www/common/expression_builder_ajax.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6314 02 Sep 13 nicklas 1 <%-- $Id $
6314 02 Sep 13 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
6314 02 Sep 13 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
6314 02 Sep 13 nicklas 4
6314 02 Sep 13 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6314 02 Sep 13 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
6314 02 Sep 13 nicklas 7
6314 02 Sep 13 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
6314 02 Sep 13 nicklas 9   under the terms of the GNU General Public License as published by
6314 02 Sep 13 nicklas 10   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
6314 02 Sep 13 nicklas 11   (at your option) any later version.
6314 02 Sep 13 nicklas 12
6314 02 Sep 13 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
6314 02 Sep 13 nicklas 14   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6314 02 Sep 13 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
6314 02 Sep 13 nicklas 16   General Public License for more details.
6314 02 Sep 13 nicklas 17
6314 02 Sep 13 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
6314 02 Sep 13 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6314 02 Sep 13 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
6314 02 Sep 13 nicklas 21
6314 02 Sep 13 nicklas 22   @author Nicklas
6314 02 Sep 13 nicklas 23 --%>
6314 02 Sep 13 nicklas 24 <%@page %>
6314 02 Sep 13 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" contentType="application/json" 
6314 02 Sep 13 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
6314 02 Sep 13 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6314 02 Sep 13 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
6314 02 Sep 13 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
6314 02 Sep 13 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.VirtualDb"
6314 02 Sep 13 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.ReporterCloneTemplate"
6314 02 Sep 13 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
6314 02 Sep 13 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
6314 02 Sep 13 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.RawDataProperty"
6314 02 Sep 13 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
6314 02 Sep 13 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
6314 02 Sep 13 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Formula"
6314 02 Sep 13 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"
6314 02 Sep 13 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.ClonableProperty"
6314 02 Sep 13 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ReporterList"
6314 02 Sep 13 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
6314 02 Sep 13 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Include"
6314 02 Sep 13 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
6314 02 Sep 13 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
6314 02 Sep 13 nicklas 45   import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
6314 02 Sep 13 nicklas 46   import="net.sf.basedb.util.jep.Jep"
6314 02 Sep 13 nicklas 47   import="net.sf.basedb.util.jep.SimpleJepFunction"
6314 02 Sep 13 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.jep.JepFunction"
6314 02 Sep 13 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
6314 02 Sep 13 nicklas 50   import="net.sf.basedb.util.Values"
6314 02 Sep 13 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
6314 02 Sep 13 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.DynamicUtil"
6314 02 Sep 13 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.taglib.table.TableColumn"
6314 02 Sep 13 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil"
6314 02 Sep 13 nicklas 55   import="java.util.Stack"
6314 02 Sep 13 nicklas 56   import="java.util.List"
6314 02 Sep 13 nicklas 57   import="java.util.LinkedList"
6314 02 Sep 13 nicklas 58   import="java.util.HashSet"
6314 02 Sep 13 nicklas 59   import="java.util.Set"
6314 02 Sep 13 nicklas 60   import="java.util.Arrays"
6314 02 Sep 13 nicklas 61   import="org.json.simple.JSONObject"
6314 02 Sep 13 nicklas 62   import="org.nfunk.jep.JEP"
6314 02 Sep 13 nicklas 63   import="org.nfunk.jep.ParseException"
6314 02 Sep 13 nicklas 64 %>
6314 02 Sep 13 nicklas 65 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6314 02 Sep 13 nicklas 66 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
6314 02 Sep 13 nicklas 67 <%!
