www/views/experiments/rootrawbioassays/view_bioassay.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6916 22 May 15 nicklas 1 <%-- $Id: view_bioassay.jsp 6909 2015-05-18 06:48:30Z nicklas $
6916 22 May 15 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
6916 22 May 15 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
6916 22 May 15 nicklas 4
6916 22 May 15 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6916 22 May 15 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
6916 22 May 15 nicklas 7
6916 22 May 15 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6916 22 May 15 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
6916 22 May 15 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6916 22 May 15 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
6916 22 May 15 nicklas 12
6916 22 May 15 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6916 22 May 15 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6916 22 May 15 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6916 22 May 15 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
6916 22 May 15 nicklas 17
6916 22 May 15 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
6916 22 May 15 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6916 22 May 15 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
6916 22 May 15 nicklas 21
6916 22 May 15 nicklas 22
6916 22 May 15 nicklas 23   @author Nicklas
6916 22 May 15 nicklas 24   @version 2.0
6916 22 May 15 nicklas 25 --%>
6916 22 May 15 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
6916 22 May 15 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6916 22 May 15 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
6916 22 May 15 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
6916 22 May 15 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
6916 22 May 15 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Permission"
6916 22 May 15 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
6916 22 May 15 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
6916 22 May 15 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.RootRawBioAssay"
6916 22 May 15 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Type"
6942 31 Aug 15 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Unit"
6916 22 May 15 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
6916 22 May 15 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
6916 22 May 15 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
6916 22 May 15 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
6916 22 May 15 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
6916 22 May 15 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
6916 22 May 15 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.Include"
6916 22 May 15 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
6916 22 May 15 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
6916 22 May 15 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
6916 22 May 15 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.Subtypable"
6916 22 May 15 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
6916 22 May 15 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
6916 22 May 15 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
6916 22 May 15 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
6916 22 May 15 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
6916 22 May 15 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
6916 22 May 15 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
6916 22 May 15 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
6916 22 May 15 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
6916 22 May 15 nicklas 57   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
6916 22 May 15 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
6942 31 Aug 15 nicklas 59   import="net.sf.basedb.util.units.UnitConverter"
6916 22 May 15 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
6916 22 May 15 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
6916 22 May 15 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
6916 22 May 15 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
6916 22 May 15 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6916 22 May 15 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
6916 22 May 15 nicklas 66   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
6916 22 May 15 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
6916 22 May 15 nicklas 69   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
6916 22 May 15 nicklas 70   import="net.sf.basedb.util.Values"
6916 22 May 15 nicklas 71   import="java.util.Map"
6916 22 May 15 nicklas 72   import="java.util.List"
6916 22 May 15 nicklas 73   import="java.util.HashMap"
6916 22 May 15 nicklas 74   import="java.util.LinkedList"
6942 31 Aug 15 nicklas 75   import="java.util.Date"
6916 22 May 15 nicklas 76 %>
6916 22 May 15 nicklas 77 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6916 22 May 15 nicklas 78 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
6916 22 May 15 nicklas 79 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
6916 22 May 15 nicklas 80 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
6916 22 May 15 nicklas 81 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
6916 22 May 15 nicklas 82 <%!
6916 22 May 15 nicklas 83   private static final Item itemType = Item.ROOTRAWBIOASSAY;
6916 22 May 15 nicklas 84   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
6916 22 May 15 nicklas 85 %>
6916 22 May 15 nicklas 86 <%
6916 22 May 15 nicklas 87 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
6916 22 May 15 nicklas 88 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
6916 22 May 15 nicklas 89 final int itemId = cc.getId();
6916 22 May 15 nicklas 90 final String ID = sc.getId();
6916 22 May 15 nicklas 91 final float scale = Base.getScale(sc);
6916 22 May 15 nicklas 92 final String tabId = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
7954 12 May 21 nicklas 93 final DbControl dc = sc.newDbControl(":View "+itemType);
6916 22 May 15 nicklas 94 try
6916 22 May 15 nicklas 95 {
6916 22 May 15 nicklas 96   RootRawBioAssay bioAssay = RootRawBioAssay.getById(dc, itemId);
6916 22 May 15 nicklas 97   Experiment experiment = bioAssay.getExperiment();
6916 22 May 15 nicklas 98   String title = null;
6916 22 May 15 nicklas 99   
6916 22 May 15 nicklas 100   ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
6916 22 May 15 nicklas 101   efQuery.include(Include.ALL);
6916 22 May 15 nicklas 102   efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
6916 22 May 15 nicklas 103   ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
6916 22 May 15 nicklas 104   SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
6916 22 May 15 nicklas 105   AnnotationSetSnapshot snapshot = bioAssay.isAnnotated() ? 
