www/views/experiments/bioassays/bioassays.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var BioAssays = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var bioassays = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   
7604 25 Feb 19 nicklas 30   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 31     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 32   */
7604 25 Feb 19 nicklas 33   bioassays.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 34   {
7604 25 Feb 19 nicklas 35     var pageId = Doc.getPageId();
7604 25 Feb 19 nicklas 36     if (pageId == 'edit-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 37     {
7604 25 Feb 19 nicklas 38       // Save + Close buttons
7604 25 Feb 19 nicklas 39       Buttons.addClickHandler('btnSave', bioassays.save);
7604 25 Feb 19 nicklas 40       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 41
7604 25 Feb 19 nicklas 42       // Tab validation
7604 25 Feb 19 nicklas 43       TabControl.addTabActivateListener('settings.annotations', Annotations.onSwitchToAnnotationsTab);
7604 25 Feb 19 nicklas 44       TabControl.addTabValidator('settings.info', bioassays.validateBioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 45     }
7604 25 Feb 19 nicklas 46     else if (pageId == 'view-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 47     {
7604 25 Feb 19 nicklas 48       var itemId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 49       var attributes = {'item-type': 'BIOASSAY', 'item-id': itemId};
7604 25 Feb 19 nicklas 50       
7604 25 Feb 19 nicklas 51       Buttons.addClickHandler('btnEdit', Buttons.editItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 52       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 53       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 54       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 55       Buttons.addClickHandler('btnPlotter', bioassays.openPlotTool, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 56       
7604 25 Feb 19 nicklas 57       TabControl.addTabActivateListener('main.annotations', AnnotationsList.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 58       TabControl.addTabActivateListener('main.spotdata', bioassays.viewSpotData, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 59     }
7604 25 Feb 19 nicklas 60     else if (pageId == 'list-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 61     {
7604 25 Feb 19 nicklas 62       var attributes = {'item-type': 'BIOASSAY'};
7604 25 Feb 19 nicklas 63       var tableAttributes = {'table-id': 'bioassays'};
7604 25 Feb 19 nicklas 64       Buttons.addClickHandler('btnColumns', Buttons.configureColumns, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 65       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 66       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 67       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 68       Buttons.addClickHandler('btnFilter', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 69       Buttons.addClickHandler('btnAnalyze', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 70
7604 25 Feb 19 nicklas 71       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 72       Buttons.addClickHandler('btnOk', Buttons.returnSelected, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 73       
7604 25 Feb 19 nicklas 74       TabControl.setSwitchFunction('main', bioassays.switchTab);
7604 25 Feb 19 nicklas 75     }
7604 25 Feb 19 nicklas 76   }
7604 25 Feb 19 nicklas 77   
7604 25 Feb 19 nicklas 78   bioassays.initElements = function(element, autoInit)
7604 25 Feb 19 nicklas 79   {
7604 25 Feb 19 nicklas 80     if (autoInit == 'plotter')
7604 25 Feb 19 nicklas 81     {
7604 25 Feb 19 nicklas 82       Buttons.addClickHandler(element, bioassays.openPlotTool);
7604 25 Feb 19 nicklas 83     }
7604 25 Feb 19 nicklas 84     else if (autoInit == 'spotdata')
7604 25 Feb 19 nicklas 85     {
7604 25 Feb 19 nicklas 86       Buttons.addClickHandler(element, bioassays.viewSpotData);
7604 25 Feb 19 nicklas 87     }
7604 25 Feb 19 nicklas 88     else if (autoInit == 'edit-experimental-factor')
7604 25 Feb 19 nicklas 89     {
7604 25 Feb 19 nicklas 90       Buttons.addClickHandler(element, bioassays.editExperimentalFactor);
7604 25 Feb 19 nicklas 91     }
7604 25 Feb 19 nicklas 92   }
7604 25 Feb 19 nicklas 93
7604 25 Feb 19 nicklas 94   bioassays.switchTab = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 95   {
7604 25 Feb 19 nicklas 96     var target = event.target;
7604 25 Feb 19 nicklas 97     var tabId = target.id.substring(5);
7604 25 Feb 19 nicklas 98
7604 25 Feb 19 nicklas 99     var frm = document.forms['bioassays'];
7604 25 Feb 19 nicklas 100
7604 25 Feb 19 nicklas 101     var url;
7604 25 Feb 19 nicklas 102     if (tabId.indexOf('bioassayset.') == 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 103     {
7604 25 Feb 19 nicklas 104       url = '../bioassaysets/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 105       url += '&cmd=ViewItem&item_id='+frm.bioassayset_id.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 106       url += '&tab='+tabId.substring(12); // Strip 'bioassayset.'
