www/views/experiments/explorer/view/plotter.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var Plotter = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var plotter = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   
7604 25 Feb 19 nicklas 30   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 31     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 32   */
7604 25 Feb 19 nicklas 33   plotter.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 34   {
7604 25 Feb 19 nicklas 35     Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 36     
7604 25 Feb 19 nicklas 37     // Plot size
7604 25 Feb 19 nicklas 38     Events.addEventHandler('width', 'keypress', Events.integerOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 39     Events.addEventHandler('height', 'keypress', Events.integerOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 40     
7604 25 Feb 19 nicklas 41     // Y-axis
7604 25 Feb 19 nicklas 42     Events.addEventHandler('yPresets', 'change', plotter.presetOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 43     Buttons.addClickHandler('btnExpressionBuilderY', plotter.openExpressionBuilder);
7604 25 Feb 19 nicklas 44     
7604 25 Feb 19 nicklas 45     // Plot type
7604 25 Feb 19 nicklas 46     Events.addEventHandler('plotTypeAssay', 'change', plotter.plotTypeOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 47     Events.addEventHandler('plotTypeAnnotation', 'change', plotter.plotTypeOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 48     plotter.plotTypeOnChange();
7604 25 Feb 19 nicklas 49     
7604 25 Feb 19 nicklas 50     // Buttons
7604 25 Feb 19 nicklas 51     Buttons.addClickHandler('btnPreviewPlot', plotter.previewPlot);
7604 25 Feb 19 nicklas 52     Buttons.addClickHandler('btnViewPlot', plotter.viewPlot);
7604 25 Feb 19 nicklas 53     Buttons.addClickHandler('btnDownloadPlot', plotter.downloadPlot);
7604 25 Feb 19 nicklas 54     Buttons.addClickHandler('btnSavePlot', plotter.savePlotAs);
7604 25 Feb 19 nicklas 55   }
7604 25 Feb 19 nicklas 56
7604 25 Feb 19 nicklas 57   plotter.getPlotType = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 58   {
7604 25 Feb 19 nicklas 59     var frm = document.forms['plot'];
7604 25 Feb 19 nicklas 60     return Forms.getCheckedRadio(frm.plotType).value;
7604 25 Feb 19 nicklas 61   }
7604 25 Feb 19 nicklas 62
7604 25 Feb 19 nicklas 63   plotter.validateParameters = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 64   {
7604 25 Feb 19 nicklas 65     var frm = document.forms['plot'];
7604 25 Feb 19 nicklas 66     if (Strings.trim(frm.yFormula.value) == '')
7604 25 Feb 19 nicklas 67     {
7604 25 Feb 19 nicklas 68       Forms.showNotification(frm.yFormula, 'You must enter an expression for the Y axis');
7604 25 Feb 19 nicklas 69       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 70     }
7604 25 Feb 19 nicklas 71     return true;
7604 25 Feb 19 nicklas 72   }
7604 25 Feb 19 nicklas 73   
7604 25 Feb 19 nicklas 74   plotter.presetOnChange = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 75   {
7604 25 Feb 19 nicklas 76     var list = event.currentTarget;
7604 25 Feb 19 nicklas 77     var selected = list[list.selectedIndex];
7604 25 Feb 19 nicklas 78     
7604 25 Feb 19 nicklas 79     var labelField = Doc.element(Data.get(list, 'label-id'));
7604 25 Feb 19 nicklas 80     var formulaField = Doc.element(Data.get(list, 'formula-id'));
7604 25 Feb 19 nicklas 81
7604 25 Feb 19 nicklas 82     var frm = list.form;
7604 25 Feb 19 nicklas 83     if (frm.averageMethod)
7604 25 Feb 19 nicklas 84     {
7604 25 Feb 19 nicklas 85       var avgMethod = Data.get(selected, 'average-method');
7604 25 Feb 19 nicklas 86       Forms.selectListOption(frm.averageMethod, avgMethod);
7604 25 Feb 19 nicklas 87     }
7604 25 Feb 19 nicklas 88     
7604 25 Feb 19 nicklas 89     formulaField.value = selected.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 90     if (labelField && selected.value != '') labelField.value = selected.text;
7604 25 Feb 19 nicklas 91     list.selectedIndex = 0;
7604 25 Feb 19 nicklas 92   }
7604 25 Feb 19 nicklas 93
7604 25 Feb 19 nicklas 94   
