www/common/overview/options.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4745 10 Feb 09 nicklas 1 <%-- $Id$
4745 10 Feb 09 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
4745 10 Feb 09 nicklas 3   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
4745 10 Feb 09 nicklas 4
4745 10 Feb 09 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4745 10 Feb 09 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
4745 10 Feb 09 nicklas 7
4745 10 Feb 09 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4745 10 Feb 09 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4745 10 Feb 09 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4745 10 Feb 09 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
4745 10 Feb 09 nicklas 12
4745 10 Feb 09 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4745 10 Feb 09 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4745 10 Feb 09 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4745 10 Feb 09 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
4745 10 Feb 09 nicklas 17
4745 10 Feb 09 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4745 10 Feb 09 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4745 10 Feb 09 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
4745 10 Feb 09 nicklas 21 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 22 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
4745 10 Feb 09 nicklas 23   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4745 10 Feb 09 nicklas 24   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4745 10 Feb 09 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.Project"
4745 10 Feb 09 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.Item"
4745 10 Feb 09 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
4745 10 Feb 09 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Permission"
4745 10 Feb 09 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Presets"
4745 10 Feb 09 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Presets.Preset"
4745 10 Feb 09 nicklas 31   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4745 10 Feb 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4745 10 Feb 09 nicklas 33   import="net.sf.basedb.util.Values"
4745 10 Feb 09 nicklas 34   import="net.sf.basedb.util.overview.GenericOverview"
4745 10 Feb 09 nicklas 35   import="net.sf.basedb.util.overview.OverviewUtil"
4745 10 Feb 09 nicklas 36   import="net.sf.basedb.util.overview.Node"
4745 10 Feb 09 nicklas 37   import="net.sf.basedb.util.overview.ValidationOptions"
4745 10 Feb 09 nicklas 38   import="net.sf.basedb.util.overview.Severity"
4745 10 Feb 09 nicklas 39   import="net.sf.basedb.util.overview.Validator"
6047 18 Apr 12 nicklas 40   import="net.sf.basedb.util.overview.extensions.ValidationRuleAction"
4745 10 Feb 09 nicklas 41   import="java.util.List"
4745 10 Feb 09 nicklas 42   import="java.util.Map"
4745 10 Feb 09 nicklas 43   import="java.util.Iterator"
4745 10 Feb 09 nicklas 44 %>
4745 10 Feb 09 nicklas 45 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4745 10 Feb 09 nicklas 46 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
4745 10 Feb 09 nicklas 47 <%
4745 10 Feb 09 nicklas 48 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4745 10 Feb 09 nicklas 49 final String ID = sc.getId();
4745 10 Feb 09 nicklas 50 final float scale = Base.getScale(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 51 final String presetName = Values.getStringOrNull(request.getParameter("presetName"));
5076 25 Aug 09 nicklas 52 final boolean resetToDefault = Values.getBoolean(request.getParameter("resetToDefault"));
7954 12 May 21 nicklas 53 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Item overview - Validation options");
4745 10 Feb 09 nicklas 54 try
4745 10 Feb 09 nicklas 55 {
6047 18 Apr 12 nicklas 56   GenericOverview overview = OverviewUtil.getCurrentOverview(sc);
4745 10 Feb 09 nicklas 57   Presets presets = OverviewUtil.getValidationPresets(sc);
5076 25 Aug 09 nicklas 58   ValidationOptions options = null;
5076 25 Aug 09 nicklas 59   if (resetToDefault)
5076 25 Aug 09 nicklas 60   {
5076 25 Aug 09 nicklas 61     options = new ValidationOptions();
5076 25 Aug 09 nicklas 62   }
5076 25 Aug 09 nicklas 63   else if (presetName == null)
