www/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2298 19 May 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2298 19 May 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2007 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
2298 19 May 06 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2298 19 May 06 nicklas 8
2298 19 May 06 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2298 19 May 06 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2298 19 May 06 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
2298 19 May 06 nicklas 13
2298 19 May 06 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2298 19 May 06 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2298 19 May 06 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2298 19 May 06 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
2298 19 May 06 nicklas 18
2298 19 May 06 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2298 19 May 06 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
2298 19 May 06 nicklas 22
2298 19 May 06 nicklas 23   @author Nicklas
2298 19 May 06 nicklas 24   @version 2.0
2298 19 May 06 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2298 19 May 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2298 19 May 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2298 19 May 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
2298 19 May 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2298 19 May 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
2298 19 May 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2298 19 May 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2298 19 May 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Transformation"
2664 26 Sep 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ExtraValue"
2664 26 Sep 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ExtraValueType"
2892 10 Nov 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
2892 10 Nov 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
4560 06 Oct 08 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
2745 18 Oct 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Job"
2298 19 May 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2298 19 May 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
2298 19 May 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
2298 19 May 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
2298 19 May 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2298 19 May 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
6376 06 Dec 13 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.PluginConfiguration"
2298 19 May 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2298 19 May 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2298 19 May 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
2298 19 May 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2298 19 May 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2298 19 May 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2298 19 May 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
2298 19 May 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
6541 29 Sep 14 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
6541 29 Sep 14 nicklas 57   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
6541 29 Sep 14 nicklas 58   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
6541 29 Sep 14 nicklas 59   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
6541 29 Sep 14 nicklas 60   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
2298 19 May 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.util.Tree"
2892 10 Nov 06 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
2298 19 May 06 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2298 19 May 06 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
2298 19 May 06 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 66   import="net.sf.basedb.util.Values"
2942 22 Nov 06 nicklas 67   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4187 20 Mar 08 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4187 20 Mar 08 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction"
4871 01 Apr 09 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6040 30 Mar 12 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
4187 20 Mar 08 nicklas 74   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4871 01 Apr 09 nicklas 75   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7337 12 Apr 17 nicklas 76   import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
4187 20 Mar 08 nicklas 77   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
4187 20 Mar 08 nicklas 78   import="net.sf.basedb.util.extensions.Renderer"
2942 22 Nov 06 nicklas 79   import="java.util.Date"
2298 19 May 06 nicklas 80   import="java.util.List"
2298 19 May 06 nicklas 81   import="java.util.ArrayList"
2298 19 May 06 nicklas 82   import="java.util.LinkedList"
2298 19 May 06 nicklas 83   import="java.util.Map"
2298 19 May 06 nicklas 84   import="java.util.HashMap"
2298 19 May 06 nicklas 85   import="java.util.Iterator"
2298 19 May 06 nicklas 86   import="java.util.Collection"
6388 07 Jan 14 nicklas 87   import="org.json.simple.JSONObject"
6388 07 Jan 14 nicklas 88   import="org.json.simple.JSONArray"
2298 19 May 06 nicklas 89 %>
2298 19 May 06 nicklas 90 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2298 19 May 06 nicklas 91 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4202 01 Apr 08 nicklas 92 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
2298 19 May 06 nicklas 93 <%!
2298 19 May 06 nicklas 94   private static final Item itemType = Item.BIOASSAYSET;
2298 19 May 06 nicklas 95   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
2298 19 May 06 nicklas 96 %>
2298 19 May 06 nicklas 97 <%!
2298 19 May 06 nicklas 98
2298 19 May 06 nicklas 99 private static void addToTree(Tree<BasicItem> tree, BioAssaySet bas)
2298 19 May 06 nicklas 100 {
2298 19 May 06 nicklas 101   if (!tree.contains(bas))
2298 19 May 06 nicklas 102   {
2298 19 May 06 nicklas 103     Transformation transformation = bas.getTransformation();
2298 19 May 06 nicklas 104     Tree.Entry<BasicItem> parent = tree.getEntry(transformation);
2298 19 May 06 nicklas 105     if (parent == null) 
2298 19 May 06 nicklas 106     {
2298 19 May 06 nicklas 107       addToTree(tree, transformation);
2298 19 May 06 nicklas 108       parent = tree.getEntry(transformation);
2298 19 May 06 nicklas 109     }
2664 26 Sep 06 nicklas 110     Tree.Entry<BasicItem> basEntry = parent.addChild(bas);
2664 26 Sep 06 nicklas 111     for (ExtraValue xv : bas.getExtraValues().list(bas.getDbControl())) 
2664 26 Sep 06 nicklas 112     {
2664 26 Sep 06 nicklas 113       basEntry.addChild(xv);
2664 26 Sep 06 nicklas 114     }
2298 19 May 06 nicklas 115   }
2298 19 May 06 nicklas 116 }
2298 19 May 06 nicklas 117
2298 19 May 06 nicklas 118 private static void addToTree(Tree<BasicItem> tree, Transformation transformation)
2298 19 May 06 nicklas 119 {
2298 19 May 06 nicklas 120   if (!tree.contains(transformation))
2298 19 May 06 nicklas 121   {
2298 19 May 06 nicklas 122     BioAssaySet source = transformation.getSource();
2298 19 May 06 nicklas 123     Tree.Entry<BasicItem> parent = tree.getEntry(source);
2298 19 May 06 nicklas 124     if (parent == null) 
2298 19 May 06 nicklas 125     {
2298 19 May 06 nicklas 126       addToTree(tree, source);
2298 19 May 06 nicklas 127       parent = tree.getEntry(source);
2298 19 May 06 nicklas 128     }
2298 19 May 06 nicklas 129     parent.addChild(transformation);
2298 19 May 06 nicklas 130   }
2298 19 May 06 nicklas 131 }
2298 19 May 06 nicklas 132
2298 19 May 06 nicklas 133 private static Tree<BasicItem> getAnalysisTree(DbControl dc, ItemQuery<BioAssaySet> bioAssaySetQuery, ItemQuery<Transformation> transformationQuery)
2298 19 May 06 nicklas 134 {
2298 19 May 06 nicklas 135   Tree<BasicItem> tree = new Tree<BasicItem>(null);
2298 19 May 06 nicklas 136   ItemResultList<BioAssaySet> allBioAssaySets = bioAssaySetQuery.list(dc);
