www/views/derivedbioassays/bioassays.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var BioAssays = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var bioassays = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   
7604 25 Feb 19 nicklas 30   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 31     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 32   */
7604 25 Feb 19 nicklas 33   bioassays.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 34   {
7604 25 Feb 19 nicklas 35     var pageId = Doc.getPageId();
7604 25 Feb 19 nicklas 36     if (pageId == 'edit-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 37     {
7604 25 Feb 19 nicklas 38       // Save + Close buttons
7604 25 Feb 19 nicklas 39       Buttons.addClickHandler('btnSave', bioassays.save);
7604 25 Feb 19 nicklas 40       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 41
7604 25 Feb 19 nicklas 42       // Tab validation
7604 25 Feb 19 nicklas 43       TabControl.addTabActivateListener('settings.annotations', bioassays.loadAnnotationsFrame);
7604 25 Feb 19 nicklas 44       TabControl.addTabActivateListener('settings.datafiles', bioassays.loadDataFilesFrame);
7604 25 Feb 19 nicklas 45       TabControl.addTabValidator('settings.info', bioassays.validateBioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 46
7604 25 Feb 19 nicklas 47       // Subtype
7604 25 Feb 19 nicklas 48       Events.addEventHandler('subtype_id', 'change', bioassays.subtypeOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 49
7604 25 Feb 19 nicklas 50       // Extract
7604 25 Feb 19 nicklas 51       Buttons.addClickHandler('extract_id.select', bioassays.selectExtract);
7604 25 Feb 19 nicklas 52       Events.addEventHandler('extract_id', 'base-selected', Items.onItemSelected);
7604 25 Feb 19 nicklas 53       
7604 25 Feb 19 nicklas 54       // Protocol
7604 25 Feb 19 nicklas 55       Buttons.addClickHandler('protocol_id.select', bioassays.selectProtocol);
7604 25 Feb 19 nicklas 56       Events.addEventHandler('protocol_id', 'base-selected', Items.onItemSelected);
7604 25 Feb 19 nicklas 57
7604 25 Feb 19 nicklas 58       // Kit
7604 25 Feb 19 nicklas 59       Buttons.addClickHandler('kit_id.select', bioassays.selectKit);
7604 25 Feb 19 nicklas 60       Events.addEventHandler('kit_id', 'base-selected', Items.onItemSelected);
7604 25 Feb 19 nicklas 61       
7604 25 Feb 19 nicklas 62       // Hardware
7604 25 Feb 19 nicklas 63       Buttons.addClickHandler('hardware_id.select', bioassays.selectHardware);
7604 25 Feb 19 nicklas 64       Events.addEventHandler('hardware_id', 'base-selected', Items.onItemSelected);
7604 25 Feb 19 nicklas 65       
7604 25 Feb 19 nicklas 66       // Software
7604 25 Feb 19 nicklas 67       Buttons.addClickHandler('software_id.select', bioassays.selectSoftware);
7604 25 Feb 19 nicklas 68       Events.addEventHandler('software_id', 'base-selected', Items.onItemSelected);
7604 25 Feb 19 nicklas 69       
7604 25 Feb 19 nicklas 70       // Parent derived bioassays
7604 25 Feb 19 nicklas 71       Buttons.addClickHandler('btnAddParents', bioassays.addParents);
7604 25 Feb 19 nicklas 72       
7604 25 Feb 19 nicklas 73       // Parent physical bioassays
7604 25 Feb 19 nicklas 74       Buttons.addClickHandler('btnAddPhysicalBioAssays', bioassays.addPhysicalBioAssays);
7604 25 Feb 19 nicklas 75       
7604 25 Feb 19 nicklas 76       // Parent type
7604 25 Feb 19 nicklas 77       Events.addEventHandler('isRoot', 'click', bioassays.isRootOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 78       Events.addEventHandler('isChild', 'click', bioassays.isRootOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 79       var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 80       if (frm.isRoot) 
7604 25 Feb 19 nicklas 81       {
7604 25 Feb 19 nicklas 82         bioassays.isRootOnChange();
7604 25 Feb 19 nicklas 83       }
7604 25 Feb 19 nicklas 84     }
7604 25 Feb 19 nicklas 85     else if (pageId == 'view-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 86     {
7604 25 Feb 19 nicklas 87       var itemId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 88       var attributes = {'item-type': 'DERIVEDBIOASSAY', 'item-id': itemId};
7604 25 Feb 19 nicklas 89       
