www/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var AnalysisTree = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var analysistree = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   
7604 25 Feb 19 nicklas 30   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 31     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 32   */
7604 25 Feb 19 nicklas 33   analysistree.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 34   {
7604 25 Feb 19 nicklas 35     var experimentId = Data.get('tree-data', 'experiment-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 36     var bioAssaySetId = Data.get('tree-data', 'bioassayset-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 37     var transformationId = Data.get('tree-data', 'transformation-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 38     
7604 25 Feb 19 nicklas 39     var attributes = {'item-type': 'BIOASSAYSET', 'extra-url': '&experiment_id='+experimentId};
7604 25 Feb 19 nicklas 40     var tableAttributes = {'table-id': 'bioAssaySets'};
7604 25 Feb 19 nicklas 41     
7604 25 Feb 19 nicklas 42     Buttons.addClickHandler('btnNewRootBioAssaySet', Buttons.newItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 43     Buttons.addClickHandler('btnDeleteTreeItems', analysistree.deleteItems);
7604 25 Feb 19 nicklas 44     Buttons.addClickHandler('btnRestoreTreeItems', Buttons.restoreItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 45     Buttons.addClickHandler('btnTreeColumns', Buttons.configureColumns, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 46     Buttons.addClickHandler('btnTreeExport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 47     Buttons.addClickHandler('btnTreeImport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 48     Buttons.addClickHandler('btnTreeRunPlugin', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 49
7604 25 Feb 19 nicklas 50     IconStore.addDefaultIcons();
7604 25 Feb 19 nicklas 51     IconStore.addIconSet('BioAssaySet', 'bioassayset.png');
7604 25 Feb 19 nicklas 52     IconStore.addIconSet('Transformation', 'transformation.png');
7604 25 Feb 19 nicklas 53     IconStore.addIconSet('Filter', 'filter.png');
7604 25 Feb 19 nicklas 54     IconStore.addIconSet('ExtraValue', 'extravalue.png');
7604 25 Feb 19 nicklas 55     
7604 25 Feb 19 nicklas 56     Events.addEventHandler('bioAssaySets', 'joust-expand', analysistree.onExpand);
7604 25 Feb 19 nicklas 57     Joust2.draw('tree-data');
7604 25 Feb 19 nicklas 58     
7604 25 Feb 19 nicklas 59     Events.addEventHandler('reloadOnNotify', 'base-notify', App.reloadWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 60   }
7604 25 Feb 19 nicklas 61   
7604 25 Feb 19 nicklas 62   analysistree.initElements = function(element, autoInit)
7604 25 Feb 19 nicklas 63   {
7604 25 Feb 19 nicklas 64     if (autoInit == 'bioassayset-plotter')
7604 25 Feb 19 nicklas 65     {
7604 25 Feb 19 nicklas 66       Buttons.addClickHandler(element, analysistree.openBioAssaySetPlotter);
7604 25 Feb 19 nicklas 67     }
7604 25 Feb 19 nicklas 68     else if (autoInit == 'experiment-explorer')
7604 25 Feb 19 nicklas 69     {
7604 25 Feb 19 nicklas 70       Buttons.addClickHandler(element, analysistree.openExperimentExplorer);
7604 25 Feb 19 nicklas 71     }
7604 25 Feb 19 nicklas 72     else if (autoInit == 'bioassayset-plugin')
7604 25 Feb 19 nicklas 73     {
7604 25 Feb 19 nicklas 74       Buttons.addClickHandler(element, analysistree.runPluginForBioAssaySet);
7604 25 Feb 19 nicklas 75     }
7604 25 Feb 19 nicklas 76     else if (autoInit == 'copy-job')
7604 25 Feb 19 nicklas 77     {
7604 25 Feb 19 nicklas 78       Buttons.addClickHandler(element, analysistree.copyJob);
7604 25 Feb 19 nicklas 79     }
7604 25 Feb 19 nicklas 80   }
7604 25 Feb 19 nicklas 81   
7604 25 Feb 19 nicklas 82   analysistree.deleteItems = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 83   {
7604 25 Feb 19 nicklas 84     var frm = document.forms['bioAssaySets'];
7604 25 Feb 19 nicklas 85     if (Table.checkIfSelected('bioAssaySets') == 0) return;
7604 25 Feb 19 nicklas 86     
7604 25 Feb 19 nicklas 87     if (Forms.numChecked(frm, /^X:/) > 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 88     {
7604 25 Feb 19 nicklas 89       if (!confirm('Extra values are deleted immediately and cannot be restored. Do you want to continue?'))
