www/views/experiments/explorer/view/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2487 04 Aug 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2487 04 Aug 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
2487 04 Aug 06 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Nicklas Nordborg
2487 04 Aug 06 nicklas 4
2487 04 Aug 06 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2487 04 Aug 06 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
2487 04 Aug 06 nicklas 7
2487 04 Aug 06 nicklas 8   This file is part of BASE.
2487 04 Aug 06 nicklas 9
2487 04 Aug 06 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2487 04 Aug 06 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2487 04 Aug 06 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
2487 04 Aug 06 nicklas 14
2487 04 Aug 06 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2487 04 Aug 06 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2487 04 Aug 06 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2487 04 Aug 06 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
2487 04 Aug 06 nicklas 19
2487 04 Aug 06 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2487 04 Aug 06 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
2487 04 Aug 06 nicklas 23
2487 04 Aug 06 nicklas 24   @author Nicklas
2487 04 Aug 06 nicklas 25   @version 2.0
2487 04 Aug 06 nicklas 26 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2487 04 Aug 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2487 04 Aug 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2487 04 Aug 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Item"
2487 04 Aug 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2487 04 Aug 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2487 04 Aug 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2487 04 Aug 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.clients.web.ExperimentExplorer"
2487 04 Aug 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.util.Values"
2487 04 Aug 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5105 28 Sep 09 nicklas 38   import="java.util.Set"
5105 28 Sep 09 nicklas 39   import="java.util.Arrays"
2487 04 Aug 06 nicklas 40 %>
2487 04 Aug 06 nicklas 41 <%
2487 04 Aug 06 nicklas 42 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
2487 04 Aug 06 nicklas 43 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2487 04 Aug 06 nicklas 44 final String ID = sc.getId();
2487 04 Aug 06 nicklas 45 final String cmd = request.getParameter("cmd");
2487 04 Aug 06 nicklas 46 final String root = request.getContextPath()+"/";
2487 04 Aug 06 nicklas 47
2487 04 Aug 06 nicklas 48 final String viewPage = "view.jsp?ID="+ID+"&bioassayset_id="+bioAssaySetId;
2487 04 Aug 06 nicklas 49
2487 04 Aug 06 nicklas 50 String forward = null;
2487 04 Aug 06 nicklas 51 String redirect = null;
2487 04 Aug 06 nicklas 52 String message = null;
2487 04 Aug 06 nicklas 53
2487 04 Aug 06 nicklas 54 DbControl dc = null;
2487 04 Aug 06 nicklas 55 try
2487 04 Aug 06 nicklas 56 {
7954 12 May 21 nicklas 57   dc = sc.newDbControl(":Experiment explorer");
2487 04 Aug 06 nicklas 58   BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
2487 04 Aug 06 nicklas 59   ExperimentExplorer explorer = ExperimentExplorer.getExplorer(bioAssaySet);
2490 08 Aug 06 nicklas 60   if (cmd == null || "Explore".equals(cmd))
2487 04 Aug 06 nicklas 61   {
2487 04 Aug 06 nicklas 62     redirect = viewPage;
2487 04 Aug 06 nicklas 63   }
2487 04 Aug 06 nicklas 64   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
2487 04 Aug 06 nicklas 65   {
2487 04 Aug 06 nicklas 66     ItemContext cc = explorer.getAndSetSpotContext(sc, pageContext);
