www/views/experiments/explorer/view/view.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2487 04 Aug 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2487 04 Aug 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
2487 04 Aug 06 nicklas 5
2487 04 Aug 06 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2487 04 Aug 06 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2487 04 Aug 06 nicklas 8
2487 04 Aug 06 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2487 04 Aug 06 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2487 04 Aug 06 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
2487 04 Aug 06 nicklas 13
2487 04 Aug 06 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2487 04 Aug 06 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2487 04 Aug 06 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2487 04 Aug 06 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
2487 04 Aug 06 nicklas 18
2487 04 Aug 06 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2487 04 Aug 06 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
2487 04 Aug 06 nicklas 22
2487 04 Aug 06 nicklas 23   @author Nicklas
2487 04 Aug 06 nicklas 24   @version 2.0
2487 04 Aug 06 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2487 04 Aug 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2487 04 Aug 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2487 04 Aug 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
2487 04 Aug 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2514 11 Aug 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.PropertyFilter"
2490 08 Aug 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Include"
2487 04 Aug 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2490 08 Aug 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
2487 04 Aug 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2487 04 Aug 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
2490 08 Aug 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
2490 08 Aug 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.RawDataUtil"
2487 04 Aug 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
2487 04 Aug 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
2490 08 Aug 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
2490 08 Aug 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
2490 08 Aug 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.Formula"
4916 30 Apr 09 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"
2490 08 Aug 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2502 09 Aug 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
2487 04 Aug 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.DynamicSpotQuery"
2487 04 Aug 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.DynamicResultIterator"
2487 04 Aug 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.VirtualColumn"
2490 08 Aug 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.Type"
2487 04 Aug 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
2490 08 Aug 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.data.RawData"
2487 04 Aug 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2487 04 Aug 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
2487 04 Aug 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.query.Dynamic"
2487 04 Aug 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2487 04 Aug 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.core.query.Selects"
2487 04 Aug 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.core.query.Aggregations"
2502 09 Aug 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2487 04 Aug 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.core.query.JoinType"
2487 04 Aug 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.core.query.SqlResult"
2668 27 Sep 06 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.Values"
2487 04 Aug 06 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2487 04 Aug 06 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.DynamicUtil"
2487 04 Aug 06 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.ExperimentExplorer"
2514 11 Aug 06 nicklas 66   import="net.sf.basedb.clients.web.ExperimentExplorer.AnnotationSummary"
2514 11 Aug 06 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.ExperimentExplorer.AnnotationGroup"
2487 04 Aug 06 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2487 04 Aug 06 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2942 22 Nov 06 nicklas 70   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
2733 16 Oct 06 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
2487 04 Aug 06 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.taglib.table.TableColumn"
2487 04 Aug 06 nicklas 73   import="java.util.Date"
2487 04 Aug 06 nicklas 74   import="java.util.List"
3520 20 Jun 07 nicklas 75   import="java.util.ArrayList"
2487 04 Aug 06 nicklas 76   import="java.util.LinkedList"
2514 11 Aug 06 nicklas 77   import="java.util.Collection"
2813 27 Oct 06 nicklas 78   import="java.util.Arrays"
5105 28 Sep 09 nicklas 79   import="java.util.Set"
5105 28 Sep 09 nicklas 80   import="java.util.Map"
5105 28 Sep 09 nicklas 81   import="java.util.HashMap"
6700 30 Jan 15 nicklas 82   import="java.util.TreeMap"
6185 29 Oct 12 nicklas 83   import="org.json.simple.JSONObject"
6185 29 Oct 12 nicklas 84   import="org.json.simple.JSONArray"
2487 04 Aug 06 nicklas 85 %>
2487 04 Aug 06 nicklas 86 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2487 04 Aug 06 nicklas 87 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
2487 04 Aug 06 nicklas 88 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
2487 04 Aug 06 nicklas 89 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2487 04 Aug 06 nicklas 90 <%!
2487 04 Aug 06 nicklas 91   private static final Item itemType = Item.SPOTDATA;
5940 31 Jan 12 nicklas 92   private static final String defaultReporterColumns = "filter,externalId,symbol";
2487 04 Aug 06 nicklas 93 %>
2487 04 Aug 06 nicklas 94 <%
2487 04 Aug 06 nicklas 95 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2487 04 Aug 06 nicklas 96 final String ID = sc.getId();
2487 04 Aug 06 nicklas 97 final float scale = Base.getScale(sc);
2487 04 Aug 06 nicklas 98 final String root = request.getContextPath();
2487 04 Aug 06 nicklas 99
2487 04 Aug 06 nicklas 100 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
7954 12 May 21 nicklas 101 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Experiment explorer");
2502 09 Aug 06 nicklas 102 DynamicResultIterator spotData = null;
2487 04 Aug 06 nicklas 103 try
2487 04 Aug 06 nicklas 104 {
5940 31 Jan 12 nicklas 105   Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
5940 31 Jan 12 nicklas 106   Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
2487 04 Aug 06 nicklas 107   String title = null;
2487 04 Aug 06 nicklas 108   final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
2487 04 Aug 06 nicklas 109   final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
2487 04 Aug 06 nicklas 110   final RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
2514 11 Aug 06 nicklas 111   final int channels = rawDataType.getChannels();
2514 11 Aug 06 nicklas 112   final boolean hasRatio = channels == 2;
2993 01 Dec 06 nicklas 113   final int maxRawMappings = bioAssaySet.getMaxRawMappingsForSpot();
4916 30 Apr 09 nicklas 114   final IntensityTransform transform = bioAssaySet.getIntensityTransform();
2487 04 Aug 06 nicklas 115   
2487 04 Aug 06 nicklas 116   final ExperimentExplorer explorer = ExperimentExplorer.getExplorer(bioAssaySet);
2487 04 Aug 06 nicklas 117   final ItemContext cc = explorer.getAndSetSpotContext(sc, pageContext);
2490 08 Aug 06 nicklas 118   final ItemContext reporterContext = explorer.getAndSetReporterContext(sc, null);
2487 04 Aug 06 nicklas 119   final String subContext = cc.getSubContext();
2490 08 Aug 06 nicklas 120   
5885 22 Nov 11 nicklas 121   List<TableColumn> reporterColumns = new LinkedList<TableColumn>();
5885 22 Nov 11 nicklas 122   DynamicUtil.addReporterColumns(reporterColumns, dc, experiment.getVirtualDb().getReporterCloneTemplate(), "", "@", "");
5885 22 Nov 11 nicklas 123
5885 22 Nov 11 nicklas 124   List<TableColumn> spotColumns = new LinkedList<TableColumn>();
5885 22 Nov 11 nicklas 125   DynamicUtil.addFormulaColumns(spotColumns, dc, rawDataType, Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION, 
4917 30 Apr 09 nicklas 126     transform, "frm.", "", maxRawMappings == 1);
5885 22 Nov 11 nicklas 127   DynamicUtil.addExtraColumns(spotColumns, dc, bioAssaySet, "ev", "#", "[Xtra] ");
2993 01 Dec 06 nicklas 128   if (maxRawMappings == 1)
2993 01 Dec 06 nicklas 129   {
5885 22 Nov 11 nicklas 130     DynamicUtil.addRawDataColumns(spotColumns, dc, rawDataType, "raw.", "$", "[Raw] ");
2993 01 Dec 06 nicklas 131   }
2490 08 Aug 06 nicklas 132
2487 04 Aug 06 nicklas 133   final int matchingReporters = explorer.getMatchingReporters(dc);
2796 24 Oct 06 nicklas 134   int reporterIndex = explorer.getReporterIndex();
2796 24 Oct 06 nicklas 135   if (reporterIndex >= matchingReporters) reporterIndex = matchingReporters - 1;
4808 13 Mar 09 nicklas 136   final ReporterData reporter = matchingReporters == 0 ? 
