www/common/plugin/parse_file.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2012 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var ParseFile = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var parse = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   var linePatterns;
7604 25 Feb 19 nicklas 30   var columnHeaders;
7604 25 Feb 19 nicklas 31   var fuzzyMatches;
8144 21 Apr 23 nicklas 32   var currentMappingName;
7604 25 Feb 19 nicklas 33
7604 25 Feb 19 nicklas 34   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 35     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 36   */
7604 25 Feb 19 nicklas 37   parse.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 38   {
7604 25 Feb 19 nicklas 39     linePatterns = Data.json('page-data', 'line-patterns');
7604 25 Feb 19 nicklas 40     columnHeaders = Data.json('page-data', 'column-headers');
7604 25 Feb 19 nicklas 41     fuzzyMatches = Data.json('page-data', 'fuzzy-matches');
7604 25 Feb 19 nicklas 42     
7604 25 Feb 19 nicklas 43     Buttons.addClickHandler('btnFuzzyMatches', parse.setFuzzyMatches);
7604 25 Feb 19 nicklas 44     Events.addEventHandler('similarityScore', 'keypress', Events.numberOnly);
7663 20 Mar 19 nicklas 45     
7663 20 Mar 19 nicklas 46     var mappingHeader = Doc.element('col-mappings.expression');
7663 20 Mar 19 nicklas 47     if (mappingHeader != null)
7663 20 Mar 19 nicklas 48     {
7663 20 Mar 19 nicklas 49       var html = mappingHeader.innerHTML;
7663 20 Mar 19 nicklas 50       html += '<img class="link" id="clearAllMappings" src="../../images/clear_down.png" title="Clear all mappings" style="margin-left: 2em;">';
7663 20 Mar 19 nicklas 51       mappingHeader.innerHTML = html;
7663 20 Mar 19 nicklas 52       Buttons.addClickHandler('clearAllMappings', parse.clearAllColumnMappings);
7663 20 Mar 19 nicklas 53     }
7604 25 Feb 19 nicklas 54   }
7604 25 Feb 19 nicklas 55
7654 15 Mar 19 nicklas 56   parse.pleaseWaitWhileParsing = function()
7654 15 Mar 19 nicklas 57   {
7654 15 Mar 19 nicklas 58     TabControl.setActiveTab('parsedFile.filedata');
7654 15 Mar 19 nicklas 59     Doc.hide('myContent');
7654 15 Mar 19 nicklas 60     Doc.show('waitWhileParsing');
7654 15 Mar 19 nicklas 61   }
7654 15 Mar 19 nicklas 62   
7604 25 Feb 19 nicklas 63   parse.initColumnMapping = function(element, autoInit)
7604 25 Feb 19 nicklas 64   {
7604 25 Feb 19 nicklas 65     if (autoInit == 'line-pattern')
7604 25 Feb 19 nicklas 66     {
7604 25 Feb 19 nicklas 67       Events.addEventHandler(element, 'change', parse.setLinePattern)
7604 25 Feb 19 nicklas 68     }
7604 25 Feb 19 nicklas 69     else if (autoInit == 'column-mapping-clear')
7604 25 Feb 19 nicklas 70     {
7604 25 Feb 19 nicklas 71       Events.addEventHandler(element, 'click', parse.clearColumnMapping);
7604 25 Feb 19 nicklas 72     }
8144 21 Apr 23 nicklas 73     else if (autoInit == 'column-mapping-preset-menu')
7604 25 Feb 19 nicklas 74     {
8144 21 Apr 23 nicklas 75       Buttons.addClickHandler(element, parse.showColumnMappingPresets);
7604 25 Feb 19 nicklas 76     }
8144 21 Apr 23 nicklas 77     else if (autoInit == 'preset-column-mapping')
8144 21 Apr 23 nicklas 78     {
8144 21 Apr 23 nicklas 79       Events.addEventHandler(element, 'click', parse.setPresetColumnMapping);
8144 21 Apr 23 nicklas 80     }
7604 25 Feb 19 nicklas 81     else if (autoInit == 'column-mapping')
7604 25 Feb 19 nicklas 82     {
