www/common/overview/tree.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4745 10 Feb 09 nicklas 1 <%-- $Id$
4745 10 Feb 09 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
4745 10 Feb 09 nicklas 3   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
4745 10 Feb 09 nicklas 4
4745 10 Feb 09 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4745 10 Feb 09 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
4745 10 Feb 09 nicklas 7
4745 10 Feb 09 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4745 10 Feb 09 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4745 10 Feb 09 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4745 10 Feb 09 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
4745 10 Feb 09 nicklas 12
4745 10 Feb 09 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4745 10 Feb 09 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4745 10 Feb 09 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4745 10 Feb 09 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
4745 10 Feb 09 nicklas 17
4745 10 Feb 09 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4745 10 Feb 09 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4745 10 Feb 09 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
4745 10 Feb 09 nicklas 21 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 22 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
4745 10 Feb 09 nicklas 23   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4745 10 Feb 09 nicklas 24   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4745 10 Feb 09 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.Project"
4745 10 Feb 09 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.Item"
4745 10 Feb 09 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
5145 20 Oct 09 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
5145 20 Oct 09 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
5651 08 Jun 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
4745 10 Feb 09 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
5651 08 Jun 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Subtypable"
6041 02 Apr 12 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioPlateType"
6041 02 Apr 12 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
7315 30 Mar 17 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
7315 30 Mar 17 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
4745 10 Feb 09 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
4745 10 Feb 09 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Permission"
4745 10 Feb 09 nicklas 39   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4745 10 Feb 09 nicklas 40   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4745 10 Feb 09 nicklas 41   import="net.sf.basedb.util.Values"
4745 10 Feb 09 nicklas 42   import="net.sf.basedb.util.overview.GenericOverview"
4745 10 Feb 09 nicklas 43   import="net.sf.basedb.util.overview.OverviewUtil"
4745 10 Feb 09 nicklas 44   import="net.sf.basedb.util.overview.Node"
4745 10 Feb 09 nicklas 45   import="net.sf.basedb.util.overview.ValidationOptions"
6382 17 Dec 13 nicklas 46   import="org.json.simple.JSONArray"
6382 17 Dec 13 nicklas 47   import="org.json.simple.JSONObject"
7316 30 Mar 17 nicklas 48   import="java.util.Arrays"
7316 30 Mar 17 nicklas 49   import="java.util.HashSet"
7316 30 Mar 17 nicklas 50   import="java.util.Set"
7316 30 Mar 17 nicklas 51   import="java.util.List"
4745 10 Feb 09 nicklas 52 %>
4745 10 Feb 09 nicklas 53 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4745 10 Feb 09 nicklas 54 <%!