4808 13 Mar 09 nicklas 137       null : explorer.getReporter(dc, reporterIndex);
2796 24 Oct 06 nicklas 138
4808 13 Mar 09 nicklas 139   final int matchingPositions = matchingReporters == 0 ? 
4808 13 Mar 09 nicklas 140       0 : explorer.getNumPositions(dc, reporterIndex);
4808 13 Mar 09 nicklas 141   
2796 24 Oct 06 nicklas 142   int positionIndex = explorer.getPositionIndex();
2796 24 Oct 06 nicklas 143   if (positionIndex >= matchingPositions) positionIndex = matchingPositions - 1;
2535 16 Aug 06 nicklas 144   final boolean isAveraging = positionIndex == ExperimentExplorer.SPOT_AVG;
2487 04 Aug 06 nicklas 145   
2892 10 Nov 06 nicklas 146   final List<AnnotationType> annotationTypes = explorer.getAnnotationTypes(dc, true);
5105 28 Sep 09 nicklas 147   final Set<Integer> tmp = explorer.getAnnotationTypeIds();
5105 28 Sep 09 nicklas 148   final Map<AnnotationType, AnnotationSummary> selectedAnnotationTypes = 
5105 28 Sep 09 nicklas 149     new HashMap<AnnotationType, AnnotationSummary>(tmp.size());
5105 28 Sep 09 nicklas 150   for (Integer atId : tmp)
5105 28 Sep 09 nicklas 151   {
5105 28 Sep 09 nicklas 152     try
5105 28 Sep 09 nicklas 153     {
5105 28 Sep 09 nicklas 154       selectedAnnotationTypes.put(AnnotationType.getById(dc, atId), null);
5105 28 Sep 09 nicklas 155     }
5105 28 Sep 09 nicklas 156     catch (Throwable t)
5105 28 Sep 09 nicklas 157     {}
5105 28 Sep 09 nicklas 158   }
2502 09 Aug 06 nicklas 159
6185 29 Oct 12 nicklas 160   JSONArray jsonAnnotationTypes = new JSONArray();
6185 29 Oct 12 nicklas 161   if (annotationTypes != null)
6185 29 Oct 12 nicklas 162   {
6185 29 Oct 12 nicklas 163     for (AnnotationType at : annotationTypes)
6185 29 Oct 12 nicklas 164     {
6185 29 Oct 12 nicklas 165       JSONObject jsonAt = new JSONObject();
6185 29 Oct 12 nicklas 166       jsonAt.put("key", at.getId());
6185 29 Oct 12 nicklas 167       jsonAt.put("value", at.getName());
6185 29 Oct 12 nicklas 168       jsonAt.put("checked", selectedAnnotationTypes.containsKey(at));
6185 29 Oct 12 nicklas 169       jsonAnnotationTypes.add(jsonAt);
6185 29 Oct 12 nicklas 170     }
6185 29 Oct 12 nicklas 171   }
6185 29 Oct 12 nicklas 172   
5885 22 Nov 11 nicklas 173   DynamicUtil.SelectedInfo selected = DynamicUtil.getSelectedColumns(cc, spotColumns, isAveraging);
2813 27 Oct 06 nicklas 174   
3520 20 Jun 07 nicklas 175   List<String> sortProperties = null;
2813 27 Oct 06 nicklas 176   if (isAveraging && cc.getSortProperty() != null)
2813 27 Oct 06 nicklas 177   {
2813 27 Oct 06 nicklas 178     // We must check that we are not sorting on a non-averagable property
3520 20 Jun 07 nicklas 179     sortProperties = new ArrayList<String>(Arrays.asList(cc.getSortProperty().split(",")));
5885 22 Nov 11 nicklas 180     for (TableColumn tc : spotColumns)
2813 27 Oct 06 nicklas 181     {
2813 27 Oct 06 nicklas 182       if (!tc.isAveragable()) sortProperties.remove(tc.getProperty());
2813 27 Oct 06 nicklas 183     }
3520 20 Jun 07 nicklas 184     cc.setSortProperty(Values.getString(sortProperties, ",", true));
2813 27 Oct 06 nicklas 185   }
2813 27 Oct 06 nicklas 186   
2531 16 Aug 06 nicklas 187   if (matchingReporters > 0)
2502 09 Aug 06 nicklas 188   {
5105 28 Sep 09 nicklas 189     for (Map.Entry<AnnotationType, AnnotationSummary> entry : selectedAnnotationTypes.entrySet())
2531 16 Aug 06 nicklas 190     {
5105 28 Sep 09 nicklas 191       entry.setValue(explorer.getAnnotationSummary(dc, entry.getKey()));
2531 16 Aug 06 nicklas 192     }
2531 16 Aug 06 nicklas 193     try
2531 16 Aug 06 nicklas 194     {
4808 13 Mar 09 nicklas 195       DynamicSpotQuery spotQuery = explorer.getSpotQuery(dc, reporterIndex, positionIndex, selected.selectedColumns);
2531 16 Aug 06 nicklas 196       spotData = spotQuery.iterate(dc);
2531 16 Aug 06 nicklas 197     }
2531 16 Aug 06 nicklas 198     catch (Throwable t)
2531 16 Aug 06 nicklas 199     {
2531 16 Aug 06 nicklas 200       cc.setMessage(t.getMessage());
5711 30 Aug 11 nicklas 201       t.printStackTrace();
2531 16 Aug 06 nicklas 202     }
2502 09 Aug 06 nicklas 203   }
2487 04 Aug 06 nicklas 204   %>
2487 04 Aug 06 nicklas 205   <base:page title="<%=title%>">
6315 06 Sep 13 nicklas 206   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~view.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,explorer.css">
5940 31 Jan 12 nicklas 207   <style>
5940 31 Jan 12 nicklas 208     .special td.cell:first-of-type
5940 31 Jan 12 nicklas 209     {
6621 24 Nov 14 nicklas 210       border-right-width: 1px;
5940 31 Jan 12 nicklas 211     }
5940 31 Jan 12 nicklas 212   </style>
2487 04 Aug 06 nicklas 213   </base:head>
2487 04 Aug 06 nicklas 214   <base:body>
5940 31 Jan 12 nicklas 215     <p:path><p:pathelement title="Experiments" href="<%="../../index.jsp?ID="+ID%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 216       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
6143 20 Sep 12 nicklas 217         href="<%="../../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&amp;experiment_id="+experiment.getId()%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 218       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" 
6143 20 Sep 12 nicklas 219         href="<%="../../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&amp;cmd=ViewItem&amp;item_id="+bioAssaySetId%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 220       /><p:pathelement title="Explorer" /></p:path>
2487 04 Aug 06 nicklas 221     
6612 21 Nov 14 nicklas 222     <div id="page-data" class="data-container"
6612 21 Nov 14 nicklas 223       data-bioassayset-id="<%=bioAssaySetId %>"  
6612 21 Nov 14 nicklas 224     ></div>
6612 21 Nov 14 nicklas 225     
5940 31 Jan 12 nicklas 226     <t:tabcontrol
5940 31 Jan 12 nicklas 227       id="explorer" 
5940 31 Jan 12 nicklas 228       subclass="content mastertabcontrol"
5940 31 Jan 12 nicklas 229       remember="false" active="view">
2487 04 Aug 06 nicklas 230     <t:tab id="search" title="Reporter search" />
2487 04 Aug 06 nicklas 231     
2487 04 Aug 06 nicklas 232     <t:tab id="view" title="Reporter view">
2514 11 Aug 06 nicklas 233     <%
6700 30 Jan 15 nicklas 234     Map<Integer, List<PropertyFilter>> filters = new TreeMap<Integer, List<PropertyFilter>>();
6833 07 Apr 15 nicklas 235     if (reporterContext.getNumPropertyFilters() > 0)
6700 30 Jan 15 nicklas 236     {
6833 07 Apr 15 nicklas 237       for (PropertyFilter filter : reporterContext.getPropertyFilters())
6700 30 Jan 15 nicklas 238       {
6833 07 Apr 15 nicklas 239         List<PropertyFilter> rowFilters = filters.get(filter.getRowIndex());
6833 07 Apr 15 nicklas 240         if (rowFilters == null)
6833 07 Apr 15 nicklas 241         {
6833 07 Apr 15 nicklas 242           rowFilters = new ArrayList<PropertyFilter>();