6916 22 May 15 nicklas 106     manager.getSnapshot(dc, bioAssay.getAnnotationSet().getId()) : null;
6916 22 May 15 nicklas 107
6962 01 Oct 15 nicklas 108   Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
6916 22 May 15 nicklas 109   final boolean writePermission = bioAssay.hasPermission(Permission.WRITE);
6916 22 May 15 nicklas 110   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
6916 22 May 15 nicklas 111   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 112   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
6916 22 May 15 nicklas 113   %>
6916 22 May 15 nicklas 114   <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
6916 22 May 15 nicklas 115   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
6916 22 May 15 nicklas 116     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
6916 22 May 15 nicklas 117     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
6942 31 Aug 15 nicklas 118     <style>
6942 31 Aug 15 nicklas 119     .edit-experimental-factor
6942 31 Aug 15 nicklas 120     {
6942 31 Aug 15 nicklas 121        float: right;
6942 31 Aug 15 nicklas 122     }
6942 31 Aug 15 nicklas 123     </style>
6916 22 May 15 nicklas 124   </base:head>
6916 22 May 15 nicklas 125   <base:body>
6916 22 May 15 nicklas 126     <p:path><p:pathelement 
6916 22 May 15 nicklas 127       title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
6916 22 May 15 nicklas 128       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
6916 22 May 15 nicklas 129         href="<%="../index.jsp?ID="+ID+"&amp;cmd=ViewItem&amp;item_id="+experiment.getId()%>"
6916 22 May 15 nicklas 130       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%>"
6916 22 May 15 nicklas 131       /></p:path>
6916 22 May 15 nicklas 132     <div id="page-data" data-item-id="<%=itemId%>"></div>
6916 22 May 15 nicklas 133
6916 22 May 15 nicklas 134     <t:tabcontrol 
6916 22 May 15 nicklas 135       id="main" 
6916 22 May 15 nicklas 136       subclass="content mastertabcontrol"
6916 22 May 15 nicklas 137       active="<%=tabId%>">
6916 22 May 15 nicklas 138     <t:tab id="properties" title="Properties">
6916 22 May 15 nicklas 139       <div>
6916 22 May 15 nicklas 140       <table class="fullform bottomborder">
6916 22 May 15 nicklas 141       <tr>
6916 22 May 15 nicklas 142         <th class="itemstatus">
6916 22 May 15 nicklas 143         </th>
6916 22 May 15 nicklas 144         <td style="padding: 0px;">
6916 22 May 15 nicklas 145           <tbl:toolbar subclass="bottomborder bg-filled-50">
6916 22 May 15 nicklas 146             <tbl:button 
6916 22 May 15 nicklas 147               id="btnEdit"
6916 22 May 15 nicklas 148               disabled="<%=!writePermission%>" 
6916 22 May 15 nicklas 149               image="edit.png" 
6916 22 May 15 nicklas 150               title="Edit&hellip;" 
6916 22 May 15 nicklas 151               tooltip="<%=writePermission ? "Edit this bioassay" : "You do not have permission to edit this bioassay"%>" 
6916 22 May 15 nicklas 152             />
6916 22 May 15 nicklas 153             <tbl:button 
6916 22 May 15 nicklas 154               id="btnImport"
6916 22 May 15 nicklas 155               image="import.png" 
6916 22 May 15 nicklas 156               data-plugin-type="IMPORT"  
6916 22 May 15 nicklas 157               title="Import&hellip;" 
6916 22 May 15 nicklas 158               tooltip="Import data" 