7604 25 Feb 19 nicklas 83       Events.addEventHandler(element, 'blur', parse.columnMappingOnBlur);
7604 25 Feb 19 nicklas 84     }
7604 25 Feb 19 nicklas 85   }
7604 25 Feb 19 nicklas 86   Doc.addElementInitializer(parse.initColumnMapping);
7604 25 Feb 19 nicklas 87   
7604 25 Feb 19 nicklas 88   parse.setLinePattern = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 89   {
7604 25 Feb 19 nicklas 90     var target = event.currentTarget;
7604 25 Feb 19 nicklas 91     var lineNo = Data.int(target, 'line-no');
7604 25 Feb 19 nicklas 92     
7604 25 Feb 19 nicklas 93     var whichPattern = target.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 94     target.selectedIndex = 0;
7604 25 Feb 19 nicklas 95     var frm = window.parent.document.forms['testwithfile'];
7604 25 Feb 19 nicklas 96     
7604 25 Feb 19 nicklas 97     if (frm[whichPattern])
7604 25 Feb 19 nicklas 98     {
7604 25 Feb 19 nicklas 99       frm[whichPattern].value = linePatterns[lineNo];
7660 20 Mar 19 nicklas 100       if (window.parent.TestWithFile)
7660 20 Mar 19 nicklas 101       {
7660 20 Mar 19 nicklas 102         window.parent.TestWithFile.autoParse();
7660 20 Mar 19 nicklas 103       }
7604 25 Feb 19 nicklas 104     }
7604 25 Feb 19 nicklas 105   }
7604 25 Feb 19 nicklas 106   
7604 25 Feb 19 nicklas 107   parse.columnMappingOnBlur = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 108   {
7604 25 Feb 19 nicklas 109     var target = event.currentTarget;
7604 25 Feb 19 nicklas 110     window.parent.TestWithFile.setFormValue(target.name, target.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 111   }
7604 25 Feb 19 nicklas 112   
7662 20 Mar 19 nicklas 113   parse.setColumnMapping = function(mappingName, expression, overwrite)
7604 25 Feb 19 nicklas 114   {
7604 25 Feb 19 nicklas 115     var frm = document.forms['mappings'];
7663 20 Mar 19 nicklas 116     var extendName = (mappingName.indexOf('mapping.') == -1);
7663 20 Mar 19 nicklas 117     var field = extendName ? 'mapping.'+mappingName+'.expression' : mappingName;
7662 20 Mar 19 nicklas 118     if (overwrite || frm[field].value == '')
7662 20 Mar 19 nicklas 119     {
7662 20 Mar 19 nicklas 120       frm[field].value = expression;
7662 20 Mar 19 nicklas 121       window.parent.TestWithFile.setFormValue(field, expression);
7662 20 Mar 19 nicklas 122     }
7604 25 Feb 19 nicklas 123   }
7604 25 Feb 19 nicklas 124   
7604 25 Feb 19 nicklas 125   parse.getMappingExpressionForHeader = function(columnIndex)
7604 25 Feb 19 nicklas 126   {
7604 25 Feb 19 nicklas 127     var frm = document.forms['mappings'];
7604 25 Feb 19 nicklas 128     var style = Forms.getCheckedRadio(frm.expressionStyle);
7604 25 Feb 19 nicklas 129     var header = columnHeaders[columnIndex];
7604 25 Feb 19 nicklas 130
7604 25 Feb 19 nicklas 131     var expression = '';
7604 25 Feb 19 nicklas 132     if (style && style.value == 1)
7604 25 Feb 19 nicklas 133     {
7604 25 Feb 19 nicklas 134       // 'simple' style with backslashes
7604 25 Feb 19 nicklas 135       // use index of the header already has a backslash
7604 25 Feb 19 nicklas 136       if (header.indexOf('\\') >= 0) 
7604 25 Feb 19 nicklas 137       {
7604 25 Feb 19 nicklas 138         expression = '\\'+columnIndex+'\\';
7604 25 Feb 19 nicklas 139       }
7604 25 Feb 19 nicklas 140       else
7604 25 Feb 19 nicklas 141       {
7604 25 Feb 19 nicklas 142         expression = '\\'+header+'\\';
