www/views/experiments/transformations/view_transformation.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2305 22 May 06 jari 1 <%-- $Id$
2305 22 May 06 jari 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
2305 22 May 06 jari 4
2304 22 May 06 jari 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 6   Available at http://base.thep.lu.se/
2305 22 May 06 jari 7
2305 22 May 06 jari 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2305 22 May 06 jari 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2305 22 May 06 jari 11   of the License, or (at your option) any later version.
2305 22 May 06 jari 12
2305 22 May 06 jari 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2305 22 May 06 jari 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2305 22 May 06 jari 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2305 22 May 06 jari 16   GNU General Public License for more details.
2305 22 May 06 jari 17
2305 22 May 06 jari 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2305 22 May 06 jari 20   ------------------------------------------------------------------
2305 22 May 06 jari 21
2305 22 May 06 jari 22   @author Nicklas
2305 22 May 06 jari 23   @version 2.0
2305 22 May 06 jari 24 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2305 22 May 06 jari 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2305 22 May 06 jari 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2305 22 May 06 jari 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
2305 22 May 06 jari 29   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2305 22 May 06 jari 30   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2305 22 May 06 jari 31   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2305 22 May 06 jari 32   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2210 03 May 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
2210 03 May 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Transformation"
2210 03 May 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Job"
2210 03 May 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2210 03 May 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.PluginConfiguration"
2305 22 May 06 jari 38   import="net.sf.basedb.core.User"
2305 22 May 06 jari 39   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2305 22 May 06 jari 40   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
2305 22 May 06 jari 41   import="net.sf.basedb.core.Include"
2305 22 May 06 jari 42   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2305 22 May 06 jari 43   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2348 01 Jun 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.ParameterInfo"
2210 03 May 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
2216 05 May 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
2216 05 May 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
2216 05 May 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.File"
2305 22 May 06 jari 49   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
2305 22 May 06 jari 50   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
2305 22 May 06 jari 51   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2305 22 May 06 jari 52   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2305 22 May 06 jari 53   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2386 15 Jun 06 martin 54   import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
2305 22 May 06 jari 55   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.Values"
2942 22 Nov 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4871 01 Apr 09 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4871 01 Apr 09 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4871 01 Apr 09 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
4871 01 Apr 09 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
4871 01 Apr 09 nicklas 64   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
2305 22 May 06 jari 65   import="java.util.Date"
2305 22 May 06 jari 66   import="java.util.Map"
2305 22 May 06 jari 67   import="java.util.Set"
2210 03 May 06 nicklas 68   import="java.util.List"
2305 22 May 06 jari 69 %>
2305 22 May 06 jari 70 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2305 22 May 06 jari 71 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
2305 22 May 06 jari 72 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
2305 22 May 06 jari 73 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
4871 01 Apr 09 nicklas 74 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
2305 22 May 06 jari 75 <%!
