www/views/experiments/bioassaysets/bioassaysets.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var BioAssaySets = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var bioassaysets = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   var plotQueue;
7604 25 Feb 19 nicklas 30   var plotIndex;
7604 25 Feb 19 nicklas 31   
7604 25 Feb 19 nicklas 32   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 33     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 34   */
7604 25 Feb 19 nicklas 35   bioassaysets.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 36   {
7604 25 Feb 19 nicklas 37     var pageId = Doc.getPageId();
7604 25 Feb 19 nicklas 38     if (pageId == 'edit-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 39     {
7604 25 Feb 19 nicklas 40       // Save + Close buttons
7604 25 Feb 19 nicklas 41       Buttons.addClickHandler('btnSave', bioassaysets.save);
7604 25 Feb 19 nicklas 42       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 43
7604 25 Feb 19 nicklas 44       // Tab validation
7604 25 Feb 19 nicklas 45       TabControl.addTabActivateListener('settings.annotations', Annotations.onSwitchToAnnotationsTab);
7604 25 Feb 19 nicklas 46       TabControl.addTabValidator('settings.info', bioassaysets.validateBioAssaySet);
7604 25 Feb 19 nicklas 47     }
7604 25 Feb 19 nicklas 48     else if (pageId == 'view-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 49     {
7604 25 Feb 19 nicklas 50       var itemId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 51       var experimentId = Data.get('page-data', 'experiment-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 52       var attributes = {'item-type': 'BIOASSAYSET', 'item-id': itemId, 'extra-url': '&experiment_id='+experimentId};
7604 25 Feb 19 nicklas 53
7604 25 Feb 19 nicklas 54       Buttons.addClickHandler('btnEdit', Buttons.editItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 55       Buttons.addClickHandler('btnDelete', Buttons.deleteItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 56       Buttons.addClickHandler('btnRestore', Buttons.restoreItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 57       Buttons.addClickHandler('btnDeletePermanently', Buttons.deleteItemPermanently, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 58       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 59       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 60       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 61       Buttons.addClickHandler('btnFilter', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 62       Buttons.addClickHandler('btnAnalyze', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 63       Buttons.addClickHandler('btnPlot', bioassaysets.openPlotTool);
7604 25 Feb 19 nicklas 64       Buttons.addClickHandler('btnExperimentExplorer', bioassaysets.openExperimentExplorer);
7604 25 Feb 19 nicklas 65
7604 25 Feb 19 nicklas 66       TabControl.addTabActivateListener('view.annotations', AnnotationsList.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 67       TabControl.addTabActivateListener('view.bioassays', bioassaysets.viewBioAssays);
7604 25 Feb 19 nicklas 68       TabControl.addTabActivateListener('view.spotdata', bioassaysets.viewSpotData);
7604 25 Feb 19 nicklas 69       if (Data.get('view', 'initial-tab') != 'overviewplots')
7604 25 Feb 19 nicklas 70       {
7604 25 Feb 19 nicklas 71         TabControl.addTabActivateListener('view.overviewplots', bioassaysets.viewOverviewPlots);
7604 25 Feb 19 nicklas 72       }
7604 25 Feb 19 nicklas 73       else
7604 25 Feb 19 nicklas 74       {
7604 25 Feb 19 nicklas 75         TabControl.setSwitchFunction('overviewplots', bioassaysets.loadOverviewPlots);
7604 25 Feb 19 nicklas 76         Doc.addFinalizer(bioassaysets.loadOverviewPlots); // Need delay since tab is not yet active
7604 25 Feb 19 nicklas 77       }
7604 25 Feb 19 nicklas 78     }
7604 25 Feb 19 nicklas 79     else if (pageId == 'list-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 80     {
7604 25 Feb 19 nicklas 81       var attributes = {'item-type': 'BIOASSAYSET'};
7604 25 Feb 19 nicklas 82       var tableAttributes = {'table-id': 'bioAssaySets'};
7604 25 Feb 19 nicklas 83
7604 25 Feb 19 nicklas 84       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 85       Buttons.addClickHandler('btnOk', Buttons.returnSelected, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 86       
7604 25 Feb 19 nicklas 87       TabControl.setSwitchFunction('main', bioassaysets.switchTab);
7604 25 Feb 19 nicklas 88     }
7604 25 Feb 19 nicklas 89   }
7604 25 Feb 19 nicklas 90   
7604 25 Feb 19 nicklas 91   bioassaysets.switchTab = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 92   {
7604 25 Feb 19 nicklas 93     var target = event.target;
7604 25 Feb 19 nicklas 94     var tabId = target.id.substring(5);
