www/views/experiments/bioassays/view_bioassay.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2102 22 Mar 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2102 22 Mar 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
2102 22 Mar 06 nicklas 4
2304 22 May 06 jari 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 6   Available at http://base.thep.lu.se/
2102 22 Mar 06 nicklas 7
2102 22 Mar 06 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2102 22 Mar 06 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2102 22 Mar 06 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
2102 22 Mar 06 nicklas 12
2102 22 Mar 06 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2102 22 Mar 06 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2102 22 Mar 06 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2102 22 Mar 06 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
2102 22 Mar 06 nicklas 17
2102 22 Mar 06 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2102 22 Mar 06 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
2102 22 Mar 06 nicklas 21
2102 22 Mar 06 nicklas 22
2102 22 Mar 06 nicklas 23   @author Nicklas
2102 22 Mar 06 nicklas 24   @version 2.0
2102 22 Mar 06 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2102 22 Mar 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2102 22 Mar 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2102 22 Mar 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
2102 22 Mar 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2102 22 Mar 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2102 22 Mar 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2102 22 Mar 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2102 22 Mar 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
2424 26 Jun 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
6909 18 May 15 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.RootRawBioAssay"
6942 31 Aug 15 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Unit"
4093 18 Jan 08 enell 38   import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
4093 18 Jan 08 enell 39   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
4093 18 Jan 08 enell 40   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
4093 18 Jan 08 enell 41   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
2424 26 Jun 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2424 26 Jun 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
2424 26 Jun 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.Include"
2102 22 Mar 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
2102 22 Mar 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2102 22 Mar 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
2102 22 Mar 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
2424 26 Jun 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2424 26 Jun 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
6942 31 Aug 15 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
6942 31 Aug 15 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
6942 31 Aug 15 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
6942 31 Aug 15 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
4093 18 Jan 08 enell 55   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
4093 18 Jan 08 enell 56   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
2102 22 Mar 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2386 15 Jun 06 martin 58   import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
2102 22 Mar 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4871 01 Apr 09 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4871 01 Apr 09 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4871 01 Apr 09 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
4871 01 Apr 09 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
4871 01 Apr 09 nicklas 65   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
2753 20 Oct 06 nicklas 66   import="net.sf.basedb.util.Values"
2102 22 Mar 06 nicklas 67   import="java.util.Map"
4093 18 Jan 08 enell 68   import="java.util.List"
4093 18 Jan 08 enell 69   import="java.util.HashMap"
4093 18 Jan 08 enell 70   import="java.util.LinkedList"
2102 22 Mar 06 nicklas 71 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 72 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 73 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 74 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 75 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4871 01 Apr 09 nicklas 76 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 77 <%!
2102 22 Mar 06 nicklas 78   private static final Item itemType = Item.BIOASSAY;
