www/views/experiments/bioassaysets/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4910 29 Apr 09 nicklas 1
4910 29 Apr 09 nicklas 2 <%@page import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"%><%-- $Id$
2097 21 Mar 06 nicklas 3   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 5   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
2097 21 Mar 06 nicklas 6
2200 27 Apr 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2200 27 Apr 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
2200 27 Apr 06 jari 9
2097 21 Mar 06 nicklas 10   This file is part of BASE.
2097 21 Mar 06 nicklas 11
2097 21 Mar 06 nicklas 12   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2097 21 Mar 06 nicklas 13   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 14   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2097 21 Mar 06 nicklas 15   of the License, or (at your option) any later version.
2097 21 Mar 06 nicklas 16
2097 21 Mar 06 nicklas 17   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2097 21 Mar 06 nicklas 18   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2097 21 Mar 06 nicklas 19   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2097 21 Mar 06 nicklas 20   GNU General Public License for more details.
2097 21 Mar 06 nicklas 21
2097 21 Mar 06 nicklas 22   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 23   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2097 21 Mar 06 nicklas 24   ------------------------------------------------------------------
2097 21 Mar 06 nicklas 25
2097 21 Mar 06 nicklas 26   @author Nicklas
2097 21 Mar 06 nicklas 27   @version 2.0
2097 21 Mar 06 nicklas 28 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 29 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2097 21 Mar 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2097 21 Mar 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2097 21 Mar 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Item"
2097 21 Mar 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Include"
2097 21 Mar 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2097 21 Mar 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2097 21 Mar 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Job"
2097 21 Mar 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
2097 21 Mar 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.StringParameterType"
2097 21 Mar 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.IntegerParameterType"
2097 21 Mar 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ItemParameterType"
2097 21 Mar 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.User"
2097 21 Mar 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Path"
2097 21 Mar 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2097 21 Mar 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
2097 21 Mar 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2097 21 Mar 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2097 21 Mar 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2097 21 Mar 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
2097 21 Mar 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2097 21 Mar 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
2183 24 Apr 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.query.Restriction"
2097 21 Mar 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
2097 21 Mar 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2669 27 Sep 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.BioAssaySetUtil"
2183 24 Apr 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.util.DynamicFilter"
2183 24 Apr 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.IncludeExcludeFilter"
2097 21 Mar 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2097 21 Mar 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.util.Values"
2097 21 Mar 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5503 18 Nov 10 nicklas 61   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5503 18 Nov 10 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5503 18 Nov 10 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 66   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5503 18 Nov 10 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6040 30 Mar 12 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6040 30 Mar 12 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
2097 21 Mar 06 nicklas 71   import="java.util.Enumeration"
2097 21 Mar 06 nicklas 72   import="java.util.Set"
2097 21 Mar 06 nicklas 73   import="java.util.HashSet"
2097 21 Mar 06 nicklas 74   import="java.util.List"
2097 21 Mar 06 nicklas 75   import="java.util.LinkedList"
2097 21 Mar 06 nicklas 76   import="java.util.Collections"
2097 21 Mar 06 nicklas 77   import="java.util.Arrays"
2097 21 Mar 06 nicklas 78 %>
2097 21 Mar 06 nicklas 79 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2097 21 Mar 06 nicklas 80 <%!
