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3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
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1820 24 Jan 06 nicklas 64   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
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1820 24 Jan 06 nicklas 66 <%
1820 24 Jan 06 nicklas 67 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1820 24 Jan 06 nicklas 68 final String ID = sc.getId();
1820 24 Jan 06 nicklas 69 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
1820 24 Jan 06 nicklas 70 final int itemId = cc.getId();
1820 24 Jan 06 nicklas 71 final int arrayDesignId = Values.getInt(request.getParameter("arraydesign_id"));
1820 24 Jan 06 nicklas 72 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 73 final DbControl dc = sc.newDbControl(":View "+itemType);
1820 24 Jan 06 nicklas 74 try
1820 24 Jan 06 nicklas 75 {
7014 12 Nov 15 nicklas 76   final boolean readReporter = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.REPORTER);
4698 10 Dec 08 nicklas 77   Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
4698 10 Dec 08 nicklas 78   Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
4860 27 Mar 09 martin 79   WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
4860 27 Mar 09 martin 80   WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
1820 24 Jan 06 nicklas 81   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 82
1820 24 Jan 06 nicklas 83   final ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
5319 20 Apr 10 nicklas 84   FeatureData feature = design.getFeatureById(itemId, true);
7014 12 Nov 15 nicklas 85   ReporterData reporter = readReporter ? feature.getReporter() : null;
5917 19 Dec 11 nicklas 86
1820 24 Jan 06 nicklas 87   ArrayDesignBlock block = Feature.getArrayDesignBlock(dc, feature);
1941 08 Feb 06 nicklas 88   
5917 19 Dec 11 nicklas 89   Well well = null;
5917 19 Dec 11 nicklas 90   boolean readWell = true;
5917 19 Dec 11 nicklas 91   try
5917 19 Dec 11 nicklas 92   {
5917 19 Dec 11 nicklas 93     well = Feature.getWell(dc, feature);
5917 19 Dec 11 nicklas 94   }
5917 19 Dec 11 nicklas 95   catch (PermissionDeniedException ex)
5917 19 Dec 11 nicklas 96   {
5917 19 Dec 11 nicklas 97     readWell = false;
5917 19 Dec 11 nicklas 98   }
5917 19 Dec 11 nicklas 99
1941 08 Feb 06 nicklas 100   String title = "Feature of "+HTML.encodeTags(design.getName()) + " at position " + feature.getPosition();
1820 24 Jan 06 nicklas 101   %>
6307 15 Aug 13 nicklas 102   <base:page title="<%=title%>" type="popup" id="view-page">
6307 15 Aug 13 nicklas 103   <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~features.js" styles="tabcontrol.css">
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6520 18 Aug 14 nicklas 105   <base:body data-read-only="1">
5917 19 Dec 11 nicklas 106     <h1><%=title%> <base:help helpid="feature.view.properties" /></h1>
5917 19 Dec 11 nicklas 107
5917 19 Dec 11 nicklas 108     <t:tabcontrol id="feature" 
5917 19 Dec 11 nicklas 109       subclass="content dialogtabcontrol"
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5917 19 Dec 11 nicklas 111     <t:tab id="feat" title="Feature">
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5917 19 Dec 11 nicklas 113       <table class="fullform outlined">
5924 13 Jan 12 nicklas 114       <tbody class="sectionheader">
5917 19 Dec 11 nicklas 115         <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 116           <th colspan="6">Array design</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 117         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 118       </tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 119       <tbody>
1820 24 Jan 06 nicklas 120       <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 121         <th>Name</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 122         <td colspan="5"><%=HTML.encodeTags(design.getName())%></td>
1820 24 Jan 06 nicklas 123       </tr>
1820 24 Jan 06 nicklas 124       <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 125         <th>Platform / Variant</th>
6146 21 Sep 12 nicklas 126         <td colspan="5"><base:propertyvalue item="<%=design%>" property="platform" enablePropertyLink="false"/> / <base:propertyvalue item="<%=design%>" property="variant" enablePropertyLink="false"/></td>
1820 24 Jan 06 nicklas 127       </tr>
4093 18 Jan 08 enell 128       <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 129         <th>Feature identification method</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 130         <td colspan="5"><%=design.getFeatureIdentificationMethod()%></td>
4093 18 Jan 08 enell 131       </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 132       </tbody>
1820 24 Jan 06 nicklas 133       
5924 13 Jan 12 nicklas 134       <tbody class="sectionheader">
5917 19 Dec 11 nicklas 135         <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 136           <th colspan="6">Feature / block</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 137         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 138       </tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 139       
5917 19 Dec 11 nicklas 140       <tbody>
1820 24 Jan 06 nicklas 141       <tr>
6146 21 Sep 12 nicklas 142         <th>Feature ID</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 143         <td><%=HTML.encodeTags(feature.getExternalId())%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 144         <th class="leftborder">Reporter</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 145         <td><%=reporter == null ? "<i>- none -</i>" : HTML.encodeTags(reporter.getName())%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 146         <th class="leftborder">Diameter</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 147         <td><%=block.getFeatureDiameter()%></td>
4093 18 Jan 08 enell 148       </tr>