2305 22 May 06 jari 76   private static final Item itemType = Item.TRANSFORMATION;
2305 22 May 06 jari 77   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
2305 22 May 06 jari 78 %>
2305 22 May 06 jari 79 <%
2305 22 May 06 jari 80 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2305 22 May 06 jari 81 final String ID = sc.getId();
2305 22 May 06 jari 82 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
2210 03 May 06 nicklas 83 final int itemId = cc.getId();
2210 03 May 06 nicklas 84 final String tabId = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
2305 22 May 06 jari 85
2305 22 May 06 jari 86 final float scale = Base.getScale(sc);
2305 22 May 06 jari 87 final String root = request.getContextPath();
7954 12 May 21 nicklas 88 final DbControl dc = sc.newDbControl(":View "+itemType);
2305 22 May 06 jari 89 try
2305 22 May 06 jari 90 {
2942 22 Nov 06 nicklas 91   Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
2942 22 Nov 06 nicklas 92   Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
2305 22 May 06 jari 93   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
2305 22 May 06 jari 94
2210 03 May 06 nicklas 95   String title = null;
2210 03 May 06 nicklas 96   Transformation transformation = Transformation.getById(dc, itemId);
2216 05 May 06 nicklas 97   Experiment experiment = transformation.getExperiment();
2216 05 May 06 nicklas 98   int experimentId = experiment.getId();
2210 03 May 06 nicklas 99   RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
2210 03 May 06 nicklas 100   
2210 03 May 06 nicklas 101   Job job = null;
2210 03 May 06 nicklas 102   boolean readJob = true;
2210 03 May 06 nicklas 103   PluginDefinition plugin = null;
2210 03 May 06 nicklas 104   boolean readPlugin = true;
2210 03 May 06 nicklas 105   PluginConfiguration configuration = null;
2210 03 May 06 nicklas 106   boolean readConfiguration = true;
2210 03 May 06 nicklas 107
2210 03 May 06 nicklas 108   try
2210 03 May 06 nicklas 109   {
2210 03 May 06 nicklas 110     job = transformation.getJob();
2210 03 May 06 nicklas 111   }
2210 03 May 06 nicklas 112   catch (PermissionDeniedException ex)
2210 03 May 06 nicklas 113   {
2210 03 May 06 nicklas 114     readJob = false;
2210 03 May 06 nicklas 115     readPlugin = false;
2210 03 May 06 nicklas 116     readConfiguration = false;
2210 03 May 06 nicklas 117   }
2210 03 May 06 nicklas 118   if (job != null)
2210 03 May 06 nicklas 119   {
2210 03 May 06 nicklas 120     try
2210 03 May 06 nicklas 121     {
2305 22 May 06 jari 122       plugin = job.getPluginDefinition();
2210 03 May 06 nicklas 123     }
2210 03 May 06 nicklas 124     catch (PermissionDeniedException ex)
2210 03 May 06 nicklas 125     {
2210 03 May 06 nicklas 126       readPlugin = false;
2210 03 May 06 nicklas 127     }
2210 03 May 06 nicklas 128     try
2210 03 May 06 nicklas 129     {
2305 22 May 06 jari 130       configuration = job.getPluginConfiguration();
2210 03 May 06 nicklas 131     }
2210 03 May 06 nicklas 132     catch (PermissionDeniedException ex)
2210 03 May 06 nicklas 133     {
2210 03 May 06 nicklas 134       readConfiguration = false;
2210 03 May 06 nicklas 135     }
2305 22 May 06 jari 136   }
2305 22 May 06 jari 137   
2305 22 May 06 jari 138   final boolean writePermission = transformation.hasPermission(Permission.WRITE);
2305 22 May 06 jari 139   final boolean deletePermission = transformation.hasPermission(Permission.DELETE);
6372 06 Dec 13 nicklas 140   boolean copyTransformationAllowed = false;
6372 06 Dec 13 nicklas 141   if (plugin != null && plugin.isInteractive() && plugin.hasPermission(Permission.USE))
6372 06 Dec 13 nicklas 142   {
6372 06 Dec 13 nicklas 143     if (configuration == null || configuration.hasPermission(Permission.USE))
6372 06 Dec 13 nicklas 144     {
6372 06 Dec 13 nicklas 145       copyTransformationAllowed = true;
6372 06 Dec 13 nicklas 146     }
6372 06 Dec 13 nicklas 147   }
4872 02 Apr 09 nicklas 148   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, transformation);
7604 25 Feb 19 nicklas 149   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
2305 22 May 06 jari 150   %>
6315 06 Sep 13 nicklas 151   <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
6388 07 Jan 14 nicklas 152   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~transformations.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,joust-2.css">