6833 07 Apr 15 nicklas 243           filters.put(filter.getRowIndex(), rowFilters);
6833 07 Apr 15 nicklas 244         }
6833 07 Apr 15 nicklas 245         rowFilters.add(filter);
6700 30 Jan 15 nicklas 246       }
6700 30 Jan 15 nicklas 247     }
6700 30 Jan 15 nicklas 248     StringBuilder filter = new StringBuilder();
6700 30 Jan 15 nicklas 249     for (List<PropertyFilter> rowFilter : filters.values())
6700 30 Jan 15 nicklas 250     {
6700 30 Jan 15 nicklas 251       if (filter.length() > 0) filter.append(" OR ");
6700 30 Jan 15 nicklas 252       StringBuilder sb = new StringBuilder();
6700 30 Jan 15 nicklas 253       for (PropertyFilter pf : rowFilter)
6700 30 Jan 15 nicklas 254       {
6700 30 Jan 15 nicklas 255         if (sb.length() > 0) sb.append(" AND ");
6700 30 Jan 15 nicklas 256         sb.append(pf.getProperty()+" "+pf.getOperator()+" "+pf.getValue());
6700 30 Jan 15 nicklas 257       }
6700 30 Jan 15 nicklas 258       filter.append(sb.toString().replaceAll("@|£", ""));
6700 30 Jan 15 nicklas 259     }
5940 31 Jan 12 nicklas 260     if (reporter == null)
5111 30 Sep 09 nicklas 261     {
5111 30 Sep 09 nicklas 262       %>
5940 31 Jan 12 nicklas 263       <table class="fullform bottomborder">
5940 31 Jan 12 nicklas 264       <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 265         <th>Filter</th>
6700 30 Jan 15 nicklas 266         <td><%=HTML.encodeTags(filter.toString())%></td>
5940 31 Jan 12 nicklas 267       </tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 268       <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 269         <th class="subprompt"></th>
5940 31 Jan 12 nicklas 270         <td>
5940 31 Jan 12 nicklas 271           <div class="messagecontainer note">
5940 31 Jan 12 nicklas 272           No reporters found.
5940 31 Jan 12 nicklas 273           </div>
5940 31 Jan 12 nicklas 274         </td>
5940 31 Jan 12 nicklas 275       </table>
5940 31 Jan 12 nicklas 276       <%
5940 31 Jan 12 nicklas 277     }
5940 31 Jan 12 nicklas 278     else
5940 31 Jan 12 nicklas 279     {
5940 31 Jan 12 nicklas 280       %>
5111 30 Sep 09 nicklas 281       <form name="reporterIndex" action="index.jsp" method="post">
5111 30 Sep 09 nicklas 282       <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
5111 30 Sep 09 nicklas 283       <input type="hidden" name="bioassayset_id" value="<%=bioAssaySetId%>">
5111 30 Sep 09 nicklas 284       <input type="hidden" name="cmd" value="SetReporterIndex">
5940 31 Jan 12 nicklas 285       
6605 18 Nov 14 nicklas 286       <tbl:toolbar subclass="bottomborder bg-filled-50">
6612 21 Nov 14 nicklas 287         <tbl:label subclass="bg-filled-100" style="padding: 0px 2px 0px 6px;">
5940 31 Jan 12 nicklas 288           Current reporter
6315 06 Sep 13 nicklas 289             <input name="newReporterIndex" id="newReporterIndex" 
6315 06 Sep 13 nicklas 290               type="text" class="text" 
6315 06 Sep 13 nicklas 291               value="<%=reporterIndex+1%>" data-max-index="<%=matchingReporters%>"
5959 14 Feb 12 nicklas 292             style="width: 6em;" maxlength="8" title="Enter a number between 1 and <%=matchingReporters%>">
5940 31 Jan 12 nicklas 293           of <%=matchingReporters %>
5940 31 Jan 12 nicklas 294           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 295           if (reporterIndex == 0 || matchingReporters == 0)
5940 31 Jan 12 nicklas 296           {
5940 31 Jan 12 nicklas 297             %>
5946 03 Feb 12 nicklas 298             <base:icon image="first.png" enabled="false" />
5946 03 Feb 12 nicklas 299             <base:icon image="previous.png" enabled="false" />
5940 31 Jan 12 nicklas 300             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 301           }
5940 31 Jan 12 nicklas 302           else
5940 31 Jan 12 nicklas 303           {
5940 31 Jan 12 nicklas 304             %>
6143 20 Sep 12 nicklas 305             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetReporterIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;reporterIndex=0"
5946 03 Feb 12 nicklas 306               title="Go the first reporter"><base:icon image="first.png" /></a>
6143 20 Sep 12 nicklas 307             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetReporterIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;reporterIndex=<%=reporterIndex-1%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 308               title="Go the previous reporter"><base:icon image="previous.png" /></a>
5940 31 Jan 12 nicklas 309             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 310           }
5940 31 Jan 12 nicklas 311           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 312           &nbsp;&nbsp;
5940 31 Jan 12 nicklas 313           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 314           if (reporterIndex == matchingReporters - 1 || matchingReporters == 0)
5940 31 Jan 12 nicklas 315           {
5940 31 Jan 12 nicklas 316             %>
5946 03 Feb 12 nicklas 317             <base:icon image="next.png" enabled="false" />
5946 03 Feb 12 nicklas 318             <base:icon image="last.png" enabled="false" />
5940 31 Jan 12 nicklas 319             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 320           }
5940 31 Jan 12 nicklas 321           else
5940 31 Jan 12 nicklas 322           {
5940 31 Jan 12 nicklas 323             %>
6143 20 Sep 12 nicklas 324             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetReporterIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;reporterIndex=<%=reporterIndex+1%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 325               title="Go the next reporter"><base:icon image="next.png" /></a>
6143 20 Sep 12 nicklas 326             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetReporterIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;reporterIndex=<%=matchingReporters-1%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 327               title="Go the last reporter"><base:icon image="last.png" /></a>
5940 31 Jan 12 nicklas 328             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 329           }
5940 31 Jan 12 nicklas 330           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 331         </tbl:label>
5111 30 Sep 09 nicklas 332         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 333           id="btnReporterColumns"
5945 02 Feb 12 nicklas 334           image="columns.png" 
5111 30 Sep 09 nicklas 335           title="Columns&hellip;" 
5111 30 Sep 09 nicklas 336           tooltip="Show, hide and re-order reporter columns" 
5111 30 Sep 09 nicklas 337         />
5111 30 Sep 09 nicklas 338       </tbl:toolbar>
5940 31 Jan 12 nicklas 339       </form>
5111 30 Sep 09 nicklas 340     