2298 19 May 06 nicklas 137   List<Integer> ids = new ArrayList<Integer>(allBioAssaySets.size());
2298 19 May 06 nicklas 138   
2298 19 May 06 nicklas 139   for (BioAssaySet bas : allBioAssaySets)
2298 19 May 06 nicklas 140   {
2298 19 May 06 nicklas 141     addToTree(tree, bas);
2298 19 May 06 nicklas 142     ids.add(bas.getId());
2298 19 May 06 nicklas 143   }
2298 19 May 06 nicklas 144   
2298 19 May 06 nicklas 145   transformationQuery.restrict(
2298 19 May 06 nicklas 146     Restrictions.in(
2298 19 May 06 nicklas 147       Hql.property("source.id"), 
2298 19 May 06 nicklas 148       Expressions.parameter("bioAssaySets", ids)
2298 19 May 06 nicklas 149     )
2298 19 May 06 nicklas 150   );
2298 19 May 06 nicklas 151   ItemResultList<Transformation> allTransformations = transformationQuery.list(dc);
2298 19 May 06 nicklas 152   for (Transformation t: allTransformations)
2298 19 May 06 nicklas 153   {
2298 19 May 06 nicklas 154     addToTree(tree, t);
2298 19 May 06 nicklas 155   }
2298 19 May 06 nicklas 156   return tree;
2298 19 May 06 nicklas 157 }
6388 07 Jan 14 nicklas 158
6388 07 Jan 14 nicklas 159 JSONArray generateSubTree(JSONObject jsonParent, BasicItem parent, Tree<BasicItem> tree, Collection<String> closed)
2298 19 May 06 nicklas 160 {
6388 07 Jan 14 nicklas 161   JSONArray json = new JSONArray();
2298 19 May 06 nicklas 162   
6388 07 Jan 14 nicklas 163   Tree.Entry<BasicItem> parentEntry = tree.getEntry(parent);
6388 07 Jan 14 nicklas 164   if (parentEntry == null) return json;
6388 07 Jan 14 nicklas 165   
6388 07 Jan 14 nicklas 166   if (jsonParent == null && parent != null)
2298 19 May 06 nicklas 167   {
6388 07 Jan 14 nicklas 168     Item parentType = parent.getType();
6388 07 Jan 14 nicklas 169     if (parentType == Item.BIOASSAYSET)
6388 07 Jan 14 nicklas 170     {
6388 07 Jan 14 nicklas 171       jsonParent = newJoustBioAssaySet(null, (BioAssaySet)parent, true);
6388 07 Jan 14 nicklas 172     }
6388 07 Jan 14 nicklas 173     else if (parentType == Item.TRANSFORMATION)
6388 07 Jan 14 nicklas 174     {
6388 07 Jan 14 nicklas 175       jsonParent = newJoustTransformation(null, (Transformation)parent, true);
6388 07 Jan 14 nicklas 176     }
6388 07 Jan 14 nicklas 177     if (jsonParent != null) 
6388 07 Jan 14 nicklas 178     {
6388 07 Jan 14 nicklas 179       jsonParent.put("noOutlineIcon", 1);
6388 07 Jan 14 nicklas 180       json.add(jsonParent);
6388 07 Jan 14 nicklas 181     }
2298 19 May 06 nicklas 182   }
2298 19 May 06 nicklas 183   
2298 19 May 06 nicklas 184   List<Tree.Entry<BasicItem>> children = parentEntry.getChildren();
2298 19 May 06 nicklas 185   if (children != null)
2298 19 May 06 nicklas 186   {
6388 07 Jan 14 nicklas 187     for (Tree.Entry<BasicItem> childEntry : children)
2298 19 May 06 nicklas 188     {
6388 07 Jan 14 nicklas 189       BasicItem child = childEntry.getNode();
6388 07 Jan 14 nicklas 190       Item childType = child.getType();
6388 07 Jan 14 nicklas 191       JSONObject jsonChild = null;
6388 07 Jan 14 nicklas 192       String var = childType.name() + "_" + child.getId();
6388 07 Jan 14 nicklas 193       boolean isOpen = (closed == null || !closed.contains(var)) && childEntry.getNumChildren() > 0;
6388 07 Jan 14 nicklas 194       if (childType == Item.BIOASSAYSET)
6388 07 Jan 14 nicklas 195       {
6388 07 Jan 14 nicklas 196         jsonChild = newJoustBioAssaySet(jsonParent, (BioAssaySet)child, isOpen);
6388 07 Jan 14 nicklas 197       }
6388 07 Jan 14 nicklas 198       else if (childType == Item.TRANSFORMATION)
6388 07 Jan 14 nicklas 199       {
6388 07 Jan 14 nicklas 200         jsonChild = newJoustTransformation(jsonParent, (Transformation)child, isOpen);
6388 07 Jan 14 nicklas 201       }
6388 07 Jan 14 nicklas 202       else if (childType == Item.EXTRAVALUE)
6388 07 Jan 14 nicklas 203       {
6388 07 Jan 14 nicklas 204         jsonChild = newJoustExtraValue(jsonParent, (ExtraValue)child, isOpen);
6388 07 Jan 14 nicklas 205       }
6388 07 Jan 14 nicklas 206       if (jsonParent == null) json.add(jsonChild);
6388 07 Jan 14 nicklas 207       generateSubTree(jsonChild, child, tree, closed);
2298 19 May 06 nicklas 208     }
2298 19 May 06 nicklas 209   }
6388 07 Jan 14 nicklas 210   return json;
2298 19 May 06 nicklas 211 }
2298 19 May 06 nicklas 212
6388 07 Jan 14 nicklas 213
6388 07 Jan 14 nicklas 214 JSONObject newJoustBioAssaySet(JSONObject jsonParent, BioAssaySet bas, boolean open)
2298 19 May 06 nicklas 215 {
6388 07 Jan 14 nicklas 216   String id = "BIOASSAYSET_"+bas.getId();
6388 07 Jan 14 nicklas 217   String name = bas.getName();
6388 07 Jan 14 nicklas 218   String icon = "BioAssaySet";
2298 19 May 06 nicklas 219   
6388 07 Jan 14 nicklas 220   JSONObject json = newJoustEntry(jsonParent, icon, HTML.encodeTags(name), id);
6388 07 Jan 14 nicklas 221   json.put("type", "bioassayset");
6388 07 Jan 14 nicklas 222   json.put("isOpen", open ? 1 : 0);
6388 07 Jan 14 nicklas 223   return json;
6388 07 Jan 14 nicklas 224 }
6388 07 Jan 14 nicklas 225
6388 07 Jan 14 nicklas 226 JSONObject newJoustTransformation(JSONObject jsonParent, Transformation t, boolean open)
6388 07 Jan 14 nicklas 227 {
6388 07 Jan 14 nicklas 228   String id = "TRANSFORMATION_"+t.getId();
6388 07 Jan 14 nicklas 229   String name = t.getName();
6388 07 Jan 14 nicklas 230   String icon = "Transformation";
6388 07 Jan 14 nicklas 231   try
2664 26 Sep 06 nicklas 232   {
6388 07 Jan 14 nicklas 233     if (t.getJob().getPluginDefinition().supports("net.sf.basedb.core.plugin.AnalysisFilterPlugin"))
3592 23 Jul 07 nicklas 234     {
6388 07 Jan 14 nicklas 235       icon = "Filter";
3592 23 Jul 07 nicklas 236     }
2664 26 Sep 06 nicklas 237   }
6388 07 Jan 14 nicklas 238   catch (Throwable tt)
6388 07 Jan 14 nicklas 239   {}
6388 07 Jan 14 nicklas 240   
6388 07 Jan 14 nicklas 241   JSONObject json = newJoustEntry(jsonParent, icon, HTML.encodeTags(name), id);
6388 07 Jan 14 nicklas 242   json.put("type", "transformation");
6388 07 Jan 14 nicklas 243   json.put("isOpen", open ? 1 : 0);
6388 07 Jan 14 nicklas 244   return json;
6388 07 Jan 14 nicklas 245 }
6388 07 Jan 14 nicklas 246
6388 07 Jan 14 nicklas 247 JSONObject newJoustExtraValue(JSONObject jsonParent, ExtraValue ev, boolean open)
6388 07 Jan 14 nicklas 248 {
6388 07 Jan 14 nicklas 249   String id = "EXTRAVALUE_"+ev.getId();
6388 07 Jan 14 nicklas 250   String name = ev.getValueType().toString();
6388 07 Jan 14 nicklas 251   String icon = "ExtraValue";
6388 07 Jan 14 nicklas 252   
6388 07 Jan 14 nicklas 253   try
2298 19 May 06 nicklas 254   {
6388 07 Jan 14 nicklas 255     name = ev.getExtraValueType().getName();
2298 19 May 06 nicklas 256   }
6388 07 Jan 14 nicklas 257   catch (PermissionDeniedException ex)
6388 07 Jan 14 nicklas 258   {}
6388 07 Jan 14 nicklas 259   
6388 07 Jan 14 nicklas 260   JSONObject json = newJoustEntry(jsonParent, icon, HTML.encodeTags(name), id);
6388 07 Jan 14 nicklas 261   json.put("type", "extra-value");
6388 07 Jan 14 nicklas 262   json.put("isOpen", open ? 1 : 0);
6388 07 Jan 14 nicklas 263   return json;
6388 07 Jan 14 nicklas 264 }
6388 07 Jan 14 nicklas 265
6388 07 Jan 14 nicklas 266 JSONObject newJoustEntry(JSONObject jsonParent, String icon, String text, String id)
6388 07 Jan 14 nicklas 267 {
6388 07 Jan 14 nicklas 268   JSONObject jsonJoust = new JSONObject();
6388 07 Jan 14 nicklas 269   jsonJoust.put("icon", icon);
6388 07 Jan 14 nicklas 270   jsonJoust.put("text", text);
6388 07 Jan 14 nicklas 271   jsonJoust.put("id", id);
6388 07 Jan 14 nicklas 272   if (jsonParent != null)
2298 19 May 06 nicklas 273   {
6388 07 Jan 14 nicklas 274     JSONArray jsonChildren = (JSONArray)jsonParent.get("children");
6388 07 Jan 14 nicklas 275     if (jsonChildren == null)
6388 07 Jan 14 nicklas 276     {
6388 07 Jan 14 nicklas 277       jsonChildren = new JSONArray();
6388 07 Jan 14 nicklas 278       jsonParent.put("children", jsonChildren);
6388 07 Jan 14 nicklas 279       jsonParent.remove("isLazy");
6388 07 Jan 14 nicklas 280     }