4871 01 Apr 09 nicklas 153     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4871 01 Apr 09 nicklas 154     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
2305 22 May 06 jari 155   </base:head>
2305 22 May 06 jari 156   <base:body>
5940 31 Jan 12 nicklas 157     <p:path><p:pathelement 
5940 31 Jan 12 nicklas 158       title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 159       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
6143 20 Sep 12 nicklas 160         href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&amp;experiment_id="+experimentId%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 161       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(transformation.getName())%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 162       /></p:path>
6315 06 Sep 13 nicklas 163     <div id="page-data" 
6315 06 Sep 13 nicklas 164       data-item-id="<%=itemId%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 165       data-experiment-id="<%=experimentId%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 166       data-job-id="<%=job != null ? job.getId() : ""%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 167     ></div>
2305 22 May 06 jari 168     
5940 31 Jan 12 nicklas 169     <t:tabcontrol 
5940 31 Jan 12 nicklas 170       id="main" 
5940 31 Jan 12 nicklas 171       subclass="content mastertabcontrol"
6315 06 Sep 13 nicklas 172       active="<%=tabId%>">
2305 22 May 06 jari 173     <t:tab id="properties" title="Properties">
5940 31 Jan 12 nicklas 174       <div>
5940 31 Jan 12 nicklas 175       <table class="fullform">
5940 31 Jan 12 nicklas 176       <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 177         <th class="itemstatus">
5940 31 Jan 12 nicklas 178           <base:icon 
6315 06 Sep 13 nicklas 179             id="btnDeletePermanently"
5946 03 Feb 12 nicklas 180             image="deleted.png"
5940 31 Jan 12 nicklas 181             tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
5940 31 Jan 12 nicklas 182             enabled="<%=deletePermission %>"
5940 31 Jan 12 nicklas 183             visible="<%=transformation.isRemoved()%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 184           />
5940 31 Jan 12 nicklas 185         </th>
5940 31 Jan 12 nicklas 186         <td style="padding: 0px;">
6605 18 Nov 14 nicklas 187           <tbl:toolbar subclass="bottomborder bg-filled-50">
5940 31 Jan 12 nicklas 188             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 189               id="btnEdit"
5942 01 Feb 12 nicklas 190               disabled="<%=!writePermission%>" 
5945 02 Feb 12 nicklas 191               image="edit.png" 
5940 31 Jan 12 nicklas 192               title="Edit&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 193               tooltip="<%=writePermission ? "Edit this transformation" : "You do not have permission to edit this transformation"%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 194             />
5940 31 Jan 12 nicklas 195             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 196               id="btnDelete"
5942 01 Feb 12 nicklas 197               disabled="<%=!deletePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 198               image="delete.png" 
5940 31 Jan 12 nicklas 199               title="Delete"
5940 31 Jan 12 nicklas 200               visible="<%=!transformation.isRemoved()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 201               tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this transformation" : "You do not have permission to delete this transformation"%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 202             />
5940 31 Jan 12 nicklas 203             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 204               id="btnRestore"
5942 01 Feb 12 nicklas 205               disabled="<%=!writePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 206               image="restore.png" 
5940 31 Jan 12 nicklas 207               title="Restore"
5940 31 Jan 12 nicklas 208               visible="<%=transformation.isRemoved()%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 209               tooltip="<%=writePermission ? "Restore this transformation" : "You do not have permission to restore this transformation"%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 210             />
