       {
4729 14 Jan 09 martin 330         %>
6312 28 Aug 13 nicklas 331         data-biowell="<%=HTML.encodeTags(jsonBioWell.toJSONString()) %>"
919 12 Jul 05 nicklas 332         <%
919 12 Jul 05 nicklas 333       }
919 12 Jul 05 nicklas 334       %>
6260 27 Mar 13 nicklas 335     ></div>
6260 27 Mar 13 nicklas 336
5913 15 Dec 11 nicklas 337     <t:tabcontrol id="settings"
5913 15 Dec 11 nicklas 338       subclass="content dialogtabcontrol" 
6312 28 Aug 13 nicklas 339       position="bottom" remember="<%=sample != null%>" 
5482 10 Nov 10 nicklas 340       extensions="<%=invoker%>">
6260 27 Mar 13 nicklas 341     <t:tab id="info" title="Sample" helpid="sample.edit">
5913 15 Dec 11 nicklas 342       <table class="fullform input100">
919 12 Jul 05 nicklas 343       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 344         <th>Name</th>
6260 27 Mar 13 nicklas 345         <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="<%=sample == null ? "focus-select" : "focus" %>"
6260 27 Mar 13 nicklas 346           type="text" name="name" 
2404 21 Jun 06 nicklas 347           value="<%=HTML.encodeTags(name)%>" 
5913 15 Dec 11 nicklas 348           maxlength="<%=Sample.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
5913 15 Dec 11 nicklas 349         <td></td>
919 12 Jul 05 nicklas 350       </tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 351       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 352         <th>Type</th>
5913 15 Dec 11 nicklas 353         <td>
6260 27 Mar 13 nicklas 354           <select name="subtype_id" id="subtype_id"
5686 05 Aug 11 nicklas 355             <%=!readCurrentSubtype ? "disabled readonly class=\"disabled selectionlist\"" : "class=\"selectionlist\""%>
5686 05 Aug 11 nicklas 356             >
5645 27 May 11 nicklas 357           <%
5645 27 May 11 nicklas 358           if (!readCurrentSubtype)
5645 27 May 11 nicklas 359           {
5645 27 May 11 nicklas 360             %>
5645 27 May 11 nicklas 361             <option value="-1">- denied -
5645 27 May 11 nicklas 362             <%
5645 27 May 11 nicklas 363           }
5645 27 May 11 nicklas 364           else
5645 27 May 11 nicklas 365           {
5645 27 May 11 nicklas 366             %>
5645 27 May 11 nicklas 367             <option value="0">-none-
5645 27 May 11 nicklas 368             <%
5686 05 Aug 11 nicklas 369             int currentSubtypeId = currentSubtype == null ? 0 : currentSubtype.getId();
5645 27 May 11 nicklas 370             for (ItemSubtype subtype : subtypesQuery.list(dc))
5645 27 May 11 nicklas 371             {
5645 27 May 11 nicklas 372               int id = subtype.getId();
5645 27 May 11 nicklas 373               if (id != currentSubtypeId && subtype.isRemoved()) continue;
5645 27 May 11 nicklas 374               %>
5645 27 May 11 nicklas 375               <option value="<%=id == currentSubtypeId && sample != null ? -id : id%>" 
5645 27 May 11 nicklas 376                 <%=id == currentSubtypeId ? "selected" : ""%>
5645 27 May 11 nicklas 377                 title="<%=HTML.encodeTags(subtype.getDescription()) %>"
5645 27 May 11 nicklas 378                 ><%=HTML.encodeTags(subtype.getName())%>
5645 27 May 11 nicklas 379               <%
5645 27 May 11 nicklas 380             }
5645 27 May 11 nicklas 381           }
5645 27 May 11 nicklas 382           %>
5645 27 May 11 nicklas 383           </select>
5645 27 May 11 nicklas 384         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 385         <td></td>
5645 27 May 11 nicklas 386       </tr>