5076 25 Aug 09 nicklas 64   {
5076 25 Aug 09 nicklas 65     options = new ValidationOptions(presets.getDefault());
5076 25 Aug 09 nicklas 66   }
5076 25 Aug 09 nicklas 67   else
5076 25 Aug 09 nicklas 68   {
5076 25 Aug 09 nicklas 69     options = new ValidationOptions(presets.getPreset(presetName));
5076 25 Aug 09 nicklas 70   }
6047 18 Apr 12 nicklas 71   Map<String, List<ValidationRuleAction>> validators = OverviewUtil.getAllRules(dc, overview);
4745 10 Feb 09 nicklas 72   %>
4745 10 Feb 09 nicklas 73   <base:page title="Validation options" type="popup">
6195 01 Nov 12 nicklas 74   <base:head scripts="~options.js">
5914 16 Dec 11 nicklas 75   <style>
5929 18 Jan 12 nicklas 76   
5929 18 Jan 12 nicklas 77   table.special
6607 19 Nov 14 nicklas 78   {}
5929 18 Jan 12 nicklas 79   
5929 18 Jan 12 nicklas 80   table.special > tbody > tr > th
5929 18 Jan 12 nicklas 81   {
6607 19 Nov 14 nicklas 82     width: 17em;
6607 19 Nov 14 nicklas 83     max-width: 17em;
5914 16 Dec 11 nicklas 84   }
5914 16 Dec 11 nicklas 85   
6684 14 Jan 15 nicklas 86   .special select
6684 14 Jan 15 nicklas 87   {
6684 14 Jan 15 nicklas 88     min-width: 14em;
6684 14 Jan 15 nicklas 89   }
6684 14 Jan 15 nicklas 90   
5914 16 Dec 11 nicklas 91   .selector
5914 16 Dec 11 nicklas 92   {
6608 20 Nov 14 nicklas 93     padding: 2px;
5914 16 Dec 11 nicklas 94     border-radius: 4px;
5914 16 Dec 11 nicklas 95   }
5914 16 Dec 11 nicklas 96   
5914 16 Dec 11 nicklas 97   .selector:hover
5914 16 Dec 11 nicklas 98   {
5914 16 Dec 11 nicklas 99     cursor: pointer;
6608 20 Nov 14 nicklas 100     border-width: 2px;
6608 20 Nov 14 nicklas 101     padding: 0;
5914 16 Dec 11 nicklas 102   }
5914 16 Dec 11 nicklas 103   
5914 16 Dec 11 nicklas 104   .validatordescription
5914 16 Dec 11 nicklas 105   {
5914 16 Dec 11 nicklas 106     display: none;
5914 16 Dec 11 nicklas 107     position: fixed;
6960 01 Oct 15 nicklas 108     top: 5.5em;
6960 01 Oct 15 nicklas 109     right: 1.5em;
5914 16 Dec 11 nicklas 110     height: 10em;
6960 01 Oct 15 nicklas 111     width: 25em;
5914 16 Dec 11 nicklas 112   }
5914 16 Dec 11 nicklas 113   tr:hover .validatordescription
5914 16 Dec 11 nicklas 114   {
5914 16 Dec 11 nicklas 115     display: block;
5914 16 Dec 11 nicklas 116   }
5914 16 Dec 11 nicklas 117   </style>
4745 10 Feb 09 nicklas 118   </base:head>
4745 10 Feb 09 nicklas 119     <base:body>
5914 16 Dec 11 nicklas 120     <h1>Validation options <base:help helpid="item.overview.validationoptions" /></h1>
4745 10 Feb 09 nicklas 121     
4745 10 Feb 09 nicklas 122     <form name="options" action="index.jsp" method="post">
4745 10 Feb 09 nicklas 123     <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
4745 10 Feb 09 nicklas 124     <input type="hidden" name="cmd" value="SaveValidationOptions">
4745 10 Feb 09 nicklas 125     
5914 16 Dec 11 nicklas 126     <div class="content bottomborder">
4745 10 Feb 09 nicklas 127     
5914 16 Dec 11 nicklas 128       <div class="absolutefull" style="top: 0px; height: 3em;">
5914 16 Dec 11 nicklas 129         <table class="fullform special">
5914 16 Dec 11 nicklas 130         <tr>
5914 16 Dec 11 nicklas 131           <th>Presets</th>
5914 16 Dec 11 nicklas 132           <td>
5914 16 Dec 11 nicklas 133             <table>
5914 16 Dec 11 nicklas 134             <tr>
5914 16 Dec 11 nicklas 135             <td>
6195 01 Nov 12 nicklas 136               <select name="presets" id="presets" class="selectionlist">
6413 05 Feb 14 nicklas 137                 <option value="" <%="".equals(presetName) ? "selected" : "" %>>
6195 01 Nov 12 nicklas 138                 <option value="---" class="selectoptionheader" disabled>-- predefined --
6413 05 Feb 14 nicklas 139                 <option value="">BASE default
6195 01 Nov 12 nicklas 140                 <option value="---" class="selectoptionheader" disabled>-- user defined --
5914 16 Dec 11 nicklas 141                 <%
5914 16 Dec 11 nicklas 142                 for (Preset preset : presets)
5914 16 Dec 11 nicklas 143                 {
5914 16 Dec 11 nicklas 144                   String name = HTML.encodeTags(preset.getName());
5914 16 Dec 11 nicklas 145                   String selected = presetName != null && presetName.equals(preset.getName()) ?
