www/views/derivedbioassays/ajax.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5685 04 Aug 11 nicklas 1 <%-- $Id $
5685 04 Aug 11 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5685 04 Aug 11 nicklas 3   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5685 04 Aug 11 nicklas 4
5685 04 Aug 11 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5685 04 Aug 11 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5685 04 Aug 11 nicklas 7
5685 04 Aug 11 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5685 04 Aug 11 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5685 04 Aug 11 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5685 04 Aug 11 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5685 04 Aug 11 nicklas 12
5685 04 Aug 11 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5685 04 Aug 11 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5685 04 Aug 11 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5685 04 Aug 11 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5685 04 Aug 11 nicklas 17
5685 04 Aug 11 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5685 04 Aug 11 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5685 04 Aug 11 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5685 04 Aug 11 nicklas 21
5685 04 Aug 11 nicklas 22   @author Nicklas
5685 04 Aug 11 nicklas 23 --%>
5685 04 Aug 11 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" contentType="application/json" 
5685 04 Aug 11 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5685 04 Aug 11 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5685 04 Aug 11 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
5685 04 Aug 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
5685 04 Aug 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Extract"
5685 04 Aug 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
5685 04 Aug 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
5685 04 Aug 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.SpecialQuery"
6095 30 Aug 12 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
6095 30 Aug 12 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Include"
6095 30 Aug 12 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Type"
5750 20 Sep 11 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
5685 04 Aug 11 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
6095 30 Aug 12 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
6095 30 Aug 12 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
5685 04 Aug 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
5685 04 Aug 11 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
5685 04 Aug 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5685 04 Aug 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.util.Values"
6799 25 Mar 15 nicklas 44   import="net.sf.basedb.util.listable.TransformContext"
6799 25 Mar 15 nicklas 45   import="net.sf.basedb.util.listable.ExtractToParentExtractTransformer"
6799 25 Mar 15 nicklas 46   import="net.sf.basedb.util.listable.SourceItemTransformer"
5685 04 Aug 11 nicklas 47   import="net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil"
5685 04 Aug 11 nicklas 48   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5685 04 Aug 11 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5685 04 Aug 11 nicklas 50   import="org.json.simple.JSONObject"
5685 04 Aug 11 nicklas 51   import="org.json.simple.JSONArray"
5685 04 Aug 11 nicklas 52   import="java.util.Date"
6095 30 Aug 12 nicklas 53   import="java.util.Arrays"
6095 30 Aug 12 nicklas 54   import="java.util.List"
6095 30 Aug 12 nicklas 55   import="java.util.Set"
6095 30 Aug 12 nicklas 56   import="java.util.HashSet"
5685 04 Aug 11 nicklas 57 %>
5685 04 Aug 11 nicklas 58 <%
6124 13 Sep 12 nicklas 59 response.setHeader("Cache-Control", "no-cache, max-age=0");
5685 04 Aug 11 nicklas 60 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5685 04 Aug 11 nicklas 61 final String ID = sc.getId();
5685 04 Aug 11 nicklas 62 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5685 04 Aug 11 nicklas 63 final String root = request.getContextPath()+"/";
5685 04 Aug 11 nicklas 64 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
5685 04 Aug 11 nicklas 65 out.clear();