7604 25 Feb 19 nicklas 90       Buttons.addClickHandler('btnEdit', Buttons.editItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 91       Buttons.addClickHandler('btnDelete', Buttons.deleteItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 92       Buttons.addClickHandler('btnRestore', Buttons.restoreItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 93       Buttons.addClickHandler('btnUsingItems', Buttons.showUsingItems, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 94       Buttons.addClickHandler('btnDeletePermanently', Buttons.deleteItemPermanently, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 95       Buttons.addClickHandler('btnShare', Buttons.shareItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 96       Buttons.addClickHandler('btnSetOwner', Buttons.setOwner, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 97       Buttons.addClickHandler('btnNewChildBioAssay', bioassays.newChildBioAssay, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 98       Buttons.addClickHandler('btnNewRawBioAssay', bioassays.newRawBioAssay, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 99       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 100       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 101       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 102       Buttons.addClickHandler('btnRunAnalysisPlugin', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 103       
7604 25 Feb 19 nicklas 104       TabControl.addTabActivateListener('main.annotations', AnnotationsList.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 105       TabControl.addTabActivateListener('main.overview', Overview.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 106       TabControl.addTabActivateListener('main.history', History.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 107     }
7604 25 Feb 19 nicklas 108     else if (pageId == 'list-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 109     {
7604 25 Feb 19 nicklas 110       var attributes = {'item-type': 'DERIVEDBIOASSAY'};
7604 25 Feb 19 nicklas 111       var tableAttributes = {'table-id': 'bioassays'};
7604 25 Feb 19 nicklas 112       Buttons.addClickHandler('btnNewItem', Buttons.newItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 113       Buttons.addClickHandler('btnDeleteItems', Buttons.deleteItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 114       Buttons.addClickHandler('btnRestoreItems', Buttons.restoreItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 115       Buttons.addClickHandler('btnShareItems', Buttons.shareItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 116       Buttons.addClickHandler('btnSetOwner', Buttons.setOwnerOfItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 117       Buttons.addClickHandler('btnColumns', Buttons.configureColumns, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 118       Buttons.addClickHandler('btnInheritAnnotations', Buttons.inheritAnnotations, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 119       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 120       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 121       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 122       Buttons.addClickHandler('btnNewMergedDerivedBioAssay', bioassays.newMergedDerivedBioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 123       Buttons.addClickHandler('btnNewItemList', bioassays.newItemListOnClick);
7813 19 May 20 nicklas 124       Buttons.addClickHandler('btnAddToItemList', bioassays.addToItemListOnClick);
7604 25 Feb 19 nicklas 125
7604 25 Feb 19 nicklas 126       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 127       Buttons.addClickHandler('btnOk', Buttons.returnSelected, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 128     }
7604 25 Feb 19 nicklas 129   }
7604 25 Feb 19 nicklas 130   
7604 25 Feb 19 nicklas 131   bioassays.initElements = function(element, autoInit)
7604 25 Feb 19 nicklas 132   {
7604 25 Feb 19 nicklas 133     if (autoInit == 'new-child-bioassay')
7604 25 Feb 19 nicklas 134     {
7604 25 Feb 19 nicklas 135       Buttons.addClickHandler(element, bioassays.newChildBioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 136     }
7604 25 Feb 19 nicklas 137     else if (autoInit == 'new-raw-bioassay')
7604 25 Feb 19 nicklas 138     {
7604 25 Feb 19 nicklas 139       Buttons.addClickHandler(element, bioassays.newRawBioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 140     }