2993 01 Dec 06 nicklas 81   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,spots,reporters,date,tools");
2097 21 Mar 06 nicklas 82   private static final Item itemType = Item.BIOASSAYSET;
2210 03 May 06 nicklas 83   
2210 03 May 06 nicklas 84   
2210 03 May 06 nicklas 85   private void setClosed(HttpServletRequest request, ItemContext cc)
2210 03 May 06 nicklas 86   {
2210 03 May 06 nicklas 87     String closed = request.getParameter("closed");
4374 04 Jul 08 nicklas 88     if (closed == null && cc.getSetting("closed") != null && cc.getObject("closed") == null)
4374 04 Jul 08 nicklas 89     {
7601 22 Feb 19 nicklas 90       closed = cc.getSetting("closed");
4374 04 Jul 08 nicklas 91     }
2210 03 May 06 nicklas 92     if (closed != null)
2210 03 May 06 nicklas 93     {
4374 04 Jul 08 nicklas 94       cc.setSetting("closed", closed);
2210 03 May 06 nicklas 95       cc.setObject("closed", new HashSet<String>(Arrays.asList(closed.split(","))));
2210 03 May 06 nicklas 96     }
2210 03 May 06 nicklas 97   }
2097 21 Mar 06 nicklas 98 %>
2097 21 Mar 06 nicklas 99 <%
2097 21 Mar 06 nicklas 100 final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
2298 19 May 06 nicklas 101 final String transformationId = request.getParameter("transformation_id");
2097 21 Mar 06 nicklas 102 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2097 21 Mar 06 nicklas 103 final String ID = sc.getId();
2097 21 Mar 06 nicklas 104 final String cmd = request.getParameter("cmd");
2097 21 Mar 06 nicklas 105 final String root = request.getContextPath()+"/";
2097 21 Mar 06 nicklas 106 final String mode = request.getParameter("mode");
2097 21 Mar 06 nicklas 107 final String callback = request.getParameter("callback");
2097 21 Mar 06 nicklas 108 final String itemId = request.getParameter("item_id");
2097 21 Mar 06 nicklas 109 final String listPage = "list_bioassaysets.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId
2097 21 Mar 06 nicklas 110   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
2097 21 Mar 06 nicklas 111   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
2097 21 Mar 06 nicklas 112   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
2097 21 Mar 06 nicklas 113 final String viewPage = "view_bioassayset.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
2097 21 Mar 06 nicklas 114 final String editPage = "edit_bioassayset.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
2298 19 May 06 nicklas 115 final String viewTransformationPage = "../transformations/view_transformation.jsp?ID="+ID+
2298 19 May 06 nicklas 116   "&experiment_id="+experimentId;
2126 29 Mar 06 nicklas 117 final String newPage = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID
2126 29 Mar 06 nicklas 118   +"&cmd=SelectPlugin&main_type=INTENSITY&item_type=BIOASSAYSET&context_type=LIST&title=Create+root+bioassay+set";
2126 29 Mar 06 nicklas 119
2907 14 Nov 06 nicklas 120 if (experimentId != 0) sc.getCurrentContext(Item.EXPERIMENT).setId(experimentId);
2097 21 Mar 06 nicklas 121
2097 21 Mar 06 nicklas 122 String forward = null;
2097 21 Mar 06 nicklas 123 String redirect = null;
2097 21 Mar 06 nicklas 124 String message = null;
2097 21 Mar 06 nicklas 125 DbControl dc = null;
2097 21 Mar 06 nicklas 126
2097 21 Mar 06 nicklas 127 try
2097 21 Mar 06 nicklas 128 {
2097 21 Mar 06 nicklas 129   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 130   {
2097 21 Mar 06 nicklas 131     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 132     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
4374 04 Jul 08 nicklas 133     setClosed(request, cc);
2298 19 May 06 nicklas 134     if (transformationId != null)
2298 19 May 06 nicklas 135     {
2298 19 May 06 nicklas 136       forward = viewTransformationPage;
2298 19 May 06 nicklas 137     }
2298 19 May 06 nicklas 138     else if (itemId != null)
2298 19 May 06 nicklas 139     {
2298 19 May 06 nicklas 140       forward = viewPage;
2298 19 May 06 nicklas 141     }
2298 19 May 06 nicklas 142     else
2298 19 May 06 nicklas 143     {
2298 19 May 06 nicklas 144       redirect = listPage;
2298 19 May 06 nicklas 145     }
2097 21 Mar 06 nicklas 146   }
2097 21 Mar 06 nicklas 147   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 148   {