6388 07 Jan 14 nicklas 281     jsonChildren.add(jsonJoust);
2298 19 May 06 nicklas 282   }
6388 07 Jan 14 nicklas 283   return jsonJoust;
2298 19 May 06 nicklas 284 }
2298 19 May 06 nicklas 285 %>
2298 19 May 06 nicklas 286 <%
2298 19 May 06 nicklas 287 final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
2298 19 May 06 nicklas 288 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
2298 19 May 06 nicklas 289 final int transformationId = Values.getInt(request.getParameter("transformation_id"));
2298 19 May 06 nicklas 290 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
2298 19 May 06 nicklas 291 final String ID = sc.getId();
4187 20 Mar 08 nicklas 292 final String rootPath = request.getContextPath()+"/";
2298 19 May 06 nicklas 293 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
2298 19 May 06 nicklas 294 final ItemContext tc = sc.getCurrentContext(Item.TRANSFORMATION);
2664 26 Sep 06 nicklas 295 final ItemContext xvc = sc.getCurrentContext(Item.EXTRAVALUE);
2298 19 May 06 nicklas 296
2298 19 May 06 nicklas 297 final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
2298 19 May 06 nicklas 298 final String callback = request.getParameter("callback");
2298 19 May 06 nicklas 299 final String title = mode.generateTitle("bioassay set", "bioassay sets");
7954 12 May 21 nicklas 300 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Expriment - View analysis tree");
2298 19 May 06 nicklas 301 Tree<BasicItem> analysisTree = null;
6541 29 Sep 14 nicklas 302 List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
2298 19 May 06 nicklas 303 try
2298 19 May 06 nicklas 304 {
2942 22 Nov 06 nicklas 305   Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
2892 10 Nov 06 nicklas 306   final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
6541 29 Sep 14 nicklas 307   SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
7337 12 Apr 17 nicklas 308   ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
6541 29 Sep 14 nicklas 309   for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
6541 29 Sep 14 nicklas 310   {
6541 29 Sep 14 nicklas 311     annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
6541 29 Sep 14 nicklas 312   }
2298 19 May 06 nicklas 313   final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
2298 19 May 06 nicklas 314   final BasicItem root = transformationId == 0 ? 
2298 19 May 06 nicklas 315       (bioAssaySetId == 0 ? null : BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId))
2298 19 May 06 nicklas 316       : Transformation.getById(dc, transformationId);
2303 22 May 06 nicklas 317   final boolean createPermission = experiment.hasPermission(Permission.USE);
2298 19 May 06 nicklas 318   final boolean deletePermission = createPermission;
2298 19 May 06 nicklas 319   final boolean writePermission = createPermission;
2298 19 May 06 nicklas 320
2298 19 May 06 nicklas 321   final ItemQuery<Transformation> transformationQuery = experiment.getTransformations();
2664 26 Sep 06 nicklas 322   transformationQuery.include(cc.getInclude());
4041 06 Dec 07 nicklas 323   transformationQuery.setFirstResult(0);
4041 06 Dec 07 nicklas 324   transformationQuery.setMaxResults(-1);
2298 19 May 06 nicklas 325   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
7914 23 Feb 21 nicklas 326   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
7914 23 Feb 21 nicklas 327       guiContext, root == null ? experiment : root);
2298 19 May 06 nicklas 328   try
2298 19 May 06 nicklas 329   {
7914 23 Feb 21 nicklas 330     final ItemQuery<BioAssaySet> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, experiment.getBioAssaySets(), mode);
4560 06 Oct 08 nicklas 331     query.setFirstResult(0);
4560 06 Oct 08 nicklas 332     query.setMaxResults(-1);
2298 19 May 06 nicklas 333     analysisTree = getAnalysisTree(dc, query, transformationQuery);
2298 19 May 06 nicklas 334   }
2298 19 May 06 nicklas 335   catch (Throwable t)
2298 19 May 06 nicklas 336   {
2298 19 May 06 nicklas 337     cc.setMessage(t.getMessage());
4560 06 Oct 08 nicklas 338     t.printStackTrace();
2298 19 May 06 nicklas 339   }
2298 19 May 06 nicklas 340   // Contains the ID:s of the bioassaysets that are closed in the tree
7605 26 Feb 19 nicklas 341   Collection<String> closed = cc.getObject("closed");
2298 19 May 06 nicklas 342   int numListed = 0;
4187 20 Mar 08 nicklas 343   
7605 26 Feb 19 nicklas 344   ExtensionsInvoker<ButtonAction> toolsInvoker = ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, 
4202 01 Apr 08 nicklas 345       "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.list.tools");
7604 25 Feb 19 nicklas 346   ExtensionsInvoker<ButtonAction> toolbarInvoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 347   ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioAssaySet,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
6388 07 Jan 14 nicklas 348   
6388 07 Jan 14 nicklas 349   JSONArray json = generateSubTree(null, root, analysisTree, closed);
2298 19 May 06 nicklas 350   %>
4871 01 Apr 09 nicklas 351   <base:page type="include">
6402 29 Jan 14 nicklas 352   <base:head scripts="joust-2.js,/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.js" />
2298 19 May 06 nicklas 353   <base:body>
4202 01 Apr 08 nicklas 354     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4202 01 Apr 08 nicklas 355     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
6388 07 Jan 14 nicklas 356     
6315 06 Sep 13 nicklas 357     <div id="tree-data" class="datacontainer"
6315 06 Sep 13 nicklas 358       data-experiment-id="<%=experimentId%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 359       data-bioassayset-id="<%=bioAssaySetId%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 360       data-transformation-id="<%=transformationId %>"
6388 07 Jan 14 nicklas 361       data-joust-tree="<%=HTML.encodeTags(json.toJSONString()) %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 362     ></div>
4374 04 Jul 08 nicklas 363     
2298 19 May 06 nicklas 364     <tbl:table 
2298 19 May 06 nicklas 365       id="bioAssaySets" 
2298 19 May 06 nicklas 366       columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
2298 19 May 06 nicklas 367       sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
2298 19 May 06 nicklas 368       direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
2298 19 May 06 nicklas 369       action="<%=transformationId != 0 ? "../bioassaysets/index.jsp" : "index.jsp"%>"
2298 19 May 06 nicklas 370       sc="<%=sc%>"
2298 19 May 06 nicklas 371       item="<%=itemType%>"
6700 30 Jan 15 nicklas 372       filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
5952 10 Feb 12 nicklas 373       subclass="<%=root == null ? "fulltable" : "" %>"
7982 14 Jun 21 nicklas 374       stickyheaders="<%=cc.getSetting("columns.sticky", "name")%>"
2298 19 May 06 nicklas 375       >
2298 19 May 06 nicklas 376       <tbl:hidden 
2298 19 May 06 nicklas 377         name="mode" 
2298 19 May 06 nicklas 378         value="<%=mode.getName()%>" 
2298 19 May 06 nicklas 379       />
2298 19 May 06 nicklas 380       <tbl:hidden 
2298 19 May 06 nicklas 381         name="experiment_id" 
2298 19 May 06 nicklas 382         value="<%=String.valueOf(experimentId)%>" 
2298 19 May 06 nicklas 383       />
2298 19 May 06 nicklas 384       <tbl:hidden 
2298 19 May 06 nicklas 385         name="item_id" 
2298 19 May 06 nicklas 386         value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>"
2298 19 May 06 nicklas 387         skip="<%=bioAssaySetId == 0%>"
2298 19 May 06 nicklas 388       />
2298 19 May 06 nicklas 389       <tbl:hidden 
2298 19 May 06 nicklas 390         name="transformation_id" 
2298 19 May 06 nicklas 391         value="<%=String.valueOf(transformationId)%>"
2298 19 May 06 nicklas 392         skip="<%=transformationId == 0%>"
2298 19 May 06 nicklas 393       />
2298 19 May 06 nicklas 394       <tbl:hidden 
2298 19 May 06 nicklas 395         name="callback" 
2298 19 May 06 nicklas 396         value="<%=callback%>" 
2298 19 May 06 nicklas 397         skip="<%=callback == null%>" 