7604 25 Feb 19 nicklas 107     }
7604 25 Feb 19 nicklas 108     else if (tabId == 'spotdata')
7604 25 Feb 19 nicklas 109     {
7604 25 Feb 19 nicklas 110       url = '../spotdata/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 111       url += '&bioassayset_id='+frm.bioassayset_id.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 112     }
7604 25 Feb 19 nicklas 113     
7604 25 Feb 19 nicklas 114     if (url) location.replace(url);
7604 25 Feb 19 nicklas 115   }
7604 25 Feb 19 nicklas 116
7604 25 Feb 19 nicklas 117   
7604 25 Feb 19 nicklas 118   bioassays.openPlotTool = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 119   {
7604 25 Feb 19 nicklas 120     var url = '../plotter/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 121     url += '&bioassay_id='+Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 122     Dialogs.openPopup(url, 'Plotter', 1050, 700);
7604 25 Feb 19 nicklas 123   }
7604 25 Feb 19 nicklas 124   
7604 25 Feb 19 nicklas 125   bioassays.viewSpotData = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 126   {
7604 25 Feb 19 nicklas 127     var url = '../spotdata/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 128     url += '&bioassay_id='+Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 129     location.href = url;
7604 25 Feb 19 nicklas 130   }
7604 25 Feb 19 nicklas 131
7604 25 Feb 19 nicklas 132   bioassays.editExperimentalFactor = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 133   {
7604 25 Feb 19 nicklas 134     var url = App.getRoot() + 'common/annotations/annotate.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 135     url += '&item_type='+Data.get(event.currentTarget, 'item-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 136     url += '&item_id='+Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 137     url += '&annotationtype_id='+Data.get(event.currentTarget, 'annotation-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 138     url += '&annotation_id='+Data.get(event.currentTarget, 'annotation');
7604 25 Feb 19 nicklas 139     url += '&standalone=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 140     Dialogs.openPopup(url, 'EditAnnotation', 750, 500);
7604 25 Feb 19 nicklas 141   }
7604 25 Feb 19 nicklas 142   
7604 25 Feb 19 nicklas 143   bioassays.validateBioAssay = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 144   {
7604 25 Feb 19 nicklas 145     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 146     if (Strings.trim(frm.name.value) == '')
7604 25 Feb 19 nicklas 147     {
7604 25 Feb 19 nicklas 148       Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
7604 25 Feb 19 nicklas 149       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 150     }
7604 25 Feb 19 nicklas 151     return true;
7604 25 Feb 19 nicklas 152   }
7604 25 Feb 19 nicklas 153   
7604 25 Feb 19 nicklas 154   bioassays.save = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 155   {
7604 25 Feb 19 nicklas 156     var frm = document.forms['bioAssay'];
7604 25 Feb 19 nicklas 157     if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
7604 25 Feb 19 nicklas 158     {
7604 25 Feb 19 nicklas 159       Annotations.saveModifiedAnnotationsToForm(frm);
7604 25 Feb 19 nicklas 160       frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 161     }
7604 25 Feb 19 nicklas 162   }
7604 25 Feb 19 nicklas 163
7604 25 Feb 19 nicklas 164
7604 25 Feb 19 nicklas 165   return bioassays;
7604 25 Feb 19 nicklas 166 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 167
7604 25 Feb 19 nicklas 168 Doc.onLoad(BioAssays.initPage);
7604 25 Feb 19 nicklas 169 Doc.addElementInitializer(BioAssays.initElements);
7604 25 Feb 19 nicklas 170

Generated on Sat Oct  7 02:47:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)