7316 30 Mar 17 nicklas 55 Set<Item> collapsedChildNodes = new HashSet<Item>(
7316 30 Mar 17 nicklas 56     Arrays.asList(Item.SAMPLE, Item.EXTRACT, Item.PHYSICALBIOASSAY, Item.DERIVEDBIOASSAY, Item.RAWBIOASSAY)
7316 30 Mar 17 nicklas 57   );
7316 30 Mar 17 nicklas 58
6382 17 Dec 13 nicklas 59 void generateSubTree(DbControl dc, Node startNode, JSONObject jsonParent, boolean showFailures)
4745 10 Feb 09 nicklas 60 {
6382 17 Dec 13 nicklas 61   
4745 10 Feb 09 nicklas 62   List<Node> children = startNode.getChildren();
6382 17 Dec 13 nicklas 63   if (children == null) return;
6382 17 Dec 13 nicklas 64   
4745 10 Feb 09 nicklas 65   for (Node child : children)
4745 10 Feb 09 nicklas 66   {
7316 30 Mar 17 nicklas 67     if (child.getNodeType() == Node.Type.FOLDER && child.numChildren() == 1)
7316 30 Mar 17 nicklas 68     {
7316 30 Mar 17 nicklas 69       Node child2 = child.getChildren().get(0);
7316 30 Mar 17 nicklas 70       if (collapsedChildNodes.contains(child2.getItemType())) child = child2;
7316 30 Mar 17 nicklas 71     }
7316 30 Mar 17 nicklas 72     
4745 10 Feb 09 nicklas 73     int errors = child.getNumErrors();
4745 10 Feb 09 nicklas 74     int warnings = child.getNumWarnings();
4745 10 Feb 09 nicklas 75     int childErrors = child.getChildErrors();
4745 10 Feb 09 nicklas 76     int childWarnings = child.getChildWarnings();
4749 11 Feb 09 nicklas 77
4749 11 Feb 09 nicklas 78     String folderIcon = child.getNodeType() == Node.Type.FOLDER ? "Folder" : "Item";
4840 24 Mar 09 martin 79     String tooltip = "";
5145 20 Oct 09 nicklas 80     if (child.getItemType() == Item.ANNOTATIONTYPE)
4749 11 Feb 09 nicklas 81     {
5145 20 Oct 09 nicklas 82       if (startNode.getItemType() == Item.PROTOCOL)
5145 20 Oct 09 nicklas 83       {
5145 20 Oct 09 nicklas 84         folderIcon = "ProtocolParameter";
5145 20 Oct 09 nicklas 85       }
5145 20 Oct 09 nicklas 86       else
5145 20 Oct 09 nicklas 87       {
5145 20 Oct 09 nicklas 88         try
5145 20 Oct 09 nicklas 89         {
5145 20 Oct 09 nicklas 90           AnnotationType at = (AnnotationType)child.getItem(dc);
5145 20 Oct 09 nicklas 91           if (at.isProtocolParameter()) folderIcon = "ProtocolParameter";
5145 20 Oct 09 nicklas 92         }
5145 20 Oct 09 nicklas 93         catch (Throwable t)
5145 20 Oct 09 nicklas 94         {}
5145 20 Oct 09 nicklas 95       }
4749 11 Feb 09 nicklas 96     }
4749 11 Feb 09 nicklas 97     else if (child.getItemType() == Item.ANNOTATION)
4749 11 Feb 09 nicklas 98     {
4749 11 Feb 09 nicklas 99       folderIcon = "Annotation";
5145 20 Oct 09 nicklas 100       try
5145 20 Oct 09 nicklas 101       {
5145 20 Oct 09 nicklas 102         AnnotationType at = ((Annotation)child.getItem(dc)).getAnnotationType();
5145 20 Oct 09 nicklas 103         if (at.isProtocolParameter()) folderIcon = "ProtocolParameter";
5145 20 Oct 09 nicklas 104       }
5145 20 Oct 09 nicklas 105       catch (Throwable t)
5145 20 Oct 09 nicklas 106       {}
4749 11 Feb 09 nicklas 107     }
4840 24 Mar 09 martin 108     
4840 24 Mar 09 martin 109     if (showFailures)
4745 10 Feb 09 nicklas 110     {
4840 24 Mar 09 martin 111       if (errors > 0)
4840 24 Mar 09 martin 112       {
4840 24 Mar 09 martin 113         folderIcon += "Error";
4840 24 Mar 09 martin 114       }
4840 24 Mar 09 martin 115       else if (warnings > 0)
4840 24 Mar 09 martin 116       {
4840 24 Mar 09 martin 117         folderIcon += "Warning";
4840 24 Mar 09 martin 118       }
4840 24 Mar 09 martin 119       else if (childErrors > 0)
4840 24 Mar 09 martin 120       {
4840 24 Mar 09 martin 121         folderIcon += "ChildError";
4840 24 Mar 09 martin 122       }