2102 22 Mar 06 nicklas 79   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
2102 22 Mar 06 nicklas 80 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 81 <%
2102 22 Mar 06 nicklas 82 final Item itemType = Item.BIOASSAY;
2102 22 Mar 06 nicklas 83 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2102 22 Mar 06 nicklas 84 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
2102 22 Mar 06 nicklas 85 final int itemId = cc.getId();
2102 22 Mar 06 nicklas 86 final String ID = sc.getId();
2102 22 Mar 06 nicklas 87 final float scale = Base.getScale(sc);
2892 10 Nov 06 nicklas 88 final String tabId = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
7954 12 May 21 nicklas 89 final DbControl dc = sc.newDbControl(":View "+itemType);
2102 22 Mar 06 nicklas 90 try
2102 22 Mar 06 nicklas 91 {
2102 22 Mar 06 nicklas 92   BioAssay bioAssay = BioAssay.getById(dc, itemId);
4338 17 Jun 08 nicklas 93   final boolean hasDbSpots = bioAssay.getNumSpots() > 0;
2102 22 Mar 06 nicklas 94   BioAssaySet bioAssaySet = bioAssay.getBioAssaySet();
2102 22 Mar 06 nicklas 95   Experiment experiment = bioAssay.getExperiment();
2102 22 Mar 06 nicklas 96   String title = null;
2102 22 Mar 06 nicklas 97   final boolean writePermission = bioAssay.hasPermission(Permission.WRITE);
2102 22 Mar 06 nicklas 98   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
4872 02 Apr 09 nicklas 99   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 100   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
2102 22 Mar 06 nicklas 101   %>
6315 06 Sep 13 nicklas 102   <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
6315 06 Sep 13 nicklas 103   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
4871 01 Apr 09 nicklas 104     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4871 01 Apr 09 nicklas 105     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
2102 22 Mar 06 nicklas 106   </base:head>
2102 22 Mar 06 nicklas 107   <base:body>
5940 31 Jan 12 nicklas 108     <p:path><p:pathelement 
5940 31 Jan 12 nicklas 109       title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 110       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
6143 20 Sep 12 nicklas 111         href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&amp;experiment_id="+experiment.getId()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 112       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" 
6143 20 Sep 12 nicklas 113         href="<%="index.jsp?ID="+ID+"&amp;bioassayset_id="+bioAssaySet.getId()%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 114       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 115       /></p:path>
6315 06 Sep 13 nicklas 116     <div id="page-data" data-item-id="<%=itemId%>"></div>
2102 22 Mar 06 nicklas 117
5940 31 Jan 12 nicklas 118     <t:tabcontrol 
5940 31 Jan 12 nicklas 119       id="main" 
5940 31 Jan 12 nicklas 120       subclass="content mastertabcontrol"
6315 06 Sep 13 nicklas 121       active="<%=tabId%>">
2102 22 Mar 06 nicklas 122     <t:tab id="properties" title="Properties">
5940 31 Jan 12 nicklas 123       <div>
5940 31 Jan 12 nicklas 124       <table class="fullform bottomborder">
2102 22 Mar 06 nicklas 125       <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 126         <th class="itemstatus">
5940 31 Jan 12 nicklas 127         </th>
5940 31 Jan 12 nicklas 128         <td style="padding: 0px;">
6605 18 Nov 14 nicklas 129           <tbl:toolbar subclass="bottomborder bg-filled-50">
5940 31 Jan 12 nicklas 130             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 131               id="btnEdit"
5942 01 Feb 12 nicklas 132               disabled="<%=!writePermission%>" 
5945 02 Feb 12 nicklas 133               image="edit.png" 
5940 31 Jan 12 nicklas 134               title="Edit&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 135               tooltip="<%=writePermission ? "Edit this bioassay" : "You do not have permission to edit this bioassay"%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 136             />
5940 31 Jan 12 nicklas 137             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 138               id="btnImport"
5946 03 Feb 12 nicklas 139               image="import.png" 
6315 06 Sep 13 nicklas 140               data-plugin-type="IMPORT"  
5940 31 Jan 12 nicklas 141               title="Import&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 142               tooltip="Import data" 
5940 31 Jan 12 nicklas 143               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 144             />
5940 31 Jan 12 nicklas 145             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 146               id="btnExport"
6315 06 Sep 13 nicklas 147               image="export.png"