2487 04 Aug 06 nicklas 67     redirect = viewPage;
2487 04 Aug 06 nicklas 68   }
5111 30 Sep 09 nicklas 69   else if ("SetReporterColumns".equals(cmd))
5111 30 Sep 09 nicklas 70   {
5111 30 Sep 09 nicklas 71     ItemContext cc = explorer.getAndSetSpotContext(sc, null);
5111 30 Sep 09 nicklas 72     cc.setSetting("reporter-columns", Values.getString(request.getParameter("columns"), cc.getSetting("reporter-columns")));
5111 30 Sep 09 nicklas 73     redirect = viewPage;
5111 30 Sep 09 nicklas 74   }
2487 04 Aug 06 nicklas 75   else if ("SetReporterIndex".equals(cmd))
2487 04 Aug 06 nicklas 76   {
2487 04 Aug 06 nicklas 77     explorer.setReporterIndex(Values.getInt(request.getParameter("reporterIndex")));
2487 04 Aug 06 nicklas 78     redirect = viewPage;
2487 04 Aug 06 nicklas 79   }
2487 04 Aug 06 nicklas 80   else if ("SetSpotIndex".equals(cmd))
2487 04 Aug 06 nicklas 81   {
2487 04 Aug 06 nicklas 82     explorer.setPositionIndex(Values.getInt(request.getParameter("spotIndex")));
2487 04 Aug 06 nicklas 83     redirect = viewPage;
2487 04 Aug 06 nicklas 84   }
2490 08 Aug 06 nicklas 85   else if ("SetAnnotationType".equals(cmd))
2490 08 Aug 06 nicklas 86   {
5137 15 Oct 09 nicklas 87     Integer[] annotationTypes = Values.getInt(request.getParameter("annotationtype_id").split("\\|"));
5147 20 Oct 09 nicklas 88     explorer.setAnnotationTypeIds(Arrays.asList(annotationTypes));
2490 08 Aug 06 nicklas 89     
2502 09 Aug 06 nicklas 90     // If an annotation type is selected the annotation column must be visible as the first column
2490 08 Aug 06 nicklas 91     ItemContext cc = explorer.getAndSetSpotContext(sc, null);
2490 08 Aug 06 nicklas 92     String columns = cc.getSetting("columns");
5105 28 Sep 09 nicklas 93     columns = columns.replaceAll("annotation\\.\\d+,", "");
5105 28 Sep 09 nicklas 94     for (Integer atId : annotationTypes)
2490 08 Aug 06 nicklas 95     {
5105 28 Sep 09 nicklas 96       columns = "annotation." + atId + "," + columns;
2490 08 Aug 06 nicklas 97     }
2490 08 Aug 06 nicklas 98     cc.setSetting("columns", columns);
2490 08 Aug 06 nicklas 99     redirect = viewPage;
2490 08 Aug 06 nicklas 100   }
2487 04 Aug 06 nicklas 101   else
2487 04 Aug 06 nicklas 102   {
2487 04 Aug 06 nicklas 103     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
2487 04 Aug 06 nicklas 104   }
2487 04 Aug 06 nicklas 105 }
2487 04 Aug 06 nicklas 106 finally
2487 04 Aug 06 nicklas 107 {
2487 04 Aug 06 nicklas 108   if (dc != null) dc.close();
2487 04 Aug 06 nicklas 109 }
2487 04 Aug 06 nicklas 110 if (forward != null)
2487 04 Aug 06 nicklas 111 {
6192 31 Oct 12 nicklas 112   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2487 04 Aug 06 nicklas 113   pageContext.forward(forward);
2487 04 Aug 06 nicklas 114 }
2487 04 Aug 06 nicklas 115 else if (redirect != null)
2487 04 Aug 06 nicklas 116 {
6192 31 Oct 12 nicklas 117   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2487 04 Aug 06 nicklas 118   response.sendRedirect(redirect);
2487 04 Aug 06 nicklas 119 }
2487 04 Aug 06 nicklas 120 else if (message == null)
2487 04 Aug 06 nicklas 121 {
2487 04 Aug 06 nicklas 122   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
2487 04 Aug 06 nicklas 123 }
2487 04 Aug 06 nicklas 124 else
2487 04 Aug 06 nicklas 125 {
2487 04 Aug 06 nicklas 126   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
2487 04 Aug 06 nicklas 127 }
2487 04 Aug 06 nicklas 128
2487 04 Aug 06 nicklas 129 %>
2487 04 Aug 06 nicklas 130
2487 04 Aug 06 nicklas 131
2487 04 Aug 06 nicklas 132
2487 04 Aug 06 nicklas 133

Generated on Sat Oct  7 02:47:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)