www/common/overview/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4745 10 Feb 09 nicklas 1 <%-- $Id$
4745 10 Feb 09 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
4745 10 Feb 09 nicklas 3   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
4745 10 Feb 09 nicklas 4
4745 10 Feb 09 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4745 10 Feb 09 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
4745 10 Feb 09 nicklas 7
4745 10 Feb 09 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4745 10 Feb 09 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4745 10 Feb 09 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4745 10 Feb 09 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
4745 10 Feb 09 nicklas 12
4745 10 Feb 09 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4745 10 Feb 09 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4745 10 Feb 09 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4745 10 Feb 09 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
4745 10 Feb 09 nicklas 17
4745 10 Feb 09 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4745 10 Feb 09 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4745 10 Feb 09 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
4745 10 Feb 09 nicklas 21 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 22 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
4745 10 Feb 09 nicklas 23   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4745 10 Feb 09 nicklas 24   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4745 10 Feb 09 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.Item"
4745 10 Feb 09 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
4745 10 Feb 09 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.Project"
4745 10 Feb 09 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
4745 10 Feb 09 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Presets"
4745 10 Feb 09 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Presets.Preset"
4745 10 Feb 09 nicklas 31   import="net.sf.basedb.util.overview.GenericOverview"
4745 10 Feb 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.util.overview.Node"
4745 10 Feb 09 nicklas 33   import="net.sf.basedb.util.overview.Validator"
4745 10 Feb 09 nicklas 34   import="net.sf.basedb.util.overview.ValidationOptions"
4745 10 Feb 09 nicklas 35   import="net.sf.basedb.util.overview.Severity"
6047 18 Apr 12 nicklas 36   import="net.sf.basedb.util.overview.extensions.ValidationRuleAction"
4745 10 Feb 09 nicklas 37   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4745 10 Feb 09 nicklas 38   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
4745 10 Feb 09 nicklas 39   import="net.sf.basedb.util.Values"
4745 10 Feb 09 nicklas 40   import="net.sf.basedb.util.overview.OverviewUtil"
4745 10 Feb 09 nicklas 41   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4745 10 Feb 09 nicklas 42   import="java.util.Map"
4745 10 Feb 09 nicklas 43   import="java.util.List"
4745 10 Feb 09 nicklas 44 %>
4745 10 Feb 09 nicklas 45 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4745 10 Feb 09 nicklas 46 <%
4745 10 Feb 09 nicklas 47 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4745 10 Feb 09 nicklas 48 final String ID = sc.getId();
4745 10 Feb 09 nicklas 49 final String cmd = request.getParameter("cmd");
4745 10 Feb 09 nicklas 50 final String root = request.getContextPath()+"/";
4745 10 Feb 09 nicklas 51
4745 10 Feb 09 nicklas 52 String forward = null;
4745 10 Feb 09 nicklas 53 String redirect = null;
4745 10 Feb 09 nicklas 54 String message = null;
4745 10 Feb 09 nicklas 55 DbControl dc = null;
4745 10 Feb 09 nicklas 56 try
4745 10 Feb 09 nicklas 57 {
4745 10 Feb 09 nicklas 58   if (cmd == null || "Overview".equals(cmd))
4745 10 Feb 09 nicklas 59   {
4745 10 Feb 09 nicklas 60     // Display the overview page
4745 10 Feb 09 nicklas 61     final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("item_type"));
4745 10 Feb 09 nicklas 62     final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
5807 14 Oct 11 nicklas 63     final boolean forceNew = Values.getBoolean(request.getParameter("forceNew"));
5807 14 Oct 11 nicklas 64
7954 12 May 21 nicklas 65     dc = sc.newDbControl(":Item overview");
4745 10 Feb 09 nicklas 66     BasicItem item = itemType.getById(dc, itemId);
4745 10 Feb 09 nicklas 67     Project project = sc.getActiveProjectId() == 0 ? 
4745 10 Feb 09 nicklas 68         null : Project.getById(dc, sc.getActiveProjectId());
5807 14 Oct 11 nicklas 69     GenericOverview overview = forceNew ? 
5807 14 Oct 11 nicklas 70       OverviewUtil.getNewOverview(dc, item, project) : OverviewUtil.getNewOrCurrentOverview(dc, item, project);
4864 30 Mar 09 nicklas 71     overview.getNodeValidatorFactory().setDisabled(true);
4816 16 Mar 09 martin 72     overview.expand(dc, overview.getRootNode(), false);
4745 10 Feb 09 nicklas 73     dc.close();
4840 24 Mar 09 martin 74     redirect = "frameset.jsp?ID="+ID+"&show_failures="+false;
4745 10 Feb 09 nicklas 75   }
4840 24 Mar 09 martin 76   else if ("Validate".equals(cmd))
4745 10 Feb 09 nicklas 77   {
4745 10 Feb 09 nicklas 78     final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("item_type"));
4745 10 Feb 09 nicklas 79     final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
7954 12 May 21 nicklas 80     dc = sc.newDbControl(":Item overview validation");
4745 10 Feb 09 nicklas 81     BasicItem item = itemType.getById(dc, itemId);
4745 10 Feb 09 nicklas 82     Project project = sc.getActiveProjectId() == 0 ? 
