www/views/experiments/transformations/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2210 03 May 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2210 03 May 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2006 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
2210 03 May 06 nicklas 4
2210 03 May 06 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2210 03 May 06 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
2210 03 May 06 nicklas 7
2210 03 May 06 nicklas 8   This file is part of BASE.
2210 03 May 06 nicklas 9
2210 03 May 06 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2210 03 May 06 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2210 03 May 06 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
2210 03 May 06 nicklas 14
2210 03 May 06 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2210 03 May 06 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2210 03 May 06 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2210 03 May 06 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
2210 03 May 06 nicklas 19
2210 03 May 06 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2210 03 May 06 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
2210 03 May 06 nicklas 23
2210 03 May 06 nicklas 24   @author Nicklas
2210 03 May 06 nicklas 25   @version 2.0
2210 03 May 06 nicklas 26 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2210 03 May 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2210 03 May 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2210 03 May 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Item"
2210 03 May 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Include"
2210 03 May 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2210 03 May 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Transformation"
2210 03 May 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Job"
2210 03 May 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
2210 03 May 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.StringParameterType"
2210 03 May 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.IntegerParameterType"
2210 03 May 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.ItemParameterType"
2210 03 May 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.User"
2210 03 May 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Path"
2210 03 May 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2210 03 May 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
2210 03 May 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2210 03 May 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2210 03 May 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2210 03 May 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
2210 03 May 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2210 03 May 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
2210 03 May 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.query.Restriction"
2210 03 May 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
2210 03 May 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2210 03 May 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.util.BioAssaySetFilterUtil"
2210 03 May 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.util.DynamicFilter"
2210 03 May 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.IncludeExcludeFilter"
2210 03 May 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2210 03 May 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.Values"
2210 03 May 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5503 18 Nov 10 nicklas 59   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 60   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5503 18 Nov 10 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5503 18 Nov 10 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5503 18 Nov 10 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
2210 03 May 06 nicklas 66   import="java.util.Enumeration"
2210 03 May 06 nicklas 67   import="java.util.Set"
2210 03 May 06 nicklas 68   import="java.util.HashSet"
2210 03 May 06 nicklas 69   import="java.util.List"
2210 03 May 06 nicklas 70   import="java.util.LinkedList"
2210 03 May 06 nicklas 71   import="java.util.Collections"
2210 03 May 06 nicklas 72   import="java.util.Arrays"
2210 03 May 06 nicklas 73 %>
2210 03 May 06 nicklas 74 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2210 03 May 06 nicklas 75 <%!
2210 03 May 06 nicklas 76   private static final Item itemType = Item.TRANSFORMATION;
2210 03 May 06 nicklas 77 %>
2210 03 May 06 nicklas 78 <%
2210 03 May 06 nicklas 79 final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
2210 03 May 06 nicklas 80
2210 03 May 06 nicklas 81 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2210 03 May 06 nicklas 82 final String ID = sc.getId();
2210 03 May 06 nicklas 83 final String cmd = request.getParameter("cmd");
2210 03 May 06 nicklas 84 final String root = request.getContextPath()+"/";
2210 03 May 06 nicklas 85 final String itemId = request.getParameter("item_id");
2210 03 May 06 nicklas 86
2210 03 May 06 nicklas 87 final String viewPage = "view_transformation.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
2210 03 May 06 nicklas 88 final String editPage = "edit_transformation.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
2210 03 May 06 nicklas 89
2210 03 May 06 nicklas 90 sc.getCurrentContext(Item.EXPERIMENT).setId(experimentId);
2210 03 May 06 nicklas 91
2210 03 May 06 nicklas 92 String forward = null;
2210 03 May 06 nicklas 93 String redirect = null;
2210 03 May 06 nicklas 94 String message = null;
2210 03 May 06 nicklas 95 DbControl dc = null;
2210 03 May 06 nicklas 96
2210 03 May 06 nicklas 97 try
2210 03 May 06 nicklas 98 {
6315 06 Sep 13 nicklas 99   if ("List".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 100   {
6315 06 Sep 13 nicklas 101     redirect = "../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
6315 06 Sep 13 nicklas 102   }
6315 06 Sep 13 nicklas 103   else if ("ViewItem".equals(cmd))
6315 06 Sep 13 nicklas 104   {
2210 03 May 06 nicklas 105     // Display the view page for a single item 