7604 25 Feb 19 nicklas 95   plotter.plotTypeOnChange = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 96   {
7604 25 Feb 19 nicklas 97     var plotType = plotter.getPlotType();
7604 25 Feb 19 nicklas 98     var isAssayPlot = plotType == 'assay';
7604 25 Feb 19 nicklas 99     var frm = document.forms['plot'];
7604 25 Feb 19 nicklas 100     frm.annotationTypeId.disabled = isAssayPlot;
7604 25 Feb 19 nicklas 101     frm.subtype.disabled = !isAssayPlot;
7604 25 Feb 19 nicklas 102   }
7604 25 Feb 19 nicklas 103
7604 25 Feb 19 nicklas 104   plotter.openExpressionBuilder = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 105   {
7604 25 Feb 19 nicklas 106     var formulaField = Doc.element(Data.get(event.currentTarget, 'formula-id'));
7604 25 Feb 19 nicklas 107     
7604 25 Feb 19 nicklas 108     if (!formulaField.disabled)
7604 25 Feb 19 nicklas 109     {
7604 25 Feb 19 nicklas 110       var title = Data.get(event.currentTarget, 'title');
7604 25 Feb 19 nicklas 111       var formulaType = Data.get(event.currentTarget, 'formula-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 112       var rawDataType = Data.get(event.currentTarget, 'raw-data-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 113       var channels = Data.int(event.currentTarget, 'channels');
7604 25 Feb 19 nicklas 114       var bioAssaySetId = Data.int(event.currentTarget, 'bioassayset');
7604 25 Feb 19 nicklas 115       
7604 25 Feb 19 nicklas 116       Dialogs.openExpressionBuilder(formulaField, title, formulaType, rawDataType, channels, bioAssaySetId);0
7604 25 Feb 19 nicklas 117     }
7604 25 Feb 19 nicklas 118   }
7604 25 Feb 19 nicklas 119
7604 25 Feb 19 nicklas 120   
7604 25 Feb 19 nicklas 121   plotter.generatePlotUrl = function(fullSize)
7604 25 Feb 19 nicklas 122   {
7604 25 Feb 19 nicklas 123     if (!plotter.validateParameters()) return null;
7604 25 Feb 19 nicklas 124
7604 25 Feb 19 nicklas 125     var frm = document.forms['plot'];
7604 25 Feb 19 nicklas 126     var url = App.getRoot() + 'views/experiments/explorer/plot?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 127     url += '&bioAssaySetId='+Data.get('page-data', 'bioassayset');
7604 25 Feb 19 nicklas 128     url += '&reporterIndex='+Data.get('page-data', 'reporter-index');
7604 25 Feb 19 nicklas 129     url += '&positionIndex='+Data.get('page-data', 'position-index');
7604 25 Feb 19 nicklas 130     url += '&title='+encodeURIComponent(frm.title.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 131     url += '&subTitle='+encodeURIComponent(frm.subTitle.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 132     if (fullSize)
7604 25 Feb 19 nicklas 133     {
7604 25 Feb 19 nicklas 134       url += '&width='+frm.width.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 135       url += '&height='+frm.height.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 136     }
7604 25 Feb 19 nicklas 137     
7604 25 Feb 19 nicklas 138     url += '&y='+encodeURIComponent(frm.yFormula.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 139     url += '&yLog='+(frm.yLog.checked ? 1 : 0);
7604 25 Feb 19 nicklas 140     url += '&yLabel='+encodeURIComponent(frm.yLabel.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 141     
7604 25 Feb 19 nicklas 142     var plotType = plotter.getPlotType();
7604 25 Feb 19 nicklas 143     url += '&type='+plotType;
7604 25 Feb 19 nicklas 144     url += '&showXLabels='+(frm.hideXLabels.checked ? 0 : 1);
7604 25 Feb 19 nicklas 145     
7604 25 Feb 19 nicklas 146     if (plotType == 'assay')
7604 25 Feb 19 nicklas 147     {
7604 25 Feb 19 nicklas 148       url += '&subtype=' + frm.subtype.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 149       if (frm.averageMethod)
7604 25 Feb 19 nicklas 150       {
7604 25 Feb 19 nicklas 151         url += '&averageMethod=' + frm.averageMethod.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 152       }
7604 25 Feb 19 nicklas 153     }
7604 25 Feb 19 nicklas 154     else if (plotType == 'annotation')
7604 25 Feb 19 nicklas 155     {
7604 25 Feb 19 nicklas 156       url += '&annotationTypeId=' + frm.annotationTypeId.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 157     }
7604 25 Feb 19 nicklas 158     url += '&' + new Date().getTime();