2298 19 May 06 nicklas 398       />
2298 19 May 06 nicklas 399       <tbl:hidden
2298 19 May 06 nicklas 400         name="closed"
2298 19 May 06 nicklas 401         value="<%=closed == null ? "," : ","+Values.getString(closed, ",", true)+","%>"
2298 19 May 06 nicklas 402       />
2298 19 May 06 nicklas 403       <tbl:columndef 
2298 19 May 06 nicklas 404         id="name"
2298 19 May 06 nicklas 405         property="name"
2298 19 May 06 nicklas 406         datatype="string"
2298 19 May 06 nicklas 407         title="Name"
2298 19 May 06 nicklas 408         sortable="true" 
2298 19 May 06 nicklas 409         filterable="true"
2298 19 May 06 nicklas 410         exportable="true"
2298 19 May 06 nicklas 411         show="always" 
2298 19 May 06 nicklas 412       />
2298 19 May 06 nicklas 413       <tbl:columndef 
2298 19 May 06 nicklas 414         id="spots"
2298 19 May 06 nicklas 415         property="numSpots"
2298 19 May 06 nicklas 416         datatype="int"
4338 17 Jun 08 nicklas 417         title="Spots/Values in db"
2298 19 May 06 nicklas 418         sortable="true" 
2298 19 May 06 nicklas 419         filterable="true"
2298 19 May 06 nicklas 420         exportable="true"
2298 19 May 06 nicklas 421       />
2298 19 May 06 nicklas 422       <tbl:columndef 
2298 19 May 06 nicklas 423         id="reporters"
2298 19 May 06 nicklas 424         property="numReporters"
2298 19 May 06 nicklas 425         datatype="int"
4338 17 Jun 08 nicklas 426         title="Reporters in db"
2298 19 May 06 nicklas 427         sortable="true" 
2298 19 May 06 nicklas 428         filterable="true"
2298 19 May 06 nicklas 429         exportable="true"
2298 19 May 06 nicklas 430       />
2298 19 May 06 nicklas 431       <tbl:columndef 
4338 17 Jun 08 nicklas 432         id="fileSpots"
4338 17 Jun 08 nicklas 433         property="numFileSpots"
4338 17 Jun 08 nicklas 434         datatype="int"
4338 17 Jun 08 nicklas 435         title="Spots/Values in file"
4338 17 Jun 08 nicklas 436         sortable="true" 
4338 17 Jun 08 nicklas 437         filterable="true"
4338 17 Jun 08 nicklas 438         exportable="true"
4338 17 Jun 08 nicklas 439       />
4338 17 Jun 08 nicklas 440       <tbl:columndef 
4338 17 Jun 08 nicklas 441         id="fileReporters"
4338 17 Jun 08 nicklas 442         property="numFileReporters"
4338 17 Jun 08 nicklas 443         datatype="int"
4338 17 Jun 08 nicklas 444         title="Reporters in file"
4338 17 Jun 08 nicklas 445         sortable="true" 
4338 17 Jun 08 nicklas 446         filterable="true"
4338 17 Jun 08 nicklas 447         exportable="true"
4338 17 Jun 08 nicklas 448       />
4338 17 Jun 08 nicklas 449       <tbl:columndef 
2298 19 May 06 nicklas 450         id="date"
2298 19 May 06 nicklas 451         property="transformation.job.ended"
6040 30 Mar 12 nicklas 452         datatype="timestamp"
2298 19 May 06 nicklas 453         title="Date"
2298 19 May 06 nicklas 454         sortable="true" 
2298 19 May 06 nicklas 455         filterable="true"
2298 19 May 06 nicklas 456         exportable="true"
2298 19 May 06 nicklas 457       />
2298 19 May 06 nicklas 458       <tbl:columndef 
2298 19 May 06 nicklas 459         id="plugin"
2298 19 May 06 nicklas 460         property="transformation.job.pluginDefinition.name"
2298 19 May 06 nicklas 461         datatype="string"
2298 19 May 06 nicklas 462         title="Plugin"
2298 19 May 06 nicklas 463         sortable="true" 
2298 19 May 06 nicklas 464         filterable="true"
2298 19 May 06 nicklas 465         exportable="true"
2298 19 May 06 nicklas 466       />
2298 19 May 06 nicklas 467       <tbl:columndef 
2298 19 May 06 nicklas 468         id="description"
2298 19 May 06 nicklas 469         property="description"
2298 19 May 06 nicklas 470         datatype="string"
2298 19 May 06 nicklas 471         title="Description" 
2298 19 May 06 nicklas 472         sortable="true" 
2298 19 May 06 nicklas 473         filterable="true" 
2298 19 May 06 nicklas 474         exportable="true"
2298 19 May 06 nicklas 475       />
2892 10 Nov 06 nicklas 476       <%
6541 29 Sep 14 nicklas 477       for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
2892 10 Nov 06 nicklas 478       {
6541 29 Sep 14 nicklas 479         AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
2892 10 Nov 06 nicklas 480         Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
7605 26 Feb 19 nicklas 481         Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
2892 10 Nov 06 nicklas 482         if (at.isEnumeration())
2892 10 Nov 06 nicklas 483         {
2892 10 Nov 06 nicklas 484           annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
6784 18 Mar 15 nicklas 485           if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
2892 10 Nov 06 nicklas 486           List<?> values = at.getValues();
2892 10 Nov 06 nicklas 487           for (Object value : values)
2892 10 Nov 06 nicklas 488           {
2942 22 Nov 06 nicklas 489             String encoded = formatter.format(value);
2892 10 Nov 06 nicklas 490             annotationEnum.add(encoded, encoded);
2892 10 Nov 06 nicklas 491           }
2892 10 Nov 06 nicklas 492         }
2892 10 Nov 06 nicklas 493         %>
2892 10 Nov 06 nicklas 494         <tbl:columndef 
2892 10 Nov 06 nicklas 495           id="<%="at"+at.getId()%>"
2892 10 Nov 06 nicklas 496           title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
2892 10 Nov 06 nicklas 497           property="<%="#"+at.getId()%>"
2892 10 Nov 06 nicklas 498           annotation="true"
2892 10 Nov 06 nicklas 499           datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
2892 10 Nov 06 nicklas 500           enumeration="<%=annotationEnum%>"
5674 27 Jun 11 nicklas 501           smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
6027 23 Mar 12 nicklas 502           sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
2892 10 Nov 06 nicklas 503           filterable="true" 
2892 10 Nov 06 nicklas 504           exportable="true"
2942 22 Nov 06 nicklas 505           formatter="<%=formatter%>"
4560 06 Oct 08 nicklas 506           unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
2892 10 Nov 06 nicklas 507         />
2892 10 Nov 06 nicklas 508         <%
2892 10 Nov 06 nicklas 509       }
2892 10 Nov 06 nicklas 510       %>
2298 19 May 06 nicklas 511       <tbl:columndef 
2298 19 May 06 nicklas 512         id="tools"
2298 19 May 06 nicklas 513         title="Tools" 
2298 19 May 06 nicklas 514       />
6040 30 Mar 12 nicklas 515       <tbl:columndef 
6040 30 Mar 12 nicklas 516         id="xt-columns" 
6040 30 Mar 12 nicklas 517         extensions="<%=columnsInvoker%>" 
6040 30 Mar 12 nicklas 518         jspcontext="<%=jspContext%>" 
6040 30 Mar 12 nicklas 519       />
2298 19 May 06 nicklas 520
5952 10 Feb 12 nicklas 521       <div class="panelgroup">
2298 19 May 06 nicklas 522       <tbl:toolbar
2298 19 May 06 nicklas 523         visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
6700 30 Jan 15 nicklas 524         subclass="<%=root == null ? "bottomborder bg-filled-50" : "topborder leftborder rightborder bg-filled-50" %>"
2298 19 May 06 nicklas 525         >
2298 19 May 06 nicklas 526         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 527           id="btnNewRootBioAssaySet"
5942 01 Feb 12 nicklas 528           disabled="<%=!createPermission%>" 
5945 02 Feb 12 nicklas 529           image="new.png" 
2298 19 May 06 nicklas 530           title="New root bioassay set&hellip;" 
2309 22 May 06 nicklas 531           tooltip="<%=createPermission ? "Create a new root bioassay set" : "You do not have permission to create bioassay sets"%>" 
2298 19 May 06 nicklas 532           visible="<%=root == null && pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.INTENSITY)%>"
2298 19 May 06 nicklas 533         />
2298 19 May 06 nicklas 534         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 535           id="btnDeleteTreeItems"