5940 31 Jan 12 nicklas 211             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 212               id="btnCopyJob"
6372 06 Dec 13 nicklas 213               disabled="<%=!writePermission || !copyTransformationAllowed%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 214               image="copy.png" 
5940 31 Jan 12 nicklas 215               title="Copy&hellip;"
5940 31 Jan 12 nicklas 216               visible="<%=job != null && plugin != null && plugin.isInteractive() %>"
5940 31 Jan 12 nicklas 217               tooltip="<%=writePermission ? "Copy this transformation" : "You do not have permission to copy this transformation"%>" 
5940 31 Jan 12 nicklas 218             />
5940 31 Jan 12 nicklas 219             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 220               id="btnImport"
5946 03 Feb 12 nicklas 221               image="import.png" 
6315 06 Sep 13 nicklas 222               data-plugin-type="IMPORT"  
5940 31 Jan 12 nicklas 223               title="Import&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 224               tooltip="Import data" 
5940 31 Jan 12 nicklas 225               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 226             />
5940 31 Jan 12 nicklas 227             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 228               id="btnExport"
6315 06 Sep 13 nicklas 229               image="export.png"
6315 06 Sep 13 nicklas 230               data-plugin-type="EXPORT" 
5940 31 Jan 12 nicklas 231               title="Export&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 232               tooltip="Export data" 
5940 31 Jan 12 nicklas 233               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 234             />
5940 31 Jan 12 nicklas 235             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 236               id="btnRunPlugin"
6315 06 Sep 13 nicklas 237               image="runplugin.png"  
6315 06 Sep 13 nicklas 238               data-plugin-type="OTHER" 
5940 31 Jan 12 nicklas 239               title="Run plugin&hellip;" 
5940 31 Jan 12 nicklas 240               tooltip="Run a plugin" 
5940 31 Jan 12 nicklas 241               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
5940 31 Jan 12 nicklas 242             />
5940 31 Jan 12 nicklas 243             <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 244               wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
5940 31 Jan 12 nicklas 245             <tbl:button
5940 31 Jan 12 nicklas 246               image="help.png"
6315 06 Sep 13 nicklas 247               subclass="auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 248               data-auto-init="help"
6315 06 Sep 13 nicklas 249               data-help-id="transformation.view.properties"
5940 31 Jan 12 nicklas 250               title="Help&hellip;"
5940 31 Jan 12 nicklas 251               tooltip="Get help about this page"
5940 31 Jan 12 nicklas 252             />
5940 31 Jan 12 nicklas 253           </tbl:toolbar>
5940 31 Jan 12 nicklas 254         </td>
5940 31 Jan 12 nicklas 255       </tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 256       </table>
5940 31 Jan 12 nicklas 257       <table style="width: 100%; height: 15em;" class="bottomborder">
6143 20 Sep 12 nicklas 258       <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 259         <td style="width: 50%; height: 100%;">
5940 31 Jan 12 nicklas 260         <table class="fullform" >
2210 03 May 06 nicklas 261         <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 262           <th>Name</th>
2305 22 May 06 jari 263           <td><%=HTML.encodeTags(transformation.getName())%></td>
2305 22 May 06 jari 264         </tr>
2305 22 May 06 jari 265         <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 266           <th>Experiment</th>
2216 05 May 06 nicklas 267           <td><%=Base.getLinkedName(ID, experiment, false, writePermission)%></td>
2210 03 May 06 nicklas 268         </tr>
2305 22 May 06 jari 269         <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 270           <th>Description</th>
2305 22 May 06 jari 271           <td><%=HTML.niceFormat(transformation.getDescription())%></td>
2210 03 May 06 nicklas 272         </tr>
2210 03 May 06 nicklas 273         <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 274           <th>Job</th>