5685 04 Aug 11 nicklas 66 JSONObject json = new JSONObject();
5685 04 Aug 11 nicklas 67 json.put("status", "ok");
5685 04 Aug 11 nicklas 68 DbControl dc = null;
5685 04 Aug 11 nicklas 69 try
5685 04 Aug 11 nicklas 70 {
7603 22 Feb 19 nicklas 71   if ("GetArrayDesign".equals(cmd))
5685 04 Aug 11 nicklas 72   {
7954 12 May 21 nicklas 73     dc = sc.newDbControl(":Get array design information");
5685 04 Aug 11 nicklas 74     try
5685 04 Aug 11 nicklas 75     {
5750 20 Sep 11 nicklas 76       DerivedBioAssay dba = DerivedBioAssay.getById(dc, itemId);
5750 20 Sep 11 nicklas 77       ArrayDesign d = dba.getArrayDesign();
5750 20 Sep 11 nicklas 78       if (d != null)
5750 20 Sep 11 nicklas 79       {
5750 20 Sep 11 nicklas 80         json.put("id", d.getId());
5750 20 Sep 11 nicklas 81         json.put("name", d.getName());
5750 20 Sep 11 nicklas 82         json.put("description", d.getDescription());
5750 20 Sep 11 nicklas 83         json.put("numArrays", d.getNumArrays());
5750 20 Sep 11 nicklas 84       }
5750 20 Sep 11 nicklas 85     }
5750 20 Sep 11 nicklas 86     catch (PermissionDeniedException pex)
5750 20 Sep 11 nicklas 87     {}
5750 20 Sep 11 nicklas 88     dc.close();
5750 20 Sep 11 nicklas 89   }
6095 30 Aug 12 nicklas 90   else if ("GetAllExtractIds".equals(cmd))
6095 30 Aug 12 nicklas 91   {
7954 12 May 21 nicklas 92     dc = sc.newDbControl(":Get all extracts");
6095 30 Aug 12 nicklas 93     
6095 30 Aug 12 nicklas 94     Integer[] bioAssayIds = Values.getInt(request.getParameter("bioassay_ids").split(","));
6095 30 Aug 12 nicklas 95
6095 30 Aug 12 nicklas 96     // Load all extracts that are directly linked with the given physical bioassays
6095 30 Aug 12 nicklas 97     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
6095 30 Aug 12 nicklas 98     query.include(Include.ALL);
6095 30 Aug 12 nicklas 99     query.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
6095 30 Aug 12 nicklas 100     query.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
6095 30 Aug 12 nicklas 101     query.join(Hql.innerJoin("evt", "physicalBioAssay", "pba"));
6095 30 Aug 12 nicklas 102     query.join(Hql.innerJoin("pba", "derivedBioAssays", "dba"));
6095 30 Aug 12 nicklas 103     query.restrict(Restrictions.in(Hql.alias("dba"), Expressions.parameter("bioAssays")));
6095 30 Aug 12 nicklas 104     query.setParameter("bioAssays", Arrays.asList(bioAssayIds), Type.INT);
6799 25 Mar 15 nicklas 105     Set<Integer> primaryExtracts = new HashSet<Integer>(query.idList(dc));
6095 30 Aug 12 nicklas 106     
6799 25 Mar 15 nicklas 107     // Use the ExtractToParentExtractTransformer to load all parent extracts as well
6799 25 Mar 15 nicklas 108     SourceItemTransformer transformer = new ExtractToParentExtractTransformer(true);
6799 25 Mar 15 nicklas 109     Set<Integer> allExtracts = transformer.transform(new TransformContext(dc), primaryExtracts);
6095 30 Aug 12 nicklas 110     
6095 30 Aug 12 nicklas 111     JSONArray jsonExtracts = new JSONArray();
6799 25 Mar 15 nicklas 112     for (Integer e : allExtracts)
6095 30 Aug 12 nicklas 113     {
6799 25 Mar 15 nicklas 114       jsonExtracts.add(e);
6095 30 Aug 12 nicklas 115     }
6095 30 Aug 12 nicklas 116     
6095 30 Aug 12 nicklas 117     json.put("allExtractIds", jsonExtracts);
6095 30 Aug 12 nicklas 118     dc.commit();
6095 30 Aug 12 nicklas 119   }
5685 04 Aug 11 nicklas 120   else
5685 04 Aug 11 nicklas 121   {
5685 04 Aug 11 nicklas 122     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5685 04 Aug 11 nicklas 123   }
5685 04 Aug 11 nicklas 124 }
5685 04 Aug 11 nicklas 125 catch (Throwable t)
5685 04 Aug 11 nicklas 126 {
5685 04 Aug 11 nicklas 127   t.printStackTrace();
5685 04 Aug 11 nicklas 128   json.clear();
5685 04 Aug 11 nicklas 129   json.put("status", "error");
5685 04 Aug 11 nicklas 130   json.put("message", t.getMessage());
5685 04 Aug 11 nicklas 131   json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
5685 04 Aug 11 nicklas 132 }
5685 04 Aug 11 nicklas 133 finally
5685 04 Aug 11 nicklas 134 {
5685 04 Aug 11 nicklas 135   json.writeJSONString(out);
5685 04 Aug 11 nicklas 136   out.flush();
5685 04 Aug 11 nicklas 137   if (dc != null) dc.close();
5685 04 Aug 11 nicklas 138 }
5685 04 Aug 11 nicklas 139 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)