5942 01 Feb 12 nicklas 536           disabled="<%=!deletePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 537           image="delete.png" 
2298 19 May 06 nicklas 538           title="Delete"
2298 19 May 06 nicklas 539           tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected items" : "You do not have permission to delete items"%>" 
2298 19 May 06 nicklas 540         />
2298 19 May 06 nicklas 541         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 542           id="btnRestoreTreeItems"
5942 01 Feb 12 nicklas 543           disabled="<%=!writePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 544           image="restore.png" 
2298 19 May 06 nicklas 545           title="Restore"
2298 19 May 06 nicklas 546           tooltip="<%=writePermission ? "Restore the selected (deleted) items" : "You do not have permission to restore items"%>" 
2298 19 May 06 nicklas 547         />
2298 19 May 06 nicklas 548         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 549           id="btnTreeColumns"
5945 02 Feb 12 nicklas 550           image="columns.png" 
2298 19 May 06 nicklas 551           title="Columns&hellip;" 
2298 19 May 06 nicklas 552           tooltip="Show, hide and re-order columns" 
2298 19 May 06 nicklas 553         />
2298 19 May 06 nicklas 554         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 555           id="btnTreeImport"
6315 06 Sep 13 nicklas 556           data-plugin-type="IMPORT"
5946 03 Feb 12 nicklas 557           image="import.png" 
2298 19 May 06 nicklas 558           title="Import&hellip;" 
2298 19 May 06 nicklas 559           tooltip="Import data" 
2298 19 May 06 nicklas 560           visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
2298 19 May 06 nicklas 561         />
2298 19 May 06 nicklas 562         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 563           id="btnTreeExport"
6315 06 Sep 13 nicklas 564           data-plugin-type="EXPORT"
5946 03 Feb 12 nicklas 565           image="export.png" 
2298 19 May 06 nicklas 566           title="Export&hellip;" 
2298 19 May 06 nicklas 567           tooltip="Export data" 
2298 19 May 06 nicklas 568           visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
2298 19 May 06 nicklas 569         />
2298 19 May 06 nicklas 570         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 571           id="btnTreeRunPlugin"
6315 06 Sep 13 nicklas 572           data-plugin-type="OTHER"
5945 02 Feb 12 nicklas 573           image="runplugin.png" 
2298 19 May 06 nicklas 574           title="Run plugin&hellip;" 
2298 19 May 06 nicklas 575           tooltip="Run a plugin" 
2298 19 May 06 nicklas 576           visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
2298 19 May 06 nicklas 577         />
4871 01 Apr 09 nicklas 578         <ext:render extensions="<%=toolbarInvoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 579           wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
2298 19 May 06 nicklas 580       </tbl:toolbar>
5952 10 Feb 12 nicklas 581       </div>
5952 10 Feb 12 nicklas 582       <tbl:data style="<%=root == null ? "top: 1.75em;" : "" %>">
5948 08 Feb 12 nicklas 583         <tbl:headers>
5948 08 Feb 12 nicklas 584           <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 585             <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
6182 23 Oct 12 nicklas 586             <tbl:presetselector 
7943 04 May 21 nicklas 587               style="border-right: 0px; display: block;"
6182 23 Oct 12 nicklas 588             />
5952 10 Feb 12 nicklas 589             </tbl:header>
5948 08 Feb 12 nicklas 590             <tbl:columnheaders />
5948 08 Feb 12 nicklas 591           </tbl:headerrow>
6700 30 Jan 15 nicklas 592           <%
6700 30 Jan 15 nicklas 593           int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
6700 30 Jan 15 nicklas 594           int numRows = cc.getFilterRows();
6700 30 Jan 15 nicklas 595           for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
6700 30 Jan 15 nicklas 596           {
6700 30 Jan 15 nicklas 597             boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
6700 30 Jan 15 nicklas 598             %>
6700 30 Jan 15 nicklas 599             <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 600               <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 601                 <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 602                   <div class="index"></div>
7943 04 May 21 nicklas 603                   <div class="check">
7943 04 May 21 nicklas 604                     <base:icon 
7943 04 May 21 nicklas 605                       subclass="link table-check"
7943 04 May 21 nicklas 606                       image="check_uncheck.png" 
7943 04 May 21 nicklas 607                       tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
7943 04 May 21 nicklas 608                       visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
7943 04 May 21 nicklas 609                     />
7943 04 May 21 nicklas 610                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 611                   <div class="icons">
7943 04 May 21 nicklas 612                     <base:icon
7943 04 May 21 nicklas 613                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 614                       image="add.png"
7943 04 May 21 nicklas 615                       tooltip="Add extra filter row"
7943 04 May 21 nicklas 616                       visible="<%=lastRow%>"
7943 04 May 21 nicklas 617                     /><base:icon
7943 04 May 21 nicklas 618                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 619                       image="remove.png"
7943 04 May 21 nicklas 620                       tooltip="Remove this filter row"
7943 04 May 21 nicklas 621                       visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
7943 04 May 21 nicklas 622                       data-remove-row="<%=filterNo%>"
7943 04 May 21 nicklas 623                     />
7943 04 May 21 nicklas 624                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 625                 </div>
6700 30 Jan 15 nicklas 626               </tbl:header>
6700 30 Jan 15 nicklas 627               <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
6700 30 Jan 15 nicklas 628             </tbl:headerrow>
6700 30 Jan 15 nicklas 629             <%
6700 30 Jan 15 nicklas 630           }
6700 30 Jan 15 nicklas 631           %>
7913 22 Feb 21 nicklas 632           <tbl:columnsubtitles />
5948 08 Feb 12 nicklas 633         </tbl:headers>
5948 08 Feb 12 nicklas 634         <tbl:rows>
2298 19 May 06 nicklas 635           <%
5952 10 Feb 12 nicklas 636           if (cc.getMessage() != null)
5952 10 Feb 12 nicklas 637           {
5952 10 Feb 12 nicklas 638             %>
6604 18 Nov 14 nicklas 639             <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5952 10 Feb 12 nicklas 640               <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
5952 10 Feb 12 nicklas 641             </tbl:panel>
5952 10 Feb 12 nicklas 642             <%
5952 10 Feb 12 nicklas 643             cc.setMessage(null);
5952 10 Feb 12 nicklas 644           }
2298 19 May 06 nicklas 645           int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
2298 19 May 06 nicklas 646           int selectedItemId = cc.getId();
2298 19 May 06 nicklas 647           if (analysisTree != null)
2507 09 Aug 06 martin 648           {            
2298 19 May 06 nicklas 649             Iterator<Tree.Entry<BasicItem>> baas = analysisTree.entryIterator(root);
2298 19 May 06 nicklas 650             while (baas.hasNext())
2298 19 May 06 nicklas 651             {
2298 19 May 06 nicklas 652               Tree.Entry<BasicItem> entry = baas.next();
2298 19 May 06 nicklas 653               BasicItem item = entry.getNode();
2298 19 May 06 nicklas 654               if (item != null)
2298 19 May 06 nicklas 655               {
2298 19 May 06 nicklas 656                 int level = entry.getDepth() - 1;
2298 19 May 06 nicklas 657                 int itemId = item.getId();