919 12 Jul 05 nicklas 387       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 388         <th>External ID</th>
6217 14 Dec 12 nicklas 389         <td><input class="text" type="text" name="external_id" 
1872 31 Jan 06 nicklas 390           value="<%=HTML.encodeTags(sample == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("externalId"), "") : sample.getExternalId())%>" 
5913 15 Dec 11 nicklas 391           maxlength="<%=Sample.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
5913 15 Dec 11 nicklas 392         <td></td>
919 12 Jul 05 nicklas 393       </tr>
919 12 Jul 05 nicklas 394       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 395         <th>Original quantity</th>
6312 28 Aug 13 nicklas 396         <td><input class="text" type="text" name="original_quantity" id="original_quantity" style="width: 15em;"
2571 22 Aug 06 nicklas 397           value="<%=Values.formatNumber(sample == null ? Values.getFloat(cc.getPropertyValue("originalQuantity"), null): sample.getOriginalQuantity(), -1)%>" size="12" 
6312 28 Aug 13 nicklas 398           maxlength="10"> (µg)</td>
5913 15 Dec 11 nicklas 399         <td></td>
919 12 Jul 05 nicklas 400       </tr>
921 12 Jul 05 nicklas 401       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 402         <th>Created</th>
921 12 Jul 05 nicklas 403         <td>
5913 15 Dec 11 nicklas 404           <table>
921 12 Jul 05 nicklas 405           <tr>
921 12 Jul 05 nicklas 406           <td>
6217 14 Dec 12 nicklas 407             <input class="text" style="width: 15em;" type="text" name="event_date" id="event_date"
6216 14 Dec 12 nicklas 408               <%=lockEventProperties ? "disabled" : ""%>
4232 17 Apr 08 nicklas 409               value="<%=HTML.encodeTags(dateFormatter.format(eventDate))%>" 
5913 15 Dec 11 nicklas 410               maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
921 12 Jul 05 nicklas 411           </td>
921 12 Jul 05 nicklas 412           <td>
6216 14 Dec 12 nicklas 413             <base:calendar textarea="event_date" title="Created" 
6216 14 Dec 12 nicklas 414               disabled="<%=lockEventProperties%>"
6216 14 Dec 12 nicklas 415             />
921 12 Jul 05 nicklas 416           </td>
921 12 Jul 05 nicklas 417           </tr>
921 12 Jul 05 nicklas 418           </table>
921 12 Jul 05 nicklas 419         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 420         <td></td>
921 12 Jul 05 nicklas 421       </tr>
921 12 Jul 05 nicklas 422       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 423         <th>Registered</th>
2942 22 Nov 06 nicklas 424         <td><%=dateFormatter.format(creationEvent == null ? new Date() : creationEvent.getEntryDate())%></td>
5913 15 Dec 11 nicklas 425         <td></td>
927 13 Jul 05 nicklas 426       </tr>
927 13 Jul 05 nicklas 427       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 428         <th>Protocol</th>
921 12 Jul 05 nicklas 429         <td>
2597 25 Aug 06 nicklas 430           <base:select 
2597 25 Aug 06 nicklas 431             id="protocol_id"
2597 25 Aug 06 nicklas 432             clazz="selectionlist"
2597 25 Aug 06 nicklas 433             required="false"
2597 25 Aug 06 nicklas 434             current="<%=currentProtocol%>"
2597 25 Aug 06 nicklas 435             denied="<%=!readCurrentProtocol%>"
2597 25 Aug 06 nicklas 436             recent="<%=recentProtocols%>"
5687 09 Aug 11 nicklas 437             defaultitems="<%=defaultProtocols%>"
2597 25 Aug 06 nicklas 438             newitem="<%=sample == null%>"