5940 31 Jan 12 nicklas 341       <tbl:table 
5940 31 Jan 12 nicklas 342         id="reporter" 
5940 31 Jan 12 nicklas 343         columns="<%="filter,"+Values.getString(cc.getSetting("reporter-columns"), defaultReporterColumns)%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 344         action="index.jsp"
5940 31 Jan 12 nicklas 345         sc="<%=sc%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 346         item="<%=itemType%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 347         subcontext="<%=subContext%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 348         subclass="bottomborder"
5940 31 Jan 12 nicklas 349         >
5940 31 Jan 12 nicklas 350         <tbl:hidden 
5940 31 Jan 12 nicklas 351           name="bioassayset_id" 
5940 31 Jan 12 nicklas 352           value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
5885 22 Nov 11 nicklas 353         />
5940 31 Jan 12 nicklas 354         <tbl:columndef 
5940 31 Jan 12 nicklas 355           id="filter" 
5940 31 Jan 12 nicklas 356           title="Filter"
5940 31 Jan 12 nicklas 357           show="always"
5940 31 Jan 12 nicklas 358         />
5885 22 Nov 11 nicklas 359         <%
5940 31 Jan 12 nicklas 360         for (TableColumn tc : reporterColumns)
5111 30 Sep 09 nicklas 361         {
5940 31 Jan 12 nicklas 362           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 363           <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 364             id="<%=tc.getId()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 365             title="<%=HTML.encodeTags(tc.getTitle())%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 366             formatter="<%=tc.getFormatter()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 367             show="<%=reporter == null ? "never" : "auto" %>"
5940 31 Jan 12 nicklas 368           />
5940 31 Jan 12 nicklas 369           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 370         }
5940 31 Jan 12 nicklas 371         List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
5940 31 Jan 12 nicklas 372         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 373         <tbl:form width="2" clazz="fullform special">
6700 30 Jan 15 nicklas 374           <tbl:cell column="filter"><%=HTML.encodeTags(filter.toString())%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 375           <tbl:cell column="id"><%=reporter.getId()%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 376           <tbl:cell column="version"><%=reporter.getVersion()%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 377           <tbl:cell column="name"><%=Base.getLink(ID, reporter.getName(), Item.REPORTER, reporter.getId(), true)%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 378           <tbl:cell column="externalId"><%=Base.getLink(ID, reporter.getExternalId(), Item.REPORTER, reporter.getId(), true)%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 379           <tbl:cell column="symbol"><%=HTML.encodeTags(reporter.getSymbol())%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 380           <tbl:cell column="lastUpdate"><%=dateTimeFormatter.format(reporter.getLastUpdate())%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 381           <tbl:cell column="lastSource"><%=HTML.encodeTags(reporter.getLastSource())%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 382           <tbl:cell column="entryDate"><%=dateFormatter.format(reporter.getEntryDate()) %></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 383           <tbl:cell column="type"><base:propertyvalue dbcontrol="<%=dc%>" item="<%=reporter%>" property="reporterType" /></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 384           <tbl:cell column="description"><%=HTML.niceFormat(reporter.getDescription())%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 385           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 386           if (reporterProperties != null)
2487 04 Aug 06 nicklas 387           {
5940 31 Jan 12 nicklas 388             for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
5940 31 Jan 12 nicklas 389             {
5940 31 Jan 12 nicklas 390               String name = ep.getName();
5940 31 Jan 12 nicklas 391               %>
5940 31 Jan 12 nicklas 392               <tbl:cell column="<%=ep.getName()%>"><tbl:cellvalue value="<%=reporter.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 393               <%
5940 31 Jan 12 nicklas 394             }
2487 04 Aug 06 nicklas 395           }
5940 31 Jan 12 nicklas 396           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 397         </tbl:form>
5940 31 Jan 12 nicklas 398       </tbl:table>
5940 31 Jan 12 nicklas 399   
5106 29 Sep 09 nicklas 400     <base:section
5106 29 Sep 09 nicklas 401       id="annotation"
5106 29 Sep 09 nicklas 402       title="<%="Annotation summary (" + selectedAnnotationTypes.size() + " selected)"%>"
5106 29 Sep 09 nicklas 403       context="<%=cc%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 404       style="border-bottom: 0px;"
5106 29 Sep 09 nicklas 405       >
6162 10 Oct 12 nicklas 406       <form name="annotationSummary" action="index.jsp" method="POST">
5111 30 Sep 09 nicklas 407       <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
5111 30 Sep 09 nicklas 408       <input type="hidden" name="bioassayset_id" value="<%=bioAssaySetId%>">
5111 30 Sep 09 nicklas 409       <input type="hidden" name="cmd" value="SetAnnotationType">
6185 29 Oct 12 nicklas 410         <div class="multiselect auto-init" style="width: 25em;" data-auto-init="multiselect" 
6185 29 Oct 12 nicklas 411           data-multiple="1" data-options="<%=HTML.encodeTags(jsonAnnotationTypes.toJSONString())%>">
5959 14 Feb 12 nicklas 412           <table>
5959 14 Feb 12 nicklas 413           <tr>
6612 21 Nov 14 nicklas 414             <td>
6612 21 Nov 14 nicklas 415             <input type="hidden" class="multiselect-hidden" name="annotationtype_id" value="">            
6612 21 Nov 14 nicklas 416             <input type="text" class="text multiselect-display" name="display:annotationTypes" title="Click to select experimental factor" style="width: calc(100% - 7px);"></td>
6143 20 Sep 12 nicklas 417             <td class="dropdown">
6185 29 Oct 12 nicklas 418               <base:icon image="mini_scroll_down.png" />
5959 14 Feb 12 nicklas 419             </td>
5959 14 Feb 12 nicklas 420             </tr>
5959 14 Feb 12 nicklas 421           </table>
5959 14 Feb 12 nicklas 422         </div>
5940 31 Jan 12 nicklas 423           <%
5106 29 Sep 09 nicklas 424           for (Map.Entry<AnnotationType, AnnotationSummary> entry : selectedAnnotationTypes.entrySet())
5106 29 Sep 09 nicklas 425           {