2298 19 May 06 nicklas 658                 String joustId = item.getType().name() + "_" + itemId;
6388 07 Jan 14 nicklas 659                 
6388 07 Jan 14 nicklas 660                 boolean isVisible = true;
6388 07 Jan 14 nicklas 661                 BasicItem parent = entry.getParent().getNode();
6388 07 Jan 14 nicklas 662                 if (parent != null && closed != null)
6388 07 Jan 14 nicklas 663                 {
6388 07 Jan 14 nicklas 664                   String parentId = parent.getType().name()+"_"+parent.getId();
6388 07 Jan 14 nicklas 665                   isVisible = !closed.contains(parentId);
6388 07 Jan 14 nicklas 666                   if (!isVisible) closed.add(joustId);
6388 07 Jan 14 nicklas 667                 }
2664 26 Sep 06 nicklas 668                 String name = "";
2664 26 Sep 06 nicklas 669                 String description = "";
2507 09 Aug 06 martin 670                 String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
2507 09 Aug 06 martin 671                     "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
2298 19 May 06 nicklas 672                 boolean removed = false;
2298 19 May 06 nicklas 673                 Transformation t = null;
2298 19 May 06 nicklas 674                 BioAssaySet bas = null;
2664 26 Sep 06 nicklas 675                 ExtraValue xv = null;
2745 18 Oct 06 nicklas 676                 PluginDefinition plugin = null;
2745 18 Oct 06 nicklas 677                 Job job = null;
2298 19 May 06 nicklas 678                 String prefix = "";
2298 19 May 06 nicklas 679                 ItemContext ccc = null;
2664 26 Sep 06 nicklas 680                 Item itemType = item.getType();
2664 26 Sep 06 nicklas 681                 if (itemType == Item.TRANSFORMATION)
2298 19 May 06 nicklas 682                 {
2298 19 May 06 nicklas 683                   t = (Transformation)item;
2298 19 May 06 nicklas 684                   removed = t.isRemoved();
2298 19 May 06 nicklas 685                   prefix = "T:";
2298 19 May 06 nicklas 686                   ccc = tc;
2664 26 Sep 06 nicklas 687                   name = HTML.encodeTags(t.getName());
2664 26 Sep 06 nicklas 688                   description = HTML.encodeTags(t.getDescription());
2745 18 Oct 06 nicklas 689                   try
2745 18 Oct 06 nicklas 690                   {
2745 18 Oct 06 nicklas 691                     job = t.getJob();
2745 18 Oct 06 nicklas 692                     plugin = job.getPluginDefinition();
2745 18 Oct 06 nicklas 693                   }
2745 18 Oct 06 nicklas 694                   catch (Throwable ex)
2745 18 Oct 06 nicklas 695                   {}
2298 19 May 06 nicklas 696                 }
2664 26 Sep 06 nicklas 697                 else if (itemType == Item.BIOASSAYSET)
2298 19 May 06 nicklas 698                 {
2298 19 May 06 nicklas 699                   bas = (BioAssaySet)item;
2298 19 May 06 nicklas 700                   removed = bas.isRemoved();
2298 19 May 06 nicklas 701                   ccc = cc;
2664 26 Sep 06 nicklas 702                   name = HTML.encodeTags(bas.getName());
2664 26 Sep 06 nicklas 703                   description = HTML.encodeTags(bas.getDescription());
2298 19 May 06 nicklas 704                 }
2664 26 Sep 06 nicklas 705                 else if (itemType == Item.EXTRAVALUE)
2664 26 Sep 06 nicklas 706                 {
2664 26 Sep 06 nicklas 707                   xv = (ExtraValue)item;
2664 26 Sep 06 nicklas 708                   prefix = "X:";
2664 26 Sep 06 nicklas 709                   removed = false;
2664 26 Sep 06 nicklas 710                   ccc = xvc;
2745 18 Oct 06 nicklas 711                   try
2745 18 Oct 06 nicklas 712                   {
3580 20 Jul 07 nicklas 713                     ExtraValueType xvType = xv.getExtraValueType();
3580 20 Jul 07 nicklas 714                     name = HTML.encodeTags(xvType.getName());
3580 20 Jul 07 nicklas 715                     description = HTML.encodeTags(xvType.getDescription());
3580 20 Jul 07 nicklas 716                   }
3580 20 Jul 07 nicklas 717                   catch (PermissionDeniedException ex)
3580 20 Jul 07 nicklas 718                   {
3580 20 Jul 07 nicklas 719                     name = xv.getValueType().toString();
3580 20 Jul 07 nicklas 720                     description = "";
3580 20 Jul 07 nicklas 721                   }
3580 20 Jul 07 nicklas 722                   try
3580 20 Jul 07 nicklas 723                   {
2745 18 Oct 06 nicklas 724                     job = xv.getJob();
2745 18 Oct 06 nicklas 725                     plugin = job.getPluginDefinition();
2745 18 Oct 06 nicklas 726                   }
2745 18 Oct 06 nicklas 727                   catch (Throwable ex)
2745 18 Oct 06 nicklas 728                   {}
2664 26 Sep 06 nicklas 729                 }
2298 19 May 06 nicklas 730                 
2298 19 May 06 nicklas 731                 index++;
2298 19 May 06 nicklas 732                 numListed++;
2298 19 May 06 nicklas 733                 %>
2298 19 May 06 nicklas 734                 <tbl:row
2298 19 May 06 nicklas 735                   id="<%="row."+joustId%>"
6388 07 Jan 14 nicklas 736                   style="<%=isVisible ? "" : "display: none;" %>"
2298 19 May 06 nicklas 737                   >
7943 04 May 21 nicklas 738                   <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 739                     <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 740                       <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
7943 04 May 21 nicklas 741                       <div class="check">
7943 04 May 21 nicklas 742                         <base:input
7943 04 May 21 nicklas 743                           type="checkbox" 
7943 04 May 21 nicklas 744                           name="<%=prefix+itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 745                           value="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 746                           title="<%=name%>" 
7943 04 May 21 nicklas 747                           checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
7943 04 May 21 nicklas 748                           visible="<%=mode.hasCheck()%>"
7943 04 May 21 nicklas 749                         />
7943 04 May 21 nicklas 750                         <base:input 
7943 04 May 21 nicklas 751                           type="radio" 
7943 04 May 21 nicklas 752                           name="item_id" 
7943 04 May 21 nicklas 753                           value="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 754                           title="<%=name%>" 
7943 04 May 21 nicklas 755                           checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
7943 04 May 21 nicklas 756                           visible="<%=mode.hasRadio()%>"
7943 04 May 21 nicklas 757                         />                    
7943 04 May 21 nicklas 758                       </div>
7943 04 May 21 nicklas 759                       <div class="icons">
7943 04 May 21 nicklas 760                         <base:icon 
7943 04 May 21 nicklas 761                           image="deleted.png"
7943 04 May 21 nicklas 762                           id="<%="delete."+itemId %>"
7943 04 May 21 nicklas 763                           subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
7943 04 May 21 nicklas 764                           data-item-type="<%=itemType.name() %>"
7943 04 May 21 nicklas 765                           data-item-id="<%=itemId%>"
7943 04 May 21 nicklas 766                           data-notify="reloadOnNotify"
7943 04 May 21 nicklas 767                           tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
7943 04 May 21 nicklas 768                           visible="<%=removed%>"
7943 04 May 21 nicklas 769                         />
7943 04 May 21 nicklas 770                       </div>
7943 04 May 21 nicklas 771                     </div>
7943 04 May 21 nicklas 772                   </tbl:header>