7604 25 Feb 19 nicklas 159     return url;
7604 25 Feb 19 nicklas 160   }
7604 25 Feb 19 nicklas 161
7604 25 Feb 19 nicklas 162   plotter.previewPlot = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 163   {
7604 25 Feb 19 nicklas 164     var url = plotter.generatePlotUrl(false);
7604 25 Feb 19 nicklas 165     if (url)
7604 25 Feb 19 nicklas 166     {
7604 25 Feb 19 nicklas 167       url += '&width=540&height=360';
7604 25 Feb 19 nicklas 168
7604 25 Feb 19 nicklas 169       var overlayImg = Doc.element('overlay');
7604 25 Feb 19 nicklas 170       overlayImg.src = App.getRoot()+'images/plot_generating.gif';
7604 25 Feb 19 nicklas 171       
7604 25 Feb 19 nicklas 172       var tmpPlot = new Image();
7604 25 Feb 19 nicklas 173       Events.addEventHandler(tmpPlot, 'load', plotter.previewLoaded);
7604 25 Feb 19 nicklas 174       tmpPlot.src = url;
7604 25 Feb 19 nicklas 175     }
7604 25 Feb 19 nicklas 176   }
7604 25 Feb 19 nicklas 177   
7604 25 Feb 19 nicklas 178   plotter.previewLoaded = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 179   {
7604 25 Feb 19 nicklas 180     var tmpPlot = event.currentTarget;
7604 25 Feb 19 nicklas 181     
7604 25 Feb 19 nicklas 182     var previewImg = Doc.element('preview');
7604 25 Feb 19 nicklas 183     previewImg.src = tmpPlot.src;
7604 25 Feb 19 nicklas 184
7604 25 Feb 19 nicklas 185     var overlayImg = Doc.element('overlay');
7604 25 Feb 19 nicklas 186     overlayImg.src = App.getRoot() + 'images/blankbutton.gif';
7604 25 Feb 19 nicklas 187   }
7604 25 Feb 19 nicklas 188
7604 25 Feb 19 nicklas 189   plotter.viewPlot = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 190   {
7604 25 Feb 19 nicklas 191     var plotUrl = plotter.generatePlotUrl(true);
7604 25 Feb 19 nicklas 192     if (plotUrl)
7604 25 Feb 19 nicklas 193     {
7604 25 Feb 19 nicklas 194       var frm = document.forms['plot'];
7604 25 Feb 19 nicklas 195       var width = parseInt(frm.width.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 196       var height = parseInt(frm.height.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 197       if (!width || width < 600) width = 600;
7604 25 Feb 19 nicklas 198       if (!height || height < 400) height = 400;
7604 25 Feb 19 nicklas 199       var url = '../../plotter/view.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 200       url += '&title='+encodeURIComponent(frm.title.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 201       url += '&plot='+encodeURIComponent(plotUrl);
7604 25 Feb 19 nicklas 202       Dialogs.openPopup(url, 'ViewPlot', width+150, height+100);
7604 25 Feb 19 nicklas 203     }
7604 25 Feb 19 nicklas 204   }
7604 25 Feb 19 nicklas 205   
7604 25 Feb 19 nicklas 206   plotter.downloadPlot = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 207   {
7604 25 Feb 19 nicklas 208     var plotUrl = plotter.generatePlotUrl(true);
7604 25 Feb 19 nicklas 209     if (plotUrl)
7604 25 Feb 19 nicklas 210     {
7604 25 Feb 19 nicklas 211       var url = '../../plotter/download.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 212       url += '&plot='+encodeURIComponent(plotUrl);
7604 25 Feb 19 nicklas 213       Dialogs.openPopup(url, 'DownloadPlot', 300, 200);
7604 25 Feb 19 nicklas 214     }
7604 25 Feb 19 nicklas 215   }
7604 25 Feb 19 nicklas 216
7604 25 Feb 19 nicklas 217   plotter.savePlotAs = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 218   {
7604 25 Feb 19 nicklas 219     var plotUrl = plotter.generatePlotUrl(true);
7604 25 Feb 19 nicklas 220     if (plotUrl)
7604 25 Feb 19 nicklas 221     {
7604 25 Feb 19 nicklas 222       var url = '../../plotter/save_as.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 223       url += '&plot='+encodeURIComponent(plotUrl);
7604 25 Feb 19 nicklas 224       Dialogs.openPopup(url, 'SavePlotAs', 450, 300);
7604 25 Feb 19 nicklas 225     }
7604 25 Feb 19 nicklas 226   }
7604 25 Feb 19 nicklas 227   
7604 25 Feb 19 nicklas 228   return plotter;
7604 25 Feb 19 nicklas 229 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 230
7604 25 Feb 19 nicklas 231 Doc.onLoad(Plotter.initPage);

Generated on Sat Oct  7 02:47:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)