4093 18 Jan 08 enell 149       <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 150         <th>Position</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 151         <td><%=feature.getPosition()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 152         <th class="leftborder">Meta grid X</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 153         <td><%=block.getMetaGridX()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 154         <th class="leftborder">Meta grid Y</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 155         <td><%=block.getMetaGridY()%></td>
1820 24 Jan 06 nicklas 156       </tr>
1820 24 Jan 06 nicklas 157       <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 158         <th>Block number</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 159         <td><%=block.getBlockNumber()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 160         <th class="leftborder">Block size X</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 161         <td><%=block.getBlockSizeX()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 162         <th class="leftborder">Block size Y</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 163         <td><%=block.getBlockSizeY()%></td>
1820 24 Jan 06 nicklas 164       </tr>
1820 24 Jan 06 nicklas 165       <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 166         <th>Row</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 167         <td><%=feature.getRow()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 168         <th class="leftborder">Origin X</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 169         <td><%=block.getOriginX()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 170         <th class="leftborder">Origin Y</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 171         <td><%=block.getOriginY()%></td>
1820 24 Jan 06 nicklas 172       </tr>
1820 24 Jan 06 nicklas 173       <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 174         <th>Column</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 175         <td><%=feature.getColumn()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 176         <th class="leftborder">Spacing X</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 177         <td><%=block.getSpacingX()%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 178         <th class="leftborder">Spacing Y</th>
1820 24 Jan 06 nicklas 179         <td><%=block.getSpacingY()%></td>
1820 24 Jan 06 nicklas 180       </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 181       </tbody>
1820 24 Jan 06 nicklas 182       
5924 13 Jan 12 nicklas 183       <tbody class="sectionheader">
1941 08 Feb 06 nicklas 184         <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 185           <th colspan="6">Plage / well</th>
1941 08 Feb 06 nicklas 186         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 187       </tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 188       
5917 19 Dec 11 nicklas 189       <tbody>
1941 08 Feb 06 nicklas 190         <%
5917 19 Dec 11 nicklas 191         if (!readWell)
1941 08 Feb 06 nicklas 192         {
5917 19 Dec 11 nicklas 193           %>
5917 19 Dec 11 nicklas 194           <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 195             <th>Plate</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 196             <td colspan="5"><i>- denied -</i></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 197           </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 198           <%
1941 08 Feb 06 nicklas 199         }
5917 19 Dec 11 nicklas 200         else if (well == null)
1941 08 Feb 06 nicklas 201         {
5917 19 Dec 11 nicklas 202           %>
1941 08 Feb 06 nicklas 203           <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 204             <th>Plate</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 205             <td colspan="5"><i>- none -</i></td>
1941 08 Feb 06 nicklas 206           </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 207           <%
5917 19 Dec 11 nicklas 208         }
5917 19 Dec 11 nicklas 209         else
5917 19 Dec 11 nicklas 210         {
5917 19 Dec 11 nicklas 211           Plate plate = well.getPlate();
5917 19 Dec 11 nicklas 212           %>
1941 08 Feb 06 nicklas 213           <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 214             <th>Plate</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 215             <td colspan="5"><%=HTML.encodeTags(plate.getName())%></td>
1941 08 Feb 06 nicklas 216           </tr>
1941 08 Feb 06 nicklas 217           <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 218             <th>Well</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 219             <td colspan="5"><%=rowFormatter.format(well.getRow())%><%=columnFormatter.format(well.getColumn())%></td>
1941 08 Feb 06 nicklas 220           </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 221           <%
5917 19 Dec 11 nicklas 222         }
5917 19 Dec 11 nicklas 223         %>
5917 19 Dec 11 nicklas 224         <tr class="dynamic">
5917 19 Dec 11 nicklas 225           <th></th>
5917 19 Dec 11 nicklas 226           <td colspan="5"></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 227         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 228       </tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 229       </table>
5917 19 Dec 11 nicklas 230     </t:tab>
7014 12 Nov 15 nicklas 231     <t:tab id="reporter" title="Reporter" >
7014 12 Nov 15 nicklas 232       <%
7014 12 Nov 15 nicklas 233       if (reporter == null)
5917 19 Dec 11 nicklas 234       {
7014 12 Nov 15 nicklas 235         %>
7014 12 Nov 15 nicklas 236         <table class="fullcc bg-filled-50"><tr><td>
7014 12 Nov 15 nicklas 237         <b><%=readReporter ? "No reporter" : "Denied" %></b>
7014 12 Nov 15 nicklas 238         </td></tr></table>
7014 12 Nov 15 nicklas 239         <%
5917 19 Dec 11 nicklas 240       }
7014 12 Nov 15 nicklas 241       else
5917 19 Dec 11 nicklas 242       {
7014 12 Nov 15 nicklas 243         boolean readCurrentReporterType = true;