6388 07 Jan 14 nicklas 773                   <tbl:cell clazz="cell joust" column="name">
6388 07 Jan 14 nicklas 774                     <div id="<%=joustId%>" class="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 775                       data-auto-init="item-link"
6315 06 Sep 13 nicklas 776                       data-item-type="<%=itemType.name() %>" 
6315 06 Sep 13 nicklas 777                       data-item-id="<%=itemId %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 778                       data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
6315 06 Sep 13 nicklas 779                       tabindex="0"
6388 07 Jan 14 nicklas 780                       title="<%=tooltip%>"><%=name%></div>
2298 19 May 06 nicklas 781                   </tbl:cell>
2298 19 May 06 nicklas 782                   <%
2298 19 May 06 nicklas 783                   if (t != null)
2298 19 May 06 nicklas 784                   {
2298 19 May 06 nicklas 785                     %>
2664 26 Sep 06 nicklas 786                     <tbl:cell column="spots">&nbsp;</tbl:cell>
2664 26 Sep 06 nicklas 787                     <tbl:cell column="reporters">&nbsp;</tbl:cell>
4338 17 Jun 08 nicklas 788                     <tbl:cell column="fileSpots">&nbsp;</tbl:cell>
4338 17 Jun 08 nicklas 789                     <tbl:cell column="fileReporters">&nbsp;</tbl:cell>
6143 20 Sep 12 nicklas 790                     <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
2745 18 Oct 06 nicklas 791                       <%
6372 06 Dec 13 nicklas 792                       if (createPermission && job != null && plugin != null && plugin.isInteractive() && plugin.hasPermission(Permission.USE))
2745 18 Oct 06 nicklas 793                       {
6372 06 Dec 13 nicklas 794                         // User may not have permission to read plug-in configuration for job
6372 06 Dec 13 nicklas 795                         boolean copyTransformationAllowed = false;
6372 06 Dec 13 nicklas 796                         try
6372 06 Dec 13 nicklas 797                         {
6372 06 Dec 13 nicklas 798                           PluginConfiguration pluginConfig = job.getPluginConfiguration();
6372 06 Dec 13 nicklas 799                           if (pluginConfig == null || pluginConfig.hasPermission(Permission.USE))
6372 06 Dec 13 nicklas 800                           {
6372 06 Dec 13 nicklas 801                             copyTransformationAllowed = true;
6372 06 Dec 13 nicklas 802                           }
6372 06 Dec 13 nicklas 803                         }
6372 06 Dec 13 nicklas 804                         catch (Exception e)
6372 06 Dec 13 nicklas 805                         {}
6372 06 Dec 13 nicklas 806                         if (copyTransformationAllowed)
6372 06 Dec 13 nicklas 807                         {
6372 06 Dec 13 nicklas 808                           %>
6372 06 Dec 13 nicklas 809                           <base:icon 
6372 06 Dec 13 nicklas 810                             subclass="link auto-init"
6372 06 Dec 13 nicklas 811                             data-auto-init="copy-job"
6372 06 Dec 13 nicklas 812                             data-job-id="<%=job.getId() %>"
6372 06 Dec 13 nicklas 813                             image="copy.png" 
6372 06 Dec 13 nicklas 814                             tooltip="Copy this transformation"
6372 06 Dec 13 nicklas 815                           />
6372 06 Dec 13 nicklas 816                           <%
6372 06 Dec 13 nicklas 817                         }
2745 18 Oct 06 nicklas 818                       }
2745 18 Oct 06 nicklas 819                       %>
4871 01 Apr 09 nicklas 820                       <ext:render extensions="<%=toolsInvoker%>" context="<%=jspContext%>" item="<%=item%>" />
2745 18 Oct 06 nicklas 821                     </tbl:cell>
2298 19 May 06 nicklas 822                     <%
2298 19 May 06 nicklas 823                   }
2664 26 Sep 06 nicklas 824                   if (bas != null)
2298 19 May 06 nicklas 825                   {
2298 19 May 06 nicklas 826                     %>
2664 26 Sep 06 nicklas 827                     <tbl:cell column="spots"><%=bas.getNumSpots()%></tbl:cell>
2664 26 Sep 06 nicklas 828                     <tbl:cell column="reporters"><%=bas.getNumReporters()%></tbl:cell>
4338 17 Jun 08 nicklas 829                     <tbl:cell column="fileSpots"><%=bas.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
4338 17 Jun 08 nicklas 830                     <tbl:cell column="fileReporters"><%=bas.getNumFileReporters()%></tbl:cell>
2298 19 May 06 nicklas 831                     <tbl:cell column="date">&nbsp;</tbl:cell>
2298 19 May 06 nicklas 832                     <tbl:cell column="plugin">&nbsp;</tbl:cell>
2892 10 Nov 06 nicklas 833                     <%
6541 29 Sep 14 nicklas 834                     if (bas.isAnnotated())
2892 10 Nov 06 nicklas 835                     {
6541 29 Sep 14 nicklas 836                       AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, bas.getAnnotationSet().getId());
6541 29 Sep 14 nicklas 837                       for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
2942 22 Nov 06 nicklas 838                       {
6721 10 Feb 15 nicklas 839                         %>
6721 10 Feb 15 nicklas 840                         <tbl:cell 
6721 10 Feb 15 nicklas 841                           column="<%="at"+loader.getId()%>"
6721 10 Feb 15 nicklas 842                           ><%
7337 12 Apr 17 nicklas 843                           if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
6721 10 Feb 15 nicklas 844                           {
6721 10 Feb 15 nicklas 845                             %><tbl:cellvalue 
6541 29 Sep 14 nicklas 846                               list="<%=loader.getValues()%>"
8160 07 Jun 23 nicklas 847                               bulletlist="<%=loader.useBulletList() %>"
6541 29 Sep 14 nicklas 848                               suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 849                               clazz="<%=psInfo.hasProjectSpecificAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
6721 10 Feb 15 nicklas 850                             /><%
6721 10 Feb 15 nicklas 851                           }
6721 10 Feb 15 nicklas 852                           %></tbl:cell>
6721 10 Feb 15 nicklas 853                         <%
2942 22 Nov 06 nicklas 854                       }
2892 10 Nov 06 nicklas 855                     }
2892 10 Nov 06 nicklas 856                     %>
6143 20 Sep 12 nicklas 857                     <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
4338 17 Jun 08 nicklas 858                       <%
4338 17 Jun 08 nicklas 859                       if (bas.getNumSpots() > 0)
4338 17 Jun 08 nicklas 860                       {
4338 17 Jun 08 nicklas 861                         %>
6315 06 Sep 13 nicklas 862                         <base:icon 
6315 06 Sep 13 nicklas 863                           subclass="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 864                           data-auto-init="bioassayset-plotter"
6315 06 Sep 13 nicklas 865                           data-item-id="<%=itemId %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 866                           image="plotter.png" 
6143 20 Sep 12 nicklas 867                           tooltip="A simple plot tool"
6143 20 Sep 12 nicklas 868                         />
6315 06 Sep 13 nicklas 869                         <base:icon 
6315 06 Sep 13 nicklas 870                           subclass="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 871                           data-auto-init="experiment-explorer"
6315 06 Sep 13 nicklas 872                           data-item-id="<%=itemId %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 873                           image="explorer.png" 
6143 20 Sep 12 nicklas 874                           tooltip="Experiment explorer"
6143 20 Sep 12 nicklas 875                         />
4338 17 Jun 08 nicklas 876                         <%
