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7768 07 Feb 20 nicklas 67 response.setHeader("Cache-Control", "no-cache, max-age=0");
7768 07 Feb 20 nicklas 68 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
7768 07 Feb 20 nicklas 69 final String ID = sc.getId();
7768 07 Feb 20 nicklas 70 final String cmd = request.getParameter("cmd");
7768 07 Feb 20 nicklas 71 final String root = request.getContextPath()+"/";
7768 07 Feb 20 nicklas 72 final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("itemType"));
7768 07 Feb 20 nicklas 73 DbControl dc = null;
7768 07 Feb 20 nicklas 74 out.clear();
7768 07 Feb 20 nicklas 75 JSONObject json = new JSONObject();
7768 07 Feb 20 nicklas 76 json.put("status", "ok");
7768 07 Feb 20 nicklas 77 try
7768 07 Feb 20 nicklas 78 {
7768 07 Feb 20 nicklas 79   if ("GetSubtypesAndAnnotationTypes".equals(cmd))
7768 07 Feb 20 nicklas 80   {
7954 12 May 21 nicklas 81     dc = sc.newDbControl(":Get subtypes and annotation types");
8083 20 Oct 22 nicklas 82     
8083 20 Oct 22 nicklas 83     Item sourceItemType = Item.valueOf(request.getParameter("sourceItemType"));
8083 20 Oct 22 nicklas 84     String direction = Values.getString(request.getParameter("direction"), "PARENT");
7768 07 Feb 20 nicklas 85
8083 20 Oct 22 nicklas 86     JSONArray jsonAllowedChildTypes = new JSONArray();
8083 20 Oct 22 nicklas 87     json.put("childTypes", jsonAllowedChildTypes);
8083 20 Oct 22 nicklas 88     if ("PARENT".equals(direction))
8083 20 Oct 22 nicklas 89     {
8083 20 Oct 22 nicklas 90       SourceItemTransformerFactory factory = ListableUtil.getTransformerFactory(itemType);
8083 20 Oct 22 nicklas 91       List<Item> allowedChildItems = factory.getSupportedSourceItems(SourceItemTransform.CHILD_TO_PARENT);
8083 20 Oct 22 nicklas 92       for (Item childType : allowedChildItems)
8083 20 Oct 22 nicklas 93       {
8083 20 Oct 22 nicklas 94         JSONObject jsonCt = new JSONObject();
8083 20 Oct 22 nicklas 95         jsonCt.put("id", childType.name());
8083 20 Oct 22 nicklas 96         jsonCt.put("name", childType.toString());
8083 20 Oct 22 nicklas 97         jsonAllowedChildTypes.add(jsonCt);
8083 20 Oct 22 nicklas 98       }
8083 20 Oct 22 nicklas 99     }
8083 20 Oct 22 nicklas 100     
7768 07 Feb 20 nicklas 101     JSONArray jsonSubtypes = new JSONArray();
7843 02 Sep 20 nicklas 102     json.put("subtypes", jsonSubtypes);
7843 02 Sep 20 nicklas 103     
7843 02 Sep 20 nicklas 104     if (itemType == Item.RAWBIOASSAY)
7768 07 Feb 20 nicklas 105     {
7843 02 Sep 20 nicklas 106       for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
7843 02 Sep 20 nicklas 107       {
7843 02 Sep 20 nicklas 108         JSONObject jsonSt = new JSONObject();
7843 02 Sep 20 nicklas 109         jsonSt.put("id", rdt.getId());
7843 02 Sep 20 nicklas 110         jsonSt.put("name", rdt.getName());
7843 02 Sep 20 nicklas 111         jsonSubtypes.add(jsonSt);
7843 02 Sep 20 nicklas 112       }
7768 07 Feb 20 nicklas 113     }
7843 02 Sep 20 nicklas 114     else
7843 02 Sep 20 nicklas 115     {
7843 02 Sep 20 nicklas 116       ItemQuery<ItemSubtype> subtypeQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
7843 02 Sep 20 nicklas 117       for (ItemSubtype st : subtypeQuery.list(dc))
7843 02 Sep 20 nicklas 118       {
7843 02 Sep 20 nicklas 119         JSONObject jsonSt = new JSONObject();
7843 02 Sep 20 nicklas 120         jsonSt.put("id", st.getId());
7843 02 Sep 20 nicklas 121         jsonSt.put("name", st.getName());
7843 02 Sep 20 nicklas 122         jsonSubtypes.add(jsonSt);
7843 02 Sep 20 nicklas 123       }
7843 02 Sep 20 nicklas 124     }
7768 07 Feb 20 nicklas 125     
7768 07 Feb 20 nicklas 126     ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