2097 21 Mar 06 nicklas 149     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
2097 21 Mar 06 nicklas 150     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2210 03 May 06 nicklas 151     setClosed(request, cc);
2298 19 May 06 nicklas 152     if (transformationId != null)
2298 19 May 06 nicklas 153     {
2298 19 May 06 nicklas 154       forward = viewTransformationPage;
2298 19 May 06 nicklas 155     }
2298 19 May 06 nicklas 156     else if (itemId != null)
2298 19 May 06 nicklas 157     {
2298 19 May 06 nicklas 158       forward = viewPage;
2298 19 May 06 nicklas 159     }
2298 19 May 06 nicklas 160     else
2298 19 May 06 nicklas 161     {
2298 19 May 06 nicklas 162       redirect = listPage;
2298 19 May 06 nicklas 163     }
2097 21 Mar 06 nicklas 164   }
2097 21 Mar 06 nicklas 165   else if ("LoadContext".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 166   {
2097 21 Mar 06 nicklas 167     // Display the list page after loading a saved context
2097 21 Mar 06 nicklas 168     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
2097 21 Mar 06 nicklas 169     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
2298 19 May 06 nicklas 170     if (transformationId != null)
2298 19 May 06 nicklas 171     {
2298 19 May 06 nicklas 172       forward = viewTransformationPage;
2298 19 May 06 nicklas 173     }
2298 19 May 06 nicklas 174     else if (itemId != null)
2298 19 May 06 nicklas 175     {
2298 19 May 06 nicklas 176       forward = viewPage;
2298 19 May 06 nicklas 177     }
2298 19 May 06 nicklas 178     else
2298 19 May 06 nicklas 179     {
2298 19 May 06 nicklas 180       redirect = listPage;
2298 19 May 06 nicklas 181     }
2097 21 Mar 06 nicklas 182   }
2097 21 Mar 06 nicklas 183
2097 21 Mar 06 nicklas 184   else if ("ViewItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 185   {
2097 21 Mar 06 nicklas 186     // Display the view page for a single item 
2097 21 Mar 06 nicklas 187     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 188     forward = viewPage;
2097 21 Mar 06 nicklas 189   }
2097 21 Mar 06 nicklas 190   else if ("EditItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 191   {
2097 21 Mar 06 nicklas 192     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
2097 21 Mar 06 nicklas 193     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 194     redirect = editPage;
2097 21 Mar 06 nicklas 195   }
2097 21 Mar 06 nicklas 196   else if ("NewItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 197   {
2097 21 Mar 06 nicklas 198     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
2097 21 Mar 06 nicklas 199     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 200     cc.setId(0);
2097 21 Mar 06 nicklas 201     redirect = newPage;
2097 21 Mar 06 nicklas 202   }
2097 21 Mar 06 nicklas 203   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 204   {
2097 21 Mar 06 nicklas 205     // Update the properties on an item (will close the popup)
2097 21 Mar 06 nicklas 206     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 207     
7605 26 Feb 19 nicklas 208     BioAssaySet bas = cc.getObject("item");
2097 21 Mar 06 nicklas 209     if (bas != null)
2097 21 Mar 06 nicklas 210     {
7954 12 May 21 nicklas 211       dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
5060 19 Aug 09 nicklas 212       dc.reattachItem(bas, false);
2097 21 Mar 06 nicklas 213       message = "Bioassay set updated";
2892 10 Nov 06 nicklas 214
5503 18 Nov 10 nicklas 215       JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.BIOASSAYSET), bas);
7604 25 Feb 19 nicklas 216       ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5503 18 Nov 10 nicklas 217       try
5503 18 Nov 10 nicklas 218       {
5503 18 Nov 10 nicklas 219         bas.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5503 18 Nov 10 nicklas 220         bas.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5503 18 Nov 10 nicklas 221         bas.setIntensityTransform(IntensityTransform.valueOf(request.getParameter("intensityTransform")));
5503 18 Nov 10 nicklas 222   
5503 18 Nov 10 nicklas 223         // Annotations tab
5503 18 Nov 10 nicklas 224         Base.updateAnnotations(dc, bas, bas, request);
5503 18 Nov 10 nicklas 225         