7604 25 Feb 19 nicklas 141   }
7604 25 Feb 19 nicklas 142   
7604 25 Feb 19 nicklas 143   bioassays.newMergedDerivedBioAssay = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 144   {
7604 25 Feb 19 nicklas 145     if (!Table.checkIfSelected('bioassays'))
7604 25 Feb 19 nicklas 146     {
7604 25 Feb 19 nicklas 147       return;
7604 25 Feb 19 nicklas 148     }
7604 25 Feb 19 nicklas 149     Table.submitToPopup('bioassays', 'NewMergedDerivedBioAssay', 750, 500);
7604 25 Feb 19 nicklas 150   }
7604 25 Feb 19 nicklas 151
7604 25 Feb 19 nicklas 152   bioassays.newChildBioAssay = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 153   {
7604 25 Feb 19 nicklas 154     var parentId = Data.int(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 155     Items.newItem('DERIVEDBIOASSAY', '&parent_id='+parentId);
7604 25 Feb 19 nicklas 156   }
7604 25 Feb 19 nicklas 157
7604 25 Feb 19 nicklas 158   bioassays.newRawBioAssay = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 159   {
7604 25 Feb 19 nicklas 160     var parentId = Data.int(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 161     Items.newItem('RAWBIOASSAY', '&bioassay_id='+parentId);
7604 25 Feb 19 nicklas 162   }
7604 25 Feb 19 nicklas 163   
7604 25 Feb 19 nicklas 164   // Create a new item list with the selected items as members
7604 25 Feb 19 nicklas 165   bioassays.newItemListOnClick = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 166   {
7604 25 Feb 19 nicklas 167     var controller = Items.getController('ITEMLIST');
7604 25 Feb 19 nicklas 168     Table.submitToPopup('bioassays', 'CreateItemList', controller.width, controller.height);
7604 25 Feb 19 nicklas 169   }
7813 19 May 20 nicklas 170   // Add selected bioassays to an existing item list
7813 19 May 20 nicklas 171   bioassays.addToItemListOnClick = function()
7813 19 May 20 nicklas 172   {
7813 19 May 20 nicklas 173     Table.submitToPopup('bioassays', 'AddItemsToList', 450, 300);
7813 19 May 20 nicklas 174   }
7604 25 Feb 19 nicklas 175
7604 25 Feb 19 nicklas 176   
7604 25 Feb 19 nicklas 177   bioassays.validateBioAssay = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 178   {
7604 25 Feb 19 nicklas 179     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 180     if (Strings.trim(frm.name.value) == '')
7604 25 Feb 19 nicklas 181     {
7604 25 Feb 19 nicklas 182       Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
7604 25 Feb 19 nicklas 183       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 184     }
7604 25 Feb 19 nicklas 185     return true;
7604 25 Feb 19 nicklas 186   }
7604 25 Feb 19 nicklas 187
7604 25 Feb 19 nicklas 188   bioassays.save = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 189   {
7604 25 Feb 19 nicklas 190     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 191     if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
7604 25 Feb 19 nicklas 192     {
7604 25 Feb 19 nicklas 193       Annotations.saveModifiedAnnotationsToForm(frm);
7604 25 Feb 19 nicklas 194       DataFiles.writeFileActionsToForm(frm);
7604 25 Feb 19 nicklas 195       if (Doc.element('physicalBioAssays')) 
7604 25 Feb 19 nicklas 196       {
7604 25 Feb 19 nicklas 197         Link.exportActions('physicalBioAssays');
7604 25 Feb 19 nicklas 198       }
7604 25 Feb 19 nicklas 199       if (Doc.element('parents')) 
7604 25 Feb 19 nicklas 200       {
7604 25 Feb 19 nicklas 201         Link.exportActions('parents');
7604 25 Feb 19 nicklas 202       }
7604 25 Feb 19 nicklas 203       frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 204     }
7604 25 Feb 19 nicklas 205   }
7604 25 Feb 19 nicklas 206   
7604 25 Feb 19 nicklas 207   bioassays.loadAnnotationsFrame = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 208   {
7604 25 Feb 19 nicklas 209     Annotations.autoLoadEditFrame(bioassays.getProtocolId(), ItemSubtype.getSubtypeId('subtype_id'), bioassays.getParents());
7604 25 Feb 19 nicklas 210   }
7604 25 Feb 19 nicklas 211
7604 25 Feb 19 nicklas 212   bioassays.loadDataFilesFrame = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 213   {
7604 25 Feb 19 nicklas 214     var subtypeId = ItemSubtype.getSubtypeId('subtype_id');
7604 25 Feb 19 nicklas 215     DataFiles.autoLoadEditFrame(0, 0, subtypeId);
7604 25 Feb 19 nicklas 216   }
7604 25 Feb 19 nicklas 217   
7604 25 Feb 19 nicklas 218   bioassays.getProtocolId = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 219   {