7768 07 Feb 20 nicklas 127     JSONArray jsonAnnotationTypes = new JSONArray();
7768 07 Feb 20 nicklas 128     for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
7768 07 Feb 20 nicklas 129     {
7768 07 Feb 20 nicklas 130       JSONObject jsonAt = new JSONObject();
7768 07 Feb 20 nicklas 131       jsonAt.put("id", at.getId());
7768 07 Feb 20 nicklas 132       jsonAt.put("name", at.getName());
7768 07 Feb 20 nicklas 133       jsonAnnotationTypes.add(jsonAt);
7768 07 Feb 20 nicklas 134     }
7768 07 Feb 20 nicklas 135     json.put("annotationTypes", jsonAnnotationTypes);
7768 07 Feb 20 nicklas 136     
8083 20 Oct 22 nicklas 137     Specification spec = Specification.parse(sourceItemType, "/"+direction+"/"+itemType.name()+"/*/*");
8083 20 Oct 22 nicklas 138     GuiContext guiContext = GuiContext.list(itemType, RelatedItemExtensionColumn.SUBCONTEXT);
8083 20 Oct 22 nicklas 139     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, spec);
8083 20 Oct 22 nicklas 140     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BasicItem,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
8083 20 Oct 22 nicklas 141     ActionIterator<ListColumnAction<BasicItem,?>> it = columnsInvoker.iterate();
8083 20 Oct 22 nicklas 142     JSONArray jsonExtensions = new JSONArray();
8083 20 Oct 22 nicklas 143     while (it.hasNext())
8083 20 Oct 22 nicklas 144     {
8083 20 Oct 22 nicklas 145       ListColumnAction<BasicItem,?> col = it.next();
8083 20 Oct 22 nicklas 146       JSONObject jsonXt = new JSONObject();
8083 20 Oct 22 nicklas 147       jsonXt.put("id", it.getExtension().getId());
8083 20 Oct 22 nicklas 148       jsonXt.put("columnId", col.getId());
8083 20 Oct 22 nicklas 149       jsonXt.put("name", HTML.stripMarkup(col.getTitle()));
8083 20 Oct 22 nicklas 150       jsonXt.put("nameHTML", col.getTitle());
8083 20 Oct 22 nicklas 151       jsonXt.put("tooltip", col.getTooltip());
8083 20 Oct 22 nicklas 152       jsonExtensions.add(jsonXt);
8083 20 Oct 22 nicklas 153     }
8083 20 Oct 22 nicklas 154     json.put("extensionColumns", jsonExtensions);
7768 07 Feb 20 nicklas 155   }
7773 17 Feb 20 nicklas 156   else if ("GetAnnotationTypesForCategory".equals(cmd))
7773 17 Feb 20 nicklas 157   {
7954 12 May 21 nicklas 158     dc = sc.newDbControl(":Get annotation types");
7773 17 Feb 20 nicklas 159     String category = Values.getStringOrNull(request.getParameter("category"));
7773 17 Feb 20 nicklas 160     JSONArray jsonAnnotationTypes = new JSONArray();
7773 17 Feb 20 nicklas 161     if (category != null)
7773 17 Feb 20 nicklas 162     {
7773 17 Feb 20 nicklas 163       ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
7773 17 Feb 20 nicklas 164       annotationTypeQuery.join(Hql.innerJoin("categories", "c"));
7773 17 Feb 20 nicklas 165       annotationTypeQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("c", "name"), Expressions.string(category)));
7773 17 Feb 20 nicklas 166       for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
7773 17 Feb 20 nicklas 167       {
7773 17 Feb 20 nicklas 168         JSONObject jsonAt = new JSONObject();
7773 17 Feb 20 nicklas 169         jsonAt.put("id", at.getId());
7773 17 Feb 20 nicklas 170         jsonAt.put("name", at.getName());
7773 17 Feb 20 nicklas 171         jsonAnnotationTypes.add(jsonAt);
7773 17 Feb 20 nicklas 172       }
7773 17 Feb 20 nicklas 173     }
8083 20 Oct 22 nicklas 174     
7773 17 Feb 20 nicklas 175     json.put("annotationTypesCategory", jsonAnnotationTypes);
7773 17 Feb 20 nicklas 176   }
7840 31 Aug 20 nicklas 177   else if ("GetLazyItemColumns".equals(cmd))
7768 07 Feb 20 nicklas 178   {
8083 20 Oct 22 nicklas 179     String subContext = Values.getString(request.getParameter("subcontext"));