5383 10 Aug 10 nicklas 439             disabled="<%=lockEventProperties %>"
2597 25 Aug 06 nicklas 440           />
921 12 Jul 05 nicklas 441         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 442         <td></td>
921 12 Jul 05 nicklas 443       </tr>
4729 14 Jan 09 martin 444       <tr>
6993 03 Nov 15 nicklas 445         <th>Kit</th>
6993 03 Nov 15 nicklas 446         <td>
6993 03 Nov 15 nicklas 447           <base:select 
6993 03 Nov 15 nicklas 448             id="kit_id"
6993 03 Nov 15 nicklas 449             clazz="selectionlist"
6993 03 Nov 15 nicklas 450             required="false"
6993 03 Nov 15 nicklas 451             current="<%=currentKit%>"
6993 03 Nov 15 nicklas 452             denied="<%=!readCurrentKit%>"
6993 03 Nov 15 nicklas 453             recent="<%=recentKits%>"
6993 03 Nov 15 nicklas 454             newitem="<%=sample == null%>"
6993 03 Nov 15 nicklas 455             disabled="<%=lockEventProperties %>"
6993 03 Nov 15 nicklas 456           />
6993 03 Nov 15 nicklas 457         </td>
6993 03 Nov 15 nicklas 458         <td></td>
6993 03 Nov 15 nicklas 459       </tr>
6993 03 Nov 15 nicklas 460       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 461         <th>Bioplate</th>
4729 14 Jan 09 martin 462         <td>
4729 14 Jan 09 martin 463           <base:select 
4729 14 Jan 09 martin 464             id="bioplate_id"
4729 14 Jan 09 martin 465             clazz="selectionlist"
4729 14 Jan 09 martin 466             required="false"
4729 14 Jan 09 martin 467             current="<%=currentBioPlate%>"
4729 14 Jan 09 martin 468             denied="<%=!readCurrentBioPlate%>"
4729 14 Jan 09 martin 469             recent="<%=recentBioPlates%>"
4729 14 Jan 09 martin 470             newitem="<%=sample == null%>"
5262 08 Mar 10 nicklas 471             disabled="<%=lockedWell%>"
4729 14 Jan 09 martin 472           />
4729 14 Jan 09 martin 473         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 474         <td></td>
4729 14 Jan 09 martin 475       </tr>
4729 14 Jan 09 martin 476       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 477         <th class="subprompt">- well</th>
4729 14 Jan 09 martin 478         <td>
4729 14 Jan 09 martin 479           <base:select 
4729 14 Jan 09 martin 480             id="biowell_id"
4729 14 Jan 09 martin 481             clazz="selectionlist"
4729 14 Jan 09 martin 482             required="false"            
4729 14 Jan 09 martin 483             current="<%=null %>"
4729 14 Jan 09 martin 484             denied="<%=!readCurrentBioWell%>"
4729 14 Jan 09 martin 485             newitem="<%=sample == null%>"
5262 08 Mar 10 nicklas 486             disabled="<%=lockedWell%>"
4729 14 Jan 09 martin 487           />
4729 14 Jan 09 martin 488         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 489         <td></td>
4729 14 Jan 09 martin 490       </tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 491       <tr class="dynamic">
5913 15 Dec 11 nicklas 492         <th>Description</th>
5913 15 Dec 11 nicklas 493         <td>
6217 14 Dec 12 nicklas 494           <textarea class="text" rows="6" name="description" id="description"
1872 31 Jan 06 nicklas 495             ><%=HTML.encodeTags(sample == null ? cc.getPropertyValue("description") : sample.getDescription())%></textarea>
919 12 Jul 05 nicklas 496         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 497         <td style="width: 20px;">
6215 13 Dec 12 nicklas 498           <base:zoom textarea="description" title="Description" />
5913 15 Dec 11 nicklas 499         </td>
