www/views/experiments/bioassaysets/list_bioassaysets.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2097 21 Mar 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2097 21 Mar 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
2097 21 Mar 06 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2097 21 Mar 06 nicklas 8
2097 21 Mar 06 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2097 21 Mar 06 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2097 21 Mar 06 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
2097 21 Mar 06 nicklas 13
2097 21 Mar 06 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2097 21 Mar 06 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2097 21 Mar 06 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2097 21 Mar 06 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
2097 21 Mar 06 nicklas 18
2097 21 Mar 06 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2097 21 Mar 06 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
2097 21 Mar 06 nicklas 22
2097 21 Mar 06 nicklas 23   @author Nicklas
2097 21 Mar 06 nicklas 24   @version 2.0
2097 21 Mar 06 nicklas 25 --%>
6388 07 Jan 14 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" buffer="256kb"
2097 21 Mar 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2097 21 Mar 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2097 21 Mar 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
2097 21 Mar 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2210 03 May 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
2097 21 Mar 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2097 21 Mar 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2210 03 May 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Transformation"
2097 21 Mar 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2210 03 May 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
2097 21 Mar 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
2097 21 Mar 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
2097 21 Mar 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2097 21 Mar 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2097 21 Mar 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2097 21 Mar 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2097 21 Mar 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
2097 21 Mar 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2097 21 Mar 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2210 03 May 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2097 21 Mar 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
2097 21 Mar 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
2097 21 Mar 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.util.Tree"
2097 21 Mar 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5069 20 Aug 09 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
2097 21 Mar 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
2097 21 Mar 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.Values"
2097 21 Mar 06 nicklas 55   import="java.util.List"
2210 03 May 06 nicklas 56   import="java.util.ArrayList"
2097 21 Mar 06 nicklas 57   import="java.util.LinkedList"
2097 21 Mar 06 nicklas 58   import="java.util.Map"
2097 21 Mar 06 nicklas 59   import="java.util.HashMap"
2097 21 Mar 06 nicklas 60   import="java.util.Iterator"
2097 21 Mar 06 nicklas 61   import="java.util.Collection"
2097 21 Mar 06 nicklas 62 %>
2097 21 Mar 06 nicklas 63 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2097 21 Mar 06 nicklas 64 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
2097 21 Mar 06 nicklas 65 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
2097 21 Mar 06 nicklas 66 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2097 21 Mar 06 nicklas 67 <%!
2097 21 Mar 06 nicklas 68   private static final Item itemType = Item.BIOASSAYSET;
2097 21 Mar 06 nicklas 69   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
2097 21 Mar 06 nicklas 70 %>
2097 21 Mar 06 nicklas 71 <%
2097 21 Mar 06 nicklas 72 final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
2097 21 Mar 06 nicklas 73 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 74 final String ID = sc.getId();
2097 21 Mar 06 nicklas 75 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
2210 03 May 06 nicklas 76 final ItemContext tc = sc.getCurrentContext(Item.TRANSFORMATION);
2097 21 Mar 06 nicklas 77
2097 21 Mar 06 nicklas 78 final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
2097 21 Mar 06 nicklas 79 final String callback = request.getParameter("callback");
2097 21 Mar 06 nicklas 80 final String title = mode.generateTitle("bioassay set", "bioassay sets");
7954 12 May 21 nicklas 81 final DbControl dc = sc.newDbControl(":List "+itemType);
2097 21 Mar 06 nicklas 82 try
2097 21 Mar 06 nicklas 83 {
2097 21 Mar 06 nicklas 84   final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
2097 21 Mar 06 nicklas 85   %>
6315 06 Sep 13 nicklas 86   <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
6388 07 Jan 14 nicklas 87   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~bioassaysets.js" 
6388 07 Jan 14 nicklas 88     styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,joust-2.css" />
2097 21 Mar 06 nicklas 89   
2298 19 May 06 nicklas 90   <base:body >
5952 10 Feb 12 nicklas 91     <p:path><p:pathelement 
5952 10 Feb 12 nicklas 92       title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 93       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 94       /></p:path>
2097 21 Mar 06 nicklas 95
5952 10 Feb 12 nicklas 96     <t:tabcontrol 
5952 10 Feb 12 nicklas 97       id="main"
5952 10 Feb 12 nicklas 98       subclass="mastertabcontrol content"
6315 06 Sep 13 nicklas 99       active="bioassaysets">
2097 21 Mar 06 nicklas 100     <t:tab id="properties" title="Properties" />
5966 16 Feb 12 nicklas 101     <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
5966 16 Feb 12 nicklas 102       tooltip="View annotation values" />
2097 21 Mar 06 nicklas 103     
2097 21 Mar 06 nicklas 104     <t:tab id="bioassaysets" title="Bioassay sets">
2298 19 May 06 nicklas 105       <jsp:include page="analysis_tree.jsp">
2298 19 May 06 nicklas 106         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
2298 19 May 06 nicklas 107         <jsp:param name="experiment_id" value="<%=experimentId%>" />
2298 19 May 06 nicklas 108       </jsp:include>
2097 21 Mar 06 nicklas 109     </t:tab>
5897 02 Dec 11 nicklas 110     
5897 02 Dec 11 nicklas 111     <t:tab id="clonedreporters" title="Cloned reporters" 
5897 02 Dec 11 nicklas 112       visible="<%=experiment.getVirtualDb().hasClonedReporters() %>"/>
5897 02 Dec 11 nicklas 113     
4746 10 Feb 09 nicklas 114     <t:tab id="overview" title="Overview" 
4746 10 Feb 09 nicklas 115       tooltip="Display a tree overview of related items" />
7166 07 Jun 16 nicklas 116     <t:tab id="history" title="History"
7166 07 Jun 16 nicklas 117       tooltip="Displays a log with the history of this item"
5069 20 Aug 09 nicklas 118       visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
2097 21 Mar 06 nicklas 119     </t:tabcontrol>
2097 21 Mar 06 nicklas 120
5952 10 Feb 12 nicklas 121     <base:buttongroup>
6315 06 Sep 13 nicklas 122       <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
6315 06 Sep 13 nicklas 123       <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
6315 06 Sep 13 nicklas 124       <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
5952 10 Feb 12 nicklas 125     </base:buttongroup>
5952 10 Feb 12 nicklas 126
5952 10 Feb 12 nicklas 127
2097 21 Mar 06 nicklas 128   </base:body>
2097 21 Mar 06 nicklas 129   </base:page>
2097 21 Mar 06 nicklas 130   <%
2097 21 Mar 06 nicklas 131 }
2097 21 Mar 06 nicklas 132 finally
2097 21 Mar 06 nicklas 133 {
2097 21 Mar 06 nicklas 134   if (dc != null) dc.close();
2097 21 Mar 06 nicklas 135 }
3675 16 Aug 07 jari 136 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)