2216 05 May 06 nicklas 275           <td><%=Base.getLinkedName(ID, job, !readJob, false)%></td>
2210 03 May 06 nicklas 276         </tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 277         <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 278           <th class="subprompt">- started</th>
2210 03 May 06 nicklas 279           <td>
2942 22 Nov 06 nicklas 280             <%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getStarted())%>
2210 03 May 06 nicklas 281           </td>
2210 03 May 06 nicklas 282         </tr>
5905 12 Dec 11 nicklas 283         <tr >
5940 31 Jan 12 nicklas 284           <th class="subprompt">- ended</th>
2210 03 May 06 nicklas 285           <td>
2942 22 Nov 06 nicklas 286             <%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%>
2210 03 May 06 nicklas 287           </td>
2210 03 May 06 nicklas 288         </tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 289         <tr class="dynamic">
5940 31 Jan 12 nicklas 290           <th class="subprompt">- server</th>
2210 03 May 06 nicklas 291           <td>
7265 14 Dec 16 nicklas 292             <%=job == null ? "" : HTML.encodeTags(job.getServerAndNode())%>
2210 03 May 06 nicklas 293           </td>
2210 03 May 06 nicklas 294         </tr>
2210 03 May 06 nicklas 295         </table>
2210 03 May 06 nicklas 296       </td>
5940 31 Jan 12 nicklas 297       <td style="width: 50%; height: 100%;" class="leftborder">
5940 31 Jan 12 nicklas 298         <table class="fullform" >
2210 03 May 06 nicklas 299         <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 300           <th>Plugin</th>
5610 15 Apr 11 nicklas 301           <td><%=Base.getLinkedName(ID, plugin, 
2216 05 May 06 nicklas 302               !readPlugin, plugin != null && plugin.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
2210 03 May 06 nicklas 303         </tr>
2210 03 May 06 nicklas 304         <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 305           <th>Plugin configuration</th>
2216 05 May 06 nicklas 306           <td><%=Base.getLinkedName(ID, configuration, !readConfiguration, 
2216 05 May 06 nicklas 307             configuration != null && configuration.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
2210 03 May 06 nicklas 308         </tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 309         <tbody class="sectionheader">
5940 31 Jan 12 nicklas 310           <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 311             <th colspan="2">Plugin parameters</th>
5940 31 Jan 12 nicklas 312           </tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 313         </tbody>
2210 03 May 06 nicklas 314         <%
2210 03 May 06 nicklas 315         if (job != null)
2210 03 May 06 nicklas 316         {
2210 03 May 06 nicklas 317           for (String name : job.getParameterNames())
2210 03 May 06 nicklas 318           {
2216 05 May 06 nicklas 319             StringBuilder sb = new StringBuilder();
2210 03 May 06 nicklas 320             String displayValue = "";
2348 01 Jun 06 nicklas 321             String description = "";
2210 03 May 06 nicklas 322             try
2210 03 May 06 nicklas 323             {
2348 01 Jun 06 nicklas 324               ParameterInfo pi = job.getParameterInfo(name);
2348 01 Jun 06 nicklas 325               if (pi.getLabel() != null) name = HTML.encodeTags(pi.getLabel());
2348 01 Jun 06 nicklas 326               description = HTML.encodeTags(pi.getDescription());
6988 30 Oct 15 nicklas 327               List<?> values = pi.getValuesOrMask();
2216 05 May 06 nicklas 328               int i = 0;
2216 05 May 06 nicklas 329               for (Object value : values)
2216 05 May 06 nicklas 330               {
2216 05 May 06 nicklas 331                 if (value != null)
2216 05 May 06 nicklas 332                 {
2216 05 May 06 nicklas 333                   if (i > 0) sb.append(", ");
2216 05 May 06 nicklas 334                   i++;
2216 05 May 06 nicklas 335                   if (value instanceof BasicItem)
2216 05 May 06 nicklas 336                   {
2216 05 May 06 nicklas 337                     BasicItem item = (BasicItem)value;
2216 05 May 06 nicklas 338                     String itemName = "";
2216 05 May 06 nicklas 339                     if (item instanceof File)
2216 05 May 06 nicklas 340                     {
2216 05 May 06 nicklas 341                       itemName = ((File)item).getPath().toString();