7604 25 Feb 19 nicklas 90       {
7604 25 Feb 19 nicklas 91         return;
7604 25 Feb 19 nicklas 92       }
7604 25 Feb 19 nicklas 93     }
7604 25 Feb 19 nicklas 94     frm.cmd.value = 'DeleteItems';
7604 25 Feb 19 nicklas 95     frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 96   }
7604 25 Feb 19 nicklas 97
7604 25 Feb 19 nicklas 98   analysistree.openBioAssaySetPlotter = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 99   {
7604 25 Feb 19 nicklas 100     var url = '../plotter/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 101     url += '&bioassayset_id='+Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 102     Dialogs.openPopup(url, 'Plotter', 1250, 700);
7604 25 Feb 19 nicklas 103   }
7604 25 Feb 19 nicklas 104   
7604 25 Feb 19 nicklas 105   analysistree.openExperimentExplorer = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 106   {
7604 25 Feb 19 nicklas 107     var url = '../explorer/view/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 108     url += '&bioassayset_id='+Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 109     location.href = url;
7604 25 Feb 19 nicklas 110   }
7604 25 Feb 19 nicklas 111
7604 25 Feb 19 nicklas 112   analysistree.runPluginForBioAssaySet = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 113   {
7604 25 Feb 19 nicklas 114     var experimentId = Data.get('tree-data', 'experiment-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 115     Data.define(event.currentTarget, {'item-type': 'BIOASSAYSET', 'extra-url': '&experiment_id='+experimentId});
7604 25 Feb 19 nicklas 116     Buttons.runPlugin(event);
7604 25 Feb 19 nicklas 117   }
7604 25 Feb 19 nicklas 118   
7604 25 Feb 19 nicklas 119   analysistree.copyJob = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 120   {
7604 25 Feb 19 nicklas 121     var url = '../../../common/plugin/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 122     url += '&cmd=CopyJob&job_id='+Data.get(event.currentTarget, 'job-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 123     url += '&item_type=BIOASSAYSET&context_type=LIST'
7604 25 Feb 19 nicklas 124     Dialogs.openPopup(url, 'CopyJob', 750, 500);
7604 25 Feb 19 nicklas 125   }
7604 25 Feb 19 nicklas 126   
7604 25 Feb 19 nicklas 127   analysistree.onExpand = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 128   {
7604 25 Feb 19 nicklas 129     var menuItem = event.target.item;
7604 25 Feb 19 nicklas 130     var frm = document.forms['bioAssaySets'];
7604 25 Feb 19 nicklas 131     if (menuItem.isOpen)
7604 25 Feb 19 nicklas 132     {
7604 25 Feb 19 nicklas 133       analysistree.showChildren(menuItem);
7604 25 Feb 19 nicklas 134       frm.closed.value = frm.closed.value.replace(','+menuItem.id+',', ',');
7604 25 Feb 19 nicklas 135     }
7604 25 Feb 19 nicklas 136     else
7604 25 Feb 19 nicklas 137     {
7604 25 Feb 19 nicklas 138       analysistree.hideChildren(menuItem);
7604 25 Feb 19 nicklas 139       frm.closed.value += menuItem.id+',';
7604 25 Feb 19 nicklas 140     }
7604 25 Feb 19 nicklas 141     analysistree.sendClosedWithAjax();
7604 25 Feb 19 nicklas 142   }
7604 25 Feb 19 nicklas 143   
7604 25 Feb 19 nicklas 144   analysistree.showChildren = function(menuItem)
7604 25 Feb 19 nicklas 145   {
7604 25 Feb 19 nicklas 146     if (!menuItem.children) return;
7604 25 Feb 19 nicklas 147     for (var childNo = 0; childNo < menuItem.children.length; childNo++)
7604 25 Feb 19 nicklas 148     {
7604 25 Feb 19 nicklas 149       var child = menuItem.children[childNo];
7604 25 Feb 19 nicklas 150       Doc.show('row.'+child.id);
7604 25 Feb 19 nicklas 151       if (child.isOpen)
7604 25 Feb 19 nicklas 152       {
7604 25 Feb 19 nicklas 153         analysistree.showChildren(child);
7604 25 Feb 19 nicklas 154       }
7604 25 Feb 19 nicklas 155     }
7604 25 Feb 19 nicklas 156   }
7604 25 Feb 19 nicklas 157
7604 25 Feb 19 nicklas 158   analysistree.hideChildren = function(menuItem)
7604 25 Feb 19 nicklas 159   {
7604 25 Feb 19 nicklas 160     if (!menuItem.children) return;
7604 25 Feb 19 nicklas 161     for (var childNo = 0; childNo < menuItem.children.length; childNo++)
7604 25 Feb 19 nicklas 162     {
7604 25 Feb 19 nicklas 163       var child = menuItem.children[childNo];
7604 25 Feb 19 nicklas 164       Doc.hide('row.'+child.id);
7604 25 Feb 19 nicklas 165       analysistree.hideChildren(child);      
7604 25 Feb 19 nicklas 166     }
7604 25 Feb 19 nicklas 167   }
7604 25 Feb 19 nicklas 168   
7604 25 Feb 19 nicklas 169   analysistree.sendClosedWithAjax = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 170   {
7604 25 Feb 19 nicklas 171     var request = Ajax.getXmlHttpRequest();
7604 25 Feb 19 nicklas 172     var frm = document.forms['bioAssaySets'];
7604 25 Feb 19 nicklas 173     var url = '../bioassaysets/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 174     url += '&cmd=SetClosedWithAjax';
7604 25 Feb 19 nicklas 175     request.open("POST", url, true);
7604 25 Feb 19 nicklas 176     var postdata = 'closed=' + frm.closed.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 177
7604 25 Feb 19 nicklas 178     request.setRequestHeader("Content-type", "application/x-www-form-urlencoded");
7604 25 Feb 19 nicklas 179     request.setRequestHeader("Content-length", postdata.length);
7604 25 Feb 19 nicklas 180     request.setRequestHeader("Connection", "close");
7604 25 Feb 19 nicklas 181     request.send(postdata);
7604 25 Feb 19 nicklas 182   }
7604 25 Feb 19 nicklas 183
7604 25 Feb 19 nicklas 184   return analysistree;
7604 25 Feb 19 nicklas 185 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 186
7604 25 Feb 19 nicklas 187 Doc.onLoad(AnalysisTree.initPage);
7604 25 Feb 19 nicklas 188 Doc.addElementInitializer(AnalysisTree.initElements);
7604 25 Feb 19 nicklas 189

Generated on Sat Oct  7 02:47:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)