www/lims/arraydesigns/features/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1820 24 Jan 06 nicklas 1 <%-- $Id$
1820 24 Jan 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
1820 24 Jan 06 nicklas 4
2304 22 May 06 jari 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 6   Available at http://base.thep.lu.se/
1820 24 Jan 06 nicklas 7
1820 24 Jan 06 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1820 24 Jan 06 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1820 24 Jan 06 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
1820 24 Jan 06 nicklas 12
1820 24 Jan 06 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1820 24 Jan 06 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1820 24 Jan 06 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1820 24 Jan 06 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
1820 24 Jan 06 nicklas 17
1820 24 Jan 06 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1820 24 Jan 06 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
1820 24 Jan 06 nicklas 21
1820 24 Jan 06 nicklas 22   @author Nicklas
1820 24 Jan 06 nicklas 23   @version 2.0
1820 24 Jan 06 nicklas 24 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1820 24 Jan 06 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1820 24 Jan 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1820 24 Jan 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
1820 24 Jan 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1820 24 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1820 24 Jan 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
1820 24 Jan 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
1820 24 Jan 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1820 24 Jan 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
3775 25 Sep 07 enell 35   import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
3775 25 Sep 07 enell 36   import="net.sf.basedb.core.data.FeatureData"
4305 21 May 08 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
6935 23 Jun 15 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
1820 24 Jan 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1820 24 Jan 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
1820 24 Jan 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.util.Values"
4866 31 Mar 09 martin 43   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
6039 29 Mar 12 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
6039 29 Mar 12 nicklas 45   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
6039 29 Mar 12 nicklas 46   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6039 29 Mar 12 nicklas 47   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
6039 29 Mar 12 nicklas 48   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6039 29 Mar 12 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1820 24 Jan 06 nicklas 51   import="java.util.List"
1820 24 Jan 06 nicklas 52 %>
1820 24 Jan 06 nicklas 53 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1820 24 Jan 06 nicklas 54 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
1820 24 Jan 06 nicklas 55 <%!
4093 18 Jan 08 enell 56   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("position", 
7982 14 Jun 21 nicklas 57     "position,externalId,block,row,column,reporter.name,reporter.externalId", "externalId");
1820 24 Jan 06 nicklas 58   private static final Item itemType = Item.FEATURE;
4866 31 Mar 09 martin 59   
4866 31 Mar 09 martin 60   private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
4866 31 Mar 09 martin 61   {
4866 31 Mar 09 martin 62     cc.setObject("export.formatter.well.row", new WellCoordinateFormatter(true));
4866 31 Mar 09 martin 63     cc.setObject("export.formatter.well.column", new WellCoordinateFormatter(false));
4866 31 Mar 09 martin 64   }
1820 24 Jan 06 nicklas 65 %>
1820 24 Jan 06 nicklas 66 <%
1820 24 Jan 06 nicklas 67 final int arrayDesignId = Values.getInt(request.getParameter("arraydesign_id"));
1820 24 Jan 06 nicklas 68
1820 24 Jan 06 nicklas 69 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1820 24 Jan 06 nicklas 70 final String ID = sc.getId();
1820 24 Jan 06 nicklas 71 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1820 24 Jan 06 nicklas 72 final String root = request.getContextPath()+"/";
1820 24 Jan 06 nicklas 73 final String listPage = "list_features.jsp?ID="+ID+"&arraydesign_id="+arrayDesignId;
1820 24 Jan 06 nicklas 74 final String viewPage = "view_feature.jsp?ID="+ID+"&arraydesign_id="+arrayDesignId;
1820 24 Jan 06 nicklas 75
1820 24 Jan 06 nicklas 76 String forward = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 77 String redirect = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 78 String message = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 79 DbControl dc = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 80
1820 24 Jan 06 nicklas 81 try
1820 24 Jan 06 nicklas 82 {
1820 24 Jan 06 nicklas 83   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 84   {