6314 02 Sep 13 nicklas 68
6314 02 Sep 13 nicklas 69   private static Set<String> staticRawProperties = 
6314 02 Sep 13 nicklas 70     new HashSet<String>(Arrays.asList("position", "block", "metaGridX", "metaGridY", 
6314 02 Sep 13 nicklas 71       "row", "column", "x", "y"));
6314 02 Sep 13 nicklas 72
6314 02 Sep 13 nicklas 73   private static void checkRawProperty(String functionName, Object property, RawDataType rawDataType)
6314 02 Sep 13 nicklas 74     throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 75   {
6314 02 Sep 13 nicklas 76     if (property == null)
6314 02 Sep 13 nicklas 77     {
6314 02 Sep 13 nicklas 78       throw new ParseException("Function " + functionName + " requires a single parameter");
6314 02 Sep 13 nicklas 79     }
6314 02 Sep 13 nicklas 80     if (rawDataType == null)
6314 02 Sep 13 nicklas 81     {
6314 02 Sep 13 nicklas 82       throw new ParseException("Cannot use function " + functionName + ". No raw data type selected.");
6314 02 Sep 13 nicklas 83     }
6314 02 Sep 13 nicklas 84     RawDataProperty rp = rawDataType.getProperty(property.toString());
6314 02 Sep 13 nicklas 85     if (rp == null && !staticRawProperties.contains(property))
6314 02 Sep 13 nicklas 86     {
6314 02 Sep 13 nicklas 87       throw new ParseException("Property '"+property+"' not found for raw data type '" + rawDataType.getName() + "'.");
6314 02 Sep 13 nicklas 88     }
6314 02 Sep 13 nicklas 89   }
6314 02 Sep 13 nicklas 90
6314 02 Sep 13 nicklas 91   private static void checkChannel(String functionName, Object channel, int numChannels)
6314 02 Sep 13 nicklas 92     throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 93   {
6314 02 Sep 13 nicklas 94     if (channel == null)
6314 02 Sep 13 nicklas 95     {
6314 02 Sep 13 nicklas 96       throw new ParseException("Function " + functionName + " requires a single parameter");
6314 02 Sep 13 nicklas 97     }
6314 02 Sep 13 nicklas 98     int channelNum = channel instanceof Number ? ((Number)channel).intValue() : 0;
6314 02 Sep 13 nicklas 99     if (channelNum <= 0 || channelNum > numChannels) 
6314 02 Sep 13 nicklas 100     {
6314 02 Sep 13 nicklas 101       throw new ParseException("Invalid channel: " + channel + "; must be between 1 and "+ numChannels);
6314 02 Sep 13 nicklas 102     }
6314 02 Sep 13 nicklas 103   }
6314 02 Sep 13 nicklas 104 %>
6314 02 Sep 13 nicklas 105 <%
6314 02 Sep 13 nicklas 106   final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
6314 02 Sep 13 nicklas 107   final Formula.Type formulaType = Formula.Type.valueOf(request.getParameter("formulatype"));
6314 02 Sep 13 nicklas 108   final RawDataType rawDataType = RawDataTypes.getRawDataType(request.getParameter("rawdatatype"));
6314 02 Sep 13 nicklas 109   int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"), -1);
6314 02 Sep 13 nicklas 110   boolean restrictions = Values.getBoolean(request.getParameter("restrictions"));
6314 02 Sep 13 nicklas 111   final int channels = Values.getInt(request.getParameter("channels"));
6314 02 Sep 13 nicklas 112   final String expression = request.getParameter("expression");
6314 02 Sep 13 nicklas 113   
6314 02 Sep 13 nicklas 114   JSONObject json = new JSONObject();
6314 02 Sep 13 nicklas 115   json.put("status", "ok");
6314 02 Sep 13 nicklas 116   DbControl dc = null;
6314 02 Sep 13 nicklas 117   
6314 02 Sep 13 nicklas 118   
