www/views/experiments/bioassaysets/edit_bioassayset.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2097 21 Mar 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2097 21 Mar 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
2097 21 Mar 06 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2097 21 Mar 06 nicklas 8
2097 21 Mar 06 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2097 21 Mar 06 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2097 21 Mar 06 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
2097 21 Mar 06 nicklas 13
2097 21 Mar 06 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2097 21 Mar 06 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2097 21 Mar 06 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2097 21 Mar 06 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
2097 21 Mar 06 nicklas 18
2097 21 Mar 06 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2097 21 Mar 06 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
2097 21 Mar 06 nicklas 22
2097 21 Mar 06 nicklas 23
2097 21 Mar 06 nicklas 24   @author Nicklas
2097 21 Mar 06 nicklas 25   @version 2.0
2097 21 Mar 06 nicklas 26 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2097 21 Mar 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2097 21 Mar 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2097 21 Mar 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Item"
2097 21 Mar 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2097 21 Mar 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2097 21 Mar 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2097 21 Mar 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2097 21 Mar 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2097 21 Mar 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
2097 21 Mar 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Include"
2097 21 Mar 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2097 21 Mar 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2097 21 Mar 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2097 21 Mar 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
4910 29 Apr 09 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"
2097 21 Mar 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2097 21 Mar 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.util.Values"
5503 18 Nov 10 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 47   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5503 18 Nov 10 nicklas 48   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.tabcontrol.TabAction"
5503 18 Nov 10 nicklas 51   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
2097 21 Mar 06 nicklas 52   import="java.util.Date"
2097 21 Mar 06 nicklas 53 %>
2097 21 Mar 06 nicklas 54 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2097 21 Mar 06 nicklas 55 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
6143 20 Sep 12 nicklas 56 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
2097 21 Mar 06 nicklas 57 <%
2097 21 Mar 06 nicklas 58 final Item itemType = Item.BIOASSAYSET;
2097 21 Mar 06 nicklas 59 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2097 21 Mar 06 nicklas 60 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
2097 21 Mar 06 nicklas 61 final int itemId = cc.getId();
2097 21 Mar 06 nicklas 62 final String ID = sc.getId();
2097 21 Mar 06 nicklas 63 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 64 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 65 try
2097 21 Mar 06 nicklas 66 {
2097 21 Mar 06 nicklas 67   BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, itemId);
6315 06 Sep 13 nicklas 68   bioAssaySet.checkPermission(Permission.WRITE);
6315 06 Sep 13 nicklas 69   
2097 21 Mar 06 nicklas 70   cc.setObject("item", bioAssaySet);
2097 21 Mar 06 nicklas 71   String title = "Edit bioassay set -- " + HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName());
6217 14 Dec 12 nicklas 72   
5503 18 Nov 10 nicklas 73   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), bioAssaySet);
7604 25 Feb 19 nicklas 74   ExtensionsInvoker<TabAction> invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 75   %>
6315 06 Sep 13 nicklas 76   <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
6315 06 Sep 13 nicklas 77   <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~bioassaysets.js" styles="tabcontrol.css">
5503 18 Nov 10 nicklas 78     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
5503 18 Nov 10 nicklas 79     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
2097 21 Mar 06 nicklas 80   </base:head>
6315 06 Sep 13 nicklas 81   <base:body>