6916 22 May 15 nicklas 159               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
6916 22 May 15 nicklas 160             />
6916 22 May 15 nicklas 161             <tbl:button 
6916 22 May 15 nicklas 162               id="btnExport"
6916 22 May 15 nicklas 163               image="export.png"
6916 22 May 15 nicklas 164               data-plugin-type="EXPORT" 
6916 22 May 15 nicklas 165               title="Export&hellip;" 
6916 22 May 15 nicklas 166               tooltip="Export data" 
6916 22 May 15 nicklas 167               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
6916 22 May 15 nicklas 168             />
6916 22 May 15 nicklas 169             <tbl:button 
6916 22 May 15 nicklas 170               id="btnRunPlugin"
6916 22 May 15 nicklas 171               image="runplugin.png"  
6916 22 May 15 nicklas 172               data-plugin-type="OTHER" 
6916 22 May 15 nicklas 173               title="Run plugin&hellip;" 
6916 22 May 15 nicklas 174               tooltip="Run a plugin" 
6916 22 May 15 nicklas 175               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
6916 22 May 15 nicklas 176             />
6916 22 May 15 nicklas 177             <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 178               wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
6916 22 May 15 nicklas 179             <tbl:button
6916 22 May 15 nicklas 180               image="help.png"
6916 22 May 15 nicklas 181               subclass="auto-init"
6916 22 May 15 nicklas 182               data-auto-init="help"
6916 22 May 15 nicklas 183               data-help-id="rootrawbioassay.view.properties"
6916 22 May 15 nicklas 184               title="Help&hellip;"
6916 22 May 15 nicklas 185               tooltip="Get help about this page"
6916 22 May 15 nicklas 186             />
6916 22 May 15 nicklas 187           </tbl:toolbar>
6916 22 May 15 nicklas 188         </td>
6916 22 May 15 nicklas 189       </tr>
6916 22 May 15 nicklas 190       <tr>
6916 22 May 15 nicklas 191         <th>Name</th>
6916 22 May 15 nicklas 192         <td><%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%></td>
6916 22 May 15 nicklas 193       </tr>
6916 22 May 15 nicklas 194       <tr>
6916 22 May 15 nicklas 195         <th>Parent raw bioassay</th>
6916 22 May 15 nicklas 196         <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="rawBioAssay" />
6916 22 May 15 nicklas 197       <tr>
6916 22 May 15 nicklas 198         <th>Description</th>
6916 22 May 15 nicklas 199         <td><%=HTML.encodeTags(bioAssay.getDescription())%></td>
6916 22 May 15 nicklas 200       </tr>
6916 22 May 15 nicklas 201       </table>
6916 22 May 15 nicklas 202       </div>
6916 22 May 15 nicklas 203
6916 22 May 15 nicklas 204       <base:section 
6916 22 May 15 nicklas 205         id="experimentalFactors" 
6916 22 May 15 nicklas 206         title="<%="Experimental factors (" + experimentalFactors.size() +")"%>"
6916 22 May 15 nicklas 207         context="<%=cc%>"
6916 22 May 15 nicklas 208         >
6916 22 May 15 nicklas 209         <%
6916 22 May 15 nicklas 210         if (experimentalFactors.size() == 0)
6916 22 May 15 nicklas 211         {
6916 22 May 15 nicklas 212           %>
6916 22 May 15 nicklas 213           <div class="messagecontainer note">
6916 22 May 15 nicklas 214           No experimental factors has been added to this experiment 
6916 22 May 15 nicklas 215           (or, you don't have permission to view them).