6315 06 Sep 13 nicklas 148               data-plugin-type="EXPORT" 
5940 31 Jan 12 nicklas 149               title="Export&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 150               tooltip="Export data" 
5940 31 Jan 12 nicklas 151               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 152             />
5940 31 Jan 12 nicklas 153             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 154               id="btnRunPlugin"
6315 06 Sep 13 nicklas 155               image="runplugin.png"  
6315 06 Sep 13 nicklas 156               data-plugin-type="OTHER" 
5940 31 Jan 12 nicklas 157               title="Run plugin&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 158               tooltip="Run a plugin" 
5940 31 Jan 12 nicklas 159               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 160             />
5940 31 Jan 12 nicklas 161             <tbl:button
6315 06 Sep 13 nicklas 162               id="btnPlotter"
5946 03 Feb 12 nicklas 163               image="plotter.png"
5940 31 Jan 12 nicklas 164               title="Plot tool&hellip;"
5940 31 Jan 12 nicklas 165               tooltip="A simple tool for generating plots"
5940 31 Jan 12 nicklas 166               visible="<%=hasDbSpots%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 167             />
5940 31 Jan 12 nicklas 168             <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 169               wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
5940 31 Jan 12 nicklas 170             <tbl:button
5940 31 Jan 12 nicklas 171               image="help.png"
6315 06 Sep 13 nicklas 172               subclass="auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 173               data-auto-init="help"
6315 06 Sep 13 nicklas 174               data-help-id="bioassay.view.properties"
5940 31 Jan 12 nicklas 175               title="Help&hellip;"
5940 31 Jan 12 nicklas 176               tooltip="Get help about this page"
5940 31 Jan 12 nicklas 177             />
5940 31 Jan 12 nicklas 178           </tbl:toolbar>
5940 31 Jan 12 nicklas 179         </td>
5940 31 Jan 12 nicklas 180       </tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 181       <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 182         <th>Name</th>
2102 22 Mar 06 nicklas 183         <td><%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%></td>
2102 22 Mar 06 nicklas 184       </tr>
2102 22 Mar 06 nicklas 185       <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 186         <th>Spots</th>
4338 17 Jun 08 nicklas 187         <td>db: <%=bioAssay.getNumSpots()%>; file: <%=bioAssay.getNumFileSpots()%></td>
2102 22 Mar 06 nicklas 188       </tr>
5905 12 Dec 11 nicklas 189       <tr >
5940 31 Jan 12 nicklas 190         <th>Description</th>
2102 22 Mar 06 nicklas 191         <td><%=HTML.encodeTags(bioAssay.getDescription())%></td>
2102 22 Mar 06 nicklas 192       </tr>
2102 22 Mar 06 nicklas 193       </table>
5940 31 Jan 12 nicklas 194       </div>
4338 17 Jun 08 nicklas 195
4338 17 Jun 08 nicklas 196       <jsp:include page="../../../common/datafiles/list_files.jsp">
4338 17 Jun 08 nicklas 197         <jsp:param name="item_type" value="BIOASSAYSET" />
4338 17 Jun 08 nicklas 198         <jsp:param name="item_id" value="<%=bioAssaySet.getId()%>" />
4338 17 Jun 08 nicklas 199         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
4338 17 Jun 08 nicklas 200       </jsp:include>
2424 26 Jun 06 nicklas 201     
2424 26 Jun 06 nicklas 202       <%
6909 18 May 15 nicklas 203       ItemQuery<RootRawBioAssay> rawQuery = bioAssay.getRootRawBioAssays();
2424 26 Jun 06 nicklas 204       rawQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
6909 18 May 15 nicklas 205       rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("rawBioAssay.name")));
6909 18 May 15 nicklas 206       ItemResultList<RootRawBioAssay> rawBioAssays = rawQuery.list(dc);
5940 31 Jan 12 nicklas 207       %>
5940 31 Jan 12 nicklas 208       <base:section
5940 31 Jan 12 nicklas 209         id="rawBioAssaySection"
6942 31 Aug 15 nicklas 210         title="<%="Root raw bioassays (" + rawBioAssays.size() + ")"%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 211         context="<%=cc%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 212         >
2424 26 Jun 06 nicklas 213         <%
5940 31 Jan 12 nicklas 214         if (rawBioAssays.size() == 0)
5940 31 Jan 12 nicklas 215         {
5940 31 Jan 12 nicklas 216           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 217           <div class="messagecontainer note">
5940 31 Jan 12 nicklas 218           No raw bioassays are linked to this bioassay
5940 31 Jan 12 nicklas 219           (or, you don't have permission to view them).