5106 29 Sep 09 nicklas 426             AnnotationType at = entry.getKey();
5106 29 Sep 09 nicklas 427             AnnotationSummary summary = entry.getValue();
5106 29 Sep 09 nicklas 428             %>
5940 31 Jan 12 nicklas 429             <table class="annotationsummary">
5106 29 Sep 09 nicklas 430             <tr>
6612 21 Nov 14 nicklas 431               <td class="summaryheader bg-filled-100"><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></td>
6612 21 Nov 14 nicklas 432               <td class="plotheader bg-filled-100"><base:icon
6315 06 Sep 13 nicklas 433                 subclass="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 434                 data-auto-init="annotation-plot"
6315 06 Sep 13 nicklas 435                 data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 436                 image="plotter.png"
5138 16 Oct 09 nicklas 437                 tooltip="Box plot for selected spot data per annotation group"
5138 16 Oct 09 nicklas 438               /></td>
5106 29 Sep 09 nicklas 439               <%
5106 29 Sep 09 nicklas 440               for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
5106 29 Sep 09 nicklas 441               {
5106 29 Sep 09 nicklas 442                 %>
5940 31 Jan 12 nicklas 443                 <td class="groupheader" style="background: <%=ag.getColor()%>;">
5106 29 Sep 09 nicklas 444                 <%=ag.getTitle()%>
5106 29 Sep 09 nicklas 445                 </td>
5106 29 Sep 09 nicklas 446                 <%
5106 29 Sep 09 nicklas 447               }
5106 29 Sep 09 nicklas 448               %>
5106 29 Sep 09 nicklas 449               </tr>
5106 29 Sep 09 nicklas 450               <%
5106 29 Sep 09 nicklas 451               for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
5106 29 Sep 09 nicklas 452               {
5106 29 Sep 09 nicklas 453                 %>
5106 29 Sep 09 nicklas 454                 <tr>
6612 21 Nov 14 nicklas 455                 <td colspan="2" class="bg-filled-100">Mean ch <%=ch%> int.</td>
5106 29 Sep 09 nicklas 456                 <%
5106 29 Sep 09 nicklas 457                 for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
5106 29 Sep 09 nicklas 458                 {
5106 29 Sep 09 nicklas 459                   %>
5140 19 Oct 09 nicklas 460                   <td class="value" style="background: <%=ag.getColor()%>;"
5140 19 Oct 09 nicklas 461                     id="mean.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>.ch<%=ch%>"></td>
5106 29 Sep 09 nicklas 462                   <%
5106 29 Sep 09 nicklas 463                 }
5106 29 Sep 09 nicklas 464                 %>
5106 29 Sep 09 nicklas 465                 </tr>
5106 29 Sep 09 nicklas 466                 <%
5106 29 Sep 09 nicklas 467               }
5106 29 Sep 09 nicklas 468               if (hasRatio)
5106 29 Sep 09 nicklas 469               {
5106 29 Sep 09 nicklas 470                 %>
5106 29 Sep 09 nicklas 471                 <tr>
6612 21 Nov 14 nicklas 472                 <td colspan="2" class="bg-filled-100" title="The geometric mean of the ratios">G. mean ratio</td>
5106 29 Sep 09 nicklas 473                 <%
5106 29 Sep 09 nicklas 474                 for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
5106 29 Sep 09 nicklas 475                 {
5106 29 Sep 09 nicklas 476                   %>
5140 19 Oct 09 nicklas 477                   <td class="value" style="background: <%=ag.getColor()%>;"
5140 19 Oct 09 nicklas 478                     id="gmean.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>"></td>
5106 29 Sep 09 nicklas 479                   <%
5106 29 Sep 09 nicklas 480                 }
5106 29 Sep 09 nicklas 481                 %>
5106 29 Sep 09 nicklas 482                 </tr>
5106 29 Sep 09 nicklas 483                 <tr>
6612 21 Nov 14 nicklas 484                 <td colspan="2" class="bg-filled-100" title="Standard deviation of log2 ratios">log2ratio SD</td>
5106 29 Sep 09 nicklas 485                 <%
5106 29 Sep 09 nicklas 486                 for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
5106 29 Sep 09 nicklas 487                 {
5106 29 Sep 09 nicklas 488                   %>
5140 19 Oct 09 nicklas 489                   <td class="value" style="background: <%=ag.getColor()%>;"
5140 19 Oct 09 nicklas 490                     id="sd.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>"></td>
5106 29 Sep 09 nicklas 491                   <%
5106 29 Sep 09 nicklas 492                 }
5106 29 Sep 09 nicklas 493                 %>
5106 29 Sep 09 nicklas 494                 </tr>
5106 29 Sep 09 nicklas 495                 <%
5139 19 Oct 09 nicklas 496               }
5139 19 Oct 09 nicklas 497               %>
5139 19 Oct 09 nicklas 498               <tr>
6612 21 Nov 14 nicklas 499               <td colspan="2" class="bg-filled-100" title="The number of spots falling in this group">Count</td>
5139 19 Oct 09 nicklas 500               <%
5139 19 Oct 09 nicklas 501               for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
5139 19 Oct 09 nicklas 502               {
5107 29 Sep 09 nicklas 503                 %>
5140 19 Oct 09 nicklas 504                 <td class="value" style="background: <%=ag.getColor()%>;"
5140 19 Oct 09 nicklas 505                   id="count.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>"></td>
5107 29 Sep 09 nicklas 506                 <%
5106 29 Sep 09 nicklas 507               }
5106 29 Sep 09 nicklas 508               %>
5139 19 Oct 09 nicklas 509               </tr>
5106 29 Sep 09 nicklas 510             </table>
5940 31 Jan 12 nicklas 511           <%
5106 29 Sep 09 nicklas 512           }
5106 29 Sep 09 nicklas 513         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 514       </form>
5106 29 Sep 09 nicklas 515     </base:section>
2502 09 Aug 06 nicklas 516     <%
2502 09 Aug 06 nicklas 517     if (cc.getMessage() != null)
2502 09 Aug 06 nicklas 518     {
2502 09 Aug 06 nicklas 519       %>
5940 31 Jan 12 nicklas 520       <div class="messagecontainer error"><%=HTML.encodeTags(cc.getMessage())%></div>
2502 09 Aug 06 nicklas 521       <%
2502 09 Aug 06 nicklas 522       cc.setMessage(null);
2502 09 Aug 06 nicklas 523     }
2502 09 Aug 06 nicklas 524     %>
2531 16 Aug 06 nicklas 525     <%
2531 16 Aug 06 nicklas 526     if (spotData != null)
2531 16 Aug 06 nicklas 527     {
2733 16 Oct 06 nicklas 528       Formatter<Number> numberFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
2531 16 Aug 06 nicklas 529       %>
5940 31 Jan 12 nicklas 530       <form name="spotIndex" action="index.jsp" method="post">
5940 31 Jan 12 nicklas 531       <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
5940 31 Jan 12 nicklas 532       <input type="hidden" name="bioassayset_id" value="<%=bioAssaySetId%>">