6916 22 May 15 nicklas 216           </div>
6916 22 May 15 nicklas 217           <%
6916 22 May 15 nicklas 218         }
6916 22 May 15 nicklas 219         else
6916 22 May 15 nicklas 220         {
6916 22 May 15 nicklas 221           %>
6916 22 May 15 nicklas 222           <div style="width: 100%; max-width: 1000px;">
6916 22 May 15 nicklas 223           <tbl:table
6916 22 May 15 nicklas 224             id="tbl.experimentalFactors"
6916 22 May 15 nicklas 225             columns="all"
6916 22 May 15 nicklas 226             action="index.jsp"
6916 22 May 15 nicklas 227             >
6916 22 May 15 nicklas 228             <tbl:hidden name="item_id" value="<%=Integer.toString(itemId)%>" />
6916 22 May 15 nicklas 229             <tbl:columndef 
6916 22 May 15 nicklas 230               id="name"
6916 22 May 15 nicklas 231               title="Name"
6916 22 May 15 nicklas 232             />
6916 22 May 15 nicklas 233             <tbl:columndef
6916 22 May 15 nicklas 234               id="type"
6916 22 May 15 nicklas 235               title="Value type"
6916 22 May 15 nicklas 236             />
6916 22 May 15 nicklas 237             <tbl:columndef
6916 22 May 15 nicklas 238               id="values"
6916 22 May 15 nicklas 239               title="Values"
6916 22 May 15 nicklas 240             />
6916 22 May 15 nicklas 241             <tbl:columndef
6916 22 May 15 nicklas 242               id="item"
6942 31 Aug 15 nicklas 243               title="Parent item"
6916 22 May 15 nicklas 244             />
6916 22 May 15 nicklas 245             <tbl:columndef 
6942 31 Aug 15 nicklas 246               id="note"
6942 31 Aug 15 nicklas 247               title="Note"
6942 31 Aug 15 nicklas 248             />
6962 01 Oct 15 nicklas 249             <tbl:columndef
6962 01 Oct 15 nicklas 250               id="lastModified"
6962 01 Oct 15 nicklas 251               title="Last modified"
6962 01 Oct 15 nicklas 252               formatter="<%=dateTimeFormatter %>"
6962 01 Oct 15 nicklas 253             />
6942 31 Aug 15 nicklas 254             <tbl:columndef 
6916 22 May 15 nicklas 255               id="description"
6916 22 May 15 nicklas 256               title="Description"
6916 22 May 15 nicklas 257             />
6916 22 May 15 nicklas 258             <tbl:data>
6916 22 May 15 nicklas 259               <tbl:headers>
6916 22 May 15 nicklas 260                 <tbl:headerrow>
6916 22 May 15 nicklas 261                   <tbl:columnheaders />
6916 22 May 15 nicklas 262                 </tbl:headerrow>
6916 22 May 15 nicklas 263               </tbl:headers>
6916 22 May 15 nicklas 264               <tbl:rows>
6916 22 May 15 nicklas 265               <%
6916 22 May 15 nicklas 266               AnnotationTypeFilter annotationTypeFilter = new AnnotationTypeFilter();
6916 22 May 15 nicklas 267               for (AnnotationType at : experimentalFactors)
6916 22 May 15 nicklas 268               {
6916 22 May 15 nicklas 269                 Type valueType = at.getValueType();
6916 22 May 15 nicklas 270                 annotationTypeFilter.setAnnotationType(at);
6916 22 May 15 nicklas 271                 List<AnnotationSnapshot> all = snapshot == null ? 
6916 22 May 15 nicklas 272                     null : manager.findAnnotations(dc, snapshot, annotationTypeFilter, true);
6942 31 Aug 15 nicklas 273                 
6942 31 Aug 15 nicklas 274                 List<?> values = null;
7605 26 Feb 19 nicklas 275                 Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
6942 31 Aug 15 nicklas 276                 Nameable parentItem = null;
6942 31 Aug 15 nicklas 277                 String parentType = "";
6916 22 May 15 nicklas 278                 if (all != null && all.size() > 0)
6916 22 May 15 nicklas 279                 {
6916 22 May 15 nicklas 280                   for (AnnotationSnapshot a : all)
6916 22 May 15 nicklas 281                   {
7210 19 Oct 16 nicklas 282                     boolean annotatePermission = a.hasPermission(dc, Permission.WRITE);
6942 31 Aug 15 nicklas 283                     Unit unit = a.getActualUnit(dc);
6942 31 Aug 15 nicklas 284                     UnitConverter converter = null;
6942 31 Aug 15 nicklas 285                     if (unit != null)
6916 22 May 15 nicklas 286                     {
6942 31 Aug 15 nicklas 287                       converter = unit.getUnitConverter(at.getDefaultUnit());