5914 16 Dec 11 nicklas 146                     "selected" : "";
5914 16 Dec 11 nicklas 147                   %>
5914 16 Dec 11 nicklas 148                   <option value="<%=name%>" <%=selected%>><%=name%>
5914 16 Dec 11 nicklas 149                   <%          
5914 16 Dec 11 nicklas 150                 }
5914 16 Dec 11 nicklas 151                 %>
5914 16 Dec 11 nicklas 152               </select>
5914 16 Dec 11 nicklas 153             </td>
5914 16 Dec 11 nicklas 154             <td>
5914 16 Dec 11 nicklas 155               <base:buttongroup>
6195 01 Nov 12 nicklas 156                 <base:button id="btnSaveAsPreset" title="Save as&hellip;" />
6195 01 Nov 12 nicklas 157                 <base:button id="btnRemovePreset" title="Remove&hellip;" />
5914 16 Dec 11 nicklas 158               </base:buttongroup>
5914 16 Dec 11 nicklas 159             </td>
5914 16 Dec 11 nicklas 160             </tr>
5914 16 Dec 11 nicklas 161             </table>
4745 10 Feb 09 nicklas 162           </td>
4745 10 Feb 09 nicklas 163         </tr>
5914 16 Dec 11 nicklas 164         </table>
5914 16 Dec 11 nicklas 165       
5914 16 Dec 11 nicklas 166       </div>
5914 16 Dec 11 nicklas 167     
5914 16 Dec 11 nicklas 168       <div class="absolutefull topborder" style="top: 3em; bottom: 0px;">
5914 16 Dec 11 nicklas 169         <table class="fullform special">
4745 10 Feb 09 nicklas 170         <%
5914 16 Dec 11 nicklas 171         int grp = 0;
5914 16 Dec 11 nicklas 172         StringBuilder descriptions = new StringBuilder();
6047 18 Apr 12 nicklas 173         for (Map.Entry<String, List<ValidationRuleAction>> entry : validators.entrySet())
4745 10 Feb 09 nicklas 174         {
5914 16 Dec 11 nicklas 175           String title = entry.getKey();
5914 16 Dec 11 nicklas 176           ++grp;
5914 16 Dec 11 nicklas 177           int vld = 0;
4745 10 Feb 09 nicklas 178           %>
5914 16 Dec 11 nicklas 179           <tr id="grp.<%=grp%>">
5914 16 Dec 11 nicklas 180             <th>
6608 20 Nov 14 nicklas 181               <div class="selector interactable auto-init" data-auto-init="group-toggle" data-group-id="<%=grp%>"
6195 01 Nov 12 nicklas 182                 ><base:icon id="<%="grp."+grp+".icon"%>" image="move_right.png" /><%=HTML.encodeTags(title)%></div>
5914 16 Dec 11 nicklas 183             </th>
5914 16 Dec 11 nicklas 184             <td>
6195 01 Nov 12 nicklas 185               <select name="setall.<%=grp%>" class="auto-init" data-auto-init="group-severity" data-group-id="<%=grp%>">
5914 16 Dec 11 nicklas 186               <option value="">- set all in this group -
4745 10 Feb 09 nicklas 187               <%
4745 10 Feb 09 nicklas 188               for (Severity s : Severity.values())
4745 10 Feb 09 nicklas 189               {
4745 10 Feb 09 nicklas 190                 %>
5914 16 Dec 11 nicklas 191                 <option value="<%=s.name()%>"><%=s%>
4745 10 Feb 09 nicklas 192                 <%
4745 10 Feb 09 nicklas 193               }
4745 10 Feb 09 nicklas 194               %>
6139 19 Sep 12 nicklas 195               </select>
4745 10 Feb 09 nicklas 196             </td>
4745 10 Feb 09 nicklas 197           </tr>
4745 10 Feb 09 nicklas 198           <%
6047 18 Apr 12 nicklas 199           Iterator<ValidationRuleAction> vi = entry.getValue().iterator();
5914 16 Dec 11 nicklas 200           while (vi.hasNext())
5914 16 Dec 11 nicklas 201           {
6047 18 Apr 12 nicklas 202             ValidationRuleAction validator = vi.next();
5914 16 Dec 11 nicklas 203             ++vld;
5914 16 Dec 11 nicklas 204             Severity option = options.getSeverity(validator);
5914 16 Dec 11 nicklas 205             String validatorId = validator.getId();