5940 31 Jan 12 nicklas 533       <input type="hidden" name="cmd" value="SetSpotIndex">
6612 21 Nov 14 nicklas 534       <tbl:toolbar subclass="topborder bg-filled-50">
6612 21 Nov 14 nicklas 535         <tbl:label subclass="bg-filled-100" style="padding: 0px 2px 0px 6px;">
5940 31 Jan 12 nicklas 536         Current spot
6315 06 Sep 13 nicklas 537         <input name="newSpotIndex" id="newSpotIndex" 
6315 06 Sep 13 nicklas 538           data-max-index="<%=matchingPositions%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 539           type="text" class="text" value="<%=positionIndex == -1 ? "all" : positionIndex == -2 ? "avg" : String.valueOf(positionIndex+1)%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 540           size="6" maxlength="8" title="Enter a number between 1 and <%=matchingPositions%>">
5940 31 Jan 12 nicklas 541           of <%=matchingPositions%>
5940 31 Jan 12 nicklas 542           <%
6315 06 Sep 13 nicklas 543           if (positionIndex == 0)
5940 31 Jan 12 nicklas 544           {
5940 31 Jan 12 nicklas 545             %>
5946 03 Feb 12 nicklas 546             <base:icon image="first.png" enabled="false" />
5940 31 Jan 12 nicklas 547             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 548           }
5940 31 Jan 12 nicklas 549           else
5940 31 Jan 12 nicklas 550           {
5940 31 Jan 12 nicklas 551             %>
6143 20 Sep 12 nicklas 552             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=0"
5946 03 Feb 12 nicklas 553               title="Go the first position"><base:icon image="first.png" /></a>
6315 06 Sep 13 nicklas 554             <%
6315 06 Sep 13 nicklas 555           }
6315 06 Sep 13 nicklas 556           if (positionIndex <= 0)
6315 06 Sep 13 nicklas 557           {
6315 06 Sep 13 nicklas 558             %>
6315 06 Sep 13 nicklas 559             <base:icon image="previous.png" enabled="false" />
6315 06 Sep 13 nicklas 560             <%
6315 06 Sep 13 nicklas 561           }
6315 06 Sep 13 nicklas 562           else
6315 06 Sep 13 nicklas 563           {
6315 06 Sep 13 nicklas 564             %>
6143 20 Sep 12 nicklas 565             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=<%=positionIndex-1%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 566               title="Go the previous position"><base:icon image="previous.png" /></a>
5940 31 Jan 12 nicklas 567             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 568           }
5940 31 Jan 12 nicklas 569           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 570           &nbsp;&nbsp;
5940 31 Jan 12 nicklas 571           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 572           if (positionIndex == matchingPositions - 1 || positionIndex < 0)
5940 31 Jan 12 nicklas 573           {
5940 31 Jan 12 nicklas 574             %>
5946 03 Feb 12 nicklas 575             <base:icon image="next.png" enabled="false" />
5940 31 Jan 12 nicklas 576             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 577           }
5940 31 Jan 12 nicklas 578           else
5940 31 Jan 12 nicklas 579           {
5940 31 Jan 12 nicklas 580             %>
6143 20 Sep 12 nicklas 581             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=<%=positionIndex+1%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 582               title="Go the next position"><base:icon image="next.png" /></a>
5940 31 Jan 12 nicklas 583             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 584           }
5940 31 Jan 12 nicklas 585           if (positionIndex == matchingPositions - 1)
5940 31 Jan 12 nicklas 586           {
5940 31 Jan 12 nicklas 587             %>
5946 03 Feb 12 nicklas 588             <base:icon image="last.png" enabled="false" />
5940 31 Jan 12 nicklas 589             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 590           }
5940 31 Jan 12 nicklas 591           else
5940 31 Jan 12 nicklas 592           {
5940 31 Jan 12 nicklas 593             %>
6143 20 Sep 12 nicklas 594             <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=<%=matchingPositions-1%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 595               title="Go the last position"><base:icon image="last.png" /></a>
5940 31 Jan 12 nicklas 596             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 597           }
5940 31 Jan 12 nicklas 598           %>
6143 20 Sep 12 nicklas 599           [ <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=-1"
5940 31 Jan 12 nicklas 600             title="Show all positions">all</a>
6143 20 Sep 12 nicklas 601           | <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=-2"
5940 31 Jan 12 nicklas 602             title="Calculate average values for each bioassay">avg</a>
5940 31 Jan 12 nicklas 603           ]
5940 31 Jan 12 nicklas 604         </tbl:label>
2487 04 Aug 06 nicklas 605         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 606           id="btnSpotColumns"
5945 02 Feb 12 nicklas 607           image="columns.png" 
2487 04 Aug 06 nicklas 608           title="Columns&hellip;" 
2487 04 Aug 06 nicklas 609           tooltip="Show, hide and re-order columns" 
2487 04 Aug 06 nicklas 610         />
5114 02 Oct 09 nicklas 611         <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 612           id="btnAssayPlot"
5946 03 Feb 12 nicklas 613           image="plotter.png"
5114 02 Oct 09 nicklas 614           title="Plot&hellip;"
5114 02 Oct 09 nicklas 615           tooltip="Plot selected data from this table"
5114 02 Oct 09 nicklas 616         />
2487 04 Aug 06 nicklas 617       </tbl:toolbar>
5940 31 Jan 12 nicklas 618       </form>
5940 31 Jan 12 nicklas 619       <tbl:table 
5940 31 Jan 12 nicklas 620         id="spotdata" 
5940 31 Jan 12 nicklas 621         columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 622         sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 623         direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 624         action="index.jsp"
5940 31 Jan 12 nicklas 625         sc="<%=sc%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 626         item="<%=itemType%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 627         subcontext="<%=subContext%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 628         >
5940 31 Jan 12 nicklas 629         <tbl:hidden 
5940 31 Jan 12 nicklas 630           name="bioassayset_id" 
5940 31 Jan 12 nicklas 631           value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 632         />
6315 06 Sep 13 nicklas 633         <tbl:hidden 
6315 06 Sep 13 nicklas 634           name="reporter_index" 
6315 06 Sep 13 nicklas 635           value="<%=String.valueOf(reporterIndex)%>" 