6942 31 Aug 15 nicklas 288                       formatter = unit.getFormatter(formatter);
6916 22 May 15 nicklas 289                     }
6942 31 Aug 15 nicklas 290                     values = a.getActualValues(converter, valueType);
6942 31 Aug 15 nicklas 291
6942 31 Aug 15 nicklas 292                     Date lastModified = a.getThisLastUpdate();
6962 01 Oct 15 nicklas 293                     boolean isUpToDate = a.isUpToDate();
6942 31 Aug 15 nicklas 294                     AnnotationSnapshot inherited = a.getInheritedFrom();
6942 31 Aug 15 nicklas 295                     if (inherited != null)
6916 22 May 15 nicklas 296                     {
7603 22 Feb 19 nicklas 297                       parentType = inherited.getThisItemType().toString();
6942 31 Aug 15 nicklas 298                       if (lastModified == null)
6942 31 Aug 15 nicklas 299                       {
6942 31 Aug 15 nicklas 300                         lastModified = inherited.getThisLastUpdate();
6942 31 Aug 15 nicklas 301                       }
6916 22 May 15 nicklas 302                       try
6916 22 May 15 nicklas 303                       {
6942 31 Aug 15 nicklas 304                         parentItem = (Nameable)inherited.getThisItem(dc);
6942 31 Aug 15 nicklas 305                         if (parentItem instanceof Subtypable)
6942 31 Aug 15 nicklas 306                         {
6942 31 Aug 15 nicklas 307                           ItemSubtype subtype = ((Subtypable)parentItem).getItemSubtype();
6942 31 Aug 15 nicklas 308                           if (subtype != null) parentType = subtype.getName();
6942 31 Aug 15 nicklas 309                         }
6916 22 May 15 nicklas 310                       }
6916 22 May 15 nicklas 311                       catch (PermissionDeniedException ex)
6916 22 May 15 nicklas 312                       {}
6916 22 May 15 nicklas 313                     }
6916 22 May 15 nicklas 314                     %>
6916 22 May 15 nicklas 315                     <tbl:row>
6916 22 May 15 nicklas 316                       <tbl:cell column="name"><base:icon 
6942 31 Aug 15 nicklas 317                         image="deleted.png" 
6942 31 Aug 15 nicklas 318                         tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
6942 31 Aug 15 nicklas 319                         visible="<%=at.isRemoved()%>"
6916 22 May 15 nicklas 320                         /><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
6916 22 May 15 nicklas 321                       <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
6916 22 May 15 nicklas 322                       <tbl:cell column="type">
6916 22 May 15 nicklas 323                         <%=valueType%>
6916 22 May 15 nicklas 324                         <%=at.isEnumeration() ? "(enumeration)" : ""%>
6916 22 May 15 nicklas 325                       </tbl:cell>
6916 22 May 15 nicklas 326                       <tbl:cell column="values">
6942 31 Aug 15 nicklas 327                         <%=Values.getString(values, ", ", true, formatter)%>
6942 31 Aug 15 nicklas 328                         <base:icon id="<%=Integer.toString(a.getThisAnnotationId())%>"
6962 01 Oct 15 nicklas 329                           image="<%=isUpToDate ? "edit.png" : "edit-outofsync.png"%>" 
6962 01 Oct 15 nicklas 330                           subclass="edit-experimental-factor auto-init" 
6962 01 Oct 15 nicklas 331                           data-auto-init="edit-experimental-factor"
6942 31 Aug 15 nicklas 332                           data-item-type="ROOTRAWBIOASSAY" 
6942 31 Aug 15 nicklas 333                           data-item-id="<%=itemId%>" 
6942 31 Aug 15 nicklas 334                           data-annotation-type-id="<%=at.getId()%>"
6942 31 Aug 15 nicklas 335                           data-annotation-id="<%=a.getThisAnnotationId()%>"
7210 19 Oct 16 nicklas 336                           tooltip="Edit this annotation" 
7210 19 Oct 16 nicklas 337                           visible="<%=annotatePermission %>"/>
6916 22 May 15 nicklas 338                       </tbl:cell>
6942 31 Aug 15 nicklas 339                       <tbl:cell column="item">
6942 31 Aug 15 nicklas 340                         <%
6942 31 Aug 15 nicklas 341                         if (parentItem != null)
6942 31 Aug 15 nicklas 342                         {
6942 31 Aug 15 nicklas 343                           %>