4840 24 Mar 09 martin 123       else if (childWarnings > 0)
4840 24 Mar 09 martin 124       {
4840 24 Mar 09 martin 125         folderIcon += "ChildWarning";
4840 24 Mar 09 martin 126       }      
4840 24 Mar 09 martin 127       if (warnings > 0 && errors > 0)
4840 24 Mar 09 martin 128       {
4840 24 Mar 09 martin 129         tooltip += errors + " error(s); " + warnings + " warning(s) on this item";
4840 24 Mar 09 martin 130       }
4840 24 Mar 09 martin 131       else if (errors > 0)
4840 24 Mar 09 martin 132       {
4840 24 Mar 09 martin 133         tooltip += errors + " error(s) on this item";
4840 24 Mar 09 martin 134       }
4840 24 Mar 09 martin 135       else if (warnings > 0)
4840 24 Mar 09 martin 136       {
4840 24 Mar 09 martin 137         tooltip += warnings + " warning(s) on this item";
4840 24 Mar 09 martin 138       }
4840 24 Mar 09 martin 139       if (childErrors > 0 && childWarnings > 0)
4840 24 Mar 09 martin 140       {
4840 24 Mar 09 martin 141         if (tooltip.length() > 0) tooltip += "; ";
4840 24 Mar 09 martin 142         tooltip += childErrors + " error(s); " + childWarnings + " warning(s) on child items";
4840 24 Mar 09 martin 143       }
4840 24 Mar 09 martin 144       else if (childErrors > 0)
4840 24 Mar 09 martin 145       {
4840 24 Mar 09 martin 146         if (tooltip.length() > 0) tooltip += "; ";
4840 24 Mar 09 martin 147         tooltip += childErrors + " error(s) on child items";
4840 24 Mar 09 martin 148       }
4840 24 Mar 09 martin 149       else if (childWarnings > 0)
4840 24 Mar 09 martin 150       {
4840 24 Mar 09 martin 151         if (tooltip.length() > 0) tooltip += "; ";
4840 24 Mar 09 martin 152         tooltip += childWarnings + " warning(s) on child items";
4840 24 Mar 09 martin 153       }
4745 10 Feb 09 nicklas 154     }
5651 08 Jun 11 nicklas 155     int numChildren = child.getChildren() == null ? 0 : child.getChildren().size();
5651 08 Jun 11 nicklas 156     String subtitle = null;
5651 08 Jun 11 nicklas 157     if (child.getNodeType() == Node.Type.FOLDER)
5651 08 Jun 11 nicklas 158     {
5651 08 Jun 11 nicklas 159       subtitle = child.getChildren() == null ? "0" : Integer.toString(child.getChildren().size());
5651 08 Jun 11 nicklas 160     }
5651 08 Jun 11 nicklas 161     else if (child.getItem() instanceof Subtypable)
5651 08 Jun 11 nicklas 162     {
5651 08 Jun 11 nicklas 163       try
5651 08 Jun 11 nicklas 164       {
5651 08 Jun 11 nicklas 165         ItemSubtype subtype = ((Subtypable)child.getItem(dc)).getItemSubtype();
5651 08 Jun 11 nicklas 166         if (subtype != null) subtitle = subtype.getName();
5651 08 Jun 11 nicklas 167       }
5651 08 Jun 11 nicklas 168       catch (Throwable t)
5651 08 Jun 11 nicklas 169       {}
5651 08 Jun 11 nicklas 170     }
6041 02 Apr 12 nicklas 171     else if (child.getItem() instanceof BioPlate)
6041 02 Apr 12 nicklas 172     {
6041 02 Apr 12 nicklas 173       try
6041 02 Apr 12 nicklas 174       {
6041 02 Apr 12 nicklas 175         BioPlateType plateType = ((BioPlate)child.getItem(dc)).getBioPlateType();
6041 02 Apr 12 nicklas 176         if (plateType != null) subtitle = plateType.getName();
6041 02 Apr 12 nicklas 177       }
6041 02 Apr 12 nicklas 178       catch (Throwable t)
6041 02 Apr 12 nicklas 179       {}
6041 02 Apr 12 nicklas 180     }
7315 30 Mar 17 nicklas 181     else if (child.getItem() instanceof RawBioAssay)
7315 30 Mar 17 nicklas 182     {
7315 30 Mar 17 nicklas 183       RawDataType rawDataType = ((RawBioAssay)child.getItem(dc)).getRawDataType();
7315 30 Mar 17 nicklas 184       subtitle = rawDataType.getName();