6315 06 Sep 13 nicklas 636         />
6315 06 Sep 13 nicklas 637         <tbl:hidden 
6315 06 Sep 13 nicklas 638           name="position_index" 
6315 06 Sep 13 nicklas 639           value="<%=String.valueOf(positionIndex)%>" 
6315 06 Sep 13 nicklas 640         />
2531 16 Aug 06 nicklas 641         <%
5940 31 Jan 12 nicklas 642         for (AnnotationType at : selectedAnnotationTypes.keySet())
2502 09 Aug 06 nicklas 643         {
5940 31 Jan 12 nicklas 644           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 645           <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 646             id="<%="annotation." + at.getId()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 647             title="<%=HTML.encodeTags(at.getName()) %>"
5940 31 Jan 12 nicklas 648             show="always"
5940 31 Jan 12 nicklas 649           />
5940 31 Jan 12 nicklas 650           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 651         }
5940 31 Jan 12 nicklas 652         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 653         <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 654           id="bioassay"
5940 31 Jan 12 nicklas 655           property="COLUMN"
5940 31 Jan 12 nicklas 656           title="Bioassay"
5940 31 Jan 12 nicklas 657           show="always"
5940 31 Jan 12 nicklas 658           sortable="true"
5940 31 Jan 12 nicklas 659         />
5940 31 Jan 12 nicklas 660         <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 661           id="position"
5940 31 Jan 12 nicklas 662           property="POSITION"
5940 31 Jan 12 nicklas 663           title="Position"
5940 31 Jan 12 nicklas 664           show="<%=isAveraging ? "never" : "always" %>"
5940 31 Jan 12 nicklas 665           sortable="true"
5940 31 Jan 12 nicklas 666         />
5940 31 Jan 12 nicklas 667         <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 668           id="count"
5940 31 Jan 12 nicklas 669           title="Count"
5940 31 Jan 12 nicklas 670           show="<%=isAveraging ? "always" : "never" %>"
5940 31 Jan 12 nicklas 671         />
5940 31 Jan 12 nicklas 672         <%
5940 31 Jan 12 nicklas 673         for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
5940 31 Jan 12 nicklas 674         {
5940 31 Jan 12 nicklas 675           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 676           <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 677             id="<%="ch"+ch%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 678             property="<%="%"+ch%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 679             datatype="float"
5940 31 Jan 12 nicklas 680             title="<%="Ch " + ch%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 681             tooltip="<%=transform.isTransformed() ? transform.toString() : null %>"
5940 31 Jan 12 nicklas 682             sortable="true"
5940 31 Jan 12 nicklas 683             filterable="true"
5940 31 Jan 12 nicklas 684             exportable="true"
5940 31 Jan 12 nicklas 685             formatter="<%=numberFormatter%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 686           />
5940 31 Jan 12 nicklas 687           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 688         }
5940 31 Jan 12 nicklas 689         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 690         <%
5940 31 Jan 12 nicklas 691         for (TableColumn tc : spotColumns)
5940 31 Jan 12 nicklas 692         {
5940 31 Jan 12 nicklas 693           %>
5940 31 Jan 12 nicklas 694           <tbl:columndef
5940 31 Jan 12 nicklas 695             id="<%=tc.getId()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 696             property="<%=tc.getProperty()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 697             datatype="<%=tc.getDatatype().getStringValue()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 698             title="<%=HTML.encodeTags(tc.getTitle())%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 699             sortable="<%=tc.getSortable()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 700             filterable="<%=tc.getFilterable()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 701             exportable="<%=tc.getExportable()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 702             show="<%=!isAveraging || tc.isAveragable() ? tc.getShow() : "never"%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 703             formatter="<%=tc.getFormatter()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 704           />
5940 31 Jan 12 nicklas 705           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 706         }
5940 31 Jan 12 nicklas 707         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 708         <tbl:data style="border-left: 0px; border-right: 0px;">
5940 31 Jan 12 nicklas 709           <tbl:headers>
5959 14 Feb 12 nicklas 710             <tbl:headerrow>
5940 31 Jan 12 nicklas 711               <tbl:columnheaders />
5959 14 Feb 12 nicklas 712             </tbl:headerrow>
5940 31 Jan 12 nicklas 713           </tbl:headers>
5940 31 Jan 12 nicklas 714           <tbl:rows>
5940 31 Jan 12 nicklas 715           <%
5940 31 Jan 12 nicklas 716           int index = 0;
5940 31 Jan 12 nicklas 717           float[] intensity = new float[channels+1];
5940 31 Jan 12 nicklas 718           while (spotData.hasNext())
5105 28 Sep 09 nicklas 719           {
5940 31 Jan 12 nicklas 720             SqlResult item = spotData.next();
5940 31 Jan 12 nicklas 721             index++;
5940 31 Jan 12 nicklas 722             BioAssay bioAssay = explorer.getBioAssay(dc, item.getShort(1));
5940 31 Jan 12 nicklas 723             for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
2490 08 Aug 06 nicklas 724             {
5940 31 Jan 12 nicklas 725               intensity[ch] = item.getFloat(2+ch);
5940 31 Jan 12 nicklas 726             }
5940 31 Jan 12 nicklas 727             %>
5940 31 Jan 12 nicklas 728             <tbl:row>
5940 31 Jan 12 nicklas 729               <%
5940 31 Jan 12 nicklas 730               for (Map.Entry<AnnotationType, AnnotationSummary> entry : selectedAnnotationTypes.entrySet())
2514 11 Aug 06 nicklas 731               {
5940 31 Jan 12 nicklas 732                 AnnotationType at = entry.getKey();
5940 31 Jan 12 nicklas 733                 AnnotationGroup annotationGroup = entry.getValue().getAnnotationGroup(bioAssay.getDataCubeColumnNo());
5940 31 Jan 12 nicklas 734                 String allValues = annotationGroup.getTitle();
5940 31 Jan 12 nicklas 735                 if (hasRatio)
5940 31 Jan 12 nicklas 736                 {
5940 31 Jan 12 nicklas 737                   float logRatio = (float)(Math.log(transform.unTransform(intensity[1]) / transform.unTransform(intensity[2])));