5914 16 Dec 11 nicklas 206             boolean hasNext = vi.hasNext();
6960 01 Oct 15 nicklas 207             String vtitle = HTML.encodeTags(validator.getTitle());
5914 16 Dec 11 nicklas 208             %>
5914 16 Dec 11 nicklas 209             <tr id="vld.<%=grp%>.<%=vld%>" style="display: none;" class="highlight">
6960 01 Oct 15 nicklas 210               <th class="subprompt" title="<%=vtitle %>"><%=vtitle%></th>
5914 16 Dec 11 nicklas 211               <td>
5914 16 Dec 11 nicklas 212                 <select id="select.<%=grp%>.<%=vld%>" name="<%=validatorId%>">
5914 16 Dec 11 nicklas 213                   <%
5914 16 Dec 11 nicklas 214                   for (Severity s : Severity.values())
5914 16 Dec 11 nicklas 215                   {
5914 16 Dec 11 nicklas 216                     %>
5914 16 Dec 11 nicklas 217                     <option value="<%=s.name()%>" <%=s == option ? "selected" : "" %>><%=s%>
5914 16 Dec 11 nicklas 218                     <%
5914 16 Dec 11 nicklas 219                   }
5914 16 Dec 11 nicklas 220                   %>
5914 16 Dec 11 nicklas 221                 </select>
5914 16 Dec 11 nicklas 222                 <%
5914 16 Dec 11 nicklas 223                 if (validator == Validator.NONMATCHING_SPOTCOUNT)
5914 16 Dec 11 nicklas 224                 {
5914 16 Dec 11 nicklas 225                   %>
5914 16 Dec 11 nicklas 226                   Threshold:
5914 16 Dec 11 nicklas 227                   <input type="text" class="text" 
5914 16 Dec 11 nicklas 228                     name="threshold" 
5914 16 Dec 11 nicklas 229                     title="Threshold, as a percentage or an absolute value" 
5914 16 Dec 11 nicklas 230                     size="8"
5914 16 Dec 11 nicklas 231                     value="<%=HTML.encodeTags(options.getOption(validator, "threshold", "5%"))%>" >
5914 16 Dec 11 nicklas 232                   <%
5914 16 Dec 11 nicklas 233                 }
5914 16 Dec 11 nicklas 234                 %>
5914 16 Dec 11 nicklas 235                 <div id="description.<%=validatorId%>" 
6960 01 Oct 15 nicklas 236                   class="validatordescription messagecontainer help"><b><%=vtitle%></b><br><%=HTML.encodeTags(validator.getDescription())%></div>
5914 16 Dec 11 nicklas 237               </td>
5914 16 Dec 11 nicklas 238             </tr>
5914 16 Dec 11 nicklas 239             <%
5914 16 Dec 11 nicklas 240           }
4745 10 Feb 09 nicklas 241         }
5914 16 Dec 11 nicklas 242         %>
5914 16 Dec 11 nicklas 243         <tr class="dynamic">
5914 16 Dec 11 nicklas 244           <th></th>
5914 16 Dec 11 nicklas 245           <td></td>
5914 16 Dec 11 nicklas 246         </tr>
5914 16 Dec 11 nicklas 247         </table>
5914 16 Dec 11 nicklas 248         
5914 16 Dec 11 nicklas 249       </div>
4745 10 Feb 09 nicklas 250     </div>
5914 16 Dec 11 nicklas 251     </form>
4745 10 Feb 09 nicklas 252     
5914 16 Dec 11 nicklas 253     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6195 01 Nov 12 nicklas 254       <base:button id="btnSave" title="Save" />
6195 01 Nov 12 nicklas 255       <base:button id="close" title="Cancel" />
5914 16 Dec 11 nicklas 256     </base:buttongroup>
5914 16 Dec 11 nicklas 257     
4745 10 Feb 09 nicklas 258     </base:body>
4745 10 Feb 09 nicklas 259   </base:page>
4745 10 Feb 09 nicklas 260   <%
4745 10 Feb 09 nicklas 261 }
4745 10 Feb 09 nicklas 262 finally
4745 10 Feb 09 nicklas 263 {
4745 10 Feb 09 nicklas 264   if (dc != null) dc.close();
4745 10 Feb 09 nicklas 265 }
4745 10 Feb 09 nicklas 266 %>

Generated on Sat Oct  7 02:45:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)