5940 31 Jan 12 nicklas 220           </div>
5940 31 Jan 12 nicklas 221           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 222         }
5940 31 Jan 12 nicklas 223         else
5940 31 Jan 12 nicklas 224         {
5940 31 Jan 12 nicklas 225           %>
5045 12 Aug 09 martin 226           <tbl:table
5045 12 Aug 09 martin 227             id="rawBioAssays"
5045 12 Aug 09 martin 228             columns="all"
5045 12 Aug 09 martin 229             >
5940 31 Jan 12 nicklas 230             <tbl:columndef 
5940 31 Jan 12 nicklas 231               id="name"
5940 31 Jan 12 nicklas 232               title="Name"
5940 31 Jan 12 nicklas 233             />
5045 12 Aug 09 martin 234             <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 235               id="spots"
5940 31 Jan 12 nicklas 236               title="Spots"
5045 12 Aug 09 martin 237             />
5940 31 Jan 12 nicklas 238             <tbl:columndef 
5940 31 Jan 12 nicklas 239               id="description"
5940 31 Jan 12 nicklas 240               title="Description"
5940 31 Jan 12 nicklas 241             />
5045 12 Aug 09 martin 242             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 243             ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
5940 31 Jan 12 nicklas 244             efQuery.include(Include.ALL);
5940 31 Jan 12 nicklas 245             efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5940 31 Jan 12 nicklas 246             ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
5940 31 Jan 12 nicklas 247             for (AnnotationType at : experimentalFactors)
5045 12 Aug 09 martin 248             {
7604 25 Feb 19 nicklas 249               Formatter<?> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
5045 12 Aug 09 martin 250               %>
5940 31 Jan 12 nicklas 251               <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 252                 id="<%="at"+at.getId()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 253                 title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 254                 formatter="<%=formatter%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 255               />
5940 31 Jan 12 nicklas 256               <%
5940 31 Jan 12 nicklas 257             }
5940 31 Jan 12 nicklas 258             %>
5940 31 Jan 12 nicklas 259             <tbl:data>
5940 31 Jan 12 nicklas 260               <tbl:headers>
5940 31 Jan 12 nicklas 261                 <tbl:headerrow>
5940 31 Jan 12 nicklas 262                   <tbl:columnheaders />
5940 31 Jan 12 nicklas 263                 </tbl:headerrow>
5940 31 Jan 12 nicklas 264               </tbl:headers>
5940 31 Jan 12 nicklas 265               <tbl:rows>
5940 31 Jan 12 nicklas 266               <%
6942 31 Aug 15 nicklas 267               SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
6942 31 Aug 15 nicklas 268               AnnotationTypeFilter annotationTypeFilter = new AnnotationTypeFilter();
6909 18 May 15 nicklas 269               for (RootRawBioAssay item : rawBioAssays)
5940 31 Jan 12 nicklas 270               {
6909 18 May 15 nicklas 271                 RawBioAssay rba = item.getRawBioAssay();
6942 31 Aug 15 nicklas 272                 AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
6942 31 Aug 15 nicklas 273                 AnnotationSetSnapshot snapshot = as == null ? null : manager.getSnapshot(dc, as.getId());
5940 31 Jan 12 nicklas 274                 %>
5940 31 Jan 12 nicklas 275                 <tbl:row>
6942 31 Aug 15 nicklas 276                   <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
6909 18 May 15 nicklas 277                   <tbl:cell column="spots"><%=rba.getSpots()%></tbl:cell>
6942 31 Aug 15 nicklas 278                   <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 279                   <%
5940 31 Jan 12 nicklas 280                   for (AnnotationType at : experimentalFactors)
4093 18 Jan 08 enell 281                   {
6942 31 Aug 15 nicklas 282                     Unit unit = at.getDefaultUnit();
6942 31 Aug 15 nicklas 283                     String unitSymbol = unit == null ? "" : "&nbsp;" + unit.getDisplaySymbol();
6942 31 Aug 15 nicklas 284                     
6942 31 Aug 15 nicklas 285                     annotationTypeFilter.setAnnotationType(at);
6942 31 Aug 15 nicklas 286                     List<AnnotationSnapshot> all = snapshot == null ? 