5940 31 Jan 12 nicklas 738                   annotationGroup.addStatistics("logratio", logRatio);
5940 31 Jan 12 nicklas 739                   annotationGroup.addStatistics("logratio2", logRatio * logRatio);
5940 31 Jan 12 nicklas 740                 }
5940 31 Jan 12 nicklas 741                 for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
5940 31 Jan 12 nicklas 742                 {
5940 31 Jan 12 nicklas 743                   annotationGroup.addValue(ch, (float)transform.unTransform(intensity[ch]));
5940 31 Jan 12 nicklas 744                 }
5940 31 Jan 12 nicklas 745                 %>
5940 31 Jan 12 nicklas 746                 <tbl:cell column="<%="annotation."+at.getId()%>" style="<%="background: "+annotationGroup.getColor()+";"%>">
5940 31 Jan 12 nicklas 747                 <%=allValues%>
5940 31 Jan 12 nicklas 748                 </tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 749                 <%
4916 30 Apr 09 nicklas 750               }
5940 31 Jan 12 nicklas 751               %>
5940 31 Jan 12 nicklas 752               <tbl:cell column="bioassay"><%=Base.getLinkedName(ID, bioAssay, false, true)%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 753               <tbl:cell column="position"><%=item.getInt(2)%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 754               <tbl:cell column="count"><%=item.getInt(2)%></tbl:cell>
5940 31 Jan 12 nicklas 755               <%
5105 28 Sep 09 nicklas 756               for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
5105 28 Sep 09 nicklas 757               {
5940 31 Jan 12 nicklas 758                 %>
5940 31 Jan 12 nicklas 759                 <tbl:cell column="<%="ch" + ch%>" value="<%=intensity[ch]%>" />
5940 31 Jan 12 nicklas 760                 <%
5105 28 Sep 09 nicklas 761               }
4916 30 Apr 09 nicklas 762               %>
2502 09 Aug 06 nicklas 763               <%
5940 31 Jan 12 nicklas 764               int colIndex = 3 + channels;
5940 31 Jan 12 nicklas 765               for (String columnId : selected.selectedIds)
5940 31 Jan 12 nicklas 766               {
5940 31 Jan 12 nicklas 767                 %>
5940 31 Jan 12 nicklas 768                 <tbl:cell column="<%=columnId%>" value="<%=item.getObject(colIndex++)%>" />
5940 31 Jan 12 nicklas 769                 <%
5940 31 Jan 12 nicklas 770               }
2514 11 Aug 06 nicklas 771               %>
5940 31 Jan 12 nicklas 772             </tbl:row>
2514 11 Aug 06 nicklas 773             <%
5940 31 Jan 12 nicklas 774           }
5940 31 Jan 12 nicklas 775         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 776         </tbl:rows>
5940 31 Jan 12 nicklas 777         </tbl:data>
2487 04 Aug 06 nicklas 778       </tbl:table>
2514 11 Aug 06 nicklas 779       <%
2531 16 Aug 06 nicklas 780       }
2531 16 Aug 06 nicklas 781       %>
6315 06 Sep 13 nicklas 782       <%
6315 06 Sep 13 nicklas 783       JSONArray jsonAnnotationSummary = new JSONArray();
6315 06 Sep 13 nicklas 784       for (Map.Entry<AnnotationType, AnnotationSummary> entry : selectedAnnotationTypes.entrySet())
2514 11 Aug 06 nicklas 785       {
6315 06 Sep 13 nicklas 786         AnnotationType at = entry.getKey();
6315 06 Sep 13 nicklas 787         AnnotationSummary summary = entry.getValue();
6315 06 Sep 13 nicklas 788         if (summary != null)
2514 11 Aug 06 nicklas 789         {
6315 06 Sep 13 nicklas 790           JSONObject jsonAnnotationType = new JSONObject();
6315 06 Sep 13 nicklas 791           jsonAnnotationType.put("id", at.getId());
6315 06 Sep 13 nicklas 792           jsonAnnotationSummary.add(jsonAnnotationType);
6315 06 Sep 13 nicklas 793           
6315 06 Sep 13 nicklas 794           JSONArray jsonGroups = new JSONArray();
6315 06 Sep 13 nicklas 795           jsonAnnotationType.put("groups", jsonGroups);
6315 06 Sep 13 nicklas 796           
6315 06 Sep 13 nicklas 797           for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
2514 11 Aug 06 nicklas 798           {
6315 06 Sep 13 nicklas 799             JSONObject jsonGroup = new JSONObject();
6315 06 Sep 13 nicklas 800             jsonGroups.add(jsonGroup);
6315 06 Sep 13 nicklas 801             jsonGroup.put("id", ag.getId());
6315 06 Sep 13 nicklas 802             jsonGroup.put("count", ag.getCount(1));
6315 06 Sep 13 nicklas 803             
6315 06 Sep 13 nicklas 804             JSONArray jsonCh = new JSONArray();
6315 06 Sep 13 nicklas 805             jsonGroup.put("mean", jsonCh);
6315 06 Sep 13 nicklas 806             for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
5322 22 Apr 10 nicklas 807             {
6315 06 Sep 13 nicklas 808               jsonCh.add(Values.formatNumber(ag.getMean(ch), 2));
5322 22 Apr 10 nicklas 809             }
6315 06 Sep 13 nicklas 810             if (hasRatio)
6315 06 Sep 13 nicklas 811             {
6315 06 Sep 13 nicklas 812               float r = ag.getStatistics("logratio");
6315 06 Sep 13 nicklas 813               int count = ag.getCount(1);
6315 06 Sep 13 nicklas 814               float gMean = count > 0 ? (float)Math.exp(r / count) : Float.NaN;
6315 06 Sep 13 nicklas 815               float sd = count > 1 ? 
6315 06 Sep 13 nicklas 816                 (float)Math.sqrt((ag.getStatistics("logratio2") - r * (r / count))/(count-1))
6315 06 Sep 13 nicklas 817                 : Float.NaN;
6315 06 Sep 13 nicklas 818               jsonGroup.put("gmean", Values.formatNumber(gMean, 2));
6315 06 Sep 13 nicklas 819               jsonGroup.put("sd", Values.formatNumber(sd, 2));
6315 06 Sep 13 nicklas 820             }
2514 11 Aug 06 nicklas 821           }
5322 22 Apr 10 nicklas 822         }
2514 11 Aug 06 nicklas 823       }
6315 06 Sep 13 nicklas 824       %>
6387 18 Dec 13 nicklas 825       <div id="annotation-summary" class="datacontainer"
6315 06 Sep 13 nicklas 826         data-channels="<%=channels%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 827         data-summary="<%=HTML.encodeTags(jsonAnnotationSummary.toJSONString()) %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 828       ></div>
5940 31 Jan 12 nicklas 829       <%
5940 31 Jan 12 nicklas 830     }
5940 31 Jan 12 nicklas 831     %>
5940 31 Jan 12 nicklas 832     </t:tab>
5940 31 Jan 12 nicklas 833     </t:tabcontrol>
2487 04 Aug 06 nicklas 834
2487 04 Aug 06 nicklas 835   </base:body>
2487 04 Aug 06 nicklas 836   </base:page>
2487 04 Aug 06 nicklas 837   <%
2487 04 Aug 06 nicklas 838 }
2487 04 Aug 06 nicklas 839 finally
2487 04 Aug 06 nicklas 840 {
2502 09 Aug 06 nicklas 841   if (spotData != null) spotData.close();
2487 04 Aug 06 nicklas 842   if (dc != null) dc.close();
2487 04 Aug 06 nicklas 843 }
2487 04 Aug 06 nicklas 844
2487 04 Aug 06 nicklas 845 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)