7604 25 Feb 19 nicklas 220     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 221     var protocolId = 0;
7604 25 Feb 19 nicklas 222     if (frm.protocol_id.length > 0 && !frm.protocol_id.disabled) 
7604 25 Feb 19 nicklas 223     {
7604 25 Feb 19 nicklas 224       protocolId = Math.abs(parseInt(frm.protocol_id.value));        
7604 25 Feb 19 nicklas 225     }
7604 25 Feb 19 nicklas 226     return protocolId;
7604 25 Feb 19 nicklas 227   }
7604 25 Feb 19 nicklas 228   
7604 25 Feb 19 nicklas 229   bioassays.getParents = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 230   {
7604 25 Feb 19 nicklas 231     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 232     
7604 25 Feb 19 nicklas 233     var parents = [];
7604 25 Feb 19 nicklas 234     if (frm.physicalBioAssays && (!frm.isRoot || frm.isRoot[0].checked))
7604 25 Feb 19 nicklas 235     {
7604 25 Feb 19 nicklas 236       var ids = Link.getIdsInList(frm.physicalBioAssays, 'PHYSICALBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 237       if (ids.length > 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 238       {
7604 25 Feb 19 nicklas 239         parents[parents.length] = 'PHYSICALBIOASSAY:'+ids.join(':');
7604 25 Feb 19 nicklas 240       }
7604 25 Feb 19 nicklas 241     }
7604 25 Feb 19 nicklas 242     else if (frm.parents && (!frm.isRoot || frm.isRoot[1].checked))
7604 25 Feb 19 nicklas 243     {
7604 25 Feb 19 nicklas 244       var ids = Link.getIdsInList(frm.parents, 'DERIVEDBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 245       if (ids.length > 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 246       {
7604 25 Feb 19 nicklas 247         parents[parents.length] = 'DERIVEDBIOASSAY:'+ids.join(':');
7604 25 Feb 19 nicklas 248       }
7604 25 Feb 19 nicklas 249     }
7604 25 Feb 19 nicklas 250     var extractId = Math.abs(parseInt(frm.extract_id.value));
7604 25 Feb 19 nicklas 251     if (extractId > 0) parents[parents.length] = 'EXTRACT:'+extractId;
7604 25 Feb 19 nicklas 252     var protocolId = Math.abs(parseInt(frm.protocol_id.value));
7604 25 Feb 19 nicklas 253     if (protocolId > 0) parents[parents.length] = 'PROTOCOL:'+protocolId;
7604 25 Feb 19 nicklas 254     var hardwareId = Math.abs(parseInt(frm.hardware_id.value));
7604 25 Feb 19 nicklas 255     if (hardwareId > 0) parents[parents.length] = 'HARDWARE:'+hardwareId;
7604 25 Feb 19 nicklas 256     var softwareId = Math.abs(parseInt(frm.software_id.value));
7604 25 Feb 19 nicklas 257     if (softwareId > 0) parents[parents.length] = 'SOFTWARE:'+softwareId;
7604 25 Feb 19 nicklas 258     var kitId = Math.abs(parseInt(frm.kit_id.value));
7604 25 Feb 19 nicklas 259     if (kitId > 0) parents[parents.length] = 'KIT:'+kitId;
7604 25 Feb 19 nicklas 260     return parents;
7604 25 Feb 19 nicklas 261   }
7604 25 Feb 19 nicklas 262   
7604 25 Feb 19 nicklas 263   bioassays.subtypeOnChange = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 264   {
7604 25 Feb 19 nicklas 265     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 266     var subtypeId = ItemSubtype.getSubtypeId('subtype_id');
7604 25 Feb 19 nicklas 267     var recentInfo = ItemSubtype.getRelatedProjectDefaultAndRecentItems('DERIVEDBIOASSAY', subtypeId, ['PROTOCOL', 'KIT', 'HARDWARE', 'SOFTWARE']);
7604 25 Feb 19 nicklas 268     ItemSubtype.updateSelectionList(frm.protocol_id, recentInfo.PROTOCOL['recent'], recentInfo.PROTOCOL['default']);
7604 25 Feb 19 nicklas 269     ItemSubtype.updateSelectionList(frm.kit_id, recentInfo.KIT['recent']);
7604 25 Feb 19 nicklas 270     ItemSubtype.updateSelectionList(frm.hardware_id, recentInfo.HARDWARE['recent'], recentInfo.HARDWARE['default']);
7604 25 Feb 19 nicklas 271     ItemSubtype.updateSelectionList(frm.software_id, recentInfo.SOFTWARE['recent'], recentInfo.SOFTWARE['default']);
7604 25 Feb 19 nicklas 272   }
7604 25 Feb 19 nicklas 273   
7604 25 Feb 19 nicklas 274   bioassays.selectProtocol = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 275   {
7604 25 Feb 19 nicklas 276     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 277     var url = '&resetTemporary=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 278     url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'PROTOCOL');
7604 25 Feb 19 nicklas 279     if (frm.protocol_id.length > 1) 
7604 25 Feb 19 nicklas 280     {