7768 07 Feb 20 nicklas 180     GuiContext guiContext = GuiContext.list(itemType, subContext);
8083 20 Oct 22 nicklas 181     ItemContext cc = sc.getCurrentContext(itemType, subContext);
7768 07 Feb 20 nicklas 182     Integer[] items = Values.getInt(request.getParameter("items").split(","));
8083 20 Oct 22 nicklas 183     int remaining = Values.getInt(request.getParameter("remaining"), -1);
7954 12 May 21 nicklas 184     dc = sc.newDbControl(":Get lazy columns");
7768 07 Feb 20 nicklas 185     
7768 07 Feb 20 nicklas 186     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
8083 20 Oct 22 nicklas 187     jspContext.loadAttributes(cc, "lazy-related-items-attributes");
8083 20 Oct 22 nicklas 188     if (remaining == 0) cc.removeObject("lazy-related-items-attributes");
8083 20 Oct 22 nicklas 189     
7768 07 Feb 20 nicklas 190     jspContext.setAttribute("lazy-loading", false);
7794 03 Mar 20 nicklas 191     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BasicItem, ?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7840 31 Aug 20 nicklas 192     List<ListColumnAction<BasicItem, ?>> columnActions = new ArrayList<>();
7840 31 Aug 20 nicklas 193     columnsInvoker.forEach(columnActions::add);
7768 07 Feb 20 nicklas 194     
7768 07 Feb 20 nicklas 195     JSONArray jsonLazy = new JSONArray();
7768 07 Feb 20 nicklas 196     int index = 0;
7768 07 Feb 20 nicklas 197     for (Integer id : items)
7768 07 Feb 20 nicklas 198     {
7794 03 Mar 20 nicklas 199       BasicItem item = itemType.getById(dc, id);
7768 07 Feb 20 nicklas 200       JSONObject jsonItem = new JSONObject();
7768 07 Feb 20 nicklas 201       JSONArray jsonCols = new JSONArray();
7768 07 Feb 20 nicklas 202       jsonItem.put("id", id);
7768 07 Feb 20 nicklas 203       jsonItem.put("data", jsonCols);
7840 31 Aug 20 nicklas 204
7840 31 Aug 20 nicklas 205       for (ListColumnAction<BasicItem, ?> col : columnActions)
7768 07 Feb 20 nicklas 206       {
7768 07 Feb 20 nicklas 207         if (col.getId().startsWith("/"))
7768 07 Feb 20 nicklas 208         {
7794 03 Mar 20 nicklas 209           @SuppressWarnings("unchecked")
7794 03 Mar 20 nicklas 210           Formatter<Object> f = (Formatter<Object>)col.getFormatter();
8083 20 Oct 22 nicklas 211           if (f == null) f = new ToStringFormatter<>();
7794 03 Mar 20 nicklas 212           jsonCols.add(f.format(col.getValue(dc, item)));
7768 07 Feb 20 nicklas 213         }
7768 07 Feb 20 nicklas 214       }
7768 07 Feb 20 nicklas 215       jsonLazy.add(jsonItem);
7768 07 Feb 20 nicklas 216     }
7768 07 Feb 20 nicklas 217     json.put("items", jsonLazy);
7768 07 Feb 20 nicklas 218   }
7852 16 Oct 20 nicklas 219   else if ("AddRecentlyUsedLinkTargetType".equals(cmd))
7852 16 Oct 20 nicklas 220   {
7852 16 Oct 20 nicklas 221     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, Item.ANYTOANY, null, null);
7852 16 Oct 20 nicklas 222     cc.setRecent("toTypes", itemType.name(), Base.getMaxRecent(sc));
7852 16 Oct 20 nicklas 223   }
7768 07 Feb 20 nicklas 224   else
7768 07 Feb 20 nicklas 225   {
7768 07 Feb 20 nicklas 226     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
7768 07 Feb 20 nicklas 227   }
7768 07 Feb 20 nicklas 228 }
7768 07 Feb 20 nicklas 229 catch (Throwable t)
7768 07 Feb 20 nicklas 230 {
7768 07 Feb 20 nicklas 231   t.printStackTrace();
7768 07 Feb 20 nicklas 232   json.clear();
7768 07 Feb 20 nicklas 233   json.put("status", "error");
7768 07 Feb 20 nicklas 234   json.put("message", t.getMessage());
7768 07 Feb 20 nicklas 235   json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
7768 07 Feb 20 nicklas 236 }
7768 07 Feb 20 nicklas 237 finally
7768 07 Feb 20 nicklas 238 {
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