919 12 Jul 05 nicklas 500       </tr>
919 12 Jul 05 nicklas 501       </table>
919 12 Jul 05 nicklas 502     </t:tab>
919 12 Jul 05 nicklas 503     
2421 22 Jun 06 martin 504     <t:tab id="parents" title="Parents" helpid="sample.parents" >
5913 15 Dec 11 nicklas 505       <table class="fullform input100">
928 13 Jul 05 nicklas 506       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 507         <th>Parent type</th>
928 13 Jul 05 nicklas 508         <td>
5663 22 Jun 11 nicklas 509           <input type="radio" name="parentType" id="parentType.biosource" 
6312 28 Aug 13 nicklas 510             value="BIOSOURCE" <%=parentType != Item.SAMPLE ? "checked" : ""%>
5663 22 Jun 11 nicklas 511             ><label for="parentType.biosource">Biosource</label>
5663 22 Jun 11 nicklas 512           <input type="radio" name="parentType" id="parentType.sample" 
6312 28 Aug 13 nicklas 513             value="SAMPLE" <%=parentType == Item.SAMPLE ? "checked" : ""%>
5663 22 Jun 11 nicklas 514             ><label for="parentType.sample">Sample</label>
928 13 Jul 05 nicklas 515         </td>
928 13 Jul 05 nicklas 516       </tr>
928 13 Jul 05 nicklas 517       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 518         <th>Biosource</th>
928 13 Jul 05 nicklas 519         <td>
2597 25 Aug 06 nicklas 520           <base:select 
2597 25 Aug 06 nicklas 521             id="biosource_id"
2597 25 Aug 06 nicklas 522             clazz="selectionlist"
6605 18 Nov 14 nicklas 523             buttonstyle="width: 14em;"
5663 22 Jun 11 nicklas 524             buttonicon="add.png"
5663 22 Jun 11 nicklas 525             buttontitle="Select biosource&hellip;"
6605 18 Nov 14 nicklas 526             buttonclass="leftaligned basicbutton button"
2597 25 Aug 06 nicklas 527             required="false"
2597 25 Aug 06 nicklas 528             current="<%=currentBioSource%>"
2597 25 Aug 06 nicklas 529             denied="<%=!readCurrentBioSource%>"
2597 25 Aug 06 nicklas 530             recent="<%=recentBioSources%>"
2597 25 Aug 06 nicklas 531             selectrecent="false"
2597 25 Aug 06 nicklas 532             newitem="<%=sample == null%>"
2597 25 Aug 06 nicklas 533           />
928 13 Jul 05 nicklas 534         </td>
928 13 Jul 05 nicklas 535       </tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 536       <tr class="big">
5913 15 Dec 11 nicklas 537         <th>Samples</th>
928 13 Jul 05 nicklas 538         <td>
5913 15 Dec 11 nicklas 539           <div class="selectionlist">
5913 15 Dec 11 nicklas 540           <table>
5913 15 Dec 11 nicklas 541           <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 542             <td>
6312 28 Aug 13 nicklas 543             <select name="samples" id="samples"
6312 28 Aug 13 nicklas 544               class="auto-init"
6312 28 Aug 13 nicklas 545               data-auto-init="link-container"
6312 28 Aug 13 nicklas 546               data-initial-items="[<%=HTML.encodeTags(jsonSamples.toJSONString()) %>]"
6312 28 Aug 13 nicklas 547               data-initial-action="<%=sample == null ? 1 : 0 %>"
6312 28 Aug 13 nicklas 548               size="15" multiple>
5913 15 Dec 11 nicklas 549             </select>
5913 15 Dec 11 nicklas 550           </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 551           <td style="vertical-align: top;">
5913 15 Dec 11 nicklas 552             <base:buttongroup vertical="true">
5913 15 Dec 11 nicklas 553               <base:button 
6312 28 Aug 13 nicklas 554                 id="btnAddSamples"
5913 15 Dec 11 nicklas 555                 subclass="leftaligned"