4338 17 Jun 08 nicklas 877                       }
4338 17 Jun 08 nicklas 878                       %>
6315 06 Sep 13 nicklas 879                       <base:icon 
6315 06 Sep 13 nicklas 880                         subclass="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 881                         data-auto-init="bioassayset-plugin"
6315 06 Sep 13 nicklas 882                         data-plugin-type="EXPORT"
6315 06 Sep 13 nicklas 883                         data-item-id="<%=itemId %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 884                         image="export.png" 
6143 20 Sep 12 nicklas 885                         tooltip="Export data"
6143 20 Sep 12 nicklas 886                       />
2309 22 May 06 nicklas 887                       <%
2309 22 May 06 nicklas 888                       if (createPermission)
2309 22 May 06 nicklas 889                       {
2309 22 May 06 nicklas 890                         %>
6315 06 Sep 13 nicklas 891                         <base:icon 
6315 06 Sep 13 nicklas 892                           subclass="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 893                           data-auto-init="bioassayset-plugin"
6315 06 Sep 13 nicklas 894                           data-plugin-type="ANALYZE"
6315 06 Sep 13 nicklas 895                           data-cmd="NewFilteredBioAssaySet"
6315 06 Sep 13 nicklas 896                           data-item-id="<%=itemId %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 897                           image="filter.png" 
6143 20 Sep 12 nicklas 898                           tooltip="Create a filtered bioassay set"
6143 20 Sep 12 nicklas 899                         />
6315 06 Sep 13 nicklas 900                         <base:icon 
6315 06 Sep 13 nicklas 901                           subclass="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 902                           data-auto-init="bioassayset-plugin"
6315 06 Sep 13 nicklas 903                           data-plugin-type="ANALYZE"
6315 06 Sep 13 nicklas 904                           data-item-id="<%=itemId %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 905                           image="runplugin.png" 
6143 20 Sep 12 nicklas 906                           tooltip="Run an analysis plugin"
6143 20 Sep 12 nicklas 907                         />
2309 22 May 06 nicklas 908                         <%
2309 22 May 06 nicklas 909                       }
2309 22 May 06 nicklas 910                       %>
4871 01 Apr 09 nicklas 911                       <ext:render extensions="<%=toolsInvoker%>" context="<%=jspContext%>" item="<%=item%>" />
2309 22 May 06 nicklas 912                     </tbl:cell>
2298 19 May 06 nicklas 913                     <%
2298 19 May 06 nicklas 914                   }
2664 26 Sep 06 nicklas 915                   if (xv != null)
2664 26 Sep 06 nicklas 916                   {
2664 26 Sep 06 nicklas 917                     %>
2664 26 Sep 06 nicklas 918                     <tbl:cell column="spots"><%=xv.getNumValues()%></tbl:cell>
2664 26 Sep 06 nicklas 919                     <tbl:cell column="reporters">&nbsp;</tbl:cell>
4338 17 Jun 08 nicklas 920                     <tbl:cell column="fileSpots"><%=xv.getNumFileValues()%></tbl:cell>
4338 17 Jun 08 nicklas 921                     <tbl:cell column="fileReporters">&nbsp;</tbl:cell>
6143 20 Sep 12 nicklas 922                     <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
2745 18 Oct 06 nicklas 923                       <%
6372 06 Dec 13 nicklas 924                       if (createPermission && job != null && plugin != null && plugin.isInteractive() && plugin.hasPermission(Permission.USE))
2745 18 Oct 06 nicklas 925                       {
6372 06 Dec 13 nicklas 926                         // User may not have permission to read plug-in configuration for job
6372 06 Dec 13 nicklas 927                         boolean copyTransformationAllowed = false;
6372 06 Dec 13 nicklas 928                         try
6372 06 Dec 13 nicklas 929                         {
6372 06 Dec 13 nicklas 930                           PluginConfiguration pluginConfig = job.getPluginConfiguration();
6372 06 Dec 13 nicklas 931                           if (pluginConfig == null || pluginConfig.hasPermission(Permission.USE))
6372 06 Dec 13 nicklas 932                           {
6372 06 Dec 13 nicklas 933                             copyTransformationAllowed = true;
6372 06 Dec 13 nicklas 934                           }
6372 06 Dec 13 nicklas 935                         }
6372 06 Dec 13 nicklas 936                         catch (Exception e)
6372 06 Dec 13 nicklas 937                         {}
6372 06 Dec 13 nicklas 938                         if (copyTransformationAllowed)
6372 06 Dec 13 nicklas 939                         {
6372 06 Dec 13 nicklas 940                           %>
6372 06 Dec 13 nicklas 941                           <base:icon 
6372 06 Dec 13 nicklas 942                             subclass="link auto-init"
6372 06 Dec 13 nicklas 943                             data-auto-init="copy-job"
6372 06 Dec 13 nicklas 944                             data-job-id="<%=job.getId() %>"
6372 06 Dec 13 nicklas 945                             image="copy.png"  
6372 06 Dec 13 nicklas 946                             tooltip="Copy this extra value"
6372 06 Dec 13 nicklas 947                           />
6372 06 Dec 13 nicklas 948                           <%
6372 06 Dec 13 nicklas 949                         }
2745 18 Oct 06 nicklas 950                       }
2745 18 Oct 06 nicklas 951                       %>
6143 20 Sep 12 nicklas 952                       <ext:render extensions="<%=toolsInvoker%>" context="<%=jspContext%>" item="<%=item%>" />
2745 18 Oct 06 nicklas 953                     </tbl:cell>
2664 26 Sep 06 nicklas 954                     <%
2664 26 Sep 06 nicklas 955                   }
2298 19 May 06 nicklas 956                   %>
2942 22 Nov 06 nicklas 957                   <tbl:cell column="date"><%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%></tbl:cell>
2745 18 Oct 06 nicklas 958                   <tbl:cell column="plugin"><%=plugin == null ? "" : Base.getLinkedName(ID, plugin, false, true)%></tbl:cell>
2298 19 May 06 nicklas 959                   <tbl:cell column="description"><%=description%></tbl:cell>
6040 30 Mar 12 nicklas 960                   <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
6040 30 Mar 12 nicklas 961                     <tbl:cell column="xt-columns" />
6040 30 Mar 12 nicklas 962                   </tbl:xt-cells>
2298 19 May 06 nicklas 963                 </tbl:row>
2298 19 May 06 nicklas 964                 <%
2298 19 May 06 nicklas 965               }
2298 19 May 06 nicklas 966             }
2298 19 May 06 nicklas 967           }
5952 10 Feb 12 nicklas 968           if (numListed == 0)
5952 10 Feb 12 nicklas 969           {
5952 10 Feb 12 nicklas 970             %>
6604 18 Nov 14 nicklas 971             <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5952 10 Feb 12 nicklas 972               <div class="messagecontainer note">
5952 10 Feb 12 nicklas 973               No bioassay sets or transformations were found.
5952 10 Feb 12 nicklas 974               </div>
5952 10 Feb 12 nicklas 975             </tbl:panel>
5952 10 Feb 12 nicklas 976             <%
5952 10 Feb 12 nicklas 977           }
2298 19 May 06 nicklas 978           %>
5952 10 Feb 12 nicklas 979         </tbl:rows>
5952 10 Feb 12 nicklas 980       </tbl:data>
2298 19 May 06 nicklas 981     </tbl:table>
2298 19 May 06 nicklas 982
6315 06 Sep 13 nicklas 983     <div id="reloadOnNotify"></div>
2298 19 May 06 nicklas 984   </base:body>
2298 19 May 06 nicklas 985   </base:page>
2298 19 May 06 nicklas 986   <%
2298 19 May 06 nicklas 987 }
2298 19 May 06 nicklas 988 finally
2298 19 May 06 nicklas 989 {
2298 19 May 06 nicklas 990   if (dc != null) dc.close();
2298 19 May 06 nicklas 991 }
3675 16 Aug 07 jari 992 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)