www/views/experiments/explorer/view/view.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var View = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var view = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   
7604 25 Feb 19 nicklas 30   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 31     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 32   */
7604 25 Feb 19 nicklas 33   view.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 34   {
7604 25 Feb 19 nicklas 35     
7604 25 Feb 19 nicklas 36     TabControl.addTabActivateListener('explorer.search', view.viewSearch);
7604 25 Feb 19 nicklas 37   
7604 25 Feb 19 nicklas 38     var frm = document.forms['reporter'];
7604 25 Feb 19 nicklas 39     frm.cmd.value = 'SetReporterColumns';
7604 25 Feb 19 nicklas 40     Buttons.addClickHandler('btnReporterColumns', Buttons.configureColumns, {'table-id': 'reporter', 'settings': 'reporter-columns'});
7604 25 Feb 19 nicklas 41     Buttons.addClickHandler('btnSpotColumns', Buttons.configureColumns, {'table-id': 'spotdata'});
7604 25 Feb 19 nicklas 42     
7604 25 Feb 19 nicklas 43     Events.addEventHandler('newReporterIndex', 'keypress', Events.integerOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 44     Events.doOnEnter('newReporterIndex', view.gotoReporterIndex);
7604 25 Feb 19 nicklas 45
7604 25 Feb 19 nicklas 46     Events.addEventHandler('newSpotIndex', 'keypress', Events.integerOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 47     Events.doOnEnter('newSpotIndex', view.gotoSpotIndex);
7604 25 Feb 19 nicklas 48
7604 25 Feb 19 nicklas 49     Buttons.addClickHandler('btnAssayPlot', view.assayPlot);
7604 25 Feb 19 nicklas 50
7604 25 Feb 19 nicklas 51     view.initAnnotationSummary();
7604 25 Feb 19 nicklas 52   }
7604 25 Feb 19 nicklas 53
7604 25 Feb 19 nicklas 54   view.initElements = function(element, autoInit)
7604 25 Feb 19 nicklas 55   {
7604 25 Feb 19 nicklas 56     if (autoInit == 'annotation-plot')
7604 25 Feb 19 nicklas 57     {
7604 25 Feb 19 nicklas 58       Buttons.addClickHandler(element, view.annotationPlot);
7604 25 Feb 19 nicklas 59     }
7604 25 Feb 19 nicklas 60   }
7604 25 Feb 19 nicklas 61   
7604 25 Feb 19 nicklas 62   view.gotoReporterIndex = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 63   {
7604 25 Feb 19 nicklas 64     var frm = document.forms['reporterIndex'];
7604 25 Feb 19 nicklas 65     var reporterIndex = parseInt(frm.newReporterIndex.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 66     var maxIndex = Data.int(event.currentTarget, 'max-index');
7604 25 Feb 19 nicklas 67     if (reporterIndex < 1 || reporterIndex > maxIndex)
7604 25 Feb 19 nicklas 68     {
7604 25 Feb 19 nicklas 69       Forms.showNotification(frm.newReporterIndex, 'The reporter index must be between 1 and ' + maxIndex);
7604 25 Feb 19 nicklas 70       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 71     }
7604 25 Feb 19 nicklas 72     frm.cmd.value = 'SetReporterIndex';
7604 25 Feb 19 nicklas 73     Forms.addHidden(frm, 'reporterIndex', reporterIndex-1);
7604 25 Feb 19 nicklas 74     frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 75   }
7604 25 Feb 19 nicklas 76
7604 25 Feb 19 nicklas 77   view.gotoSpotIndex = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 78   {
7604 25 Feb 19 nicklas 79     var frm = document.forms['spotIndex'];
7604 25 Feb 19 nicklas 80     var spotIndex = parseInt(frm.newSpotIndex.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 81     var maxIndex =  Data.int(event.currentTarget, 'max-index');
7604 25 Feb 19 nicklas 82     if (spotIndex < 1 || spotIndex > maxIndex)
7604 25 Feb 19 nicklas 83     {
7604 25 Feb 19 nicklas 84       Forms.showNotification(frm.newSpotIndex, 'The spot index must be between 1 and ' + maxIndex);
7604 25 Feb 19 nicklas 85       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 86     }
7604 25 Feb 19 nicklas 87     frm.cmd.value = 'SetSpotIndex';
7604 25 Feb 19 nicklas 88     Forms.addHidden(frm, 'spotIndex', spotIndex-1);
7604 25 Feb 19 nicklas 89     frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 90   }
7604 25 Feb 19 nicklas 91