7315 30 Mar 17 nicklas 185     }
5651 08 Jun 11 nicklas 186     
6382 17 Dec 13 nicklas 187     String text = HTML.encodeTags(child.getTitle()) + (subtitle != null ? " <span class=\"subtitle\">(" + subtitle + ")</span>" : "");
6382 17 Dec 13 nicklas 188     JSONObject jsonChild = newJoustEntry(jsonParent, folderIcon, text, child.getId());
6382 17 Dec 13 nicklas 189     jsonChild.put("tooltip", tooltip);
7347 28 Apr 17 nicklas 190     jsonChild.put("className", child.getNodeType().name());
4864 30 Mar 09 nicklas 191     if (!child.isChildrenLoaded())
4864 30 Mar 09 nicklas 192     {
6382 17 Dec 13 nicklas 193       jsonChild.put("isLazy", 1);
4864 30 Mar 09 nicklas 194     }
6382 17 Dec 13 nicklas 195     generateSubTree(dc, child, jsonChild, showFailures);
6382 17 Dec 13 nicklas 196   }
6382 17 Dec 13 nicklas 197 }
6382 17 Dec 13 nicklas 198
6382 17 Dec 13 nicklas 199
6382 17 Dec 13 nicklas 200 JSONObject newJoustEntry(JSONObject jsonParent, String icon, String text, String id)
6382 17 Dec 13 nicklas 201 {
6382 17 Dec 13 nicklas 202   JSONObject jsonJoust = new JSONObject();
6382 17 Dec 13 nicklas 203   jsonJoust.put("icon", icon);
6382 17 Dec 13 nicklas 204   jsonJoust.put("text", text);
6382 17 Dec 13 nicklas 205   jsonJoust.put("id", id);
6382 17 Dec 13 nicklas 206   if (jsonParent != null)
6382 17 Dec 13 nicklas 207   {
6382 17 Dec 13 nicklas 208     JSONArray jsonChildren = (JSONArray)jsonParent.get("children");
6382 17 Dec 13 nicklas 209     if (jsonChildren == null)
4864 30 Mar 09 nicklas 210     {
6382 17 Dec 13 nicklas 211       jsonChildren = new JSONArray();
6382 17 Dec 13 nicklas 212       jsonParent.put("children", jsonChildren);
4864 30 Mar 09 nicklas 213     }
6382 17 Dec 13 nicklas 214     jsonChildren.add(jsonJoust);
4745 10 Feb 09 nicklas 215   }
6382 17 Dec 13 nicklas 216   return jsonJoust;
4745 10 Feb 09 nicklas 217 }
6382 17 Dec 13 nicklas 218
4745 10 Feb 09 nicklas 219 %>
4745 10 Feb 09 nicklas 220 <%
4745 10 Feb 09 nicklas 221 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4745 10 Feb 09 nicklas 222 final String ID = sc.getId();
4745 10 Feb 09 nicklas 223 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 224 final DbControl dc = sc.newDbControl("Item overview - Tree");
4745 10 Feb 09 nicklas 225 try
4745 10 Feb 09 nicklas 226 {
4767 17 Feb 09 nicklas 227   GenericOverview overview = OverviewUtil.getCurrentOverview(sc);
6382 17 Dec 13 nicklas 228   boolean showFailures = Values.getBoolean(request.getParameter("show_failures"), false);
4745 10 Feb 09 nicklas 229   Node rootNode = overview.getRootNode();
5651 08 Jun 11 nicklas 230   Nameable rootItem = (Nameable)rootNode.getItem(dc);
5651 08 Jun 11 nicklas 231   String subtitle = null;
5651 08 Jun 11 nicklas 232   if (rootItem instanceof Subtypable)
5651 08 Jun 11 nicklas 233   {
5651 08 Jun 11 nicklas 234     try
5651 08 Jun 11 nicklas 235     {
5651 08 Jun 11 nicklas 236       ItemSubtype subtype = ((Subtypable)rootItem).getItemSubtype();
5651 08 Jun 11 nicklas 237       if (subtype != null) subtitle = subtype.getName();
5651 08 Jun 11 nicklas 238     }
5651 08 Jun 11 nicklas 239     catch (Throwable t)
5651 08 Jun 11 nicklas 240     {}
5651 08 Jun 11 nicklas 241   }
4745 10 Feb 09 nicklas 242   String rootIcon = "Home";
4840 24 Mar 09 martin 243   if (showFailures)
4745 10 Feb 09 nicklas 244   {
4840 24 Mar 09 martin 245     if (rootNode.getNumErrors() > 0 || rootNode.getChildErrors() > 0)
4840 24 Mar 09 martin 246     {
4840 24 Mar 09 martin 247       rootIcon = "Error";
4840 24 Mar 09 martin 248     }
4840 24 Mar 09 martin 249     else if (rootNode.getNumWarnings() > 0 || rootNode.getChildWarnings() > 0)