7604 25 Feb 19 nicklas 281       var id = Math.abs(parseInt(frm.protocol_id[1].value));        
7604 25 Feb 19 nicklas 282       url += '&item_id='+id;
7604 25 Feb 19 nicklas 283     }
7604 25 Feb 19 nicklas 284     Dialogs.selectItem('PROTOCOL', 'protocol_id', 0, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 285   }
7604 25 Feb 19 nicklas 286   
7604 25 Feb 19 nicklas 287   bioassays.selectKit = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 288   {
7604 25 Feb 19 nicklas 289     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 290     var url = '&resetTemporary=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 291     url += '&tmpfilter:BOOLEAN:inactive=0';
7604 25 Feb 19 nicklas 292     url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'KIT');
7604 25 Feb 19 nicklas 293     if (frm.kit_id.length > 1) 
7604 25 Feb 19 nicklas 294     {
7604 25 Feb 19 nicklas 295       var id = Math.abs(parseInt(frm.kit_id[1].value));        
7604 25 Feb 19 nicklas 296       url += '&item_id='+id;
7604 25 Feb 19 nicklas 297     }
7604 25 Feb 19 nicklas 298     Dialogs.selectItem('KIT', 'kit_id', 0, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 299   }
7604 25 Feb 19 nicklas 300   
7604 25 Feb 19 nicklas 301   bioassays.selectHardware = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 302   {
7604 25 Feb 19 nicklas 303     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 304     var url = '&resetTemporary=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 305     url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'HARDWARE');
7604 25 Feb 19 nicklas 306     if (frm.hardware_id.length > 1)
7604 25 Feb 19 nicklas 307     {
7604 25 Feb 19 nicklas 308       var id = Math.abs(parseInt(frm.hardware_id[1].value));        
7604 25 Feb 19 nicklas 309       url += '&item_id='+id;
7604 25 Feb 19 nicklas 310     }
7604 25 Feb 19 nicklas 311     Dialogs.selectItem('HARDWARE', 'hardware_id', 0, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 312   }
7604 25 Feb 19 nicklas 313   
7604 25 Feb 19 nicklas 314   bioassays.selectSoftware = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 315   {
7604 25 Feb 19 nicklas 316     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 317     var url = '&resetTemporary=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 318     url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'SOFTWARE');
7604 25 Feb 19 nicklas 319     if (frm.software_id.length > 1)
7604 25 Feb 19 nicklas 320     {
7604 25 Feb 19 nicklas 321       var id = Math.abs(parseInt(frm.software_id[1].value));        
7604 25 Feb 19 nicklas 322       url += '&item_id='+id;
7604 25 Feb 19 nicklas 323     }
7604 25 Feb 19 nicklas 324     Dialogs.selectItem('SOFTWARE', 'software_id', 0, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 325   }
7604 25 Feb 19 nicklas 326   
7604 25 Feb 19 nicklas 327   bioassays.isRootOnChange = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 328   {
7604 25 Feb 19 nicklas 329     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 330     var isRoot = frm.isRoot[0].checked;
7604 25 Feb 19 nicklas 331     Doc.showHide('physicalBioAssaySection', isRoot);
7604 25 Feb 19 nicklas 332     Doc.showHide('parentBioAssaySection', !isRoot);
7604 25 Feb 19 nicklas 333   }
7604 25 Feb 19 nicklas 334
7604 25 Feb 19 nicklas 335   bioassays.addParents = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 336   {
7604 25 Feb 19 nicklas 337     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 338     var current = Link.getIdsInList(frm.parents, 'DERIVEDBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 339     var url = "&resetTemporary=1&exclude="+current.join(',');
7604 25 Feb 19 nicklas 340     url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'DERIVEDBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 341     Dialogs.selectItem('DERIVEDBIOASSAY', 'parents', 1, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 342   }
7604 25 Feb 19 nicklas 343   
7604 25 Feb 19 nicklas 344   bioassays.addPhysicalBioAssays = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 345   {
7604 25 Feb 19 nicklas 346     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 347     var current = Link.getIdsInList(frm.physicalBioAssays, 'PHYSICALBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 348     var url = "&resetTemporary=1&exclude="+current.join(',');