7014 12 Nov 15 nicklas 244         ReporterType currentReporterType = null;
7014 12 Nov 15 nicklas 245         try
7014 12 Nov 15 nicklas 246         {
7014 12 Nov 15 nicklas 247           currentReporterType = Reporter.getReporterType(dc, reporter);
7014 12 Nov 15 nicklas 248         }
7014 12 Nov 15 nicklas 249         catch (PermissionDeniedException ex)
7014 12 Nov 15 nicklas 250         {
7014 12 Nov 15 nicklas 251           readCurrentReporterType = false;
7014 12 Nov 15 nicklas 252         }
7014 12 Nov 15 nicklas 253         %>
5917 19 Dec 11 nicklas 254         <table class="fullform outlined">
5924 13 Jan 12 nicklas 255         <tbody class="sectionheader">
1941 08 Feb 06 nicklas 256           <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 257             <th colspan="4">Common reporter properties</th>
1941 08 Feb 06 nicklas 258           </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 259         </tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 260         <tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 261         
5917 19 Dec 11 nicklas 262         <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 263           <th>Name</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 264           <td><%=HTML.encodeTags(reporter.getName())%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 265           <th class="leftborder">External ID</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 266           <td><%=HTML.encodeTags(reporter.getExternalId())%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 267         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 268         <tr>
6146 21 Sep 12 nicklas 269           <th>Gene symbol</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 270           <td><%=HTML.encodeTags(reporter.getSymbol())%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 271           <th class="leftborder">Type</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 272           <td><%=Base.getEncodedName(currentReporterType, !readCurrentReporterType)%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 273         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 274         <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 275           <th>Last update</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 276           <td><%=dateFormatter.format(reporter.getLastUpdate())%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 277           <th class="leftborder">from/by</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 278           <td><%=reporter.getLastSource() %></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 279         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 280         <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 281           <th>Description</th>
5917 19 Dec 11 nicklas 282           <td colspan="3"><%=HTML.niceFormat(reporter.getDescription())%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 283         </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 284         </tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 285         
5924 13 Jan 12 nicklas 286         <tbody class="sectionheader">
1941 08 Feb 06 nicklas 287           <tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 288             <th colspan="4">Extended reporter properties</th>
4698 10 Dec 08 nicklas 289           </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 290         </tbody>
5917 19 Dec 11 nicklas 291         <tbody>
2747 19 Oct 06 enell 292           <%
5917 19 Dec 11 nicklas 293             List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
5917 19 Dec 11 nicklas 294             if (reporterProperties != null)
1941 08 Feb 06 nicklas 295             {
5917 19 Dec 11 nicklas 296               boolean needsTr = true;
5917 19 Dec 11 nicklas 297               for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
5917 19 Dec 11 nicklas 298               {
5917 19 Dec 11 nicklas 299                 String name = ep.getName();
7605 26 Feb 19 nicklas 300                 Formatter<Object> f = FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep);
5917 19 Dec 11 nicklas 301                 String value = f.format(reporter.getExtended(name));
5917 19 Dec 11 nicklas 302                 %>
6146 21 Sep 12 nicklas 303                   <%=needsTr ? "<tr><th>" : "<th class=\"leftborder\">" %><%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%></th>
5917 19 Dec 11 nicklas 304                   <td><%=value%></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 305                   <%=needsTr ? "" : "</tr>"%>
5917 19 Dec 11 nicklas 306                 <%
5917 19 Dec 11 nicklas 307                 needsTr = !needsTr;
5917 19 Dec 11 nicklas 308               }
1941 08 Feb 06 nicklas 309               %>
5917 19 Dec 11 nicklas 310               <%=needsTr ? "" : "<th class=\"leftborder\"></th><td></td></tr>"%>
1941 08 Feb 06 nicklas 311               <%
1941 08 Feb 06 nicklas 312             }
1941 08 Feb 06 nicklas 313             %>
5917 19 Dec 11 nicklas 314           <tr class="dynamic">
5917 19 Dec 11 nicklas 315             <th></th>
5917 19 Dec 11 nicklas 316             <td></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 317             <th class="leftborder"></th>
5917 19 Dec 11 nicklas 318             <td></td>
5917 19 Dec 11 nicklas 319           </tr>
5917 19 Dec 11 nicklas 320         </tbody>
1941 08 Feb 06 nicklas 321         </table>
7014 12 Nov 15 nicklas 322         <%
7014 12 Nov 15 nicklas 323       }
7014 12 Nov 15 nicklas 324       %>
7014 12 Nov 15 nicklas 325     </t:tab>
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1820 24 Jan 06 nicklas 335 }
1820 24 Jan 06 nicklas 336 finally
1820 24 Jan 06 nicklas 337 {
1820 24 Jan 06 nicklas 338   if (dc != null) dc.close();
1820 24 Jan 06 nicklas 339 }
1820 24 Jan 06 nicklas 340
1820 24 Jan 06 nicklas 341 %>

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