6314 02 Sep 13 nicklas 119   JepFunction raw = new SimpleJepFunction("raw", 1)
6314 02 Sep 13 nicklas 120   {
7605 26 Feb 19 nicklas 121     @SuppressWarnings({ "unchecked", "rawtypes" })
6314 02 Sep 13 nicklas 122     @Override
6314 02 Sep 13 nicklas 123     public void run(Stack stack)
6314 02 Sep 13 nicklas 124       throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 125     {
6314 02 Sep 13 nicklas 126       Object property = stack.pop();
6314 02 Sep 13 nicklas 127       checkRawProperty(getFunctionName(), property, rawDataType);
6314 02 Sep 13 nicklas 128       stack.push(Math.random()*100);
6314 02 Sep 13 nicklas 129     }
6314 02 Sep 13 nicklas 130   };
6314 02 Sep 13 nicklas 131   
6314 02 Sep 13 nicklas 132   JepFunction mean = new SimpleJepFunction("mean", 1)
6314 02 Sep 13 nicklas 133   {
7605 26 Feb 19 nicklas 134     @SuppressWarnings({ "unchecked", "rawtypes" })
6314 02 Sep 13 nicklas 135     @Override
6314 02 Sep 13 nicklas 136     public void run(Stack stack)
6314 02 Sep 13 nicklas 137       throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 138     {
6314 02 Sep 13 nicklas 139       Object property = stack.pop();
6314 02 Sep 13 nicklas 140       checkRawProperty(getFunctionName(), property, rawDataType);
6314 02 Sep 13 nicklas 141       stack.push(Math.random()*100);
6314 02 Sep 13 nicklas 142     }
6314 02 Sep 13 nicklas 143   };
6314 02 Sep 13 nicklas 144   
6314 02 Sep 13 nicklas 145   JepFunction ch = new SimpleJepFunction("ch", 1)
6314 02 Sep 13 nicklas 146   {
7605 26 Feb 19 nicklas 147     @SuppressWarnings({ "unchecked", "rawtypes" })
6314 02 Sep 13 nicklas 148     @Override
6314 02 Sep 13 nicklas 149     public void run(Stack stack)
6314 02 Sep 13 nicklas 150       throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 151     {
6314 02 Sep 13 nicklas 152       Object channel = stack.pop();
6314 02 Sep 13 nicklas 153       checkChannel(getFunctionName(), channel, channels);
6314 02 Sep 13 nicklas 154       stack.push(Math.random()*100);
6314 02 Sep 13 nicklas 155     }
6314 02 Sep 13 nicklas 156   };
6314 02 Sep 13 nicklas 157   
6314 02 Sep 13 nicklas 158   JepFunction rawCh = new SimpleJepFunction("rawCh", 1)
6314 02 Sep 13 nicklas 159   {
7605 26 Feb 19 nicklas 160     @SuppressWarnings({ "unchecked", "rawtypes" })
6314 02 Sep 13 nicklas 161     @Override
6314 02 Sep 13 nicklas 162     public void run(Stack stack)
6314 02 Sep 13 nicklas 163       throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 164     {
6314 02 Sep 13 nicklas 165       Object channel = stack.pop();
6314 02 Sep 13 nicklas 166       checkChannel(getFunctionName(), channel, channels);
6314 02 Sep 13 nicklas 167       stack.push(Math.random()*100);
6314 02 Sep 13 nicklas 168     }
6314 02 Sep 13 nicklas 169   };
6314 02 Sep 13 nicklas 170   
6314 02 Sep 13 nicklas 171   if (formulaType == Formula.Type.INTENSITY_EXPRESSION) 
6314 02 Sep 13 nicklas 172   {
6314 02 Sep 13 nicklas 173     ch = null;
6314 02 Sep 13 nicklas 174     rawCh = null;
6314 02 Sep 13 nicklas 175   }
6314 02 Sep 13 nicklas 176   
6314 02 Sep 13 nicklas 177   JepFunction pos = new SimpleJepFunction("pos", 0)
6314 02 Sep 13 nicklas 178   {
7605 26 Feb 19 nicklas 179     @SuppressWarnings({ "unchecked", "rawtypes" })
6314 02 Sep 13 nicklas 180     @Override
6314 02 Sep 13 nicklas 181     public void run(Stack stack)
6314 02 Sep 13 nicklas 182       throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 183     {