7604 25 Feb 19 nicklas 95     
7604 25 Feb 19 nicklas 96     var frm = document.forms['bioAssaySets'];
7604 25 Feb 19 nicklas 97     var experimentId = frm.experiment_id.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 98
7604 25 Feb 19 nicklas 99     var url;
7604 25 Feb 19 nicklas 100     if (tabId == 'clonedreporters')
7604 25 Feb 19 nicklas 101     {
7604 25 Feb 19 nicklas 102       url = '../reporters/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 103       url += '&experiment_id='+experimentId;
7604 25 Feb 19 nicklas 104     }
7604 25 Feb 19 nicklas 105     else
7604 25 Feb 19 nicklas 106     {
7604 25 Feb 19 nicklas 107       url = '../index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 108       url += '&cmd=ViewItem&item_id='+experimentId;
7604 25 Feb 19 nicklas 109       url += '&tab='+tabId;
7604 25 Feb 19 nicklas 110     }
7604 25 Feb 19 nicklas 111     location.replace(url);
7604 25 Feb 19 nicklas 112   }
7604 25 Feb 19 nicklas 113
7604 25 Feb 19 nicklas 114   bioassaysets.validateBioAssaySet = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 115   {
7604 25 Feb 19 nicklas 116     var frm = document.forms['bioAssaySet'];
7604 25 Feb 19 nicklas 117     if (Strings.trim(frm.name.value) == '')
7604 25 Feb 19 nicklas 118     {
7604 25 Feb 19 nicklas 119       Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
7604 25 Feb 19 nicklas 120       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 121     }
7604 25 Feb 19 nicklas 122     return true;
7604 25 Feb 19 nicklas 123   }
7604 25 Feb 19 nicklas 124
7604 25 Feb 19 nicklas 125   bioassaysets.save = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 126   {
7604 25 Feb 19 nicklas 127     var frm = document.forms['bioAssaySet'];
7604 25 Feb 19 nicklas 128     if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
7604 25 Feb 19 nicklas 129     {
7604 25 Feb 19 nicklas 130       Annotations.saveModifiedAnnotationsToForm(frm);
7604 25 Feb 19 nicklas 131       frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 132     }
7604 25 Feb 19 nicklas 133   }
7604 25 Feb 19 nicklas 134   
7604 25 Feb 19 nicklas 135   bioassaysets.viewBioAssays = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 136   {
7604 25 Feb 19 nicklas 137     var url = '../bioassays/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 138     url += '&experiment_id='+Data.get('page-data', 'experiment-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 139     url += '&bioassayset_id='+Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 140     location.replace(url);
7604 25 Feb 19 nicklas 141   }
7604 25 Feb 19 nicklas 142   
7604 25 Feb 19 nicklas 143   bioassaysets.viewSpotData = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 144   {
7604 25 Feb 19 nicklas 145     var url = '../spotdata/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 146     url += '&experiment_id='+Data.get('page-data', 'experiment-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 147     url += '&bioassayset_id='+Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 148     location.replace(url);
7604 25 Feb 19 nicklas 149   }
7604 25 Feb 19 nicklas 150
7604 25 Feb 19 nicklas 151   bioassaysets.viewOverviewPlots = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 152   {
7604 25 Feb 19 nicklas 153     var url = 'index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 154     url += '&cmd=ViewItem&tab=overviewplots';
7604 25 Feb 19 nicklas 155     url += '&experiment_id='+Data.get('page-data', 'experiment-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 156     url += '&bioassayset_id='+Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 157     location.replace(url);
7604 25 Feb 19 nicklas 158   }
7604 25 Feb 19 nicklas 159   
7604 25 Feb 19 nicklas 160   bioassaysets.openPlotTool = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 161   {
7604 25 Feb 19 nicklas 162     var url = '../plotter/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 163     url += '&bioassayset_id='+Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 164     Dialogs.openPopup(url, 'Plotter', 1250, 700);
7604 25 Feb 19 nicklas 165   }
7604 25 Feb 19 nicklas 166   
7604 25 Feb 19 nicklas 167   bioassaysets.openExperimentExplorer = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 168   {
7604 25 Feb 19 nicklas 169     var url = '../explorer/view/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 170     url += '&bioassayset_id='+Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 171     location.href = url;
7604 25 Feb 19 nicklas 172   }
7604 25 Feb 19 nicklas 173
7604 25 Feb 19 nicklas 174   /*
7604 25 Feb 19 nicklas 175     Initialize loading of overview plots for a single tab.
7604 25 Feb 19 nicklas 176     Eg. load 'plot' elements into the 'plotQueue' and reset
7604 25 Feb 19 nicklas 177     the plotIndex.