5503 18 Nov 10 nicklas 226         // OnSave extensions
5503 18 Nov 10 nicklas 227         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5503 18 Nov 10 nicklas 228         dc.commit();
5503 18 Nov 10 nicklas 229         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5503 18 Nov 10 nicklas 230       }
5503 18 Nov 10 nicklas 231       catch (Exception ex)
5503 18 Nov 10 nicklas 232       {
5503 18 Nov 10 nicklas 233         invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5503 18 Nov 10 nicklas 234         throw ex;
5503 18 Nov 10 nicklas 235       }
5503 18 Nov 10 nicklas 236       finally
5503 18 Nov 10 nicklas 237       {
5503 18 Nov 10 nicklas 238         cc.removeObject("item");
5503 18 Nov 10 nicklas 239       }
2097 21 Mar 06 nicklas 240     }
2097 21 Mar 06 nicklas 241   }
2097 21 Mar 06 nicklas 242   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 243   {
2097 21 Mar 06 nicklas 244     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 245     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 246     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2526 15 Aug 06 martin 247     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
2097 21 Mar 06 nicklas 248     dc.commit();
2097 21 Mar 06 nicklas 249     redirect = viewPage;
2097 21 Mar 06 nicklas 250   }
2097 21 Mar 06 nicklas 251   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 252   {
2097 21 Mar 06 nicklas 253     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 254     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 255     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2210 03 May 06 nicklas 256     ItemContext tc = sc.getCurrentContext(Item.TRANSFORMATION);
2664 26 Sep 06 nicklas 257     ItemContext xc = sc.getCurrentContext(Item.EXTRAVALUE);
2210 03 May 06 nicklas 258     setClosed(request, cc);
2210 03 May 06 nicklas 259
2210 03 May 06 nicklas 260     int numTotal = cc.getSelected().size()+tc.getSelected().size();
2526 15 Aug 06 martin 261     int numRemoved = 0;
2526 15 Aug 06 martin 262     int[] numTransformationRemoved = RemovableUtil.removeRecursively(dc, Item.TRANSFORMATION, tc.getSelected(), true);
2526 15 Aug 06 martin 263     int[] numBioAssaySetRemoved = RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
2664 26 Sep 06 nicklas 264     int numXV = RemovableUtil.delete(dc, Item.EXTRAVALUE, xc.getSelected());
2526 15 Aug 06 martin 265     numTotal += numTransformationRemoved[1] + numBioAssaySetRemoved[1];
2526 15 Aug 06 martin 266     numRemoved += numTransformationRemoved[0] + numBioAssaySetRemoved[0];
2664 26 Sep 06 nicklas 267
2097 21 Mar 06 nicklas 268     dc.commit();
2097 21 Mar 06 nicklas 269     if (numTotal != numRemoved)
2097 21 Mar 06 nicklas 270     {
2097 21 Mar 06 nicklas 271       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
2097 21 Mar 06 nicklas 272     }
2298 19 May 06 nicklas 273     if (transformationId != null)
2298 19 May 06 nicklas 274     {
6192 31 Oct 12 nicklas 275       forward = viewTransformationPage;
2298 19 May 06 nicklas 276     }
2298 19 May 06 nicklas 277     else if (itemId != null)
2298 19 May 06 nicklas 278     {
6192 31 Oct 12 nicklas 279       forward = viewPage;
2298 19 May 06 nicklas 280     }
2298 19 May 06 nicklas 281     else
2298 19 May 06 nicklas 282     {
6192 31 Oct 12 nicklas 283       redirect = listPage;
2298 19 May 06 nicklas 284     }
2097 21 Mar 06 nicklas 285   }
2097 21 Mar 06 nicklas 286   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 287   {
2097 21 Mar 06 nicklas 288     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 289     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 290     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2526 15 Aug 06 martin 291     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
2097 21 Mar 06 nicklas 292     dc.commit();
2097 21 Mar 06 nicklas 293     redirect = viewPage;
2097 21 Mar 06 nicklas 294   }
2097 21 Mar 06 nicklas 295   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 296   {
2097 21 Mar 06 nicklas 297     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 298     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 299     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2210 03 May 06 nicklas 300     ItemContext tc = sc.getCurrentContext(Item.TRANSFORMATION);