2216 05 May 06 nicklas 342                     }
2216 05 May 06 nicklas 343                     else if (item instanceof Nameable)
2216 05 May 06 nicklas 344                     {
2216 05 May 06 nicklas 345                       itemName = ((Nameable)item).getName();
2216 05 May 06 nicklas 346                     }
2216 05 May 06 nicklas 347                     else
2216 05 May 06 nicklas 348                     {
2216 05 May 06 nicklas 349                       itemName = item.toString();
2216 05 May 06 nicklas 350                     }
2216 05 May 06 nicklas 351                     sb.append(Base.getLink(ID, HTML.encodeTags(itemName), 
2216 05 May 06 nicklas 352                       item.getType(), item.getId(), item.hasPermission(Permission.WRITE)));
2216 05 May 06 nicklas 353                   }
2216 05 May 06 nicklas 354                   else if (value instanceof Date)
2216 05 May 06 nicklas 355                   {
2942 22 Nov 06 nicklas 356                     sb.append(dateFormatter.format((Date)value));
2216 05 May 06 nicklas 357                   }
2216 05 May 06 nicklas 358                   else
2216 05 May 06 nicklas 359                   {
2216 05 May 06 nicklas 360                     sb.append(HTML.encodeTags(value.toString()));
2216 05 May 06 nicklas 361                   }
2216 05 May 06 nicklas 362                 }
2216 05 May 06 nicklas 363               }
2216 05 May 06 nicklas 364               displayValue = sb.toString();
2210 03 May 06 nicklas 365             }
2210 03 May 06 nicklas 366             catch (Throwable ex)
2210 03 May 06 nicklas 367             {
2216 05 May 06 nicklas 368               displayValue = "<i>ERROR: "+ex.getMessage()+"</i>";
2210 03 May 06 nicklas 369             }
2210 03 May 06 nicklas 370             %>
2216 05 May 06 nicklas 371             <tr>
5940 31 Jan 12 nicklas 372               <th class="subprompt"><span title="<%=description%>">- <%=name%></span></th>
2210 03 May 06 nicklas 373               <td>
2210 03 May 06 nicklas 374                 <%=displayValue%>
2210 03 May 06 nicklas 375               </td>
2210 03 May 06 nicklas 376             </tr>
2210 03 May 06 nicklas 377             <%
2210 03 May 06 nicklas 378           }
2210 03 May 06 nicklas 379         }
2210 03 May 06 nicklas 380         %>
5940 31 Jan 12 nicklas 381         <tr class="dynamic">
5940 31 Jan 12 nicklas 382           <th></th>
5940 31 Jan 12 nicklas 383           <td></td>
5940 31 Jan 12 nicklas 384         </tr>
2210 03 May 06 nicklas 385         </table>
2210 03 May 06 nicklas 386       </td>
2210 03 May 06 nicklas 387       </tr>
2210 03 May 06 nicklas 388       </table>
6143 20 Sep 12 nicklas 389       </div>
2396 19 Jun 06 nicklas 390
2396 19 Jun 06 nicklas 391       <jsp:include page="../../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
2396 19 Jun 06 nicklas 392         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
2664 26 Sep 06 nicklas 393         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
2396 19 Jun 06 nicklas 394         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
4942 20 May 09 nicklas 395         <jsp:param name="title" value="Items related to this transformation" />
2396 19 Jun 06 nicklas 396       </jsp:include>
2298 19 May 06 nicklas 397       
5940 31 Jan 12 nicklas 398       <base:section id="anaysis" title="Analysis subtree" context="<%=cc%>">
5940 31 Jan 12 nicklas 399         <jsp:include page="../bioassaysets/analysis_tree.jsp">
5940 31 Jan 12 nicklas 400           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
5940 31 Jan 12 nicklas 401           <jsp:param name="experiment_id" value="<%=experimentId%>" />
5940 31 Jan 12 nicklas 402           <jsp:param name="transformation_id" value="<%=itemId%>" />
5940 31 Jan 12 nicklas 403         </jsp:include>
5940 31 Jan 12 nicklas 404       </base:section>
2210 03 May 06 nicklas 405       </t:tab>
2305 22 May 06 jari 406       </t:tabcontrol>
2305 22 May 06 jari 407   </base:body>
2305 22 May 06 jari 408   </base:page>
2305 22 May 06 jari 409   <%
2305 22 May 06 jari 410 }
2305 22 May 06 jari 411 finally
2305 22 May 06 jari 412 {
2305 22 May 06 jari 413   if (dc != null) dc.close();
2305 22 May 06 jari 414 }
2305 22 May 06 jari 415
2305 22 May 06 jari 416 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)