5923 11 Jan 12 nicklas 82     <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
6162 10 Oct 12 nicklas 83     <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioAssaySet">
2097 21 Mar 06 nicklas 84     <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
2097 21 Mar 06 nicklas 85
5923 11 Jan 12 nicklas 86     <t:tabcontrol id="settings" 
5923 11 Jan 12 nicklas 87       subclass="content dialogtabcontrol"
6254 22 Mar 13 nicklas 88       position="bottom"  remember="<%=bioAssaySet != null%>"
5503 18 Nov 10 nicklas 89       extensions="<%=invoker%>">
6315 06 Sep 13 nicklas 90     <t:tab id="info" title="Bioassay set" helpid="bioassayset.edit">
5923 11 Jan 12 nicklas 91       <table class="fullform input100">
2097 21 Mar 06 nicklas 92       <tr>
5923 11 Jan 12 nicklas 93         <th>Name</th>
6315 06 Sep 13 nicklas 94         <td><input class="text required auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 95           data-auto-init="focus" 
6315 06 Sep 13 nicklas 96           type="text" name="name" 
6315 06 Sep 13 nicklas 97           value="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" 
5923 11 Jan 12 nicklas 98           maxlength="<%=BioAssaySet.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
5923 11 Jan 12 nicklas 99         <td></td>
2097 21 Mar 06 nicklas 100       </tr>
4910 29 Apr 09 nicklas 101       <tr>
5923 11 Jan 12 nicklas 102         <th>Spot intensity<br>transformation</th>
4910 29 Apr 09 nicklas 103         <td>
4910 29 Apr 09 nicklas 104           <select name="intensityTransform">
4910 29 Apr 09 nicklas 105           <%
4910 29 Apr 09 nicklas 106           IntensityTransform transform = bioAssaySet.getIntensityTransform();
4910 29 Apr 09 nicklas 107           for (IntensityTransform t : IntensityTransform.values())
4910 29 Apr 09 nicklas 108           {
4910 29 Apr 09 nicklas 109             String selected = transform == t ? "selected" : "";
4910 29 Apr 09 nicklas 110             %>
4910 29 Apr 09 nicklas 111             <option value="<%=t.name()%>" <%=selected%>><%=t.toString()%>
4910 29 Apr 09 nicklas 112             <%
4910 29 Apr 09 nicklas 113           }
4910 29 Apr 09 nicklas 114           %>
4910 29 Apr 09 nicklas 115           </select>
4910 29 Apr 09 nicklas 116         </td>
5923 11 Jan 12 nicklas 117         <td></td>
4910 29 Apr 09 nicklas 118       </tr>
5923 11 Jan 12 nicklas 119       <tr class="dynamic">
5923 11 Jan 12 nicklas 120         <th>Description</th>
5923 11 Jan 12 nicklas 121         <td>
6217 14 Dec 12 nicklas 122           <textarea class="text" rows="6" name="description" id="description"
2097 21 Mar 06 nicklas 123             ><%=HTML.encodeTags(bioAssaySet == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioAssaySet.getDescription())%></textarea>
2097 21 Mar 06 nicklas 124         </td>
5923 11 Jan 12 nicklas 125         <td style="width: 20px;">
6215 13 Dec 12 nicklas 126           <base:zoom textarea="description" title="Description" />
5923 11 Jan 12 nicklas 127         </td>
2097 21 Mar 06 nicklas 128       </tr>
2097 21 Mar 06 nicklas 129       </table>
2892 10 Nov 06 nicklas 130     </t:tab>
6315 06 Sep 13 nicklas 131     <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit">
6254 22 Mar 13 nicklas 132       <jsp:include page="../../../common/annotations/annotate_frameset.jsp">
6254 22 Mar 13 nicklas 133         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6254 22 Mar 13 nicklas 134         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6254 22 Mar 13 nicklas 135         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6254 22 Mar 13 nicklas 136       </jsp:include>
6254 22 Mar 13 nicklas 137     </t:tab>
2097 21 Mar 06 nicklas 138     </t:tabcontrol>
5923 11 Jan 12 nicklas 139     </form>
5923 11 Jan 12 nicklas 140     
5923 11 Jan 12 nicklas 141     <div class="legend">
5946 03 Feb 12 nicklas 142       <base:icon image="required.png" />= required information
5923 11 Jan 12 nicklas 143     </div>
2097 21 Mar 06 nicklas 144
5923 11 Jan 12 nicklas 145     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6315 06 Sep 13 nicklas 146       <base:button id="btnSave" title="Save" />
6315 06 Sep 13 nicklas 147       <base:button id="close" title="Cancel" />
5923 11 Jan 12 nicklas 148     </base:buttongroup>
2097 21 Mar 06 nicklas 149   </base:body>
2097 21 Mar 06 nicklas 150   </base:page>
2097 21 Mar 06 nicklas 151   <%
2097 21 Mar 06 nicklas 152 }
2097 21 Mar 06 nicklas 153 finally
2097 21 Mar 06 nicklas 154 {
2097 21 Mar 06 nicklas 155   if (dc != null) dc.close();
2097 21 Mar 06 nicklas 156 }
2097 21 Mar 06 nicklas 157 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)