2210 03 May 06 nicklas 301     setClosed(request, cc);
2210 03 May 06 nicklas 302
2210 03 May 06 nicklas 303     int numTotal = cc.getSelected().size()+tc.getSelected().size();
2526 15 Aug 06 martin 304     int numRemoved = 0;
2526 15 Aug 06 martin 305     int[] numTransformationRemoved = RemovableUtil.removeRecursively(dc, Item.TRANSFORMATION, tc.getSelected(), false);
2526 15 Aug 06 martin 306     int[] numBioAssaySetRemoved = RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
2526 15 Aug 06 martin 307     numTotal += numTransformationRemoved[1] + numBioAssaySetRemoved[1];
2526 15 Aug 06 martin 308     numRemoved += numTransformationRemoved[0] + numBioAssaySetRemoved[0];
2526 15 Aug 06 martin 309     
2097 21 Mar 06 nicklas 310     dc.commit();
2097 21 Mar 06 nicklas 311     if (numTotal != numRemoved)
2097 21 Mar 06 nicklas 312     {
2526 15 Aug 06 martin 313       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
2097 21 Mar 06 nicklas 314     }
2298 19 May 06 nicklas 315     if (transformationId != null)
2298 19 May 06 nicklas 316     {
6192 31 Oct 12 nicklas 317       forward = viewTransformationPage;
2298 19 May 06 nicklas 318     }
2298 19 May 06 nicklas 319     else if (itemId != null)
2298 19 May 06 nicklas 320     {
6192 31 Oct 12 nicklas 321       forward = viewPage;
2298 19 May 06 nicklas 322     }
2298 19 May 06 nicklas 323     else
2298 19 May 06 nicklas 324     {
6192 31 Oct 12 nicklas 325       redirect = listPage;
2298 19 May 06 nicklas 326     }
2097 21 Mar 06 nicklas 327   }
2097 21 Mar 06 nicklas 328   else if ("ExportItems".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 329   {
2097 21 Mar 06 nicklas 330     // Run an export plugin in a list context
2097 21 Mar 06 nicklas 331     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2210 03 May 06 nicklas 332     setClosed(request, cc);
7954 12 May 21 nicklas 333     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 334     final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
5590 16 Mar 11 nicklas 335     final ItemQuery<BioAssaySet> query = experiment.getBioAssaySets();
7914 23 Feb 21 nicklas 336     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 337     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6040 30 Mar 12 nicklas 338     cc.setQuery(query);
7604 25 Feb 19 nicklas 339     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioAssaySet,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 340     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<BioAssaySet>(cc));
2097 21 Mar 06 nicklas 341     dc.close();
2097 21 Mar 06 nicklas 342     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+bioassay+sets";
2097 21 Mar 06 nicklas 343   }
2097 21 Mar 06 nicklas 344   else if ("ExportItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 345   {
2097 21 Mar 06 nicklas 346     // Run an export plugin in single-item context
2097 21 Mar 06 nicklas 347     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 348     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+bioassay+set";
2097 21 Mar 06 nicklas 349   }
2097 21 Mar 06 nicklas 350   else if ("ImportItems".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 351   {
2097 21 Mar 06 nicklas 352     // Run an import plugin in a list context
2097 21 Mar 06 nicklas 353     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2210 03 May 06 nicklas 354     setClosed(request, cc);
7954 12 May 21 nicklas 355     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 356     final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
5590 16 Mar 11 nicklas 357     final ItemQuery<BioAssaySet> query = experiment.getBioAssaySets();
7914 23 Feb 21 nicklas 358     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 359     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
2097 21 Mar 06 nicklas 360     dc.close();
2097 21 Mar 06 nicklas 361     cc.setQuery(query);
2097 21 Mar 06 nicklas 362     redirect = "../../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+bioassay+sets";
2097 21 Mar 06 nicklas 363   }
2097 21 Mar 06 nicklas 364   else if ("ImportItem".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 365   {