7604 25 Feb 19 nicklas 143       }
7604 25 Feb 19 nicklas 144     }
7604 25 Feb 19 nicklas 145     else
7604 25 Feb 19 nicklas 146     {
7604 25 Feb 19 nicklas 147       // use 'expression' style
7604 25 Feb 19 nicklas 148       if (header.indexOf('\\') >= 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 149       {
7659 20 Mar 19 nicklas 150         expression = '=col('+columnIndex+')';
7604 25 Feb 19 nicklas 151       }
7604 25 Feb 19 nicklas 152       else
7604 25 Feb 19 nicklas 153       {
7659 20 Mar 19 nicklas 154         expression = '=col(\''+header+'\')';
7604 25 Feb 19 nicklas 155       }
7604 25 Feb 19 nicklas 156     }
7604 25 Feb 19 nicklas 157     return expression;
7604 25 Feb 19 nicklas 158   }
7604 25 Feb 19 nicklas 159   
7663 20 Mar 19 nicklas 160   parse.clearAllColumnMappings = function(event)
7663 20 Mar 19 nicklas 161   {
7663 20 Mar 19 nicklas 162     var frm = document.forms['mappings'];
7663 20 Mar 19 nicklas 163     for (var i = 0; i < frm.elements.length; i++)
7663 20 Mar 19 nicklas 164     {
7663 20 Mar 19 nicklas 165       var e = frm.elements[i];
7663 20 Mar 19 nicklas 166       if (e.name.indexOf('mapping.') == 0)
7663 20 Mar 19 nicklas 167       {
7663 20 Mar 19 nicklas 168         parse.setColumnMapping(e.name, '', true);
7663 20 Mar 19 nicklas 169       }
7663 20 Mar 19 nicklas 170     }
7663 20 Mar 19 nicklas 171   }
7663 20 Mar 19 nicklas 172
7604 25 Feb 19 nicklas 173   parse.clearColumnMapping = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 174   {
7604 25 Feb 19 nicklas 175     var target = event.currentTarget;
7604 25 Feb 19 nicklas 176     var mappingName = Data.get(target, 'mapping');
7662 20 Mar 19 nicklas 177     parse.setColumnMapping(mappingName, '', true);
7604 25 Feb 19 nicklas 178   }
7604 25 Feb 19 nicklas 179   
8144 21 Apr 23 nicklas 180   parse.showColumnMappingPresets = function(event)
8144 21 Apr 23 nicklas 181   {
8144 21 Apr 23 nicklas 182     currentMappingName = Data.get(event.currentTarget, 'mapping');
8144 21 Apr 23 nicklas 183     var frm = document.forms['mappings'];
8144 21 Apr 23 nicklas 184     frm['mapping.'+currentMappingName+'.expression'].focus();
8144 21 Apr 23 nicklas 185     
8144 21 Apr 23 nicklas 186     var offsetLeft = event.clientX;
8144 21 Apr 23 nicklas 187     var offsetTop = event.clientY;
8144 21 Apr 23 nicklas 188     var offsetBottom = null;
8144 21 Apr 23 nicklas 189     // Open the menu at the mouse position
8144 21 Apr 23 nicklas 190     Menu.showTopMenu('predefinedColumnMappings', offsetLeft, offsetTop); 
8144 21 Apr 23 nicklas 191     event.stopPropagation();
8144 21 Apr 23 nicklas 192
8144 21 Apr 23 nicklas 193     // We may have to adjust depending on size of window
8144 21 Apr 23 nicklas 194     var winPos = App.getWindowPosition();
8144 21 Apr 23 nicklas 195     var pcm = Doc.element('predefinedColumnMappings');
8144 21 Apr 23 nicklas 196     pcm.style.bottom = 'auto'; // To ensure that the height is auto-calculated
8144 21 Apr 23 nicklas 197     
8144 21 Apr 23 nicklas 198     // If the right side overflows we move the menu to the left
8144 21 Apr 23 nicklas 199     if (offsetLeft+pcm.offsetWidth+10 > winPos.width)
8144 21 Apr 23 nicklas 200     {
8144 21 Apr 23 nicklas 201       offsetLeft = winPos.width-pcm.offsetWidth-10;
8144 21 Apr 23 nicklas 202     }
8144 21 Apr 23 nicklas 203     // If the bottom side overflows we move up...