7604 25 Feb 19 nicklas 92   view.viewSearch = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 93   {
7604 25 Feb 19 nicklas 94     var url = '../search/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 95     url += '&bioassayset_id='+Data.get('page-data', 'bioassayset-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 96     location.href = url;
7604 25 Feb 19 nicklas 97   }
7604 25 Feb 19 nicklas 98
7604 25 Feb 19 nicklas 99   view.assayPlot = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 100   {
7604 25 Feb 19 nicklas 101     var frm = document.forms['spotdata'];
7604 25 Feb 19 nicklas 102     
7604 25 Feb 19 nicklas 103     var url = 'plotter.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 104     url += '&type=assay';
7604 25 Feb 19 nicklas 105     url += '&bioAssaySetId='+Data.get('page-data', 'bioassayset-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 106     url += '&reporterIndex='+frm.reporter_index.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 107     url += '&positionIndex='+frm.position_index.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 108     Dialogs.openPopup(url, 'AssayPlot', 1250, 700);
7604 25 Feb 19 nicklas 109   }
7604 25 Feb 19 nicklas 110   
7604 25 Feb 19 nicklas 111   view.annotationPlot = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 112   {
7604 25 Feb 19 nicklas 113     var frm = document.forms['spotdata'];
7604 25 Feb 19 nicklas 114     var url = 'plotter.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 115     url += '&type=annotation';
7604 25 Feb 19 nicklas 116     url += '&bioAssaySetId='+Data.get('page-data', 'bioassayset-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 117     url += '&reporterIndex='+frm.reporter_index.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 118     url += '&positionIndex='+frm.position_index.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 119     url += '&annotationTypeId=' + Data.get(event.currentTarget, 'annotation-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 120     Dialogs.openPopup(url, 'AnnotationPlot', 1250, 700);
7604 25 Feb 19 nicklas 121   }
7604 25 Feb 19 nicklas 122   
7604 25 Feb 19 nicklas 123   view.initAnnotationSummary = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 124   {
7604 25 Feb 19 nicklas 125     var summary = Data.json('annotation-summary', 'summary');
7604 25 Feb 19 nicklas 126     var channels = Data.int('annotation-summary', 'channels');
7604 25 Feb 19 nicklas 127     
7604 25 Feb 19 nicklas 128     for (var i = 0; i < summary.length; i++)
7604 25 Feb 19 nicklas 129     {
7604 25 Feb 19 nicklas 130       var at = summary[i];
7604 25 Feb 19 nicklas 131       
7604 25 Feb 19 nicklas 132       var groups = at.groups;
7604 25 Feb 19 nicklas 133       for (var g = 0; g < groups.length; g++)
7604 25 Feb 19 nicklas 134       {
7604 25 Feb 19 nicklas 135         var group = groups[g];
7604 25 Feb 19 nicklas 136         var elementId = at.id+'.'+group.id;
7604 25 Feb 19 nicklas 137         Doc.element('count.'+elementId).innerHTML = group.count;
7604 25 Feb 19 nicklas 138         
7604 25 Feb 19 nicklas 139         for (var ch = 1; ch <= channels; ch++)
7604 25 Feb 19 nicklas 140         {
7604 25 Feb 19 nicklas 141           Doc.element('mean.'+elementId+'.ch'+ch).innerHTML = group.mean[ch-1];
7604 25 Feb 19 nicklas 142         }
7604 25 Feb 19 nicklas 143         
7604 25 Feb 19 nicklas 144         if (group.gmean)
7604 25 Feb 19 nicklas 145         {
7604 25 Feb 19 nicklas 146           Doc.element('gmean.'+elementId).innerHTML = group.gmean;
7604 25 Feb 19 nicklas 147           Doc.element('sd.'+elementId).innerHTML = group.sd;
7604 25 Feb 19 nicklas 148         }
7604 25 Feb 19 nicklas 149       }
7604 25 Feb 19 nicklas 150     }
7604 25 Feb 19 nicklas 151   }
7604 25 Feb 19 nicklas 152   
7604 25 Feb 19 nicklas 153   return view;
7604 25 Feb 19 nicklas 154 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 155
7604 25 Feb 19 nicklas 156 Doc.onLoad(View.initPage);
7604 25 Feb 19 nicklas 157 Doc.addElementInitializer(View.initElements);

Generated on Sat Oct  7 02:47:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)