2097 21 Mar 06 nicklas 366     // Run an import plugin in single-item context
2097 21 Mar 06 nicklas 367     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 368     redirect = "../../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+bioassay+set";
2097 21 Mar 06 nicklas 369   }
2097 21 Mar 06 nicklas 370   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 371   {
2097 21 Mar 06 nicklas 372     // Run another plugin in a list context
2097 21 Mar 06 nicklas 373     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2210 03 May 06 nicklas 374     setClosed(request, cc);
7954 12 May 21 nicklas 375     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 376     final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
5590 16 Mar 11 nicklas 377     final ItemQuery<BioAssaySet> query = experiment.getBioAssaySets();
7914 23 Feb 21 nicklas 378     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 379     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
2097 21 Mar 06 nicklas 380     dc.close();
2097 21 Mar 06 nicklas 381     cc.setQuery(query);
2097 21 Mar 06 nicklas 382     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
2097 21 Mar 06 nicklas 383   }
2097 21 Mar 06 nicklas 384   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 385   {
2097 21 Mar 06 nicklas 386     // Run a plugin in single-item context
2097 21 Mar 06 nicklas 387     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2097 21 Mar 06 nicklas 388     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
2097 21 Mar 06 nicklas 389   }
2097 21 Mar 06 nicklas 390   else if ("RunAnalysisPlugin".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 391   {
2097 21 Mar 06 nicklas 392     // Run an analysis plugin in single-item context
2097 21 Mar 06 nicklas 393     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2200 27 Apr 06 jari 394     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=ANALYZE&title=Run+analysis+plugin";
2097 21 Mar 06 nicklas 395   }
2183 24 Apr 06 nicklas 396   else if ("NewFilteredBioAssaySet".equals(cmd))
2097 21 Mar 06 nicklas 397   {
2183 24 Apr 06 nicklas 398     // Display the edit page for for filtering a bioassay set (should be opened in a popup)
2183 24 Apr 06 nicklas 399     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
3592 23 Jul 07 nicklas 400     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=ANALYZE&title=Filter+bioassay+set&plugin_type=net.sf.basedb.core.plugin.AnalysisFilterPlugin";
2183 24 Apr 06 nicklas 401   }
4374 04 Jul 08 nicklas 402   else if ("SetClosedWithAjax".equals(cmd))
4374 04 Jul 08 nicklas 403   {
4374 04 Jul 08 nicklas 404     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4374 04 Jul 08 nicklas 405     setClosed(request, cc);
4374 04 Jul 08 nicklas 406     return;
4374 04 Jul 08 nicklas 407   }
2097 21 Mar 06 nicklas 408   else
2097 21 Mar 06 nicklas 409   {
2097 21 Mar 06 nicklas 410     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
2097 21 Mar 06 nicklas 411   }
2097 21 Mar 06 nicklas 412 }
2097 21 Mar 06 nicklas 413 finally
2097 21 Mar 06 nicklas 414 {
2097 21 Mar 06 nicklas 415   if (dc != null) dc.close();
2097 21 Mar 06 nicklas 416 }
2097 21 Mar 06 nicklas 417
2097 21 Mar 06 nicklas 418 if (forward != null)
2097 21 Mar 06 nicklas 419 {
6192 31 Oct 12 nicklas 420   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2097 21 Mar 06 nicklas 421   pageContext.forward(forward);
2097 21 Mar 06 nicklas 422 }
2097 21 Mar 06 nicklas 423 else if (redirect != null)
2097 21 Mar 06 nicklas 424 {
6192 31 Oct 12 nicklas 425   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2097 21 Mar 06 nicklas 426   response.sendRedirect(redirect);
2097 21 Mar 06 nicklas 427 }
2097 21 Mar 06 nicklas 428 else if (message == null)
2097 21 Mar 06 nicklas 429 {
2097 21 Mar 06 nicklas 430   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
2097 21 Mar 06 nicklas 431 }
2097 21 Mar 06 nicklas 432 else
2097 21 Mar 06 nicklas 433 {
2097 21 Mar 06 nicklas 434   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
2097 21 Mar 06 nicklas 435 }
2097 21 Mar 06 nicklas 436 %>
2097 21 Mar 06 nicklas 437

Generated on Sat Oct  7 02:47:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)