4840 24 Mar 09 martin 250     {
4840 24 Mar 09 martin 251       rootIcon = "Warning";
4840 24 Mar 09 martin 252     }
4745 10 Feb 09 nicklas 253   }
6382 17 Dec 13 nicklas 254   
6382 17 Dec 13 nicklas 255   // Build the Joust menu tree
6382 17 Dec 13 nicklas 256   JSONArray jsonJoust = new JSONArray();
6382 17 Dec 13 nicklas 257   JSONObject jsonRoot = newJoustEntry(null, rootIcon, HTML.encodeTags(rootItem.getName())+ (subtitle != null ? " <span class=\"subtitle\">(" + subtitle + ")</span>" : ""), rootNode.getId());
6382 17 Dec 13 nicklas 258   jsonRoot.put("isOpen", 1);
6382 17 Dec 13 nicklas 259   jsonRoot.put("noOutlineIcon", 1);
6382 17 Dec 13 nicklas 260   
6382 17 Dec 13 nicklas 261   generateSubTree(dc, rootNode, jsonRoot, showFailures);
6382 17 Dec 13 nicklas 262   jsonJoust.add(jsonRoot);
4745 10 Feb 09 nicklas 263   %>
5951 09 Feb 12 nicklas 264   <base:page title="" type="iframe">
6388 07 Jan 14 nicklas 265   <base:head scripts="joust-2.js,dragdrop.js,~tree.js" styles="joust-2.css">
5651 08 Jun 11 nicklas 266   <style>
5918 21 Dec 11 nicklas 267   .subtitle 
5918 21 Dec 11 nicklas 268   {
5918 21 Dec 11 nicklas 269     font-size: 0.85em;
5918 21 Dec 11 nicklas 270     color: #666666;
5651 08 Jun 11 nicklas 271   }
5918 21 Dec 11 nicklas 272   .selected .subtitle 
5918 21 Dec 11 nicklas 273   {
5918 21 Dec 11 nicklas 274     color: #E8E8E8;
5651 08 Jun 11 nicklas 275   }
7347 28 Apr 17 nicklas 276
7347 28 Apr 17 nicklas 277   /* The selected item and all children get a gray background */
7347 28 Apr 17 nicklas 278   .selected, .selected + .children
7347 28 Apr 17 nicklas 279   {
7347 28 Apr 17 nicklas 280     background-color: #F8F8F8;
7347 28 Apr 17 nicklas 281   }
7347 28 Apr 17 nicklas 282   
7347 28 Apr 17 nicklas 283   /* A slighly darker background when hovering */
7347 28 Apr 17 nicklas 284   .joustitem:hover, .joustitem:hover + .children .joustitem
7347 28 Apr 17 nicklas 285   {
7347 28 Apr 17 nicklas 286     background-color: #F0F0F0;
7347 28 Apr 17 nicklas 287   }
7347 28 Apr 17 nicklas 288   
7347 28 Apr 17 nicklas 289   /* First-level child items to the selected item get bold text */
7347 28 Apr 17 nicklas 290   .selected + .children > .joustitem, .selected + .children > .children.FOLDER > .joustitem
7347 28 Apr 17 nicklas 291   {
7347 28 Apr 17 nicklas 292     font-weight: bold;
7347 28 Apr 17 nicklas 293   }
5651 08 Jun 11 nicklas 294   </style>
5651 08 Jun 11 nicklas 295   
4745 10 Feb 09 nicklas 296   </base:head>
6382 17 Dec 13 nicklas 297     <base:body>
6387 18 Dec 13 nicklas 298     <div id="page-data" class="datacontainer"
6382 17 Dec 13 nicklas 299       data-show-failures="<%=showFailures ? 1 : 0 %>"
6382 17 Dec 13 nicklas 300     ></div>
6194 01 Nov 12 nicklas 301     <div id="main" class="joust absolutefull auto-init" data-auto-init="drag-support">
6382 17 Dec 13 nicklas 302       <div id="joust" class="joust absolutefull" 
6382 17 Dec 13 nicklas 303         data-joust-tree="<%=HTML.encodeTags(jsonJoust.toJSONString()) %>"
6382 17 Dec 13 nicklas 304         style="overflow: auto;">
4745 10 Feb 09 nicklas 305       </div>
4745 10 Feb 09 nicklas 306     </div>
4745 10 Feb 09 nicklas 307     </base:body>
4745 10 Feb 09 nicklas 308   </base:page>
4745 10 Feb 09 nicklas 309   <%
4745 10 Feb 09 nicklas 310 }
4745 10 Feb 09 nicklas 311 finally
4745 10 Feb 09 nicklas 312 {
4745 10 Feb 09 nicklas 313   if (dc != null) dc.close();
4745 10 Feb 09 nicklas 314 }
4745 10 Feb 09 nicklas 315 %>

Generated on Sat Oct  7 02:45:08 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)