6942 31 Aug 15 nicklas 344                           <%=Base.getLinkedName(ID, parentItem, false, true)%>
6942 31 Aug 15 nicklas 345                           <span class="itemsubtype">(<%=parentType%>)</span>
6942 31 Aug 15 nicklas 346                           <%
6942 31 Aug 15 nicklas 347                         }
6942 31 Aug 15 nicklas 348                         else if (a.getSource() == Annotation.Source.CLONED)
6942 31 Aug 15 nicklas 349                         {
6942 31 Aug 15 nicklas 350                           %>
6942 31 Aug 15 nicklas 351                           <i>- missing -</i>
6942 31 Aug 15 nicklas 352                           <%
6942 31 Aug 15 nicklas 353                         }
6942 31 Aug 15 nicklas 354                         %>
6916 22 May 15 nicklas 355                       </tbl:cell>
6942 31 Aug 15 nicklas 356                       <tbl:cell column="note"><%=a.getSource() == Annotation.Source.CLONED ? "Cloned" + (isUpToDate ? "; up-to-date" : "; modified") : "" %></tbl:cell>
6962 01 Oct 15 nicklas 357                       <tbl:cell column="lastModified" value="<%=lastModified %>" />
6916 22 May 15 nicklas 358                     </tbl:row>
6916 22 May 15 nicklas 359                     <%
6916 22 May 15 nicklas 360                   }
6916 22 May 15 nicklas 361                 }
6916 22 May 15 nicklas 362                 else
6916 22 May 15 nicklas 363                 {
6916 22 May 15 nicklas 364                   %>
6916 22 May 15 nicklas 365                   <tbl:row>
6916 22 May 15 nicklas 366                     <tbl:cell column="name"><base:icon 
6942 31 Aug 15 nicklas 367                       image="deleted.png" 
6942 31 Aug 15 nicklas 368                       tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
6942 31 Aug 15 nicklas 369                       visible="<%=at.isRemoved()%>"
6916 22 May 15 nicklas 370                       /><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
6916 22 May 15 nicklas 371                     <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
6916 22 May 15 nicklas 372                     <tbl:cell column="type">
6916 22 May 15 nicklas 373                       <%=valueType%>
6916 22 May 15 nicklas 374                       <%=at.isEnumeration() ? "(enumeration)" : ""%>
6916 22 May 15 nicklas 375                     </tbl:cell>
6916 22 May 15 nicklas 376                   </tbl:row>
6916 22 May 15 nicklas 377                   <%
6916 22 May 15 nicklas 378                 }
6916 22 May 15 nicklas 379               }
6916 22 May 15 nicklas 380               %>
6916 22 May 15 nicklas 381               </tbl:rows>
6916 22 May 15 nicklas 382             </tbl:data>
6916 22 May 15 nicklas 383           </tbl:table>
6916 22 May 15 nicklas 384           <div id="warning.missing" style="display: none; text-align: right;">
6916 22 May 15 nicklas 385             <base:icon image="warning.png" /> = Some raw bioassays are missing this factor value
6916 22 May 15 nicklas 386           </div>
6916 22 May 15 nicklas 387         </div>
6916 22 May 15 nicklas 388         <%
6916 22 May 15 nicklas 389         }
6916 22 May 15 nicklas 390         %>
6916 22 May 15 nicklas 391       </base:section>
6916 22 May 15 nicklas 392
6916 22 May 15 nicklas 393     </t:tab>
6916 22 May 15 nicklas 394     
6916 22 May 15 nicklas 395     <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
6916 22 May 15 nicklas 396       tooltip="View annotation values" clazz="white">
6916 22 May 15 nicklas 397       <jsp:include page="../../../common/annotations/list_frameset.jsp">
6916 22 May 15 nicklas 398         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6916 22 May 15 nicklas 399         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6916 22 May 15 nicklas 400         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6916 22 May 15 nicklas 401       </jsp:include>
6916 22 May 15 nicklas 402     </t:tab>
6916 22 May 15 nicklas 403
6916 22 May 15 nicklas 404     </t:tabcontrol>
6916 22 May 15 nicklas 405
6916 22 May 15 nicklas 406   </base:body>
6916 22 May 15 nicklas 407   </base:page>
6916 22 May 15 nicklas 408   <%
6916 22 May 15 nicklas 409 }
6916 22 May 15 nicklas 410 finally
6916 22 May 15 nicklas 411 {
6916 22 May 15 nicklas 412   if (dc != null) dc.close();
6916 22 May 15 nicklas 413 }
6916 22 May 15 nicklas 414 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)