6942 31 Aug 15 nicklas 287                         null : manager.findAnnotations(dc, snapshot, annotationTypeFilter, true);
5940 31 Jan 12 nicklas 288                     %>
6942 31 Aug 15 nicklas 289                     <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>">
4093 18 Jan 08 enell 290                       <%
6942 31 Aug 15 nicklas 291                       if (all != null && all.size() > 0)
5045 12 Aug 09 martin 292                       {
6942 31 Aug 15 nicklas 293                         for (AnnotationSnapshot a : all)
5940 31 Jan 12 nicklas 294                         {
7210 19 Oct 16 nicklas 295                           boolean annotatePermission = a.hasPermission(dc, Permission.WRITE);
7604 25 Feb 19 nicklas 296                           List<?> values = a.getActualValues();
6962 01 Oct 15 nicklas 297                           boolean isUpToDate = a.isUpToDate();
6942 31 Aug 15 nicklas 298                           %>
6942 31 Aug 15 nicklas 299                           <tbl:cellvalue list="<%=values%>" suffix="<%=unitSymbol%>"/>
6942 31 Aug 15 nicklas 300                           <base:icon 
6942 31 Aug 15 nicklas 301                             subclass="link auto-init"
6942 31 Aug 15 nicklas 302                             data-auto-init="edit-experimental-factor"
6942 31 Aug 15 nicklas 303                             data-item-type="<%=a.getThisItemType().name()%>"
6942 31 Aug 15 nicklas 304                             data-item-id="<%=a.getThisItemId() %>"
6942 31 Aug 15 nicklas 305                             data-annotation-type="<%=at.getId() %>"
6942 31 Aug 15 nicklas 306                             data-annotation="<%=a.getThisAnnotationId()%>"
7210 19 Oct 16 nicklas 307                             visible="<%=annotatePermission%>"
6962 01 Oct 15 nicklas 308                             image="<%=isUpToDate ? "edit.png" : "edit-outofsync.png"%>" 
6942 31 Aug 15 nicklas 309                             tooltip="Modify the values of this experimental factor"
6942 31 Aug 15 nicklas 310                           />
5940 31 Jan 12 nicklas 311                           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 312                         }
5045 12 Aug 09 martin 313                       }
5940 31 Jan 12 nicklas 314                       %>
5940 31 Jan 12 nicklas 315                     </tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 316                     <%
5940 31 Jan 12 nicklas 317                   }
5940 31 Jan 12 nicklas 318                   %>
5940 31 Jan 12 nicklas 319                 </tbl:row>
5940 31 Jan 12 nicklas 320                 <%
5940 31 Jan 12 nicklas 321               }
5940 31 Jan 12 nicklas 322               %>
5940 31 Jan 12 nicklas 323               </tbl:rows>
5940 31 Jan 12 nicklas 324             </tbl:data>
5045 12 Aug 09 martin 325           </tbl:table>
5940 31 Jan 12 nicklas 326           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 327         }
5940 31 Jan 12 nicklas 328         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 329       </base:section>
5504 18 Nov 10 nicklas 330       <jsp:include page="../../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
5504 18 Nov 10 nicklas 331         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
5504 18 Nov 10 nicklas 332         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
5504 18 Nov 10 nicklas 333         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
5504 18 Nov 10 nicklas 334         <jsp:param name="title" value="Other items related to this bioassay" />
5504 18 Nov 10 nicklas 335       </jsp:include>
2102 22 Mar 06 nicklas 336     </t:tab>
2102 22 Mar 06 nicklas 337     
2892 10 Nov 06 nicklas 338     <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
6315 06 Sep 13 nicklas 339       tooltip="View annotation values" clazz="white">
6255 22 Mar 13 nicklas 340       <jsp:include page="../../../common/annotations/list_frameset.jsp">
2892 10 Nov 06 nicklas 341         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
2892 10 Nov 06 nicklas 342         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
2892 10 Nov 06 nicklas 343         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
2892 10 Nov 06 nicklas 344       </jsp:include>
2892 10 Nov 06 nicklas 345     </t:tab>
2892 10 Nov 06 nicklas 346
6315 06 Sep 13 nicklas 347     <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>">
6612 21 Nov 14 nicklas 348       <div class="bg-filled-50 absolutefull">
6315 06 Sep 13 nicklas 349         <table style="margin: auto; height: 100%;"><tr><td>
6315 06 Sep 13 nicklas 350         <b>Please wait. The spot data is loading...</b>
6315 06 Sep 13 nicklas 351         </td></tr></table>
6315 06 Sep 13 nicklas 352       </div>
6315 06 Sep 13 nicklas 353     </t:tab>
2102 22 Mar 06 nicklas 354     </t:tabcontrol>
2102 22 Mar 06 nicklas 355
2102 22 Mar 06 nicklas 356   </base:body>
2102 22 Mar 06 nicklas 357   </base:page>
2102 22 Mar 06 nicklas 358   <%
2102 22 Mar 06 nicklas 359 }
2102 22 Mar 06 nicklas 360 finally
2102 22 Mar 06 nicklas 361 {
2102 22 Mar 06 nicklas 362   if (dc != null) dc.close();
2102 22 Mar 06 nicklas 363 }
2102 22 Mar 06 nicklas 364 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)