4745 10 Feb 09 nicklas 83         null : Project.getById(dc, sc.getActiveProjectId());
5807 14 Oct 11 nicklas 84     GenericOverview overview = OverviewUtil.getNewOverview(dc, item, project);
4823 19 Mar 09 martin 85     overview.expand(dc, overview.getRootNode(), true);
4745 10 Feb 09 nicklas 86     overview.updateFailureCountOnNodes();
4745 10 Feb 09 nicklas 87     dc.close();
4840 24 Mar 09 martin 88     redirect = "frameset.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name()+"&item_id="+itemId+"&show_failures="+true;
4745 10 Feb 09 nicklas 89   }
4745 10 Feb 09 nicklas 90   else if ("SaveValidationOptions".equals(cmd))
4745 10 Feb 09 nicklas 91   {
7954 12 May 21 nicklas 92     dc = sc.newDbControl(":Item overview save options");
4767 17 Feb 09 nicklas 93     GenericOverview overview = OverviewUtil.getCurrentOverview(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 94     ValidationOptions options = overview.getValidationOptions();
4745 10 Feb 09 nicklas 95     Presets presets = OverviewUtil.getValidationPresets(sc);
6047 18 Apr 12 nicklas 96     for (Map.Entry<String, List<ValidationRuleAction>> entry : OverviewUtil.getAllRules(dc, overview).entrySet())
4745 10 Feb 09 nicklas 97     {
6047 18 Apr 12 nicklas 98       for (ValidationRuleAction validator : entry.getValue())
4745 10 Feb 09 nicklas 99       {
4745 10 Feb 09 nicklas 100         options.setSeverity(validator, Severity.valueOf(request.getParameter(validator.getId())));
4745 10 Feb 09 nicklas 101       }
4745 10 Feb 09 nicklas 102     }
7603 22 Feb 19 nicklas 103     options.setOption((ValidationRuleAction)Validator.NONMATCHING_SPOTCOUNT, "threshold", request.getParameter("threshold"));
4745 10 Feb 09 nicklas 104     options.saveToPreset(presets.getDefault());
4745 10 Feb 09 nicklas 105     OverviewUtil.saveValidationPresets(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 106     overview.updateFailureCountOnNodes();
4745 10 Feb 09 nicklas 107   }
4745 10 Feb 09 nicklas 108   else if ("SaveAsPreset".equals(cmd))
4745 10 Feb 09 nicklas 109   {
7954 12 May 21 nicklas 110     dc = sc.newDbControl(":Item overview save preset");
6047 18 Apr 12 nicklas 111     GenericOverview overview = OverviewUtil.getCurrentOverview(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 112     Presets presets = OverviewUtil.getValidationPresets(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 113     String name = request.getParameter("presetName");
4745 10 Feb 09 nicklas 114     Preset preset = presets.getPreset(name);
6047 18 Apr 12 nicklas 115     for (Map.Entry<String, List<ValidationRuleAction>> entry : OverviewUtil.getAllRules(dc, overview).entrySet())
4745 10 Feb 09 nicklas 116     {
6047 18 Apr 12 nicklas 117       for (ValidationRuleAction validator : entry.getValue())
4745 10 Feb 09 nicklas 118       {
4745 10 Feb 09 nicklas 119         preset.setSetting(validator.getId(), request.getParameter(validator.getId()));
4745 10 Feb 09 nicklas 120       }
4745 10 Feb 09 nicklas 121     }
5076 25 Aug 09 nicklas 122     preset.setSetting(Validator.NONMATCHING_SPOTCOUNT.getId() + "+threshold", 
5076 25 Aug 09 nicklas 123         request.getParameter("threshold"));
4745 10 Feb 09 nicklas 124     OverviewUtil.saveValidationPresets(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 125     forward = "options.jsp";
4745 10 Feb 09 nicklas 126   }
4745 10 Feb 09 nicklas 127   else if ("RemovePreset".equals(cmd))
4745 10 Feb 09 nicklas 128   {
4745 10 Feb 09 nicklas 129     Presets presets = OverviewUtil.getValidationPresets(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 130     String name = request.getParameter("presetName");
4745 10 Feb 09 nicklas 131     presets.deletePreset(name);
4745 10 Feb 09 nicklas 132     OverviewUtil.saveValidationPresets(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 133     redirect = "options.jsp?ID=" + ID;
4745 10 Feb 09 nicklas 134   }
4745 10 Feb 09 nicklas 135   else
4745 10 Feb 09 nicklas 136   {
4745 10 Feb 09 nicklas 137     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
4745 10 Feb 09 nicklas 138   }
4745 10 Feb 09 nicklas 139 }
4745 10 Feb 09 nicklas 140 finally
4745 10 Feb 09 nicklas 141 {
4745 10 Feb 09 nicklas 142   if (dc != null) dc.close();
4745 10 Feb 09 nicklas 143 }
4745 10 Feb 09 nicklas 144
4745 10 Feb 09 nicklas 145 if (forward != null)
4745 10 Feb 09 nicklas 146 {
6192 31 Oct 12 nicklas 147   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
4745 10 Feb 09 nicklas 148   pageContext.forward(forward);
4745 10 Feb 09 nicklas 149 }
4745 10 Feb 09 nicklas 150 else if (redirect != null)
4745 10 Feb 09 nicklas 151 {
6192 31 Oct 12 nicklas 152   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
4745 10 Feb 09 nicklas 153   response.sendRedirect(redirect);
4745 10 Feb 09 nicklas 154 }
4745 10 Feb 09 nicklas 155 else if (message == null)
4745 10 Feb 09 nicklas 156 {
4745 10 Feb 09 nicklas 157   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
4745 10 Feb 09 nicklas 158 }
4745 10 Feb 09 nicklas 159 else
4745 10 Feb 09 nicklas 160 {
4745 10 Feb 09 nicklas 161   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
4745 10 Feb 09 nicklas 162 }
4745 10 Feb 09 nicklas 163 %>
4745 10 Feb 09 nicklas 164

Generated on Sat Oct  7 02:45:04 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)