6605 18 Nov 14 nicklas 556                 style="width: 14em;"
5913 15 Dec 11 nicklas 557                 title="Add&nbsp;samples&hellip;" 
5913 15 Dec 11 nicklas 558                 tooltip="Add samples"
6312 28 Aug 13 nicklas 559               />
5913 15 Dec 11 nicklas 560               <base:button 
6312 28 Aug 13 nicklas 561                 subclass="leftaligned auto-init"
6312 28 Aug 13 nicklas 562                 data-auto-init="remove-link"
6312 28 Aug 13 nicklas 563                 data-list-id="samples"
6605 18 Nov 14 nicklas 564                 style="width: 14em;"
5913 15 Dec 11 nicklas 565                 title="Remove" 
5913 15 Dec 11 nicklas 566                 tooltip="Remove the selected samples"
5913 15 Dec 11 nicklas 567               />
5913 15 Dec 11 nicklas 568             </base:buttongroup>
928 13 Jul 05 nicklas 569           </td>
928 13 Jul 05 nicklas 570           </tr>
928 13 Jul 05 nicklas 571           </table>
5913 15 Dec 11 nicklas 572           </div>
928 13 Jul 05 nicklas 573         </td>
928 13 Jul 05 nicklas 574       </tr>
5663 22 Jun 11 nicklas 575       <tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 576         <th class="subprompt">- used quantity</th>
5913 15 Dec 11 nicklas 577         <td>
6312 28 Aug 13 nicklas 578           <input class="text" style="width: 15em;" type="text" 
6312 28 Aug 13 nicklas 579             name="used_quantity" id="used_quantity" value=""
6312 28 Aug 13 nicklas 580              maxlength="10"> (µg)
5663 22 Jun 11 nicklas 581         </td>
5913 15 Dec 11 nicklas 582       </tr>
5913 15 Dec 11 nicklas 583       <tr class="dynamic">
5913 15 Dec 11 nicklas 584         <th></th>
5913 15 Dec 11 nicklas 585         <td></td>
5913 15 Dec 11 nicklas 586       </tr>
928 13 Jul 05 nicklas 587       </table>
927 13 Jul 05 nicklas 588     </t:tab>
949 18 Jul 05 nicklas 589
6260 27 Mar 13 nicklas 590     <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" helpid="annotations.edit">
6246 25 Feb 13 nicklas 591       <jsp:include page="../../common/annotations/annotate_frameset.jsp">
6246 25 Feb 13 nicklas 592         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6246 25 Feb 13 nicklas 593         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6246 25 Feb 13 nicklas 594         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6246 25 Feb 13 nicklas 595       </jsp:include>
6246 25 Feb 13 nicklas 596     </t:tab>
919 12 Jul 05 nicklas 597     
5913 15 Dec 11 nicklas 598     </t:tabcontrol>
5913 15 Dec 11 nicklas 599     </form>
927 13 Jul 05 nicklas 600     
5913 15 Dec 11 nicklas 601     <div class="legend">
5946 03 Feb 12 nicklas 602       <base:icon image="required.png" />= required information
5913 15 Dec 11 nicklas 603     </div>
919 12 Jul 05 nicklas 604
5913 15 Dec 11 nicklas 605     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6260 27 Mar 13 nicklas 606       <base:button id="btnSave" title="Save" />
6260 27 Mar 13 nicklas 607       <base:button id="close" title="Cancel" />
5913 15 Dec 11 nicklas 608     </base:buttongroup>
5913 15 Dec 11 nicklas 609
919 12 Jul 05 nicklas 610   </base:body>
919 12 Jul 05 nicklas 611   </base:page>
919 12 Jul 05 nicklas 612   <%
919 12 Jul 05 nicklas 613 }
919 12 Jul 05 nicklas 614 finally
919 12 Jul 05 nicklas 615 {
919 12 Jul 05 nicklas 616   if (dc != null) dc.close();
919 12 Jul 05 nicklas 617 }
919 12 Jul 05 nicklas 618 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:22 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)