1820 24 Jan 06 nicklas 85     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 86     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1820 24 Jan 06 nicklas 87     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 88   }
1820 24 Jan 06 nicklas 89   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 90   {
1820 24 Jan 06 nicklas 91     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1820 24 Jan 06 nicklas 92     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 93     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 94   }
1820 24 Jan 06 nicklas 95   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 96   {
1820 24 Jan 06 nicklas 97     // Display the list page after loading a saved context
1820 24 Jan 06 nicklas 98     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1820 24 Jan 06 nicklas 99     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 100     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 101   }
1820 24 Jan 06 nicklas 102   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 103   {
1820 24 Jan 06 nicklas 104     // Display the view page for a single item 
1820 24 Jan 06 nicklas 105     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 106     forward = viewPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 107   }
3775 25 Sep 07 enell 108   else if ("ExportItems".equals(cmd))
3775 25 Sep 07 enell 109   {
3775 25 Sep 07 enell 110     // Run an export plugin in a list context
3775 25 Sep 07 enell 111     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 112     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);    
3775 25 Sep 07 enell 113     final ArrayDesign arrayDesign = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
3775 25 Sep 07 enell 114     final DataQuery<FeatureData> query = arrayDesign.getFeatures();
6935 23 Jun 15 nicklas 115     query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "rpt", null, true));
7914 23 Feb 21 nicklas 116     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 117     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6039 29 Mar 12 nicklas 118     cc.setQuery(query);
6039 29 Mar 12 nicklas 119     registerExportFormatters(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 120     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<FeatureData,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 121     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<FeatureData>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 122     dc.close();
3775 25 Sep 07 enell 123     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+features+of+array+design";
3775 25 Sep 07 enell 124   }
4305 21 May 08 nicklas 125   else if ("CreateReporterList".equals(cmd))
4305 21 May 08 nicklas 126   {
4305 21 May 08 nicklas 127     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 128     dc = sc.newDbControl(":Create reporter list from "+itemType);    
4305 21 May 08 nicklas 129     final ArrayDesign arrayDesign = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
4305 21 May 08 nicklas 130     final DataQuery<ReporterData> query = arrayDesign.getReporters();
6935 23 Jun 15 nicklas 131     query.join(Hql.leftJoin("reporter", "rpt"));
7914 23 Feb 21 nicklas 132     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 133     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 134     dc.close();
4305 21 May 08 nicklas 135     cc.setQuery(query);
4305 21 May 08 nicklas 136     redirect = "../../../views/reporterlists/index.jsp?ID="+ID+
4305 21 May 08 nicklas 137       "&cmd=NewItem&addReporters=1&formId=features&fromContext=FEATURE" +
4305 21 May 08 nicklas 138       "&name=" + HTML.urlEncode(arrayDesign.getName());
4305 21 May 08 nicklas 139   }
1820 24 Jan 06 nicklas 140   else
1820 24 Jan 06 nicklas 141   {
1820 24 Jan 06 nicklas 142     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1820 24 Jan 06 nicklas 143   }
1820 24 Jan 06 nicklas 144
1820 24 Jan 06 nicklas 145 }
1820 24 Jan 06 nicklas 146 finally
1820 24 Jan 06 nicklas 147 {
1820 24 Jan 06 nicklas 148   if (dc != null) dc.close();
1820 24 Jan 06 nicklas 149 }
1820 24 Jan 06 nicklas 150 if (forward != null)
1820 24 Jan 06 nicklas 151 {
6192 31 Oct 12 nicklas 152   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1820 24 Jan 06 nicklas 153   pageContext.forward(forward);
1820 24 Jan 06 nicklas 154 }
1820 24 Jan 06 nicklas 155 else if (redirect != null)
1820 24 Jan 06 nicklas 156 {
6192 31 Oct 12 nicklas 157   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1820 24 Jan 06 nicklas 158   response.sendRedirect(redirect);
1820 24 Jan 06 nicklas 159 }
1820 24 Jan 06 nicklas 160 else if (message == null)
1820 24 Jan 06 nicklas 161 {
1820 24 Jan 06 nicklas 162   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1820 24 Jan 06 nicklas 163 }
1820 24 Jan 06 nicklas 164 else
1820 24 Jan 06 nicklas 165 {
1820 24 Jan 06 nicklas 166   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1820 24 Jan 06 nicklas 167 }
1820 24 Jan 06 nicklas 168
3675 16 Aug 07 jari 169 %>

Generated on Sat Oct  7 02:46:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)