7604 25 Feb 19 nicklas 178   */
7604 25 Feb 19 nicklas 179   bioassaysets.loadOverviewPlots = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 180   {
7604 25 Feb 19 nicklas 181     if (event)
7604 25 Feb 19 nicklas 182     {
7604 25 Feb 19 nicklas 183       TabControl.setActiveTab(event.currentTarget);
7604 25 Feb 19 nicklas 184     }
7604 25 Feb 19 nicklas 185     var content = Doc.element(Doc.element('overviewplots').activeTab.id+'.content');
7604 25 Feb 19 nicklas 186     
7604 25 Feb 19 nicklas 187     plotQueue = content.getElementsByClassName('plot');
7604 25 Feb 19 nicklas 188     plotIndex = 0;
7604 25 Feb 19 nicklas 189     setTimeout(bioassaysets.loadNextPlot, 100);
7604 25 Feb 19 nicklas 190   }
7604 25 Feb 19 nicklas 191   
7604 25 Feb 19 nicklas 192   /*
7604 25 Feb 19 nicklas 193     Start loading the next plot from the plotQueue. plotIndex points
7604 25 Feb 19 nicklas 194     to the next plot to be loaded.
7604 25 Feb 19 nicklas 195   */
7604 25 Feb 19 nicklas 196   bioassaysets.loadNextPlot = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 197   {
7604 25 Feb 19 nicklas 198     if (!plotQueue) return;
7604 25 Feb 19 nicklas 199
7604 25 Feb 19 nicklas 200     // Find next plot that is not yet loaded
7604 25 Feb 19 nicklas 201     while (plotIndex < plotQueue.length && Data.int(plotQueue[plotIndex], 'is-loaded'))
7604 25 Feb 19 nicklas 202     {
7604 25 Feb 19 nicklas 203       plotIndex++;
7604 25 Feb 19 nicklas 204     }
7604 25 Feb 19 nicklas 205     if (plotIndex >= plotQueue.length) return;
7604 25 Feb 19 nicklas 206     
7604 25 Feb 19 nicklas 207     // Start loading the next plot in a temporary image
7604 25 Feb 19 nicklas 208     // while displaying a progress bar in the real image
7604 25 Feb 19 nicklas 209     // An event is used to catch the loading of the plot
7604 25 Feb 19 nicklas 210     var plot = plotQueue[plotIndex];
7604 25 Feb 19 nicklas 211     plot.src = '../../../images/plot_generating_400x300.gif';
7604 25 Feb 19 nicklas 212     var tmpPlot = new Image();
7604 25 Feb 19 nicklas 213     Events.addEventHandler(tmpPlot, 'load', bioassaysets.plotLoaded);
7604 25 Feb 19 nicklas 214     tmpPlot.src = Data.get(plot, 'plot-url');
7604 25 Feb 19 nicklas 215     
7604 25 Feb 19 nicklas 216   }
7604 25 Feb 19 nicklas 217   
7604 25 Feb 19 nicklas 218   /*
7604 25 Feb 19 nicklas 219      Event handler that is called when a plot has been loaded.
7604 25 Feb 19 nicklas 220      Copy the plot to the real image and schedule loading of the
7604 25 Feb 19 nicklas 221      plot.
7604 25 Feb 19 nicklas 222    */
7604 25 Feb 19 nicklas 223   bioassaysets.plotLoaded = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 224   {
7604 25 Feb 19 nicklas 225     var tmpPlot = event.currentTarget;
7604 25 Feb 19 nicklas 226     var plot = plotQueue[plotIndex];
7604 25 Feb 19 nicklas 227     
7604 25 Feb 19 nicklas 228     plot.src = tmpPlot.src;
7604 25 Feb 19 nicklas 229     Data.set(plot, 'is-loaded', 1);
7604 25 Feb 19 nicklas 230     Doc.removeClass(plot, 'empty');
7604 25 Feb 19 nicklas 231     
7604 25 Feb 19 nicklas 232     plotIndex++;
7604 25 Feb 19 nicklas 233     if (plotIndex < plotQueue.length)
7604 25 Feb 19 nicklas 234     {
7604 25 Feb 19 nicklas 235       setTimeout(bioassaysets.loadNextPlot, 100);
7604 25 Feb 19 nicklas 236     }
7604 25 Feb 19 nicklas 237   }
7604 25 Feb 19 nicklas 238   
7604 25 Feb 19 nicklas 239   return bioassaysets;
7604 25 Feb 19 nicklas 240 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 241
7604 25 Feb 19 nicklas 242 Doc.onLoad(BioAssaySets.initPage);

Generated on Sat Oct  7 02:47:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)