8144 21 Apr 23 nicklas 204     if (offsetTop+pcm.offsetHeight+10 > winPos.height)
8144 21 Apr 23 nicklas 205     {
8144 21 Apr 23 nicklas 206       offsetTop = winPos.height-pcm.offsetHeight-10;
8144 21 Apr 23 nicklas 207       // ... but then we may overflow the top so we need to
8144 21 Apr 23 nicklas 208       // limit the height
8144 21 Apr 23 nicklas 209       if (offsetTop < 5)
8144 21 Apr 23 nicklas 210       {
8144 21 Apr 23 nicklas 211         offsetTop = 5;
8144 21 Apr 23 nicklas 212         offsetBottom = 5;
8144 21 Apr 23 nicklas 213         offsetLeft -= 10; // make room for the scrollbar
8144 21 Apr 23 nicklas 214       }
8144 21 Apr 23 nicklas 215     }
8144 21 Apr 23 nicklas 216     pcm.style.left = (offsetLeft)+'px';
8144 21 Apr 23 nicklas 217     pcm.style.top = (offsetTop)+'px';
8144 21 Apr 23 nicklas 218     if (offsetBottom) pcm.style.bottom = (offsetBottom)+'px';    
8144 21 Apr 23 nicklas 219   }
8144 21 Apr 23 nicklas 220
7604 25 Feb 19 nicklas 221   parse.setPresetColumnMapping = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 222   {
7604 25 Feb 19 nicklas 223     var target = event.currentTarget;
8144 21 Apr 23 nicklas 224     var columnIndex = Data.int(target, 'index');
7604 25 Feb 19 nicklas 225     var expression = parse.getMappingExpressionForHeader(columnIndex);
8144 21 Apr 23 nicklas 226     parse.setColumnMapping(currentMappingName, expression, true);
7604 25 Feb 19 nicklas 227   }
7604 25 Feb 19 nicklas 228   
7604 25 Feb 19 nicklas 229   parse.setFuzzyMatches = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 230   {
7604 25 Feb 19 nicklas 231     var frm = document.forms['mappings'];
7604 25 Feb 19 nicklas 232     var minScore = parseFloat(frm.similarity.value);
7662 20 Mar 19 nicklas 233     var overwrite = frm.overwrite.checked;
7604 25 Feb 19 nicklas 234     for (var i = 0; i < fuzzyMatches.length; i++)
7604 25 Feb 19 nicklas 235     {
7604 25 Feb 19 nicklas 236       var match = fuzzyMatches[i];
7604 25 Feb 19 nicklas 237       if (match)
7604 25 Feb 19 nicklas 238       {
7604 25 Feb 19 nicklas 239         var expression;
7604 25 Feb 19 nicklas 240         if (match.score >= minScore)
7604 25 Feb 19 nicklas 241         {
7604 25 Feb 19 nicklas 242           expression = parse.getMappingExpressionForHeader(match.columnIndex);
7604 25 Feb 19 nicklas 243         }
7604 25 Feb 19 nicklas 244         else
7604 25 Feb 19 nicklas 245         {
7604 25 Feb 19 nicklas 246           expression = '';
7604 25 Feb 19 nicklas 247         }
7662 20 Mar 19 nicklas 248         parse.setColumnMapping(match.name, expression, overwrite);
7604 25 Feb 19 nicklas 249       }
7604 25 Feb 19 nicklas 250     }
7604 25 Feb 19 nicklas 251   }
7604 25 Feb 19 nicklas 252   
7604 25 Feb 19 nicklas 253   return parse;
7604 25 Feb 19 nicklas 254 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 255
6200 05 Nov 12 nicklas 256 Doc.onLoad(ParseFile.initPage);

Generated on Sat Oct  7 02:45:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)