6314 02 Sep 13 nicklas 184       stack.push((int)(Math.random()*1000));
6314 02 Sep 13 nicklas 185     }
6314 02 Sep 13 nicklas 186   };
6314 02 Sep 13 nicklas 187   
6314 02 Sep 13 nicklas 188   JepFunction rep = new SimpleJepFunction("rep", 1)
6314 02 Sep 13 nicklas 189   {
7605 26 Feb 19 nicklas 190     @SuppressWarnings({ "unchecked", "rawtypes" })
6314 02 Sep 13 nicklas 191     @Override
6314 02 Sep 13 nicklas 192     public void run(Stack stack)
6314 02 Sep 13 nicklas 193       throws ParseException
6314 02 Sep 13 nicklas 194     {
6314 02 Sep 13 nicklas 195       Object property = stack.pop();
6314 02 Sep 13 nicklas 196       if (property == null)
6314 02 Sep 13 nicklas 197       {
6314 02 Sep 13 nicklas 198         throw new ParseException("Function rep() requires a single parameter");
6314 02 Sep 13 nicklas 199       }
6314 02 Sep 13 nicklas 200       ClonableProperty cp = null;
6314 02 Sep 13 nicklas 201       try
6314 02 Sep 13 nicklas 202       {
6314 02 Sep 13 nicklas 203         cp = ClonableProperty.create(property.toString());
6314 02 Sep 13 nicklas 204       }
6314 02 Sep 13 nicklas 205       catch (RuntimeException ex)
6314 02 Sep 13 nicklas 206       {}
6314 02 Sep 13 nicklas 207       if (cp == null)
6314 02 Sep 13 nicklas 208       {
6314 02 Sep 13 nicklas 209         throw new ParseException("Property '"+property+"' not found for reporter.");
6314 02 Sep 13 nicklas 210       }
6314 02 Sep 13 nicklas 211
6314 02 Sep 13 nicklas 212       stack.push(Math.random()*100);
6314 02 Sep 13 nicklas 213     }
6314 02 Sep 13 nicklas 214   };
6314 02 Sep 13 nicklas 215   
6314 02 Sep 13 nicklas 216   JepFunction score = new SimpleJepFunction("score", 1);
6314 02 Sep 13 nicklas 217   JepFunction xtra = new SimpleJepFunction("xtra", 1);
6314 02 Sep 13 nicklas 218
6314 02 Sep 13 nicklas 219   try
6314 02 Sep 13 nicklas 220   {
6314 02 Sep 13 nicklas 221     JEP jep = Jep.newJep(expression, raw, mean, ch, rawCh, pos, rep, score, xtra);
6314 02 Sep 13 nicklas 222     if (jep.getSymbolTable().containsKey("null"))
6314 02 Sep 13 nicklas 223     {
6314 02 Sep 13 nicklas 224       jep.setVarValue("null", 0);
6314 02 Sep 13 nicklas 225     }
6314 02 Sep 13 nicklas 226     json.put("value", jep.getValueAsObject());
6314 02 Sep 13 nicklas 227     /*
6314 02 Sep 13 nicklas 228     if (jep.hasError())
6314 02 Sep 13 nicklas 229     {
6314 02 Sep 13 nicklas 230       throw new ParseException(jep.getErrorInfo());
6314 02 Sep 13 nicklas 231     }
6314 02 Sep 13 nicklas 232     */
6314 02 Sep 13 nicklas 233   }
6314 02 Sep 13 nicklas 234   catch (Throwable t)
6314 02 Sep 13 nicklas 235   {
6314 02 Sep 13 nicklas 236     t.printStackTrace();
6314 02 Sep 13 nicklas 237     json.clear();
6314 02 Sep 13 nicklas 238     json.put("status", "error");
6314 02 Sep 13 nicklas 239     json.put("message", t.getMessage());
6314 02 Sep 13 nicklas 240     json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
6314 02 Sep 13 nicklas 241   }
6314 02 Sep 13 nicklas 242   finally
6314 02 Sep 13 nicklas 243   {
6314 02 Sep 13 nicklas 244     json.writeJSONString(out);
6314 02 Sep 13 nicklas 245     out.flush();
6314 02 Sep 13 nicklas 246     if (dc != null) dc.close();
6314 02 Sep 13 nicklas 247   }
6314 02 Sep 13 nicklas 248
6314 02 Sep 13 nicklas 249 %>

Generated on Sat Oct  7 02:45:22 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)