7604 25 Feb 19 nicklas 349     url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'PHYSICALBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 350     Dialogs.selectItem('PHYSICALBIOASSAY', 'physicalBioAssays', 1, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 351   }
7604 25 Feb 19 nicklas 352   
7604 25 Feb 19 nicklas 353   bioassays.selectExtract = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 354   {
7604 25 Feb 19 nicklas 355     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 356     
7604 25 Feb 19 nicklas 357     var relatedExtractIds = null;
7604 25 Feb 19 nicklas 358     if (frm.physicalBioAssays && (!frm.isRoot || frm.isRoot[0].checked))
7604 25 Feb 19 nicklas 359     {
7604 25 Feb 19 nicklas 360       var ids = Link.getIdsInList(frm.physicalBioAssays, 'PHYSICALBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 361       if (ids.length > 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 362       {
7604 25 Feb 19 nicklas 363         var request = Ajax.getXmlHttpRequest();
7604 25 Feb 19 nicklas 364         var url = '../physicalbioassays/ajax.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 365         url += '&cmd=GetAllExtractIds&bioassay_ids=' + ids.join(',');
7604 25 Feb 19 nicklas 366         request.open("GET", url, false); 
7604 25 Feb 19 nicklas 367         request.send(null);
7604 25 Feb 19 nicklas 368         var response = JSON.parse(request.responseText);
7604 25 Feb 19 nicklas 369         if (response.status != 'ok')
7604 25 Feb 19 nicklas 370         {
7604 25 Feb 19 nicklas 371           alert(response.message);
7604 25 Feb 19 nicklas 372           return null;
7604 25 Feb 19 nicklas 373         }
7604 25 Feb 19 nicklas 374         relatedExtractIds = response.allExtractIds;
7604 25 Feb 19 nicklas 375       }
7604 25 Feb 19 nicklas 376     }
7604 25 Feb 19 nicklas 377     else if (frm.parents && (!frm.isRoot || frm.isRoot[1].checked))
7604 25 Feb 19 nicklas 378     {
7604 25 Feb 19 nicklas 379       var ids = Link.getIdsInList(frm.parents, 'DERIVEDBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 380       if (ids.length > 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 381       {
7604 25 Feb 19 nicklas 382         var request = Ajax.getXmlHttpRequest();
7604 25 Feb 19 nicklas 383         var url = 'ajax.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 384         url += '&cmd=GetAllExtractIds&bioassay_ids=' + ids.join(',');
7604 25 Feb 19 nicklas 385         request.open("GET", url, false); 
7604 25 Feb 19 nicklas 386         request.send(null);
7604 25 Feb 19 nicklas 387         var response = JSON.parse(request.responseText);
7604 25 Feb 19 nicklas 388         if (response.status != 'ok')
7604 25 Feb 19 nicklas 389         {
7604 25 Feb 19 nicklas 390           alert(response.message);
7604 25 Feb 19 nicklas 391           return null;
7604 25 Feb 19 nicklas 392         }
7604 25 Feb 19 nicklas 393         relatedExtractIds = response.allExtractIds;
7604 25 Feb 19 nicklas 394       }
7604 25 Feb 19 nicklas 395     }
7604 25 Feb 19 nicklas 396
7604 25 Feb 19 nicklas 397     var url = '&resetTemporary=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 398     if (relatedExtractIds) 
7604 25 Feb 19 nicklas 399     {
7604 25 Feb 19 nicklas 400       url += '&tmpfilter:INT:id='+encodeURIComponent(relatedExtractIds.join('|'));
7604 25 Feb 19 nicklas 401     }
7604 25 Feb 19 nicklas 402     url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'EXTRACT');
7604 25 Feb 19 nicklas 403     if (frm.extract_id.length > 1)
7604 25 Feb 19 nicklas 404     {
7604 25 Feb 19 nicklas 405       var id = Math.abs(parseInt(frm.extract_id[1].value));        
7604 25 Feb 19 nicklas 406       url += '&item_id='+id;
7604 25 Feb 19 nicklas 407     }
7604 25 Feb 19 nicklas 408     Dialogs.selectItem('EXTRACT', 'extract_id', 0, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 409   }
7604 25 Feb 19 nicklas 410   
7604 25 Feb 19 nicklas 411   return bioassays;
7604 25 Feb 19 nicklas 412 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 413
7604 25 Feb 19 nicklas 414 Doc.onLoad(BioAssays.initPage);
7604 25 Feb 19 nicklas 415 Doc.addElementInitializer(BioAssays.initElements);
7604 25 Feb 19 nicklas 416

Generated on Sat Oct  7 02:47:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)