2210 03 May 06 nicklas 106     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, null);
2210 03 May 06 nicklas 107     forward = viewPage;
2210 03 May 06 nicklas 108   }
2210 03 May 06 nicklas 109   else if ("EditItem".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 110   {
2210 03 May 06 nicklas 111     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
2210 03 May 06 nicklas 112     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, null);
2210 03 May 06 nicklas 113     redirect = editPage;
2210 03 May 06 nicklas 114   }
2210 03 May 06 nicklas 115   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 116   {
2210 03 May 06 nicklas 117     // Update the properties on an item (will close the popup)
2210 03 May 06 nicklas 118     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
7605 26 Feb 19 nicklas 119     Transformation t = cc.getObject("item");
2210 03 May 06 nicklas 120     if (t != null)
2210 03 May 06 nicklas 121     {
7954 12 May 21 nicklas 122       dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
5060 19 Aug 09 nicklas 123       dc.reattachItem(t, false);
2210 03 May 06 nicklas 124       message = "Transformation updated";
5503 18 Nov 10 nicklas 125       JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.TRANSFORMATION), t);
7604 25 Feb 19 nicklas 126       ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5503 18 Nov 10 nicklas 127       try
5503 18 Nov 10 nicklas 128       {
5503 18 Nov 10 nicklas 129         t.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5503 18 Nov 10 nicklas 130         t.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5503 18 Nov 10 nicklas 131         
5503 18 Nov 10 nicklas 132         // OnSave extensions
5503 18 Nov 10 nicklas 133         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5503 18 Nov 10 nicklas 134         dc.commit();
5503 18 Nov 10 nicklas 135         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5503 18 Nov 10 nicklas 136       }
5503 18 Nov 10 nicklas 137       catch (Exception ex)
5503 18 Nov 10 nicklas 138       {
5503 18 Nov 10 nicklas 139         invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5503 18 Nov 10 nicklas 140         throw ex;
5503 18 Nov 10 nicklas 141       }
5503 18 Nov 10 nicklas 142       finally
5503 18 Nov 10 nicklas 143       {
5503 18 Nov 10 nicklas 144         cc.removeObject("item");
5503 18 Nov 10 nicklas 145       }
2210 03 May 06 nicklas 146     }
2210 03 May 06 nicklas 147   }
2210 03 May 06 nicklas 148   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 149   {
2210 03 May 06 nicklas 150     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 151     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
2210 03 May 06 nicklas 152     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, null);
2526 15 Aug 06 martin 153     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
2210 03 May 06 nicklas 154     dc.commit();
2210 03 May 06 nicklas 155     redirect = viewPage;
2210 03 May 06 nicklas 156   }
2210 03 May 06 nicklas 157   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 158   {
2210 03 May 06 nicklas 159     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 160     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
2210 03 May 06 nicklas 161     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, null);
2526 15 Aug 06 martin 162     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
2210 03 May 06 nicklas 163     dc.commit();
2210 03 May 06 nicklas 164     redirect = viewPage;
2210 03 May 06 nicklas 165   }
2210 03 May 06 nicklas 166   else if ("ExportItem".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 167   {
2210 03 May 06 nicklas 168     // Run an export plugin in single-item context
2210 03 May 06 nicklas 169     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, null);
2210 03 May 06 nicklas 170     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+bioassay+set";
2210 03 May 06 nicklas 171   }
2210 03 May 06 nicklas 172   else if ("ImportItem".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 173   {
2210 03 May 06 nicklas 174     // Run an import plugin in single-item context
2210 03 May 06 nicklas 175     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, null);
2210 03 May 06 nicklas 176     redirect = "../../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+bioassay+set";
2210 03 May 06 nicklas 177   }
2210 03 May 06 nicklas 178   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
2210 03 May 06 nicklas 179   {
2210 03 May 06 nicklas 180     // Run a plugin in single-item context
2210 03 May 06 nicklas 181     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, null);
2210 03 May 06 nicklas 182     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
2210 03 May 06 nicklas 183   }
2210 03 May 06 nicklas 184   else
2210 03 May 06 nicklas 185   {
2210 03 May 06 nicklas 186     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
2210 03 May 06 nicklas 187   }
2210 03 May 06 nicklas 188 }
2210 03 May 06 nicklas 189 finally
2210 03 May 06 nicklas 190 {
2210 03 May 06 nicklas 191   if (dc != null) dc.close();
2210 03 May 06 nicklas 192 }
2210 03 May 06 nicklas 193
2210 03 May 06 nicklas 194 if (forward != null)
2210 03 May 06 nicklas 195 {
6192 31 Oct 12 nicklas 196   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2210 03 May 06 nicklas 197   pageContext.forward(forward);
2210 03 May 06 nicklas 198 }
2210 03 May 06 nicklas 199 else if (redirect != null)
2210 03 May 06 nicklas 200 {
6192 31 Oct 12 nicklas 201   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2210 03 May 06 nicklas 202   response.sendRedirect(redirect);
2210 03 May 06 nicklas 203 }
2210 03 May 06 nicklas 204 else if (message == null)
2210 03 May 06 nicklas 205 {
2210 03 May 06 nicklas 206   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
2210 03 May 06 nicklas 207 }
2210 03 May 06 nicklas 208 else
2210 03 May 06 nicklas 209 {
2210 03 May 06 nicklas 210   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
2210 03 May 06 nicklas 211 }
2210 03 May 06 nicklas 212 %>
2210 03 May 06 nicklas 213

Generated on Sat Oct  7 02:47:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)